5P6LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 282
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6lA01
1XS7D 4YOAA 1HEFE 6FIVA 5P75A 1MESA 2FGVA 5OYSA 4ZSMA 3LIZA 3DV5A 3MSLA 3QRVA 4DI2A 1B5FB 4Y3GA 2XYFA 3IXKA 5P20A 5P7MA 4Y5EA 5P5SA 4GJCA 2QI7A 2QI3A 1C6XA 9HVPA 2F8GA 4I0IA 3EL5A 1W5WA 2AODA 2EWYA 1DIFA 3N3IA 3JVWA 4HDPA 3UFNA 1A94A 5P6KA 3BUHA 5P1AA 2ZJIA 5SY3A 1MEUA 3SFCA 3SA4A 5P3IA 4H3GA 3PSYA 5P68A 2VJ6A 3BVAA 1TQFA 2CENA 2OHUA 3Q4BA 5P32A 3HVGA 4H3FA 5P0RA 4L1AA 2BPZA 2XYEA 4DVFA 4GB2A 3PGIA 1PPME 5P41A 1FF0C 1SP5A 5P13A 2FNSA 1FQ5A 4CP7A 6APRE 4S1GA 1HPOA 5P3MA 2QMGA 3EL4A 5P5DA 5I70A 5P8EA 5P3NA 1HWRA 1TSUA 4XX4A 3O9GA 3D3TA 4Y3PA 5OYYA 5P4AA 1SIPA 1XDHA 1B6LA 3KT2A 5P7GA 2QNQA 3GI5A 5P2WA 4I1CA 1EPNE 4FRSA 4H3IA 1W6IA 2FDPA 1OD1A 4F76A 3S85A 3BGBA 4EPJA 3ECGA 5DR1A 3SA9A 4RGHA 1FIVA 2PQZA 5P57A 3KDDA 2R3TA 3IXJA 3U7SA 5P6BA 3UF3A 4J1EA 2WF2A 1ZAPA 1C6YA 2FXDA 1HTRB 5P6HA 1XN3A 4HLAA 5P7DA 2AIDA 5OYRA 2RKFA 5P0HA 4RCEA 2Q11A 4D8CA 3NU6A 2I4UA 1PSAA 5P00A 4NJTA 2FS4A 2BPWA 2O4LA 3FKTA 1ZTZA 2APRA 3L5FA 4KUPA 4I0JA 4QJ6A 4FIVA 4B77A 3VV7A 3O99A 3PSGA 1EPPE 3EM6A 4DQBA 5BS4A 3NDUA 4F74A 4Y5AA 3PWWA 3R2FA 2BBBA 1RL8A 5OZHA 3ZL7A 4NJVA 1Q9PA 5F01A 1VIKA 5P5OA 3UQWA 3ZPSA 2FDDA 2QHYA 5P7WA 4Y3QA 2PK6A 3QAAA 5P09A 4J1HA 5COOA 4HDFA 5OZQA 3KF0A 5DR8A 5P08A 1TCWA 4QGIA 4ER2E 1HEGE 5OZ3A 3HLOA 5P0SA 3EKYA 5OZOA 1EPME 3OUDA 5P1WA 4L6BA 5P2UA 2JXRA 1D4KA 3A2OA 5P7KA 3VF7A 3RTMA 1QBSA 2I0DA 5P50A 4RRSA 1BVEA 5P88A 4FE6A 4DJRA 5IVSA 3TPRA 3OQFA 1BXQA 1YG9A 1T6EX 5P67A 5OZGA 1FQ6A 3NDTA 3ER3E 5P39A 1YTIA 5AH9A 5P2VA 1E81E 5OZDA 5P1YA 3BRAA 3OXCA 1PSOE 3VSWA 5P4WA 2XFKA 2OF0A 4M8XA 2PSUA 2QI4A 2QU3A 3K1WA 4DPIA 