5P6WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 293
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6wA01
3CYXA 5P1BA 1TZSA 1HIIA 6UPJA 5P4PA 1LYBA 3ZKGA 4APEA 5P04A 3HAUA 2ZJKA 4R95A 4R93A 3LIYA 1YG9A 2FDDA 2QD7A 1K6PA 5P1WA 5P5TA 2J9JB 2AVSA 1RNEA 2CEJA 1YM4A 4OBKA 3SA7A 2BKTA 5HCOA 3RVIA 3K5GA 5P2AA 5P79A 5T4SA 4AZYA 3O9BA 3ZKQA 3BXRA 5P3KA 3PVKA 3QVIA 3NDTA 3FIVA 2R5PA 1PSNA 1JLDA 2HC0A 2V11C 5OYZA 3DCRA 1BILA 1E81E 4YCKA 5P34A 4LC7A 3TPPA 1FFIC 3EM3A 4CPWA 2ZJMA 3H0BA 5P6RA 2G21A 1MTRA 5OZKA 3WB5A 4Y3AA 1UH7A 5OZWA 5P7ZA 1SDTA 3NU4A 4TVGA 5P7QA 2FNTA 5P3EA 4Q1XA 5P0DA 5KOQA 5P1UA 4Y4WA 5JG1A 2QHYA 1IVPA 5P18A 5P56A 4Y51A 4HA5A 3EKXA 1GVXA 1FLHA 2IS0A 2NXMA 1GVTA 4RYCA 4DQGA 5P7TA 4I0IA 4EP2A 2JJIA 2Z4OA 2ZGAA 4FL8A 1VIJA 3K1WA 1FMUA 4QJAA 3ZPTA 2ZHVA 1HVSA 4DJQA 4YD7A 3BC4A 5P0ZA 4CPRA 4RRSA 2VA6A 3QS1A 3LINA 4DH6A 2OHQA 1FEJC 1SGZA 5P8DA 1G0VA 3OHFA 5P36A 5OYQA 4RLDA 3R2FA 1D4IA 2Q64A 4HDFA 4UPJA 3UPJA 3S85A 3IXKA 2VIZA 2BJUA 1GKTA 4DQFA 5SXNA 3K4VC 5P7GA 5DR1A 4Y56A 1HPOA 1APTE 2WF3A 3PI5A 1UH8A 4J1CA 4R92A 4Y3JA 2QHZA 4Y38A 5P6NA 1KZKA 1HOSA 4K4RA 4ZPFA 1MVPA 1ZTZA 3EKQA 4Y4TA 1XDHA 1OHRA 2WL0A 2I4WA 3NUOA 3KDDA 4Y5BA 5P2DA 5P66A 1LF4A 5P3WA 5P85A 5OZEA 5OZDA 5P47A 3T11A 2FDPA 3LITA 1MEUA 5P4RA 4Y3LA 1OD1A 3OQFA 4FM6A 3NUJA 1GNNA 3IN3A 1HVIA 3QN8A 3VFAA 1MRXA 3BVBA 4Y3EA 1IDBA 3OGPA 4CPTA 1EBKC 4I11A 5P2GA 2QNPA 2AZ8A 5P22A 3OUBA 5P29A 2AOFA 5P38A 5P3NA 2BB9A 1LYBB 4Y39A 5P40A 3ZLQA 3KFPA 4F75A 5P1JA 4B72A 5P3PA 5P41A 2QI0A 1D4JA 1DPJA 3S7LA 5P33A 5P5HA 4B70A 4M8YA 3L5CA 4DQBA 4EJKA 4BEKA 4F74A 5OZQA 1LEEA 3QBHA 3KFSA 5P8TA 3DV5A 3TOFA 5P01A 5OZRA 4I10A 1IZDA 2AOGA 5P0PA 3URIA 2ZYEA 3BXSA 5P6KA 2F3EA 1AVFA 3OUAA 3OTYA 3UDKA 1EPPE 4GJAA 5OZAA 4OBDA 4Z22A 5P23A 3EL1A 4Z2ZA 5OZ0A 4F76A 3OXVA 1HSHA 3OOZA 3TTPA 3U7SA 3CIBA 1AJVA 5P2IA 2O4KA 4J0PA 4Y44A 1FQXA 1XL5A 5P10A 1META 3T3CA 2HS2A 3EL4A 5P8FA 