5P7LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 318
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7lA01
1EPNE 5P5RA 5EZXA 4Y3QA 5OZAA 1K2BA 4K8SA 2Q3KA 5P5UA 5P8RA 4ZSMA 5P1MA 3S56A 4RLDA 1B6KA 2G1SA 5KAOA 3L5BA 5P4TA 3UDMA 5P5MA 4B1EA 2B8LA 3DUYA 1SDTA 3PCZA 3WSJA 2EWYA 1W5XA 4DJYA 4HA5A 3OY4A 4BEKA 2AOHA 2HB3A 3EL1A 4R91A 5P5AA 5I3VA 5OZLA 3ER3E 1TQFA 5P88A 1PSNA 5P5OA 4U7VA 1SDUA 3S45A 1LYWA 3PLLA 8HVPA 2I0AA 4BFDA 3PB5A 5P08A 1CZIE 3INDA 3AUPA 4RVJA 5P5NA 5P05A 3WB5A 3SA6A 1IZIA 4Y37A 1SIVA 3NU3A 3NDUA 5DR7A 5OZ5A 2B60A 2ZHVA 4GMIA 1NPAA 1FFFC 1Z8CA 1D4HA 1M0BA 2IGXA 5P8AA 5P0XA 3MWSA 5P2IA 3PEPA 3OOZA 2PH6A 1HSIA 3EM3A 1NSOA 3IGBA 3VV8A 4YD7A 1K6VA 2WEDA 4DQGA 3HAWA 5P7PA 5OZWA 2PWCA 3LIVA 4F74A 4I0FA 3NWQA 3TPJA 2QNNA 1FQXA 5KQXA 1DPJA 4DPIA 4GYEA 5P5BA 3EMYA 3R1GB 3LIQA 2I1AA 5OYRA 5P1UA 4Q1XA 3IN3A 2NMZA 5P8KA 4QJ2A 5P4LA 3HBOA 2ZJKA 1K6PA 5P4IA 5HU1A 1GVUA 1XE6A 5P4NA 5KR1A 3A2OA 5P6PA 5P4SA 4DJXA 2VNMA 4RYGA 4Y51A 2H6SA 7UPJA 5P3WA 3MSJA 4J0TA 2NPHA 4Z4XA 2BPVA 4L1AB 4YE3A 1LYBB 5P3RA 1XE5A 5DR8A 1FQ5A 5P1SA 3QBFA 3QAAA 3L5EA 3N4LA 2QU2A 4RRNA 2HIZA 3N3IA 4R93A 3UDNA 2IRZA 4QJAA 3GI5A 5P6WA 4COEA 2VIYA 4KE0A 5P1FA 1A30A 4EYRA 3OQDA 4FAFA 1D4YA 5P3JA 4HLAA 4ZE6A 3T7XA 5COPA 5P6JA 3OADA 3IA9A 5UPJA 5J25A 4OBZA 5P1QA 1MSMA 2ZHSA 4Y5NA 2WF0A 4D88A 5OZPA 5P2BA 4AA8A 2QAKA 5P8UA 5B18A 4HDFA 3SA8A 3D3TA 3QBHA 5P7GA 1W6HA 3KFPA 1MESA 2ZHTA 4M8YA 1ZP8A 4F76A 2XFJA 3T7QA 1F34A 4CP7A 3NDXA 3NYGA 5DR4A 1B6PA 4X2LA 4Y3GA 1UH7A 3UF3A 4Z50A 4GJBA 2G1OA 5P6TA 1FKNA 3UDRA 2FGVA 2ZJLA 1HSGA 1YM2A 2G27A 2AVSA 5OYSA 2V11C 5P6AA 1K1UA 5P7IA 5KR8A 3MSKA 5P1HA 4DQHA 5P43A 4Y5EA 4WY1A 3OADB 1YTHA 1T6EX 4Y5LA 1AM5A 3KF0A 5OZBA 1APTE 2I0DA 3L58A 1AZ5A 2HB4A 5P14A 4YDGA 3OGPA 3BGBA 1B6MA 3KFNA 5P2VA 3KT5A 5OZCA 4DJOA 5DGWA 4NJVA 5OZIA 1LF4A 4PPHA 4B00A 5AH6A 1MRWA 4Y35A 2WJOA 5P31A 4EJDA 5P2JA 1DP5A 5P7YA 3BGCA 4FM6A 