5P7FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 312
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7fA01
1E81E 3RSVA 4J54A 2PWCA 4CKUA 4AA9A 3Q3TA 3BXRA 3WB5A 3Q70A 4U7VA 5P3XA 5P66A 5P4EA 5OYXA 2UPJA 3NU6A 2QZLA 3ZPUA 5P6UA 3K5FA 5OZ7A 5OZXA 1KJ7A 5B18A 5HE7A 1MERA 5P25A 2O4SA 2B8LA 2AQUA 1YT9A 3QRSA 5P4OA 5OZOA 1SMRA 4F73A 3K1WA 4FRKA 3I2LA 1GNOA 2AIDA 4Y36A 4YD7A 3BRAA 3KM4A 1B11A 4GJ8A 4GJBA 1BXOA 2V00A 4H3JA 1MRWA 6UPJA 2NXMA 4DJXA 4HE9A 5P7AA 5P7DA 5P6JA 1TZSA 4Y3MA 4EP2A 3RTHA 3PLDA 2I4DA 1C70A 3L5DA 3L5EA 5P7TA 1EC2A 3ECGA 4GZFA 1D4IA 5P2BA 4Q1NA 1E82E 4EJKA 4B1CA 2RSPA 3QP0A 2F3FA 4RRSA 3UQWA 2PMAA 5P53A 1LZQA 2NNPA 1YTIA 2WEAA 4HLAA 4I0FA 3TOGA 3EL0A 3VSWA 4FE6A 5P0BA 2ZJLA 5P2VA 3JVWA 2G22A 5P8TA 2QNQA 4LP9A 3TH9A 2AZBA 3EBZA 5P6EA 3S2OA 1JLDA 1XDHA 4B70A 1LYWA 3D1XA 1HSIA 2BPVA 4ZIPA 3HVPA 5P5RA 2FGVA 3BGCA 4Y4GA 1ODWA 4DQHA 5P1BA 2R3WA 3PB5A 1HPOA 3QI1A 5P0CA 2HM1A 2V16C 5P2ZA 2B7ZA 5P8SA 4DV9A 3NWQA 4L7GA 1NSOA 2XFKA 4R8YA 5I3YA 4F76A 3O9BA 1HRNA 4RROA 5P4UA 5P6KA 4Y37A 1M4HA 2I4VA 5HE4A 2NPHA 3M9FA 1YM2A 4LC7A 5HD0A 3UF3A 3UPJA 4CPQA 4Y3YA 2RMPA 1IZDA 1D4KA 5P1AA 4XKXA 4FS4A 4BEKA 5OZRA 5P0PA 5HVPA 4XX3A 1HSGA 5P81A 5P1QA 2NXDA 1KJ4A 5P12A 2WF3A 5P4BA 5APRE 3LHGA 2FDDA 4EQJA 1DMPA 4MC6A 5P55A 4EJ8A 5P0OA 1W5WA 3OXCA 1TW7A 5P8RA 4XX4A 5P08A 1RL8A 1ZP8A 3OHFA 5DQ5A 3EKQA 5BRYA 5P1OA 3GI6A 4Y3HA 4Y3FA 2QI3A 1LS5A 2QU3A 4EYRA 3NSHA 4FM6A 4A6CA 5P09A 3CKTA 1ZLFA 1NPWA 2WEZA 5OZCA 3N3IA 2APRA 3GGUA 5P4FA 5P2NA 5P3KA 2JXRA 5OZDA 5P3MA 2G69A 2NMYA 3PCWA 1OEXA 5P43A 5P0AA 1NH0A 4WTUA 5P7GA 3EM3A 2IEOA 4YCKA 1BBSA 3LZVA 3UFNA 3OHHA 3VLAA 3QS1A 5ER1E 1MIQA 4PZXA 3B80A 5P00A 1A30A 1HEGE 2QI7A 3KA2A 4Y3GA 