5P6IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 279
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6iA01
1MESA 2B8LA 2PWCA 1HXWA 1HIIA 2HAHA 2FDEA 3HAUA 2NPHA 5P2QA 4ZPEA 4J55A 5P5WA 5P14A 5OZRA 4ZPFA 3VLBA 4R93A 5P8GA 2BKSA 3OADA 1RV7A 2ZHTA 5ER2E 2I4QA 4Y54A 4J1FA 4A6CA 3OAGB 4Q5MA 1SP5A 1IDBA 3R2FA 3ZPSA 1BWBA 1QRPE 5P3JA 5P2OA 4Y5CA 2HS1A 2IL2A 4J5JA 3WSJA 3TH9A 5DQ5A 4AA8A 4Y3FA 4K8SA 3R4BA 3OHFA 2ER9E 4H3FA 4I8ZA 5OYXA 3AIDA 2OF0A 3MSLA 3U7SA 1TCWA 4Y39A 3S8IA 2OHUA 2QHCA 3K5CA 5P0EA 3VFAA 5ENKA 3ZOVA 1BXQA 2OHTA 4GJAA 5IVQA 1SDUA 3PI5A 1FEJC 2IQGA 4GIDA 2ZHSA 4OD9A 2O40A 5P7LA 3PCWA 2UXZA 3INHA 4R95A 1C6XA 4PZWA 1EC3A 4PPHA 2Q5KA 3Q4BA 3JVYA 5P4BA 4IVSA 5P0YA 5P5RA 2AOCA 4Y4JA 3OU4A 4EP3A 3IN3A 4HA5A 2IDWA 4DQFA 3PSYA 5OZ9A 4N00A 2I0DA 5F01A 5OYZA 5F00A 2VIZA 4Y9WA 5P8PA 4R5NA 3UCBA 2AOGA 4AUCA 2ZYEA 2O4PA 1Z1RA 5CONA 5P0BA 1NPAA 3UQXA 1W5YA 4Y3XA 1HPOA 3GGXA 5P25A 1AZ5A 4Y36A 5P6LA 5P5UA 5P0LA 1MT8A 2AZBA 3URJA 3BHEA 5P33A 4FAEA 3EL4A 5P87A 5P3UA 4FRJA 1WBMA 5P7OA 4PZXA 3LZYA 3APPA 4DJXA 1ZSRA 3EL9A 5P89A 5P2WA 5P72A 3SO9A 4ZSPA 1ZPAA 4I0JA 2BKTA 3DV5A 3EKQA 1NPVA 3WB4A 4M8XA 3PBZA 5ER1E 3S7MA 2G1OA 5P5IA 1HHPA 3Q6YA 2BPWA 3BXSA 1XN3A 5P6BA 1HVRA 4RCEA 3BVBA 5P38A 2O4NA 4Y5PA 7UPJA 5P4JA 2WF1A 3NR6A 1QBTA 2BPZA 1E81E 5DPZA 5P1CA 4LC7A 1MSNA 2R5PA 5P5AA 5P4AA 5P3OA 5P47A 4RROA 4B1DA 1FMXA 4L7JA 3KF0A 1WBKA 4DJRA 1SGUA 3TPRA 5P8DA 1FLHA 3PBDA 2VS2A 4I1CA 2QMDA 1EPNE 5KQZA 3OU1B 4FM8A 4Y5EA 1OEXA 4ZSQA 3QVIA 5COOA 4YOBA 3PRSA 3ZKXA 3APRE 5OYSA 5P2SA 3KT5A 1PPME 4YBIA 3DV1A 3VYEA 1EPLE 2OHLA 4H3JA 1ZTZA 5P6IA 1MIQA 1UPJA 5OYTA 3PMUA 5P0QA 3OADB 2FS4A 3D1YA 4Y50A 5P83A 3BRAA 3ZKGA 5P04A 5P1HA 2QMPA 5P6DA 1FG8C 3TNEA 3D3TA 2G94A 2PH8A 1G2KA 4OC6A 3Q3TA 3WZ7A 5CLMA 3VF3A 5P7IA 3ZLQA 5OZVA 5P0UA 3L38A 1ODYA 5P4GA 2QAKA 5HCOA 5AH7A 4TRYA 5P6AA 1F34A 2VIJA 2HB4A 4YD3A 4XXSA 5P32A 2V00A 2QD6A 5OZTA 3OXVA 5P7CA 5P7VA 