5P82A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 335
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p82A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p82A01
6APRE 1HPXA 5P3QA 5P64A 3ZKGA 5P6WA 5P8LA 3EM4A 3UQXA 1GNNA 4OBZA 3SA8A 2JE4A 4ACXA 1K2BA 2V10C 4Y4XA 4HDFA 5P6NA 2IRZA 3OQ7A 3ZKNA 4DH6A 1C6ZA 5P08A 4ZPEA 2WEAA 2AZ9A 5P7KA 3ZKIA 3VF3A 5P6GA 4U7VA 3C9XA 5P4OA 5P6LA 3BXRA 1MSNA 1IZDA 5P19A 1IDBA 2O4NA 4B70A 4NKKA 2Q11A 3SKGA 1WBMA 3DV5A 1GVTA 2F3EA 2UY0A 2AOFA 5P13A 4Y5AA 2AVVA 4ZSMA 4WY1A 1YT9A 5P2KA 1FQ7A 1FF0C 1ZBGA 4BFDA 4R92A 4YD6A 3VG1A 4E43A 3OXXA 2VIEA 1PFZA 2B8LA 1EPPE 5P25A 5P1MA 4Y4TA 5OYXA 3WB5A 1AZ5A 2JJIA 1W50A 1AJXA 3PI0A 2I0DA 5AH8A 4JECA 5P6JA 4B77A 4R91A 4J0TA 1K6CA 5ER2E 5P1TA 4Y3LA 4DJOA 5P50A 1CMSA 5P0WA 1PSAA 5P2CA 5P7NA 1XN2A 1W6HA 3I6OA 2R3WA 2ZJHA 2QCIA 3TOGA 2R8NA 1YM4A 3QIHA 1W51A 3SO9A 1GVUA 4YCKA 3INEA 5P7ZA 4Y5LA 4TRWA 5OZ5A 1PSNA 3CKTA 3LPIA 3ZKQA 3QN8A 3KF0A 5P3UA 3TKGA 4NJUA 5P3JA 2I0AA 4QJ6A 3JVWA 5P29A 4Y5PA 5IVQA 1QBTA 2Q63A 5P5JA 5OZ2A 1SH9A 5P85A 2HPFA 5AGZA 3QPJA 4Y4BA 5P8SA 4H3IA 1UH7A 3UQPA 5P1QA 1ODYA 5P22A 3RSVA 1YX9A 2V12C 5P2IA 2FIVA 3L5FA 5P8CA 2AVSA 5P3MA 1TZSA 2IENA 3L38A 3BHEA 5P6XA 1SIVA 3SQFA 3QAAA 5P6VA 5P6AA 1G0VA 3O9EA 2QI0A 3O9FA 4FAFA 2G22A 5P6TA 5OZZA 1KJFA 5P1IA 4DQBA 4B05A 4YCTA 5P7TA 5P54A 5IVTA 3LIVA 3ZPUA 5P0GA 1BV9A 2P3CA 5P16A 4L7GA 4X2LA 1C6XA 5P1PA 1EAGA 4PHVA 3HAWA 4LXAA 3EKQA 5P51A 3OWNA 4EYRA 3FNTA 4F74A 3CYWA 2Q3KA 3HVPA 5P7UA 5P40A 3MWSA 1TSQA 1IBQA 4EP3A 3OU1A 3UDQA 3PCZA 2Q15A 2BPWA 7HVPA 1SMRA 1EC3A 5OZHA 4CKUA 2HB3A 4J1FA 2F8GA 1VIJA 1HIVA 5OYSA 5P5AA 5P7LA 1FMBA 3T7QA 2ZJLA 4U7QA 4PYVA 5AHBA 5P53A 5P77A 3S53A 3ZPTA 1DAZC 2R38A 4Y3WA 4D88A 2OHSA 2R9BA 4OBFA 5P2NA 2NPHA 3PHVA 5P35A 2BKSA 3GGAA 4B1EA 4AZYA 5P75A 2PSUA 3HAUA 3SM2A 2QI4A 3HW1A 5P4CA 1FB7A 4CPUA 1MESA 4J1HA 5P44A 5I3XA 2Q5KA 1HSIA 4Y39A 5P0CA 3M9FA 3EKWA 3MXEA 2CENA 3INHA 