1T6GA 5P34A 1B5FA 5OZUA 1GKTA 1Z1HA 4Y4JA 4NPUA 3OOZA 4R91A 5P32A 5P40A 2QZXA 3D91A 1UH9A 2ZJHA 3EMYA 5BWYA 3UQRA 1IZHA 2IKOA 5ENMA 3I7EA 4Y3JA 1DAZC 4WY1A 4ACXA 4Y5GA 3ZOVA 5P6ZA 5P7EA 1ODYA 2F3EA 1DP5A 1EBYA 3TPRA 5OZSA 4J0YA 3RU1A 4BELA 5P35A 3PI0A 5P5WA 1XE5A 5KOQA 4OC6A 1RNEA 3PMUA 1SGUA 3L5FA 4PHVA 3PMYA 3O9EA 3EKYA 5P7PA 1PPLE 2AOFA 5OZ8A 2AVOA 4FM7A 5P0WA 5P6YA 2H6SA 5P16A 1AXAA 1FFFC 1HVHA 6FIVA 1XN2A 3BUGA 5HU1A 3ZKIA 2QI0A 2BBBA 3T7PA 3TKGA 4K4PA 5P1RA 5OZ1A 2VIYA 2FNTA 3LIVA 4FRSA 4ZPEA 5P5DA 1BV7A 1FMXA 2B7FA 3OOTA 4HVPA 5PEPA 2WJOA 1MSNA 1B6JA 1RV7A 3QBFA 3SLZA 5OZ5A 5P0UA 2AVMA 1IDAA 4OBKA 1D4LA 2AODA 4FRIA 4X7IA 2G1OA 4HEGA 2V0ZC 5COKA 3CICA 5P82A 5KAOA 1TQFA 4Y5BA 5P5IA 4Y5KA 4Y3LA 5P47A 3N4LA 2SAMA 1LV1A 4B00A 4FAEA 5P02A 2I4WA 2MIPA 2XYFA 5P03A 5OZZA 2ZHTA 5I3WA 2ZJIA 5P7YA 4Q1XA 4D8CA 2ZJNA 4LL3A 1G6LA 3OAGB 2QAKA 1APVE 5P0VA 1HVCA 3PRSA 4Y3ZA 2Q11A 2V11C 5AHCA 4RZ1A 5P3YA 5P2XA 2BPYA 5P7XA 4J5JA 4I0DA 3K4VC 3MSLA 1C6XA 4D89A 2OF0A 2J9JB 4K4QA 3S45A 1MT8A 2VJ7A 1HVIA 5P13A 5P80A 3ST5A 1MTBA 3ZPTA 4YBIA 3NWXA 5P5LA 4F74A 5P5AA 5P0XA 2O4LA 5P7JA 4KUPA 4JP9A 2HAHA 1AAQA 2QZKA 7UPJA 3VSXA 5CONA 3OXXA 1AM5A 2BJUA 4TVHA 4Y3SA 2QMPA 4YOBA 4RLDA 5P2EA 2A4FA 2F8GA 5P5PA 4NPTA 3O99A 2BPWA 2WF0A 2IRZA 3VLBA 3R2FA 4I0HA 4YHQA 1IZIA 1SIPA 2I4UA 3S54A 5P07A 5P5GA 4GB2A 4K9HA 4EJDA 4QJ9A 5HDZA 8HVPA 5HE5A 5P60A 3ZKQA 3VFAA 2IQGA 5P5UA 5P1IA 5P64A 5P5CA 3HAUA 2FIVA 1MESA 1PROA 1W5XA 2BPZA 1SGZA 2FXEA 1XE6A 4J0PA 5EZZA 1HEFE 3ZL7A 3FIVA 4Y4DA 2PK5A 4APRE 5P1CA 3KYRA 3SKGA 1EC0A 4Y53A 4PEPA 5OYUA 5P8CA 1GVVA 3BHEA 3R0WA 4Y4WA 3WB4A 3TPPA 4EWOA 1SH9A 1YM4A 5AGZA 4I8ZA 5P6TA 4GJ5A 5P0TA 5DQ2A 3IAWA 4I0ZA 4I10A 3TOFA 3O9HA 