5P6XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 294
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6xA01
3NDTA 5P6TA 4FE6A 5P5ZA 1GNOA 2QI7A 2ER9E 3ZKNA 4ACUA 4MC2A 4Z4XA 2B7ZA 5OZSA 2AOFA 3UQWA 4DQEA 5OZUA 3UPJA 2WJOA 3OUAA 5F01A 3KM4A 5DGWA 4Y4AA 2EWYA 1KJ4A 5ENKA 2WKZA 1AAQA 3D20A 2ZJHA 1BWBA 4OD9A 2ZHTA 4MC6A 5P06A 3L5BA 2XFIA 4Y48A 1JLDA 4FRSA 4EQ0A 2HB3A 5P4HA 2WEZA 1KJFA 5P05A 5JODA 2AOHA 2VIEA 5P62A 5P8HA 1WBKA 5HDXA 1PPKE 1MSNA 2F80A 5P46A 2HC0A 3SLZA 1EBYA 5P5BA 1QRPE 4Y5GA 1B5FA 3NXEA 2I4UA 5OZ1A 3VLAA 5OYZA 4J1IA 3TPRA 2XFKA 1YTGA 4B1CA 2NMYA 2VNMA 3FNSA 5P22A 3PI5A 1FKNA 3O9AA 3UQRA 1D4HA 5P4ZA 1EPNE 5P73A 5OZ4A 5P85A 5EZXA 4AMTA 4YOAA 3PSGA 5P5WA 1SIPA 4I11A 8HVPA 1BIMA 3SA4A 4R92A 5P32A 4RCDA 5P11A 3MSJA 4COEA 3LIYA 2AVMA 3FKTA 5OYYA 3KT5A 4YA8A 5P57A 4H3FA 4DJQA 1FG6C 4L7GA 5P2GA 5P2XA 1W5YA 3C9XA 5P48A 2Q64A 3DK1A 5P4EA 4BFBA 5BWYA 5P5QA 5AH6A 2Z54A 2Z4OA 4GJAA 1RNEA 1RPIA 4DJOA 5P2MA 5P58A 1MSMA 1UPJA 5P14A 3ZLQA 2G24A 4Y44A 5OZ6A 2P4JA 5P4RA 1YM4A 3L59A 5T4SA 2V16C 1C6ZA 2VJ9A 4QJAA 4Q1WA 5P3BA 2FIVA 3BRAA 3TPPA 1BV9A 1DIFA 1M43A 5P7HA 1IVPA 5AH9A 3O99A 3IVHA 5AHCA 2MIPA 4NJUA 4PHVA 5P7NA 4Y3YA 1GKTA 2CENA 2WHHA 2AOIA 5OZZA 2JJIA 3LITA 5P6SA 5OZRA 1QS8A 2QK5A 1D4JA 5P6NA 4FM7A 4OBZB 3SM2A 5P88A 3AUPA 4XX4A 1KJ7A 2OHRA 5HE7A 2Q3KA 2PH6A 2QU3A 2NNKA 5P4PA 3IXKA 3G6ZA 3MSLA 1M4HA 4B1DA 5P1EA 4F74A 4HDPA 3APRE 5KQZA 2WECA 5P6DA 2QMPA 4X7IA 5P2TA 5JFUA 4NJTA 4EJDA 2IENA 4ZEAA 5P09A 2ZJIA 3NR6A 5I3XA 1TSUA 3PBZA 1XS7D 4F76A 1ME6A 4A4QA 3TKWA 1E82E 2AZBA 5DQ2A 5AH8A 5OYRA 5P2ZA 3PJ6A 5KAOA 4GJ6A 5P0WA 4CPXA 4ZPFA 3R0YA 5SY2A 3GGUA 5P7GA 2XYEA 4GJCA 5P6ZA 3OTSA 2AZ8A 4J1KA 1NPWA 5P6HA 4OBGA 5P31A 