3Q3TA 3WZ6A 1APWE 3BC4A 3O9BA 3ER5E 2FGUA 3NDXA 2XYEA 1MT8A 1FFFC 1M43A 3D1YA 5P4EA 5P05A 3OQFA 5OZYA 3O9LB 4HDPA 5P1KA 3LZYA 4YBFA 1BDRA 5OYRA 5OZDA 2ZJIA 5P7AA 4ZSRA 3BVAA 2ANLA 5KQFA 4QJ8A 1GVVA 4RRNA 4EXHA 1DPJA 1K6TA 3TPRA 5P6PA 1MPPA 2QD7A 5P4UA 5P87A 5HDZA 3PCWA 1SDVA 1AJVA 4I8ZA 3QROA 3EKVA 3CIBA 5P5UA 3KFPA 5P4HA 1FQ5A 5C9DA 5KQYA 4I0DA 2CEMA 2G69A 3OY4A 1MUIA 1KJGA 5P78A 5P7GA 3OQAA 4FM6A 1T7KA 2FS4A 3DV1A 3O9LA 3TPJA 5P8IA 4I0GA 3TOFA 5P83A 4F75A 5P37A 1OEXA 3UCBA 4NPTA 2WL0A 3PMYA 1BBSA 5AH6A 5P5LA 5P2QA 3LIXA 3DCRA 5P0HA 3QP0A 5P7SA 1DP5A 4OBKA 1B6MA 5BS4A 1C70A 3NUJA 4Y4AA 5P8BA 5P2EA 1LF4A 1BVGA 4B1DA 4K8SA 5P5MA 1W5XA 3QRVA 4BEKA 1EBYA 4IVSA 1K2CA 1NPWA 1T6GA 1HPVA 1QBRA 4Y3HA 3SA9A 5HU1A 5P14A 4ACUA 1D4IA 1APTE 4CP7A 4LBTA 4B0QA 4EQ0A 1BWAA 4Y35A 4Y38A 5P3FA 3NU6A 5AHAA 4TVGA 2I1AA 3OXWA 4ER2E 4J1IA 2RKGA 2B7FA 5F01A 3MXDA 5P3DA 4RGHA 3IAWA 3BGBA 4Y3EA 3IN4A 1OD1A 1HVJA 4J0PA 3LITA 4OBDA 5P5DA 5P59A 3ZOVA 4DUSA 3D3TA 1GNMA 4QJAA 1OEWA 3O9HA 5P6MA 4YD7A 1IVPA 2PK5A 2IL2A 4I0HA 5P8HA 2APRA 5OZJA 5P6QA 4YD3A 1SMEA 3EM6A 2NNPA 3EKXA 3PBZA 1QDMA 2FDEA 3EXOA 4Z22A 4EJDA 2PYMA 1IIQA 5DPZA 3PWWA 4DQFA 3R0WA 5P5TA 4HLAA 3IXKA 1T7JA 2AOGA 1D4YA 5AHCA 5P2WA 1LYWB 4XX3A 1XS7D 5DQ2A 1NSOA 5P0XA 4Y4JA 1IZIA 3DCKA 1IVQA 5DR7A 1HVCA 5P7JA 3OQDA 2ZJJA 2ZJNA 5P1RA 3PWRA 5KOQA 1YTGA 1ZP8A 3ZL7A 5P5EA 4H3GA 5P3AA 3I2LA 5P4YA 3VV8A 5HE7A 3OHHA 3VLBA 4EXGA 2FDDA 3OK9A 1C6YA 4YA8A 5P4AA 2H6TA 4Q1YA 5P7XA 3KFNA 3NXNA 4Y4GA 2I4XA 1LYWA 3PGIA 4FRKA 4K9HA 1B6LA 3OAGA 4ZEAA 3UQWA 5ISKA 5P3XA 5OZOA 3N4LA 5P41A 1EC1A 4D89A 8HVPA 4YHQA 3KM4A 4ZPFA 2Q54A 1XE6A 1ODXA 5P03A 4FRSA 2BKTA 3CYXA 4CPRA 5P89A 3S7LA 1MVPA 3WZ7A 1FQ6A 2AZCA 5SY3A 3UDPA 5OZ0A 1D4HA 5P0IA 3OGQA 1RPIA 4DJYA 3KMYA 4ZLSA 1A9MA 4YD5A 4COEA 1AM5A 5P0LA 5P0NA 1OHRA 4XKXA 5P3TA 4L7HA 1FMUA 2ZJMA 5P0OA 4DJRA 3H5BA 2VA5A 2OHRA 1HEGE 2QD6A 3LZVA 4Z4XA 3PRSA 2WF1A 5P0MA 4H3FA 4J1CA 