5P88A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 341
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A01
4JPCA 4RRSA 5P7LA 1META 5P0LA 3UF3A 5HDUA 1BVGA 3KMXA 4FSEA 3QRSA 1HPOA 5P3EA 5P7HA 1EEDP 2QMPA 5P30A 5C9DA 4QGIA 3IVHA 2PYNA 4YA8A 3PWWA 3D91A 5COOA 4PPHA 4Y3MA 4RLDA 1IDAA 2IENA 4CKUA 2NR6A 5DGUA 4QJ9A 4EJKA 4Y45A 5P5EA 3PM4A 5P23A 1ME6A 2IQGA 4E43A 2OHTA 4Y3WA 5P84A 1NSOA 3F9QA 5P19A 2VIZA 5P29A 5P0RA 5P3GA 3FNTA 3VV8A 4L1AB 3HBOA 1W5VA 2JJIA 3BUGA 1HTGA 3SA7A 1HWRA 5P13A 3O9DA 5P2GA 1SP5A 5OZLA 5P0EA 4A6CA 3VUCA 5P3QA 1M43A 4H1EA 2OHUA 4Y3FA 4AA9A 5P55A 4EHCA 3R4BA 1GNMA 1BXOA 2WHHA 5P2KA 3BRAA 3S7LA 5P3RA 1W5YA 1FQ6A 5I3YA 2J9JB 5P7CA 1K6VA 5P3JA 5ER1E 2G94A 1SIVA 5P4AA 5P6OA 3I25A 1FQ4A 2B42A 1D4KA 3NU4A 1MSMA 1F34A 2NMYA 4JPEA 1BWAA 1XN2A 5P7QA 3OAGA 5OZ8A 1K2BA 5P0GA 5UPJA 3D1ZA 3ZOVA 4CPTA 1IDBA 5P6DA 1D4IA 4Y44A 3NDTA 3S85A 1HPVA 1EBKC 2Q55A 4X7IA 5P4SA 5P78A 5P0BA 1BAIA 1BXQA 4J0YA 4MC9A 5DPZA 4PZXA 4Y3SA 5HU1A 3N3IA 1ZP8A 2ZHSA 4Y4GA 5P2LA 3PLDA 5KR1A 1HVJA 3DV1A 5P1JA 3GGXA 5CONA 5P6EA 5P2YA 2P3BA 1DPJA 2WF1A 3TOHA 4DQGA 1HVKA 3NLSA 1DP5A 5P33A 3VFAA 4FM7A 1HPXA 1UH9A 5P40A 1FFIC 1RV7A 2QHYA 1HSGA 5P80A 2WJOA 4GB2A 4Y41A 5OZEA 3U6AA 1OD1A 1NPAA 1FB7A 5P1HA 3UQWA 3RU1A 4DPIA 4YCKA 3PRSA 4ZSRA 1SMRA 1HRNA 5P11A 2NXLA 5P88A 5OZAA 2WL0A 3EKXA 3ZKSA 5P6FA 5P7FA 3PVKA 2G21A 2QZLA 5P3PA 5P6UA 1YM2A 2PQZA 3OXWA 3L5FA 5P5MA 3O9IA 3OXCA 1E5OE 3EMYA 4GJ5A 4LL3A 4RGHA 3PCZA 3JW2A 1EBWA 1WBMA 4OBFA 3KA2A 5P76A 8HVPA 5P5QA 3AUPA 1B6JA 1K1UA 4XX3A 3KYRA 4HA5A 2AVSA 4NJSA 1HIVA 3LZVA 5HDVA 2IL2A 5OZWA 7UPJA 3QBFA 5DR4A 3S43B 2V10C 1ENTE 1HIIA 2ER0E 2ZJJA 3EL4A 4TRZA 5P6IA 2I4UA 5P5OA 5P2UA 3K4VC 4B77A 5P2MA 2QI1A 1GNOA 3OU1B 4J17A 5P8JA 4Y5NA 2Q11A 3T11A 1SGZA 2IGYA 5P5WA 5JFUA 4J1KA 3PB5A 1TCWA 5P38A 3ZPSA 5C9FA 4YDFA 3UQRA 3ZKGA 2Q64A 4GJ9A 3ZL7A 3EL9A 4RVJA 5P46A 3O99A 1E81E 2V16C 4HDPA 3URIA 3OHHA 4I0DA 