5P79A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 306
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p79A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p79A01
1WBMA 3O9CA 3UDJA 5OZ3A 1D4IA 1GVWA 5P6ZA 4Y3LA 5P4KA 3GGAA 2AODA 3BRAA 4RVXA 1HVLA 1FG8C 4Y53A 2WEZA 1F34A 1RQ9A 4Y3RA 2V10C 1KZKA 3RTMA 4JP9A 1EEDP 3D91A 3SA9A 4Y4XA 2PK5A 3LHGA 3PWRA 3PBDA 5P59A 2I0AA 5P3KA 3MSKA 3OUDA 5P2LA 4Y5AA 4OBZA 5P5QA 3QAAA 4J1IA 4HEGA 5P2VA 4RYCA 3UDPA 1LZQA 1FLHA 2B7FA 1HVJA 2FMBA 3H5BA 5P85A 3OU3A 2AOIA 3VYFA 4DI2A 4TVGA 4CPTA 5P3JA 1MSMA 2F3EA 4Y3HA 2EWYA 1EBYA 3UF3A 2PYMA 1GNMA 1HTFA 4Z2ZA 2WEBA 1ENTE 3EXOA 5P7DA 2V11C 4BFBA 2CENA 3VFAA 1HVIA 5P6TA 1EPPE 4EJ8A 1EBWA 1OEWA 5P0KA 3EKWA 5P34A 5P3EA 1BV7A 5DR4A 2AOCA 3I8WA 4Q1YA 3UCBA 5P0JA 1UPJA 1B6MA 1TCXA 5P73A 3UDHA 2WEDA 3PLDA 5P7LA 1BDRA 4KE1A 1LYAA 3CKTA 5OZWA 1BV9A 5P4BA 3I25A 3O9BA 1HIHA 2Q64A 3LPJA 2AVSA 3HBOA 4ZSPA 2P3AA 1FQ4A 3S85A 3ZL7A 3CKRA 3SM2A 4YE3A 4B0QA 5P49A 1HIVA 4EXGA 5P83A 5P6BA 4Y57A 4DJOA 1XS7D 5ENKA 1XE5A 4NJSA 5P6CA 2RKGA 5P0PA 2ER6E 5P8JA 5OZKA 1T6EX 5P65A 3INDA 4LL3A 4I0GA 4Y4EA 4Y5BA 5P5IA 4D83A 4PPHA 5OYWA 3T3CA 4Y36A 3MWSA 4YCTA 4J0PA 5I3VA 5P3VA 2I0DA 3GI5A 1META 5P0CA 1YG9A 4U7QA 4Y38A 5P81A 4B00A 2ZJMA 5DQ1A 5P18A 5P2OA 5P8OA 5P0OA 5OYZA 3EM3A 4L1AA 5HU0A 1M43A 2UXZA 4XX3A 1HVRA 5P1HA 1BIMA 2JE4A 1NPWA 1MRXA 5P7MA 5P3WA 4RRNA 3FSMA 4WY6A 1MVPA 4FCOA 5P4QA 3LZSA 3D3TA 5EZZA 4F75A 1CPIA 3NYGA 5P51A 1J71A 2I4UA 5P7RA 2R5PA 2FDEA 4Y3GA 4K9HA 3Q70A 3VF3A 5P4AA 3DUYA 4ACUA 5P1QA 1HPSA 1AJVA 5HE5A 5P1WA 5P1ZA 2AIDA 3EL5A 2QZXA 3SPKA 2Z4OA 4Y5CA 3LZUA 2BPYA 3OXWA 5P16A 2QZKA 3T7QA 4B78A 3BHEA 4DFGA 2QMFA 5P39A 3PSYA 2G26A 4QGIA 1TZSA 2AZ8A 5P6LA 2H6TA 3ZKSA 5P8KA 4Z4XA 1JLDA 3TPJA 3MXDA 3OUDB 5P3AA 4OBZB 4ZPEA 3Q5HA 4EP2A 3KT5A 2QCIA 5P1RA 1G6LA 4MC9A 1ZPAA 1TQFA 3KM4A 4E43A 1EC2A 5P4UA 1NSOA 3N4LA 1DP5A 5P6EA 7HVPA 1ZP8A 2HS1A 3FKTA 5OZYA 1HBVA 2QI4A 4YCKA 