5P81A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 334
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p81A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p81A01
5P2TA 5OYWA 2XFKA 5P4AA 2QMFA 4QJ7A 3PGIA 5OZ9A 3IN4A 3ZPUA 1ZJ7A 4B0QA 5P4EA 4HDBA 1D4HA 5OZXA 1HTEA 1KJFA 5P84A 2V12C 4LL3A 5P79A 5P78A 2OHRA 2G1YA 5P6AA 3VFBA 2WF2A 4H1EA 4I0DA 4XKXA 5P1WA 5P58A 5P53A 1TSUA 2ZHTA 5P3SA 4E43A 2JE4A 1LYAB 5P5YA 5P6LA 1HPXA 3BXRA 1E81E 3EKQA 1DPJA 5P0QA 2ASIA 1SP5A 3NYGA 1HVHA 1NPAA 4J1HA 3TLHA 4GYEA 4RYGA 3PCZA 4RVJA 4OBZB 4FRKA 2PMAA 1A30A 4J1IA 4CP7A 3SA7A 5P43A 3VYFA 1MT8A 2FDEA 4F73A 3EM4A 1T3RA 5P4CA 2AZ8A 3WZ7A 1HEFE 5OZWA 3HZCA 2FXEA 5P41A 4FAFA 4OBDA 1ZTZA 1EC1A 2QZWA 5P1RA 3SO9A 3PSUA 5P24A 2AIDA 2G1SA 5P65A 4ZPFA 1KJ7A 5P0IA 3EKXA 5OZ6A 3K4VA 1EBKC 3L38A 5P8RA 1FMXA 3EL0A 1K1UA 5P4XA 5P2WA 5P63A 3S7MA 2VIJA 1TZSA 5P6TA 5OYZA 3UQRA 2BJUA 1B6JA 3QRMA 4RGHA 5P8KA 1IZHA 3D20A 3KN0A 3SA3A 1ODYA 4J5JA 4UPJA 2F8GA 1LEEA 2Q3KA 2XFJA 4XX4A 1LF2A 4B1EA 2OHNA 3PBZA 1AAQA 2WKZA 1MERA 4YD7A 5P4IA 2AQUA 2WF4A 2AZ9A 3DV5A 5P8AA 4Y4AA 3OAGA 5C9BA 4Z2ZA 1IZIA 5P7NA 3O99A 3PMYA 5IS4A 3GI6A 1LF4A 2R5PA 4HEGA 4BELA 4D85A 1BV9A 3R1GB 2Z54A 1DW6C 4YD5A 4M8YA 3OOZA 4U7VA 5P88A 1AXAA 1MESA 3OUAA 5OZPA 3GI0A 5P5GA 5DGWA 2G69A 4YOBA 5P42A 4L7GA 4TRZA 3ZKIA 5UPJA 5P08A 1ENTE 5P11A 4TRYA 4AA8A 4NPTA 3O9HA 4RCDA 4Y4XA 5P8NA 4GJ7A 5OZQA 5P6MA 5I3WA 1HIHA 1Z8CA 1GNNA 3R4BA 5KAOA 3QPJA 3FV3A 3PVKA 4EP3A 3PMUA 5P05A 5P14A 3IVIA 1QBTA 3NWQA 1QRPE 3PI0A 5P8TA 5HDZA 1ZBGA 3PBDA 1YTJA 3RTHA 5AHAA 4DQBA 3MSLA 3EL4A 5P61A 5P6IA 4CPUA 4JECA 1BBSA 2HC0A 3RTNA 5F00A 3SA5A 1LS5A 1XE5A 3UQUA 1GVXA 4K4RA 2XYFA 1C6YA 3EKYA 4L7JA 4JPEA 5P7HA 3KF0A 4OBFA 5OZGA 