5P6OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 285
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6oA01
5P70A 4OD9A 1HIHA 4I10A 4UPJA 5P6UA 2R9BA 5P71A 5P0TA 3RTHA 3UQWA 5P8MA 1T7JA 4DPIA 4ZSRA 4RRNA 3APPA 4QJ6A 4AA8A 1HSHA 4HA5A 4L1AB 5P6QA 3IN3A 5I3WA 3OUAA 5P7VA 5P06A 4CKUA 2JJIA 5P8PA 5P1GA 5UPJA 4I0DA 1FG6C 1EPOE 4TRYA 3UQRA 5HCOA 5P4MA 1K2BA 3KMYA 3K1WA 3FX5A 4Z22A 5HVPA 1DIFA 2RSPA 3IXOA 1EBWA 1LYBA 4PZXA 5P42A 2VKMA 2AOHA 2RKGA 3I25A 1QDMA 4ER4E 3PB5A 1YT9A 1UH8A 5DGUA 5FIVA 1BBSA 2VA7A 5OZ9A 1BWBA 4JECA 5HDVA 2O4LA 3VSWA 4OBGA 1BIMA 2P3DA 3NYGA 4J17A 5P3EA 1EEDP 4Y47A 1PSAA 3INHA 3OK9A 3LZUA 4J1HA 1EBZA 2ZJIA 1UH9A 2AOIA 3WB4A 1IDBA 3UDJA 2G22A 3CKTA 2QD8A 2O4NA 2QHCA 3VV8A 3L5FA 5AGZA 2R5PA 5P3BA 5OYXA 4OBZB 2ZJHA 3ZKIA 4WY6A 4X7IA 3S7LA 5P0WA 3M9FA 4AUCA 2QMDA 5P0GA 5P1XA 2JJJA 2R3WA 2FNTA 3DV1A 3NU6A 3S7MA 3EM3A 3GI5A 1QBUA 2IQGA 1T3RA 4FRKA 5P7TA 4DJWA 2J9JA 3L5DA 1B6LA 2Q5KA 4M8XA 3RVIA 5P03A 5P68A 3NDUA 3LZYA 1EAGA 2H6SA 1XE5A 1EPPE 2FDEA 2V13A 3TKWA 5P2LA 5P75A 5P4KA 4Y51A 5P4VA 4DH6A 4NPUA 5P80A 3UQPA 5P0QA 4Y5NA 5DQ2A 4F74A 4FRIA 2WJOA 5P24A 3NSHA 5ER1E 5P2NA 3Q4BA 2AZ8A 1B11A 5P6TA 4DV9A 1QBRA 5P04A 3KN0A 2G21A 4D88A 3VF5A 2QI7A 1HVIA 3TOGA 1G0VA 4LXKA 4EJKA 4RROA 2B8VA 2AVSA 4YDGA 5P7RA 3KM4A 3EKQA 4RZ1A 5P8IA 3WZ6A 4LP9A 4K4PA 5IE1A 1MSNA 5P6FA 3ST5A 1GVTA 2VIJA 3OADB 3U71A 3QBFA 4CPRA 1K6VA 4YD4A 5P6MA 4A6BA 5P5KA 4ER1E 5P1IA 4DQEA 5P7MA 5P8VA 3G70A 5P3KA 4QJ9A 3OU4B 3IXKA 3OAGA 1B6JA 4I0EA 3K5CA 4CPUA 3GGUA 5SXNA 5P5LA 4NJVA 3G6ZA 4J0VA 3PSGA 4COEA 1C6XA 5P6KA 2VS2A 5P34A 1FF0C 4RCEA 2Q64A 3VYFA 3TOFA 5P1SA 5IS4A 1RL8A 4Y5CA 4Y3QA 5SY3A 3O9FA 5P7PA 3BC4A 5DR3A 1Q9PA 4EJLA 4ZPGA 4R93A 