5P7EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 311
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7eA01
3VV7A 5KQFA 5P0GA 5P5RA 4RCFA 5IVSA 2AOCA 4OBHA 2VIZA 5IVQA 5DR1A 1CZIE 4U7VA 4J1FA 4DI2A 2ZJIA 1IBQA 1E82E 5P83A 1BVGA 2IL2A 1FEJC 1HRNA 1EC3A 5P7HA 3CMSA 3UFLA 3LIYA 1NPVA 4DQHA 2B7ZA 3UQRA 1FMBA 4PYVA 3URJA 5JFPA 2I4WA 1HIHA 1IDBA 5HDUA 5P1NA 2VNMA 3VF3A 2HAHA 5P0QA 5P38A 2QHCA 1TCXA 3OHHA 5P2RA 1SMRA 4FGXA 1LV1A 3QBFA 1MESA 1YX9A 3KDDA 1KJFA 4FM6A 5OYXA 5P0DA 4GZFA 4Y5GA 3F9QA 5P3JA 1M0BA 1MSMA 5P5YA 4CPTA 5P58A 4J0VA 5P4VA 2G69A 2Q5KA 1AIDA 3NXNA 5P73A 1EPNE 1K6CA 3LZVA 3O9FA 5P3XA 3IVHA 5P4TA 2OHNA 5P19A 2QU3A 4L7JA 1BILA 5P7IA 2BJUA 3T6IA 4Y3SA 2QNNA 5P34A 3HW1A 3FIVA 2ZHUA 5P89A 5P30A 5C9BA 3S53A 2P3CA 3KFSA 2AOEA 4Y3NA 5HU1A 3DK1A 4GJAA 4IVTA 3OU4A 1SGZA 1LF4A 4B72A 2G26A 2QZXA 2FDPA 3LIXA 1SIPA 2JJIA 2BPXA 5OZFA 4Y44A 4J0ZA 5P1KA 3BVAA 4TVGA 2O4LA 2QZKA 3LZSA 3INDA 1M4HA 1NPAA 4Q1WA 5OZZA 5HTZA 4YBFA 4Y5LA 2R5PA 4Y4TA 2OHUA 3HBOA 5OZCA 4H3FA 4ZPEA 4I12A 1YTIA 3KMYA 2JYSA 5P2XA 5B18A 4Y4AA 3SACA 3HVGA 4GJ6A 4Q1YA 5HD0A 5AH8A 3TOFA 5OYTA 3BHEA 5P1OA 4J5JA 1T7KA 4B00A 4Y41A 4Y4GA 1SMEA 4DQFA 4Y5MA 1KJ7A 3DOXA 3RTHA 2I4XA 1UH9A 1AM5A 1ODXA 2JJJA 3K5CA 4L7GA 2WF2A 5P8PA 2PQZA 4TRZA 4Z22A 3H0BA 1Z8CA 3S56A 3OOTA 3VSWA 1XN3A 3GGUA 1QRPE 1A30A 3FNSA 1HPVA 4Y3DA 3M9FA 5P15A 2BKTA 3UDQA 2PH6A 2QU2A 5HDVA 3PLLA 5P17A 2NR6A 5HDZA 4DJQA 4Y4BA 4RROA 4GMIA 3PM4A 4Y39A 5P74A 3VCMA 3OXWA 5OZRA 3SPKA 5P7KA 5P6GA 2VA5A 5P6JA 5ENMA 3S43A 2PK6A 2FXDA 2H6SA 5OZIA 3QVIA 1EC2A 1PSNA 2XFJA 2FXEA 5P45A 1FQ5A 4FRIA 5P5KA 5P86A 2ZJLA 4FE6A 4Y5PA 4WY6A 3NU3A 3OXVA 4ER1E 2CEMA 3OUAA 3EKPA 4Y3HA 3O9BA 3CIBA 5KOSA 1VIKA 5P64A 