5P6UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 291
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA01
4LHHA 3LHGA 2AQUA 5P8DA 3SA6A 4APEA 4XX4A 5P24A 2PWRA 4FSLA 5P4KA 4I0JA 5P27A 5P67A 1AVFA 1K2CA 4Q1XA 5P7UA 2P4JA 5P1TA 1GVWA 1TW7A 4Y3JA 5P3HA 5HDUA 3JW2A 3IN4A 1D4IA 3SQFA 2PSVA 2NXMA 1FQ6A 2V13A 4R92A 1EPNE 5OZIA 4ZEAA 5JFPA 1T7JA 5P6SA 3T7PA 1XL5A 2OHSA 3ZKXA 2IKUA 1EPLE 5P1HA 4EJKA 3S43B 4GJAA 5F00A 3ZPTA 5P8EA 3CICA 4L6BA 4HDFA 2O40A 5OZLA 5OYQA 3PMUA 5P5XA 5P0NA 4FRKA 4RCDA 5P33A 3TKWA 1HPSA 4DQCA 3G6ZA 2I4QA 3LNKA 1SGUA 5OZOA 2VJ9A 5AHCA 3VYEA 2AZ8A 4QGIA 1T7IA 1K1TA 3FNUA 1YX9A 5P22A 2NNKA 4AZYA 3VEUA 3NR6A 2A1EA 4U8WA 3SLZA 2AOGA 1GNNA 4YHQA 5P1JA 2AZ9A 5P66A 1EPRE 5P3PA 2QZLA 4NKKA 3HDKA 1TZSA 5HE7A 6UPJA 1SDVA 4HVPA 2PMAA 5P7HA 3S2OA 5SY2A 4HDPA 1LYBA 2WEBA 4ZIPA 5I70A 1E82E 4BFDA 2FNSA 3LPKA 1APWE 4NPUA 5P4FA 3QBHA 3OY4A 2G1YA 5P17A 3H5BA 3QRMA 5OZHA 2HB2A 1LF2A 1AIDA 4I11A 4QJ7A 5P0AA 1DIFA 5P71A 1AZ5A 5OYSA 2ER6E 3O9FA 5P2TA 5SXNA 3VG1A 5P83A 3KMYA 4FAEA 1AXAA 3ZKNA 3OAGA 3QRSA 3ZMGA 4EJDA 4DJVA 5P04A 4Y4AA 1ODWA 2WEAA 2FGUA 3Q6YA 3BVBA 1RQ9A 5OZQA 4I10A 3D91A 4J1HA 5P4BA 4GMIA 4NPTA 1XS7D 3D1ZA 5P5JA 3U7SA 4I0DA 4YD3A 5P25A 5P44A 3LIQA 4GB2A 3NU3A 4B00A 4EYRA 3QROA 3UCBA 1FQ4A 5KAOA 5P45A 3SKGA 1W6IA 1HSHA 1GVXA 4YD6A 5P7RA 5P8KA 3L5EA 4TRZA 3NU5A 5P6KA 3OXWA 3VFAA 3OU4A 4DFGA 3UQPA 2WF0A 4EJLA 5KR0A 4Y39A 4GIDA 1B6KA 2ER7E 3DV5A 5P54A 3GGVA 1A30A 5P6QA 5DR0A 2IDWA 3IXKA 2G22A 5P64A 5OZ5A 5DQCA 5HCTA 2B8VA 5HDVA 1VIKA 5P06A 1YM4A 4ZSPA 2BQVA 1YTJA 2Q55A 2OHRA 3FKTA 2QMFA 4Y5LA 3VV7A 2HS1A 3I25A 4HDBA 4OBHA 3PI5A 2VS2A 4J0TA 4Y44A 1HEGE 5P4XA 5OZCA 4YD5A 4HEGA 5P8CA 4GZFA 5P2BA 4Y3EA 2VJ7A 