5P73A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 300
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A01
5P0DA 3LITA 5P25A 4B78A 3LPKA 3Q70A 4ER2E 5BWYA 3BVBA 5P3TA 1MRXA 3TKGA 1G2KA 4CPSA 4Y3WA 2OHUA 4ZIPA 2RSPA 5C9BA 4DJOA 3B80A 3KDBA 4BFDA 3VSWA 3RSVA 2QI0A 4NPTA 3N4LA 5P0PA 5ENKA 1A9MA 2OHQA 4YOAA 3SM1A 2ZHSA 1AAQA 1T6EX 2WECA 4PYVA 5P0CA 2PQZA 2J9JB 3CICA 5HE5A 2VIYA 1FGCC 1W5VA 2OF0A 5P7SA 1D4SA 1K2BA 5P6QA 1MIQA 3IVHA 3TOHA 1HSGA 2FDEA 3NU9A 2WJOA 1CZIE 5OZ8A 5P3YA 1PPME 1MSMA 3DJKA 1XN3A 3O9EA 5AHBA 1F7AA 4HDFA 4Y56A 2IKOA 5P74A 5P30A 1SGZA 4K8SA 3SACA 3RTNA 5DR4A 1APTE 1BDLA 2QMDA 3QN8A 3QBHA 5DR8A 5OZVA 3UPJA 1B5FA 4L7JA 2OHSA 5P2LA 3H5BA 5AH8A 3NR6A 3IN3A 3S43B 1EEDP 3O9GA 1MTRA 5DQ1A 5OZKA 1TSUA 2QAKA 5JODA 3LPJA 5P0GA 2QNQA 1FQ8A 3PLLA 2ZJLA 1QBUA 4Y5GA 3TOGA 4RYCA 5P1IA 4WTUA 2NPHA 2HS2A 5P7CA 4FS4A 1MUIA 4DH6A 5OZIA 3PB5A 5P31A 1KJ7A 4AZYA 2R8NA 5OZ3A 3LNKA 3IN4A 4QLHA 1LYAB 4YDGA 4E43A 5IVSA 3LHGA 1APUE 1ZTZA 5P2VA 3OQ7A 1FQXA 3AUPA 1K6PA 4RVIA 3EBZA 3OUDA 3QVCA 5P0JA 4KB9A 5P7UA 5P3UA 3GGVA 2Q11A 1UH7A 3Q3TA 3D3TA 3UDJA 1ZSRA 2UXZA 1BV7A 4Y39A 2WEDA 3QP0A 4Y5LA 3FSMA 4J54A 2R43A 3LIZA 1HHPA 4LXAA 1RPIA 5P1EA 5P22A 3SA8A 1C6YA 3PWRA 4Y3EA 4J1IA 3EL0A 4OD9A 4ER4E 5P4UA 3S54A 3KFPA 3ZMGA 4U8WA 5P70A 4Y43A 3D91A 4Y3HA 1FMUA 2FLEA 5OZJA 5P4PA 2BB9A 1EC3A 1BIMA 2Q54A 2Z54A 3OXXA 1HVLA 5P5GA 5P59A 3UF3A 3SKFA 3GI6A 3GW5A 5P1VA 1YTGA 2G24A 5OYUA 2O4SA 5P80A 5KR0A 1GVUA 4Y4EA 5P5RA 5OZ1A 2HPEA 5P63A 5P6NA 5I3VA 4R5NA 4Y3PA 3L5FA 1D4YA 5P1XA 5P48A 3BGBA 5P36A 3UDPA 5P4GA 4XXSA 4ZPEA 1E82E 5OYZA 3SKGA 1ZSFA 2MIPA 1GNNA 3U6AA 3R2FA 5KQZA 1SMRA 1FG8C 4DJVA 1HXWA 3EL5A 1QDMA 1W50A 3WB5A 4QJAA 2BKTA 4GYEA 3ZKSA 3KA2A 5IVQA 4JOOA 3L58A 5UPJA 1ODYA 5P3IA 8HVPA 4A4QA 3PCZA 3OXCA 5P4BA 1YTHA 5P0WA 2G22A 3QPJA 2ER0E 2B8LA 3RVIA 5P1ZA 4OC6A 3PLDA 1HIIA 3K5FA 2QZKA 4Z50A 3JVWA 1IIQA 2CENA 1TZSA 3S7LA 3UQPA 1XS7D 