5P6VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 292
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6vA01
5P74A 5P36A 3OU1B 2FXDA 5P1MA 5P72A 5P7LA 1BV9A 3OXWA 4M8XA 5P3CA 1W51A 2AOEA 4X2LA 2JE4A 3D3TA 6FIVA 5P62A 5P5ZA 3OTYA 2QP8A 1J71A 5BWYA 5APRE 5P0QA 5P47A 2XFJA 1ODXA 2AVQA 1EEDP 2B8VA 1MT9A 1HPOA 2NNPA 4I8WA 4FS4A 4EPJA 2P3BB 1ZAPA 1B6JA 3IAWA 5P5CA 4DJQA 4FM8A 3VV7A 3OUDB 5P01A 5P3GA 3RSXA 2ZJHA 1TCXA 1ZTZA 2Q3KA 3GW5A 3FNSA 1TQFA 5P4MA 5P6IA 2I0AA 2IGXA 4NJSA 3MXEA 5P1TA 5OZOA 1W5WA 5P32A 5P43A 1VIJA 2CENA 5P4GA 2IEOA 4GJ8A 4Z4XA 3RSVA 3TPPA 4YD6A 1A8KA 4J0ZA 1DPJA 3S7LA 1IVPA 3CICA 2VA5A 1MTBA 4YDGA 2BQVA 5OZ9A 5P8TA 5PEPA 3SQFA 3N4LA 4GJ9A 1ZSFA 4PHVA 5P08A 2G26A 2ANLA 1QBSA 3OHHA 3UDYA 1HIIA 2HS2A 3TTPA 5P7MA 1LYBB 5P1HA 3Q3TA 4R92A 3ECGA 5OZEA 3T3CA 2QCIA 5P3BA 2ZYEA 4DJRA 3D1YA 4HDBA 1W5XA 3OUAA 1NPVA 1YM2A 1GNNA 1HVLA 4F76A 3K5GA 4FE6A 3OXVA 5OYZA 1K6TA 5P71A 5P4NA 3APRE 5P42A 4H1EA 4CPXA 4Z50A 2PSUA 2PK6A 1AXAA 1LV1A 1HWRA 4DQFA 4DJUA 3R2FA 1UPJA 4J1KA 4OBFA 1FQ6A 2G1OA 1SGUA 1XE5A 3SA9A 5P2SA 5P7VA 1D4IA 1HPSA 3PGIA 5P68A 1N49A 5P6TA 5P8NA 5P27A 1K6CA 5P48A 2FDDA 1MESA 4HVPA 2AOCA 1EBWA 3G72A 2G21A 2VIZA 3BGBA 3HBOA 3NU9A 1IBQA 4K4QA 5P29A 2FIVA 3SA6A 4FAFA 5P5JA 5P34A 2QZLA 5P77A 3OGPA 3UDNA 2QI0A 3OAGB 3TOHA 1EPME 4GZFA 5P1LA 4CPTA 3L5EA 4GJAA 5P5RA 5P4SA 1MIQA 1TZSA 2OHNA 3I8WA 3UDQA 3KFSA 1BIMA 5DQ4A 5P8PA 5P0MA 3PVKA 5P4AA 3LPKA 1YTGA 2UPJA 4TRWA 5P1FA 3TKWA 5OZSA 1OD1A 1IZHA 3QVIA 5TOLA 5P0XA 2PWCA 2V10C 4BEKA 4EWOA 3IN4A 4WTUA 3RVIA 2B42A 1SIVA 5KQFA 3UQRA 1ME6A 3H5BA 4Z22A 5P2FA 1PPKE 3NSHA 5P8CA 4I0FA 1TSQA 2QD6A 4KUPA 5P56A 5P89A 1PFZA 5P6DA 4Y54A 4YOAA 1EPRE 5I3WA 4I12A 5P8QA 1APWE 2P8HA 5IVTA 1HPXA 4DJOA 2IDWA 4Y3JA 5COOA 2QMPA 2ZHVA 2WF4A 5P60A 5HDXA 3NUJA 4B00A 4MC6A 5KAOA 2IKUA 5P61A 4YHQA 4OBDA 1SIPA 1D4YA 2HAHA 2JYSA 5P07A 1WBKA 1KJ4A 3SA8A 5P6RA 3MSKA 4CPSA 5P0VA 5P40A 3KF0A 5OZHA 