5P67A 3OXVA 1HTFA 2PSGA 5P64A 1ODWA 2QK5A 4YCKA 1YM2A 4Y3LA 4ZSQA 5P1DA 5P37A 5P5OA 5P89A 5HCTA 4YCTA 3AUPA 3OQ7A 3GGAA 2AZ9A 2B7ZA 3HVGA 3SA9A 4D89A 5KQZA 4CPQA 5PEPA 3I8WA 3WZ7A 4B1DA 5OYRA 1RV7A 2FS4A 3D20A 2AOEA 4FSLA 2ZJMA 5P8HA 2G1NA 3K4VA 1IVQA 5HE5A 5P11A 5KQYA 3IGBA 2AVVA 5P2WA 2AODA 2VA5A 4Y3GA 1MTBA 2OHNA 5P1OA 2ZJJA 3GW5A 5ER2E 2FLEA 5P46A 2NXDA 4YD3A 2PC0A 4GJ8A 1T6EX 4KE0A 4DI2A 5P5ZA 1FLHA 3KDCA 4Y9WA 4Y50A 5P83A 4LL3A 5P1VA 3UDRA 1FMXA 3LIYA 3RSXA 1FQ5A 5P2HA 4EP3A 4GMIA 4FM7A 3CYXA 4J1CA 5P2DA 1KZKA 1NSOA 1HPSA 1NPAA 5OZRA 1IZHA 2ANLA 3LIVA 3CICA 4Y3PA 3QRMA 4Y4WA 4RLDA 1W5YA 5P15A 2HM1A 1C70A 2UY0A 5KR8A 5DQCA 5P8TA 3LZSA 4FSEA 4LXMA 5P3WA 1LZQA 2ZHRA 1YX9A 1META 1LF2A 3T11A 1EPQE 2IL2A 2ER0E 4DJUA 1HXBA 5KOSA 4U7VA 4F73A 3RU1A 2VNNA 4XKXA 3BUHA 5P3YA 5OZNA 1IZIA 5P16A 2NNKA 5OYVA 4DJQA 1TCXA 4Y38A 4GZFA 4RRSA 3I6OA 3L38A 5P5GA 5P08A 4J1IA 5P3XA 4Y3ZA 3N4LA 4H3FA 5P12A 1D4KA 1EPRE 4Y4GA 3TTPA 5P86A 3S53A 4Q5MA 3D1YA 5P3SA 3WB5A 5DPZA 1HVLA 2ASIA 5P3MA 4I12A 5P02A 4HEGA 3EL0A 5P0YA 5P2XA 2Q3KA 3OTYA 3QVCA 4RVJA 2O40A 2NMYA 5P0IA 1BDQA 5P5FA 1LF4A 1W5XA 3ZPSA 5CONA 3PBDA 5P1UA 2QP8A 4NJTA 3D1XA 1MTRA 5OZVA 4K4RA 1FB7A 2Q55A 2FDDA 2UXZA 1C6YA 5EZXA 3HAUA 2RKFA 4Y43A 3OOZA 5P30A 4Z2ZA 5P69A 2QHZA 2NXMA 2ZYEA 4YBIA 1F34A 4FAFA 5DR4A 2IGXA 1APWE 1SGZA 1HEGE 5OZIA 3RTMA 3PCZA 5OYUA 5P7KA 5J25A 1YTGA 1SDTA 4I0ZA 1FFIC 1MPPA 3SKFA 3JVWA 2PYNA 5P43A 3HD8A 4I8WA 3EL5A 3O9GA 1HVRA 5P3IA 2ZHVA 3FNUA 5P7SA 5P05A 3ZLQA 2HB2A 3PWWA 5OZBA 7HVPA 3A2OA 3O9DA 5OZ8A 5P8NA 4FM6A 3S8IA 1BV9A 4Y5AA 1ZTZA 3H5BA 1FQ8A 3OQDA 3O9LB 5HTZA 1HRNA 5OZ2A 3BUFA 3UTLA 3JW2A 4CPXA 1MSMA 5OZYA 3T6IA 2G26A 1YTHA 1LYWA 3OQFA 3NU3A 2OAHA 2O4KA 