5P88A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 341
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A01
1W6HA 3HAWA 3UPJA 4L1AA 2VS2A 1MRXA 2BKTA 7UPJA 4DJVA 4Q5MA 2WF3A 5P55A 3IVIA 5PEPA 2AQUA 2RKGA 5P4PA 3LPIA 5P1UA 4Y4XA 4GZFA 2ZJLA 4GB2A 4F74A 1FFFC 5P4VA 5P50A 4ZSRA 5P62A 3PWWA 3OUCA 5KQYA 2XFKA 3URLA 4DFGA 1APWE 3NLSA 3LZSA 4EP2A 4BEKA 5HDUA 5P15A 4Y9WA 3TL9A 5P7LA 5P3FA 1SP5A 4JP9A 1K6TA 3UQPA 4Y41A 1IZHA 1E82E 3PMYA 4TVGA 5P3RA 3NDWA 1BXOA 4RCDA 1HVKA 5P2QA 1LS5A 4FL8A 3S43B 5P3HA 5P76A 5P0GA 5OZUA 5P72A 1LYBB 1MSMA 5P4IA 3LZVA 4FRSA 1SDUA 5P3OA 5DQ2A 1YTHA 5P2NA 5P6TA 2Q55A 5P2CA 5P3BA 2I4XA 3OADA 5P5EA 3S45A 5IVTA 1UH7A 4DJYA 3PB5A 3O9GA 5P3SA 5DR3A 5P26A 2AZCA 5P3UA 4Y5BA 3H0BA 3MSJA 5OZXA 5P6RA 2P3BB 4ZE6A 1A9MA 3UTLA 5P43A 5P7IA 2ZHRA 4QJ8A 4APEA 5P0WA 3INHA 5P80A 4DJUA 4I10A 4K4RA 4TVHA 5P3JA 5P4UA 5P3WA 3BXSA 1W6IA 5AH6A 3QS1A 5P40A 3LIVA 3PVKA 2R43A 3CYWA 4I0FA 1AXAA 4OBGA 5ENKA 4GJDA 4Y4EA 3D91A 5KQXA 4Y4BA 3HVPA 5P04A 3VF5A 3BHEA 3T3CA 5OZ5A 5P1SA 2VJ6A 3UQWA 5P85A 5OZQA 5OZPA 3QRSA 5P35A 4F76A 1KJHA 5P6QA 4Y5KA 3VYFA 4Y3YA 2QHYA 2G69A 4AA8A 1B6MA 2A1EA 3F9QA 5IS4A 4B1EA 4R5NA 3ZOVA 3ZKIA 2QNNA 2BKSA 4QGIA 2O4PA 4NJSA 4ER1E 5P6PA 1TW7A 3VV7A 2QZKA 1XN2A 2HS1A 5F00A 3N3IA 5P6ZA 2ER9E 5P3LA 1IZEA 5P36A 3O9IA 4XKXA 2ZHVA 3OHFA 2AVSA 5P8QA 1JLDA 4TRYA 4FM7A 3O9DA 1YM4A 5P64A 4R91A 3KN0A 5P2HA 2OHSA 2V0ZC 3DV5A 6UPJA 1BWAA 1U8GA 4Y43A 2J9JA 4OBZB 4Q1NA 4RGHA 4CPSA 5P0HA 3EL4A 3T7XA 1LYBA 3Q70A 5P2AA 1BDQA 5P74A 2AOEA 2IGXA 1ZJ7A 4JECA 4Y3NA 3R4BA 5P2WA 2QD7A 1QBRA 2R3TA 6APRE 4Y5CA 4YCKA 5SY2A 4Y3MA 1META 3PBDA 5P03A 2HM1A 3TOHA 5DR1A 2B42A 5JODA 3SLZA 3LPJA 4I0JA 