4J55A 1AIDA 3KF0A 3TNEA 5ER2E 2Q54A 4Y56A 4GJDA 4EYRA 5P2DA 3QN8A 2IEOA 2IGYA 4DQFA 3IGBA 5P6YA 4U7VA 3HAUA 5P3HA 1TSQA 5P8MA 5HDZA 2FLEA 2Q5KA 1A8KA 5P4VA 2WHHA 5P2YA 1LYAB 1OEXA 3INEA 1W6IA 5AH9A 4ZIPA 3EKYA 5UPJA 2G21A 4Y3ZA 5P01A 4R92A 3PWWA 3VYEA 4YBFA 1LYWA 3IXJA 3K5FA 3L5EA 5P3NA 4FRIA 5OYYA 3APPA 3EMYA 3OOTA 3Q4BA 2ZE1A 3TL9A 3UQXA 5AH8A 5P17A 1NPAA 1IIQA 1ODWA 1DMPA 5IE1A 2IRZA 1DPJA 5P5NA 1ZBGA 1B11A 4QJ7A 1UH7A 4B1DA 2IL2A 1MUIA 1VIJA 1T6GA 3QVCA 1IDBA 5HD0A 5P04A 3LNKA 4ZE6A 4FGXA 4I0DA 5I3YA 3PMUA 5P8FA 5P6SA 5P7IA 4OC6A 4Y3DA 5P78A 5P84A 3ZKGA 3PWMA 4PZWA 5PEPA 4A6CA 2ZJIA 1D4JA 1B6PA 5P4MA 3ZOVA 4LAPA 4Y50A 4Z22A 5OZNA 5SXNA 4Y44A 3WZ8A 5P2EA 5P37A 3BXRA 5ER1E 3PCWA 1BILA 2IKUA 4M8XA 3T7XA 6APRE 4DH6A 5ISKA 2ZYEA 3RVIA 1MSNA 4L1AB 1T7JA 5P1EA 3SKFA 4QJ6A 4FAEA 2ER9E 5P2ZA 4NJVA 3SLZA 1HSHA 3HVGA 1PSAA 4EQ0A 1Q9PA 5OZFA 2PSVA 1VIKA 3CYXA 4J0ZA 4HE9A 3D1XA 5OYVA 5P5VA 1OHRA 2WKZA 1ZJ7A 4Y4TA 4LXKA 5P1OA 4JPCA 3ZLQA 2PMAA 3L3AA 3HZCA 3EM4A 1IZHA 5DGWA 5P88A 1YTIA 5P1IA 2OAHA 1BAIA 1W50A 4HLAA 4Y3XA 4OBGA 3QRMA 3NLSA 1HEGE 4QLHA 2ZJLA 5P5WA 1FFFC 2QNQA 3WB5A 5P1CA 3PSGA 2XYFA 2VJ7A 2RSPA 5P20A 3DOXA 5P2HA 3ZKIA 4DJXA 3EL1A 1ER8E 5OZVA 5P2QA 5P57A 1BDQA 5HE4A 2G22A 5C9DA 5OZBA 5P4DA 3CMSA 5P8NA 1XDHA 5KAOA 4JECA 5SY2A 3SA8A 3R4BA 4Y9WA 4Y3EA 2O4LA 5P43A 1KJHA 3EKQA 2PC0A 5P2XA 1PPKE 3QBFA 5HDVA 3UDNA 4EHCA 5P56A 3FIVA 2BPVA 5P2AA 1EPME 4LHHA 1ZSFA 1E80E 3VLBA 3QS1A 5JFUA 5P5PA 5HE7A 3DJKA 1PFZA 3KT2A 3ZKXA 2QK5A 3QRSA 1HPXA 1FFIC 3IVHA 1YTHA 1HTEA 2OHQA 3OHFA 4GIDA 3TLHA 1SP5A 5F00A 5P0ZA 2QD6A 5P5CA 4X2LA 3DCRA 5P5XA 5ISJA 5OYXA 5P4NA 3CIDA 5P62A 2HM1A 3OQAA 5DQ2A 3EKPA 3I2LA 5HCOA 3C9XA 5P1BA 1SDUA 2RENA 5P8EA 2CEMA 4JPEA 3RSXA 2WF1A 2FS4A 2NXDA 2QHYA 5I70A 3TOGA 1D4HA 2B7ZA 4Y4BA 1EPRE 5P47A 2IKOA 3S8IA 5P53A 5P7XA 5SZ9A 3QROA 4DQGA 3LIQA 3LITA 5OYQA 4Y39A 3SA3A 5P4GA 1WKRA 5P7EA 2OHMA 4BEKA 2ZHUA 1YTGA 3O9AA 4R93A 4X7IA 2ER7E 4PEPA 