5P7VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 328
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7vA01
3TPJA 1HSGA 3O9IA 1M43A 3S7MA 4ER2E 3RSVA 1D4SA 1FFIC 1Q9PA 5P0TA 4QJ9A 3MXEA 5B18A 5PEPA 5I3YA 5P89A 3HAWA 5P1RA 5OZ9A 1MRXA 3DCRA 3CICA 5P73A 3FNTA 4Y5BA 5P1BA 3IVHA 5P7OA 5P4FA 3VG1A 5P3HA 3FNSA 2NNPA 2ANLA 3EL4A 2SAMA 2AVMA 3Q70A 4CPXA 2I4VA 5P6UA 1UH7A 1QS8A 5P7FA 4KB9A 5P55A 3OOZA 5KQXA 2AODA 5P5KA 3TLHA 5P5GA 5P54A 3DM6A 1U8GA 3SA7A 3NYGA 3UQUA 4LXAA 3GGAA 5P0JA 5P1PA 2FS4A 3D1ZA 5OYVA 4K4PA 4EYRA 2VKMA 3T6IA 4Y48A 5CLMA 3WB4A 1ZSFA 1QBUA 3SM2A 3EKXA 3EM6A 3LZYA 2AIDA 3URIA 1FQ4A 3UFLA 5P1IA 5P8BA 2OHMA 5P2DA 3T7PA 2JYSA 1IVQA 2ER6E 8HVPA 3O9LA 7HVPA 2BQVA 5T4SA 5P0IA 3ECGA 2CEMA 2Z54A 4MC1A 1B6KA 5P0LA 4U8WA 4ACUA 1F34A 5OZRA 2AOFA 1GNNA 3Q6YA 5P7SA 4H3FA 1AAQA 5ISKA 5P6GA 4J0ZA 4BELA 4J1FA 4OBGA 4Y39A 5P8AA 3RTHA 5P5PA 5P83A 3SFCA 1NPWA 3SACA 4OBHA 4RCDA 3PWRA 3TPRA 5P31A 3B7VA 1NSOA 4R92A 4LBTA 5P3XA 3TOHA 1SH9A 2QD8A 3EM4A 5IVQA 3URJA 1EBYA 4JOOA 5OZSA 1MSNA 1FB7A 3SPKA 2G1SA 4M8YA 5COKA 4COEA 2V0ZC 4KE0A 3QN8A 4NJSA 5P2UA 4YBFA 5P5OA 3OAGA 3QVIA 3EM3A 2ZJNA 5KR2A 4MC6A 2AOCA 3PI5A 3OADB 4F76A 5P1JA 2RENA 5KAOA 5P0MA 3OY4A 2B60A 3LPIA 3QPJA 4Y3AA 4D83A 2NXLA 4B72A 4HE9A 3QVCA 4AA8A 4Y4WA 1FQXA 1KZKA 4PYVA 5P8NA 3EKQA 1BDLA 3R2FA 2QZWA 5JFUA 1HTFA 1LYAA 2QZKA 5P06A 5P0QA 3OAGB 2QU3A 3O9AA 3DV5A 5P59A 3TKWA 3BVBA 4J1HA 3BC4A 5P4CA 5P1HA 4Y54A 5P7TA 3L5EA 5P49A 4OD9B 3R0WA 2FGUA 5P33A 5HCOA 5P3WA 5DQ1A 4I0JA 5P6WA 3APPA 2Q55A 3JW2A 4YBIA 5P17A 4CPTA 2RSPA 2PMAA 4LC7A 2QNQA 2Q63A 2BPWA 4FM6A 1HHPA 2ER9E 1BAIA 4H3GA 5P1CA 4U7VA 4ZPFA 1G35A 1SDTA 5P5DA 3TPPA 5P2RA 2APRA 4ER1E 4DPFA 5P3CA 5P69A 5P0GA 