3VF5A 5OZTA 2AVOA 5P7CA 3BHEA 5P3VA 5P8BA 4DH6A 3M9FA 4B70A 5OYRA 3SA9A 2NMYA 2ZHVA 5T4SA 5P23A 3DV1A 3OHFA 5P19A 5P17A 3INHA 4Y5AA 2F81A 1BXOA 1AJVA 5P5PA 4Y41A 4I10A 5P3LA 3CKPA 4QJ2A 5P0DA 1G0VA 5P0JA 4RLDA 1HIIA 1G2KA 1EPOE 5P2BA 2AOHA 5P7PA 5P7XA 1RV7A 1B11A 3S54A 3HVPA 3OAGB 5OZUA 4R93A 3K5GA 5COOA 1MT9A 4Y3JA 4Y3YA 5P46A 3BVAA 5ER2E 4DQEA 2VA6A 1PSAA 4Y3SA 3NUJA 3TNEA 4Y3WA 2QMDA 5ENKA 4ZSQA 5P8SA 3BUFA 1PSOE 4Y5CA 5P40A 2UXZA 4M8XA 4R91A 2IDWA 5P89A 5EZZA 5FIVA 3RVIA 3PRSA 1C6ZA 4EXGA 3EMYA 1TCWA 5P28A 5P6PA 2NMZA 5P2VA 2R43A 2WF1A 3DCKA 4I0JA 3OXWA 5P5BA 1PSNA 1K6TA 5P69A 1LYWA 1RPIA 1TW7A 3OXCA 5P2GA 4YE3A 1FKNA 1GKTA 5P71A 2B42A 1HEGE 5P0UA 5P29A 5P2QA 1HXWA 2I4QA 2Q15A 2R3WA 1G6LA 3FSMA 5P1VA 3QROA 4ACUA 2QI5A 5P8FA 3QI1A 3OUCA 4AA9A 5OZ1A 5P7GA 5P6XA 4RRNA 3U6AA 1B5FA 3S2OA 3LIQA 2H6SA 2ZE1A 4Y3MA 3SKFA 1SGZA 2RMPA 3T11A 5P1GA 3VV8A 2NTRA 3BXSA 4Z22A 3DOXA 3OK9A 5P0SA 3OQAA 3ST5A 2QHYA 4S1GA 4A6BA 5P45A 2R3TA 1Z1RA 2Q5KA 3OWNA 5P4JA 5JFPA 5P2MA 4Q1YA 4TVGA 4QLHA 5P0EA 5P5HA 3UQXA 4BFBA 2IGXA 2HB4A 2HAHA 1MT7A 5P2IA 4EPJA 5P1YA 3MSKA 3EXOA 5P0LA 1T7KA 3D1YA 2OHSA 2VKMA 2G94A 2OHMA 2CEJA 4Y54A 4WY6A 4Y44A 1ODXA 3T3CA 2QAKA 2B60A 3VYEA 5P03A 5P0MA 2VS2A 1DP5A 2I0DA 2AVMA 2BKSA 3EKVA 4CMSA 2MIPA 5OZAA 5HD0A 2Q11A 3DM6A 5P2EA 1XN3A 1YM2A 4LP9A 5P0RA 1HSHA 2QI4A 2RSPA 3UFNA 1IVQA 2HS1A 4Y48A 3UHLA 4GJ9A 3PI5A 1EPRE 3S7LA 4H3FA 2ER6E 4Y5KA 1BV7A 4I8ZA 4I0EA 4QJ9A 3O9AA 3O9CA 3PLLA 5P1XA 5P4TA 3Q70A 5P2OA 2QNNA 3UDJA 3HLOA 1LYWB 3NXEA 1APTE 3SFCA 4DJOA 4YHQA 4Y36A 5ISJA 5P4VA 1ZPKA 5P8UA 5C9FA 4NJUA 2F3KA 5PEPA 1ZAPA 5P1AA 4BFDA 4YD3A 5P52A 5P3DA 4LXKA 3KDBA 4NPUA 5P38A 4I1CA 1U8GA 1KJ4A 3TH9A 6UPJA 1C6XA 4COEA 1B5FB 1UPJA 5P77A 