1SIVA 2BQVA 4BEKA 5P5EA 4ZLSA 2G27A 1XL2A 5DQ1A 4ZIPA 4Z4XA 1W51A 2JYSA 1FQ7A 5APRE 2P3CA 5C9FA 5P1HA 5P4LA 1XE6A 3QS1A 2QU3A 2ZJKA 5ISKA 2BPXA 1SDUA 1GNMA 3TKGA 5P0ZA 5AH6A 4DPFA 3NR6A 5OZ0A 3SA5A 4FL8A 5P4HA 1OEXA 3SLZA 5EZZA 1FFFC 4Y3EA 4Q1YA 5P62A 3ZKMA 3KFRA 5P88A 5P5RA 1HSGA 5P22A 5P5BA 2FMBA 5IVQA 4J0PA 5P0OA 5P7GA 5P3CA 3EC0A 3VLBA 1WKRA 3ZKSA 4Y3NA 4GYEA 4H3JA 5P7YA 4L6BA 4Y5GA 1NH0A 1SMEA 3GI6A 4HDPA 3UPJA 2QI1A 4BFBA 3VYDA 4RVXA 1NPVA 3HBOA 2QI4A 4NPTA 2HS1A 5OZGA 5P3AA 4LHHA 4Y5LA 1HVJA 4A4QA 4Y5MA 4DJYA 3VG1A 5ISJA 4GB2A 3CMSA 4ACUA 1AJXA 3QVIA 5P4IA 1RPIA 3S2OA 4GJDA 2IS0A 1GVXA 2SAMA 3OXCA 3TL9A 2ZHSA 2QI6A 3HW1A 2QMGA 5P63A 4RCFA 1EPNE 2CENA 4PHVA 5P6WA 1VIKA 5JODA 4Y3AA 2ZHUA 5OZXA 3GI0A 4I0FA 3SO9A 3OUDA 4BFDA 2A4FA 4DJRA 3O9EA 3UDNA 5DR7A 3URLA 1N49A 3TPRA 5P29A 3UDYA 3O9HA 1A30A 2BBBA 5DR1A 5OZOA 3NDXA 2NPHA 1BDLA 4OBFA 4Y6MA 4DVFA 2QAKA 1E82E 2JE4A 3PI5A 2QD7A 3VF3A 4J55A 5P3VA 1M0BA 4OD9B 1UH7A 5P4QA 5P0MA 2Q11A 4NKKA 3EKPA 3S56A 3NUOA 5SZ9A 4GJCA 4PZWA 4ZSMA 3VFBA 3IVHA 3DUYA 3GGVA 2VJ7A 5AHBA 2Z54A 5P2UA 1MT9A 4H3IA 3R0WA 3MSJA 2V12C 2WEZA 1ZBGA 1SIPA 2I4WA 2AVOA 2AOJA 3UHLA 1W50A 4CMSA 1LYBB 5P4EA 5B18A 2VA6A 3Q70A 1BWAA 1IDAA 4Y3YA 4HDBA 1MUIA 1B5FA 4MC9A 4Y35A 5P51A 1WBKA 5P0FA 1FQ6A 2I4QA 5P0UA 3LPKA 2V0ZC 5P76A 5P4CA 3TPLA 3R1GB 5P54A 5DGWA 5C9BA 5P39A 1SMRA 4ZPEA 4YDFA 3B80A 2FXDA 1ZSRA 1LV1A 1FG8C 3ZKNA 3NLSA 3KFPA 4APEA 1SP5A 5KAOA 1DPJA 4B1CA 3PVKA 5P7XA 2IKUA 3EM4A 1ZPAA 3PRSA 5P50A 3OUBA 5P14A 4Y3WA 3L59A 5P2IA 1KJHA 1XS7D 3UQUA 1ER8E 2G20A 2PK6A 1F7AA 2Q63A 1MERA 4FE6A 1OD1A 4J0YA 5SY2A 2VJ6A 3CKRA 5KR2A 3KYRA 4FRSA 4EP2A 5P8QA 3K5FA 3BVAA 2FDPA 1DMPA 5P6JA 5AH7A 3BVBA 5P2BA 1LYAA 1AM5A 