5P1RA 5P16A 1D4HA 5P2OA 4HVPA 2FGUA 5P86A 5ENKA 5C9BA 5P3HA 5OZXA 1ZP8A 4YOAA 4EYRA 5P8NA 5P5OA 1E80E 3OU1B 1HTGA 5P4VA 3KDCA 3JVWA 4Y4BA 4R5NA 5HU1A 3CKTA 5P5QA 3QRMA 5P1DA 4K8SA 4Y50A 3VLBA 5P0FA 4Y4JA 3K5FA 3ER3E 1U8GA 5IVSA 3S43B 3SAAA 5P1CA 5P7DA 3EBZA 4Y4UA 4Y3XA 3T6IA 3OGQA 5P4IA 4DQCA 3Q3TA 1PPKE 5P3TA 1DW6C 2WEDA 5P8HA 2V12C 5AHAA 1ZBGA 5P6LA 4Y3RA 5P1AA 1HTEA 3WZ6A 3VUCA 2PK5A 3VYFA 1EAGA 1SDUA 1DMPA 5OZ5A 1PPLE 8HVPA 3EKPA 3L5BA 5OZFA 3OQDA 1FGCC 1RV7A 5P0SA 4RCEA 1NPAA 5P19A 5P72A 5P30A 3QP0A 3UQRA 2R5QA 4XX3A 4MC6A 1QBSA 5OZOA 5P25A 4I0JA 4ZSQA 4IVTA 1BVGA 3D91A 1BWBA 5P7JA 3FSMA 1E5OE 2AOEA 2B8VA 5P0VA 2F81A 3EMYA 1EC0A 3S8IA 2HPFA 1EPLE 4Y5LA 1FKNA 3BRAA 2VJ6A 3QAAA 1G6LA 4BFDA 5OZZA 1EC2A 4FLGA 5ENMA 5P8KA 5KQXA 1FG8C 2WF1A 3APRE 5OZLA 3I7EA 3URJA 1FG6C 2AVQA 2VIYA 3T7XA 1ME6A 3SA9A 3OADA 5P11A 4LXMA 1T3RA 3SPKA 4B05A 4GB2A 5HDXA 2ER9E 4HDPA 2G1NA 1W5VA 4Y5MA 1FQ8A 1IZEA 2VJ9A 5P4QA 3TNEA 4QGIA 3KMYA 4MC1A 3LIVA 2NNKA 5P0AA 5P28A 3B80A 3DM6A 3PSUA 2WEBA 3EKVA 4Y57A 2I4DA 1C6XA 4TRWA 5P3SA 3VSXA 3UQXA 2Q5KA 4NPUA 2AZ9A 3DOXA 3FV3A 2VIEA 5P3YA 3KA2A 3KYRA 2IENA 5P32A 1EBYA 5P1ZA 3PMYA 1FQ7A 5I3WA 3KFNA 4TRZA 1HVHA 3QBFA 3GGAA 4HE9A 4CPSA 4DPIA 3SQFA 5P0BA 1BVEA 4FM7A 5COOA 1Z1RA 2HPEA 5KQFA 4IVSA 2MIPA 3TOGA 1IZIA 5P7FA 4D83A 5P7OA 4D8CA 4DJYA 2WF0A 4DFGA 2PK6A 3PWMA 4NJUA 9HVPA 1IDAA 5P2SA 5OZ8A 3QIHA 5P73A 2AOJA 5SZ9A 4L1AB 3TPJA 3NXEA 4ZSRA 5DQ1A 5P6FA 3K5DA 5KR8A 4RVIA 2P8HA 2QHCA 1BV9A 5BWYA 1HEGE 4I0DA 4K4QA 4FRIA 2SAMA 4GJ6A 3OWNA 1XN2A 3GGVA 5P0GA 3NLSA 4DJPA 5DQ4A 2VNNA 5DGUA 1HVKA 4DJWA 5P7BA 5P6PA 5HVPA 1LV1A 2R43A 2AOIA 3GI5A 1PFZA 2H6TA 1MSNA 5P35A 2RKGA 4I0GA 3SKGA 5P06A 5P6YA 5P5VA 5P3XA 1MIQA 1HXBA 4YOBA 4ACUA 2Z54A 5DGWA 3VYDA 3BUGA 2FXDA 1MT9A 5P50A 2VS2A 3UDRA 4DJOA 1HTFA 1ZPKA 4Q1YA 2G20A 3VF3A 5P1OA 2F80A 2G22A 2Q3KA 2R9BA 2JE4A 2XFKA 4QLHA 5P7KA 3UQWA 5P0HA 2UY0A 2QZWA 1A8GA 4I0EA 5IS4A 