2P3AA 1B5FA 1D4JA 1RQ9A 1MIQA 5JFUA 5F00A 1XE5A 4J17A 4KE0A 4Y5MA 3S56A 5OZMA 5SXNA 4RYGA 8HVPA 5EZXA 5P7CA 3NDWA 5P48A 3HDKA 2OHPA 2PH6A 3B80A 3SQFA 2G94A 4Q1YA 4ZEAA 1OHRA 5P4EA 3D1XA 4I0GA 3OUCA 3VCMA 3MWSA 1FMBA 4Y51A 4Y53A 5P0WA 2ZHSA 5P7EA 3PEPA 5P1OA 1E5OE 1OEWA 4A4QA 3GGAA 3HVPA 1TZSA 2JJJA 2QI5A 3ZKQA 4Y58A 2OHRA 5P6ZA 1LS5A 1LYWB 1MSNA 1LEEA 5P1NA 5P6QA 4H1EA 3S7LA 4YD3A 3CYXA 1G0VA 5DGWA 5P5NA 3T11A 3S2OA 1HVRA 3LZSA 5OZ2A 4OBKA 1LF4A 3OUBA 5OZEA 3VYEA 3T3CA 4J0PA 3RSVA 4K4PA 5JFPA 1M43A 4FSEA 3OGPA 4Y5KA 4OD9A 1APWE 1YX9A 2QAKA 1OEXA 5KQYA 3VYDA 3OU4B 3D91A 3PMUA 3LNKA 4Y3FA 1W50A 7UPJA 1APVE 3BC4A 2IS0A 4FRKA 4L7JA 3VG1A 2OHLA 4Y5NA 4Y5GA 3SACA 1DW6C 5P1UA 5P0XA 2V16C 1AXAA 2F81A 2B8VA 4DJYA 2OAHA 3T6IA 5P64A 2R5QA 3KFSA 2ER9E 2G21A 4Y37A 3FX5A 1AVFA 1EC0A 2AVOA 5P4ZA 5ER2E 1ZP8A 1GKTA 4FSLA 2UY0A 3K5FA 3TH9A 5P77A 2AOFA 2QNPA 3GGUA 3DOXA 5OZBA 1K6VA 1AIDA 5IE1A 4D88A 5P6MA 5P6JA 5P85A 3PBDA 5P1EA 2I0AA 5P31A 4DQHA 3OADB 4R93A 5HDZA 4EYRA 4FRIA 3OWNA 1LF2A 5P5IA 4Y47A 5OZRA 4OBJA 2QK5A 4DJUA 3S7MA 3TOFA 5P6AA 5AGZA 3IA9A 4D89A 4NKKA 3GGXA 5ER1E 3Q5HA 5DR4A 4YCTA 2V12C 1NSOA 3ZMGA 5IVQA 1D4YA 3EM4A 3OY4A 1A8GA 4N00A 3UDRA 2VS2A 1MERA 5IVRA 6UPJA 4Y5PA 5DR7A 2G22A 5P76A 5P5JA 3TPJA 1T6GA 1PFZA 1SDUA 1FG8C 2G1SA 2ZJJA 2WEBA 4PPHA 2VIYA 4TRWA 4K4QA 4Y3WA 3U6AA 4B72A 5P3ZA 2AVSA 4KE1A 5P0DA 1HTFA 1M4HA 1T3RA 2BKTA 3FNTA 3CMSA 4ZSRA 1IBQA 2V11C 1NPAA 2V00A 2FIVA 2BPXA 5P5WA 5P27A 5P5LA 1PPKE 1PROA 2HAHA 3PI0A 3RVIA 5P7TA 1DPJA 1EPLE 2G20A 5P3KA 2O4KA 2FMBA 3INDA 2UPJA 4B78A 4OBGA 3G70A 2R3WA 1W5VA 5OZXA 3L3AA 3K5DA 1KZKA 1ODYA 4X2LA 1TCXA 1K2CA 1IZEA 1QDMA 1HSHA 5P63A 2NPHA 5P73A 3QPJA 3KT5A 3L58A 3NWQA 5P16A 5P18A 