5P58A 2BB9A 3PLDA 3L5EA 1A8GA 3SA5A 4Y53A 1W51A 5P4IA 3OHHA 3UDJA 4APEA 2ZHRA 3OUDA 1UH8A 1MUIA 1B6PA 4ACXA 5P0SA 5C9FA 3LZVA 2OHSA 4K4RA 4MC2A 4FIVA 1ZBGA 2Q55A 1AAQA 3GI0A 4Y3PA 3OQDA 4OD9B 4JECA 4YOAA 2EWYA 4Z2ZA 4ER4E 3S54A 3JW2A 5P0HA 2OHQA 4QJAA 2QI3A 2OAHA 3ZKMA 3MSKA 1QBRA 3VLAA 4Y4EA 3VSXA 1XE5A 2PQZA 4ZSMA 5OYVA 3O9AA 5P41A 1D4SA 2BPXA 3BUHA 2I4XA 4CPWA 4LHHA 1CMSA 4X7IA 5P23A 4GB2A 1BBSA 3GGVA 2WEDA 5P78A 5P30A 1EPPE 4L1AA 3O9CA 4R91A 5P3ZA 3HW1A 4YDFA 5P6MA 2ZJJA 5P4KA 2G20A 3OY4A 5P4PA 2FNTA 2I1AA 5P6RA 5P2IA 2V11C 4Q1NA 3NYGA 2AZCA 5P0AA 5P3VA 1PSNA 1ODWA 2QI0A 5DGWA 5JFUA 1A8KA 3KFRA 2P3AA 5P5VA 5P8KA 4RRNA 4FCOA 5P4HA 2HB3A 5OZGA 3VFBA 3HAWA 4B72A 3HVGA 3UDKA 4U7QA 1LF4A 2VJ7A 5IVTA 4EQ0A 5P05A 1K2CA 2I4UA 5P8CA 3VV7A 3QS1A 4FRKA 2F3EA 3HDKA 5AGZA 1OHRA 3MSJA 2QZLA 4H3GA 3URLA 4GJ9A 4NJSA 1EEDP 2F3FA 2HPEA 2R8NA 3K4VC 3BXRA 5P7XA 1T7IA 5OZ8A 1WKRA 1T6GA 4I8WA 3VSWA 4B78A 1HTRB 1BDQA 1PFZA 2IENA 4ZPGA 2QI6A 5P26A 4DQCA 5P4ZA 1QDMA 5P6FA 3KYRA 3UDPA 1APTE 2MIPA 1UH9A 1HPXA 5P0RA 5P5NA 1A9MA 4DFGA 5P09A 5SZ9A 1SH9A 2VIEA 2RKFA 3RU1A 3MXDA 1YTJA 3RTNA 1FQ7A 3OGPA 5P3GA 3GGUA 6FIVA 2FNSA 4Z50A 3JVWA 4FM6A 2O4KA 4FM7A 5P3QA 3QIHA 1GVWA 5P3RA 4GJ8A 1B6MA 1C70A 3PVKA 1YX9A 1DP5A 4JPEA 5P2KA 1AXAA 5P3PA 5P8AA 3KA2A 1MTRA 5I3WA 4YCKA 2F81A 3I6OA 4OC6B 3KFPA 3VV6A 2O4SA 1AIDA 5JFPA 1HVSA 4QJ8A 5P3MA 3EKVA 5P03A 1BDRA 3RVIA 5P0KA 4CP7A 3NXEA 2AZ8A 4HVPA 5P5XA 4J17A 2OHMA 2ER6E 2PYMA 2V0ZC 4DJUA 4Y37A 3VF5A 5P6HA 2VIYA 5P4FA 5P8MA 4CPTA 3QBHA 3NLSA 4J0VA 4RZ1A 1W6HA 3WZ8A 5P0ZA 5P5ZA 4EJDA 3HZCA 5P50A 2QD7A 2JE4A 4DPFA 4I0ZA 3QRVA 5P2ZA 3LPIA 3EL0A 3OUDB 5P1XA 1FQXA 4GJCA 3NU3A 4LXMA 5P67A 4XX3A 4Y6MA 5OYRA 5SY2A 2B7ZA 5P4UA 3SA4A 1RNEA 4EWOA 5P1BA 3L5CA 3QN8A 3SA9A 1FIVA 4Y3LA 2QI1A 3LPJA 1CZIE 4Y3ZA 2FXEA 5P0TA 3NU4A 3NXNA 4Q1YA 1MSMA 1MERA 1HPVA 5HDXA 5P7HA 4Y51A 5AH6A 2ZJNA 3MWSA 5OZ1A 5OZ6A 5P44A 1FFFC 5I3YA 1MTBA 3TTPA 3TPPA 