2ER0E 3OGQA 4L6BA 2VKMA 4J17A 5P3DA 5P7IA 2G1RA 2IDWA 2NNKA 2BPXA 5P70A 5P0FA 4Y3NA 4R95A 2XYEA 2ER9E 5P7VA 3NU5A 3PSYA 5P0KA 3PCZA 2O4PA 5P0IA 1ZSRA 4J1EA 5P1PA 3OU1B 5ER2E 2WEBA 2HB4A 2Q54A 4Y35A 5HDVA 1K6TA 2PSUA 3SO9A 3O9IA 5P84A 1FB7A 1M0BA 2G24A 3CKPA 3O9CA 4MC1A 2IGYA 3JW2A 4GJDA 2G27A 4R5NA 1K1UA 2WECA 1LEEA 3SAAA 3PBDA 2VNMA 5P74A 4H1EA 3L5CA 3MXDA 4Y50A 4Z50A 2IGXA 2AOCA 2OHQA 3LINA 1EPME 4YCYA 1NPVA 5P4AA 5P0EA 1PPME 1MEUA 2P8HA 5P3TA 5CLMA 3T3CA 3C9XA 2P3BB 4J0VA 4Y38A 2PH8A 5P7QA 2WHHA 5DQCA 5P8IA 4B0QA 1KJFA 2QP8A 5P2HA 3L58A 1BXQA 5OZKA 1A9MA 2PWRA 5COPA 2NMZA 1W6HA 5P5EA 5P3PA 4OBDA 4ZPGA 3L59A 5P48A 5P72A 1HVSA 5I3XA 4QJ6A 4DQBA 4PPHA 5P0YA 3WZ8A 3ZKXA 5HTZA 1EEDP 4Y4TA 3PVKA 5P1TA 4RCDA 4Y5CA 3R1GB 5P4TA 1APUE 2WL0A 4IVSA 1CPIA 5I70A 5OYSA 2QHZA 5P6NA 5P73A 4B77A 4J55A 2CEJA 1YTJA 1DW6C 3DUYA 5KR1A 4OBGA 4ZSMA 4OBZB 3SM2A 2PYMA 3VV8A 3MWSA 5P6XA 2PYNA 3H5BA 4QLHA 2IENA 4D85A 4FGXA 1XS7D 5P57A 5P6DA 2HS1A 4CPUA 5P4VA 1SDVA 3HDKA 3S56A 4I12A 4YA8A 1RQ9A 5OYWA 5COOA 5P8MA 4QJ2A 5P17A 1OD1A 2F81A 5HCOA 5P5XA 1CMSA 3G72A 5P2AA 1E80E 4FCOA 1VIJA 1BAIA 4Y39A 1MPPA 5P30A 1FQ4A 1QS8A 5P8LA 4DJWA 2I0AA 5F01A 4TRZA 3IN3A 3SA8A 3OWNA 2QD8A 4HDFA 1UPJA 3QN8A 3NDUA 3K5DA 3APRE 2R9BA 3EXOA 4DJPA 5P4CA 3SA6A 3BGBA 3CMSA 1BWAA 3OU4B 3IVHA 4YD6A 5EZXA 3KMYA 5P6CA 2AVVA 2PSVA 5P2OA 1J71A 5P1DA 3HZCA 4DQFA 1FQ5A 3T6IA 5P0HA 4AZYA 4DVFA 3DV5A 1OEWA 7HVPA 2ZGAA 3DCRA 5OYRA 5IVSA 3ZKSA 5P41A 2WEDA 2B42A 5P3OA 3SA7A 1EPQE 5HU0A 3GI0A 2J9KA 2B8VA 1BVGA 3NU4A 5P1VA 3K4VA 4WY6A 4IVTA 5P5OA 4ER1E 1G35A 3OAGA 5OYZA 1HXWA 2HIZA 1APWE 3KT5A 2FDPA 1HTFA 3KFRA 5P8JA 4CPTA 4TRWA 4Y9WA 4Y3DA 1BWBA 2CEMA 1ZPKA 3RTMA 5P4GA 1A8KA 1EC3A 4YCTA 