5P6QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 287
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6qA01
2AVOA 4LBTA 4ER4E 3URIA 5P6QA 3LITA 4RROA 2G20A 4OD9B 1BVGA 4TRYA 5I3VA 4LXMA 5P8SA 5OYRA 5P4DA 1DIFA 2Q54A 3VYDA 3JVYA 2QD8A 5KR8A 5OZSA 4DQFA 1MTBA 2VJ7A 4ACUA 1SMEA 3UFLA 1A30A 3OTYA 3HDKA 5P28A 5P39A 3B7VA 4FRKA 2OHKA 2ZYEA 2NR6A 5P6XA 5P3EA 5P6TA 2UXZA 2AZ9A 2NMZA 3O9HA 3R2FA 2P3BB 4EJDA 1IZEA 1MRXA 5P7CA 1XL5A 4LL3A 1KJ7A 4Q1WA 5DQ4A 3JVWA 3NUJA 2AOIA 1FQ8A 1WKRA 5P30A 4PZWA 2IEOA 2AVSA 2F80A 3O9BA 4QJ7A 5P0LA 5P1QA 2WF2A 2AOJA 1KJGA 4ZSPA 5P8JA 4DH6A 3IVIA 4NJTA 4B1EA 2QD6A 1D4HA 2ZJHA 4QJ6A 5P1GA 5P2NA 5P51A 5P3JA 6FIVA 2OHQA 4JP9A 2WEAA 3L59A 2P8HA 1HTGA 3INFA 5P42A 2QCIA 3SLZA 5P6UA 1IZIA 2AVVA 4I0FA 1SIVA 3R1GB 3MXDA 5P8PA 2OHMA 2G1OA 1LZQA 2I4WA 3GI4A 2ZHSA 3KN0A 5P1LA 1FMUA 1NH0A 5OZQA 4Y4XA 5P4MA 3L5FA 4Y58A 4EJ8A 5P56A 4TRWA 5P45A 4YD3A 4I0IA 1AJVA 5P77A 4DFGA 5P8EA 4ZE6A 3OGPA 2QI7A 1LF4A 2SAMA 5P5VA 1KJ4A 2WF1A 5OZRA 3VV6A 4Y3QA 2QU3A 3UDJA 3VLBA 4M8YA 5P5BA 3OXVA 4Y4ZA 5TOLA 5P20A 3OOZA 5P5YA 5KQYA 2B7ZA 3B80A 4YE3A 5OZIA 5P2HA 2ZHUA 3ZKNA 4M8XA 5P36A 2O40A 3DJKA 4I0ZA 5P64A 2V12C 2P3DA 3O9GA 3FKTA 3NU5A 2JYSA 3TPRA 4Y3YA 1YM4A 1HHPA 3CIBA 2O4LA 5OZBA 1PROA 3DOXA 4TVHA 2B42A 5HE5A 2QZWA 4ZLSA 3K5GA 4DJRA 3S2OA 4DPIA 4GB2A 5P2QA 4ACXA 4EYRA 4PEPA 2VIJA 2QD7A 3OXWA 3EL0A 3PBZA 1T3RA 3BHEA 3O9EA 2Q63A 1W5XA 1EEDP 4NJUA 4WTUA 2PSGA 1MT9A 4FS4A 5E5JA 1AIDA 2OHNA 2G24A 1HVRA 1NPAA 4YCKA 5P3LA 5P08A 3KFNA 3VSXA 2VKMA 5P4UA 2PH6A 4Q1NA 5P8TA 1EPOE 4Y5LA 3QS1A 5P5PA 3ER5E 4KB9A 4Y45A 1DP5A 3ECGA 4FM6A 5P1RA 5P3PA 5OZ8A 1A94A 3OXCA 2R5PA 5OYWA 5C9FA 4L6BA 5P3CA 3LINA 4FL8A 5P81A 2QHZA 2HS1A 5P5ZA 4F76A 4RLDA 2AOCA 4HEGA 1MSNA 5P49A 4U8WA 2QZKA 4IVTA 1MT7A 5P3ZA 5CLMA 4RVJA 5P0CA 4JPCA 2ZDZA 5P38A 4B1DA 1PPLE 2IS0A 3SABA 2V13A 4F73A 4MC2A 5AHBA 4DQGA 1E5OE 4EP2A 1HIVA 4I12A 5P70A 5BRYA 5P5DA 4BFBA 3BC4A 