5P78A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 305
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p78A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p78A01
2G24A 3PCWA 4JPEA 4Y5AA 4RLDA 3H5BA 3AUPA 5P7GA 1K2CA 5P7UA 2P3BB 2HAHA 3CKTA 1HVJA 5AH8A 4RCEA 4EHCA 3CMSA 3BUFA 5OZ7A 4YD6A 4Y4XA 2V11C 2NTRA 4ZSMA 5OZWA 5P4BA 2WF1A 2J9KA 5OZNA 1ENTE 5P4XA 2QP8A 3TPJA 3QN8A 3H0BA 1MRWA 3NU9A 4YCTA 5P58A 5P0OA 5EZXA 1C70A 3HAWA 4ZPGA 4DVFA 5P3QA 5DQ1A 4J1KA 4Y3HA 2AZCA 5P2BA 5P2MA 1G0VA 5OYRA 4OC6A 2WEZA 5P5UA 3S7MA 3UDQA 4FCOA 4Y3MA 1HPXA 1WBKA 4GJ6A 3R0YA 1MTBA 3I8WA 4CPWA 1YM2A 3TPLA 5P1JA 3IA9A 2QI3A 2QAKA 3TOHA 3OAGB 1C6XA 3WZ6A 2XFIA 5P2GA 4J1CA 4B72A 5P1TA 1ZPKA 3DK1A 3OTSA 5P72A 5P1GA 3DV5A 4FGXA 5P46A 3OHHA 5HU0A 4WTUA 5KQFA 4Y4WA 1QBTA 3HVGA 2PYNA 5OZIA 3BXRA 3CKRA 3MSLA 1LS5A 2AOHA 3ZOVA 4OBFA 1D4IA 1SP5A 4JECA 1NPWA 1K2BA 1JLDA 3KMYA 3OU3A 1G35A 3U71A 1B6PA 5P11A 4YCKA 3QROA 5P3TA 4FLGA 5P5XA 1FMXA 5P6MA 3T6IA 5P3KA 2IEOA 2ZJHA 1D4LA 2XYEA 3LPJA 1BV9A 4HVPA 3TH9A 3QRVA 4Y45A 2HIZA 3PWRA 5I3WA 5P8BA 3VSWA 3VYDA 2AQUA 1HSIA 1G2KA 4BELA 2HC0A 5P75A 1EPRE 4M8XA 5OZVA 2B7ZA 5TOLA 5P81A 2R43A 4FRKA 1FQ7A 1C6YA 3TOGA 1QBRA 5P1QA 5P2OA 1AJXA 1LEEA 3S43A 4JP9A 1IZHA 5P4OA 5KR0A 1NPVA 3ZKSA 2NXMA 3D20A 3QBHA 5HTZA 3VF7A 3KDBA 3L38A 3Q5HA 5P2YA 2CENA 4NJUA 2JJIA 3PLDA 5P5QA 1EAGA 1ZAPA 1CMSA 4HEGA 2QNPA 1HPVA 5P6LA 5P06A 3NDXA 1HXWA 5P0JA 5AH9A 4I0ZA 1N49A 1FQXA 1PSAA 1T7KA 5P3SA 2H6TA 5OZQA 1E82E 4I0JA 5OZMA 2IRZA 5OZGA 2G1OA 2MIPA 4GJDA 4R8YA 5OYQA 4Y38A 1PPME 1KJGA 5P4AA 5P1NA 5FIVA 5P0SA 2HM1A 5P0IA 5P4MA 1META 4R92A 3O9CA 5P49A 1HXBA 4J1IA 3NWXA 2HB4A 3I25A 3S45A 1EPPE 5P18A 1HVIA 1OEWA 5P3XA 3SA6A 5OZTA 3INHA 4FS4A 