4HVPA 5P5LA 1APVE 5P57A 3UDKA 3OXXA 5P39A 4EHCA 2WEBA 5P67A 5COOA 4I10A 5P6ZA 4I8ZA 2G24A 5P2AA 3EL9A 1FLHA 1RQ9A 4QGIA 1DIFA 3D20A 5P0VA 4Y3RA 3VEUA 5P4RA 2R9BA 4RVIA 3IVIA 4I8WA 5P53A 5CONA 2ER0E 4DQCA 2FDDA 1FQ4A 5AH9A 4U8WA 3OQKA 2AZ8A 4ACXA 1HOSA 1RNEA 5P3HA 4J5JA 5APRE 3K4VC 2Q15A 3I25A 3QROA 1LYAB 5P5EA 1EEDP 1KJ7A 4KUPA 5P4WA 2QNQA 1HPSA 4JPEA 4MC1A 1QBTA 4YD6A 5P7SA 5TOLA 5P0KA 1C6XA 3EL4A 4L7HA 5P78A 4A4QA 5P3VA 4D85A 1A8GA 3FSMA 1YM4A 3EKQA 3NUJA 1AJXA 4J1HA 5AH8A 5OYXA 2ER7E 1ZSRA 3PVKA 4CPXA 4DQFA 5P1JA 3UDPA 1K6CA 3HLOA 2IDWA 4ZEAA 4I0IA 4Q1WA 5FIVA 5ISKA 4JOOA 4Y3ZA 4EQ0A 4GJDA 4FGXA 5P60A 5P6SA 5P3QA 3SFCA 2WEAA 3KT2A 4Y3XA 2NXDA 2H6TA 1KZKA 3ZLQA 1QBUA 1APUE 3U71A 5ENMA 1HTGA 1MEUA 2UXZA 3GGVA 4DV9A 5P7HA 5P38A 1JLDA 1HIVA 3VLBA 1IZHA 2AVMA 4H3IA 3UDJA 3OAGA 4DJVA 2R38A 3PBDA 3VFBA 2HPEA 1SDVA 3L5DA 1SGUA 1BIMA 3PBZA 2G1RA 6APRE 3FX5A 5P54A 1HVIA 4Y44A 4ACUA 3HAUA 3MSLA 5P19A 1EAGA 5P77A 4EWOA 1EBZA 3O9FA 5P15A 1DAZC 1EPPE 3TNEA 4HE9A 3NSHA 3VG1A 5P4XA 2NXMA 1EBWA 5KQYA 5P85A 2V16C 5OZJA 4OBGA 5P2HA 1XN2A 4F75A 5OZEA 5P6CA 5DQCA 5P65A 5P3TA 3OUBA 1IDAA 1BDRA 3DV5A 3UQRA 3O9AA 1ZAPA 3PJ6A 5P16A 3CIDA 2Q5KA 4ZPEA 5OZ7A 5P1LA 1HRNA 1AVFA 5P2MA 3PI0A 4GIDA 3OHHA 3LZYA 5P4EA 3HD8A 6UPJA 5P46A 4Y3EA 5I70A 2VKMA 4JP9A 5P5DA 4Y41A 5P0UA 4XXSA 2AIDA 2HB2A 5P8EA 4Y4EA 3SM1A 1K1TA 2PC0A 5P2EA 2VA7A 3KDBA 1LEEA 2JXRA 3R4BA 4LXKA 2QI4A 3LPKA 2Q64A 4MC9A 5OZ6A 5P0ZA 4PYVA 5DR0A 3DOXA 4I0DA 1LS5A 3FNTA 2QMPA 5P6VA 4Y4GA 1BVGA 4ZSQA 5P5CA 2FDEA 3PSYA 2AOIA 4I0EA 1AXAA 4Q1YA 4GJ8A 5P1KA 4Y4WA 3T11A 2R3WA 4FRIA 5P8MA 3CYWA 3S53A 4ZPFA 5SY3A 2P8HA 5P4FA 5JODA 4Y45A 4Y3HA 2FXDA 5OZQA 1DW6C 5P1XA 3S8IA 1FGCC 5OZHA 5P73A 3CYXA 1OEXA 1QRPE 2ZJNA 1XL2A 3NUOA 5OYZA 5IS4A 1GVXA 3PM4A 5P8OA 3Q70A 3QI1A 4H1EA 2B42A 5OZ2A 4JECA 2Z4OA 5P5JA 1T7IA 2NNPA 5OZ4A 5P6UA 2QNPA 4EJ8A 2Z54A 5KQFA 5IVTA 4J1IA 3BVBA 3VCMA 3BXRA 4R8YA 5P2GA 5P4ZA 