5P7BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 308
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7bA01
5P0NA 4ZEAA 1W6IA 3FX5A 2AZ9A 1W5WA 4AMTA 3HD8A 4BELA 1CMSA 5HDXA 3PMYA 4RCEA 4J1EA 5P2ZA 5P4GA 5P01A 4EWOA 2QMDA 1APTE 5P8EA 1K1TA 2FNTA 1XN3A 4J0VA 5P23A 4GZFA 2G1RA 4YCYA 5OZZA 4LXKA 4CPWA 4I12A 1GVXA 3WB5A 5P0WA 3L5EA 3MWSA 5OZMA 3TL9A 3ST5A 4APEA 4GJDA 2F8GA 4J1FA 3IA9A 4M8YA 4ZLSA 2QP8A 5P6WA 5KR1A 3OQDA 5P3EA 3VLBA 5P39A 5I3VA 4NPTA 3TOFA 5P0CA 2VA5A 3GW5A 4YD6A 2ER9E 1KJFA 1B6KA 4DQHA 2OAHA 5P51A 1YX9A 4LL3A 5P1PA 3L3AA 5DR4A 4Y38A 1Z1HA 1D4YA 4OC6B 4Y4BA 4NPUA 1ZAPA 2O4SA 3U6AA 3KFSA 2BKSA 5HCOA 3VYFA 4CKUA 2P83A 4J1KA 4TRZA 1YTJA 3LPKA 3NUOA 4ACUA 3NDTA 2QI0A 3LZSA 5EZXA 3S43B 3HLOA 5P65A 4DUSA 5P38A 4Y3XA 5KR0A 1YG9A 5OZWA 1EBKC 1RQ9A 3TTPA 3PI0A 3UFNA 3PVKA 2B8LA 2WECA 2I4XA 3QS1A 3D3TA 2JJJA 2WF1A 4Y3NA 5IVQA 4PZWA 4DJRA 4B77A 2VIYA 2Q63A 2Q15A 4WY6A 2OHKA 5P3BA 1FQ4A 4Y36A 3KT5A 1MRWA 5P8KA 4EQJA 5AHCA 1QBUA 5P83A 4NJTA 5P1HA 2WEBA 2B7FA 1ER8E 4I8WA 4L7GA 4DVFA 2RMPA 1FQ6A 3DV1A 5KQFA 5P4HA 5P71A 2Q64A 5P18A 2FLEA 5HE4A 5HTZA 1BV7A 3CKRA 5JG1A 5OZ6A 4Y4DA 9HVPA 2AOCA 3UDNA 2R8NA 3S7LA 3NU5A 5P85A 3PGIA 5P52A 1LF2A 4Y5LA 2AIDA 1OEXA 5OZEA 2PWCA 3OU4A 1C6ZA 2NPHA 4YDGA 3UDKA 1B5FA 5P0FA 1MUIA 4B70A 3KM4A 5P8LA 4FIVA 1FIVA 1W6HA 1J71A 4X7IA 5HVPA 4Y4ZA 4LAPA 1AJVA 3KF0A 1PSAA 2G24A 3FNTA 3NU3A 5OZFA 5C9DA 4NJVA 5P6XA 5P4IA 1C70A 5P6YA 4DJOA 5P4MA 4GJ5A 4J0YA 1SP5A 5P10A 4GJ7A 3KT2A 1PSOE 4Y5KA 1SDTA 2XFJA 1A30A 3BHEA 1IBQA 5P2BA 5HE7A 5P0XA 3ZOVA 4DQGA 2PWRA 5IVSA 1ZSFA 2PH8A 5COKA 2VKMA 5OYYA 5P5HA 5P5PA 4YOBA 5P20A 5P15A 4Y35A 5B18A 3LPIA 2ZGAA 5APRE 5ISKA 4Y5BA 3LIVA 2VNMA 1HTGA 4J1IA 2XYEA 