4B77A 5P6VA 5DR0A 5P4JA 4RYGA 2Q3KA 5OZ4A 4Y3AA 5P0ZA 4EJKA 2A4FA 3ZOVA 3OK9A 4OBGA 3WZ8A 5JG1A 4GJ9A 3O9HA 3OWNA 2QNQA 1GVTA 9HVPA 5P0AA 2AZ8A 4GYEA 5P2AA 1BAIA 5P0VA 2Q15A 3H5BA 5P84A 4RRNA 5OZ1A 5P22A 4I0DA 4DJUA 1AAQA 3BVBA 3HAUA 2I4DA 3OU4B 1FQXA 5P6KA 3L5FA 1WBKA 3S45A 3CYXA 5P0SA 4PZXA 5P62A 5P4OA 5P5XA 5P35A 1MEUA 4J1CA 5P1IA 2VJ6A 5P6ZA 4J17A 3LIVA 5P29A 2UXZA 5P4SA 1HTRB 1EPRE 1OEXA 1IZDA 8HVPA 1RNEA 4Y3ZA 2PMAA 3EL4A 4I0FA 5P49A 4GJDA 3S7LA 4EJDA 5IE1A 5OZBA 4CMSA 5DQ2A 3MSJA 2NPHA 2QHYA 4DUSA 2OHSA 5P2YA 4AA9A 5SXNA 1IZEA 1KJHA 4Y58A 4QJAA 5OYVA 7HVPA 5P47A 2OHTA 3OXXA 5COPA 1MT7A 1K6TA 3UPJA 4FRKA 3AUPA 3RSVA 2AIDA 3GI6A 4J55A 5P2JA 3S8IA 1HVIA 1EBYA 2AZ9A 1BXOA 3OQAA 4DQEA 5P8RA 4A6CA 1EC0A 3VFBA 1ER8E 5P0BA 3CYWA 3QS1A 5SY2A 1ZLFA 5P6TA 5P76A 5P43A 3JVYA 3INHA 1Q9PA 3UQXA 4WTUA 3ZKXA 5P27A 2Q63A 1META 5P4PA 3MXEA 4Z50A 5P7OA 2G1NA 4HDFA 5P1CA 3S43B 2ZJKA 5P6XA 3O9IA 3VSXA 2WF0A 5DR3A 4Y3JA 4MC9A 1HTFA 4B0QA 4Y57A 5P2BA 4QLHA 5P40A 1U8GA 5P4BA 5P5CA 4FAFA 4MC1A 1GVVA 5I3WA 5P3OA 4MC2A 5P4MA 4RRSA 2NXLA 5P3RA 4QJ8A 3QPJA 3CKRA 3PCWA 4S1GA 5P1UA 2APRA 1TSQA 5P7AA 4ZSMA 5P32A 5P6MA 5P60A 5P7FA 4Y5AA 1A8GA 3O9EA 2FGUA 4K4PA 5P2NA 5P6DA 1OEWA 4R95A 5P7LA 4I10A 3MSLA 4EP3A 3L5EA 3EC0A 3U7SA 5CONA 4HEGA 1FFIC 4A6BA 1D4JA 5OZ3A 2RKGA 5P7BA 2FGVA 3D1YA 1BWBA 4DJRA 2B42A 2HS1A 4DQBA 1APUE 3QROA 5P2CA 4LC7A 5P3BA 2ER7E 2VA6A 2OF0A 4NJSA 3UDMA 4Y54A 1QDMA 3O9AA 1HVKA 5P8FA 3Q70A 3IGBA 3ZKGA 5COKA 4FRSA 5P4FA 4YBIA 2G27A 1G35A 5P1XA 1W6IA 5KAOA 2I0DA 4ZIPA 1DIFA 3SLZA 4RVJA 1B11A 1W6HA 4Y4XA 4TRYA 4RVIA 4Y43A 3PRSA 3FX5A 5P05A 1FQ7A 2PH8A 3NU9A 4EP2A 1MTBA 3RU1A 1TW7A 3WB5A 5JFUA 4I0GA 2I0AA 2IRZA 1D4LA 1DW6C 3S7MA 3TOGA 