1FQ4A 4HDFA 5P5JA 1EBZA 1FMUA 3UQWA 5P14A 5P3BA 1B6LA 3PVKA 5P7XA 1HRNA 1T6GA 5OYWA 3DCRA 1K6TA 5HCTA 3S43B 5DR4A 4Y3GA 3JVYA 1PPLE 5P1SA 5OZ8A 1YTGA 4DQEA 3QIHA 1UH8A 2AZ8A 1IBQA 3PI0A 5P82A 3T7XA 1GVUA 4J1FA 2F3KA 5P30A 2R38A 3UDPA 5P0BA 4B1CA 3UQUA 2ER7E 5C9FA 3PI5A 5PEPA 2R8NA 4GJAA 3HW1A 4OD9A 3OQ7A 5P1UA 2F8GA 3KDDA 1HEGE 2WEAA 2G21A 5P3OA 3VUCA 2QZWA 1M43A 3UDRA 3TL9A 1FGCC 3L5BA 5HE5A 3FSMA 5P70A 1VIJA 3URLA 3K5GA 4GJ9A 5OZ9A 1SDTA 3UDNA 2O40A 3TNEA 4Y43A 3HAUA 3EM3A 1GNNA 4AA8A 3OUBA 2F81A 3VCMA 5P23A 3Q6YA 2EWYA 4RVJA 5P80A 3U7SA 5P1FA 2QI1A 5KOQA 5P38A 5HDZA 3Q70A 5P0GA 1YX9A 3O9DA 1IZDA 5P8AA 3M9FA 5HDUA 3GGUA 4NJTA 3MSJA 5P5FA 5P8GA 1MESA 5P5PA 4HDPA 5P64A 1D4JA 2I4QA 5P6PA 2NR6A 5P32A 3VV7A 1Z8CA 5P37A 5C9BA 3OQFA 1LZQA 5OZUA 1OEXA 1XN3A 5P87A 5IVRA 2QNNA 2ER0E 3L5EA 5DGUA 3LINA 3BUHA 4H3GA 5I3XA 1APUE 2QI6A 1SIVA 3D1XA 3DCKA 2ZJJA 2PWRA 3OQAA 2RMPA 4Y4GA 3S53A 3F9QA 4R5NA 4Y3RA 4F75A 4J0ZA 3HBOA 1FG6C 4OD9B 2QZXA 9HVPA 2Q63A 3NDWA 3EXOA 5P1DA 1AAQA 3NUJA 5EZZA 3URJA 5P27A 1SGZA 5JFUA 2OHNA 5CONA 2QHZA 4LHHA 4HDBA 3LZVA 1E5OE 5E5JA 4APRE 4CPRA 5I70A 5OZ6A 3ECGA 3CYXA 7UPJA 2RKGA 3EC0A 5P4IA 5P71A 4Y39A 4EJKA 5P7HA 3EKVA 3N3IA 3UF3A 2G1YA 2AZ9A 4Y3ZA 5P8SA 5P5OA 4ACXA 4DJPA 3NXEA 4NPUA 2R5PA 2ZJIA 5P40A 2PH8A 2VIZA 1VIKA 4ZPFA 4HLAA 5P6NA 2UPJA 4EP3A 5C9DA 5P78A 4GJBA 5P0CA 1FG8C 5DQ2A 5KOSA 2VA6A 3IAWA 4I0DA 4QJ9A 4Y54A 4Y4AA 4KE0A 4KE1A 5P5HA 3KM4A 4YD5A 4DJOA 1AIDA 5P6UA 5P8OA 4GYEA 3SA8A 4R91A 3LPKA 5P09A 4M8YA 1FB7A 5P29A 1ZJ7A 4H3IA 1HWRA 1FQ5A 3EL1A 2I1AA 2B42A 3EKYA 2OHMA 5P8FA 4RCFA 5P8DA 4LAPA 5OYTA 2P3AA 4YDGA 5P5MA 3O9EA 1E81E 4TRYA 5P2IA 3EBZA 4CKUA 4B1EA 5P5EA 4CPXA 3R1GB 3KMXA 3ZKNA 1QRPE 1SH9A 4H3FA 1HHPA 