5P7QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 323
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7qA01
5P8KA 4I0FA 5P8BA 5P1AA 5P8IA 5AHCA 3RVIA 2ER9E 5P07A 4QJAA 5P68A 2P3DA 3HDKA 4CPQA 4Y48A 4DI2A 4DJOA 5TOLA 5OYZA 3VYFA 4ZSPA 4FAEA 1WBKA 2F3FA 5P7ZA 2QAKA 4EJDA 5P39A 2J9JB 5P6TA 2ZGAA 3SKFA 3RSXA 1HXWA 3IN4A 2BKSA 3OXWA 5ENKA 5P0ZA 4Y4TA 5P16A 3K1WA 1NSOA 2UXZA 5P2CA 5P1BA 1M4HA 1XE6A 1T7KA 4OC6B 2BPZA 5EZXA 3VF3A 4Y4GA 5P02A 5P19A 3NLSA 5SZ9A 1FF0C 4Y57A 2QD6A 2AQUA 4Y4BA 4DH6A 5P1NA 4PZWA 2B42A 1HSGA 4TVHA 3PGIA 1K1UA 5P55A 3WZ6A 5P88A 4YBIA 4YOBA 4ER4E 3ZMGA 4I11A 3EM6A 1FG6C 5P3WA 3MXEA 3EKYA 5P27A 2HB2A 5DR1A 2ER7E 3VSXA 5P25A 2QU2A 4QJ9A 2Q55A 5P7GA 2VJ6A 5P0XA 3JVYA 1EPNE 4UPJA 4HE9A 3GGAA 1TZSA 2VNMA 5DPZA 2P83A 1HPOA 3G6ZA 3OAGB 4YOAA 5P22A 5I3WA 5OZBA 3TPPA 3UQPA 5OZ3A 5P1CA 3T7XA 4J0TA 1LZQA 4AA8A 4R92A 5P1UA 4E43A 1BXQA 4U7VA 3LHGA 5P4XA 5P8DA 4ACUA 2OHRA 4YE3A 5OZQA 4Y39A 1WBMA 1PSAA 4L7JA 3OQAA 1META 5P2MA 3UHLA 4D83A 2R5QA 5P4UA 2AOIA 2B7ZA 3K4VC 4NJTA 2IGYA 3D1YA 1U8GA 3WZ8A 3S7MA 3OY4A 5OZCA 3VYEA 2AOJA 4FSLA 4I8ZA 5P44A 5HDVA 1GVUA 4J1EA 3WB4A 3D1ZA 1BDQA 4NJSA 1BWBA 2QI1A 3NXEA 2BB9A 2G69A 2ZHSA 2I0AA 1HXBA 1PFZA 4FL8A 5P6CA 3H0BA 2B8VA 5CLMA 3UQUA 2IRZA 2PH6A 1HVJA 5P6UA 5P78A 4Y3ZA 5AH8A 5E5JA 5P72A 4GJ7A 5HVPA 5P5AA 3OU1B 5P1XA 1T6GA 4Q1YA 3EBZA 4Y58A 4FM8A 3ER5E 9HVPA 3ZKXA 5P46A 3WSJA 2ANLA 3UDQA 2HM1A 4Y4DA 3GI4A 5P03A 6UPJA 3VF7A 5P84A 5P01A 1KJFA 1XS7D 3UQWA 4R5NA 5HCOA 3RTHA 4RYGA 5P7OA 5OZYA 3CMSA 3DV1A 5CONA 5P2RA 4ZE6A 1ZAPA 1ZJ7A 3UDKA 5OZMA 2JJIA 5P57A 1KJGA 2VA5A 4RCFA 5HDUA 5P7AA 3EKWA 4OD9A 5OZUA 5P59A 5P4LA 3QAAA 3QIHA 5P43A 5P37A 1ZLFA 3QPJA 4Y47A 4B78A 1APUE 4CPSA 