4Y5KA 5P0LA 3UDYA 1QBTA 1OEWA 4QJ7A 5P4BA 2ZHUA 1RL8A 2QD8A 4GJBA 3QPJA 5P2ZA 1A94A 5P1YA 7HVPA 5P6EA 1SP5A 3FNSA 2ZJIA 3OADB 4RCDA 3HAWA 5P51A 2OHSA 2ER6E 5P58A 1FQ5A 1W5XA 2HIZA 5I3VA 5P8BA 5IVTA 3KMXA 3FNUA 4Y53A 3K4VA 4Y5EA 4J1FA 4S1GA 2JYSA 5P74A 4GMIA 2V16C 3SA6A 5P24A 2P4JA 4ZSPA 1M43A 3M9FA 2WHHA 1YX9A 3PHVA 5P4NA 2NNPA 5HTZA 3DK1A 3OU1A 4A4QA 3OXXA 2O4NA 5JFUA 5P1PA 5P60A 5P2WA 4J17A 5P4LA 1ODYA 1WKRA 4EXGA 4K4PA 4EQJA 5COKA 3S43A 4R91A 3DV1A 3I8WA 5P5EA 2WF4A 5P2YA 1M0BA 2OHRA 5P8QA 4DQHA 1W50A 3LZYA 3AUPA 3KF0A 5P4YA 4Y5PA 2B42A 5P61A 4I0HA 4Y3QA 1QRPE 2OHKA 2CEMA 1EC3A 5P07A 5OZUA 6FIVA 4L7GA 2QI4A 2XYFA 4FE6A 5P2VA 3NR6A 1TCXA 5P5ZA 3G72A 2AZCA 5P8AA 4X2LA 4J1KA 4YCTA 3D1ZA 3TOHA 3OXWA 5ISJA 1TW7A 2AIDA 5P3JA 2WECA 4YDGA 5AH6A 4Y3MA 4LAPA 4B78A 4WY6A 5OZ4A 2QU2A 3R1GB 3LPKA 3MXDA 3SM2A 2RSPA 5P6CA 2O4SA 4PYVA 4GIDA 1HIVA 5P7YA 2G26A 1K6VA 5OZJA 4ER4E 1AM5A 5P5MA 1N49A 4PZWA 2I0DA 4Y37A 3PBZA 5P1TA 2ZJHA 4YBFA 5P83A 1B6MA 1TCWA 2BPVA 5P0IA 5P5GA 2IL2A 2QK5A 3SLZA 5P7EA 4Y5AA 5OZ9A 3S2OA 4EJDA 4YD4A 4BFBA 1B6JA 3RTMA 4Y3WA 5HDUA 4GJ9A 1OEXA 2B7FA 5P7NA 3N4LA 1D4KA 1SMEA 1FQ4A 5P2MA 3NXNA 5P7AA 2F3FA 3CIDA 1BV7A 3GI0A 5SY2A 1EPQE 4FRKA 1APWE 3INFA 5C9DA 1GNMA 2QCIA 4QJ8A 4Y4EA 3TPLA 3IGBA 2ZJNA 1BDRA 3SFCA 1SMRA 3FNTA 2IKUA 5BRYA 5P3LA 1QBUA 4DPFA 3VFBA 3VV6A 2Q11A 5P44A 2I4VA 4Y6MA 1SIVA 5P1EA 3Q6YA 5P5SA 4OBJA 2QMFA 3AIDA 3O9CA 3HDKA 2IEOA 1MRWA 1HVRA 5ISKA 3A2OA 4Y3PA 2OAHA 5P3DA 1MUIA 3PRSA 4RCFA 1EBZA 5OZ7A 2WKZA 5P0TA 4Y3YA 3HW1A 3DCKA 1YTJA 5P3IA 1EBWA 4WY1A 2AOHA 2Q55A 3RSVA 4EJLA 3OUDA 5P2UA 1QBRA 3Q5HA 3OTSA 4GYEA 1KJ4A 1B5FA 4H3FA 3SA4A 5P5FA 2V13A 1MSMA 3S54A 2QMPA 4Y45A 2PWRA 4J1IA 2XFJA 3LZVA 3UFNA 5OZHA 5IVQA 4L6BA 4L1AA 4QJ9A 3RTHA 1WBKA 3QRSA 1HPVA 5P4HA 2HS1A 3INDA 4J0YA 2FNSA 2R3TA 3L5DA 5P78A 3LNKA 3U71A 3IVIA 4Y3TA 4ZIPA 4U8WA 1W51A 1SH9A 3UDMA 2PH8A 5DQ5A 1BIMA 3FKTA 5P5UA 3BVAA 3IXJA 3LIQA 