5P3VA 5P47A 5OZ4A 3TKWA 4EJ8A 2G1SA 3EKPA 5ISJA 2BB9A 2Z54A 3KT2A 1IZEA 5P0EA 2MIPA 5P27A 5P8AA 2QMFA 3R4BA 2Q55A 3QBHA 2QHCA 5P42A 4Y3XA 5P49A 5P6KA 4YOBA 5P0SA 5P1YA 5OZFA 2Q64A 2G1OA 5I3YA 4Y3MA 1NH0A 1Z8CA 3K5CA 4J5JA 3VYFA 3EMYA 3AIDA 1PROA 4Y58A 5P55A 4RCEA 5P1LA 2BPXA 5KR2A 5DQ4A 2HAHA 2RSPA 3IGBA 1J71A 3NUOA 5IE1A 5P8OA 3OUCA 5P1ZA 3K5FA 4DPIA 5P5WA 5SY2A 4I11A 4YDGA 3APRE 3H0BA 1HTFA 3EM3A 2O4KA 4YE3A 5P5BA 5P2TA 2P3DA 4J0VA 3S8IA 2RMPA 2WHHA 1M0BA 3GGVA 3VYDA 5P3NA 1EBKC 3FKTA 5P5GA 1PPKE 2QI6A 3OXCA 1FFIC 5P6BA 5P3YA 5DGWA 4FM8A 4YCYA 4ZE6A 3IXOA 3GI5A 2AZBA 2QI1A 5OYUA 4YBIA 5P6CA 3T6IA 2WF3A 3NU5A 2OF0A 5P4QA 2B8VA 4B78A 2WF4A 5P1GA 2FMBA 3SACA 3HLOA 3PSGA 2PH6A 4Y37A 3VFBA 2FGVA 4GJ9A 4Y43A 5P0RA 5P5NA 1LF2A 5P31A 1MT7A 4FSLA 5AH7A 4HZTA 5P32A 3U7SA 1FKNA 3OOTA 1HTEA 2QNPA 4Y5BA 3OU1B 3KDCA 2PC0A 5P28A 4CPSA 3T3CA 2QZLA 5I3VA 1HVLA 5B18A 4J55A 1ZPKA 3EL5A 6UPJA 4DPFA 4MC9A 4DI2A 4Y3SA 1XN3A 3FX5A 5COKA 5P0YA 3KMXA 1PPME 2IDWA 1LS5A 2WECA 2VIZA 5P15A 1HSGA 5P82A 4DQHA 3D20A 4ER4E 1YTJA 1NPAA 4EJLA 4OD9A 3L59A 5P5KA 5P5ZA 4QJ7A 4Y44A 2IEOA 3UDYA 5P5XA 4QLHA 1BV7A 1MRWA 2R3TA 3UDHA 5COPA 2G21A 2I4VA 3BUHA 5JODA 4EJKA 3KFRA 5P1EA 3AUPA 5P0VA 1A8KA 2IGXA 2VS2A 2BPVA 3T7XA 3VF7A 5P3RA 3GI0A 3BVBA 1SP5A 5P10A 2O4SA 2FNTA 2G26A 2P4JA 2FDPA 4Y4WA 1HOSA 2NTRA 1FEJC 1GVWA 2BBBA 5P4NA 4QJ2A 2FXEA 2PQZA 4OBHA 5P1DA 4DJPA 5DQCA 1HXBA 3IN3A 3UDNA 3IA9A 5OZPA 1EPRE 5PEPA 4GYEA 2BPYA 4PZWA 1XDHA 5OZ9A 2ZE1A 5IVRA 2IGYA 2WKZA 2QZWA 2PSVA 3LIYA 5P3WA 4J0YA 1HSHA 4Y45A 1BXOA 1EBZA 4R5NA 5P8QA 5P66A 4Q5MA 5P3PA 3R2FA 2ASIA 5P3HA 5HVPA 2AQUA 4RYGA 4WY6A 5P1OA 5P2AA 4K4RA 5KR1A 1ZJ7A 1G35A 2XYFA 1VIKA 5E5KA 1HIHA 4TVHA 4F73A 5KQZA 5P7DA 5EZZA 2J9JB 4GIDA 3I25A 5C9BA 3KDDA 1D4LA 1BXQA 5P7RA 2P3AA 3HVGA 4I0ZA 5OZBA 4J17A 3QI1A 1M4HA 3EKTA 3GGUA 5P18A 4D85A 2A1EA 1XE5A 5P3EA 3MSLA 5T4SA 3QS1A 3O99A 3L5CA 1FMXA 2UXZA 3I8WA 1JLDA 1E82E 2O40A 3LZUA 