1Q9PA 2AODA 4J0VA 5P25A 2PSUA 3L5FA 2G27A 3VEUA 4I0EA 4LXMA 5CLMA 2WEBA 5P2NA 4CMSA 3UHLA 3ZKQA 1FQ6A 3HZCA 3DM6A 5P3DA 1QDMA 5OZOA 5P8VA 5I3YA 4B1DA 5P1WA 1HSGA 2QZLA 3ZKXA 4Y50A 1B6JA 4HZTA 5OZKA 3EKQA 5P5VA 2B7FA 4KB9A 4GMIA 5OYXA 4TRZA 4NKKA 5P5DA 3GI6A 5P8LA 3LITA 4L1AA 4I8ZA 2PC0A 3GI5A 1RNEA 5P4UA 3QVCA 2QHYA 1W6HA 5P3JA 5B18A 3EM6A 1AJVA 1PSNA 4GIDA 5P7MA 3O99A 3EL0A 5P36A 2OHLA 5ISJA 3D1YA 5F01A 4EPJA 1LF4A 4I0IA 1CZIE 2H6SA 1MT8A 3CICA 5P5YA 3S7LA 1XL5A 5APRE 2I4DA 3BUGA 4TVGA 5SZ9A 2BJUA 5P17A 3GI0A 1BWBA 4B0QA 3QRSA 4QJ8A 1BVEA 2G94A 4J54A 5P5RA 1HVHA 5P2LA 1BBSA 5P4CA 3LIVA 5OZ3A 4H3JA 3SM2A 4B77A 3NXNA 2RENA 1PSOE 1BDQA 5OZ1A 5P77A 4B78A 4Y57A 4YCYA 3IXKA 5P6OA 5P83A 7HVPA 3VV8A 5P05A 2G1RA 3PCZA 3NU3A 5P4RA 4QLHA 4L1AB 2A4FA 3G72A 5P0DA 3OU1A 4OBZA 4APEA 2IS0A 3TTPA 5P0ZA 4Z2ZA 3TKGA 1U8GA 3WB4A 1PFZA 3PLLA 1SDVA 1T3RA 3QVIA 3NLSA 5P13A 5P4HA 1IZEA 3VF3A 2VNMA 4XX3A 3N4LA 5P45A 2WECA 2PYMA 3IVIA 3WB5A 4YBFA 4L6BA 3S2OA 2F3EA 4Q5MA 3K5DA 4Y3LA 4Y3EA 3AIDA 3CIDA 5P2FA 5COPA 3SA4A 2AOEA 2AVVA 3PSYA 4CPUA 4D89A 4QJ2A 2CEJA 4GJ7A 4Y3AA 2JXRA 2J9JB 4YD7A 5P76A 3O9GA 2F80A 1UH9A 4MC6A 3LIYA 2I0DA 3SLZA 4Y4TA 3TLHA 5P7QA 5DR0A 3ZLQA 3S85A 4F73A 5P1XA 4YBIA 3EKWA 4PPHA 5P4KA 2HPFA 2FGUA 4DJQA 4YD3A 4ZIPA 4Y5CA 2ZHRA 1A8KA 5P3NA 5P8PA 1BXOA 5P56A 5P65A 4Y5LA 4HE9A 5P8CA 4DQGA 2XYFA 1EC0A 3RTHA 4Y4JA 4Y37A 3CKPA 1A9MA 5P4YA 2IDWA 1F7AA 2AOFA 2P4JA 3T7QA 1BWAA 3GW5A 4QJ6A 3SA9A 5P2RA 1FLHA 1LV1A 3MXEA 3TOFA 3OU1B 3BC4A 4EYRA 5ENMA 4OBZB 3HVPA 4NJSA 5P6QA 5P85A 1T7IA 3QPJA 3APPA 2O4NA 1RV7A 3OUAA 1DP5A 2BKSA 1MSMA 4Y4UA 5P1RA 6APRE 5P47A 4DUSA 4ZSRA 5P1YA 1MSNA 3BVBA 5ENKA 5P8TA 5P84A 5JODA 3PGIA 5P8JA 2QI0A 1GKTA 1IIQA 2IL2A 4LXKA 