3UDMA 1B6JA 5KAOA 2HS1A 5P7PA 5P20A 4Y3YA 5P78A 3NLSA 5AH9A 3OTSA 5P8AA 2I4QA 3PBZA 3OQKA 5KOSA 3R4BA 5P29A 2ZJIA 2ZYEA 5P7KA 1PSAA 4TRYA 1EC0A 5P5UA 2P3BA 5COKA 1LYBB 5HDVA 4J1CA 3KYRA 5P6VA 2OHPA 4Y5AA 2B60A 3C9XA 5BRYA 3VYEA 9HVPA 4FE6A 3EKQA 3ZKMA 4NJVA 3JVYA 4CPWA 2AOFA 5P75A 2QI7A 5P53A 4XKXA 4NJTA 4ER1E 5P7EA 4Q1WA 2B8VA 4I10A 1HPVA 2G27A 1PSOE 4GJCA 2R9BA 4RVJA 5P46A 4J1EA 5HE7A 4A6CA 3A2OA 3ST5A 5P2OA 5P4JA 5KR1A 4Y4WA 5P8RA 1FB7A 1N49A 2PC0A 2UPJA 4Y3ZA 1SDVA 2NMYA 2OHTA 5P02A 5P62A 5P83A 2QU2A 5F01A 7HVPA 5PEPA 5ENMA 5P4CA 3TPLA 3VF7A 3MSJA 4Z4XA 5IVRA 3S53A 3TL9A 1MT9A 2QMPA 1WBMA 1ZLFA 3I8WA 3EKPA 4YD3A 5P3LA 1T7JA 4DFGA 2G1NA 1B11A 2G69A 5P8EA 3BGCA 3Q5HA 5P2CA 2I0DA 1GVTA 5DQ4A 3MWSA 1XE6A 2AZ9A 2AZCA 4WY6A 1ZBGA 3IVIA 2QD8A 1Z1RA 2VA7A 4Q1YA 1AVFA 5P12A 2XFIA 5AGZA 4DJUA 2ZHVA 2HB3A 4J1HA 3KDCA 3G70A 4DQEA 5P6DA 1ZPKA 4GIDA 3QRSA 2B7ZA 3TPPA 2OHNA 3PI0A 5P06A 1MRWA 5P7BA 1LYWB 4I1CA 5P0SA 4GZFA 4JECA 4J1FA 5P5CA 1W6HA 4DJPA 4RCFA 4IVSA 5CONA 3HW1A 5P6YA 1IBQA 5P1CA 5P4VA 1HPOA 2AZBA 1EBYA 3OY4A 4N00A 1EBWA 5I70A 3L5EA 4DJQA 4GJ6A 5OZFA 4H3GA 4ZSQA 3VLAA 5P07A 1PPLE 3T6IA 5P7NA 2FIVA 1LZQA 3KT5A 5EZZA 5P3RA 4YCYA 2PK6A 4GJ8A 4J0VA 4NJSA 4ZEAA 1TQFA 5P8GA 1HSIA 4I0FA 1XDHA 4Y58A 5P1QA 1GNOA 1XE5A 5P5TA 5P4ZA 1IVQA 5P61A 1IZHA 2I4WA 3VEUA 5P5PA 3WSJA 3RSXA 4Y47A 4GJBA 5P1WA 6APRE 4GJAA 5ER1E 5P4SA 5P3DA 1RNEA 1U8GA 2ANLA 1Q9PA 5P6LA 2AQUA 2I1AA 2J9JA 4M8XA 4U7QA 1HEGE 5P0TA 5P7MA 1MERA 5HE4A 1B6PA 5P37A 4BEKA 1JLDA 3SAAA 5OZ4A 5P8CA 1XN2A 3INHA 3DV1A 5P52A 3MSLA 4J0YA 3ECGA 4ZPGA 4FRIA 2IGYA 4CKUA 3G6ZA 1C6XA 5P8JA 3IAWA 1J71A 5JG1A 4LBTA 1EC2A 3I25A 2FNTA 4TRWA 2QU3A 5HDXA 5P26A 1M4HA 1HVKA 4DQFA 5P4XA 3DM6A 3I6OA 2HB2A 2WHHA 2PSUA 3ER5E 5P4WA 5P8KA 2BPVA 3Q4BA 1GVXA 5P51A 3NXEA 3S43A 4APEA 1OEXA 5SY2A 1UH9A 2Q64A 1OEWA 5P3AA 5P69A 3SFCA 2O4KA 3OUAA 3PCWA 4X7IA 5P2DA 5P6BA 1BDQA 4YCKA 5JFUA 2WKZA 1XL2A 