4HZTA 4J0VA 5APRE 2P3BA 2NPHA 5P8LA 2QZKA 4Y3ZA 3ER5E 2ZDZA 4OBGA 5P5DA 5P0WA 3SACA 5P0QA 3EL9A 5OZCA 5OYUA 1TSQA 3O9EA 5P5WA 3L3AA 5P1FA 1BDQA 1IBQA 4J1HA 5P3ZA 1IVQA 1FIVA 5P6ZA 5JODA 5P7LA 3O9FA 5P6IA 3I6OA 5P46A 1K2BA 2AODA 1FMXA 4J1EA 5P65A 3EKYA 3G6ZA 4YHQA 1PPME 1ZLFA 1BXOA 1BBSA 5P89A 4I0ZA 3IXOA 3T7QA 3OK9A 3ZOVA 3ZPSA 2Q63A 1ODXA 2QI1A 5P14A 5F01A 5P20A 1ER8E 4A6BA 1YTHA 3APPA 1NSOA 5COPA 5DQCA 1NPWA 2RKFA 3PLLA 3ECGA 3NWQA 2QMGA 3JW2A 5I70A 1AJXA 2PC0A 5OZ1A 3OQAA 3O9GA 1XE5A 1FB7A 3LZUA 3UDPA 3SO9A 1BAIA 4DVFA 2Q54A 1HPXA 1F7AA 1CMSA 2QNQA 3PSGA 5P2NA 3PCWA 5P39A 1HBVA 2FGVA 1ZPAA 5P5XA 3UCBA 4Z4XA 1ZAPA 1XS7D 4CPXA 5P7VA 4JPEA 3UHLA 1EPNE 3TPRA 1IZHA 5E5JA 2HB3A 1T7JA 3BUFA 5ER2E 5OZPA 5P6BA 3ZKXA 4J5JA 5DR8A 4D89A 5P26A 5P8VA 5P81A 1EPOE 3VV8A 5P0EA 5DQ2A 4CP7A 2WF2A 5P52A 3R4BA 3CICA 1RQ9A 3Q70A 5P4XA 5P4DA 5P42A 4TVHA 4Y3NA 3GGXA 4J54A 5P7PA 5CONA 1ENTE 4ZSMA 4CPQA 3O9AA 3LHGA 1QS8A 4KE1A 1W5WA 5KR2A 5P59A 1FF0C 4R8YA 3G70A 5HDVA 5P0MA 5OZNA 3SA8A 5I3YA 3NU3A 4LL3A 3S7MA 5P7RA 1HIHA 1K6TA 5KQZA 1EEDP 1APVE 3OUDB 4LBTA 2QAKA 3PLDA 4OC6A 2XFIA 3TKWA 1J71A 1B5FB 2O4PA 3O99A 1GNOA 5J25A 2AVMA 4I8ZA 3ZPUA 4DI2A 2VKMA 2BPYA 3UDHA 4FM8A 5KR1A 3KDBA 4OBZB 3HVGA 5AH7A 4RYGA 5P2HA 3UFLA 2G1OA 2ZE1A 5P4ZA 5P3UA 2PMAA 5P0NA 4AA8A 1UPJA 1LZQA 1PROA 3VF5A 2BKSA 5P0XA 1BWAA 1W6HA 4LP9A 2QI7A 3B7VA 3OU4B 2UPJA 3CKRA 4OBHA 2R3WA 3EL0A 4PPHA 4H3IA 2P3BB 1FQ6A 1BDLA 2IKOA 2HB2A 3TL9A 1MT7A 5E5KA 5P5KA 5P54A 5P2LA 5IVRA 4NPTA 5P68A 5FIVA 3TLHA 1KJ7A 4APRE 4ER2E 3QI1A 5P6OA 1A9MA 2ZJLA 5P84A 4JOOA 3N3IA 5P17A 5P0YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CYX A;  5P1B A;  1TZS A;  1HII A;  6UPJ A;  5P4P A;  1LYB A;  3ZKG A;  4APE A;  5P04 A;  3HAU A;  2ZJK A;  4R95 A;  4R93 A;  3LIY A;  1YG9 A;  2FDD A;  2QD7 A;  1K6P A;  5P1W A;  5P5T A;  2J9J B;  2AVS A;  1RNE A;  2CEJ A;  1YM4 A;  4OBK A;  3SA7 A;  2BKT A;  5HCO