5P4SA 3TL9A 1IBQA 5P1YA 4WY1A 1FFFC 5P2LA 3K4VA 3I6OA 5OZTA 3D1XA 4R5NA 1PSNA 3BGBA 1YG9A 5P3XA 1APTE 5OZ5A 2OHLA 4Y5EA 2XFIA 4YBFA 1BXOA 1YX9A 1W5YA 3UQXA 4HDPA 4Y4WA 5C9DA 3U6AA 1EBYA 3RTMA 3L5EA 3KF0A 2ASIA 3OU1A 3FX5A 1HOSA 2V16C 1U8GA 3Q3TA 5P0VA 4JOOA 9HVPA 2RKFA 4A4QA 1EBKC 5P2EA 4RCFA 5P4AA 5P7BA 3RTHA 4OC6A 5HU0A 3HZCA 1JLDA 1MUIA 1OEXA 3N3IA 5P6MA 1HWRA 4PHVA 4J17A 2J9JA 3KYRA 2R3WA 4FSLA 1K1UA 1K2BA 4K8SA 4B72A 2PH8A 4MC1A 2QI4A 2CEMA 5ER1E 3PLDA 3TOFA 4B00A 3NWQA 3PSGA 1K2CA 4Q5MA 4FAFA 4FM8A 4FIVA 4XKXA 4X2LA 5P4BA 3EKTA 3VV7A 1IIQA 2HS2A 3LPIA 3MSKA 5OZ2A 5JFPA 5DGWA 4Y5AA 2Q55A 5OZZA 8HVPA 5P8FA 1ZTZA 4Y3LA 3LZYA 4CPSA 5P3TA 5BWYA 3OU4A 1FIVA 1LYWA 1LS5A 3HBOA 5P8GA 5P35A 3OAGA 7HVPA 2OHTA 4JECA 1YTGA 5P2SA 2PQZA 3VLAA 5P5NA 3BXSA 5P4LA 3SAAA 2BB9A 5P79A 1SGZA 3PMYA 5P6JA 5P5MA 3SA4A 1FMXA 5P89A 4R91A 1AM5A 3ZLQA 1OHRA 4LHHA 2R5QA 1SDTA 3GGUA 1PPKE 4A6BA 4DJQA 5P6CA 3OUAA 3DV5A 5T4SA 1B11A 3QN8A 2VJ9A 3I2LA 2FDEA 4YD6A 5P7JA 1SMRA 1DPJA 4J0ZA 5P6RA 1J71A 5AH6A 4GJ8A 3KDBA 5OZUA 3R4BA 4Y6MA 2OHPA 1HSHA 2I1AA 5P7AA 4Y48A 1UH8A 3JW2A 1BBSA 1NPVA 1SIPA 4RYGA 3ZKMA 2BPWA 5P1IA 3Q70A 5HCOA 4UPJA 3SM1A 3NLSA 4Y4GA 5P06A 2P3CA 3OTSA 1IZDA 4OBKA 2AVQA 3EL5A 5P2JA 2OF0A 3L3AA 4Y4TA 4Y3JA 1RPIA 4Y5NA 5P54A 4Y5PA 3LZSA 2P83A 5P1NA 1FQ7A 3NYGA 5P3SA 5P8NA 4EQ0A 1K6PA 3KA2A 5P4TA 5P68A 1YT9A 3VCMA 2APRA 1VIJA 2O4PA 2R9BA 1HTFA 2AZCA 5P2UA 3EKXA 4Y3WA 3PLLA 1HVHA 5P8MA 1SDUA 2F8GA 2V10C 3TOGA 4J54A 2G21A 4BELA 2G1NA 4YDFA 3SA3A 4J1EA 3SACA 3NDWA 5P27A 1LV1A 1WBMA 5DR3A 1ODXA 3UDPA 4DQBA 2FS4A 1EPNE 5P3KA 3OADA 2ZHTA 5OZGA 3UDMA 4Y38A 1QBSA 5IVQA 4RYCA 2QHCA 1SP5A 2ZJKA 4OBZB 4E43A 3HVGA 5DQCA 3LIQA 4OD9A 3NXEA 3OK9A 4YD4A 5P19A 5OZNA 5P4XA 4YOAA 3FNSA 4ER1E 1QRPE 3QI1A 5OZEA 2IENA 2Z4OA 2ZHRA 5IVTA 1T7JA 4RCDA 1TCXA 5P6WA 5P5HA 3ZOVA 2FXDA 1OD1A 1ODYA 3KFPA 3R0YA 3Q6YA 3FNTA 1W51A 1GVXA 2P3BA 5P0NA 3ZKSA 4Y43A 5DR1A 3URLA 4I1CA 