5P2SA 4OBHA 3N3IA 4PEPA 4B78A 4EXHA 5P81A 4F76A 3IAWA 1K1UA 4J54A 3ZKQA 2RMPA 1A8KA 5P85A 4Y3DA 3H0BA 5P79A 3SABA 4QJ8A 4EWOA 5P6CA 1YTJA 5P38A 5P5NA 1FMBA 1QBTA 3OUCA 5DQ5A 2ZJNA 4PYVA 3VCMA 5P8LA 5P5DA 2ZDZA 3OQAA 5P2TA 5P0EA 2R38A 3PMYA 2CEMA 4Y4DA 3BGCA 4FIVA 5P8CA 2FNSA 2ZHTA 4J1KA 2PSVA 1EC1A 4NJUA 2V00A 4Y5BA 1FQXA 2MIPA 3PLDA 1SH9A 1ZPKA 4B00A 2VIEA 2I0AA 5P7OA 2PK5A 5P28A 2PH6A 5ENKA 2WF1A 5OZMA 2QNNA 5P8GA 5P3ZA 1PPLE 5OZAA 2NXLA 3HZCA 3L5EA 2FXEA 4X2LA 5DQ4A 5P2AA 3ER5E 2QZXA 5P0XA 2P3BA 2BPVA 2I0DA 4AMTA 3UDKA 4ZSPA 4YOBA 2HIZA 4EXGA 3PBZA 1IVPA 1ZSFA 3EL4A 1CPIA 2R8NA 2QI0A 4I0IA 4L7JA 3SFCA 2QCIA 1YG9A 1MIQA 3IVIA 3OAGB 4JP9A 1ME6A 3BXRA 4EQJA 2G1RA 4APRE 2QNQA 3LIQA 3KT5A 1W5VA 1A8GA 2B60A 5COPA 3WSJA 2HPEA 5P6AA 5P23A 1BV7A 5HE4A 1QS8A 4Y41A 5P3LA 5P4WA 3OXXA 2I4DA 1Z8CA 4Y45A 5P3RA 1M4HA 3MSLA 5P8RA 5P84A 3LZVA 3SACA 3OU1A 1A9MA 5P1QA 1TQFA 5T4SA 5P8EA 3EKVA 4A6CA 1BDRA 1HHPA 4ZPFA 3O9AA 1HPXA 1MT7A 4YOAA 5P6XA 3L3AA 2F81A 2QU2A 3PSUA 5P1JA 5P7AA 2QZKA 3FNTA 5I3YA 1HWRA 2AVMA 2G1YA 4Y4ZA 5P8AA 1AJVA 5P4JA 5P00A 2VNMA 2G1SA 5P6DA 5OZKA 3NXEA 4BELA 3QPJA 2PQZA 5OZ6A 1D4LA 5HDXA 3I2LA 3KF0A 3PEPA 3FKTA 2IDWA 2QD6A 5P7DA 3UDMA 5P4OA 3NDWA 1KJ7A 4Y3JA 5AHCA 3SKGA 1VIJA 3QN8A 5P33A 4J1FA 1GNNA 5P8OA 3TPJA 4GJ7A 5P31A 2WF0A 4WTUA 4ZEAA 4QJAA 5P0DA 3PWRA 3BHEA 4RVIA 4DUSA 4GIDA 5JG1A 5P2YA 4WY1A 5P48A 5P5XA 1DAZC 5P1PA 5P6NA 3VV7A 5OZWA 3K5GA 1DP5A 5P57A 1APUE 2BJUA 1HPVA 2IGYA 2IRZA 3FIVA 4Y3RA 5P2VA 2WF2A 5P0RA 4TRWA 5E5KA 4Y4TA 5HU0A 1KJGA 3S85A 5P3UA 3VV6A 2P3AA 5P45A 5P0HA 1D4IA 1TW7A 3O99A 4JPEA 2G24A 4GJBA 1MEUA 4DJPA 1AVFA 4RYGA 3TPPA 4RCDA 4OC6B 3S43B 5OZ3A 5P1KA 2QNPA 4Y3SA 5IVSA 1YM4A 5P27A 3UDPA 3T7PA 