1YTJA 4Y3EA 5P3CA 2ZHVA 4I8WA 3CKPA 1LF3A 1T6EX 5P1PA 4LXAA 4GB2A 3N4LA 5P7ZA 1ZJ7A 2O4NA 1ODWA 4GJBA 1MT8A 1HSIA 1HVRA 5P5WA 5P8VA 1K1TA 2P3BB 2ZE1A 1Z1HA 3HD8A 1W5VA 3URLA 5ER1E 3QI1A 4XKXA 4PEPA 5P2HA 4YOBA 4Y5CA 3I7EA 2VA7A 5P6NA 4CPSA 3DV1A 4YE3A 2Q11A 3SO9A 4J1KA 4HE9A 3UDPA 5P5DA 5F01A 3LPJA 2ZYEA 5OYZA 4DPFA 2IENA 5P06A 3UFNA 3ZL7A 1ZPKA 4B1EA 2FIVA 5P5TA 3QVCA 4F75A 3O9DA 3TKGA 3HVPA 4QJ7A 5DR8A 2OHQA 5PEPA 2WECA 2V13A 1FIVA 1CMSA 4YD6A 2NMYA 2Q64A 3LNKA 4FAEA 4Y4DA 3PSYA 2Q54A 2HB3A 2QP8A 3D91A 1DAZC 3NDXA 5P1JA 5P4IA 1HVJA 5OZSA 6FIVA 1UPJA 3HDKA 5KQYA 2AOGA 3L5BA 1K1UA 1ZPAA 1SBGA 5P10A 5P3NA 1IZIA 3KA2A 5P4HA 1E5OE 2P8HA 1XE6A 5P20A 5P36A 5P3FA 1AXAA 3WSJA 2FMBA 4BFDA 4GJ7A 1APWE 3VLAA 3NU6A 3LHGA 5I3VA 1LZQA 2VKMA 5P68A 4DJYA 5P57A 1LS5A 5UPJA 5P25A 5P5VA 5P5AA 5P2UA 4JOOA 5JODA 1GVUA 1XS7D 3KYRA 1AZ5A 3IAWA 4BELA 1SGUA 4L1AA 5BRYA 4DJOA 1W50A 4K9HA 4B70A 3RTNA 3EKWA 5AHBA 5P78A 1HWRA 5DQ4A 5OZYA 5P1SA 5P0LA 4FRJA 4Y5BA 1AVFA 5OZAA 5P1MA 3UDNA 3VG1A 5P1RA 4R91A 3QBHA 5P72A 1M43A 5P2GA 3Q3TA 1GVWA 2OHLA 5P3ZA 3JVWA 3S85A 4EXHA 5P18A 3PI0A 5P3SA 5P8CA 4DJWA 1EBWA 4K8SA 3NYGA 1ENTE 5P03A 3QRVA 2ER9E 1VIJA 3NUJA 5P3HA 3SM2A 3MXDA 5OZTA 5P3LA 4GJCA 4Y50A 3UDKA 1C6XA 5P7PA 2F3FA 2RKFA 5AHAA 5OZEA 2SAMA 2PK5A 3DM6A 3U71A 2P83A 4CP7A 3UQPA 1LYWA 5OZLA 2UY0A 1T7IA 4H3GA 2BPZA 1HTEA 2ZJMA 4FL8A 1BVEA 2I4QA 1C6YA 3PSGA 3S2OA 3IXOA 5E5JA 1BBSA 3SABA 5P0YA 4JPEA 4Y3RA 3PSUA 5OZ7A 3IXJA 4YHQA 3KDBA 1ME6A 3BUFA 5P2WA 3BXSA 5BWYA 2F81A 5P7SA 3QRSA 2HM1A 1XL2A 5COOA 4OD9A 2FLEA 5P69A 5KQZA 5OZHA 2HS2A 4QGIA 4I8ZA 5SZ9A 3EL1A 1SP5A 4Y56A 5OZKA 4YA8A 5P3KA 5P7JA 5KQXA 2QMDA 3SKFA 4DH6A 4ZPFA 3GW5A 5T4SA 5KR2A 2G21A 2NXDA 5P4DA 