2J9JA 5OZQA 3KT2A 3I25A 3SACA 1META 5P7UA 5P3NA 4Y44A 5P68A 5P52A 3NDTA 3OTYA 4LBTA 1KJGA 3TL9A 1IVPA 5P5ZA 1FLHA 4D83A 4BFBA 3EKWA 4RVIA 4GJAA 3BXSA 1A8GA 3KMXA 2VNNA 1SMEA 2AOIA 3INEA 5P1LA 2IS0A 3K5CA 4YD3A 4Y56A 1EPLE 1AIDA 4GJ7A 4JOOA 4DFGA 4FIVA 1Z1RA 2OHRA 2ZHUA 3NDXA 5P76A 3UDKA 2QMGA 4YD4A 2WF2A 5P5VA 1GNMA 3ZKNA 1FQ6A 5P49A 3ZKGA 3BVAA 3LZUA 4RYCA 3NXEA 5P7BA 5HDUA 3LPKA 4J0ZA 1GVUA 2R38A 3INFA 3LIYA 2VJ9A 4K4RA 4ZEAA 1APTE 1HPXA 2PQZA 3LZYA 3OQ7A 1EBKC 2CENA 1IDBA 3SA5A 3VFBA 4I0IA 2ANLA 2I4XA 2NXLA 3VV6A 3ER5E 4QJAA 1FF0C 2PC0A 5TOLA 1LYAB 4R93A 2O40A 4D88A 4AMTA 4I0GA 4J0TA 3VF3A 5P2IA 2ZE1A 3S53A 4GJCA 4OBHA 5KR8A 2Q55A 4YD5A 5P5SA 4I0JA 2BQVA 5P2RA 1MT7A 5P8NA 1W6IA 5JFUA 5P6SA 5P7NA 5P7OA 4LHHA 5P4LA 3G70A 3NU3A 1PSNA 3IA9A 2Z54A 5E5KA 5P4MA 1LYWB 2O4KA 2OHTA 3OQFA 3OU1A 2OHUA 5P77A 4NJTA 4L7HA 5P6FA 1YTHA 1N49A 5JG1A 4B72A 5P87A 4Y4XA 2QMFA 1PSOE 1K1TA 5P3FA 3S7MA 3PLLA 2ZHSA 3TOHA 3DJKA 1MRXA 3HAWA 2WF4A 3R0YA 1AJVA 5P7WA 4HZTA 4PZWA 5P6LA 3URJA 4GJ6A 1WBKA 5HDXA 5P3ZA 3PM4A 5P37A 3PWRA 5OZEA 5P24A 1T3RA 3WSJA 4GJ9A 5P4JA 3EL1A 4L1AB 3UDJA 5P7MA 3QRVA 3UDNA 3UDYA 5OZFA 3S8IA 3QVCA 1WBMA 4Y45A 5P4DA 2P3BA 4NJVA 3MSKA 5P56A 4ER4E 4Y54A 5P2UA 1BV9A 3L5BA 5P4ZA 5OYVA 3F9QA 5P8HA 3T7QA 5P46A 5P28A 4Y3PA 5P26A 2JJJA 5P8EA 5P0JA 3UDQA 4TRYA 1HBVA 3K5GA 4UPJA 5AH7A 2AOGA 5P5HA 4RRNA 1FMBA 3HW1A 1NPAA 4PYVA 2FS4A 5ISJA 5OZ9A 1T7JA 5DGWA 5P88A 5KQXA 2VA5A 1XL2A 5P7FA 2P3CA 2AZ8A 2XFJA 3SPKA 1IVQA 3L3AA 4Y43A 5KR0A 5P7SA 5P8FA 1PFZA 2G20A 1K6PA 3GI4A 3KFSA 4Y5PA 2OHMA 4J1KA 5P3LA 2PSGA 4XXSA 1C6ZA 2QMDA 1CZIE 3KF0A 3VCMA 1K6CA 5UPJA 2Q3KA 5P3UA 4J1FA 3UTLA 4U8WA 3UDPA 1LYBB 3DCKA 4OBZA 5P5FA 1TCXA 3OQKA 4FSLA 1ODXA 