5P7MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 319
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7mA01
1HVCA 4K4QA 4EWOA 5P22A 5OZZA 1ZTZA 5P11A 2Q55A 5P6LA 5P4DA 2NMYA 2WEBA 2JE4A 5P02A 5P8MA 5P1SA 5P87A 2RENA 5P4IA 4Z22A 1W6HA 4OC6B 5OZAA 5P6HA 5P8TA 4Y48A 1LYAA 5P6TA 5C9BA 4B78A 1HVLA 4Y3RA 5P4BA 5AGZA 5P8HA 1TW7A 4YE3A 5P4HA 2HIZA 5P5MA 1B6KA 2QI6A 5ER1E 4GB2A 3FX5A 3OXCA 5P08A 4EXHA 4B70A 1NPVA 5ER2E 5P8JA 4DQCA 3N3IA 2AOCA 5P1WA 2NR6A 2F80A 4NJVA 4JOOA 3PEPA 3UDKA 5P01A 3UDPA 5P7QA 3QBHA 4DJWA 3S43B 5P6UA 3PB5A 2VS2A 2BPXA 4APRE 5P27A 3B80A 3OOTA 1FQ8A 5P2AA 2ZJHA 5P46A 4U8WA 1WBKA 3TLHA 9HVPA 3OGPA 3PWRA 4GJ5A 4J1IA 1BXOA 5P7UA 5KQYA 2AOGA 4YD5A 4K4RA 4LAPA 2OHQA 3OWNA 1LS5A 5P8RA 4F74A 5P7WA 5OZ6A 1EPLE 5HDVA 3VSWA 2WEDA 4DPFA 5OZCA 2ER0E 5P3JA 2PYMA 4DQEA 2IRZA 4Z4XA 5IVSA 3NUJA 1HHPA 2G27A 5P0OA 2WF4A 4U7VA 5P53A 5P04A 3FNSA 3OXXA 1EPQE 5P6XA 5DR7A 2V10C 3TTPA 1XN3A 3CYWA 1HPXA 5P60A 1FMBA 5OZNA 4H3FA 3HAUA 5P25A 1EPRE 4Y51A 2AOFA 2QU2A 3O9AA 4FL8A 5P0GA 5P1IA 3OAGA 4WY6A 2ER7E 4QGIA 2G24A 5OZ2A 1BWBA 5P5FA 3BUFA 3N4LA 2ZHSA 1HPOA 5P6NA 1LYAB 4AUCA 1SMEA 3I6OA 2ZDZA 1IBQA 3VF3A 1QDMA 3LZSA 5P1LA 5P7GA 4Y54A 2V12C 4AA8A 3VEUA 3EKVA 5HE4A 4Y4GA 3TOFA 2AVVA 5P0JA 3LIZA 2BPWA 3SO9A 2QHZA 3L58A 4DVFA 2VIEA 5P4AA 5AH7A 5P8PA 4CPSA 1BIMA 1FQ7A 3K1WA 4HEGA 5DQ4A 1XDHA 3UCBA 1W5YA 5I3XA 5OZPA 5T4SA 2ZJNA 2QZWA 4FRJA 5P2YA 3D1ZA 2JYSA 4D89A 5P3EA 3UQRA 4Y56A 3OTYA 1YTHA 1BWAA 1FKNA 3FKTA 4XXSA 5P2JA 3NDTA 3OADA 4EJDA 3B7VA 5P5TA 5OYYA 3UTLA 3FV3A 5P19A 5P3OA 2QNPA 2AOHA 3QAAA 1WBMA 1EBYA 2WF2A 1A8GA 3O9IA 3HZCA 4L6BA 3D1YA 1C6XA 3FNUA 3O9LA 3NXEA 2B7ZA 1T7JA 2ZJKA 3EXOA 3IVIA 2WHHA 5P07A 4PEPA 3O9DA 4Y57A 5P1AA 2FLEA 1OHRA 4I0FA 1LF4A 1FMUA 4F75A 4DQFA 3RSVA 4NJSA 1D4KA 4MC1A 1FB7A 5P1XA 5P8EA 1W6IA 1HEFE 3DCKA 3URIA 5P56A 3HVGA 5HD0A 5P68A 5P5PA 5P6JA 5P6YA 5E5JA 5P4RA 3S56A 5P1RA 1UPJA 2AOIA 3EKTA 