4Q1XA 5P84A 5P4VA 1IZHA 4ZIPA 3L5BA 3B80A 3PWMA 5P34A 2ZHSA 4OBGA 5P4IA 4Y4ZA 3GGXA 4I0JA 1RV7A 4LP9A 5OYYA 3SA3A 1F7AA 2G20A 4B1CA 5P2RA 3EL1A 3FNUA 2J9JA 3ZKXA 3O9GA 1HVRA 9HVPA 4LAPA 5P7CA 2AOIA 4ZSQA 3PSUA 4Y3YA 2AVMA 3KFSA 5P68A 4AMTA 5P76A 1Q9PA 1GVXA 1ME6A 3GI4A 4Y6MA 1HVIA 4Y36A 2VNMA 2IS0A 1W6IA 3KYRA 1B6JA 5P3BA 4L7JA 3HDKA 3ZMGA 3QRSA 4EQJA 3ER3E 5P61A 5P7EA 4I1CA 5FIVA 4ER1E 2QMGA 1T3RA 2V00A 1TCWA 2R5PA 1MT9A 2PK6A 5I70A 4J54A 2G94A 3HD8A 4MC2A 1HPOA 4Q1NA 1W5YA 5OZNA 5P1HA 3RVIA 5P3GA 3L3AA 3UDMA 3KA2A 5P0FA 3Q70A 4I0EA 5P09A 4TRZA 2OHQA 3GW5A 4FCOA 5P80A 2AZ8A 4Y5NA 5P86A 5P1CA 5P2ZA 4R93A 3FSMA 4ZSPA 5P5IA 1AXAA 4Y3AA 5DR8A 4JOOA 5P01A 5P5FA 4CPXA 2HC0A 1RQ9A 4Z50A 1ZSFA 1A30A 3IVHA 5P4SA 5P58A 3NU3A 4K4PA 5P3OA 2AOEA 3NDUA 2QI7A 5JFUA 3R1GB 4EHCA 2ER9E 5DQ5A 5P1VA 5P23A 3EL4A 2O4LA 3DUYA 1EPQE 5P5QA 3OU3A 2ZJKA 4R95A 1G6LA 1ZAPA 5P02A 2WEZA 4OC6B 1EEDP 5P12A 1QBSA 5ER1E 1EPNE 4CPQA 4MC6A 5P20A 2H6SA 2PWRA 2IKUA 1BVEA 3UQUA 1UH8A 1HPSA 3SM1A 2UPJA 5P00A 5P5VA 2ER7E 4DJXA 2NXDA 3APPA 2AIDA 3NR6A 5OZ1A 1FQ4A 5P74A 3UTLA 3DOXA 5P6FA 1EC0A 2IKOA 2RENA 4NJSA 4RCFA 2VA6A 5P4KA 4FGXA 1SIPA 2ZHVA 3OAGB 3OUBA 5P0AA 1IDAA 5P7YA 1EPLE 5P2YA 4Z2ZA 3WSJA 5P7OA 5IS4A 3NDWA 2VNNA 2HM1A 3WB4A 2AVQA 4EP2A 2P3BA 4CPTA 4GB2A 3UPJA 3TTPA 3KDBA 2QD8A 4Y5GA 5P8TA 2I4UA 4OC6A 6FIVA 3PLLA 5P30A 5P3LA 4H1EA 4Y3FA 1HEFE 5P60A 1ENTE 2RKFA 1CPIA 2NMZA 2NR6A 5P8NA 5P7QA 5P8RA 5APRE 2QHYA 1FG8C 5P7IA 5P7HA 2R43A 3G6ZA 3NDTA 4J1KA 5P0TA 3RTMA 4Y5MA 1ER8E 4Y5KA 5OZCA 1D4JA 5P4LA 1ZPAA 4NJTA 3OHFA 5P4BA 2G1NA 5DR1A 3ST5A 1BDQA 5P5PA 4GJ8A 3VV6A 4FS4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6APR E;  1HPX A;  5P3Q A;  5P64 A;  3ZKG A;  5P6W A;  5P8L A;  3EM4 A;  3UQX A;  1GNN A;  4OBZ A;  3SA8 A;  2JE4 A;  4ACX A;  1K2B A;  2V10 C;  4Y4X A;  4HDF A;  5P6N A;  2IRZ A;  3OQ7 A;  3ZKN A;  4DH6 A;  1C6Z A;  5P08 A;  4ZPE A;  2WEA A;  2AZ9 A;  