2AVOA 5OYRA 2NNPA 2BJUA 5P3QA 1M0BA 5P2IA 1MTBA 5P5HA 3S2OA 1MVPA 5P7OA 4OBZB 2IS0A 2QI1A 1FMBA 5P8FA 5AH6A 3K4VC 4FM8A 7UPJA 4PZWA 1LYAA 4I0EA 3T7XA 5P1SA 4F73A 3OTYA 2FXEA 3R1GB 3OUCA 5OZ9A 3INFA 5P23A 1Z1HA 3HZCA 4RCEA 1LF3A 5P15A 5P6RA 5APRE 4GB2A 5P2HA 2XYEA 5C9FA 4A6BA 1VIJA 4DVFA 1ME6A 1IZDA 3BHEA 2VNNA 1IDBA 5P5NA 5P2AA 1NPVA 5P03A 5P3XA 2FMBA 1SMEA 3UQRA 2AVSA 2JJJA 4XX4A 2G1OA 4DJWA 5P7WA 1DIFA 5P3ZA 3OGQA 1E80E 3RTHA 3SA5A 3DOXA 1ZAPA 5P81A 3M9FA 4J5JA 3EKWA 1MT8A 1ZPAA 4B1EA 2AIDA 1QBRA 5OZ6A 5P7QA 1BXOA 4FLGA 1LV1A 2APRA 2IGXA 1EPLE 3FNSA 5P33A 5P10A 1TCXA 3ZKNA 3ZKXA 1YM4A 2UY0A 4RRSA 3QROA 3NU6A 5P5OA 3VSXA 3PHVA 5P7IA 1FEJC 3IA9A 4Y5CA 4EJKA 3FIVA 1GKTA 4EJ8A 2BPYA 6FIVA 4RZ1A 1HRNA 5P8NA 5P60A 5P85A 3OU3A 3QAAA 5DR1A 5HVPA 3VV7A 5P8VA 4MC1A 5P4AA 3IXOA 2QI4A 1SIPA 1C70A 3PBDA 3CYXA 1K2CA 2PYMA 4YD4A 3LZYA 3L5DA 3VFAA 2A1EA 2QD6A 2FXDA 2AOCA 5P0YA 4GJ9A 5P7DA 4U7VA 5P8PA 5P7XA 1MSNA 2JXRA 3PMYA 5P58A 3MXEA 4R95A 2G20A 5ER2E 5AH7A 5P3OA 1APWE 2Q15A 2QI6A 3T7QA 2F3KA 2R3WA 1HSHA 3OU1B 1OHRA 4AMTA 3S8IA 1D4IA 5DQ5A 5P3EA 1IVPA 4Z2ZA 3CIDA 2I4UA 4HVPA 4TVGA 3QBFA 4AA8A 5P6OA 1DMPA 1GVWA 1YX9A 4Y45A 2QZXA 5IS4A 4YD5A 3BUHA 2NXMA 5KQXA 2G94A 5P2MA 2PWRA 1AM5A 3QS1A 5P3MA 4YE3A 4YDFA 3DK1A 3URIA 1YTIA 3T11A 2RMPA 3VYDA 2HM1A 3N3IA 4TVHA 5OZDA 5P4YA 1LYBA 4GJDA 2R3TA 1E5OE 1D4LA 5DPZA 1ENTE 2O40A 5P0FA 5P2XA 1EPQE 4XX3A 4Z22A 5P0MA 1LEEA 2F8GA 2HAHA 2CEMA 3K1WA 4AA9A 2NR6A 4D88A 5P1DA 5P3JA 4GJ5A 4DQBA 1RQ9A 2BPWA 3HD8A 1K1UA 2QNNA 3SA6A 3HDKA 3L59A 4X2LA 4Y3LA 3NUJA 1NPAA 5P1TA 2VA5A 5P4TA 3LIXA 5P7GA 2FNSA 4FL8A 5P27A 4NKKA 3GGXA 1KZKA 1HVRA 2PWCA 4I0ZA 1SH9A 5P5AA 5FIVA 5P0NA 5P8MA 3WZ7A 1BWBA 4DQGA 2V00A 4Y4UA 2OHKA 4Q1NA 4DJYA 4RCDA 5P1JA 5P6ZA 3SM2A 4DJXA 2WF1A 3VV6A 1HVCA 4J17A 3K5GA 4EJDA 5P64A 5HDZA 5P4FA 3CMSA 4PEPA 2Q63A 5P66A 2P3CA 3KFRA 3OQDA 5P3HA 3UHLA 4DV9A 1HWRA 5HU1A 2HIZA 4EWOA 4OBHA 5P3BA 5P6HA 