2VA7A 4DFGA 4APEA 4Y4ZA 2Q63A 1D4KA 4PHVA 2IKOA 1A94A 1LZQA 2CENA 1EC3A 5AH7A 1J71A 4CKUA 5P87A 1NSOA 2ZJMA 1XL2A 1EBWA 5P6YA 2I4WA 1HRNA 1FF0C 3Q6YA 3EC0A 3O9GA 5P8CA 3HD8A 4Y4TA 3TTPA 3LIXA 1LF3A 5APRE 4Y4GA 1MTBA 2QHCA 4FRSA 4J0ZA 5P7MA 3BGCA 3S45A 2WF3A 3UDHA 3D1ZA 4GJAA 2ZJKA 5EZXA 5P20A 5P8JA 4AMTA 5I3YA 4L1AA 4YCTA 1RQ9A 1RNEA 3VG1A 3EM3A 2AZCA 4FSLA 4GIDA 3MSJA 4YDGA 5P1UA 1PFZA 1K2CA 3URLA 4JPCA 1B6KA 5P5RA 4I0HA 4J54A 5P1QA 2AOFA 3CYWA 2VJ7A 1SDTA 3QBFA 4EXHA 3LNKA 1HBVA 2PC0A 2AOIA 4H3IA 5P72A 3TOFA 1HIVA 3NR6A 3JVYA 4RROA 3EKWA 5OYVA 3NU9A 5P0XA 1HVSA 3D1XA 5DQ5A 3VV6A 3F9QA 4MC2A 4APRE 2Q64A 2PH8A 4FSEA 2XYEA 3H0BA 5P3GA 4Y3RA 4Y5EA 2FIVA 3INFA 1EEDP 5P34A 2QI0A 5IVSA 2B8LA 2P8HA 2QP8A 5P6ZA 3EKTA 1C70A 5DR8A 1EPLE 4D89A 2IL2A 5P3EA 3UCBA 5OZVA 5F01A 3QVCA 5P44A 5P0BA 3KFRA 1IDAA 5P4OA 5OZCA 1HVIA 4J0TA 1HVKA 5COPA 4Q1NA 3T7PA 5KR0A 1OHRA 3ZPTA 5P85A 5P3QA 3QAAA 1FMUA 3URJA 3VYDA 3LINA 3K4VC 3LIYA 1HVLA 7HVPA 4RCFA 2P4JA 3TL9A 4DJPA 1FQ4A 1EC2A 1K1TA 4B1DA 2O4NA 5JG1A 4ZSMA 4B1CA 4HVPA 5KQZA 4J1CA 4L1AB 4Y5BA 4HDFA 3AUPA 3BUGA 4EHCA 5P1NA 4GJCA 4ER2E 4XX3A 5P1MA 1HWRA 1W51A 4Y3NA 2QI3A 5P4ZA 3T6IA 4Y50A 4EYRA 5P2HA 1E80E 2G21A 5P66A 4U8WA 5KR1A 1UH9A 5P80A 5J25A 2G22A 2QU3A 3JW2A 5OZRA 2BPXA 5P7JA 1AJXA 5DR0A 5P5JA 1SDUA 5P81A 5OZ0A 3VFAA 4Y43A 5HE7A 2QNQA 3S8IA 4EP2A 1FLHA 3K1WA 2V11C 3LIVA 1YTGA 3GGXA 1MPPA 4DVFA 5P30A 3PSGA 3B80A 3QIHA 4Y3XA 1YTHA 4GJBA 4Y4DA 5P36A 5OYYA 4I0FA 4FM8A 5HU0A 5P59A 3VLAA 3NDXA 5P5FA 3UDMA 4CPWA 1W6IA 2AODA 2O4SA 4CPXA 5OZBA 5P01A 1MEUA 2AVVA 5P7WA 3INEA 1W5XA 1HSGA 1HPSA 1IDBA 5P7IA 3PLDA 3KFNA 5P5ZA 5P0AA 5P5OA 3LPKA 1YG9A 2OHUA 4ER4E 2AOGA 4EJLA 1EPME 2PSVA 2ZGAA 3I7EA 1IBQA 1YX9A 3EL9A 