2WF3A 5P81A 5P2UA 5P3LA 5P6PA 3B80A 1DW6C 2QMPA 5P8MA 3ZKQA 3WB5A 1HPVA 4CPTA 4EPJA 2V0ZC 3S53A 1DPJA 1CZIE 1G35A 1PPKE 3QROA 4GIDA 3IN3A 2OHQA 4Y3JA 3FNTA 1MTBA 2IL2A 2FNSA 3SA4A 3D3TA 1HVIA 1VIJA 5P1RA 2ZJJA 3R1GB 4Y54A 1FMBA 3CKTA 3NYGA 4HZTA 5P62A 1T7IA 2QHZA 2VS2A 1EBZA 3CKPA 3U71A 1HOSA 5DGUA 5KOQA 1E82E 1XN3A 5P2QA 3EL0A 1PSNA 5IVSA 5P1PA 1ZSFA 2F8GA 3HD8A 4ZPGA 3IA9A 5P13A 5E5KA 3HAWA 1B5FB 1MSNA 4LBTA 1K1TA 3IVHA 1MT7A 5HTZA 2RENA 2XYFA 3PSYA 5P8RA 5P34A 3NDXA 1HIHA 5P7NA 1GNOA 3AUPA 4GJ8A 3PBDA 4DQGA 4KE1A 3K5GA 2R3WA 2AZBA 4S1GA 3M9FA 4PYVA 3QP0A 3L5DA 5DGWA 4DJRA 2HS1A 4I1CA 3HAUA 2I4VA 5KOSA 5P3DA 2Q3KA 2I1AA 3QVCA 5P1MA 3HVGA 5P2LA 2NNKA 4K8SA 2RKGA 2AVSA 4MC9A 7UPJA 2QI0A 4FRIA 3OXCA 3QRSA 5P8AA 5P6JA 5KQYA 5P5BA 5P1EA 5HE5A 5P7WA 5P6DA 1HPSA 2NXDA 5P5GA 4TRZA 2OHMA 4J55A 3LZYA 3OGQA 1SDUA 3S85A 5P4CA 2VIJA 1LYAA 3LINA 5P3KA 3BUGA 5P4KA 4I0IA 4LP9A 1B6KA 5OZRA 3JVWA 3IXJA 4APEA 4DUSA 5HU1A 3HVPA 5P4DA 4ZLSA 3FNSA 2HB3A 1HVKA 1DP5A 1FQXA 3PBZA 3HLOA 1HBVA 1W5WA 3OK9A 1APTE 1SGUA 5JG1A 5P51A 3PJ6A 2FNTA 3IVIA 3S7LA 3S43A 2APRA 4GJBA 3EKPA 5P14A 3OHHA 5P4BA 2VA6A 2AOCA 5OZ9A 3GGVA 3EC0A 4QJ7A 5OZ4A 1MUIA 4RCDA 1ZP8A 3INHA 4Y51A 5P3RA 1A30A 5J25A 5P0NA 4APRE 5P23A 3AIDA 2P3BB 4XX4A 5P49A 5P7MA 2ZJKA 5OZKA 2O4KA 4RCEA 5P7KA 3UQXA 2O4SA 3QRVA 4KB9A 4EYRA 5P1LA 3HW1A 2ER0E 1IDBA 3CYWA 1QS8A 2WF4A 3UCBA 1BVEA 4Y3PA 3PCZA 2V11C 4BFBA 5P8FA 4LC7A 5P4OA 5OZOA 2OHLA 2R43A 2QMGA 3L58A 5P7VA 3S45A 4OBGA 1NPWA 4MC2A 2ZYEA 4ZPFA 4Y50A 3CYXA 1AAQA 5P8PA 3G70A 3PI5A 4NJVA 1A9MA 4ZSQA 5KR0A 5P1SA 4J1KA 5BWYA 1QBSA 1LEEA 1C70A 3NU6A 4Y3QA 3UDMA 4AZYA 1VIKA 4Y4AA 4X2LA 3FSMA 2QNQA 3EL1A 8HVPA 3DK1A 5P2OA 5P2VA 4DJUA 4EJ8A 