5IE1A 3PSGA 3EKVA 4EP3A 5P49A 2O4NA 4R95A 2PYNA 1YT9A 2AZ9A 5P23A 1LZQA 1W5VA 3UPJA 1HVCA 5P69A 4J0PA 4Y4DA 5P0EA 2HPFA 5P2ZA 4J17A 5HDXA 4DVFA 1J71A 1HVKA 1KJGA 2QU3A 5P7EA 3UQUA 5P2OA 1W6IA 2G94A 2IL2A 3KN0A 3VSWA 3TOHA 4K4RA 4YOAA 2VIZA 5P0BA 1EPRE 2PSGA 5P50A 5P27A 4APEA 1WBMA 1XDHA 5P33A 3QVCA 3JVWA 4J1FA 5OZGA 3ZL7A 4DFGA 3D1XA 2BPWA 3PI5A 2R8NA 4XKXA 5P03A 4Y3TA 3PSUA 1UH9A 3NU4A 4TVGA 3UFLA 3NU6A 3KMYA 5OZRA 4Y5AA 3S43B 2V10C 5P4GA 1FQ6A 3SA9A 4Y5MA 2JJIA 1D4KA 3TOGA 3OHFA 1AJVA 3O9IA 4CMSA 1Z1HA 3OUDA 1ODXA 2B7FA 4Y5GA 3OXCA 5HDVA 3LIZA 1D4IA 1SP5A 3VF3A 1TSQA 4YD5A 5P0AA 2SAMA 2IGYA 3LIXA 3L3AA 2AOFA 5P1EA 4Y4UA 3L5FA 3SA7A 3OXWA 4BELA 2PK5A 2AZCA 4GB2A 3ZOVA 4B0QA 5P48A 4DJQA 5P6FA 3VYFA 5P5TA 3K4VA 5P8CA 5P7UA 4I0JA 3OU1B 4XX4A 4APRE 1OD1A 3UCBA 2QHYA 2FXEA 5P5VA 4CKUA 3MXDA 4B72A 2P83A 2QMDA 3QPJA 1HVHA 2QI7A 4L1AA 3ZPSA 3TLHA 5P04A 1EBYA 4WTUA 1LYBA 3OUDB 4AUCA 1BXOA 3PMUA 2OAHA 5P3XA 4M8XA 5P86A 1GKTA 4H3GA 3URJA 5P6IA 4B78A 3LPJA 4TRZA 3H5BA 5P35A 2HAHA 3T3CA 2F3FA 3D91A 5OZMA 1BXQA 5I3XA 2WECA 4CPTA 5P5QA 3FNSA 3OU3A 1SMRA 2VS2A 2PSUA 5P8BA 4Y5BA 5P37A 1FMBA 5P2CA 1EC0A 3VV6A 5P1BA 3IVHA 1HTRB 5P5KA 3DCRA 3HVPA 5DPZA 1W51A 1HEGE 4A6CA 5P7BA 5P5YA 4Q1NA 5OYWA 5OZ1A 1FB7A 5P6BA 5P6DA 2F8GA 5EZZA 4EXGA 2I4XA 2OHKA 2OHLA 5P3NA 4QLHA 4Y4ZA 2ZJJA 5P7VA 2PSVA 2BKSA 4EJLA 3QN8A 5OYVA 5OZYA 1FMXA 4FIVA 5COKA 3IXKA 3BC4A 4FSLA 4OBJA 1NH0A 5P3DA 4J0YA 1M43A 5P58A 1ZBGA 4YDFA 4RZ1A 2XYFA 2ZGAA 2G1YA 1MT9A 2OHRA 1EC2A 4NJUA 5PEPA 3WZ6A 3LIYA 5P3BA 2V13A 1VIKA 4Y3JA 4ER2E 2F3KA 5P0WA 1Z1RA 1LV1A 5P3KA 2I4VA 2IKOA 1FG6C 3QP0A 5P5SA 2R3TA 2HC0A 3OXVA 5P42A 5P74A 5OZ0A 2V12C 3QRSA 5P3PA 2AOEA 5P1ZA 4B70A 4HDBA 5P5PA 5C9DA 3CKTA 5P0OA 5P56A 2AQUA 4I11A 1C70A 2APRA 5P06A 4D8CA 3PCWA 2V0ZC 3S7LA 3CMSA 3T6IA 5P30A 1WBKA 3NU5A 4RYCA 1K6TA 5P7QA 4J0VA 3S2OA 1BWBA 5P4JA 3K5DA 5P6NA 5P7AA 3ZKNA 2QI5A 5P4CA 1LYAA 1PPME 2XYEA 5P8HA 