2B7FA 5C9DA 4PHVA 3UDMA 4JOOA 2ZJLA 3SFCA 2JJIA 3DCRA 2AOEA 4L1AB 2NTRA 4Y43A 3K5DA 4I0EA 3I8WA 1XDHA 4JPCA 2V16C 4H3IA 1TQFA 1PSAA 3K5GA 3QP0A 4CPRA 3CIBA 5P6NA 2QNPA 5P2AA 4Y5LA 3O99A 2NMYA 5OYWA 5P1EA 4EYRA 1TZSA 5P77A 2FXDA 4L7GA 5P8TA 4RVXA 4D85A 5OZJA 1FB7A 2P3CA 5P6EA 1QBUA 1HIHA 4EP2A 5P07A 3QAAA 5OZFA 3VYFA 5P6XA 4OBHA 3L5DA 3DK1A 5T4SA 2NXLA 1ER8E 1XN2A 4CMSA 4OBGA 3U71A 3K5FA 5PEPA 4L7HA 3GI4A 3OQ7A 4LXAA 1ZSFA 1G35A 3HBOA 5P8FA 3ZPTA 5EZZA 4COEA 5OZQA 4Y35A 3CICA 5BS4A 1LF2A 5AHAA 1F7AA 5P84A 4GJDA 4Y4UA 2G1RA 3NWQA 4XX4A 5P24A 4LBTA 4WY1A 2PH6A 4ZLSA 1D4HA 2PC0A 4Y3YA 3T11A 3NWXA 1IZHA 4RCDA 1YT9A 3OOZA 5P64A 5P59A 2B60A 3VEUA 3RTMA 1HIVA 1ZP8A 2G22A 5P69A 4YD5A 1APVE 4AMTA 5OZZA 5P10A 4DJOA 3EBZA 2QK5A 2Q3KA 3RSVA 1APWE 5P1FA 5P8HA 5P81A 3KDBA 2P3DA 3L59A 3PWWA 5KQYA 2WL0A 3UQRA 1HVLA 4PYVA 5P4NA 4LP9A 2QCIA 5OZPA 1IVQA 3D91A 2R3TA 5P7SA 3ZKNA 4NJVA 4Y3QA 4RLDA 3I2LA 2G24A 2Q54A 5P2BA 1N49A 3SPKA 4K4PA 5P5FA 5P4SA 1EPQE 2IRZA 5JODA 4Y47A 5P4VA 5P62A 1HRNA 5P75A 5OZ4A 5P12A 5OZDA 3KDCA 5P76A 1K2BA 1GNNA 1QS8A 3OQKA 1YM2A 4OBZA 2AOFA 2QZWA 4DV9A 5P6QA 2R3WA 2WF2A 4D83A 5P3AA 4YD6A 3UDRA 5P70A 4HE9A 2CEJA 5P1JA 5P8LA 3ZKSA 3ZKQA 1MPPA 4TRZA 5P48A 5P5KA 1HEFE 1MT9A 4QJ7A 1KJGA 5DQCA 6UPJA 3OU3A 1MEUA 2AZ9A 1LEEA 1EBKC 2A4FA 3CIDA 5P18A 5P56A 5P4WA 1MRXA 3LIQA 3NU9A 1A30A 4ZSRA 1M0BA 2O4LA 1YG9A 1MRWA 4JP9A 2WKZA 2QZKA 3OTSA 4DH6A 5IVSA 5P6UA 3CYWA 4RYCA 3VV8A 3NDWA 3OGQA 4Y3SA 5P4TA 5P7YA 5OZ3A 5OZXA 8HVPA 3EM3A 5P3IA 2QU3A 5HE7A 5OYUA 5COKA 3G70A 2RENA 4GZFA 5P1TA 2NR6A 5SY3A 5P0VA 6APRE 5P5OA 4WY6A 4FE6A 3LIYA 4J54A 4J0PA 1Z8CA 1PSOE 4I0DA 2OHRA 5P4RA 2BPVA 5OZWA 4F74A 5P55A 4F76A 3ZL7A 4MC1A 2QNQA 5P61A 1PPKE 4Y48A 3DM6A 3UPJA 5HD0A 5BWYA 2JJJA 5P00A 5P8VA 4DPIA 3S43A 2AVOA 1E80E 3TPLA 5P0XA 3L5BA 5E5KA 3GI5A 1GNOA 2H6SA 4BFDA 5P27A 1GVXA 3OXXA 1Q9PA 2J9JA 4HEGA 1AVFA 1EPOE 4QLHA 1KZKA 1B5FA 3U6AA 2PYNA 4Z22A 3TLHA 