3D1XA 1EC1A 5P7MA 5P2UA 1AJVA 4Y5BA 3UDHA 3S8IA 2G20A 2V10C 3UF3A 5AH8A 4LP9A 5P4GA 5OZVA 3OADA 3KT5A 3OGQA 3TL9A 5P59A 1G2KA 4Y50A 1META 3L59A 4L1AB 1D4LA 3GGAA 3SO9A 4GJBA 3N4LA 4Y3WA 2J9JA 3NWXA 2NMYA 5P01A 3T7XA 4YDFA 3QRVA 5IE1A 5P7WA 4YD7A 4OD9A 1E80E 4L7HA 1EPQE 5DR1A 2VIZA 4A6BA 1LF4A 2FDPA 1K2BA 3LZYA 3S53A 2QHCA 5P5QA 3UTLA 3IXOA 5P4WA 4DPFA 2V0ZC 3S45A 5P4QA 2WHHA 4Y43A 5P7XA 2ZJJA 5OZNA 2FGVA 1MTRA 1M0BA 5P1MA 5P3QA 3NDWA 3LIYA 5P5SA 5P74A 5P3GA 3VLBA 4Y35A 4DJUA 1A9MA 1APTE 1K1UA 3LPIA 3PRSA 1LYBB 5OZUA 4XKXA 4B72A 2VIEA 5P7CA 5P52A 5OZ1A 5P2OA 1NSOA 5P4RA 5P3MA 3EC0A 3HW1A 3HAWA 5P65A 1BBSA 1YT9A 3EL1A 2B8LA 3L58A 1APUE 1XN2A 5P6TA 5P20A 2WKZA 5P8JA 3VF5A 2AOIA 4R91A 5P6NA 5P1QA 3UDQA 1HVKA 4Y4XA 3SA5A 2NPHA 3OU1A 2PH6A 2RMPA 3ZKIA 1ZPKA 2QZKA 1EEDP 4WY6A 1BXOA 3N3IA 3OXXA 1KJ7A 5AH7A 5P4SA 1FMUA 2WL0A 3H0BA 5P0VA 1ZP8A 3I7EA 4B70A 5P3WA 5P8QA 2OHLA 2I1AA 4ZPFA 2FIVA 2OHUA 4XXSA 1FLHA 4D89A 5BRYA 5P35A 1BDLA 3EKXA 2R5QA 2WF4A 4FCOA 4JPCA 5P4JA 4J0VA 4YCTA 3CKPA 1EPPE 1IZEA 3UFNA 5P6XA 1FQ8A 2PQZA 3PWWA 4H3FA 4Y57A 4B0QA 4Y3MA 4F73A 4JP9A 5P6HA 5P0WA 4R93A 4PZXA 1HBVA 5P5RA 4ZE6A 3KT2A 1DMPA 5P49A 5P0MA 3OHFA 3GI6A 3OU4B 4DI2A 5P1IA 5JODA 3PCWA 3ZKMA 2PSGA 3SAAA 4CPWA 2IKOA 5P0HA 3HAUA 2PYMA 5P4EA 5P68A 5P2XA 5P73A 5P38A 1HVHA 1N49A 5P1FA 4R5NA 5OZXA 2R9BA 2P3AA 3OQDA 1FQXA 4QJ2A 1RL8A 5P3SA 5P8BA 1MRWA 4R8YA 2QZXA 2IGXA 5P41A 4EWOA 4L7JA 5OZBA 1C70A 5DQ1A 5P1LA 4YE3A 3PBZA 2IQGA 3O9CA 5P3LA 5JFUA 4TVHA 4Y54A 3VV6A 2BBBA 4Y4BA 2Q11A 5HE4A 5OYRA 2B60A 5P50A 2PK5A 5P76A 5P60A 3NXEA 3APPA 3T7QA 4Y4ZA 3PCZA 5P7EA 2NR6A 5P05A 3OADB 3LIZA 1SMRA 2G94A 5CLMA 4CPQA 2PSUA 5P18A 5AH6A 5OZ4A 4Q1WA 3QBFA 3DK1A 3O9LA 4EPJA 