2IQGA 3OGQA 1K6TA 4Y5BA 5P7WA 1BWBA 3TLHA 3N4LA 5P8HA 5P23A 2Q15A 2WKZA 4RCEA 1N49A 2HM1A 3H5BA 3VYEA 2I4DA 3PJ6A 3WB4A 1FLHA 3UHLA 5P7YA 2HAHA 3HAUA 5P4IA 5OZ1A 1T6GA 1HVLA 2NXLA 5P26A 1FG6C 2VS2A 2WECA 3UFNA 3SA9A 2F3KA 3NU3A 3KFSA 4I0JA 5P1AA 4Q1XA 1C70A 5P01A 1FMBA 3NDXA 1ER8E 4CPTA 3D3TA 1XDHA 1TW7A 5P0WA 4EXHA 2CENA 4EP3A 2QP8A 5OZYA 4J1KA 3CYWA 4Q1YA 1LYAB 5HDZA 3NR6A 3PM4A 1HVIA 4L7GA 2PK5A 1CPIA 3I7EA 3TNEA 3EM6A 2R8NA 5OZAA 4EJLA 3T3CA 1OEWA 4YA8A 5P0DA 4Y3SA 5P7LA 5HVPA 3M9FA 3RU1A 3FSMA 4CPUA 5P84A 1LF2A 5P7HA 3PEPA 1SGUA 4MC6A 3TOHA 4Y3ZA 1HPVA 2XFKA 1B6PA 5P32A 4H3IA 5P57A 5KR0A 3FV3A 1MEUA 4KE0A 5P4QA 5F00A 3SA5A 5P5AA 2NMYA 5DR4A 3NU9A 1UPJA 3PRSA 5P8OA 5P5JA 5P6EA 5OYVA 3HAWA 1TCWA 4CPQA 2QMGA 4FRJA 3VYFA 1MPPA 3PCZA 3VSWA 5P85A 5P09A 4PPHA 4EXGA 4EPJA 5ISJA 4QJ9A 4Y44A 5OYYA 4Y47A 4OBFA 5P24A 2G1SA 5KQXA 5P80A 5HDVA 5P1HA 4HDBA 1F34A 4QJ2A 2FMBA 5P66A 3QVIA 2ZJIA 5P40A 5P4FA 3CKTA 4GJ5A 1A9MA 5P2CA 3UPJA 5P1FA 5P4RA 4Y4UA 2B8VA 1GKTA 3APRE 1IVQA 3EBZA 5P0HA 5P7PA 5P0AA 1GVVA 3OUCA 4K4PA 2QNNA 5OZXA 5P3YA 5P05A 5OZ6A 4D85A 5DQ1A 5P0YA 1HBVA 3UTLA 5P2IA 5P5UA 4R92A 5P2MA 5P74A 5P6KA 1FKNA 5OYXA 5P2YA 5P5IA 2I4QA 1FG8C 5P3WA 5P5EA 3VG1A 4J1FA 5P83A 3DCRA 1Z1HA 2AOHA 3PMUA 2QI1A 4PZXA 2WF3A 3S7MA 1HPSA 1HPXA 3OWNA 1EBZA 3VF3A 2G1YA 3WZ8A 4DJPA 4Y3EA 2HPFA 4XX3A 1RV7A 4ZPGA 1HSGA 3DK1A 5KQFA 1A8KA 4FM7A 5P52A 3LZVA 3KFRA 5P6PA 5P2WA 5P6IA 4Y3XA 5P3BA 2RENA 5P34A 5P7UA 5P7MA 2IDWA 3LHGA 3K5DA 4Y4JA 4QGIA 1HXBA 5P12A 4Y3PA 5P6AA 3WZ7A 1WBKA 2FGVA 2ZHVA 1FFIC 5HTZA 4AZYA 5P3QA 2WF0A 5P0QA 3QVCA 2H6SA 1FGCC 3QRVA 5P4VA 5P7OA 2B60A 5P11A 3NU4A 4GJ7A 1BDRA 5OZCA 2HB3A 4J0PA 3K5CA 3S45A 1YTJA 1Q9PA 2G27A 3MWSA 5P8UA 4YCYA 1HTEA 3F9QA 1BV9A 1EPQE 1LYBB 4I0GA 3IXJA 1Z1RA 5B18A 4I0EA 5DGUA 5P0EA 5P1OA 2RKGA 1FB7A 3QPJA 4YDGA 3UDHA 4KUPA 4EWOA 1GNMA 5P33A 5P3AA 5P29A 3OUDB 1KJHA 3OQKA 2V0ZC 3DCKA 3A2OA 4ZPEA 2PK6A 5P7GA 3IVHA 