5P7OA 2AVMA 3HW1A 1ZLFA 2VA6A 5P4OA 5P05A 3IXKA 2NR6A 4I0ZA 3PWRA 3L59A 3EBZA 4Y3JA 1YTIA 3LHGA 1GNNA 5P3IA 2FS4A 4Y43A 4A6BA 3OQ7A 3IN3A 4PHVA 5AGZA 3Q6YA 2PSGA 2HS2A 4ACXA 3PSYA 5KAOA 5P5SA 4Y57A 5P0LA 2J9JB 6FIVA 1BV9A 5P1AA 4DJPA 3ER3E 2NNKA 5OYUA 3OK9A 4WY1A 1WBKA 4GJ6A 3K5CA 5P5EA 2QU3A 1TSUA 1SGUA 4OC6A 3WSJA 1KJGA 4LXAA 5SZ9A 1ZPAA 5P02A 5P3WA 1MSNA 2UY0A 2WKZA 1ODWA 5P6ZA 3ZMGA 5P5OA 4I1CA 2ZJIA 5P7FA 5P4LA 3RTNA 1TSQA 5OZKA 2HM1A 1HHPA 4KE0A 3S43A 2ZJLA 1GKTA 5P30A 3HDKA 4Y41A 1HXWA 2G94A 2HC0A 4DFGA 4Y39A 2VIEA 4RRNA 4DJWA 5OZGA 1PROA 5P6IA 4ER2E 1FGCC 5OZ5A 1YM4A 5ER1E 2QZWA 2Q11A 5OZ8A 5P12A 3TKGA 4Y3HA 4FRJA 3MSKA 2AOHA 5OZBA 1FQ5A 4PEPA 5P3TA 5P0GA 2V16C 1MEUA 1B6MA 5HU1A 3ER5E 2IKUA 1ENTE 3GI6A 5P7HA 3S54A 4K8SA 5OYRA 3EL1A 3URLA 5P79A 5JFUA 4PZXA 5P7KA 1BXOA 5C9BA 5BRYA 1BILA 5P4KA 2Q3KA 5DQCA 5OZDA 5OZRA 4KB9A 5P5ZA 3CKTA 2PMAA 3NU4A 1SIPA 2RSPA 5P2CA 1GVUA 3T7PA 2QZXA 4OBKA 1XS7D 1EPRE 2Q55A 2WF2A 3EKQA 3QP0A 2IL2A 3UCBA 1ZJ7A 3K5GA 1HPOA 3S7MA 2P3AA 1SDUA 2HPFA 4HLAA 5P3ZA 5P6PA 1KJ4A 3IAWA 5P08A 1BWAA 4Y3EA 5DGUA 1MTBA 5P7UA 5P6QA 1TCWA 3TPJA 4ER1E 4QJ6A 4ZIPA 3NU9A 4ZSQA 2QD7A 1T7JA 5P8OA 5DQ1A 5HE5A 3ZLQA 1ODYA 3PMUA 4EQ0A 1QBTA 2QI6A 4RLDA 5DR3A 5P36A 5P4AA 3I6OA 3TPRA 3SABA 1AXAA 4HVPA 4CPQA 5P53A 3K1WA 3SA4A 4YD7A 1YM2A 5P1TA 2G27A 3O9CA 5ENMA 5P8SA 2VA7A 3BGBA 1B6PA 5IS4A 1AJXA 1OD1A 2G1YA 4Y3LA 1EPNE 5P4XA 2AOEA 3O9AA 4Y58A 2WF4A 2UXZA 1APUE 3NSHA 1ODXA 5P8BA 3PEPA 4OBFA 2O4LA 2EWYA 4H3JA 5P4UA 1K6VA 3ZPSA 3FNUA 4OD9B 1EPOE 1YTGA 4YD5A 5P41A 5P7AA 1HSIA 5OYWA 4CPXA 1LYBB 1ME6A 4GB2A 4LC7A 2HAHA 5P04A 4K4RA 5OZIA 1BVEA 1FLHA 4D85A 3RSVA 4L7JA 1ZPKA 2J9JA 1EC1A 5P6DA 5P5CA 5P6CA 3SPKA 3EMYA 4Y54A 