4GJ8A 5P07A 5P4VA 5P84A 5F01A 5PEPA 5P2HA 5P3OA 3FNTA 5P61A 3ER5E 4Y53A 1C6YA 2VNNA 3PGIA 5P5OA 2A4FA 5P8PA 2WEZA 5P4CA 4Y38A 5P5ZA 4I8ZA 3TKGA 3WZ6A 5P1YA 4AMTA 5HE5A 1E5OE 3Q70A 4B78A 5P32A 5P4AA 1G6LA 3UQXA 4Y3GA 4JOOA 2BJUA 1TQFA 3ST5A 3ZPSA 5HVPA 4FSEA 4B05A 3A2OA 1LYAA 4HLAA 3EM6A 1HTEA 5P3KA 1EBZA 1FFIC 1BDRA 4FM6A 3SA9A 5P5NA 1K6PA 2I4VA 4M8YA 5P8LA 2VA7A 3DM6A 1DAZC 1MT9A 1U8GA 4APRE 4QJAA 1Q9PA 2FDEA 4CPRA 4YOAA 1FKNA 5P8TA 3TPLA 3R1GB 5P8RA 5P3JA 2BPYA 4GJ9A 3NUJA 3IVHA 3RTMA 4EJ8A 5HTZA 2NNPA 1SDUA 3G70A 2JE4A 3Q5HA 4A4QA 2PC0A 2R3TA 7UPJA 2V11C 3UDYA 5P85A 4DH6A 1YTHA 4L1AA 1NH0A 2WF1A 3OU1B 3IA9A 5KOQA 3SM1A 4J1IA 4RVIA 4NJTA 2H6SA 3R0YA 3KFRA 5P0ZA 1QBTA 4QJ8A 2O4SA 1KJHA 2B7ZA 5J25A 3O9BA 1HHPA 8HVPA 2JJJA 1HVIA 1BILA 5DGUA 3TPPA 3KN0A 3LZUA 4AA9A 4J1KA 5DQ4A 4J0ZA 5P31A 4Y3HA 3BGCA 5P72A 5P47A 3L5CA 3K5GA 4PPHA 3SABA 2I4XA 3QI1A 3SFCA 4FRIA 5P7AA 2VNMA 3L3AA 6FIVA 2OHNA 4Y3DA 4Y3YA 3PLLA 2MIPA 5P2VA 3NYGA 1E81E 3NU6A 3DV1A 1KJFA 3PSUA 4J5JA 2QMPA 2FLEA 4Y51A 1HTRB 4MC9A 5P5MA 3U71A 2OF0A 1GVUA 1YTGA 2B7FA 2QHYA 2O4KA 4ER1E 3JVYA 5P6UA 5P8UA 1LF3A 2I0DA 5OZ9A 5P8SA 3QIHA 4OBDA 4F74A 1D4KA 1D4YA 3CYWA 1B6MA 3OUDA 2APRA 2QD7A 3PSGA 3INFA 4ZPEA 4B1EA 5P5DA 1HVCA 1IZDA 3EKPA 5P36A 2ZHVA 3UDKA 4RGHA 1XN3A 2JJIA 4Z22A 1XE5A 2G69A 4Y45A 2NXLA 5P5LA 3OUCA 3ZOVA 4J54A 4Z4XA 2V00A 4CPSA 2ZHSA 2Z4OA 3I6OA 5UPJA 4DUSA 3TOGA 2F3KA 2ASIA 3K5CA 4KE1A 1EC0A 4Y5EA 3GI5A 1MPPA 3NDXA 5P5VA 1JLDA 4DJQA 5ISJA 1MT8A 4B1DA 1SP5A 1W5VA 5P0PA 3TPJA 3NXNA 4DJRA 2H6TA 1IDAA 5P1ZA 3T3CA 5AGZA 5P4LA 5P0QA 5P79A 4TRYA 5IVRA 1NPWA 2IEOA 3O9LB 4ZSQA 5ENKA 1NPVA 4FGXA 4GJ6A 4RRSA 3RTHA 3TOFA 1M4HA 4Y4EA 1D4HA 3HLOA 1HVLA 1IBQA 2VIYA 3K5FA 