2NXDA 2QZLA 3WB4A 1MVPA 5P7SA 2JJJA 4YD3A 5P6DA 4R95A 4J54A 4I1CA 2F3KA 4ER4E 5P7YA 2I4XA 5P72A 1HTRB 5P12A 5HCTA 5OZIA 3GGXA 2HB2A 5UPJA 2VIJA 2O40A 5AH6A 2QZKA 5P7TA 4J17A 2NNPA 5JODA 2AVSA 3Q70A 3LIYA 5P7MA 1BAIA 3DOXA 4RVXA 2O4NA 3KMXA 5OZ4A 2Z4OA 2I1AA 1LYBA 5P4GA 5P0PA 5P8FA 2NMZA 1BDRA 4TVHA 3QI1A 5HU0A 2R5PA 1DW6C 4J1KA 1YG9A 2BPZA 1SBGA 1PSOE 4Y3WA 5KQFA 5P37A 2P83A 4FSLA 5OYQA 5DR0A 3R2FA 2A1EA 5P48A 3OQAA 3VV8A 3OADB 3PLDA 3IXJA 5OZ5A 5HE7A 4HDFA 3DV1A 4RRNA 1K6CA 4YD4A 1HSGA 5P2WA 4Q1XA 4Y38A 4DJVA 1HSIA 4Y5AA 5P86A 5KR8A 3R4BA 4Y41A 1IZIA 5P3HA 3O9LB 5OYWA 1LV1A 7UPJA 4OBKA 2FMBA 2FNSA 5P0QA 1BDQA 2I4QA 1WKRA 1W50A 1OEXA 5P7HA 1ZJ7A 5P6KA 4MC2A 1D4LA 3PRSA 4Y3FA 5P84A 3TPRA 5PEPA 3DJKA 4AZYA 5P0VA 2VKMA 4YOAA 5COKA 2P4JA 5P0AA 5HDXA 5P6ZA 4DJXA 3QIHA 5DR1A 4Y3TA 5P3IA 4JP9A 3KA2A 3EL5A 3LIVA 3L5DA 2O4KA 4YCKA 2QD6A 3WZ7A 3GGAA 3SPKA 1EAGA 5P40A 5P4TA 3ECGA 1PFZA 4RCFA 4KUPA 3CICA 3TKWA 5OYVA 1BDLA 2QCIA 3U7SA 3SACA 4R8YA 1HXWA 4FRIA 4Y3PA 2G1RA 3HW1A 4Y6MA 5OZBA 2PMAA 5P3MA 2HS2A 1FG8C 3S2OA 5ISKA 2AZ9A 3KDDA 5P0MA 3LPIA 1LYBB 4EJLA 2I4WA 2XFKA 4NJUA 5P8OA 1APVE 3LNKA 4Y3XA 4Y5BA 4RVJA 2P3CA 5OZEA 4COEA 5P1OA 2QI0A 2OHTA 1SDVA 5P2BA 3EC0A 4FE6A 2WL0A 2R3WA 4J1FA 1DIFA 3Q5HA 1XE5A 5P0XA 1KJFA 2VA7A 2ZHUA 4JPEA 1HIHA 5P8BA 1RQ9A 3KFSA 2CEJA 5OZWA 4B1EA 5P1EA 2QAKA 1SP5A 2F8GA 2ANLA 3I25A 5AH8A 3WZ8A 1T6EX 4EYRA 1QBSA 5P17A 2BKTA 3PSGA 1YM4A 3ZKNA 3UQPA 5P74A 4CPRA 3S8IA 4ZSMA 3VLAA 4HA5A 1EEDP 5P0WA 1ENTE 5P3VA 3PCWA 3OUAA 2QI4A 2QD8A 4ER2E 2G1NA 1AIDA 3S7LA 5P5XA 3UDMA 2B8LA 4GJDA 1HBVA 4ZSPA 2QI3A 5P4PA 5P5OA 5P1JA 4Y4AA 4QJ2A 5P7XA 3IXKA 3URLA 3APRE 5IE1A 5P2QA 1TSUA 5KQXA 5P82A 3VG1A 2VJ7A 5P1BA 1VIKA 1AXAA 5HTZA 5P10A 1QBTA 1MSMA 3L5EA 5P5IA 5KR0A 3M9FA 5P4UA 1T3RA 5P57A 1MPPA 3MXDA 5P5QA 4Y4EA 3MXEA 2WF1A 5P89A 1GVVA 1FFIC 3I2LA 3SFCA 5AHCA 5P5DA 1D4SA 4QLHA 3SA6A 3K5CA 4J0YA 3ZMGA 1B5FB 5P0ZA 4R93A 5P5CA 