3K5DA 3CMSA 4Z22A 5P23A 3OAGA 4AA8A 5P7OA 3Q5HA 4R8YA 4WY6A 2I1AA 2AVOA 5P0RA 3VF5A 3SA3A 3NU9A 3ZPSA 4R5NA 1W5WA 3NU5A 3UF3A 5OZGA 1K2BA 1TSQA 4K9HA 2F81A 2P3CA 5P0CA 3QRSA 2F3FA 4Y3SA 4Y3AA 5P20A 1FLHA 5COKA 3TOHA 3DCRA 1F34A 3VFAA 1IBQA 4J0PA 1FMUA 3KDBA 3T6IA 1UH8A 1K6CA 5P6VA 1IZDA 2PQZA 1J71A 2NXLA 2FNSA 5P4NA 3FSMA 4APRE 1E5OE 3U7SA 5OZ7A 5P8KA 5P6JA 2VIYA 5P5UA 3UQUA 2O4KA 4DFGA 4Y3WA 2FLEA 3GGAA 3INHA 5P0VA 1YM2A 4GJDA 1MT7A 2ZHVA 5P4FA 1HEFE 1XN3A 2V12C 4JECA 3DV1A 4QJ9A 1DW6C 5I3YA 4GYEA 2P83A 2R5QA 5P86A 4I0EA 4EJLA 1QBUA 4Y3TA 3GI4A 5P1WA 1HVRA 1QBRA 3HVPA 3HW1A 4Y3JA 4YD4A 1HOSA 1ZBGA 4I1CA 5DR8A 4AUCA 5P1UA 1EPRE 3PCZA 3NSHA 5P18A 2ZHSA 4Y3DA 4Y38A 5AGZA 5P7QA 4Q1XA 5P7CA 4DPFA 1FQ6A 3KFNA 4LBTA 5HE5A 4DJYA 5P5GA 2QU2A 1APWE 2OF0A 5P1SA 3JVWA 3Q3TA 5OZ8A 4K4QA 5P0LA 1MIQA 5P7WA 3KFRA 3T7PA 3OXWA 5P0XA 3WB5A 3JVYA 2PK6A 4DQHA 2QI4A 5P77A 2WL0A 5P2IA 2WEBA 5HCOA 3ZPTA 4I0IA 3PWMA 3LPIA 5P5KA 4J1HA 5P1BA 4LHHA 5P7UA 3EL0A 2H6SA 4CPSA 5P8FA 5IVQA 4DJWA 1QDMA 3ZKIA 4I12A 3NWXA 5P2EA 4YDGA 5P3MA 2WF1A 4Y43A 3O9DA 2V00A 2RMPA 5SZ9A 1E81E 1ODYA 5OZVA 2I4WA 3OU4A 3D3TA 1APUE 3L5DA 5JG1A 4OBFA 1FMXA 5P0IA 1W5VA 1BVGA 5KQXA 2BPWA 4Y5EA 4Y5NA 1IZEA 1IIQA 3VYFA 4Y4DA 2XYFA 5AHAA 2G94A 1HVHA 2FXDA 4GJ8A 4I0HA 1HSGA 4FCOA 3U6AA 1HTEA 1LYAA 4RYCA 3HBOA 3AIDA 1BDRA 4H3JA 3KA2A 5P1PA 5P71A 4KE0A 5P65A 5P5VA 5P6KA 1LV1A 2VNNA 5P4MA 1KJGA 2OHQA 2QMDA 4Y4GA 4Y5BA 5P68A 2O40A 1BDQA 1HPXA 2NTRA 3VF3A 2IGXA 5P3TA 4HE9A 4RLDA 4ZE6A 2AOJA 1W50A 5P6CA 4FSEA 1LYAB 1MESA 1GVVA 5OYXA 3H5BA 2BPZA 1Z1RA 2OHSA 3PWRA 4QJ8A 3RTMA 2QI3A 2HB4A 3A2OA 3OU3A 1OEWA 4I0ZA 1YTIA 2HPFA 2HPEA 5P8DA 5P5TA 5P25A 5P74A 1MPPA 5FIVA 2FMBA 2QNPA 4OC6A 2O4SA 