4Y4TA 2QNPA 1FMXA 1MPPA 2PYNA 3UDKA 4Q5MA 4YD3A 2B42A 1K1TA 4FRIA 3ZPTA 1YT9A 1EPPE 3TOGA 1DMPA 3EMYA 1DP5A 2CEJA 3OQKA 4CPRA 2HAHA 7UPJA 3HVPA 1MT8A 4OBJA 5P0KA 3LIVA 2I4QA 4Y57A 5P85A 3NDXA 4Y36A 4DJWA 4Y5NA 4B78A 5OZ2A 5P13A 2Q5KA 1FQ7A 5ER1E 1EEDP 3ER3E 2FIVA 4Y5AA 4J54A 4RLDA 1E80E 2G22A 5P6LA 3NU4A 2ZHRA 5P7CA 4DJRA 1GVUA 5P1FA 1ODYA 5P02A 4Y6MA 4ZPEA 5HD0A 5P7YA 5P8JA 3Q5HA 5P4QA 4J0YA 2NNKA 3PJ6A 2XFJA 5P0VA 5P29A 5P5IA 5JFPA 5HTZA 5HCTA 4PHVA 1K1UA 2AZ9A 2OHSA 3PBDA 5P3PA 5P74A 2PSVA 5P4AA 1W5XA 1XN3A 4PPHA 4YCKA 3O9CA 4DJVA 5P2QA 1IBQA 4EP2A 4YHQA 2PC0A 1ODXA 2QK5A 3KT2A 1XDHA 2FDEA 4CPSA 1SDUA 3UDQA 1HPSA 3LIZA 1YTIA 4DQGA 2V11C 3ZPUA 2ZDZA 3OQ7A 1D4JA 5P5AA 4AA9A 3UDNA 4I11A 3S85A 4OBFA 1TSUA 5P6ZA 5P5ZA 5P3DA 3FNUA 3NLSA 5P7GA 5P1UA 3QROA 4Y3RA 1CPIA 5HE4A 5OZFA 5OZUA 4B1DA 4PZXA 5P7VA 1BXOA 3OTYA 5KOQA 5P0NA 4YE3A 2FNSA 5P80A 2XYEA 3H0BA 3OXXA 5P5RA 4Y4JA 2OHQA 2WEBA 1E5OE 3QRVA 3ZMGA 1B5FA 2FGVA 1PPLE 5OZ5A 3D3TA 3SKFA 2HPFA 1QBTA 1IDAA 5P3EA 3OUBA 4YOBA 3U7SA 3RU1A 1E82E 1LYWA 1K6CA 5AHCA 1C6XA 2NMZA 1APTE 2I1AA 4H3IA 2BPYA 5P28A 4ZIPA 3L3AA 5C9FA 4I0GA 5P4EA 3LIYA 1B5FB 2QI0A 2ZHVA 4FS4A 4B70A 4XX4A 3UQPA 3SABA 3ZOVA 1EC1A 4I1CA 5P4XA 5P14A 5P6VA 3BVAA 3L5DA 4RRSA 3WB5A 5OZCA 1IVPA 5COOA 5OZOA 3DCKA 4DH6A 1D4IA 2G24A 1LV1A 3VV7A 3QBFA 4F75A 2HS1A 3MSKA 1A94A 1BBSA 5P41A 3M9FA 5P7IA 2FMBA 5P63A 5I3VA 4HDBA 4FL8A 3OU4A 5ER2E 4B05A 4DJUA 5P1OA 1PSOE 4OBZA 5P4TA 4I0EA 3O9HA 5P0ZA 3FIVA 3MWSA 1HTEA 4X7IA 1B6MA 5P39A 4Q1NA 5KR8A 5UPJA 1HVKA 2V12C 3EKPA 3R1GB 4YA8A 2IQGA 2F81A 4EQJA 4Y3QA 5P3KA 1WKRA 2OHKA 5DQCA 5P61A 4GJ9A 2EWYA 2G69A 3S43A 2QHCA 5ENKA 3GI0A 2FDDA 1D4LA 2B7ZA 4Y3PA 4DV9A 2ZHSA 5P5BA 9HVPA 3BGCA 