2RSPA 2IENA 5P37A 2ER0E 3O99A 3EL0A 2QU2A 2I4WA 5KR8A 1AAQA 3SPKA 3UHLA 5P5AA 2HAHA 5P4TA 5P48A 2IL2A 5P3BA 1ZAPA 2AOFA 3QN8A 1LYAB 5E5KA 5BS4A 3NWQA 2CEJA 5OZ3A 3T11A 3KA2A 1TCXA 4I0GA 1SMEA 5DR7A 1HPVA 5P5IA 1B6JA 4DQBA 4H3GA 2ER9E 5KQYA 3R4BA 5P3EA 5P0XA 5P00A 4YBIA 1B5FA 1SDTA 5P2LA 3EL4A 5P63A 3EM4A 4Y3XA 4Y3NA 2VA5A 4WTUA 5P4OA 4H3JA 5P51A 3GW5A 4J55A 3PVKA 1MEUA 1FQ7A 3TH9A 4COEA 5P12A 1ZTZA 4QLHA 1A8GA 4OBKA 2QI1A 5P6FA 4J0PA 5P3CA 2V12C 5OZAA 2O4PA 1K6VA 2FNTA 1MESA 2ZGAA 3OQ7A 3QPJA 1DP5A 4RCEA 3FIVA 2R3WA 5P75A 2RKFA 5OYVA 1ODXA 5P0CA 5BWYA 1ODYA 4LBTA 4EQJA 2FMBA 3D1YA 3OGPA 1FEJC 4Y5KA 3QVCA 5P7VA 3EKYA 2ZHTA 5P1EA 2QI3A 4LC7A 3PI0A 4HA5A 3LIXA 5P4DA 3OXVA 5P70A 3ZKSA 5OZ2A 3IAWA 4HZTA 5P6RA 3SA3A 3VSXA 3HBOA 3QS1A 5P7FA 3PLDA 2QAKA 1SH9A 5AHAA 5OZDA 5P08A 5P2DA 3UDJA 4YBFA 1D4JA 4JECA 5P88A 1GKTA 3R0WA 2UPJA 4K4PA 2QNPA 1RV7A 3NUOA 4I0IA 3FX5A 4RCFA 4Q5MA 3Q3TA 1YTIA 1EBKC 5P7KA 5OZ7A 1OEWA 2ZJNA 5P6WA 2F3EA 3AUPA 3O9DA 3L5DA 5P6PA 4CPUA 1FQ5A 3OUDB 3OUBA 2P8HA 2RKGA 1LV1A 2F81A 2Q15A 5P2SA 2P3CA 3OTYA 4FM8A 2I4DA 2P3BB 3UDMA 3BUGA 4FRSA 5P6ZA 3Q4BA 3GGUA 1BWBA 3APRE 3S85A 5P2ZA 4LXMA 5KQZA 2AODA 4H3IA 5P34A 3URLA 2FDDA 2OAHA 4OBJA 5P6IA 2AIDA 5P87A 5P3ZA 5B18A 4J17A 5P0GA 5P2KA 1MTBA 3PWRA 2CENA 4MC1A 1B6LA 1EBYA 2QI0A 3MSKA 4N00A 4EP2A 5P4PA 5P1VA 5P57A 3M9FA 2XFIA 5P0OA 5P1AA 1CZIE 4Y3RA 1HVJA 4AA8A 2UXZA 3QVIA 3OQFA 5P1UA 5T4SA 4NJSA 4ZLSA 4I0ZA 5IS4A 4KUPA 2IRZA 1HXBA 3I2LA 5OYUA 5P5BA 3SKFA 3RSVA 5P5WA 3ZL7A 2ZE1A 1C6ZA 2WF3A 2WF2A 3OTSA 4DQFA 3S56A 3VFBA 5P82A 4EXGA 5P6BA 3EBZA 3K1WA 2ZJIA 5P78A 4D88A 4J1EA 1UH8A 5OZTA 4EHCA 6APRE 5APRE 4Y5MA 4OBGA 1W6HA 4K8SA 4WY1A 5P3NA 1FG6C 5P86A 4Y3SA 4A6CA 1RNEA 