2V0ZC 2XYEA 2WF3A 1LYWB 2QHCA 4YOBA 5P03A 4ZSRA 3HAWA 1DAZC 1XE6A 4Y3JA 3NWQA 5IS4A 5P7TA 3KMYA 3RU1A 1MT7A 3I7EA 5OZ2A 2WF2A 3VEUA 4GB2A 2AOFA 4R5NA 3PGIA 3G72A 3INHA 4KUPA 4CKUA 5P6NA 1RNEA 1FQ7A 5P6WA 4Y4JA 1HEFE 1T7IA 1KJFA 2B42A 3OUCA 4OBKA 3OADA 5P0IA 1NH0A 5KQYA 2AVOA 5P1YA 5KOSA 5OZPA 5P2TA 4CPSA 3U6AA 3ER3E 1HTRB 4J17A 1TSUA 2OF0A 4Y54A 5P4XA 4OC6B 1RPIA 5P0HA 3BGBA 4DJWA 2NXMA 3LINA 4EP3A 4FLGA 1PPME 1DW6C 1W51A 3OAGA 2WL0A 5OZMA 5P50A 1M0BA 3OGQA 4I0FA 2G20A 3TOFA 4J1FA 5OZQA 4LC7A 4YD5A 4Y47A 3DM6A 5DQ5A 5P0DA 3PHVA 1IVPA 2QD8A 1HXBA 3VFBA 5OZJA 2NR6A 4Y4WA 3S7LA 1C6ZA 3UDYA 3KFRA 4FM8A 1FQ8A 4APEA 2QNPA 1ODXA 5P5BA 3UDMA 2O4PA 5P6XA 5IVRA 1GVUA 3HVPA 2QU2A 5P08A 5P82A 5P7UA 7UPJA 5P3ZA 3H0BA 3S53A 3S54A 4Y37A 1NPVA 1UH9A 5OZRA 2J9JB 2AVQA 1BWAA 5P70A 3WSJA 5P5TA 1HPVA 5P7KA 4OBJA 2I4WA 3SM1A 3N3IA 2J9KA 1HVCA 3OUBA 4F73A 1IBQA 5P36A 5JG1A 5P0NA 2V12C 3RSVA 3G6ZA 4H3GA 3ZPUA 5OZUA 3L38A 1C6YA 5OZ6A 5P7OA 5P6MA 4K8SA 4KB9A 2FXDA 4YD7A 3L5BA 3ZPTA 5P1AA 5I3XA 4YDGA 5P25A 2JJJA 1QBRA 2WF4A 1M4HA 3LPIA 5AHBA 3NDXA 4PYVA 4Q5MA 2VS2A 3PM4A 4CP7A 5P2JA 3OOZA 5P7NA 5HTZA 2AOEA 1SGUA 5P44A 2VIEA 1LV1A 1LS5A 1TCWA 4GYEA 1A9MA 4YCYA 5OZ7A 5P6UA 4QJ8A 5P41A 5P5MA 3QPJA 5P7BA 5P27A 1SDVA 2IS0A 3PCZA 5P6VA 5P0XA 5P8CA 3VLAA 2IENA 2WF0A 4Y5MA 1HTGA 5P12A 2AVVA 4B1CA 5P22A 3G70A 3MSJA 4Y5KA 3K4VC 5P24A 5SY3A 4PZXA 5P5SA 3KDCA 3OXVA 2A1EA 3UQWA 2VIZA 2QNNA 4GZFA 5P0RA 5P19A 1FMBA 3TPPA 3R0YA 4ACXA 4DVFA 5P5LA 2R43A 2VA6A 1FMUA 2QI5A 2FNSA 3NUOA 4I0EA 2OHNA 5P6JA 1KJ7A 5OZSA 3PSUA 3DV1A 4Y3QA 4WTUA 1ME6A 5APRE 3VUCA 3PMYA 5P10A 5P4WA 5DPZA 1A8GA 5P3TA 4ZEAA 5B18A 5P5GA 1SDTA 1HIIA 5P58A 5P2FA 3EL9A 1LF3A 2NMZA 1GKTA 2FXEA 5P3QA 5P89A 2HIZA 5P6GA 5C9FA 5OZ9A 5AH7A 3OADB 4NJTA 4CPWA 5P4ZA 3JW2A 3S43A 5P4SA 3OAGB 2ZDZA 5P7WA 3SA4A 2FIVA 2HAHA 5P5JA 3K1WA 5IVTA 4I8ZA 3K5DA 5P48A 3TPLA 2WECA 2FNTA 2QI6A 4MC6A 2RKFA 4EQJA 5P7HA 3U7SA 3LIZA 2Q11A 3GGVA 