3NDXA 5P28A 3S43B 1EC2A 4OC6A 5P6VA 3LZYA 1A30A 5P33A 3D91A 3I6OA 1YG9A 2VIJA 4B72A 4Y3HA 1FLHA 3UQWA 3VFBA 2IKOA 1C6ZA 1FMUA 5P1WA 3ZPSA 4HEGA 4OBHA 2Q15A 2R3WA 3CKPA 2A1EA 4RRSA 2OHQA 4ER4E 3QP0A 4OD9A 5AHCA 2UY0A 1C6YA 5COPA 4H3GA 4I0GA 4I10A 4R8YA 2Q55A 4J0PA 3EKYA 4D83A 1QBUA 5OZ7A 3EKVA 1E5OE 3FSMA 5P5TA 1BDLA 2FGVA 5OYRA 4Y3NA 4Y38A 3SKGA 5P0LA 5P4EA 3OGQA 3VEUA 2Q63A 5P0CA 4GJCA 2V16C 3OY4A 1EC3A 1MVPA 4CPRA 5FIVA 4EHCA 1QRPE 2WF3A 1K6PA 2FLEA 4DPFA 5P0NA 1FMBA 3DM6A 4B77A 5B18A 5P58A 7HVPA 3NR6A 2CEMA 4APEA 4RLDA 5P86A 3DJKA 1WBMA 3PMUA 5P7KA 4D8CA 1G2KA 4TRYA 1GNOA 5P7XA 5OZ5A 4GJBA 1ODYA 3MSJA 2V12C 5OZAA 4R5NA 3MXDA 1SH9A 1XN3A 2VS2A 2QHCA 4RCDA 2J9KA 5P1QA 3IVIA 2QU3A 4K8SA 5KQYA 2FXEA 5HE5A 2QNQA 5OZLA 2VA7A 5P7BA 2QZXA 4A6BA 3I25A 5P7EA 1A9MA 2Q64A 2PYMA 5P88A 2JXRA 2QK5A 3PJ6A 5P5SA 1GVXA 1IZEA 3VYEA 3PLDA 4FM7A 1E81E 1GNMA 2R5PA 3C9XA 2AQUA 1M43A 1BXOA 1HVSA 3S54A 5P1BA 5P85A 1XDHA 4QGIA 4EP2A 2UXZA 3PI5A 5P4RA 2G24A 3EKQA 5P3ZA 5P3UA 5P5NA 3NXEA 4DJYA 2O4SA 4YCKA 4B1EA 5P5DA 3NU5A 4I8ZA 4OBJA 5P3VA 3OADA 5OZIA 1EPQE 2PSVA 2I1AA 4ZSQA 5KR2A 1FQ8A 4RCFA 4J1CA 4ER2E 2R9BA 5P22A 4ZLSA 3FX5A 3NDUA 5OYQA 1KJ7A 4DFGA 2FGUA 4L1AA 1GVTA 4AMTA 4Y5BA 2VIYA 4PZXA 5ENMA 3SA3A 2FMBA 1IZDA 3CMSA 3DCKA 4Y5MA 5P5OA 1FMXA 3SO9A 3O9AA 4ZSMA 5P2WA 3M9FA 4JP9A 2MIPA 4Y4BA 5I3VA 5IVQA 4DQCA 1BWBA 3EBZA 3MSLA 5OZWA 4Y4EA 4FRIA 4RVJA 2J9JB 5T4SA 5P69A 5OZUA 5P2JA 5P41A 1XE6A 2XYEA 4FLGA 4WY6A 2VNMA 2WEZA 3UF3A 3NU3A 5P3TA 5P8IA 5OZZA 5P2YA 1Z1HA 1FGCC 3L5CA 5P4WA 5SY3A 5P1KA 4ZPEA 5IVSA 3HVGA 3LIVA 2G1RA 5P7OA 3PRSA 2HB2A 4UPJA 3S2OA 1PPLE 5P3RA 4XXSA 1RL8A 5P6KA 5P7PA 5P4FA 1K2CA 4FIVA 4PPHA 3K5DA 3BHEA 5JFPA 1XL2A 5OZGA 4YCTA 5P4OA 2CEJA 3QI1A 4J54A 4DV9A 1LYAA 2OHRA 1D4KA 2G1SA 4J0TA 3Q6YA 4RYGA 2I4VA 1AVFA 4YD4A 5P1YA 4RROA 4Y4XA 4EP3A 5OYXA 2ZJMA 3LINA 3A2OA 1IZIA 1W5YA 2ER6E 2O4NA 3IXOA 3ZPUA 4DQGA 1RQ9A 1META 3IXKA 2AVSA 3L38A 1C70A 