5IVRA 1K2CA 3BGCA 1E80E 1QBTA 5P27A 4MC9A 1HVCA 4B0QA 3NUJA 1MTRA 5C9FA 5P2YA 3SA5A 5P4YA 1EC1A 1PSAA 3UHLA 3OUCA 1XE6A 2OHMA 5P3YA 2AODA 3S7MA 5IVSA 3VSWA 2R8NA 5DR7A 5P44A 2RKFA 4CPWA 4GJ5A 5CLMA 1ZSFA 3IVIA 2R43A 1LF4A 3D1ZA 2IS0A 4J17A 3UDQA 2AVSA 4BFDA 5P7KA 4WY1A 1AZ5A 1LF2A 2FS4A 4U7QA 3ER3E 2V10C 3L5EA 4EPJA 4Y3ZA 5DQCA 5P1JA 5P3WA 4FSLA 3S7LA 1NPAA 2G21A 3CIDA 2QZLA 5OZ5A 5P1QA 1T7IA 3KMYA 1W6IA 4ZSRA 1EC0A 4CKUA 1HXBA 3QRVA 3PMUA 3NU6A 5P75A 1D4IA 5P2AA 4PYVA 1G0VA 1DAZC 5P8UA 3UFLA 1G6LA 4Y53A 5P39A 5P8LA 4AA9A 2O4LA 5P40A 4Y3EA 4DUSA 3SO9A 1ZSRA 4Y3GA 4JPEA 4Y4XA 3HAUA 3APPA 2WF3A 3UDKA 3FNUA 4I0GA 4Z50A 2IEOA 4YD5A 3PVKA 5C9BA 3ST5A 5TOLA 1GNNA 4WTUA 3T11A 3BUFA 3OQAA 2WF4A 3VYEA 4D89A 3EL5A 5OZPA 1AM5A 2R3TA 5P5IA 4EHCA 1SGZA 5OZKA 2F3KA 5P3HA 1HPOA 5P47A 4Y5CA 4B72A 3OOZA 1GVWA 5P3NA 4A6CA 5P1KA 4Y4JA 5OYUA 1HIVA 5P7TA 5IVTA 1BXOA 5P67A 4K4RA 5P3XA 1PSOE 5HU0A 2P3DA 4J5JA 2APRA 5P61A 5P5NA 5P3RA 3O9IA 4LXAA 3JW2A 3URIA 4APEA 4Y45A 4QJ6A 1XE5A 4H3IA 3LZVA 5P0BA 4Q5MA 3HZCA 1K6VA 2I4XA 1XDHA 1GVTA 4K8SA 5P2WA 1EPOE 2G1YA 5AH7A 5P17A 2HIZA 1U8GA 4TRWA 4D83A 5P0KA 3QIHA 1EBZA 1LYWB 4R91A 3GW5A 4ZSPA 2AQUA 2ANLA 5DQ1A 2RENA 1NPVA 5P24A 3R0WA 3R2FA 3PCWA 3LZSA 2NXDA 5P1NA 5P6EA 1B6PA 3OGQA 3UQXA 5P56A 3EXOA 4HDBA 1ZJ7A 4OBZA 5B18A 4Y39A 3FX5A 1BAIA 2QCIA 1DPJA 5OZLA 5P3QA 5P72A 5P8VA 4ER2E 3QS1A 1AJXA 3EKWA 5P0GA 1T7JA 4OBJA 3CYXA 4Y4BA 5P01A 2BPVA 3BHEA 3NUOA 4Y5AA 3PHVA 5P4WA 2ZJLA 5P5YA 4NPUA 1EPPE 3UDRA 4Y56A 5P6BA 4Y50A 5P8EA 1HRNA 3VLBA 3LNKA 1BBSA 5P5FA 1HVIA 1SH9A 1LYBB 3PM4A 3EKTA 3Q4BA 3NU4A 2BPXA 4IVTA 5P3EA 3TOGA 3KFPA 4FM8A 3DCKA 2QHZA 1T7KA 1EBKC 1WBMA 2Q5KA 4I0DA 5P0AA 3UDJA 2O4NA 2QZWA 3IXJA 4H1EA 