5PEPA 3CIBA 2P83A 5P06A 4Y3YA 5P7BA 1D4HA 5P0QA 4YOAA 4Y58A 1HBVA 3BUHA 1T3RA 5P6CA 4EPJA 5P59A 2OHRA 1QBUA 3O9LB 3IGBA 3OUAA 5P1OA 5HVPA 5P70A 5P1XA 1GVVA 5KR8A 5JFPA 1ZPKA 5OYQA 2ZJHA 5P8NA 5P54A 5P3CA 5P6VA 1D4YA 3EKPA 4MC1A 2UPJA 3EL5A 2FS4A 4Y5GA 5P1PA 5P2NA 2HAHA 5P1DA 5P3UA 2VNMA 3WZ8A 2QI0A 1APWE 5P50A 4Y4XA 2G27A 3FNUA 4FAFA 5P03A 2QI3A 4GJBA 2WEBA 4Q5MA 3IN3A 2SAMA 5AGZA 4DFGA 4A6BA 1W5XA 4FE6A 2OHLA 3NWXA 5T4SA 4EQJA 2FDDA 2G1OA 1WKRA 3PJ6A 1ZTZA 4ZPEA 5P75A 4YD4A 1FGCC 3UCBA 1HSHA 4PZWA 3IXJA 2OAHA 2IKOA 2PH6A 5P4XA 5P8LA 3NYGA 3TOFA 2VS2A 4GIDA 2JJJA 3TPLA 3OXXA 2FLEA 5OYSA 5P32A 5P68A 3QS1A 4HDFA 5F00A 5HTZA 4D85A 4Z50A 1G0VA 2QK5A 4YDGA 2ZHUA 5P6JA 3HAWA 3K5FA 4QJ2A 2V00A 5P8MA 3L5DA 1MUIA 2VA5A 4J54A 3RTHA 1HVRA 4Y47A 1GKTA 3WB4A 5P09A 3L59A 5P1NA 1G6LA 1PSOE 5ENMA 4OBJA 3U7SA 5P0SA 5P5GA 3ST5A 5P4PA 4Y5CA 3UFNA 4DQCA 5DR0A 2B7ZA 5P7PA 3QVIA 5OYYA 5P7KA 5P1KA 5P25A 3MWSA 2AZCA 5I70A 4LXMA 3BC4A 1KJFA 3M9FA 5P5LA 4Y6MA 3URLA 5P1VA 4YD5A 3SA9A 2H6SA 2QZXA 4R93A 2ASIA 2QZWA 1XL5A 5P22A 1APVE 5P5NA 5OZJA 4Y5PA 1PFZA 1EPNE 5P8EA 2NNPA 5P1QA 5P64A 5P3DA 2VNNA 1ER8E 3OADB 3K5DA 3WB5A 4DJYA 4J55A 4R5NA 5P0UA 3GI5A 3CKRA 4ZLSA 5P8TA 4OC6A 3QN8A 2ER6E 5OZUA 3UQPA 4QJ6A 3RSVA 3FNSA 4EJDA 3O9HA 4HE9A 5P6MA 5P69A 4Y4ZA 5P1BA 5P7NA 3QAAA 5P4NA 5OZDA 4QLHA 1SBGA 5P7EA 5OZ7A 2R38A 4XX4A 1J71A 5KQXA 5P73A 4U7VA 2G1NA 2AOHA 2I4VA 2ANLA 4U7QA 2OHNA 3A2OA 2QI4A 4I11A 2I4QA 4IVTA 1G35A 3PEPA 3S8IA 3OQ7A 5SXNA 3GI4A 2B8LA 1FG6C 1GVWA 3PSGA 3NU3A 1LF2A 1MIQA 2VIJA 4Y36A 4B0QA 3SA6A 5P66A 5P0JA 2XFJA 2G1SA 5AHAA 5P74A 1TCXA 3EXOA 5P7GA 5OZ5A 2UXZA 2QHCA 3OTYA 1A30A 3OAGB 1LV1A 1NPVA 3I8WA 4LXAA 3AIDA 1HEGE 1EBYA 5P2VA 4PHVA 4PYVA 5P1EA 1SMEA 3TLHA 2QP8A 1XE5A 2IDWA 5OZ1A 2HB2A 1M4HA 5P8IA 3I2LA 3LIVA 2ER9E 3PMUA 2FDEA 3OU4B 4I0GA 2RKFA 1YTHA 5P7VA 4YD3A 5P1WA 1MT8A 2B7FA 3UFLA 3L5CA 3NXNA 4JOOA 2P3BB 1IVPA 4OBGA 3TKGA 4J0PA 