4Y3JA 3QRSA 1E5OE 2AVMA 4GJBA 5P5GA 5P15A 3EM4A 5P8KA 1FMXA 5P16A 2AZ8A 2PK6A 1MIQA 1HSHA 2R8NA 3O9GA 3WB5A 4DFGA 5P6WA 5P6IA 3MSLA 1G35A 1QS8A 5DGWA 3L5BA 4GJ8A 4LXKA 5OZ3A 5P7CA 3QPJA 2I0DA 2WF3A 4DJYA 2P3DA 1SDUA 2FDEA 5DR3A 5JG1A 4EP3A 2IDWA 1SDTA 2P3AA 5P4QA 4Y9WA 3ER5E 5OZKA 3UF3A 4YBFA 5IVQA 1G2KA 1TCXA 2VIZA 2QI5A 4ZSQA 5P0EA 5P6GA 3GI6A 1IIQA 5P4EA 4Q1YA 2PSGA 3UFLA 5P44A 3S53A 2QMFA 1HTFA 2MIPA 3VV7A 2G69A 4Y45A 1XS7D 5P2FA 2ZJLA 4Y3LA 1EPNE 4FS4A 2OHMA 5ISJA 3LIQA 2VNNA 4YBIA 4ZE6A 3NU6A 1GVWA 4B72A 3PI0A 5HCOA 2R38A 5P2VA 3EKPA 2VJ9A 1EBKC 1YX9A 3UPJA 5P4KA 5P1UA 5OZQA 4KE0A 1B6LA 4Y43A 3QBFA 5OZTA 4NPTA 3EL1A 4FM6A 4FGXA 3NUOA 5P0LA 2HPFA 3ZLQA 3O99A 4ZPGA 4DJPA 1META 5P32A 2QMGA 3ER3E 3BGCA 4J0VA 2QMDA 3IN3A 5HU1A 3EKQA 5P4OA 3VUCA 3LHGA 5EZXA 5DQ1A 3L5CA 5P3CA 5P2SA 4LL3A 2NTRA 4APEA 2ER9E 1TQFA 4I0JA 4XX4A 3VYFA 3UDRA 5AHBA 3QRMA 4TRZA 4YDGA 1HVHA 1D4HA 5P0FA 5P3BA 1EC3A 1MUIA 4QJ6A 1NPWA 4OBDA 3QVIA 3VYDA 3MSKA 5P4NA 3TOHA 1D4JA 2RKFA 2I0AA 3GGUA 2R43A 5P79A 2HS1A 3KM4A 1ZSRA 5OZ1A 1OEWA 5P63A 3EBZA 2FXDA 4LXAA 4DJRA 4CPQA 1LYWB 5P1KA 4LC7A 1TSQA 4E43A 3GW5A 2HM1A 4HDBA 2B7FA 5P1CA 4Y3ZA 5P49A 4L7HA 2OHKA 5OZ0A 2H6TA 4HVPA 1GNNA 4U7QA 5OZHA 5P3YA 4OBJA 3UQXA 4FRSA 5OYSA 3VSXA 4GMIA 5P20A 5P0HA 2BPYA 5P88A 5F00A 1LZQA 1HVIA 4Y58A 3VYEA 5EZZA 4NKKA 2P3BA 3NDUA 2AQUA 4I0DA 2OAHA 2XFJA 3OQKA 1W5WA 3CKPA 5OYUA 5P8NA 4Y3MA 5P5RA 2PH6A 3F9QA 2BJUA 5OZYA 3SLZA 1HIIA 5P8AA 2IS0A 4Y5CA 5P6SA 5P2UA 5KAOA 5P26A 4J55A 5P36A 5P4VA 3QVCA 4AA9A 2R9BA 2ER6E 2J9KA 1IZEA 1G0VA 3EKXA 4L7JA 2PWRA 3SA3A 3KFPA 5P58A 1BV9A 1HXBA 3G72A 2B60A 3IN4A 1CMSA 3L3AA 4QJ8A 3DV5A 4DQGA 2A4FA 5P3RA 5P3XA 3DCRA 2ZJMA 3RVIA 3OU4A 1RL8A 3R0WA 1DP5A 1GKTA 1MTRA 3TOGA 4Y5LA 2CENA 4RVIA 3SAAA 2QK5A 3JW2A 1ZPKA 1RV7A 4HZTA 4RCDA 5P3DA 1VIJA 3PHVA 1C6YA 2QD7A 5P39A 4Y3QA 3VF7A 4Y5NA 1PROA 3OHFA 3FIVA 2CEMA 1FF0C 4KB9A 5P2IA 4R91A 2FXEA 4Z50A 5P54A 