5P4PA 3D91A 3INFA 1NH0A 2ZHTA 5P73A 4Y5MA 1K6PA 2UXZA 5P0RA 1GVVA 5JG1A 4ER4E 4LP9A 2HS2A 4Y4ZA 2AIDA 1W6IA 1HPSA 5HDVA 3BRAA 5P66A 3APRE 4QJ7A 5DR7A 2PSGA 3ST5A 1ZSFA 3EKXA 3PHVA 1ZTZA 3KDCA 3IN3A 5P3YA 3NYGA 2QMGA 5P69A 2AOIA 2ZDZA 3ZMGA 5COOA 5P4LA 5P35A 4I8WA 1D4KA 4AMTA 3B7VA 1UH7A 3QI1A 2Q3KA 3EMYA 4DJRA 1W51A 4OBHA 2OHPA 4IVTA 4K4RA 1HSHA 3LZUA 4A6CA 3NR6A 1KJFA 5P2SA 2B60A 4JPCA 5P7FA 1XN2A 4Y48A 5KAOA 2IGXA 4MC2A 5P1OA 5P7VA 4Z50A 5P3RA 3MXDA 3OY4A 1EC3A 5P7AA 1KJHA 5P0WA 1FMBA 3NU5A 5P2KA 5P44A 3PEPA 5P8KA 4I11A 1BDLA 2G69A 5OYYA 4PHVA 5P6BA 5P6EA 4Y3PA 5P0HA 3NU4A 3A2OA 1A94A 2P3DA 4I12A 5P7DA 3IXJA 1EPNE 5P12A 1YT9A 1BAIA 5IVSA 5P0VA 5F00A 1B6KA 5P20A 1SGUA 4RVIA 3Q4BA 3GGAA 1FF0C 3SABA 3NWQA 1TW7A 5P5TA 3UDMA 5P2QA 5P62A 2Q54A 4IVSA 3LIZA 2QHCA 5P1MA 2OHRA 3NDTA 5ER1E 5P2WA 5P63A 2A1EA 5P3WA 5P6XA 3VV6A 2OHUA 3RSXA 4FL8A 2WF3A 4Z4XA 5P59A 4OBKA 1FEJC 3I7EA 5P8RA 3SM1A 1XE6A 5P6RA 5P0QA 4Q1WA 4GJCA 2V12C 3NDUA 4EXGA 3L59A 5P2XA 5P7LA 1HEFE 2F3FA 3EM4A 1RQ9A 4I0HA 3FV3A 2JE4A 3KN0A 2QU3A 1XL2A 3WSJA 4DV9A 4ZSQA 3KT5A 5ISKA 5P67A 3UDYA 4K8SA 4Y3XA 1SIPA 5P7PA 3ER5E 1IVQA 1TCWA 1AVFA 2IENA 3ZKGA 4Y5NA 4Y5KA 3OGPA 1SMRA 4B05A 4F76A 5P8NA 1OD1A 5P3MA 2PMAA 5P4ZA 2Q64A 3PWMA 5COKA 2V16C 1TQFA 4DQCA 4FRSA 2O4LA 3VFAA 4S1GA 1W5WA 5P2HA 5P4JA 5P7TA 1RPIA 3OOTA 5P61A 3BHEA 4ZE6A 4OBGA 4Y3QA 2PQZA 2AOGA 5P6AA 4XKXA 4Y41A 2ZHVA 5P6TA 4K4QA 4YD4A 1MTRA 3VG1A 2WF0A 4FSLA 2QD8A 1HPOA 3UDJA 2QMDA 5OYSA 2QI4A 3ZPSA 4ER2E 5P3FA 3I2LA 5P22A 5P6GA 2VJ9A 1HVRA 3O9HA 4Q1YA 1XS7D 1HBVA 2ASIA 1DIFA 2ZE1A 5OZ2A 1AXAA 3K5FA 3RSVA 1F34A 1UPJA 2QZKA 4Y44A 1MEUA 2NPHA 4EJLA 5KQZA 5BRYA 3S56A 4COEA 2FXEA 4D88A 2OHQA 3G6ZA 5P5SA 3INEA 5P7KA 1GNOA 5P6YA 