3OU4B 5P2XA 3HAUA 3NUOA 5P2LA 5OZCA 2BPZA 1W6HA 3TOGA 4X7IA 5KQXA 5P51A 5P6XA 1IDBA 1HIHA 4NJUA 3QRSA 4GIDA 3OUBA 5P3HA 2V13A 3OQAA 2OHTA 5P0EA 3Q4BA 2FS4A 3EL5A 5P6AA 3NLSA 5P4YA 3O9LA 1FKNA 5P5GA 4I0IA 1U8GA 5P02A 2Z4OA 5P3LA 5P7CA 4J0YA 1DP5A 4J1FA 1LYWB 5JODA 3IXJA 3T7QA 5P6ZA 1PSAA 4E43A 3OUCA 3GI6A 1ENTE 5P4HA 2SAMA 3ZPTA 5P7IA 1T7IA 5P1VA 4H3IA 4U7VA 3CYWA 4RCEA 3ZOVA 3KT2A 1YTIA 5P4VA 5P1CA 2R3TA 5DR3A 3SAAA 1C6XA 4RGHA 4KE0A 1EPOE 2NTRA 5P73A 4QLHA 4A4QA 5HTZA 4QJ6A 4I0DA 2WEAA 4GJ7A 3UHLA 3NWXA 1D4SA 4YDFA 4DJVA 3PB5A 4U7QA 3SM1A 1ZSRA 2Z54A 3UDJA 3SA5A 3O9IA 4ZPGA 3QS1A 4Y3TA 3UDMA 5P0SA 5P0HA 3K5CA 5P7TA 1E80E 2I4XA 4Y3DA 2WHHA 3VF3A 5OZ2A 5OZ6A 5HVPA 3UCBA 1HVHA 4J1HA 5P8AA 3L5DA 3UDKA 1GVUA 3OXXA 1YTHA 5OZVA 3KDBA 1FQ4A 5KOSA 1KZKA 3OHFA 5P5AA 4J1IA 5OZ3A 1MTRA 5P30A 5HDVA 5P82A 5ISJA 5E5KA 1MT8A 3KMYA 5P2VA 2HC0A 5P83A 3SLZA 5P53A 1RPIA 4Y3EA 3BXRA 5P24A 2NMZA 3WZ6A 1ODWA 4XX3A 5KR8A 3PM4A 3D20A 4YBFA 5P7JA 3OQDA 5P5XA 5P0JA 3PBDA 3VLAA 5P0RA 5P13A 3S53A 5P6SA 5AHBA 5P5EA 5P8VA 3O9FA 3KM4A 1T6GA 1SDVA 1B5FA 3DK1A 5HDZA 4Y4UA 2H6SA 5P10A 2QMFA 1AIDA 1FFFC 3QAAA 2NNKA 3BVAA 3URJA 5AH7A 3EL0A 5P4QA 4RRNA 5P3NA 4GJ6A 1QBRA 2PC0A 5P14A 3CYXA 3GGAA 5P8DA 1FF0C 1HSGA 1HPVA 2HPFA 5P8JA 1K1TA 1D4JA 5P38A 5P12A 5P7DA 5ER2E 2G27A 5F00A 1VIKA 4GMIA 5DR0A 5P4CA 4R91A 4Q1YA 2IQGA 1T6EX 4EYRA 2OHKA 4HZTA 5P5VA 4Y39A 4Y4TA 5P0DA 2I4DA 5DGWA 5P00A 5P17A 3LNKA 3VFAA 1CZIE 5P8EA 5P2NA 4Y4ZA 1AJXA 4AUCA 1EC0A 1T7KA 1UH9A 4OBZA 3SABA 2F3FA 5OZXA 4BFDA 3EM4A 5BS4A 9HVPA 2QAKA 3SPKA 4K4RA 4LBTA 3UQPA 4IVTA 2QMGA 4B05A 4Y3WA 2B8LA 3SFCA 2ER0E 3INFA 1APVE 4DJPA 2ER9E 3KFRA 2FDEA 4FRJA 4Y3ZA 1YM4A 5P3MA 4CKUA 3EC0A 5I3XA 3U71A 4EXHA 5DQ1A 2XFKA 4Y5LA 2AZBA 4PYVA 4B70A 2P4JA 3GGVA 3NDTA 5P2HA 4DI2A 3BXSA 3DUYA 1M4HA 1AJVA 5P2MA 4A6CA 4MC9A 3NWQA 3URLA 4Z2ZA 2AOIA 3KFPA 2ZJNA 1BVEA 2V00A 1G0VA 3G6ZA 1AAQA 3VCMA 1Z1RA 1HOSA 4I0EA 1FIVA 1ZPKA 