5AHBA 5P7KA 1DAZC 3AIDA 4DV9A 3KDDA 4PYVA 1D4IA 2FMBA 4DQCA 5P26A 3EBZA 3IXJA 3PCWA 4OBJA 1B6MA 1D4YA 3O9LA 1PROA 4NJVA 5P7OA 5P7FA 3NDUA 5DQ4A 2HS2A 5P6KA 3SQFA 2B8VA 5P1FA 1Q9PA 5P2LA 1META 4ZPEA 3OTSA 2FDPA 1IVPA 1HVJA 3MXDA 5P0PA 4D88A 2PH6A 2QMGA 2IS0A 2G1OA 3OQ7A 3OU3A 5ER1E 2HM1A 3QBHA 5I70A 3KMXA 4Y3DA 1BDQA 1FQ8A 5P1ZA 5OZFA 2QNPA 1SBGA 2ZJNA 3OTYA 4Y5PA 4D8CA 5DPZA 2BPWA 2PSUA 4GMIA 5P76A 5P2YA 5SY3A 1M43A 3UDKA 2RKGA 3OADA 4F75A 2IKUA 1SH9A 5P2UA 3UDRA 5P1CA 4Y5GA 5P48A 2R5QA 3EKPA 4EQ0A 1QBSA 4EJDA 3GGUA 4K4QA 5HVPA 5P4LA 4J17A 4H3GA 4R5NA 1HOSA 2AOEA 2FLEA 3FNTA 1SGUA 2BKTA 1BVGA 1CZIE 3CIBA 4DJVA 3N3IA 5DQCA 5P3IA 2ZHUA 1CMSA 3PWWA 5P16A 5P3YA 1N49A 1ME6A 2I4XA 4Y3HA 5OYSA 4I8WA 4HLAA 5P68A 3ZL7A 4FS4A 5P54A 4GJ6A 5OZIA 5P1KA 3ER3E 4Y5NA 7UPJA 4FM6A 5P67A 4F76A 2JJJA 1DMPA 4J55A 3DCRA 4Q1WA 5P3TA 3FIVA 5P4DA 3DJKA 3DK1A 3OU4A 5P3WA 3UTLA 5DR4A 4F74A 4Y6MA 5P4RA 2ER7E 4HA5A 5P8GA 2O4KA 5P8IA 3S85A 2JXRA 2FGUA 5OZOA 5KQFA 4CPRA 2ANLA 1D4SA 4J1KA 3APRE 5P3JA 5DQ2A 1BWBA 3O9LB 5OYQA 1Z1HA 1FEJC 1WBMA 3IXKA 5OZZA 2WEZA 2OHLA 3TOHA 3NUOA 2ZHRA 1FFFC 4PEPA 5P7QA 2ZHSA 2BPYA 3VSXA 1FGCC 1HPVA 4Y9WA 5P6UA 5JODA 4RCEA 4Y4WA 2PQZA 1SMRA 5P0KA 2NXMA 5P5TA 4Q1XA 3HVGA 1BWAA 1TQFA 4ER1E 3OADB 3VF3A 3ZOVA 3L5DA 3RSVA 3KDCA 3I25A 4JP9A 5KQYA 1LYBA 3EL5A 3VCMA 3O9BA 2VJ6A 4R92A 5P6DA 5P10A 1TSQA 4LAPA 3IAWA 3NLSA 5P49A 5E5KA 2JYSA 1JLDA 5P0ZA 1W6HA 1HTRB 5OZ2A 3ZKGA 1MTRA 3NXNA 3NWXA 5P1BA 3UQPA 5P3FA 1IZDA 3LZUA 5P57A 2FDDA 4Y51A 2EWYA 4GJ5A 1MSNA 3OGQA 1APWE 5I3XA 8HVPA 5P3OA 1EAGA 1K6PA 1SMEA 3S43A 4DPIA 5P2XA 5P1IA 5P5LA 1VIKA 5P4FA 3L3AA 4ZE6A 5P3MA 5P6NA 2OAHA 2ZYEA 3PWMA 4GB2A 3OU4B 2FGVA 2NPHA 4FAEA 4K4PA 5P6CA 5P5VA 4LBTA 3TPRA 