3GGVA 4WY1A 5ENKA 3UQXA 5P3GA 3O9HA 5P8JA 3QN8A 3SA7A 1HVCA 4UPJA 4EP3A 2OHNA 4J1CA 3H0BA 3HAWA 4RVIA 3EKXA 5P8AA 4FLGA 4QLHA 1K2BA 3D1YA 4DFGA 1LYWA 3VEUA 1D4LA 1WBMA 2PSVA 3K5GA 4YD5A 3WZ7A 4CPQA 1VIJA 4PHVA 5P0GA 5P03A 4LHHA 5P53A 3RTHA 5OZCA 4ER1E 2I4WA 2BPYA 2B7ZA 5OZ8A 5P79A 5DQCA 5KR1A 5P3HA 1T7JA 3L59A 3S8IA 3EKWA 3GI0A 1CZIE 3OU4A 2I4VA 1ODWA 2NNPA 2I4QA 4YA8A 3O9DA 4Y9WA 4EXGA 2ZHTA 1HBVA 3LZYA 3NU4A 5OYZA 3UQRA 3NUJA 5OZFA 4BFBA 2BB9A 3SA8A 5P59A 2IQGA 5P4OA 5P7XA 3EL0A 3FNSA 4TVGA 1YTGA 5P6WA 3URIA 3K5CA 1GNOA 5KOQA 1MTRA 1T7KA 1YTHA 4ZIPA 3IN4A 5DQ2A 1BDRA 3EM3A 5P5HA 2QCIA 5P05A 2QMFA 2QHCA 5I3WA 5OZLA 3KFNA 4IVSA 1YT9A 1SMRA 3SA5A 5P81A 4Y5BA 3URJA 5OYUA 2AZCA 5P40A 5P25A 5OZ7A 3OADA 3ZPUA 2ZHRA 1BV7A 4FM7A 3HD8A 4FM6A 3ZKXA 4JECA 3L5EA 4I8WA 4QJ7A 2I1AA 4HVPA 4I0HA 5P0KA 5P12A 5DQ1A 3OXWA 2QI0A 3NU9A 2O4PA 4EHCA 5P7SA 5P74A 5P7RA 2HS1A 5P02A 5P1BA 3NU5A 4RZ1A 5P55A 5P2CA 2V10C 1HVIA 4YD7A 4CPRA 1LZQA 2OHMA 4HDBA 5OZIA 1LYAB 2P3DA 4RVXA 5P3YA 4J1IA 5P2EA 2HS2A 4Y6MA 3PBZA 3UDPA 5P7HA 5KR2A 2HB2A 5P3PA 1CMSA 4I11A 3MXEA 4DQGA 5P8KA 5P6GA 3PM4A 1DMPA 4R95A 3EC0A 2PK5A 1EPQE 5HDVA 1ZPKA 3KMXA 5P86A 3TPPA 2FNTA 3SO9A 5P1DA 1FQ4A 4Y3MA 4Y3NA 2G1NA 3D1ZA 2G27A 2ZDZA 1LF3A 4HE9A 5P0NA 5P2XA 2ZJKA 1FQ8A 4A6BA 3UDMA 1UH9A 5P0TA 3TL9A 2WEAA 5FIVA 2QP8A 4PYVA 5P3SA 2R9BA 1EEDP 4Y41A 3CKRA 2R5PA 5P1JA 1YTJA 4AUCA 3OAGB 1Z1HA 4D85A 5P61A 3UDNA 1UPJA 3S45A 4Y3HA 2OHKA 3NXNA 1ZSRA 3KDCA 3VV6A 4AA9A 4ZPEA 5P7FA 4Y3YA 2R38A 2HIZA 5J25A 4YDFA 3WSJA 3BXRA 3KDBA 4BEKA 2QNNA 4I8ZA 5P5ZA 4TVHA 5P37A 5HE5A 5P8FA 5IS4A 2JYSA 2ZE1A 5P58A 4GIDA 4LXMA 3CKTA 4NPUA 1A30A 4OBDA 1C6ZA 4L7HA 1NH0A 3HBOA 5P7QA 4OC6B 1HTGA 2VJ7A 3LZVA 1HSIA 