4YD4A 5P4QA 5P82A 1RPIA 3LIZA 1NPVA 2Q15A 4RRSA 5OZWA 4HDPA 2IQGA 5P2AA 3PM4A 3ZPTA 4DFGA 5P5IA 3TPLA 1MESA 2QNPA 1GNMA 3VF5A 1YTHA 2VIZA 4Y3HA 5ER1E 5P50A 1MPPA 1ZPKA 3K5DA 3SA9A 4BEKA 2ZJNA 5P0UA 1C6XA 1EAGA 1MSMA 4Y3YA 1KZKA 4Y4WA 3G72A 5DQ1A 2OAHA 2AOEA 2QMFA 5OZ6A 3TOHA 1APVE 3NUJA 2QI5A 1EPRE 5P8QA 2I4DA 3DV5A 3ER3E 2IEOA 4Y5BA 4YBFA 4YA8A 5OYWA 1XE5A 1FEJC 3LNKA 3OQ7A 2NMZA 4B77A 1J71A 2FIVA 4L7GA 2IKOA 4D88A 3BXSA 4ACXA 3IAWA 4GJ6A 2FS4A 5P0YA 4EQJA 4LAPA 5P77A 1LYWB 4Y53A 4Y5AA 4JPCA 1XN2A 3NDTA 4I0ZA 5P76A 3LPIA 3VSWA 1WKRA 5P3SA 4HDFA 4Y5LA 4K9HA 2J9KA 1GVXA 5P0IA 1LYAB 2AVVA 4FCOA 4A6CA 3MSLA 2FXEA 4RYCA 4OBKA 3U7SA 5P3XA 2V16C 5P85A 3O9CA 4YHQA 1W6HA 3OTYA 3ZKNA 5P3JA 5P8EA 3Q5HA 1FQ7A 5OZ2A 5P56A 2WEZA 3UFLA 1GKTA 2I4QA 4Y5MA 1MT9A 3S43B 3H5BA 2WEAA 5OZFA 5P2YA 5P4RA 5P89A 4HLAA 4QJ6A 5P28A 5APRE 2PWCA 3OTSA 4I8WA 1UH9A 4DVFA 4RVXA 3FNUA 3K5FA 5P7PA 4Y6MA 3Q4BA 5FIVA 1HTFA 5JODA 4N00A 4BFDA 2ZE1A 5OZIA 5P7SA 4GJCA 1GVVA 5HD0A 1AJVA 2HC0A 4FM6A 5DR0A 4FRSA 1CMSA 3EMYA 5P18A 1B6PA 1N49A 5P0VA 1YTIA 4HEGA 2G1RA 3BGCA 5SY3A 2WKZA 1BXOA 1D4YA 5P2HA 2BPWA 5P4WA 2ZJHA 1YG9A 3NWQA 5OYUA 2JJJA 5P6YA 2FDPA 3SA7A 4YCTA 3SM2A 1YTGA 4F73A 2NPHA 2G1NA 4XXSA 4NPTA 4F74A 4PHVA 4D89A 4DJPA 3MSKA 3ZKGA 2AOFA 2I4UA 5HCTA 5P0DA 2O40A 1CPIA 5OZ0A 3DCRA 1GVTA 3O9BA 4AA9A 1YT9A 5P0BA 3LIXA 3OOTA 5HE7A 2WF2A 1MRWA 1TW7A 5P2BA 3B7VA 1SMRA 1T3RA 3L38A 1XL2A 3APPA 2FDEA 4YD3A 2QZKA 5P0WA 5P8OA 1EC1A 3O9DA 5OZDA 4ER2E 3DOXA 5I70A 3IXKA 1XDHA 1K2BA 5P3QA 2JE4A 5P2ZA 5P7FA 3I8WA 1IDAA 4L1AB 1SMEA 1E81E 5P6BA 2XFIA 5F00A 3FKTA 3NWXA 5P6SA 2AIDA 5P8CA 3OOZA 5P3TA 2ZHVA 1KJ4A 4B1EA 1LF3A 4KE0A 1D4LA 3KDCA 1HVHA 2AVMA 3PWMA 2OHTA 3TKGA 5P1FA 