5AH9A 2ZJNA 3HAWA 4J0PA 1HVSA 4QJ9A 1EBZA 3OAGB 4I11A 3OTYA 5P85A 2WEAA 4Y9WA 3VYDA 5P8IA 5P2LA 5P3QA 2VIEA 5P1FA 4DJPA 5P0TA 4LHHA 1PPLE 4M8YA 4I0ZA 3PMUA 5P80A 3EXOA 2JXRA 5OZXA 4NKKA 2FDEA 5P8SA 1K6VA 2ER6E 3NDTA 5P5PA 2IKOA 4ZE6A 4KE1A 5P0JA 5P4EA 3T7QA 3PI5A 5P4YA 1YG9A 3OY4A 4DV9A 2G22A 5P6QA 1LYAA 4D89A 3PCZA 3HZCA 5HU0A 1HIIA 5AH7A 3UHLA 3ZKSA 2IDWA 3PVKA 3GI5A 2I4VA 3Q4BA 4RCEA 3QN8A 4BFBA 2QHZA 5OZWA 5P5NA 5P08A 4CPQA 5OZ2A 4L1AB 4Y4JA 3CICA 2J9KA 5HE7A 3EKYA 4Y35A 4ZSPA 3ZKMA 1DP5A 2F8GA 5P6YA 1FB7A 3CKTA 3OGPA 4K4QA 4WY1A 1ZSFA 2QMFA 1FGCC 2EWYA 1HOSA 4Y3QA 4YD3A 2OHKA 1YTGA 2HIZA 5P5FA 3EL5A 3SKGA 5P5UA 1SDUA 4LAPA 4Y51A 1BDRA 4XX4A 4K4RA 4OBJA 4D83A 2R5QA 1GNMA 1PPKE 1RQ9A 2AOHA 5P12A 5P82A 5P7NA 4Y5EA 3OXCA 5P8TA 2ZHSA 2HB2A 1LYWB 3OQKA 3I8WA 5P6EA 2HB4A 2V12C 5ISJA 4H1EA 5P8OA 3QP0A 5DGWA 1XL5A 5P1ZA 2XFKA 3UDJA 4EWOA 4J1IA 5DR4A 3VLBA 2F3KA 4H3IA 5P4WA 2P3BA 3PBZA 5DR7A 4KB9A 1XDHA 3BGCA 1D4KA 1F7AA 1HIVA 4R8YA 5P75A 1Z1RA 1PROA 4NPUA 1MUIA 3TKWA 2V10C 5P8EA 3EKXA 4OD9B 1K2CA 4TVHA 2P4JA 2V0ZC 4FM7A 2BPWA 1BWAA 5P8LA 4Z2ZA 2QZWA 3UDYA 1FG8C 1F34A 5P67A 4OC6B 5P3UA 4DJVA 5P59A 4AMTA 5OZMA 5P24A 5P3GA 5P3VA 1D4HA 4XXSA 5P8MA 5EZXA 2QI6A 4M8XA 5P8KA 1ZBGA 5P1QA 3LZUA 3KF0A 3PHVA 5P3DA 2NTRA 3NUOA 2Z54A 4DFGA 3NWQA 1E80E 1YTHA 5EZZA 5P0FA 3I2LA 3RTMA 3PLDA 5I70A 5P5HA 3EL9A 5P13A 2OHMA 3ZPSA 3K1WA 3BXRA 3PJ6A 1ZAPA 5P53A 4Y4ZA 2WL0A 3ZKQA 4YD4A 1QS8A 1EPLE 1TQFA 2QMPA 4HVPA 5P16A 4B1DA 2BPVA 4Y5NA 4I0HA 1MTRA 3LIQA 4H3JA 5P2VA 1QBRA 4F74A 1LYAB 3PWRA 3NU5A 5HCTA 5P8GA 4APRE 4Y3GA 5P3MA 5P56A 4EJLA 2F3EA 2Q55A 3EM4A 1HVHA 3WB4A 2VIJA 3KMXA 4Y3MA 3NSHA 5P70A 4OBFA 5AH6A 4EJ8A 5CLMA 1HPXA 4RZ1A 5P0OA 3B80A 5IVRA 