5P84A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 337
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p84A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p84A01
3CKRA 5P55A 1HVRA 2ASIA 3AUPA 5OZ6A 4DVFA 5P1JA 3HAUA 5OZ8A 2VA7A 3DJKA 5P6UA 4H3JA 1OEWA 3SPKA 1M43A 5P4AA 5P8UA 2PK5A 2JJIA 3EKYA 5P4FA 2WJOA 5P5EA 1IBQA 3NLSA 1APVE 1XN2A 3O99A 4FL8A 5P19A 4DQCA 1APUE 1K2CA 4Y3MA 5P75A 5P2JA 5EZXA 4F76A 4PZXA 4IVTA 1BV7A 4FRJA 2Q55A 5P1AA 4FSLA 4Y58A 5P49A 4ER4E 1AZ5A 3SAAA 1Z8CA 4Q1XA 1B5FB 2PWRA 1HVKA 2AVSA 3A2OA 1HPSA 2CENA 5P52A 3QIHA 1HVJA 2G1OA 4Q1WA 4ZIPA 4L7JA 4YOBA 3VFAA 1E5OE 4OBZB 5DR4A 5P3KA 1E81E 4IVSA 2FDEA 2OHSA 2QNQA 3O9CA 5P5YA 3LPIA 1MRWA 1QDMA 3PWRA 4D8CA 2JE4A 2HM1A 4YD5A 5P38A 1FQ6A 2I4UA 4QJAA 2P3DA 4FM8A 3SACA 2G21A 3DCKA 1EPPE 1BILA 3KM4A 4B1EA 4DPIA 3SA7A 1UH9A 5HU0A 3ZKSA 5HDZA 3S45A 4Y37A 3VV6A 2ZJKA 2I4VA 3NYGA 5P34A 3L59A 5P0KA 3RSVA 4OC6B 2P3BA 3PMUA 3VF5A 3TOHA 5JODA 5OZUA 1EAGA 4GJCA 5P30A 5P0TA 3EL0A 1EPME 2Q3KA 1MRXA 3VLAA 1PSNA 2ZJLA 3PWMA 1CZIE 4RRSA 5P0AA 6UPJA 5P6SA 3EM4A 1B11A 5P39A 4DH6A 3L58A 5P02A 5KR8A 2RSPA 3BHEA 1AM5A 3MSLA 5P26A 5JG1A 1C70A 3PCWA 1MSNA 3VUCA 4GZFA 1FQ7A 2B7FA 2AVQA 5OYXA 4I1CA 3UFLA 3S43A 5UPJA 2Q63A 5OZBA 5P1RA 3R2FA 1YX9A 5P3TA 2G69A 2AOGA 1D4KA 5T4SA 5HCTA 4Y39A 4Y45A 4YD4A 4GJ6A 5KR0A 3S85A 3KT2A 2Q54A 5P43A 1AAQA 5OYUA 2QMDA 3MSJA 2AQUA 3KA2A 1HPXA 2ZHRA 5P4CA 5P76A 3PCZA 5P5HA 3HD8A 4BEKA 1BV9A 3EKXA 5P6TA 1OD1A 3BGBA 3KDBA 5P42A 4GJBA 4Y44A 1D4HA 5AHAA 3G72A 2QU3A 2QCIA 5DGUA 5APRE 3O9DA 4KE1A 3G6ZA 4Q1YA 4LBTA 4OD9B 5P1OA 3MXEA 5P46A 1BDLA 3OQKA 1BDQA 2FIVA 3NDTA 5OZHA 2PWCA 1NPVA 4CPSA 4JOOA 4I0IA 2HB4A 1IDBA 2VNNA 1AJVA 4YHQA 5P4ZA 4ZSRA 3BGCA 2G1SA 