3BUGA 3T7XA 4FS4A 1M4HA 1B11A 2V10C 1FG6C 5DQ1A 5P85A 4HDFA 1DIFA 3UQUA 5AH8A 3OQAA 5P1VA 5P7UA 2QNNA 1SDTA 3IXKA 1K6TA 5P4QA 5OZ5A 4YE3A 3RSXA 1B6KA 4IVTA 2QI5A 4RVIA 4BELA 3DJKA 4I12A 3UDHA 4TRWA 3CKRA 5OZAA 2Q11A 1T3RA 3G72A 4B00A 3VG1A 2HIZA 4LL3A 5P1MA 5AHBA 5P5DA 3FNTA 3OUCA 2P3BB 1LF3A 5KAOA 3B7VA 2AOHA 4DUSA 1OD1A 4CPUA 5P86A 2V12C 4ZIPA 2RSPA 4YBFA 2NMZA 3EC0A 1GNMA 5P2GA 5P1WA 2PWRA 5P1NA 3T7QA 5IVRA 3HVPA 1BVEA 2XYFA 9HVPA 2ASIA 5P8UA 3S45A 1B6LA 5P8JA 1YM4A 1Z1HA 5P3XA 1KJ7A 4Y4DA 1XL2A 3H5BA 1HVKA 1IVPA 5P7MA 1EBZA 5P15A 5P3BA 3QBFA 4OBZB 2QHYA 5P34A 1BAIA 2AVQA 4Y4WA 4DJPA 2AIDA 3PSGA 1SGZA 5P60A 3OK9A 3T3CA 5P63A 5P4MA 1AJVA 3ECGA 4Y5MA 5P0OA 5P6YA 1ZLFA 2CENA 5P4DA 1XS7D 1ENTE 3DCKA 2G1YA 2FLEA 2IGYA 4Y58A 1EAGA 1K6VA 5DR0A 5P6CA 4J1KA 3SM1A 3KDDA 2IS0A 5P0DA 3NU5A 4NJUA 4Y5AA 5AH9A 1FQ8A 5SXNA 5UPJA 5P0NA 1W5WA 4DVFA 5HDUA 2G1NA 3IGBA 3EM4A 3FNSA 3SKFA 3BC4A 4TVHA 3IN4A 1XE6A 3O9FA 1PPLE 3NDTA 2XYEA 4DQEA 1EC0A 2XFJA 3NUJA 5I70A 5OZBA 3KMXA 5P40A 3FV3A 3R0WA 4B77A 5EZXA 5OZHA 1YTGA 4FLGA 3KFNA 1UH7A 4KUPA 5P42A 3INDA 4CPQA 3PWRA 1LYBA 4J1HA 1HWRA 3S43B 2FIVA 3GW5A 4HDPA 3EKWA 5P3EA 5P6JA 2QI4A 3UFNA 3S85A 4ZE6A 5DR1A 5P1UA 4RGHA 2J9JB 5HU1A 1KJ4A 2F80A 4E43A 1DAZC 2XFKA 3EKTA 1B5FB 2HB2A 5P5JA 3SQFA 3SA8A 2AQUA 4Y3GA 4GJ7A 5P4XA 4TVGA 3S7LA 5P5GA 5ISKA 3LIZA 5P7TA 4CKUA 2ZE1A 3UDYA 5P0MA 5P0WA 1K6PA 4OBKA 4RRSA 2JYSA 2VA6A 4YCTA 1J71A 4Q1XA 3CMSA 1W6IA 5OZUA 2ZHVA 5P0GA 4CPSA 3QPJA 4GYEA 5P39A 3UFLA 2ZJHA 3SA6A 1FKNA 3O9DA 1GVUA 3LZSA 4FRIA 3ER5E 5P5BA 4ACUA 2VA7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MES A;  2B8L A;  2PWC A;  1HXW A;  1HII A;  2HAH A;  2FDE A;  3HAU A;  2NPH A;  5P2Q A;  4ZPE A;  4J55 A;  5P5W A;  5P14 A;  5OZR A;  4ZPF A;  3VLB A;  4R93 A;  5P8G A;  2BKS A;  3OAD A;  1RV7 A;  2ZHT A;  5ER2 E;  2I4Q A;  4Y54 A;  4J1F A;  4A6C A;  3OAG B;  4Q5M A;  1SP5 A;  1IDB A;  3R2F A;  3ZPS A;  