4EP2A 1IBQA 1GVTA 3KT5A 3GGVA 4QJ7A 5SY3A 2O40A 3G72A 5P1UA 5P7DA 3KFNA 4U8WA 4FIVA 3DOXA 4AUCA 3H0BA 3SQFA 1C70A 3OADA 5P0NA 1LF3A 5P5CA 3IAWA 4Y3AA 3PCWA 2AVQA 1K6TA 5P24A 1DW6C 5IE1A 5OZYA 2PC0A 3RVIA 3QI1A 4D88A 5P0YA 2HB4A 1FF0C 2HS2A 3VG1A 2F81A 3NDWA 4DH6A 3LITA 4FRKA 2Q3KA 4Y54A 1HHPA 5P4BA 2ZJLA 3OOTA 5P36A 5P6TA 1W50A 1PSAA 5P3NA 4NPTA 2F3FA 5P48A 5P37A 4DJQA 5P2HA 5IVTA 3HD8A 4ZE6A 2QU2A 2QCIA 4LXKA 5KOQA 1N49A 5C9BA 4EXGA 1MT9A 5P4HA 3D20A 3I6OA 3MSLA 4LC7A 3NDUA 3HLOA 1TZSA 5P3ZA 1A8KA 4Y50A 4DQEA 2BBBA 1FLHA 2HPFA 2F3EA 2B60A 5P3VA 2MIPA 2G26A 1RPIA 4RYGA 5P8OA 5P5DA 2BPZA 5P0PA 4L6BA 5P6GA 3LPIA 2WF3A 4DQFA 4Y4BA 5KQZA 2P3AA 5OZCA 5HDXA 2BKTA 5OZOA 5P4EA 1E82E 4UPJA 5P4IA 1IZHA 4DPFA 2V13A 2AVOA 4M8YA 1T7JA 1ODXA 3S45A 2BPYA 4I0HA 1FG8C 5P7XA 3OU4A 5P3MA 5BWYA 5P6BA 1XN3A 4FCOA 3BXRA 4CPUA 5P5PA 1K2CA 1C6YA 1OEXA 2ZHRA 2OHPA 4TRWA 3EBZA 4Y3EA 5P7WA 5P6XA 3VEUA 1YTJA 1NH0A 3ZPUA 5KR2A 4Y3JA 1SGUA 4B1DA 5DR7A 4TRYA 5P2BA 3C9XA 3OUCA 4OBHA 5DR3A 5P2JA 4Y5EA 1FMUA 2WF0A 5HE4A 5P7IA 2P3DA 5P1SA 2JYSA 5P18A 2FGUA 5P1FA 3TH9A 5P17A 5P1LA 5P5YA 3CMSA 5P3BA 2OHKA 3NU9A 5P6YA 4Z4XA 4MC2A 4NJVA 5OZZA 5DQ2A 4ZSPA 4HDBA 5P3OA 3L38A 3D1XA 4GMIA 5I3WA 3GI0A 4Y4UA 3L3AA 2BPXA 2QU3A 1UH7A 5P6RA 2JXRA 5P0WA 5P6PA 4LAPA 5P0VA 3SA3A 5P27A 2HPEA 4CP7A 1HVHA 5COKA 5P8CA 1FFFC 2ZYEA 4HVPA 3SKGA 3PWRA 2FIVA 1EC1A 2UY0A 4Z2ZA 3VSWA 2QNNA 3CYWA 4CPRA 1WBKA 1M0BA 5ISJA 3MSJA 5P8DA 5P3KA 5P2SA 3TKWA 2J9KA 1AAQA 2VJ9A 1EBZA 2ER7E 2VA7A 3CIDA 4R92A 1YM4A 3NU5A 5P0FA 5OZPA 1Z1RA 5AH6A 4DVFA 4NPUA 2AOGA 3KFSA 4Y37A 5AHCA 5AH9A 3FV3A 5P2DA 5HE7A 5P61A 3LHGA 3SPKA 1EC3A 3EKVA 3PSUA 4RROA 5F01A 2BQVA 4J1HA 1MRXA 2FGVA 3MSKA 4BEKA 5P79A 5I3VA 4PEPA 3EM4A 3NUJA 2QI6A 5P5UA 2FXDA 2BJUA 5DQ1A 1ODWA 4YCTA 5P6SA 5P6WA 4Y3GA 3IVIA 3TOGA 3INDA 2PH8A 3LIQA 3SACA 2CEMA 2WKZA 4I8WA 1B5FA 5P01A 5P12A 2ZJNA 1MTRA 1BBSA 2G22A 3QVCA 5P58A 2I4WA 1SH9A 4AMTA 