4B1EA 5P5HA 2JE4A 3MXDA 1HBVA 4RZ1A 2V11C 4EXGA 4AZYA 5DQ4A 4ACXA 5P0YA 1ZAPA 1GVUA 4H3GA 1HSIA 3O9HA 5P55A 1HWRA 5P0PA 2OHTA 5P8MA 3ZKMA 3GGVA 2WF2A 4PPHA 5P43A 3SM1A 3RTNA 3KDCA 4Y54A 2FDEA 2JJJA 4GJ7A 2H6TA 3TH9A 1ER8E 2R5PA 1FFIC 3CYWA 4TRYA 2G20A 4D88A 5BS4A 2Q11A 3ZKGA 5P1HA 1OEXA 4ER4E 1BVEA 4DQBA 1IDAA 3ECGA 3KN0A 1SMRA 5P70A 3NDUA 2B8VA 4HVPA 3ZKXA 1YX9A 4LAPA 1ENTE 4GJ9A 2ZE1A 4LC7A 5KR1A 2QI5A 1AIDA 2QD6A 2AOGA 4DQCA 1HVSA 1EC2A 2G69A 2O4PA 5P60A 5P4GA 2PWCA 2NR6A 1T3RA 3OK9A 3IXOA 3LZUA 3SA8A 5IS4A 1C6YA 3I25A 5P1RA 5P3CA 1SBGA 1PROA 2SAMA 4YD7A 2BBBA 3G72A 2G27A 3LZYA 5P4VA 3DUYA 2ZJJA 4BEKA 3N4LA 2WEDA 3SACA 5P10A 2BJUA 3I2LA 2VA6A 5OZ9A 3IN4A 5P1LA 2BB9A 5DR1A 4J1CA 4R95A 1HPSA 2HS2A 1D4SA 4J0VA 5P49A 3T7QA 3TPJA 1A94A 3HD8A 5P8CA 3K4VA 4Y5KA 4F73A 5P8BA 5P4DA 3F9QA 5DR3A 3BXSA 4JPCA 1ODWA 1SGUA 5P8PA 1YT9A 5P45A 5P3FA 3WZ7A 5I70A 3H0BA 3O9GA 3OQFA 4EWOA 3KYRA 1ZPAA 4LXKA 5P1AA 4CPTA 2VIZA 3TLHA 5P15A 3UDMA 2J9KA 5P8TA 5OZIA 1HHPA 5P41A 4B70A 5P26A 1YTHA 4D85A 1GVXA 5P42A 4J0YA 2QMGA 5P34A 3EKYA 1APVE 2ZJNA 2OHPA 1QBSA 4TVGA 5P50A 5P0JA 3PLDA 5P7DA 4YD6A 5P2SA 3CICA 2VS2A 3GI0A 4HZTA 1RL8A 2AZ9A 1SMEA 4QJ7A 5P0QA 5P5RA 3SQFA 4J54A 5P8SA 5P2QA 5P1GA 1PPLE 4J1EA 3URLA 3PBDA 3QN8A 6FIVA 5ISKA 4R93A 2G1RA 5ER2E 5OYTA 4L7HA 5OZTA 5P84A 4DPIA 3L38A 4GB2A 5P6OA 1FF0C 2HS1A 3TKGA 5P7MA 1HVKA 2R3WA 3B7VA 4DQFA 3EM6A 2F3EA 4FRJA 2AVQA 3RSXA 1B6JA 1B6LA 1LF3A 1B6KA 1BV7A 1FQ7A 9HVPA 3ZOVA 1AJVA 3VV7A 3K5GA 3D91A 4Y3PA 3INDA 1FQ8A 3SFCA 5P82A 1D4KA 2QI0A 2P3BA 5P4JA 4FAFA 4L1AA 4Y51A 3PRSA 2CEMA 4U8WA 5AHBA 4YCKA 4NKKA 1TW7A 5P0EA 4DI2A 3OGPA 4FM6A 4RVIA 4YOBA 1HPVA 1HVJA 4N00A 3ZKQA 5P4KA 5APRE 2J9JA 5P2VA 3SKGA 4Y4WA 