1RL8A 3OY4A 5SXNA 3NUOA 3INHA 4Y3RA 3AIDA 1C6YA 5P67A 5P4EA 4H3JA 4RZ1A 5P8KA 5PEPA 5OZKA 3SFCA 2O4SA 3GI0A 3NXNA 1GVTA 1NPWA 4B1CA 4FRSA 4Y39A 4R93A 1EC0A 2WEBA 4CPXA 2O4NA 1ZPAA 2FIVA 1ODWA 5OZPA 2ZJLA 1MRWA 4GIDA 5DPZA 4L1AB 1HTRB 3D1ZA 3CKRA 2PSUA 5P04A 5P17A 5SZ9A 5P1DA 3KT2A 2ER7E 4XXSA 1TSUA 2QK5A 2FDDA 5OZOA 3I25A 2CEJA 5OZ0A 3KM4A 2VA5A 3PB5A 4Y41A 1MTRA 3GW5A 4K9HA 2WEZA 3IXOA 3LIVA 4CPWA 5P59A 4Y54A 3VF7A 4DJWA 1D4IA 1BXQA 4YD5A 4KE1A 4RRSA 1PSOE 3VV8A 4DQHA 5P65A 5P73A 3EKVA 4HVPA 5P0JA 5P2GA 5P72A 3D1YA 5P1SA 3PVKA 4B0QA 5P2AA 1D4KA 5P16A 4L7HA 2IKOA 1XN2A 5P1TA 4DPFA 2VNNA 4B78A 5SY3A 5P6ZA 3WZ6A 5P3NA 1QDMA 1HXWA 4J1IA 2QMFA 1D4JA 5P1XA 3T6IA 5I70A 2PMAA 3NU6A 3VUCA 3IXKA 3GGXA 3NDTA 1UH7A 4WY6A 2F81A 4LXKA 2FGUA 5P14A 5UPJA 5P2KA 4FCOA 3UDNA 1XS7D 1KJFA 2R3TA 1B6KA 5P4HA 2R38A 2HB2A 1HVCA 2H6TA 5OZ9A 2QU2A 5P4WA 4HA5A 5P1WA 4DJOA 4J1HA 4ZEAA 6UPJA 5P5OA 3OOTA 4LP9A 1SDVA 5OZLA 4OBZA 5P75A 4Y3HA 3L58A 3L5CA 4Y57A 3LPKA 1IDAA 5P76A 2WHHA 3EKYA 3PWMA 4Y4EA 2BPYA 2VIZA 3IGBA 5P7QA 4I0DA 5P0KA 3OXXA 5P2XA 5P6HA 5EZZA 1SH9A 4EJKA 2UPJA 1GVUA 3EL9A 3PGIA 5P53A 1ZAPA 5P7TA 3LIXA 4NPTA 5P4OA 4RRNA 5OZ7A 3PI0A 4R95A 1K1TA 4GJ9A 1B6JA 4J1CA 2QMPA 2NPHA 3OQFA 3VFAA 3HVPA 1UH9A 3S85A 3QRMA 2VIEA 1HVKA 3G6ZA 4CKUA 5P78A 2FNTA 3KDCA 3T11A 2P4JA 2AVMA 3EL4A 4APRE 4Y50A 1BWAA 4QLHA 3OQ7A 1C6ZA 4Y37A 1PSAA 5P5XA 3Q4BA 3EKPA 3MXEA 1MVPA 1FQ6A 2ZGAA 1EBWA 2Q11A 5AH7A 2G22A 4Y36A 4H3FA 1T7IA 2NNPA 5P2TA 4LXAA 5P6NA 3RSXA 2FDPA 2BPXA 3S56A 1W50A 3Q5HA 4Y3FA 4ZSMA 4D88A 3BRAA 3S8IA 1LYAA 5P3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AVO A;  4LBT A;  4ER4 E;  3URI A;  5P6Q A;  3LIT A;  4RRO A;  2G20 A;  4OD9 B;  1BVG A;  4TRY A;  5I3V A;  4LXM A;  5P8S A;  5OYR A;  5P4D A;  1DIF A;  2Q54 A;  3VYD A;  3JVY A;  2QD8 A;  5KR8 A;  5OZS A;  4DQF A;  1MTB A;  2VJ7 A;  4ACU A;  1SME A;  3UFL A;  1A30 A;  3OTY A;  3HDK A;  5P28 A;  5P39 