3TOFA 5P1WA 3OUAA 4HA5A 3ZPSA 5P1LA 3TLHA 1TCWA 5BRYA 3PBDA 1YT9A 3MWSA 4ER2E 2R3TA 3OHFA 1MERA 4Y5BA 3TOGA 5DR1A 3O9IA 1B6JA 1LYWB 5DR8A 5P20A 2AVMA 5P72A 2R43A 5P0PA 1IZHA 3K5GA 4NPTA 1TSUA 1YTIA 1GVTA 4Y4ZA 4L7GA 3EBZA 1FMXA 4YCTA 4FIVA 4R91A 5P2DA 5KOSA 4OBJA 1MT7A 1SGZA 5P0NA 2G20A 5P0QA 1XE5A 4ZSQA 5P36A 1BBSA 4YDFA 4YD3A 2G1YA 2WEDA 3T3CA 5P6WA 5P8CA 3UDQA 3OXXA 2FGUA 3INHA 3QRVA 2ZJNA 3VYDA 4B00A 1K6PA 2F8GA 3VLBA 3LIYA 4RGHA 3LIVA 1WKRA 3SA5A 1YTJA 5JFUA 5P2WA 3TL9A 5P0FA 4YCKA 1XE6A 3OXVA 1EPQE 1RV7A 3LZYA 3NU4A 5EZZA 5DGWA 3T11A 5P1ZA 1XL5A 4I0DA 3PSGA 4Y3PA 5P5UA 5OYQA 3T7XA 5P6DA 3VYFA 5HVPA 2XFKA 2I4DA 5DQ5A 3NSHA 4XKXA 3S56A 1MESA 4AA8A 3NU9A 5P3CA 2AOEA 5OZ1A 1E82E 2JXRA 2QI3A 3PB5A 4YCYA 5P86A 5IE1A 5OZ2A 1A8KA 4FSEA 2PK6A 2R3WA 3BVAA 2OHPA 4B1DA 2AZ8A 2HS1A 5P12A 4NKKA 1MTRA 5P4QA 3C9XA 3APRE 4Q1NA 4RCDA 3EKWA 3ER3E 4LAPA 3ZKMA 3OK9A 5P22A 3VYEA 5P35A 4YDGA 5P77A 4GJAA 4EYRA 3ZMGA 2B8LA 5P0UA 5P50A 5P0ZA 4ACXA 7UPJA 5OZTA 4WY1A 1QBUA 4GJ8A 4H3IA 4ZE6A 1EPOE 5I3WA 3PVKA 5P6YA 2AOIA 5P3SA 4LXKA 1LF2A 3LITA 5P8LA 2G1RA 4JPCA 3TPPA 2FXEA 2VA5A 4DJWA 1HVCA 1IZIA 4EJDA 4DFGA 1IIQA 4TVHA 2AZCA 4FRKA 3PRSA 4FGXA 5SZ9A 5P0VA 4R93A 1HPOA 5HU1A 5P7IA 3LPKA 1B6MA 2QI0A 3URJA 5P5ZA 5P33A 3IN4A 4I0GA 2XFIA 5KQFA 5P2XA 4OBFA 3VCMA 5ISJA 5P8QA 4NJTA 5OZOA 1AXAA 2PH6A 4J17A 5P2YA 4HVPA 2MIPA 4Y36A 5P7PA 5P2UA 4RYGA 5COKA 4B77A 4CPUA 5P0HA 4RVIA 4U7QA 5P3FA 5P23A 1G6LA 5P3HA 1HIHA 2BBBA 5P88A 3OU1B 1NPAA 3DV5A 3Q5HA 4B70A 3D1ZA 5OZYA 4B78A 4Y47A 4Y3GA 2XYFA 1F7AA 3SA9A 4FM7A 4BELA 5P63A 5F00A 3UQWA 1HHPA 5P6NA 4Y4TA 4YA8A 3SM1A 5KQYA 5P2IA 3GI6A 5AGZA 2PMAA 4GJ7A 3NWQA 2WHHA 3K5CA 4HDFA 5P54A 3SA4A 3HBOA 4EQJA 2AOFA 3OQ7A 1C6XA 3JW2A 