1HHPA 5DR1A 3UTLA 2PSUA 2JJIA 5P1XA 1SMRA 2QMDA 1XL5A 2O4NA 3NU5A 3BUHA 2ZHRA 4CPQA 2AZCA 1A30A 4DV9A 2ZGAA 4RROA 5OZTA 3S56A 3IAWA 3UFNA 1SBGA 3B7VA 3PVKA 5P64A 1BDLA 4DQEA 2P3DA 1APUE 3IXKA 5P31A 4GMIA 3VV6A 4R8YA 4JOOA 1W5VA 2QI3A 3BXSA 4R91A 5P0AA 1FGCC 4Y3MA 5P2WA 5P67A 5P1FA 1MPPA 3CIBA 1QBSA 3HD8A 3URJA 2QD7A 4B70A 2ZJNA 2PK6A 3UPJA 3FNTA 3F9QA 5P14A 4EJKA 1CZIE 5OYRA 4DQBA 3K4VA 5DGUA 4MC1A 2O40A 5P0FA 4FS4A 5P71A 4LP9A 4Z50A 1QS8A 5P60A 5P45A 3EKTA 2HC0A 3L5CA 1D4SA 5P2BA 3L5DA 4DJVA 3CYWA 4J1CA 4FAFA 1FQXA 5P32A 2VJ6A 3OXXA 4AA9A 2OHRA 2H6SA 2ZHVA 1U8GA 4LXAA 3L58A 4Q1NA 4FM6A 4ZSMA 5P2MA 4CPXA 3WB4A 3L5FA 4R95A 1MERA 4NPTA 2AOJA 3Q6YA 2QHZA 3VCMA 1APVE 6FIVA 1PSOE 3R2FA 1LF2A 1Z1HA 2P8HA 4YDFA 5P3LA 4OBFA 3SO9A 2VA7A 4GJBA 5P4RA 5BS4A 5P40A 4WY1A 3KDBA 2G1SA 2P83A 4EXHA 4GJ5A 4H3JA 1KJ4A 1PROA 4Y3PA 1EC0A 2PSGA 4HDBA 5P52A 5F01A 4QJ9A 1W5YA 5OZ1A 5P1KA 5COKA 2J9JA 2ASIA 5P8BA 3OU1A 1TW7A 1K6CA 5DQ4A 2PQZA 1BWBA 4YD3A 2XFIA 4GJ9A 4H3IA 3NU6A 5P69A 1B5FA 3KFSA 3PLLA 2HPEA 5P33A 3O9DA 5P11A 2QAKA 5P2IA 5P7QA 5P30A 3O9IA 3IN3A 4U8WA 4AA8A 5P3UA 4J1HA 5P3MA 5P7ZA 5P6PA 1XN2A 1IDAA 3KDDA 2QI7A 4QJ2A 4I11A 5OZ0A 5P4EA 2R3WA 2P4JA 2R8NA 1E81E 2I4DA 5P6IA 1YM2A 4Y3YA 5P15A 2IQGA 3APRE 2VIJA 2I4QA 5P80A 4N00A 4DJQA 5OYTA 3S2OA 4J1KA 5P8UA 3KA2A 5EZXA 1SIVA 5KR8A 1EBKC 9HVPA 2APRA 1OD1A 3OHHA 3S43B 2VNMA 4Y4ZA 5C9BA 5JODA 2F80A 1EPNE 3Q3TA 5P42A 5P8SA 1G2KA 3SACA 3OQFA 5P4YA 3RTHA 1T3RA 2XFKA 5P23A 5P3BA 5P6KA 5P7YA 4FRJA 3M9FA 2G69A 5ENMA 4AUCA 1YTJA 2A4FA 4L7GA 3DV5A 3KN0A 3LPKA 4ZSQA 5P4OA 1W5WA 2Q15A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WBM A;  3O9C A;  3UDJ A;  5OZ3 A;  1D4I A;  1GVW A;  5P6Z A;  4Y3L A;  5P4K A;  3GGA A;  2AOD A;  3BRA A;  4RVX A;  1HVL A;  1FG8 C;  4Y53 A;  2WEZ A;  1F34 A;  1RQ9 A;  4Y3R A;  2V10 C;  1KZK A;  3RTM A;  4JP9 A;  1EED P;  3D91 A;  3SA9 A;  4Y4X A;  2PK5 A;  3LHG A;  3PWR A;  3PBD A;  5P59 