5P74A 3SA3A 5P0TA 4DV9A 2FGUA 2IDWA 4Y45A 5P8NA 4CPUA 2G27A 5IS4A 3PLLA 2QNNA 2CEMA 5P3HA 5AH9A 1YM4A 5KQXA 2AODA 4FGXA 3UDNA 4YD7A 4Q1NA 1AM5A 3CKRA 4J0YA 5P0GA 3VFAA 5P7TA 3I25A 5P86A 4EXHA 1TSQA 5P5PA 4Y3WA 5P36A 1FGCC 4AUCA 7HVPA 5BS4A 5T4SA 2AOHA 5P1WA 2HAHA 1F34A 5OZPA 5P6HA 3A2OA 1A8KA 4H3JA 2QZLA 2ASIA 4EQ0A 5P0CA 4Z22A 2OHKA 3UQRA 5P4TA 2OF0A 3VYDA 1IBQA 5DR8A 3EM4A 3O9LA 4YCYA 5P0FA 5P63A 1ODYA 5HU0A 2ZHTA 3O9FA 2VNNA 2BBBA 4I12A 3URLA 4FAFA 4Z2ZA 4RVIA 1AVFA 4Y3EA 5COOA 3D1XA 3K5CA 5AHAA 5P0SA 3R2FA 1BV9A 3ZKSA 4QJ8A 5P5JA 5ISKA 1BWAA 3PWWA 1GNNA 3GI5A 3ZKIA 5P0JA 1W5YA 3JW2A 1ZTZA 4Y3LA 1IIQA 5C9FA 3Q3TA 2QI7A 4J1IA 2PQZA 4FS4A 1ODWA 5P4EA 1YM2A 3QN8A 4H3IA 1FFIC 2XFJA 2NXLA 1M0BA 5P87A 3UDJA 2VJ7A 5P67A 2B7FA 3URIA 5OYXA 5P4ZA 4I0GA 2Z4OA 5P83A 1HTEA 5P6MA 5ENMA 3PWRA 2BJUA 2VIEA 5AH7A 4QJ2A 1W6IA 2O4LA 4Y3FA 3OU4A 1ODXA 3DM6A 3O9AA 5P1YA 4GB2A 5P17A 5P2KA 1QBTA 1B6JA 5P45A 1JLDA 3EKXA 4I0JA 3EKVA 5OYRA 5P05A 5C9BA 4GYEA 3TL9A 4TRWA 2P3CA 3ZOVA 5P54A 1LF4A 3OADA 2B60A 5P3ZA 5KAOA 3KFNA 5OZLA 2MIPA 1RQ9A 3UDRA 3GI0A 4EJKA 3I6OA 4WTUA 1EPPE 2O4PA 5P5TA 4MC6A 2RKFA 1BDLA 5P6EA 1BILA 4M8YA 5P5UA 3PLDA 4HA5A 1EPQE 5I3YA 5P8LA 4IVTA 5P64A 5EZZA 5P0AA 3SO9A 3OXVA 3EKQA 2A4FA 4EHCA 4Q1WA 5P6FA 4K4QA 1W51A 5P5LA 3GW5A 5P0KA 3VV8A 1FKNA 2I4XA 2QP8A 3O9HA 5P8UA 5P2JA 5AHBA 5HE4A 1SIVA 4Y38A 5OYYA 5P1JA 5P6VA 1BDRA 5P8GA 2J9JA 1K2CA 1Z1HA 5P3IA 2WECA 2JXRA 3OGPA 4FLGA 4FRJA 2PSGA 2CENA 1HWRA 4GJDA 1HSIA 5P2SA 1IVQA 2PK5A 5P7CA 5P41A 2QI4A 1ENTE 3C9XA 4QLHA 4DQBA 4HVPA 1HSHA 4B1DA 3KF0A 3SA8A 1IVPA 5P4YA 3MXDA 3KMYA 5DQ5A 2ZHRA 1D4HA 5P5DA 5P7LA 2CEJA 1MT8A 4OD9B 3Q70A 4GJ5A 5P2FA 4HDBA 5P3NA 5P0MA 4J0VA 5P61A 5P7YA 4Z4XA 