5P19A 4ZE6A 2BJUA 1BVGA 5OZ1A 4RZ1A 1B6MA 3O9DA 2ZHRA 5P1IA 3JVYA 2A4FA 5P52A 1AM5A 5OZYA 3I7EA 4F74A 1ZJ7A 4PEPA 5P35A 3IA9A 5P3AA 5HU0A 4EQ0A 3L3AA 4I1CA 2VIEA 3OOTA 4JECA 3EKWA 2V11C 1GKTA 5P80A 4FRSA 1YT9A 1E82E 2PYNA 3ZLQA 2QI4A 4QJ2A 5HE4A 4FCOA 5KR1A 3B80A 3VSWA 2EWYA 5P3OA 3VG1A 1MUIA 2AOFA 3ZKSA 4AZYA 2V0ZC 3O9GA 4DJWA 5P3WA 3N3IA 3WSJA 3SKFA 2VA6A 2G1YA 2XYFA 4ZIPA 3S8IA 1HSIA 5P2GA 2AZCA 5P2IA 5P6FA 1HVIA 1BAIA 4QJ8A 5OZMA 1ZBGA 1PROA 1EC1A 1LEEA 1NPAA 1QDMA 2AIDA 4BELA 5P4KA 4Y5NA 4PZWA 3URIA 1DAZC 5OYSA 4D85A 4Y44A 1MEUA 5P6PA 4KB9A 6UPJA 3KDCA 4YBIA 5OZBA 5P5QA 4Y36A 4Y53A 3LIYA 5P6WA 3DCRA 1HSHA 2PH8A 3LPJA 5P5PA 5P1PA 5P5KA 5P0GA 3ZKQA 4B78A 3OOZA 4U8WA 5P4ZA 3SA7A 2HS1A 2R8NA 3BC4A 5HD0A 3VUCA 5OZPA 4R95A 2APRA 5EZXA 4Y3XA 5OZKA 2FDPA 3KFNA 2WECA 5KOQA 3OU1A 1QS8A 1M0BA 3VSXA 5P44A 2PQZA 3UFNA 4QJAA 5P3FA 5AH9A 5P7YA 1B6PA 5E5JA 5P55A 4DH6A 3PEPA 5JFUA 1RV7A 4HDFA 1HXWA 3H0BA 3L5BA 4COEA 1IDAA 4YOBA 1FQ7A 2P3AA 2JJJA 4GYEA 3UDRA 5IS4A 1MRWA 5AHAA 5P2OA 5P6BA 5CONA 5P11A 2OHMA 4OC6B 1FG8C 1FG6C 3K1WA 5P37A 1A8GA 5P45A 2P3BA 3NU4A 4Y57A 4ZPFA 3HAWA 3TNEA 3UDPA 3BGCA 4ER1E 5P1JA 2ZJKA 3OUDA 4Y4AA 2ZJIA 3GGXA 5I3YA 4Y5AA 1LS5A 3FIVA 3L59A 4NPUA 5ISKA 2IL2A 2AZ9A 3LHGA 4HA5A 4Y3FA 2QHYA 5P76A 3ZKMA 5HE7A 5EZZA 8HVPA 1LF2A 4OD9B 1EPLE 3IN3A 3QBHA 2WF0A 2F3KA 2ZHSA 1TSUA 4JPCA 5P0UA 3HLOA 2ZJLA 2BKTA 4Y4DA 5P0ZA 4Y3SA 5P7RA 5P0KA 5P09A 1HIVA 4B0QA 5P4IA 5AGZA 3CIDA 4RYCA 3GI0A 3OTSA 5P0FA 2HPEA 1KJGA 2I4UA 5DR8A 5KQZA 3LITA 5JG1A 5P0BA 1LYBA 2BBBA 3CKRA 3PHVA 1OEWA 5P3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P74 A;  5P36 A;  3OU1 B;  2FXD A;  5P1M A;  5P72 A;  5P7L A;  1BV9 A;  3OXW A;  4M8X A;  5P3C A;  1W51 A;  2AOE A;  4X2L A;  2JE4 A;  3D3T A;  6FIV A;  5P62 A;  5P5Z A;  3OTY A;  2QP8 A;  1J71 A;  5BWY A;  5APR E;  5P0Q A;  5P47 A;  2XFJ A;  1ODX A;  2AVQ A;  1EED P;  2B8V A;  1MT9 A;  1HPO A;  2NNP A;  