5P3AA 5SZ9A 4YD6A 1YX9A 5P0MA 3LPKA 4J0VA 2FXEA 3KDBA 2AOCA 4Y3TA 4X2LA 4Y9WA 3URJA 2NTRA 5P20A 3TTPA 2OHSA 5HDZA 1JLDA 1T7IA 2NXDA 1RL8A 2I0AA 1PROA 1MPPA 3MXDA 5AH8A 1EPQE 2OF0A 1AXAA 1HPSA 3UQUA 2V0ZC 4ACXA 4I0FA 1T6GA 2WEAA 1LF4A 3UDRA 4OC6B 5OZFA 2NNKA 5P5BA 1FQ7A 2Q15A 1QS8A 4OBDA 4Y43A 4Y3QA 5HCTA 5P45A 5P0KA 5P4CA 3LIXA 1TSUA 1AJXA 2O4PA 4S1GA 5P3SA 4DQHA 2OHQA 2JE4A 3APPA 5P4KA 4EWOA 5P4WA 3O9GA 3CKPA 5OZ4A 3O9CA 1KJHA 3UDJA 5P4VA 1HVLA 4F74A 2BPVA 2IGXA 4NJTA 5P8SA 2IS0A 4FM8A 1B11A 5OZGA 4KE0A 3SO9A 1D4LA 4Y5KA 1K1TA 2AOFA 1KJGA 2WEZA 5P2OA 4K4RA 3PI5A 1NPWA 4F75A 4I8ZA 3VF7A 2AZBA 2ZJIA 2IKUA 5P51A 3FX5A 3HW1A 4L7JA 4BFDA 4J1FA 5P49A 5ISKA 4H3GA 4RVIA 5P87A 2QI5A 3OTSA 3LPJA 2HIZA 5OYXA 5OZ0A 2FDPA 2QD7A 1U8GA 2AODA 5P6ZA 1ZAPA 3NR6A 1YTIA 3ZKXA 3WZ6A 2B8VA 5P05A 1FQ8A 3MXEA 4EJLA 5OZ6A 2F8GA 4L7HA 1T7KA 1XS7D 3HZCA 4CPWA 5JG1A 3SA4A 4RCEA 5P71A 4DJVA 3SAAA 4Y56A 2G24A 3O9AA 2VJ7A 2VKMA 4WTUA 4Y4EA 3IA9A 4ER2E 3KT2A 3QIHA 4GJ6A 5P8AA 3JVYA 1TSQA 2RENA 5P2RA 3U71A 4APRE 1W51A 3EKQA 5P4TA 4I12A 5P7YA 5P2FA 5P2TA 4H3FA 4R91A 5P5JA 1A8GA 3L5EA 4ZSMA 1EC0A 5P0IA 1AZ5A 5OYUA 1Z1HA 3ZKQA 3R0WA 4DJUA 1Z8CA 1B6MA 4I10A 2R43A 2NXMA 3EM3A 4RVXA 3BGBA 2AOIA 2QMGA 9HVPA 3GW5A 5P1MA 5P8UA 5IS4A 5OZ9A 5P1ZA 3N4LA 5P67A 4NKKA 2R3WA 5P5ZA 1RQ9A 3HVPA 4Z22A 3RSXA 3NXEA 5OZVA 1ZPAA 3S53A 4FAEA 2P3CA 3UDHA 5P2XA 3RTMA 2PMAA 5OZMA 2QMFA 4Y4JA 5P7MA 4B1CA 3KFPA 1FEJC 3O9EA 1Q9PA 3G70A 4J1EA 3UQXA 5P57A 3OWNA 3VYDA 5P7SA 4DUSA 3GGAA 2XYFA 4OBKA 5APRE 2ZDZA 3DM6A 3TPJA 4COEA 4EQ0A 2QI7A 2R9BA 3OQFA 4B72A 1HXWA 5P0AA 2XFIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JPC A;  4RRS A;  5P7L A;  1MET A;  5P0L A;  3UF3 A;  5HDU A;  1BVG A;  3KMX A;  4FSE A;  3QRS A;  1HPO A;  5P3E A;  5P7H A;  1EED P;  2QMP A;  5P30 A;  5C9D A;  4QGI A;  3IVH A;  2PYN A;  4YA8 A;  3PWW A;  3D91 A;  5COO A;  4PPH A;  4Y3M A;  4RLD A;  1IDA A;  2IEN