5P47A 4AZYA 4DQBA 3BRAA 5P62A 3UQPA 2G21A 4OBHA 5P2DA 3EKYA 1T6GA 2R5PA 1EPOE 3TL9A 4Y4TA 4YOBA 2F81A 3UQWA 1EC3A 3T7PA 5E5KA 1W5YA 1PROA 1T3RA 1FFIC 2P4JA 4FRSA 1W5WA 1KJ4A 5P1RA 5HDUA 1FQ7A 4DH6A 3NU9A 5P8PA 1WKRA 2VNNA 2P3BA 4U7QA 4K4QA 4LP9A 5P0SA 1GNMA 3SABA 2IEOA 2QI6A 3CKRA 5P2XA 3DM6A 3Q4BA 5JFUA 5P75A 5P29A 3LZUA 4GZFA 3SAAA 5P81A 3GI0A 3RTMA 3OTYA 4Y58A 4DQEA 5AH7A 5OZZA 2CEMA 3UDYA 5OZ9A 3I8WA 1RV7A 3BXSA 5OZFA 5P3MA 1EC1A 3KDDA 2RENA 3GGUA 1W50A 2QK5A 3O9BA 3WZ7A 4NJSA 4YD3A 5P0LA 5DQ1A 5P82A 1SMEA 4L6BA 3UDHA 2O40A 5P3OA 3FIVA 2QD7A 1LF2A 2QD8A 2P3BB 3OTSA 4IVTA 5P0CA 1HXWA 2XFKA 5I3YA 6FIVA 4R92A 5OZ3A 2FNSA 5P3IA 4L7GA 4RCEA 5P89A 5P3YA 4QJ9A 1YTJA 4FM8A 4TVHA 4I12A 4B1DA 5C9BA 4HZTA 5P40A 4YCKA 3PGIA 4J55A 4GJ7A 3GI6A 5KQZA 3BUFA 3TPPA 2Q63A 4TRWA 4Y38A 4DI2A 3R0YA 5P41A 5DR3A 2OHQA 5DQ5A 4Y5CA 4OBKA 3VF5A 5OZTA 4Y3PA 2QI3A 4OC6B 3TKGA 2B8VA 4ZPGA 2I4UA 2OF0A 2AOJA 3INEA 1U8GA 4F73A 3EL0A 3S7MA 2QCIA 4ZSRA 3EKPA 1HXBA 3NLSA 4OBFA 4YBFA 3R2FA 3RTHA 2ER6E 3OU4B 4QJ7A 5OYQA 5P22A 1F7AA 5P1PA 5AHAA 3VYDA 5P8VA 2PQZA 3QVIA 5P5HA 1TSUA 5ENKA 5P6RA 4GJ9A 5P1VA 5SXNA 1VIJA 3LHGA 3APPA 1BVEA 3GGXA 2OHNA 4A6BA 2VIJA 5P3FA 2RKFA 5P4UA 2P3DA 1AIDA 1DMPA 1G0VA 3AIDA 4Y5PA 2VJ6A 1ZPKA 3VV7A 3U6AA 5HCOA 2NXLA 5P7LA 2ER9E 4J1KA 1E81E 4X7IA 3ZMGA 1MT8A 5P6KA 3VUCA 2NTRA 2PK6A 1BBSA 4D83A 5P0GA 4Y3DA 5P32A 4S1GA 3ER5E 2QMFA 4ER4E 1KJFA 2A4FA 1E80E 4HEGA 2QI0A 3TH9A 5P4YA 5P0NA 4FL8A 2QHZA 3O99A 2AOCA 3B80A 4Y56A 1MPPA 3DJKA 5P4OA 4Y4JA 2G69A 2QZWA 1B11A 1IVPA 4QJ6A 3HVGA 4DJUA 4RGHA 4Y3AA 1UPJA 2FIVA 1HSHA 5P7MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPN E;  5P5R A;  5EZX A;  4Y3Q A;  5OZA A;  1K2B A;  4K8S A;  2Q3K A;  5P5U A;  5P8R A;  4ZSM A;  5P1M A;  3S56 A;  4RLD A;  1B6K A;  2G1S A;  5KAO A;  3L5B A;  5P4T A;  3UDM A;  5P5M A;  4B1E A;  2B8L A;  3DUY A;  1SDT A;  3PCZ A;  3WSJ A;  2EWY A;  1W5X A;  4DJY