3NU3A 4DPFA 3KMYA 3O9IA 3H0BA 1GVVA 2RENA 5OZ2A 5P0IA 5P08A 3QRMA 5P1NA 2AOGA 3K5DA 3HAWA 4ZSPA 5KQYA 2PSGA 3APRE 4Y4GA 5P4EA 4FGXA 1RV7A 3PRSA 3GGAA 5DGUA 2WF3A 1HTFA 2JE4A 4RLDA 4YD7A 5P4HA 5ISJA 3EM6A 3VG1A 4YOBA 1D4HA 4LXMA 1LYWA 3NDUA 5P68A 4ZPFA 3URJA 1EPME 4Y9WA 3LZVA 1TSQA 1BDRA 5P39A 1MESA 3BUGA 2IL2A 1E81E 4HEGA 4J0TA 3UDYA 1MPPA 5P4LA 2I4XA 5COOA 4Y3RA 5P7VA 4HDPA 1EPRE 4Y3FA 1LS5A 3VFBA 3K5CA 4Y5BA 4K4PA 3ZKGA 4QJ8A 5P2NA 1K6TA 4MC6A 5EZXA 1ZJ7A 5P6XA 5I3WA 5P8HA 3OADB 3GGUA 5P35A 3NWQA 1MEUA 5DR3A 4Y3XA 3CKPA 3NWXA 5OZZA 4H3FA 4PHVA 5P82A 5P2QA 2XFKA 4R8YA 4D83A 5AHAA 5OYYA 2NXLA 3EMYA 4EQ0A 4Y48A 3KF0A 4LXKA 3GI0A 5P1YA 3APPA 5KOQA 5P40A 1EPNE 5P1PA 5OYXA 3TLHA 4FM7A 5P2YA 3WZ6A 2ZDZA 2Z4OA 3UDRA 2AVMA 3ZKIA 2O4LA 1DP5A 4EYRA 1HVSA 2QCIA 2QHYA 4BELA 5P13A 5AHCA 5P49A 3S7MA 4FRKA 5P4NA 1W5XA 3LINA 4B0QA 4EPJA 1WKRA 4R92A 1LF4A 2IKUA 5P6IA 4Y4BA 3O9BA 4L6BA 2G26A 5HCOA 3IXJA 5J25A 4Y36A 4B05A 5P5QA 1APVE 3NDXA 1KJHA 5P1RA 1QBSA 4F76A 3MXDA 5HCTA 5P89A 4I12A 1SBGA 1IZEA 5P88A 4K4QA 3D1XA 4NJUA 2AOJA 4FSEA 5P0KA 4L7HA 5OYTA 4CPUA 2J9KA 2Q3KA 1A30A 1HOSA 3RTMA 4CPQA 5P0OA 4EXGA 2VJ7A 1SGUA 2WEAA 2ZJHA 5DR0A 2HC0A 2O4PA 2PH6A 4OBZA 3O9CA 3VF5A 4J1KA 5OZSA 5DR7A 1UH8A 1OD1A 1DAZC 1T7IA 2BBBA 5P32A 5OZ7A 5P87A 3I2LA 5IVTA 3ZPUA 1B6LA 4EHCA 3PWWA 5OZRA 5P0BA 5P57A 3S85A 4FM6A 2XFJA 1W51A 1PROA 5P6UA 3PSYA 2ASIA 5P47A 2IENA 1NPWA 4ZSRA 2OHMA 2VIEA 3L5CA 1QS8A 5P7JA 3L5BA 5P6SA 5HD0A 3DV5A 1BVEA 3UFLA 3OQFA 1LF2A 2WF4A 4Y3TA 1C6ZA 2PK5A 4Y57A 3F9QA 5P6KA 2WEZA 2XYFA 4HE9A 5P5DA 2QK5A 5P6FA 1G6LA 4Y3GA 2QHZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0D A;  3LIT A;  5P25 A;  4B78 A;  3LPK A;  3Q70 A;  4ER2 E;  5BWY A;  3BVB A;  5P3T A;  1MRX A;  3TKG A;  1G2K A;  4CPS A;  4Y3W A;  2OHU A;  4ZIP A;  2RSP A;  5C9B A;  4DJO A;  3B80 A;  3KDB A;  4BFD A;  3VSW A;  3RSV A;  2QI0 A;  4NPT A;  3N4L A;  5P0P A;  5ENK