A;  4CKU A;  2NR6 A;  5DGU A;  4QJ9 A;  4EJK A;  4Y45 A;  5P5E A;  3PM4 A;  5P23 A;  1ME6 A;  2IQG A;  4E43 A;  2OHT A;  4Y3W A;  5P84 A;  1NSO A;  3F9Q A;  5P19 A;  2VIZ A;  5P29 A;  5P0R A;  5P3G A;  3FNT A;  3VV8 A;  4L1A B;  3HBO A;  1W5V A;  2JJI A;  3BUG A;  1HTG A;  3SA7 A;  1HWR A;  5P13 A;  3O9D A;  5P2G A;  1SP5 A;  5OZL A;  5P0E A;  4A6C A;  3VUC A;  5P3Q A;  1M43 A;  4H1E A;  2OHU A;  4Y3F A;  4AA9 A;  5P55 A;  4EHC A;  3R4B A;  1GNM A;  1BXO A;  2WHH A;  5P2K A;  3BRA A;  3S7L A;  5P3R A;  1W5Y A;  1FQ6 A;  5I3Y A;  2J9J B;  5P7C A;  1K6V A;  5P3J A;  5ER1 E;  2G94 A;  1SIV A;  5P4A A;  5P6O A;  3I25 A;  1FQ4 A;  2B42 A;  1D4K A;  3NU4 A;  1MSM A;  1F34 A;  2NMY A;  4JPE A;  1BWA A;  1XN2 A;  5P7Q A;  3OAG A;  5OZ8 A;  1K2B A;  5P0G A;  5UPJ A;  3D1Z A;  3ZOV A;  4CPT A;  1IDB A;  5P6D A;  1D4I A;  4Y44 A;  3NDT A;  3S85 A;  1HPV A;  1EBK C;  2Q55 A;  4X7I A;  5P4S A;  5P78 A;  5P0B A;  1BAI A;  1BXQ A;  4J0Y A;  4MC9 A;  5DPZ A;  4PZX A;  4Y3S A;  5HU1 A;  3N3I A;  1ZP8 A;  2ZHS A;  4Y4G A;  5P2L A;  3PLD A;  5KR1 A;  1HVJ A;  3DV1 A;  5P1J A;  3GGX A;  5CON A;  5P6E A;  5P2Y A;  2P3B A;  1DPJ A;  2WF1 A;  3TOH A;  4DQG A;  1HVK A;  3NLS A;  1DP5 A;  5P33 A;  3VFA A;  4FM7 A;  1HPX A;  1UH9 A;  5P40 A;  1FFI C;  1RV7 A;  2QHY A;  1HSG A;  5P80 A;  2WJO A;  4GB2 A;  4Y41 A;  5OZE A;  3U6A A;  1OD1 A;  1NPA A;  1FB7 A;  5P1H A;  3UQW A;  3RU1 A;  4DPI A;  4YCK A;  3PRS A;  4ZSR A;  1SMR A;  1HRN A;  5P11 A;  2NXL A;  5P88 A;  5OZA A;  2WL0 A;  3EKX A;  3ZKS A;  5P6F A;  5P7F A;  3PVK A;  2G21 A;  2QZL A;  5P3P A;  5P6U A;  1YM2 A;  2PQZ A;  3OXW A;  3L5F A;  5P5M A;  3O9I A;  3OXC A;  1E5O E;  3EMY A;  4GJ5 A;  4LL3 A;  4RGH A;  3PCZ A;  3JW2 A;  1EBW A;  1WBM A;  4OBF A;  3KA2 A;  5P76 A;  8HVP A;  5P5Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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