5P7K A;  3ZKI A;  3VF3 A;  5P6G A;  4U7V A;  3C9X A;  5P4O A;  5P6L A;  3BXR A;  1MSN A;  1IZD A;  5P19 A;  1IDB A;  2O4N A;  4B70 A;  4NKK A;  2Q11 A;  3SKG A;  1WBM A;  3DV5 A;  1GVT A;  2F3E A;  2UY0 A;  2AOF A;  5P13 A;  4Y5A A;  2AVV A;  4ZSM A;  4WY1 A;  1YT9 A;  5P2K A;  1FQ7 A;  1FF0 C;  1ZBG A;  4BFD A;  4R92 A;  4YD6 A;  3VG1 A;  4E43 A;  3OXX A;  2VIE A;  1PFZ A;  2B8L A;  1EPP E;  5P25 A;  5P1M A;  4Y4T A;  5OYX A;  3WB5 A;  1AZ5 A;  2JJI A;  1W50 A;  1AJX A;  3PI0 A;  2I0D A;  5AH8 A;  4JEC A;  5P6J A;  4B77 A;  4R91 A;  4J0T A;  1K6C A;  5ER2 E;  5P1T A;  4Y3L A;  4DJO A;  5P50 A;  1CMS A;  5P0W A;  1PSA A;  5P2C A;  5P7N A;  1XN2 A;  1W6H A;  3I6O A;  2R3W A;  2ZJH A;  2QCI A;  3TOG A;  2R8N A;  1YM4 A;  3QIH A;  1W51 A;  3SO9 A;  1GVU A;  4YCK A;  3INE A;  5P7Z A;  4Y5L A;  4TRW A;  5OZ5 A;  1PSN A;  3CKT A;  3LPI A;  3ZKQ A;  3QN8 A;  3KF0 A;  5P3U A;  3TKG A;  4NJU A;  5P3J A;  2I0A A;  4QJ6 A;  3JVW A;  5P29 A;  4Y5P A;  5IVQ A;  1QBT A;  2Q63 A;  5P5J A;  5OZ2 A;  1SH9 A;  5P85 A;  2HPF A;  5AGZ A;  3QPJ A;  4Y4B A;  5P8S A;  4H3I A;  1UH7 A;  3UQP A;  5P1Q A;  1ODY A;  5P22 A;  3RSV A;  1YX9 A;  2V12 C;  5P2I A;  2FIV A;  3L5F A;  5P8C A;  2AVS A;  5P3M A;  1TZS A;  2IEN A;  3L38 A;  3BHE A;  5P6X A;  1SIV A;  3SQF A;  3QAA A;  5P6V A;  5P6A A;  1G0V A;  3O9E A;  2QI0 A;  3O9F A;  4FAF A;  2G22 A;  5P6T A;  5OZZ A;  1KJF A;  5P1I A;  4DQB A;  4B05 A;  4YCT A;  5P7T A;  5P54 A;  5IVT A;  3LIV A;  3ZPU A;  5P0G A;  1BV9 A;  2P3C A;  5P16 A;  4L7G A;  4X2L A;  1C6X A;  5P1P A;  1EAG A;  4PHV A;  3HAW A;  4LXA A;  3EKQ A;  5P51 A;  3OWN A;  4EYR A;  3FNT A;  4F74 A;  3CYW A;  2Q3K A;  3HVP A;  5P7U A;  5P40 A;  3MWS A;  1TSQ A;  1IBQ A;  4EP3 A;  3OU1 A;  3UDQ A;  3PCZ A;  2Q15 A;  2BPW A;  7HVP A;  1SMR A;  1EC3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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