4QGIA 4J5JA 3QAAA 3OXWA 2H6SA 4EP3A 3PB5A 4I0HA 3NWXA 3O9BA 4Y47A 1T6EX 5P1TA 5P18A 5SY3A 3NWQA 4GJ6A 2QU2A 3RVIA 1EPRE 3SLZA 5P11A 3DV1A 3EBZA 3VFAA 4D89A 1ZTZA 1T3RA 5P7NA 3F9QA 2G1OA 1W50A 4H1EA 2VS2A 1VIKA 2XFIA 4HVPA 1LF2A 4Y37A 1BVEA 3UPJA 2B8LA 2O40A 5OYSA 4Z22A 3KMXA 3SM1A 1SIPA 5P1GA 3LZUA 5P7AA 3EKYA 3I7EA 5FIVA 5P5LA 1TCWA 1Z1RA 2BPXA 5P5MA 4GYEA 5P5VA 1EBWA 1GNOA 3IAWA 3S54A 2P4JA 4JECA 3PLDA 1FG8C 5JODA 5P3IA 4QJ2A 5P79A 3S56A 4FE6A 5P1WA 5OYQA 5P56A 1K6VA 4F74A 3INHA 3PGIA 2VA7A 1T6GA 2ZYEA 1GVXA 4Y3XA 5DR7A 4FAEA 2P3BA 3EL9A 3VYDA 1BV7A 1PPME 3BXRA 5P58A 4LP9A 4ZEAA 4EPJA 3PSGA 5P3AA 2WEZA 3EL5A 5P1NA 5P48A 3WZ8A 1MEUA 2ZGAA 3O99A 1KJ4A 5P6OA 3PCZA 5OYWA 5P6TA 4GJCA 2I0AA 3D1YA 3LITA 2JE4A 4Y5GA 5P0RA 1LF3A 2AOJA 3OUAA 4PEPA 4CKUA 2P3BB 4I8ZA 4LXKA 4NJVA 5P5SA 5C9DA 5P0DA 3SA3A 5F01A 2ER7E 4Y5LA 5IVTA 4RCEA 1Z8CA 4HDPA 5P32A 5P1VA 3T3CA 2QMPA 3C9XA 1OEXA 5E5KA 1LYBB 2PH8A 3OTSA 4DQEA 5COPA 5EZZA 5P5QA 3LNKA 5OZWA 2WL0A 1MVPA 1W5VA 2F3EA 5DR4A 2VIEA 1LEEA 5P6SA 4Y9WA 3KFSA 2AVQA 4M8XA 3PRSA 5P7QA 5P84A 1T7KA 5JG1A 5P2BA 1C6YA 3UCBA 5P86A 5P0AA 2R9BA 3BRAA 4QJAA 1HVRA 2XYFA 5P23A 2P3CA 5P4OA 5DQ5A 5OZVA 1GVTA 2NMYA 5P6QA 3NDWA 3CIDA 4LL3A 3SO9A 4JPCA 3S53A 4Y3ZA 2R5QA 1FLHA 4DJYA 4Q1XA 4QJ8A 5P45A 2WF3A 4LXMA 5P42A 4L7GA 3KMYA 3ZKQA 4A6BA 5P7DA 1KJFA 5P07A 2IL2A 5P8KA 1HSHA 2ZHUA 5P7WA 2NXMA 5P8QA 3EC0A 4OBDA 5P2CA 5HE5A 5IVSA 4Z50A 3KN0A 3UTLA 1HEGE 3OADA 3UFNA 5P4KA 5OZQA 5DR1A 1HVJA 2UXZA 3A2OA 5P5XA 5P8MA 1PFZA 3LZSA 1K2CA 3NU3A 4Z4XA 5OZAA 3EKVA 4H3JA 5DGWA 3VV6A 3UF3A 5P6JA 5P40A 5P8SA 5P50A 4BFBA 2VIZA 4L1AB 4A4QA 1CZIE 1ZBGA 1NH0A 4FIVA 5HDZA 2V10C 3QP0A 3O9DA 5KQYA 1BILA 1FQ6A 4R91A 4UPJA 4Y4EA 5OYRA 