3UDRA 3O9GA 5P2JA 4EXGA 3EM6A 5KQZA 1F7AA 5P69A 2QI4A 2F3KA 2B60A 1EC1A 5P4XA 3FV3A 1FEJC 5DQ1A 4DJUA 1EPRE 3U6AA 2HPFA 5P39A 3PJ6A 3VYEA 4Y4BA 5P6OA 3OUBA 4E43A 1SDTA 5P33A 2FXDA 5P3BA 1SBGA 3D3TA 4Y4ZA 4YDGA 4EJLA 1ZAPA 1C6YA 4DJRA 3RTNA 5OZ2A 3IN4A 3UHLA 5OZVA 2R3TA 5C9BA 3VG1A 2G21A 5P0GA 4Q1WA 2G26A 5OZ3A 1Z8CA 3HLOA 3LIQA 5P19A 5P5BA 5P6AA 1D4SA 3RVIA 1BDQA 3OUDB 2HB3A 1K2BA 3GW5A 1HIVA 3QPJA 2RKFA 5P14A 5BS4A 2ZJMA 4I11A 1UH8A 5P62A 4ZLSA 4CPSA 1FKNA 2AOJA 5P50A 3OU4A 4U7QA 1ZPAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E81 E;  3RSV A;  4J54 A;  2PWC A;  4CKU A;  4AA9 A;  3Q3T A;  3BXR A;  3WB5 A;  3Q70 A;  4U7V A;  5P3X A;  5P66 A;  5P4E A;  5OYX A;  2UPJ A;  3NU6 A;  2QZL A;  3ZPU A;  5P6U A;  3K5F A;  5OZ7 A;  5OZX A;  1KJ7 A;  5B18 A;  5HE7 A;  1MER A;  5P25 A;  2O4S A;  2B8L A;  2AQU A;  1YT9 A;  3QRS A;  5P4O A;  5OZO A;  1SMR A;  4F73 A;  3K1W A;  4FRK A;  3I2L A;  1GNO A;  2AID A;  4Y36 A;  4YD7 A;  3BRA A;  3KM4 A;  1B11 A;  4GJ8 A;  4GJB A;  1BXO A;  2V00 A;  4H3J A;  1MRW A;  6UPJ A;  2NXM A;  4DJX A;  4HE9 A;  5P7A A;  5P7D A;  5P6J A;  1TZS A;  4Y3M A;  4EP2 A;  3RTH A;  3PLD A;  2I4D A;  1C70 A;  3L5D A;  3L5E A;  5P7T A;  1EC2 A;  3ECG A;  4GZF A;  1D4I A;  5P2B A;  4Q1N A;  1E82 E;  4EJK A;  4B1C A;  2RSP A;  3QP0 A;  2F3F A;  4RRS A;  3UQW A;  2PMA A;  5P53 A;  1LZQ A;  2NNP A;  1YTI A;  2WEA A;  4HLA A;  4I0F A;  3TOG A;  3EL0 A;  3VSW A;  4FE6 A;  5P0B A;  2ZJL A;  5P2V A;  3JVW A;  2G22 A;  5P8T A;  2QNQ A;  4LP9 A;  3TH9 A;  2AZB A;  3EBZ A;  5P6E A;  3S2O A;  1JLD A;  1XDH A;  4B70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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