A;  4HA5 A;  3OY4 A;  4BEK A;  2AOH A;  2HB3 A;  3EL1 A;  4R91 A;  5P5A A;  5I3V A;  5OZL A;  3ER3 E;  1TQF A;  5P88 A;  1PSN A;  5P5O A;  4U7V A;  1SDU A;  3S45 A;  1LYW A;  3PLL A;  8HVP A;  2I0A A;  4BFD A;  3PB5 A;  5P08 A;  1CZI E;  3IND A;  3AUP A;  4RVJ A;  5P5N A;  5P05 A;  3WB5 A;  3SA6 A;  1IZI A;  4Y37 A;  1SIV A;  3NU3 A;  3NDU A;  5DR7 A;  5OZ5 A;  2B60 A;  2ZHV A;  4GMI A;  1NPA A;  1FFF C;  1Z8C A;  1D4H A;  1M0B A;  2IGX A;  5P8A A;  5P0X A;  3MWS A;  5P2I A;  3PEP A;  3OOZ A;  2PH6 A;  1HSI A;  3EM3 A;  1NSO A;  3IGB A;  3VV8 A;  4YD7 A;  1K6V A;  2WED A;  4DQG A;  3HAW A;  5P7P A;  5OZW A;  2PWC A;  3LIV A;  4F74 A;  4I0F A;  3NWQ A;  3TPJ A;  2QNN A;  1FQX A;  5KQX A;  1DPJ A;  4DPI A;  4GYE A;  5P5B A;  3EMY A;  3R1G B;  3LIQ A;  2I1A A;  5OYR A;  5P1U A;  4Q1X A;  3IN3 A;  2NMZ A;  5P8K A;  4QJ2 A;  5P4L A;  3HBO A;  2ZJK A;  1K6P A;  5P4I A;  5HU1 A;  1GVU A;  1XE6 A;  5P4N A;  5KR1 A;  3A2O A;  5P6P A;  5P4S A;  4DJX A;  2VNM A;  4RYG A;  4Y51 A;  2H6S A;  7UPJ A;  5P3W A;  3MSJ A;  4J0T A;  2NPH A;  4Z4X A;  2BPV A;  4L1A B;  4YE3 A;  1LYB B;  5P3R A;  1XE5 A;  5DR8 A;  1FQ5 A;  5P1S A;  3QBF A;  3QAA A;  3L5E A;  3N4L A;  2QU2 A;  4RRN A;  2HIZ A;  3N3I A;  4R93 A;  3UDN A;  2IRZ A;  4QJA A;  3GI5 A;  5P6W A;  4COE A;  2VIY A;  4KE0 A;  5P1F A;  1A30 A;  4EYR A;  3OQD A;  4FAF A;  1D4Y A;  5P3J A;  4HLA A;  4ZE6 A;  3T7X A;  5COP A;  5P6J A;  3OAD A;  3IA9 A;  5UPJ A;  5J25 A;  4OBZ A;  5P1Q A;  1MSM A;  2ZHS A;  4Y5N A;  2WF0 A;  4D88 A;  5OZP A;  5P2B A;  4AA8 A;  2QAK A;  5P8U A;  5B18 A;  4HDF A;  3SA8 A;  3D3T A;  3QBH A;  5P7G A;  1W6H A;  3KFP A;  1MES A;  2ZHT A;  4M8Y A;  1ZP8 A;  4F76 A;  2XFJ A;  3T7Q A;  1F34 A;  4CP7 A;  3NDX A;  3NYG A;  5DR4 A;  1B6P A;  4X2L A;  4Y3G A;  1UH7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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