2PK6A 4QJ7A 3QIHA 2VIJA 4GIDA 4OD9A 5OYYA 2QD6A 1AXAA 5IE1A 1W5WA 1HWRA 5P1LA 4KE1A 5P2NA 3K4VC 5OZLA 3VF3A 5P5CA 5P75A 5P2YA 2QD7A 5P22A 1SMEA 3CMSA 1TW7A 3I25A 1G2KA 1YTJA 3OU1A 2FDPA 4Y3WA 5F00A 3OGPA 5P2IA 5P5EA 3VYFA 3KYRA 4FLGA 3TNEA 4B0QA 5P7UA 4OC6B 5P1KA 4K8SA 2QI5A 2IKUA 5P19A 3UHLA 1HPOA 5P5UA 3OHHA 1EC0A 1META 3IN3A 2IGYA 3OU1B 1TZSA 2QZLA 2RKFA 3MSJA 5BRYA 3IXJA 1BWAA 1XE5A 5P3BA 5APRE 5P8IA 4QJ6A 5P7JA 1MUIA 3CYXA 1IZDA 3N4LA 4Y4BA 3MSLA 5P53A 4ZSMA 2AVOA 4NKKA 5AHAA 2OHUA 2IGXA 1E81E 1DW6C 2ZJMA 3L58A 3FKTA 3PVKA 5P3JA 3ZLQA 2HPEA 4R8YA 4Y5MA 4EJ8A 2BBBA 3PMUA 2Z4OA 1VIJA 5P6PA 4RVJA 1HTGA 3HAUA 1DIFA 4EHCA 4DJXA 3NXNA 4Y3YA 5P57A 1Z1HA 5P2OA 1KJGA 5OZXA 3DUYA 3IXOA 4Y3DA 4GJDA 4Y38A 2IS0A 5P37A 5P2HA 1DAZC 2XFKA 2PK5A 4WY1A 5P5HA 2AOHA 3T11A 2PSGA 4Y3JA 1EPNE 4J1CA 4YCYA 3KFNA 4Y53A 3NU5A 5P8FA 5P4VA 2PWRA 2VJ6A 5P3VA 4E43A 5BS4A 5P04A 2QMDA 3HZCA 3EL1A 5P2SA 1MIQA 2B7FA 1EC3A 5OZJA 2RKGA 2PYMA 2F8GA 3ZKIA 1M0BA 3GGUA 2O4PA 5P8DA 5OZKA 4FM8A 4DJPA 3HDKA 1FGCC 4Y44A 1FQ5A 4I12A 3QS1A 3BUGA 2J9JB 4IVTA 1ME6A 5OZ4A 2VIYA 4J17A 5P77A 5P7PA 4Y4UA 3UDYA 5P6RA 5P4DA 3SA6A 3UQRA 2PH6A 2AOEA 5P38A 2I4DA 1MTRA 2O4SA 3INDA 1BXQA 6APRE 2VNMA 1FG6C 4DQHA 2HC0A 4Y41A 5P5NA 5P7ZA 2HB2A 1W6IA 4XXSA 2J9KA 4RYGA 4FAFA 4Y3NA 4FRJA 3GW5A 3OUCA 5P1XA 3DOXA 3PEPA 4Y51A 5OZ7A 3U71A 4LHHA 5DR0A 2HM1A 2IRZA 4GJAA 5OZHA 1APUE 5P81A 3D20A 1YM2A 3PWWA 5P7EA 1IZEA 3OHFA 5P6HA 3SKGA 2V16C 4FRKA 1MERA 3TL9A 2G1RA 5OZTA 3OWNA 2ZJLA 5OYUA 3PWMA 4XKXA 1FMBA 2NXDA 3G6ZA 1B11A 1GNMA 1ZPAA 4FRSA 1EBZA 3O9GA 5P5JA 5TOLA 1G6LA 5P7LA 4B00A 1ER8E 3UDRA 4DPIA 5HDXA 3AUPA 5AH7A 3ZKMA 4CPWA 4EXGA 3KFPA 1MESA 3RTMA 1QBSA 3ZKNA 3GI5A 5P4WA 4EXHA 5HU0A 