4I8W A;  4FS4 A;  4EPJ A;  2P3B B;  1ZAP A;  1B6J A;  3IAW A;  5P5C A;  4DJQ A;  4FM8 A;  3VV7 A;  3OUD B;  5P01 A;  5P3G A;  3RSX A;  2ZJH A;  1TCX A;  1ZTZ A;  2Q3K A;  3GW5 A;  3FNS A;  1TQF A;  5P4M A;  5P6I A;  2I0A A;  2IGX A;  4NJS A;  3MXE A;  5P1T A;  5OZO A;  1W5W A;  5P32 A;  5P43 A;  1VIJ A;  2CEN A;  5P4G A;  2IEO A;  4GJ8 A;  4Z4X A;  3RSV A;  3TPP A;  4YD6 A;  1A8K A;  4J0Z A;  1DPJ A;  3S7L A;  1IVP A;  3CIC A;  2VA5 A;  1MTB A;  4YDG A;  2BQV A;  5OZ9 A;  5P8T A;  5PEP A;  3SQF A;  3N4L A;  4GJ9 A;  1ZSF A;  4PHV A;  5P08 A;  2G26 A;  2ANL A;  1QBS A;  3OHH A;  3UDY A;  1HII A;  2HS2 A;  3TTP A;  5P7M A;  1LYB B;  5P1H A;  3Q3T A;  4R92 A;  3ECG A;  5OZE A;  3T3C A;  2QCI A; 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 3EKQ A;  5P3Z A;  5P3U A;  5P5N A;  3NXE A;  4DJY A;  2O4S A;  4YCK A;  4B1E A;  5P5D A;  3NU5 A;  4I8Z A;  4OBJ A;  5P3V A;  3OAD A;  5OZI A;  1EPQ E;  2PSV A;  2I1A A;  4ZSQ A;  5KR2 A;  1FQ8 A;  4RCF A;  4J1C A;  4ER2 E;  2R9B A;  5P22 A;  4ZLS A;  3FX5 A;  3NDU A;  5OYQ A;  1KJ7 A;  4DFG A;  2FGU A;  4L1A A;  1GVT A;  4AMT A;  4Y5B A;  2VIY A;  4PZX A;  5ENM A;  3SA3 A;  2FMB A;  1IZD A;  3CMS A;  3DCK A;  4Y5M A;  5P5O A;  1FMX A;  3SO9 A;  3O9A A;  4ZSM A;  5P2W A;  3M9F A;  4JP9 A;  2MIP A;  4Y4B A;  5I3V A;  5IVQ A;  4DQC A;  1BWB A;  3EBZ A;  3MSL A;  5OZW A;  4Y4E A;  4FRI A;  4RVJ A;  2J9J B;  5T4S A;  5P69 A;  5OZU A;  5P2J A;  5P41 A;  1XE6 A;  2XYE A;  4FLG A;  4WY6 A;  2VNM A;  2WEZ A;  3UF3 A;  3NU3 A;  5P3T A;  5P8I A;  5OZZ A;  5P2Y A;  1Z1H A;  1FGC C;  3L5C A;  5P4W A;  5SY3 A;  5P1K A;  4ZPE A;  5IVS A;  3HVG A;  3LIV A;  2G1R A;  5P7O A;  3PRS A;  2HB2 A;  4UPJ A;  3S2O A;  1PPL E;  5P3R A;  4XXS A;  1RL8 A;  5P6K A;  5P7P A;  5P4F A;  1K2C A;  4FIV A;  4PPH A;  3K5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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