3O9BA 1LYWA 5P4DA 5P6WA 1YTIA 4TVHA 1MT7A 5P4QA 4I1CA 5P24A 4J5JA 5SY3A 4J17A 3PRSA 4CP7A 1AZ5A 2ZGAA 1D4YA 4Q1XA 4Y3JA 1SBGA 4Y5EA 4DQHA 1WKRA 3OOZA 1K6CA 5DQCA 1HOSA 5P0XA 4J55A 5P57A 2ER6E 4FM8A 2VJ7A 2AVSA 1EC2A 5I3VA 2QMFA 3PBZA 2FS4A 2R9BA 3OQKA 1HIHA 3OADB 4Y4EA 2I4WA 1A30A 1KJ4A 1IDAA 1M0BA 5HD0A 4Y4BA 1HVLA 1BXQA 3U6AA 2ZJNA 3VYFA 3EL9A 5DR1A 5P43A 3EL4A 2NXLA 1Z1HA 2Z54A 1ER8E 3EL5A 4EP2A 3DOXA 1OHRA 4F74A 3NU6A 5P3HA 2HS1A 4R93A 5OZBA 4Y6MA 1YTHA 4I0FA 5P01A 4LBTA 1XE5A 4Y9WA 1EBKC 5P8MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G24 A;  3PCW A;  4JPE A;  4Y5A A;  4RLD A;  3H5B A;  3AUP A;  5P7G A;  1K2C A;  5P7U A;  2P3B B;  2HAH A;  3CKT A;  1HVJ A;  5AH8 A;  4RCE A;  4EHC A;  3CMS A;  3BUF A;  5OZ7 A;  4YD6 A;  4Y4X A;  2V11 C;  2NTR A;  4ZSM A;  5OZW A;  5P4B A;  2WF1 A;  2J9K A;  5OZN A;  1ENT E;  5P4X A;  2QP8 A;  3TPJ A;  3QN8 A;  3H0B A;  1MRW A;  3NU9 A;  4YCT A;  5P58 A;  5P0O A;  5EZX A;  1C70 A;  3HAW A;  4ZPG A;  4DVF A;  5P3Q A;  5DQ1 A;  4J1K A;  4Y3H A;  2AZC A;  5P2B A;  5P2M A;  1G0V A;  5OYR A;  4OC6 A;  2WEZ A;  5P5U A;  3S7M A;  3UDQ A;  4FCO A;  4Y3M A;  1HPX A;  1WBK A;  4GJ6 A;  3R0Y A;  1MTB A;  3I8W A;  4CPW A;  1YM2 A;  3TPL A;  5P1J A;  3IA9 A;  2QI3 A;  2QAK A;  3TOH A;  3OAG B;  1C6X A;  3WZ6 A;  2XFI A;  5P2G A;  4J1C A;  4B72 A;  5P1T A;  1ZPK A;  3DK1 A;  3OTS A;  5P72 A;  5P1G A;  3DV5 A;  4FGX A;  5P46 A;  3OHH A;  5HU0 A;  4WTU A;  5KQF A;  4Y4W A;  1QBT A;  3HVG A;  2PYN A;  5OZI A;  3BXR A;  3CKR A;  3MSL A;  1LS5 A;  2AOH A;  3ZOV A;  4OBF A;  1D4I A;  1SP5 A;  4JEC A;  1NPW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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