3RU1A 4NJSA 5P2AA 4HDBA 4DJXA 1FMUA 4B72A 3UDYA 3NU6A 4EJLA 5DQ4A 1LF4A 5P3SA 5P1QA 4Q1WA 5P4VA 4EP3A 3OU1B 3OXCA 1Z8CA 3O9EA 1FMBA 4EXHA 1EPPE 4JPEA 4H3GA 5P8FA 1K6TA 1HWRA 5P3JA 5P5FA 5P67A 2WL0A 4I0JA 2IQGA 4EHCA 1IZDA 3FIVA 5P2VA 2G69A 4Q5MA 4D89A 5P4DA 3EM3A 5P4EA 2AVVA 4QJ7A 3L5FA 5OZ4A 3VF7A 5P5BA 1YT9A 2ZE1A 6APRE 2BKTA 5I3YA 4Y48A 5CONA 5P34A 5P7QA 5P5WA 1G6LA 5OZLA 1BXQA 3EKTA 1FB7A 2NMYA 2FDPA 5P5NA 1SMRA 4R91A 4CPTA 2WF0A 4YE3A 4FLGA 2ANLA 5OZVA 5P0MA 3B80A 4N00A 3KN0A 5HD0A 2OHPA 3QN8A 1GNMA 2AOFA 2I4WA 4DI2A 1NPWA 2QU2A 4Y3WA 3OU3A 5ENKA 2QZLA 4J0ZA 2QAKA 1EBZA 5P2FA 5ER2E 3GGVA 5P0SA 1HBVA 3IXOA 2QZKA 1SBGA 5P78A 5P6GA 1HXBA 4FE6A 1C6YA 1MT8A 4Y3YA 1WKRA 3DV5A 2H6SA 3JW2A 4GJCA 5P06A 5P4JA 3INHA 3EKPA 1DIFA 5OZPA 3D1YA 1HVRA 5P7YA 4D8CA 4YDFA 6UPJA 2SAMA 5P4FA 5P8DA 3EXOA 5AH9A 4JECA 5P7MA 1EBYA 1MT9A 1HTRB 5P77A 1LYAB 4Q1YA 2PC0A 4PYVA 3G70A 4H1EA 3KFPA 1FMXA 3TNEA 4YOAA 2BBBA 1TCXA 3A2OA 4Z2ZA 2AVQA 3R4BA 2R9BA 4Y47A 5P5IA 4FSEA 3SO9A 1HRNA 1OEWA 5P1MA 1OHRA 3TLHA 3VFAA 2FIVA 5P29A 5P28A 3OGPA 4XXSA 5P8GA 5KQXA 5P55A 5P8RA 4HZTA 5P8CA 4ZE6A 5P6HA 3JVWA 3ZKMA 2HIZA 5P5XA 4FM6A 1F34A 2HPEA 5OZNA 3DJKA 2ZJHA 5P5KA 5P4PA 5P6VA 5P66A 3INEA 3KDDA 1HIVA 5P1DA 1BIMA 3PCZA 3LIXA 2OHMA 4OD9A 1XL2A 5P5TA 3KDCA 5P6EA 2QK5A 5OYQA 2APRA 1LYBA 3GI0A 2FDEA 5P58A 4BEKA 1IIQA 4GYEA 5EZZA 5P8TA 3BVBA 2CENA 2QNQA 4IVTA 5P2IA 4EJDA 1XE6A 2F3EA 3TPPA 1NH0A 4Y37A 1UH9A 3RSXA 1EBWA 2ZJNA 2AVOA 3EKXA 3OGQA 3ZKGA 5P1YA 1GNOA 5BS4A 4XX3A 5P6AA 3BC4A 3CMSA 3OU1A 5C9FA 5P8MA 5HU0A 5P63A 3WZ8A 3SA7A 2R3TA 5P72A 3L58A 3GGUA 4YD3A 2ZJKA 2AODA 3GGAA 5P43A 5P6TA 4CPUA 1HVKA 4R8YA 5P8VA 5P74A 5J25A 1PPKE 3HVPA 3QAAA 2IKOA 4DQCA 1ZP8A 2Q54A 