1SGUA 5P6VA 5OZ7A 1PROA 2OHMA 2PSUA 3EXOA 3SPKA 5P0JA 3QRSA 2FIVA 2A1EA 1APTE 1HTEA 3AIDA 1XL5A 1FEJC 4HLAA 2WF4A 1ODXA 4IVSA 5JFPA 4YE3A 3ZPUA 4S1GA 3UQXA 4IVTA 2IENA 1PPME 3KMXA 5P1NA 1HPOA 5P7FA 5P5CA 5P7HA 5OZSA 5TOLA 1ODYA 4YCYA 4CP7A 2AOGA 4EJDA 1HVHA 3SM2A 3EKYA 5P4FA 1FIVA 2O4PA 4LC7A 3NXNA 3EKXA 5AHAA 5P4TA 4YD5A 4XX4A 5P8DA 4KE1A 3UF3A 3QRVA 3TOHA 1PPKE 5P7NA 4Q1XA 2G94A 3INDA 3SA6A 4YBFA 3DOXA 1G6LA 1AIDA 2OHPA 1SDVA 2G69A 2P83A 5E5JA 4L1AA 1MT8A 3VSXA 1EC3A 3BRAA 1AAQA 5P3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P70 A;  4OD9 A;  1HIH A;  4I10 A;  4UPJ A;  5P6U A;  2R9B A;  5P71 A;  5P0T A;  3RTH A;  3UQW A;  5P8M A;  1T7J A;  4DPI A;  4ZSR A;  4RRN A;  3APP A;  4QJ6 A;  4AA8 A;  1HSH A;  4HA5 A;  4L1A B;  5P6Q A;  3IN3 A;  5I3W A;  3OUA A;  5P7V A;  5P06 A;  4CKU A;  2JJI A;  5P8P A;  5P1G A;  5UPJ A;  4I0D A;  1FG6 C;  1EPO E;  4TRY A;  3UQR A;  5HCO A;  5P4M A;  1K2B A;  3KMY A;  3K1W A;  3FX5 A;  4Z22 A;  5HVP A;  1DIF A;  2RSP A;  3IXO A;  1EBW A;  1LYB A;  4PZX A;  5P42 A;  2VKM A;  2AOH A;  2RKG A;  3I25 A;  1QDM A;  4ER4 E;  3PB5 A;  1YT9 A;  1UH8 A;  5DGU A;  5FIV A;  1BBS A;  2VA7 A;  5OZ9 A;  1BWB A;  4JEC A;  5HDV A;  2O4L A;  3VSW A;  4OBG A;  1BIM A;  2P3D A;  3NYG A;  4J17 A;  5P3E A;  1EED P;  4Y47 A;  1PSA A;  3INH A;  3OK9 A;  3LZU A;  4J1H A;  1EBZ A;  2ZJI A;  1UH9 A;  2AOI A;  3WB4 A;  1IDB A;  3UDJ A;  2G22 A;  3CKT A;  2QD8 A;  2O4N A;  2QHC A;  3VV8 A;  3L5F A;  5AGZ A;  2R5P A;  5P3B A;  5OYX A;  4OBZ B;  2ZJH A;  3ZKI A;  4WY6 A;  4X7I A;  3S7L A;  5P0W A;  3M9F A;  4AUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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