3BRAA 1KJ4A 3Q4BA 4Y3SA 3UQWA 3D91A 3NYGA 2WECA 2WKZA 2PWCA 3I8WA 3RU1A 5OZRA 1FLHA 5P77A 2BQVA 4FM7A 5P7RA 1EC1A 1BXQA 3RTHA 3HLOA 2G21A 1RPIA 3LINA 5OZOA 2RSPA 1K2CA 5SY2A 5P18A 3PM4A 2O4PA 1HVJA 2P3BB 2ZGAA 3LZUA 5P1QA 2G1OA 1HTEA 2Q64A 5P5NA 1QBUA 1HEGE 2UPJA 1UH9A 4Y5PA 1M4HA 3CKTA 5OZ9A 4EQ0A 4YOBA 5OZVA 3CIBA 3I7EA 3ZKMA 1APUE 4K8SA 2FDPA 1LF2A 5P7PA 4OD9A 2I4UA 2APRA 4TVGA 3PBDA 1PSAA 4YCTA 5I70A 1AZ5A 4RGHA 1IDBA 2AVQA 1B11A 6UPJA 1SGUA 1ZSFA 4BFBA 2FS4A 1MERA 3KYRA 4Y4ZA 2R5QA 5P7IA 3ZKSA 1AJVA 3OU4B 1E82E 5P29A 5P2GA 5P0CA 5P6BA 2OHSA 3QP0A 3BC4A 5P0BA 5P35A 1E80E 4A6BA 2AVOA 4I0GA 5P4JA 5P7JA 4CKUA 2VJ6A 3INEA 1FQ4A 4GZFA 5IVTA 1FFFC 4Y37A 3GI4A 4RLDA 2G20A 2ZJJA 3QROA 4H3IA 5OYTA 1EBWA 3NU9A 5HDUA 5P2ZA 4EPJA 4YHQA 5P6CA 3LITA 2IEOA 3AIDA 4X2LA 3LIXA 5P1ZA 4FM8A 3KT5A 5P0NA 5P0TA 5P3NA 5I3YA 1IVPA 1HWRA 4HDPA 6APRE 4F76A 1PPKE 1GVTA 3PWWA 5P5EA 2QHCA 3O9BA 1KJGA 4Q5MA 5IVRA 5OYZA 4FCOA 4Z2ZA 1B5FA 4I12A 3WZ6A 4Y44A 4RRSA 7HVPA 2WEAA 5P6RA 1Z1HA 1XL2A 5P6PA 4EXGA 1HRNA 3C9XA 3DK1A 4Y4UA 1FQ6A 3INDA 1AAQA 1J71A 3KMYA 3S54A 3T11A 2WEZA 5P8LA 3IGBA 5P59A 4OD9B 2O4SA 5P2DA 1HPSA 3SQFA 1IZDA 4M8YA 1EC0A 5P71A 3IVHA 4CPUA 4H1EA 5P7ZA 4D83A 2Q63A 4ZPFA 4DUSA 2HAHA 5OZDA 2IQGA 1ME6A 5P4ZA 3LZVA 3BVAA 1EPOE 2IGXA 5P7DA 1XE6A 4GIDA 1ODXA 5P55A 5P2MA 5P3TA 2H6SA 3BGBA 5B18A 4ZPEA 3HBOA 2IGYA 1PPLE 3NU3A 3S85A 1YM2A 5P33A 1D4IA 5P41A 1AJXA 3PI5A 4QJ7A 3VFAA 3IA9A 1CZIE 4GJAA 2F3EA 1B6PA 2BB9A 5P62A 3BXRA 2QI1A 3OU1B 3NSHA 5P7VA 3ZKQA 3DM6A 5DQ2A 4NPUA 5P76A 4YCYA 2QHYA 3OUBA 4Y5KA 3S7MA 5P5YA 5P28A 3K5FA 3SM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HVC A;  4K4Q A;  4EWO A;  5P22 A;  5OZZ A;  1ZTZ A;  5P11 A;  2Q55 A;  5P6L A;  5P4D A;  2NMY A;  2WEB A;  2JE4 A;  5P02 A;  5P8M A;  5P1S A;  5P87 A;  2REN A;  5P4I A;  4Z22 A;  1W6H A;  4OC6 B;  5OZA A;  5P6H A;  5P8T A;  4Y48 A;  1LYA A;  5P6T A;  5C9B A;  4B78 