A;  3B7V A;  4FRK A;  2OHK A;  2ZYE A;  2NR6 A;  5P6X A;  5P3E A;  5P6T A;  2UXZ A;  2AZ9 A;  2NMZ A;  3O9H A;  3R2F A;  2P3B B;  4EJD A;  1IZE A;  1MRX A;  5P7C A;  1XL5 A;  4LL3 A;  1KJ7 A;  4Q1W A;  5DQ4 A;  3JVW A;  3NUJ A;  2AOI A;  1FQ8 A;  1WKR A;  5P30 A;  4PZW A;  2IEO A;  2AVS A;  2F80 A;  3O9B A;  4QJ7 A;  5P0L A;  5P1Q A;  2WF2 A;  2AOJ A;  1KJG A;  4ZSP A;  5P8J A;  4DH6 A;  3IVI A;  4NJT A;  4B1E A;  2QD6 A;  1D4H A;  2ZJH A;  4QJ6 A;  5P1G A;  5P2N A;  5P51 A;  5P3J A;  6FIV A;  2OHQ A;  4JP9 A;  2WEA A;  3L59 A;  2P8H A;  1HTG A;  3INF A;  5P42 A;  2QCI A;  3SLZ A;  5P6U A;  1IZI A;  2AVV A;  4I0F A;  1SIV A;  3R1G B;  3MXD A;  5P8P A;  2OHM A;  2G1O A;  1LZQ A;  2I4W A;  3GI4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HEF E;  1ZLF A;  2HPE A;  5OZJ A;  5COO A;  4D89 A;  4A6C A;  5E5K A;  5P10 A;  5P71 A;  7UPJ A;  5P7D A;  2QZX A;  2Q64 A;  3RVI A;  4Z4X A;  5P6O A;  5P37 A;  1D4L A;  1ZPK A;  5P63 A;  5P8B A;  2Z54 A;  2PWC A;  3OU4 B;  1LYW B;  3U7S A;  4RVX A;  3OAG B;  5P0R A;  2OHS A;  4HZT A;  5JFU A;  5P4G A;  1CMS A;  1M0B A;  2AZ8 A;  5J25 A;  1B5F A;  4BFD A;  3WB5 A;  1AVF A;  2AID A;  1ZBG A;  1T6E X;  2I4U A;  5P0P A;  3PCW A;  5I3X A;  5ER2 E;  1W5W A;  5P0M A;  3LNK A;  3UQP A;  4RVI A;  3TPL A;  3PHV A;  2NXD A;  4J55 A;  4AA8 A;  2I4X A;  4F74 A;  5P00 A;  3T7Q A;  5P0T A;  1ME6 A;  4Y51 A;  5P3F A;  4GJB A;  4I0H A;  5P4Y A;  3QAA A;  1BAI A;  3O9I A;  5KR1 A;  5AHA A;  5P2O A;  5ISK A;  3SPK A;  5P8L A;  5P5L A;  5P2R A;  1PFZ A;  1MET A;  3IAW A;  3UDY A;  4I11 A;  2HIZ A;  3S43 B;  3ZPU A;  3BUF A;  3KMY A;  2B7F A;  3NSH A;  1BIM A;  4DJV A;  1B6L A;  3SKF A;  3APP A;  5P69 A;  3GI6 A;  4U7Q A;  2WF4 A;  3LZU A;  5OYT A;  5P62 A;  3HD8 A;  5P8A A;  5P58 A;  4B77 A;  2AOF A;  4ZIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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