A;  3RVI A;  3K5G A;  5P2A A;  5P79 A;  5T4S A;  4AZY A;  3O9B A;  3ZKQ A;  3BXR A;  5P3K A;  3PVK A;  3QVI A;  3NDT A;  3FIV A;  2R5P A;  1PSN A;  1JLD A;  2HC0 A;  2V11 C;  5OYZ A;  3DCR A;  1BIL A;  1E81 E;  4YCK A;  5P34 A;  4LC7 A;  3TPP A;  1FFI C;  3EM3 A;  4CPW A;  2ZJM A;  3H0B A;  5P6R A;  2G21 A;  1MTR A;  5OZK A;  3WB5 A;  4Y3A A;  1UH7 A;  5OZW A;  5P7Z A;  1SDT A;  3NU4 A;  4TVG A;  5P7Q A;  2FNT A;  5P3E A;  4Q1X A;  5P0D A;  5KOQ A;  5P1U A;  4Y4W A;  5JG1 A;  2QHY A;  1IVP A;  5P18 A;  5P56 A;  4Y51 A;  4HA5 A;  3EKX A;  1GVX A;  1FLH A;  2IS0 A;  2NXM A;  1GVT A;  4RYC A;  4DQG A;  5P7T A;  4I0I A;  4EP2 A;  2JJI A;  2Z4O A;  2ZGA A;  4FL8 A;  1VIJ A;  3K1W A;  1FMU A;  4QJA A;  3ZPT A;  2ZHV A;  1HVS A;  4DJQ A;  4YD7 A;  3BC4 A;  5P0Z A;  4CPR A;  4RRS A;  2VA6 A;  3QS1 A;  3LIN A;  4DH6 A;  2OHQ A;  1FEJ C;  1SGZ A;  5P8D A;  1G0V A;  3OHF A;  5P36 A;  5OYQ A;  4RLD A;  3R2F A;  1D4I A;  2Q64 A;  4HDF A;  4UPJ A;  3UPJ A;  3S85 A;  3IXK A;  2VIZ A;  2BJU A;  1GKT A;  4DQF A;  5SXN A;  3K4V C;  5P7G A;  5DR1 A;  4Y56 A;  1HPO A;  1APT E;  2WF3 A;  3PI5 A;  1UH8 A;  4J1C A;  4R92 A;  4Y3J A;  2QHZ A;  4Y38 A;  5P6N A;  1KZK A;  1HOS A;  4K4R A;  4ZPF A;  1MVP A;  1ZTZ A;  3EKQ A;  4Y4T A;  1XDH A;  1OHR A;  2WL0 A;  2I4W A;  3NUO A;  3KDD A;  4Y5B A;  5P2D A;  5P66 A;  1LF4 A;  5P3W A;  5P85 A;  5OZE A;  5OZD A;  5P47 A;  3T11 A;  2FDP A;  3LIT A;  1MEU A;  5P4R A;  4Y3L A;  1OD1 A;  3OQF A;  4FM6 A;  3NUJ A;  1GNN A;  3IN3 A;  1HVI A;  3QN8 A;  3VFA A;  1MRX A;  3BVB A;  4Y3E A;  1IDB A;  3OGP A;  4CPT A;  1EBK C;  4I11 A;  5P2G A;  2QNP A;  2AZ8 A;  5P22 A;  3OUB A;  5P29 A;  2AOF A;  5P38 A;  5P3N A;  2BB9 A;  1LYB B;  4Y39 A;  5P40 A;  3ZLQ A;  3KFP A;  4F75 A;  5P1J A;  4B72 A;  5P3P A;  5P41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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