2QHYA 2QI1A 5P34A 1N49A 5P66A 3LIQA 1K6PA 2G20A 4Y4XA 1APWE 5P3YA 5ISJA 5J25A 3U6AA 1A30A 5P3RA 4EWOA 4AMTA 3VLAA 3SA4A 5P4YA 1SP5A 5P08A 4B77A 3NU6A 5OZ0A 1TSQA 5P5YA 4HDFA 5P5TA 2BKTA 4YDFA 5P1QA 5P2LA 4ER4E 3KM4A 2OHRA 1AJXA 2HIZA 2ZJIA 4FM7A 3SA8A 3L59A 2PSUA 3UQXA 2Q3KA 1MT7A 2BKSA 3KFRA 3L5FA 3FV3A 3Q4BA 2G94A 5P6DA 1PSNA 1WBMA 4DUSA 3VEUA 3O9FA 3I8WA 1C6ZA 3VFBA 2WF0A 4FSLA 2B8VA 2NTRA 4MC2A 5HE7A 5ENMA 1LZQA 1FMUA 4DI2A 1B6PA 1CMSA 4TVHA 5P5FA 4B1EA 3OUDA 5P6EA 3HD8A 5CONA 2P3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPJ A;  1HSG A;  3O9I A;  1M43 A;  3S7M A;  4ER2 E;  3RSV A;  1D4S A;  1FFI C;  1Q9P A;  5P0T A;  4QJ9 A;  3MXE A;  5B18 A;  5PEP A;  5I3Y A;  5P89 A;  3HAW A;  5P1R A;  5OZ9 A;  1MRX A;  3DCR A;  3CIC A;  5P73 A;  3FNT A;  4Y5B A;  5P1B A;  3IVH A;  5P7O A;  5P4F A;  3VG1 A;  5P3H A;  3FNS A;  2NNP A;  2ANL A;  3EL4 A;  2SAM A;  2AVM A;  3Q70 A;  4CPX A;  2I4V A;  5P6U A;  1UH7 A;  1QS8 A;  5P7F A;  4KB9 A;  5P55 A;  3OOZ A;  5KQX A;  2AOD A;  5P5K A;  3TLH A;  5P5G A;  5P54 A;  3DM6 A;  1U8G A;  3SA7 A;  3NYG A;  3UQU A;  4LXA A;  3GGA A;  5P0J A;  5P1P A;  2FS4 A;  3D1Z A;  5OYV A;  4K4P A;  4EYR A;  2VKM A;  3T6I A;  4Y48 A;  5CLM A;  3WB4 A;  1ZSF A;  1QBU A;  3SM2 A;  3EKX A;  3EM6 A;  3LZY A;  2AID A;  3URI A;  1FQ4 A;  3UFL A;  5P1I A;  5P8B A;  2OHM A;  5P2D A;  3T7P A;  2JYS A;  1IVQ A;  2ER6 E;  8HVP A;  3O9L A;  7HVP A;  2BQV A;  5T4S A;  5P0I A;  3ECG A;  2CEM A;  2Z54 A;  4MC1 A;  1B6K A;  5P0L A;  4U8W A;  4ACU A;  1F34 A;  5OZR A;  2AOF A;  1GNN A;  3Q6Y A;  5P7S A;  4H3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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