1HSIA 3Q3TA 1EPQE 2QI6A 4KE0A 4PZXA 5P1LA 2Q54A 3PEPA 1QDMA 2PK6A 5P5UA 3BVBA 4ZEAA 1K6VA 4R8YA 4Y3QA 3KFSA 1HHPA 3QS1A 5P5IA 3ZKMA 2IRZA 2I4UA 1SIPA 5P7ZA 5HCOA 2R8NA 3WZ6A 3CMSA 1K6CA 2BPZA 5HU1A 2WEBA 4K9HA 1MUIA 4XXSA 4I0ZA 2VIEA 5P6GA 5P15A 2WECA 1FFIC 5P86A 3LIZA 2O40A 4Y5MA 4YD6A 5P6JA 4LHHA 3OQFA 1AVFA 2XFIA 4FGXA 4YA8A 4BEKA 2VA5A 4H3JA 5P00A 5P2ZA 3NU3A 5OZJA 4PZWA 5AHCA 3CIDA 5P5XA 3T7XA 3K5FA 3SLZA 5P37A 3OUDA 1LYBB 3LPIA 5P75A 2BQVA 5P35A 5P6RA 5P6OA 4YD4A 2A4FA 1QBUA 3ZKXA 1F7AA 3LZVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2T A;  5OYW A;  2XFK A;  5P4A A;  2QMF A;  4QJ7 A;  3PGI A;  5OZ9 A;  3IN4 A;  3ZPU A;  1ZJ7 A;  4B0Q A;  5P4E A;  4HDB A;  1D4H A;  5OZX A;  1HTE A;  1KJF A;  5P84 A;  2V12 C;  4LL3 A;  5P79 A;  5P78 A;  2OHR A;  2G1Y A;  5P6A A;  3VFB A;  2WF2 A;  4H1E A;  4I0D A;  4XKX A;  5P1W A;  5P58 A;  5P53 A;  1TSU A;  2ZHT A;  5P3S A;  4E43 A;  2JE4 A;  1LYA B;  5P5Y A;  5P6L A;  1HPX A;  3BXR A;  1E81 E;  3EKQ A;  1DPJ A;  5P0Q A;  2ASI A;  1SP5 A;  3NYG A;  1HVH A;  1NPA A;  4J1H A;  3TLH A;  4GYE A;  4RYG A;  3PCZ A;  4RVJ A;  4OBZ B;  4FRK A;  2PMA A;  1A30 A;  4J1I A;  4CP7 A;  3SA7 A;  5P43 A;  3VYF A;  1MT8 A;  2FDE A;  4F73 A;  3EM4 A;  1T3R A;  5P4C A;  2AZ8 A;  3WZ7 A;  1HEF E;  5OZW A;  3HZC A;  2FXE A;  5P41 A;  4FAF A;  4OBD A;  1ZTZ A;  1EC1 A;  2QZW A;  5P1R A;  3SO9 A;  3PSU A;  5P24 A;  2AID A;  2G1S A;  5P65 A;  4ZPF A;  1KJ7 A;  5P0I A;  3EKX A;  5OZ6 A;  3K4V A;  1EBK C;  3L38 A;  5P8R A;  1FMX A;  3EL0 A;  1K1U A;  5P4X A;  5P2W A;  5P63 A;  3S7M A;  2VIJ A;  1TZS A;  5P6T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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