5P6SA 2WF0A 5OZNA 2IKOA 1U8GA 3INEA 1YM2A 3PCWA 4GJ7A 4B05A 4K9HA 5P01A 3DJKA 3LIXA 3WZ8A 5P1TA 5KR0A 2P3BB 2MIPA 4JPCA 1AJVA 4YOBA 4APEA 5I3YA 5TOLA 5P2MA 3OOZA 2QD6A 1HIIA 3KMYA 1QRPE 1QBTA 5HU0A 3IXOA 5P2IA 3O9IA 5P7YA 4Z2ZA 5P44A 1MT9A 3EKQA 5HE7A 3OU3A 2WF4A 4AZYA 4CPTA 3H5BA 4TRZA 4MC2A 2AOGA 5BWYA 5P4FA 2PYMA 2JE4A 4Q5MA 5P22A 5OYQA 4DPFA 5P30A 4CPXA 1HPSA 5DR3A 5P7BA 5P6UA 5P0YA 2I4DA 5P8HA 4DV9A 3OQKA 3TOHA 5P0ZA 5P7PA 4U7QA 2NXMA 5P3WA 1J71A 5OZ9A 4YBIA 3GW5A 4RROA 1T7IA 1AZ5A 5P6NA 3WZ6A 2ANLA 1D4HA 1MRWA 5P66A 3UPJA 2B8LA 1SIVA 5P6DA 3CYWA 2UXZA 1SGZA 4B70A 1GNMA 5P8CA 2QMDA 1EBKC 5COPA 4NJUA 3G72A 3O9LB 3EXOA 5P5YA 3PHVA 4EJDA 3IVHA 3UDJA 4Y4BA 5P6XA 1MRXA 4X7IA 5P3TA 5P3EA 4EQJA 3S54A 1HTEA 3TKWA 1LYAA 5P3CA 1HVKA 4XX3A 2RKGA 1LV1A 5P2DA 4ACUA 5OZYA 3PMYA 5P0BA 5P0UA 4Z22A 5P52A 4DJXA 2P83A 3VF3A 1ODXA 3AIDA 5P0FA 3SM2A 3INHA 1MSMA 2HB4A 2ER6E 5P11A 1HIHA 5P4BA 2AVQA 4F75A 5P6EA 3EKPA 1ZJ7A 5OZSA 3NXEA 1BVGA 4DQCA 4Y5CA 5P2AA 2BJUA 1KJHA 4OBHA 5P4DA 3VV8A 5HTZA 5P5AA 3IN3A 2VA7A 4Y3EA 4Y36A 2QU2A 4EP2A 4YDGA 4Y4DA 4Y3TA 2CEMA 2VIEA 3IAWA 1XL5A 3R0WA 3CICA 2J9KA 4ER4E 3OAGA 1APUE 5P1RA 5P2ZA 4R92A 3M9FA 3MSJA 5P8OA 1EC1A 3ZKGA 1C70A 4AA8A 4Y3ZA 1FG6C 7HVPA 5DQ5A 1ME6A 1QBUA 1WKRA 5P5RA 5P89A 3NDXA 4Y35A 3VFAA 3OQ7A 3QVCA 5P0MA 3TOGA 4DJQA 2FXEA 1K1TA 4Y57A 2QI6A 4U8WA 5P3LA 3I6OA 3OQAA 3TTPA 4LP9A 4CPSA 5P4LA 5P8PA 3SABA 4OC6A 3ZPTA 4HEGA 2PYNA 3S43B 2F3FA 2G26A 5P42A 4GJBA 4A6CA 1IVPA 3BUGA 5P6TA 3SA3A 5P1SA 5P71A 4B1EA 1EBYA 4Y4ZA 4ZE6A 1CPIA 5KOSA 5P4MA 4GJAA 1HPVA 1E82E 5DQ4A 1HSGA 4NPTA 5OYTA 4ZSPA 5P51A 4K4RA 2P3BA 4J55A 3PWMA 2RMPA 3QVIA 5P38A 5OZUA 3UDQA 5P3UA 5DGUA 1W51A 3PLDA 3QBFA 2AOJA 4JPEA 1B6KA 