3OY4A 4QJ2A 4DUSA 5P5RA 5J25A 4H3GA 5P5SA 5P6ZA 5KQZA 1GVUA 4HLAA 4U7VA 1DPJA 2OHTA 2P8HA 4J1KA 4K4RA 3DM6A 3O9AA 1LF3A 3PWWA 4AZYA 5P2TA 4LL3A 1K2BA 5P10A 1W5YA 4COEA 4X7IA 1C6ZA 4ZPGA 3ER5E 1DMPA 1Z1HA 4FCOA 4L7HA 4RLDA 3UDMA 3EC0A 1NH0A 5P7HA 5OYVA 1N49A 1NPWA 3OAGB 5P3PA 3EKPA 3MXDA 5P03A 5P0DA 3BUGA 1ZTZA 5P6JA 4Y9WA 2HIZA 3GW5A 4ZEAA 5IVSA 5P61A 3EKQA 5P57A 5P04A 4F74A 1ZSRA 5P8GA 5DPZA 2J9JA 5P8RA 5P83A 4RYCA 4Z2ZA 4Y3EA 5P8MA 2V13A 4ZPEA 2OHRA 2XFJA 4EP3A 5P5KA 3LZSA 4EWOA 1FMBA 2OHNA 5HDUA 1QS8A 3UDJA 3FX5A 4Z22A 2PH8A 2A4FA 2HB2A 2PYMA 3PBZA 3T7PA 3NDWA 1W6HA 2QD6A 2NMZA 5P4OA 3ZOVA 3SQFA 5P5MA 5P7RA 4ER1E 1HVHA 3ZL7A 4WTUA 5P3JA 2G1NA 3CKPA 4L6BA 4XX4A 4CPRA 3U71A 5P84A 3EL5A 4OBGA 1HVIA 2B60A 4Y3DA 4YOAA 4Q5MA 4NJSA 5IVTA 4CMSA 5P0LA 3FNTA 1J71A 4EPJA 5P58A 5P8PA 3VEUA 3QRMA 5P3MA 4DQGA 1FFFC 3GI5A 1GNNA 4Y4UA 5OZ4A 5P3AA 3KFRA 1K1TA 2QP8A 5P7AA 3LINA 5COPA 2OHMA 2F3FA 4J0VA 3KT5A 2QI5A 5P0XA 5P4GA 5P0OA 2IKOA 5P8EA 2WF0A 3TPLA 4J55A 5P5IA 2Q5KA 3O9LA 2UXZA 4J1HA 5OZ3A 1GNOA 4Y3FA 5P6HA 3SFCA 5P3OA 2Z54A 4MC1A 1A8GA 3UDPA 3IA9A 4CPXA 2BKTA 2IKUA 2WF2A 5SY3A 1PPME 1XS7D 3OUDA 3VG1A 3OUBA 3QN8A 4WY6A 1W5WA 5IVQA 4EJKA 4NJVA 5OZDA 3RSXA 3EM3A 4R8YA 5P71A 5P7YA 1HVSA 1W5XA 1FFIC 2OHKA 5JFPA 5P3NA 5P4BA 5I3XA 1GNMA 3BRAA 5P2FA 5P31A 2V12C 1HTGA 5CLMA 2NNKA 1SMEA 2PSUA 1Q9PA 4JPEA 2PSGA 2H6SA 5P3EA 5P6VA 4OBKA 4UPJA 3N3IA 4J0PA 3INDA 3BUFA 5P53A 5P1DA 5P24A 1DIFA 3QP0A 2QD7A 5TOLA 3GI4A 4FE6A 4MC9A 3UDHA 3QI1A 1FEJC 4OBDA 3UPJA 5P4EA 5P5DA 5P82A 2FDDA 2UPJA 4CKUA 4F73A 1KJ4A 2ZDZA 1FG6C 4FRIA 4HE9A 5C9DA 4E43A 3PSUA 4Y53A 4ZSPA 2AIDA 3VF7A 4J1IA 3ZPTA 1HXWA 5P0YA 5P70A 3INEA 5P0JA 5FIVA 5DQ2A 2G22A 5IS4A 4J0ZA 5P44A 5P7BA 1BDRA 