1BWB A;  1QRP E;  5P3J A;  5P2O A;  4Y5C A;  2HS1 A;  2IL2 A;  4J5J A;  3WSJ A;  3TH9 A;  5DQ5 A;  4AA8 A;  4Y3F A;  4K8S A;  3R4B A;  3OHF A;  2ER9 E;  4H3F A;  4I8Z A;  5OYX A;  3AID A;  2OF0 A;  3MSL A;  3U7S A;  1TCW A;  4Y39 A;  3S8I A;  2OHU A;  2QHC A;  3K5C A;  5P0E A;  3VFA A;  5ENK A;  3ZOV A;  1BXQ A;  2OHT A;  4GJA A;  5IVQ A;  1SDU A;  3PI5 A;  1FEJ C;  2IQG A;  4GID A;  2ZHS A;  4OD9 A;  2O40 A;  5P7L A;  3PCW A;  2UXZ A;  3INH A;  4R95 A;  1C6X A;  4PZW A;  1EC3 A;  4PPH A;  2Q5K A;  3Q4B A;  3JVY A;  5P4B A;  4IVS A;  5P0Y A;  5P5R A;  2AOC A;  4Y4J A;  3OU4 A;  4EP3 A;  3IN3 A;  4HA5 A;  2IDW A;  4DQF A;  3PSY A;  5OZ9 A;  4N00 A;  2I0D A;  5F01 A;  5OYZ A;  5F00 A;  2VIZ A; 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 3PRS A;  3ZKX A;  3APR E;  5OYS A;  5P2S A;  3KT5 A;  1PPM E;  4YBI A;  3DV1 A;  3VYE A;  1EPL E;  2OHL A;  4H3J A;  1ZTZ A;  5P6I A;  1MIQ A;  1UPJ A;  5OYT A;  3PMU A;  5P0Q A;  3OAD B;  2FS4 A;  3D1Y A;  4Y50 A;  5P83 A;  3BRA A;  3ZKG A;  5P04 A;  5P1H A;  2QMP A;  5P6D A;  1FG8 C;  3TNE A;  3D3T A;  2G94 A;  2PH8 A;  1G2K A;  4OC6 A;  3Q3T A;  3WZ7 A;  5CLM A;  3VF3 A;  5P7I A;  3ZLQ A;  5OZV A;  5P0U A;  3L38 A;  1ODY A;  5P4G A;  2QAK A;  5HCO A;  5AH7 A;  4TRY A;  5P6A A;  1F34 A;  2VIJ A;  2HB4 A;  4YD3 A;  4XXS A;  5P32 A;  2V00 A;  2QD6 A;  5OZT A;  3OXV A;  5P7C A;  5P7V A;  5P58 A;  2BB9 A;  3PLD A;  3L5E A;  1A8G A;  3SA5 A;  4Y53 A;  1W51 A;  5P4I A;  3OHH A;  3UDJ A;  4APE A;  2ZHR A;  3OUD A;  1UH8 A;  1MUI A;  1B6P A;  4ACX A;  5P0S A;  5C9F A;  3LZV A;  2OHS A;  4K4R A;  4MC2 A;  4FIV A;  1ZBG A;  2Q55 A;  1AAQ A;  3GI0 A;  4Y3P A;  3OQD A;  4OD9 B;  4JEC A;  4YOA A;  2EWY A;  4Z2Z A;  4ER4 E;  3S54 A;  3JW2 A;  5P0H A;  2OHQ A;  4QJA A;  2QI3 A;  2OAH A;  3ZKM A;  3MSK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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