5P16A 5P1VA 2FXEA 5DR7A 4JPCA 5P5JA 5P3FA 4Z4XA 3HZCA 1EC0A 3OHHA 1HIHA 3NWXA 4Y4GA 4YBFA 3SACA 2V12C 5P2WA 4MC6A 2G21A 3M9FA 3PCWA 1NSOA 3N3IA 5P73A 5P7VA 4QLHA 4Y53A 1UH8A 2F3KA 5P0UA 1QBSA 3UF3A 3ZL7A 2HS1A 2RENA 5UPJA 1HVJA 3KYRA 4NKKA 2BPYA 3UHLA 4R5NA 3MXDA 3C9XA 3VYDA 3O9FA 5OZ0A 2FGVA 3OQAA 4DH6A 1Q9PA 2ZDZA 2V0ZC 3I8WA 5P1NA 3SA6A 3UDPA 1DW6C 2P3BB 3VV8A 3TKWA 3VYEA 5P2YA 5E5JA 3K5DA 1DP5A 1LF3A 2BJUA 2OHNA 5P4NA 1HIIA 3UDRA 3OTSA 5P7DA 5KQYA 3PWWA 4Z22A 3EL4A 4HDPA 5P56A 1WBMA 4J0TA 3OHFA 1LYAA 2VIJA 4DQFA 5P8IA 4FRSA 1K6CA 1K2CA 5P07A 4RCFA 3DK1A 1T7IA 1BDLA 1E5OE 3O9IA 4A4QA 4DJYA 3S45A 2OHRA 3S56A 3EC0A 2ASIA 1B6LA 3BGCA 1D4HA 5P26A 5P03A 4Q1XA 2QHCA 3LNKA 5P00A 4L1AB 1W5XA 5P2EA 5P84A 5P4SA 3INDA 1HVSA 2UPJA 2NXDA 1MERA 4YCTA 5P1KA 1FQ8A 2ZHRA 1KJHA 1NPAA 3HAUA 1T6GA 4RYCA 3EM6A 5P7WA 5P7TA 1HPXA 3NDXA 3O9DA 5HCTA 5P0IA 3TPLA 4ZSMA 5OZAA 3UDHA 4Y5AA 2RKFA 5OZQA 3SA3A 3T7QA 3OUDB 5P7RA 4RCDA 2JJIA 1YTHA 3NXNA 5P45A 1NPVA 3TH9A 5P3OA 5AHAA 2AQUA 3UQPA 3KMYA 4Y3AA 2P8HA 3ZKIA 4Y3DA 5P75A 2ZJMA 5HDUA 5COPA 1M4HA 3OY4A 2OHUA 2V13A 2ZJJA 3NXEA 5P86A 4B0QA 5P42A 5P0YA 5P1GA 1XL5A 5P35A 4I0EA 5P2DA 1FG6C 4RVXA 3TOGA 4CPRA 3GI5A 2AOIA 3OOZA 3I2LA 5P3CA 2FDDA 5P6UA 5P19A 2XFKA 5OZCA 3HBOA 3ZKNA 1QRPE 4J5JA 1RV7A 5P44A 2QI1A 5SXNA 1HOSA 5P4YA 5P0PA 3DUYA 5P2TA 2ZHSA 4R92A 2WF3A 3U71A 5OYZA 4AA8A 3O9BA 1AM5A 3QIHA 4B1EA 1EPME 5P1CA 5P1LA 5DQ5A 4KUPA 1CPIA 1FKNA 1MRXA 3F9QA 1A8KA 3LIYA 5P0DA 1M0BA 4Y5GA 5KOQA 1LZQA 5OZYA 5P24A 4I11A 3OQFA 1W5VA 3NDWA 1MSMA 3OXVA 2BPWA 1EEDP 1FEJC 1MT7A 4TRWA 3VLAA 4FRKA 5P5DA 4LXMA 4B1CA 4FS4A 4Y4WA 3UQWA 3TOHA 4J1HA 5P4CA 2P3BA 3GI4A 5KR2A 3MXEA 4FRIA 2I4VA 2QI7A 2I0DA 2JXRA 5P5UA 1LEEA 