3L38A 4Y5PA 1W50A 1B5FB 5P7JA 3WZ8A 3L5BA 3CIBA 4CPTA 1FB7A 2FS4A 3VV8A 3VF3A 3LZSA 3S54A 1GNMA 2O4NA 4EQ0A 1D4SA 3D3TA 3NDTA 5P2MA 1IIQA 3PM4A 2ZJHA 1PROA 1Z1RA 2FXDA 4B77A 4LXAA 5P58A 3VCMA 3KF0A 3OHHA 1LYWB 4LL3A 5P0JA 5P0SA 5P1SA 3RU1A 3TLHA 3SA7A 4D8CA 1CMSA 4YOBA 1T6GA 2IGYA 3ER3E 4I8WA 5KOSA 3EXOA 5HU1A 3S7MA 2ZYEA 3NLSA 3NDUA 2BKSA 5AH9A 3K4VA 5COKA 2CEMA 4PEPA 3FV3A 2HIZA 5DR4A 1A8KA 4FIVA 5KR2A 1FGCC 2ZDZA 4YA8A 4XX3A 3IN3A 1ZLFA 2F80A 4Y4JA 3TNEA 3VSWA 5P3UA 3KDCA 3OQKA 1FF0C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LHH A;  3LHG A;  2AQU A;  5P8D A;  3SA6 A;  4APE A;  4XX4 A;  5P24 A;  2PWR A;  4FSL A;  5P4K A;  4I0J A;  5P27 A;  5P67 A;  1AVF A;  1K2C A;  4Q1X A;  5P7U A;  2P4J A;  5P1T A;  1GVW A;  1TW7 A;  4Y3J A;  5P3H A;  5HDU A;  3JW2 A;  3IN4 A;  1D4I A;  3SQF A;  2PSV A;  2NXM A;  1FQ6 A;  2V13 A;  4R92 A;  1EPN E;  5OZI A;  4ZEA A;  5JFP A;  1T7J A;  5P6S A;  3T7P A;  1XL5 A;  2OHS A;  3ZKX A;  2IKU A;  1EPL E;  5P1H A;  4EJK A;  3S43 B;  4GJA A;  5F00 A;  3ZPT A;  5P8E A;  3CIC A;  4L6B A;  4HDF A;  2O40 A;  5OZL A;  5OYQ A;  3PMU A;  5P5X A;  5P0N A;  4FRK A;  4RCD A;  5P33 A;  3TKW A;  1HPS A;  4DQC A;  3G6Z A;  2I4Q A;  3LNK A;  1SGU A;  5OZO A;  2VJ9 A;  5AHC A;  3VYE A;  2AZ8 A;  4QGI A;  1T7I A;  1K1T A;  3FNU A;  1YX9 A;  5P22 A;  2NNK A;  4AZY A;  3VEU A;  3NR6 A;  2A1E A;  4U8W A;  3SLZ A;  2AOG A;  1GNN A;  4YHQ A;  5P1J A;  2AZ9 A;  5P66 A;  1EPR E;  5P3P A;  2QZL A;  4NKK A;  3HDK A;  1TZS A;  5HE7 A;  6UPJ A;  1SDV A;  4HVP A;  2PMA A;  5P7H A;  3S2O A;  5SY2 A;  4HDP A;  1LYB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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