A;  1HVL A;  4Y3R A;  5P4B A;  5AGZ A;  5P8H A;  1TW7 A;  4YE3 A;  5P4H A;  2HIZ A;  5P5M A;  1B6K A;  2QI6 A;  5ER1 E;  4GB2 A;  3FX5 A;  3OXC A;  5P08 A;  4EXH A;  4B70 A;  1NPV A;  5ER2 E;  5P8J A;  4DQC A;  3N3I A;  2AOC A;  5P1W A;  2NR6 A;  2F80 A;  4NJV A;  4JOO A;  3PEP A;  3UDK A;  5P01 A;  3UDP A;  5P7Q A;  3QBH A;  4DJW A;  3S43 B;  5P6U A;  3PB5 A;  2VS2 A;  2BPX A;  4APR E;  5P27 A;  3B80 A;  3OOT A;  1FQ8 A;  5P2A A;  2ZJH A;  5P46 A;  4U8W A;  1WBK A;  3TLH A;  9HVP A;  3OGP A;  3PWR A;  4GJ5 A;  4J1I A;  1BXO A;  5P7U A;  5KQY A;  2AOG A;  4YD5 A;  4K4R A;  4LAP A;  2OHQ A;  3OWN A;  1LS5 A;  5P8R A;  4F74 A;  5P7W A;  5OZ6 A;  1EPL E;  5HDV A;  3VSW A;  2WED A;  4DPF A;  5OZC A;  2ER0 E;  5P3J A;  2PYM A;  4DQE A;  2IRZ A;  4Z4X A;  5IVS A;  3NUJ A;  1HHP A;  2G27 A;  5P0O A;  2WF4 A;  4U7V A;  5P53 A;  5P04 A;  3FNS A;  3OXX A;  1EPQ E;  5P6X A;  5DR7 A;  2V10 C;  3TTP A;  1XN3 A;  3CYW A;  1HPX A;  5P60 A;  1FMB A;  5OZN A;  4H3F A;  3HAU A;  5P25 A;  1EPR E;  4Y51 A;  2AOF A;  2QU2 A;  3O9A A;  4FL8 A;  5P0G A;  5P1I A;  3OAG A;  4WY6 A;  2ER7 E;  4QGI A;  2G24 A;  5OZ2 A;  1BWB A;  5P5F A;  3BUF A;  3N4L A;  2ZHS A;  1HPO A;  5P6N A;  1LYA B;  4AUC A;  1SME A;  3I6O A;  2ZDZ A;  1IBQ A;  3VF3 A;  1QDM A;  3LZS A;  5P1L A;  5P7G A;  4Y54 A;  2V12 C;  4AA8 A;  3VEU A;  3EKV A;  5HE4 A;  4Y4G A;  3TOF A;  2AVV A;  5P0J A;  3LIZ A;  2BPW A;  3SO9 A;  2QHZ A;  3L58 A;  4DVF A;  2VIE A;  5P4A A;  5AH7 A;  5P8P A;  4CPS A;  1BIM A;  1FQ7 A;  3K1W A;  4HEG A;  5DQ4 A;  1XDH A;  3UCB A;  1W5Y A;  5I3X A;  5OZP A;  5T4S A;  2ZJN A;  2QZW A;  4FRJ A;  5P2Y A;  3D1Z A;  2JYS A;  4D89 A;  5P3E A;  3UQR A;  4Y56 A;  3OTY A;  1YTH A;  1BWA A;  1FKN A;  3FKT A;  4XXS A;  5P2J A;  3NDT A;  3OAD A;  4EJD A;  3B7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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