A;  1A9M A;  2OHQ A;  4YOA A;  3SM1 A;  2ZHS A;  1AAQ A;  1T6E X;  2WEC A;  4PYV A;  5P0C A;  2PQZ A;  2J9J B;  3CIC A;  5HE5 A;  2VIY A;  1FGC C;  1W5V A;  2OF0 A;  5P7S A;  1D4S A;  1K2B A;  5P6Q A;  1MIQ A;  3IVH A;  3TOH A;  1HSG A;  2FDE A;  3NU9 A;  2WJO A;  1CZI E;  5OZ8 A;  5P3Y A;  1PPM E;  1MSM A;  3DJK A;  1XN3 A;  3O9E A;  5AHB A;  1F7A A;  4HDF A;  4Y56 A;  2IKO A;  5P74 A;  5P30 A;  1SGZ A;  4K8S A;  3SAC A;  3RTN A;  5DR4 A;  1APT E;  1BDL A;  2QMD A;  3QN8 A;  3QBH A;  5DR8 A;  5OZV A;  3UPJ A;  1B5F A;  4L7J A;  2OHS A;  5P2L A;  3H5B A;  5AH8 A;  3NR6 A;  3IN3 A;  3S43 B;  1EED P;  3O9G A;  1MTR A;  5DQ1 A;  5OZK A;  1TSU A;  2QAK A;  5JOD A;  3LPJ A;  5P0G A;  2QNQ A;  1FQ8 A;  3PLL A;  2ZJL A;  1QBU A;  4Y5G A;  3TOG A;  4RYC A;  5P1I A;  4WTU A;  2NPH A;  2HS2 A;  5P7C A;  4FS4 A;  1MUI A;  4DH6 A;  5OZI A;  3PB5 A;  5P31 A;  1KJ7 A;  4AZY A;  2R8N A;  5OZ3 A;  3LNK A;  3IN4 A;  4QLH A;  1LYA B;  4YDG A;  4E43 A;  5IVS A;  3LHG A;  1APU E;  1ZTZ A;  5P2V A;  3OQ7 A;  1FQX A;  3AUP A;  1K6P A;  4RVI A;  3EBZ A;  3OUD A;  3QVC A;  5P0J A;  4KB9 A;  5P7U A;  5P3U A;  3GGV A;  2Q11 A;  1UH7 A;  3Q3T A;  3D3T A;  3UDJ A;  1ZSR A;  2UXZ A;  1BV7 A;  4Y39 A;  2WED A;  3QP0 A;  4Y5L A;  3FSM A;  4J54 A;  2R43 A;  3LIZ A;  1HHP A;  4LXA A;  1RPI A;  5P1E A;  5P22 A;  3SA8 A;  1C6Y A;  3PWR A;  4Y3E A;  4J1I A;  3EL0 A;  4OD9 A;  4ER4 E;  5P4U A;  3S54 A;  3KFP A;  3ZMG A;  4U8W A;  5P70 A;  4Y43 A;  3D91 A;  4Y3H A;  1FMU A;  2FLE A;  5OZJ A;  5P4P A;  2BB9 A;  1EC3 A;  1BIM A;  2Q54 A;  2Z54 A;  3OXX A;  1HVL A;  5P5G A;  5P59 A;  3UF3 A;  3SKF A;  3GI6 A;  3GW5 A;  5P1V A;  1YTG A;  2G24 A;  5OYU A;  2O4S A;  5P80 A;  5KR0 A;  1GVU A;  4Y4E A;  5P5R A;  5OZ1 A;  2HPE A;  5P63 A;  5P6N A;  5I3V A;  4R5N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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