4Y3QA 4HA5A 5F01A 1W5YA 4APRE 2I0AA 5P8NA 4Z50A 3PBZA 1C6XA 3SKFA 2VJ9A 1B6JA 5P1ZA 5P13A 3NLSA 1MESA 1HSGA 3D20A 2R38A 5P7LA 3SM2A 5P6NA 2HB3A 2FNSA 3UQUA 4OBGA 1HVIA 1F7AA 4I0DA 3CYWA 4Y4UA 5P76A 2ER6E 3OAGB 5DQ2A 3UDMA 5P3UA 1T7KA 2VNNA 5P1XA 5P2MA 1HVHA 2AZ8A 5P3DA 5P0HA 4LHHA 3HVGA 1XN2A 5P3YA 1SGZA 4L1AA 2CEMA 2I4QA 2WEZA 5P1UA 1QBRA 4S1GA 5HDZA 1U8GA 3SM1A 5P3LA 2A1EA 1IDAA 2PK5A 3R1GB 5P89A 5P2GA 3PB5A 2QMPA 4U7VA 4GJBA 2G1NA 5P2JA 1IDBA 1VIKA 3K4VC 5P1RA 1LS5A 4EXGA 5P7BA 5P70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0N A;  4ZEA A;  1W6I A;  3FX5 A;  2AZ9 A;  1W5W A;  4AMT A;  3HD8 A;  4BEL A;  1CMS A;  5HDX A;  3PMY A;  4RCE A;  4J1E A;  5P2Z A;  5P4G A;  5P01 A;  4EWO A;  2QMD A;  1APT E;  5P8E A;  1K1T A;  2FNT A;  1XN3 A;  4J0V A;  5P23 A;  4GZF A;  2G1R A;  4YCY A;  5OZZ A;  4LXK A;  4CPW A;  4I12 A;  1GVX A;  3WB5 A;  5P0W A;  3L5E A;  3MWS A;  5OZM A;  3TL9 A;  3ST5 A;  4APE A;  4GJD A;  2F8G A;  4J1F A;  3IA9 A;  4M8Y A;  4ZLS A;  2QP8 A;  5P6W A;  5KR1 A;  3OQD A;  5P3E A;  3VLB A;  5P39 A;  5I3V A;  4NPT A;  3TOF A;  5P0C A;  2VA5 A;  3GW5 A;  4YD6 A;  2ER9 E;  1KJF A;  1B6K A;  4DQH A;  2OAH A;  5P51 A;  1YX9 A;  4LL3 A;  5P1P A;  3L3A A;  5DR4 A;  4Y38 A;  1Z1H A;  1D4Y A;  4OC6 B;  4Y4B A;  4NPU A;  1ZAP A;  2O4S A;  3U6A A;  3KFS A;  2BKS A;  5HCO A;  3VYF A;  4CKU A;  2P83 A;  4J1K A;  4TRZ A;  1YTJ A;  3LPK A;  3NUO A;  4ACU A;  3NDT A;  2QI0 A;  3LZS A;  5EZX A;  3S43 B;  3HLO A;  5P65 A;  4DUS A;  5P38 A;  4Y3X A;  5KR0 A;  1YG9 A;  5OZW A;  1EBK C;  1RQ9 A;  3TTP A;  3PI0 A;  3UFN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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