4ER2E 1HTGA 4FM8A 3G6ZA 3LINA 4QJ2A 2UPJA 5P11A 5OZ0A 2I1AA 4Y3YA 4KE0A 3LIZA 2XYFA 5P0RA 1HHPA 5P44A 3NDUA 2NNPA 3KDCA 5HE5A 3OQ7A 5FIVA 4YDGA 4Y3PA 4D8CA 3RVIA 2WKZA 5P77A 3GGVA 1TZSA 3APRE 3RSXA 5P2KA 1RPIA 1W5YA 3UTLA 3R0YA 3BUGA 1APTE 3URIA 3SAAA 1K2BA 5DQCA 3IXKA 4AA8A 2WHHA 5HCOA 3ST5A 1JLDA 1MERA 4Z4XA 1OD1A 5OZ5A 3DUYA 1EPPE 4PZWA 1EC1A 1HSHA 1B6LA 5P4AA 5P4LA 4DJXA 3OADA 3NWXA 3TTPA 2FNTA 1D4SA 1EEDP 5P31A 4A4QA 4B1CA 4CPUA 3BRAA 4TRWA 3S54A 5P4XA 5P1EA 2VNNA 4J1EA 3OOZA 1OHRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VV7 A;  5KQF A;  5P0G A;  5P5R A;  4RCF A;  5IVS A;  2AOC A;  4OBH A;  2VIZ A;  5IVQ A;  5DR1 A;  1CZI E;  4U7V A;  4J1F A;  4DI2 A;  2ZJI A;  1IBQ A;  1E82 E;  5P83 A;  1BVG A;  2IL2 A;  1FEJ C;  1HRN A;  1EC3 A;  5P7H A;  3CMS A;  3UFL A;  3LIY A;  1NPV A;  4DQH A;  2B7Z A;  3UQR A;  1FMB A;  4PYV A;  3URJ A;  5JFP A;  2I4W A;  1HIH A;  1IDB A;  5HDU A;  5P1N A;  2VNM A;  3VF3 A;  2HAH A;  5P0Q A;  5P38 A;  2QHC A;  1TCX A;  3OHH A;  5P2R A;  1SMR A;  4FGX A;  1LV1 A;  3QBF A;  1MES A;  1YX9 A;  3KDD A;  1KJF A;  4FM6 A;  5OYX A;  5P0D A;  4GZF A;  4Y5G A;  3F9Q A;  5P3J A;  1M0B A;  1MSM A;  5P5Y A;  4CPT A;  5P58 A;  4J0V A;  5P4V A;  2G69 A;  2Q5K A;  1AID A;  3NXN A;  5P73 A;  1EPN E;  1K6C A;  3LZV A;  3O9F A;  5P3X A;  3IVH A;  5P4T A;  2OHN A;  5P19 A;  2QU3 A;  4L7J A;  1BIL A;  5P7I A;  2BJU A;  3T6I A;  4Y3S A;  2QNN A;  5P34 A;  3HW1 A;  3FIV A;  2ZHU A;  5P89 A;  5P30 A;  5C9B A;  3S53 A;  2P3C A;  3KFS A;  2AOE A;  4Y3N A;  5HU1 A;  3DK1 A;  4GJA A;  4IVT A;  3OU4 A;  1SGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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