A;  2I0A A;  5P3K A;  3MSK A;  3OUD A;  5P2L A;  4Y5A A;  4OBZ A;  5P5Q A;  3QAA A;  4J1I A;  4HEG A;  5P2V A;  4RYC A;  3UDP A;  1LZQ A;  1FLH A;  2B7F A;  1HVJ A;  2FMB A;  3H5B A;  5P85 A;  3OU3 A;  2AOI A;  3VYF A;  4DI2 A;  4TVG A;  4CPT A;  5P3J A;  1MSM A;  2F3E A;  4Y3H A;  2EWY A;  1EBY A;  3UF3 A;  2PYM A;  1GNM A;  1HTF A;  4Z2Z A;  2WEB A;  1ENT E;  3EXO A;  5P7D A;  2V11 C;  4BFB A;  2CEN A;  3VFA A;  1HVI A;  5P6T A;  1EPP E;  4EJ8 A;  1EBW A;  1OEW A;  5P0K A;  3EKW A;  5P34 A;  5P3E A;  1BV7 A;  5DR4 A;  2AOC A;  3I8W A;  4Q1Y A;  3UCB A;  5P0J A;  1UPJ A;  1B6M A;  1TCX A;  5P73 A;  3UDH A;  2WED A;  3PLD A;  5P7L A;  1BDR A;  4KE1 A;  1LYA A;  3CKT A;  5OZW A;  1BV9 A;  5P4B A;  3I25 A; 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 3EL5 A;  2QZX A;  3SPK A;  2Z4O A;  4Y5C A;  3LZU A;  2BPY A;  3OXW A;  5P16 A;  2QZK A;  3T7Q A;  4B78 A;  3BHE A;  4DFG A;  2QMF A;  5P39 A;  3PSY A;  2G26 A;  4QGI A;  1TZS A;  2AZ8 A;  5P6L A;  2H6T A;  3ZKS A;  5P8K A;  4Z4X A;  1JLD A;  3TPJ A;  3MXD A;  3OUD B;  5P3A A;  4OBZ B;  4ZPE A;  3Q5H A;  4EP2 A;  3KT5 A;  2QCI A;  5P1R A;  1G6L A;  4MC9 A;  1ZPA A;  1TQF A;  3KM4 A;  4E43 A;  1EC2 A;  5P4U A;  1NSO A;  3N4L A;  1DP5 A;  5P6E A;  7HVP A;  1ZP8 A;  2HS1 A;  3FKT A;  5OZY A;  1HBV A;  2QI4 A;  4YCK A;  4J55 A;  1AID A;  3KF0 A;  3TNE A;  5ER2 E;  2Q54 A;  4Y56 A;  4GJD A;  4EYR A;  5P2D A;  3QN8 A;  2IEO A;  2IGY A;  4DQF A;  3IGB A;  5P6Y A;  4U7V A;  3HAU A;  5P3H A;  1TSQ A;  5P8M A;  5HDZ A;  2FLE A;  2Q5K A;  1A8K A;  5P4V A;  2WHH A;  5P2Y A;  1LYA B;  1OEX A;  3INE A;  1W6I A;  5AH9 A;  4ZIP A;  3EKY A;  5UPJ A;  2G21 A;  4Y3Z A;  5P01 A;  4R92 A;  3PWW A;  3VYE A;  4YBF A;  1LYW A;  3IXJ A;  3K5F A;  3L5E A;  5P3N A;  4FRI A;  5OYY A;  3APP A;  3EMY A;  3OOT A;  3Q4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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