1KJ4A 3JW2A 4E43A 3APRE 1W5XA 3NSHA 3UDYA 3UCBA 1RPIA 2QMPA 4PZXA 1DAZC 2VIZA 5P5PA 4DUSA 3U71A 5P24A 3BXSA 3ZKNA 2F80A 2Z4OA 1MUIA 3PJ6A 4FRJA 1SDTA 4FAEA 5P1LA 5P4RA 3OU1B 4BFDA 3ER5E 5P4QA 3OXVA 1SMEA 2G1YA 5SZ9A 2B42A 4I12A 2ER0E 2NR6A 1TW7A 5P33A 5CLMA 5P4SA 3TPLA 2VA5A 5P17A 2AZ8A 4Q1WA 4GJDA 4GZFA 5P5BA 2R8NA 1ENTE 3KFPA 5P8SA 5P6YA 3KYRA 1IZIA 5P4HA 1GVXA 5P26A 4APRE 1XE6A 2AOEA 4K8SA 3VLAA 3QRMA 5P2NA 3O9BA 3OGQA 1NPVA 5P2TA 3EL1A 5I3VA 5HU1A 5P28A 1B11A 1K6CA 4Y5LA 2ZJLA 4FCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XS7 D;  4YOA A;  1HEF E;  6FIV A;  5P75 A;  1MES A;  2FGV A;  5OYS A;  4ZSM A;  3LIZ A;  3DV5 A;  3MSL A;  3QRV A;  4DI2 A;  1B5F B;  4Y3G A;  2XYF A;  3IXK A;  5P20 A;  5P7M A;  4Y5E A;  5P5S A;  4GJC A;  2QI7 A;  2QI3 A;  1C6X A;  9HVP A;  2F8G A;  4I0I A;  3EL5 A;  1W5W A;  2AOD A;  2EWY A;  1DIF A;  3N3I A;  3JVW A;  4HDP A;  3UFN A;  1A94 A;  5P6K A;  3BUH A;  5P1A A;  2ZJI A;  5SY3 A;  1MEU A;  3SFC A;  3SA4 A;  5P3I A;  4H3G A;  3PSY A;  5P68 A;  2VJ6 A;  3BVA A;  1TQF A;  2CEN A;  2OHU A;  3Q4B A;  5P32 A;  3HVG A;  4H3F A;  5P0R A;  4L1A A;  2BPZ A;  2XYE A;  4DVF A;  4GB2 A;  3PGI A;  1PPM E;  5P41 A;  1FF0 C;  1SP5 A;  5P13 A;  2FNS A;  1FQ5 A;  4CP7 A;  6APR E;  4S1G A;  1HPO A;  5P3M A;  2QMG A;  3EL4 A;  5P5D A;  5I70 A;  5P8E A;  5P3N A;  1HWR A;  1TSU A;  4XX4 A;  3O9G A;  3D3T A;  4Y3P A;  5OYY A;  5P4A A;  1SIP A;  1XDH A;  1B6L A;  3KT2 A;  5P7G A;  2QNQ A;  3GI5 A;  5P2W A;  4I1C A;  1EPN E;  4FRS A;  4H3I A;  1W6I A;  2FDP A;  1OD1 A;  4F76 A;  3S85 A;  3BGB A;  4EPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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