3O9LB 5P2GA 5P66A 4FM7A 3FIVA 1HRNA 1EPOE 2ZHUA 3PCWA 2HIZA 4I0HA 4OBHA 5P75A 5P7XA 1HEGE 5P6GA 2AVOA 4COEA 5P4GA 2RMPA 2G94A 2R9BA 1PPME 3PMUA 3D20A 5IVRA 4Y36A 1ER8E 4OBDA 3OU3A 1MVPA 3SM1A 2FLEA 3VFBA 2NNPA 1FQ4A 2H6TA 5P4IA 4Y5NA 5P11A 2G1OA 3NSHA 5P2XA 3NU5A 5PEPA 3EKTA 5P4MA 5P3CA 3L5EA 2PSVA 2PH8A 1MIQA 4Q5MA 1IZDA 5P7QA 3EL4A 3SABA 2VA7A 3OHFA 1IZIA 3BRAA 5P5RA 4JOOA 5IE1A 3LPKA 4ER1E 1BIMA 3OU4B 5P0OA 4F75A 2BKTA 4XKXA 5P35A 5P38A 5P7BA 2AVQA 5P5MA 3IGBA 4Y44A 1OD1A 2QHCA 1FMXA 3RU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  4I0F A;  5P8B A;  5P1A A;  5P8I A;  5AHC A;  3RVI A;  2ER9 E;  5P07 A;  4QJA A;  5P68 A;  2P3D A;  3HDK A;  4CPQ A;  4Y48 A;  4DI2 A;  4DJO A;  5TOL A;  5OYZ A;  3VYF A;  4ZSP A;  4FAE A;  1WBK A;  2F3F A;  5P7Z A;  2QAK A;  4EJD A;  5P39 A;  2J9J B;  5P6T A;  2ZGA A;  3SKF A;  3RSX A;  1HXW A;  3IN4 A;  2BKS A;  3OXW A;  5ENK A;  5P0Z A;  4Y4T A;  5P16 A;  3K1W A;  1NSO A;  2UXZ A;  5P2C A;  5P1B A;  1M4H A;  1XE6 A;  1T7K A;  4OC6 B;  2BPZ A;  5EZX A;  3VF3 A;  4Y4G A;  5P02 A;  5P19 A;  3NLS A;  5SZ9 A;  1FF0 C;  4Y57 A;  2QD6 A;  2AQU A;  4Y4B A;  4DH6 A;  5P1N A;  4PZW A;  2B42 A;  1HSG A;  4TVH A;  3PGI A;  1K1U A;  5P55 A;  3WZ6 A;  5P88 A;  4YBI A;  4YOB A;  4ER4 E;  3ZMG A;  4I11 A;  3EM6 A;  1FG6 C;  5P3W A;  3MXE A;  3EKY A;  5P27 A;  2HB2 A;  5DR1 A;  2ER7 E;  3VSX A;  5P25 A;  2QU2 A;  4QJ9 A;  2Q55 A;  5P7G A;  2VJ6 A;  5P0X A;  3JVY A;  1EPN E;  4UPJ A;  4HE9 A;  3GGA A;  1TZS A;  2VNM A;  5DPZ A;  2P83 A;  1HPO A;  3G6Z A;  3OAG B;  4YOA A;  5P22 A;  5I3W A;  5OZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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