3CIBA 3Q70A 3D3TA 3LZVA 2FXDA 3PMYA 4LXAA 4APRE 5B18A 2FGVA 4U8WA 2IGYA 1T7JA 2AVVA 2WF3A 3VSXA 4EXHA 1HRNA 1B6KA 4FRSA 3SKGA 5OZVA 5HCOA 2OHLA 4DJVA 5P6XA 2NXLA 1SGUA 4OBHA 4J1CA 4LC7A 3GGUA 1YM4A 5OZ9A 3FV3A 4Y4JA 3RU1A 4TRYA 4MC2A 1G0VA 3GGVA 2BB9A 1SDTA 2QI6A 5P73A 5P40A 5OZXA 5P8SA 3OUCA 3UDNA 4YE3A 1F34A 3ZKNA 2JYSA 5P17A 4L1AA 1A94A 5P8VA 5P7XA 1IDAA 1M4HA 5P5FA 5P4PA 1VIKA 5P4UA 4Y4BA 4YD7A 3K4VA 4HDPA 4Y3SA 1YTHA 3O9BA 1DW6C 3SA8A 1KJFA 2G27A 2PSVA 1BWAA 1LYBB 2PC0A 1EC1A 2QK5A 4DQHA 1FMUA 5OYZA 3TKGA 1AIDA 3O9HA 4DQEA 4FM6A 3IVIA 1WBKA 2ZJJA 5OYWA 5P1UA 3NXEA 2FNTA 1ZJ7A 3OU4B 4LXMA 3UQPA 4Y38A 1G2KA 1IZDA 1APTE 3KDCA 5OZ7A 1HOSA 3L5DA 1GKTA 3OADA 1EC0A 4Y35A 1SH9A 4QJ9A 3S7LA 2V00A 5AH7A 4YBFA 3ZKQA 5P5CA 5P2KA 1ZPKA 1TQFA 4D85A 4EXGA 3D91A 3TH9A 1W6IA 3PHVA 5P5VA 2QD8A 5AH8A 3UDYA 3EMYA 2BPXA 4LHHA 5P13A 3SKFA 5P27A 3HVPA 2ZHTA 3IN3A 5P7EA 5P3RA 3CYXA 4F75A 5P5XA 2R8NA 2WL0A 3ZLQA 1ZAPA 2FNSA 1VIJA 3OOTA 3HDKA 5P4KA 2I4XA 1B5FA 3D20A 2O4KA 5P3WA 2B8VA 4I0FA 2B7ZA 3BXSA 4RRNA 5COOA 2I1AA 6APRE 3EKTA 5P7LA 4OBZA 5P69A 3U7SA 4Y4WA 3FIVA 2P83A 4Y5PA 2J9KA 2QZXA 5P1QA 2ANLA 4GJ5A 2P3CA 4I0HA 4B1CA 2UY0A 3F9QA 5P6EA 5HE4A 2VJ9A 5HE7A 2BPVA 4Y56A 2VNMA 3PLLA 5P62A 2NTRA 1APWE 4Z50A 5P3YA 3QBFA 3TNEA 2ZHUA 2NPHA 5P45A 5P6MA 3PI5A 4PEPA 1HXBA 2VA6A 5P85A 1BVEA 2VIEA 4K4QA 1UPJA 5P7DA 5P32A 3TPJA 4HDBA 2NXDA 2WEBA 5P60A 1EBWA 3TTPA 1FG8C 3HVGA 5P1FA 4ACUA 3CKTA 1RQ9A 2AOHA 3EL1A 1BXOA 1ODWA 2FS4A 5P48A 4OC6A 4Y4XA 5P2QA 3K5DA 2P4JA 3VF3A 5P2AA 4H3FA 5P8BA 4PYVA 5P5PA 1LEEA 2F81A 5P00A 1OEXA 2APRA 1BAIA 5OZ5A 1HBVA 2QNNA 3PJ6A 4XXSA 2BKSA 2Q64A 5P6CA 4R92A 1JLDA 4CPQA 1D4JA 5AH9A 3QROA 3ST5A 1EBKC 1TW7A 3IGBA 5P7MA 3UCBA 3MSKA 5P8NA 