4FGXA 2QHYA 3OWNA 5OYQA 4DJPA 3DM6A 1EPME 4B00A 3FIVA 4UPJA 5P4IA 4EQJA 3IN3A 5BRYA 4PZXA 4PEPA 5P7XA 4YD3A 2PYMA 3PI0A 2P3BB 1HEGE 3WSJA 4L1AB 5COPA 4RCFA 5HDZA 5P2JA 3ZL7A 5KOSA 2WF0A 2ZDZA 5P87A 3PLLA 4Y47A 2QD7A 5P07A 3ZPUA 1NSOA 3B80A 1TZSA 4DVFA 3OOTA 6UPJA 3OUBA 3S54A 3IA9A 3D1XA 5P6QA 3NWQA 5P5PA 2J9JB 1EPQE 2FNTA 4Y57A 5OYSA 1BDLA 1ZPKA 3VSXA 3PSYA 5P6GA 2PMAA 3L3AA 2QD8A 1G35A 5P3PA 5P81A 3SA7A 5P16A 1W6HA 5P7RA 1KJHA 3RSVA 3S2OA 5KQYA 1HTRB 5P3UA 5HTZA 3OY4A 5P2HA 3INFA 5P3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDT A;  5P6T A;  4FE6 A;  5P5Z A;  1GNO A;  2QI7 A;  2ER9 E;  3ZKN A;  4ACU A;  4MC2 A;  4Z4X A;  2B7Z A;  5OZS A;  2AOF A;  3UQW A;  4DQE A;  5OZU A;  3UPJ A;  2WJO A;  3OUA A;  5F01 A;  3KM4 A;  5DGW A;  4Y4A A;  2EWY A;  1KJ4 A;  5ENK A;  2WKZ A;  1AAQ A;  3D20 A;  2ZJH A;  1BWB A;  4OD9 A;  2ZHT A;  4MC6 A;  5P06 A;  3L5B A;  2XFI A;  4Y48 A;  1JLD A;  4FRS A;  4EQ0 A;  2HB3 A;  5P4H A;  2WEZ A;  1KJF A;  5P05 A;  5JOD A;  2AOH A;  2VIE A;  5P62 A;  5P8H A;  1WBK A;  5HDX A;  1PPK E;  1MSN A;  2F80 A;  5P46 A;  2HC0 A;  3SLZ A;  1EBY A;  5P5B A;  1QRP E;  4Y5G A;  1B5F A;  3NXE A;  2I4U A;  5OZ1 A;  3VLA A;  5OYZ A;  4J1I A;  3TPR A;  2XFK A;  1YTG A;  4B1C A;  2NMY A;  2VNM A;  3FNS A;  5P22 A;  3PI5 A;  1FKN A;  3O9A A;  3UQR A;  1D4H A;  5P4Z A;  1EPN E;  5P73 A;  5OZ4 A;  5P85 A;  5EZX A;  4AMT A;  4YOA A;  3PSG A;  5P5W A;  1SIP A;  4I11 A;  8HVP A;  1BIM A;  3SA4 A;  4R92 A;  5P32 A;  4RCD A;  5P11 A;  3MSJ A;  4COE A;  3LIY A;  2AVM A;  3FKT A;  5OYY A;  3KT5 A;  4YA8 A;  5P57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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