5P4LA 5OZFA 1HPVA 5P2LA 5P6LA 2QHYA 3GGAA 3DOXA 2I4QA 3IXJA 4Y5LA 2ZYEA 3U6AA 5P6BA 5OZWA 3R4BA 5P4RA 3UHLA 5P6RA 5P2VA 1ME6A 5P3VA 1PPKE 1TCXA 4Y4GA 3PM4A 2I4WA 3OXWA 2RKFA 2QAKA 2IEOA 3HLOA 5P89A 1EC2A 3QS1A 5P4HA 3PGIA 1MT8A 3OQFA 1EEDP 3SA3A 2P3BB 4J1FA 2WKZA 3AIDA 5P3ZA 1KJ7A 4NPUA 4RCFA 5P7KA 3FNSA 2QHZA 1K6TA 3L38A 4JECA 4K9HA 4KE0A 2ZE1A 5P1XA 4OD9A 4H1EA 2R5QA 5DR3A 3CMSA 3QRSA 5OYYA 5P51A 1LYAA 3G70A 2ZGAA 5P2EA 4Y5MA 1FF0C 1YM2A 1FIVA 3K4VC 5P07A 5OZLA 4Y3TA 1W50A 2IGXA 4TRZA 3S43B 5P7UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CKR A;  5P55 A;  1HVR A;  2ASI A;  3AUP A;  5OZ6 A;  4DVF A;  5P1J A;  3HAU A;  5OZ8 A;  2VA7 A;  3DJK A;  5P6U A;  4H3J A;  1OEW A;  3SPK A;  1M43 A;  5P4A A;  5P8U A;  2PK5 A;  2JJI A;  3EKY A;  5P4F A;  2WJO A;  5P5E A;  1IBQ A;  3NLS A;  1APV E;  1XN2 A;  3O99 A;  4FL8 A;  5P19 A;  4DQC A;  1APU E;  1K2C A;  4Y3M A;  5P75 A;  5P2J A;  5EZX A;  4F76 A;  4PZX A;  4IVT A;  1BV7 A;  4FRJ A;  2Q55 A;  5P1A A;  4FSL A;  4Y58 A;  5P49 A;  4ER4 E;  1AZ5 A;  3SAA A;  1Z8C A;  4Q1X A;  1B5F B;  2PWR A;  1HVK A;  2AVS A;  3A2O A;  1HPS A;  2CEN A;  5P52 A;  3QIH A;  1HVJ A;  2G1O A;  4Q1W A;  4ZIP A;  4L7J A;  4YOB A;  3VFA A;  1E5O E;  4OBZ B;  5DR4 A;  5P3K A;  1E81 E;  4IVS A;  2FDE A;  2OHS A;  2QNQ A;  3O9C A;  5P5Y A;  3LPI A;  1MRW A;  1QDM A;  3PWR A;  4D8C A;  2JE4 A;  2HM1 A;  4YD5 A;  5P38 A;  1FQ6 A;  2I4U A;  4QJA A;  2P3D A;  4FM8 A;  3SAC A;  2G21 A;  3DCK A;  1EPP E;  1BIL A;  3KM4 A;  4B1E A;  4DPI A;  3SA7 A;  1UH9 A;  5HU0 A;  3ZKS A;  5HDZ A;  3S45 A;  4Y37 A;  3VV6 A;  2ZJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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