3URJA 5P86A 5P7AA 5OZFA 4H3GA 4Y5GA 4Q1XA 4EPJA 5P1NA 2P3BA 4L7HA 4YOAA 4BELA 3UDHA 1FLHA 1LF4A 2QU3A 4Y6MA 1LYWB 4QJ2A 3IVHA 4ZEAA 4CPXA 1IBQA 3LINA 1OEWA 5P7HA 1QBTA 2NR6A 5P18A 2HB3A 3INEA 5P77A 5IVSA 5P3CA 2WEBA 1XL5A 5P8BA 3VLBA 5P4DA 2QNQA 5P1GA 3I8WA 5P4BA 1HSHA 2B60A 5P1BA 4DQFA 2FNTA 3L59A 5P2YA 4Y47A 1HPVA 3TPLA 1RNEA 5P88A 4QJAA 4I0ZA 4Y37A 3BRAA 5C9FA 5BRYA 4YDFA 3K1WA 2PQZA 1MT9A 3APPA 4R8YA 5P7FA 5OZ6A 2AODA 3KMXA 3QBHA 3OHHA 1LZQA 1YT9A 3QN8A 1RQ9A 3INDA 2G20A 5P3KA 4Y3DA 4OBHA 4GJ9A 2NXLA 5P69A 2OHTA 3SA3A 5SY3A 2AOHA 2QNPA 2RMPA 2VIJA 2FNSA 2G27A 1AM5A 3DM6A 4ACUA 2Q63A 4FAFA 2BPWA 1GVXA 3VF7A 5P29A 2Q15A 4TRWA 4HDBA 4I11A 5P31A 4BFBA 2QU2A 5HD0A 5OZCA 3ZPUA 3C9XA 1Z1HA 4DJPA 4CP7A 2RSPA 1MVPA 2OHNA 2V16C 4RVXA 2NNKA 5P42A 5P22A 2VA5A 1ODWA 3UDPA 3KT2A 2IL2A 3R1GB 1FFIC 3L5CA 1W51A 3Q6YA 3WB4A 2QD6A 5P54A 5KAOA 5P6AA 4DI2A 2R5PA 1W5WA 5P53A 4J0PA 4ER2E 4JOOA 4EP3A 2WF2A 4DV9A 1XN3A 5AH9A 3ZPSA 1N49A 2V12C 5OZ7A 3OU4A 1ODXA 2WHHA 1SDTA 4AZYA 1YX9A 5DQ1A 5OZYA 5KR8A 1ZSFA 2QI7A 4I0IA 5P2VA 1XE6A 5P32A 4Y4ZA 4Y3QA 4UPJA 4A6CA 4Y5MA 4QLHA 1ZLFA 1HWRA 2ZGAA 5I3XA 5P8OA 4LC7A 2WKZA 3ST5A 1LYWA 1FQ4A 1MRWA 3ZMGA 3EM6A 3K5GA 3UDNA 5P1FA 5FIVA 3U6AA 5P0FA 3O9HA 5COOA 3SM1A 2PYNA 5P0IA 1AJVA 1EPPE 1ZAPA 2NNPA 5P6GA 5CONA 3EM4A 3OXCA 5P7QA 5P65A 3PWMA 4YA8A 1M43A 5JFPA 2OHRA 4F75A 5P4WA 3NU6A 2G21A 5E5JA 4H1EA 2Q3KA 1HBVA 4J5JA 5P44A 1EBWA 3G6ZA 5KOSA 1D4KA 5P5PA 3UFLA 4Y3FA 1FQ8A 3ER5E 4Y45A 5P4RA 3ECGA 3NWQA 4YCYA 1C6YA 1EBKC 5P8RA 3SFCA 2F81A 5P7GA 5C9BA 1MT8A 5DR7A 5P01A 5OYUA 3UFNA 1A94A 1HXBA 2BPZA 3L3AA 3PLDA 3WB5A 3CKTA 3VG1A 5P02A 2UXZA 4ZSQA 1D4SA 5P7OA 1DIFA 2R8NA 3BGCA 5P4JA 4FCOA 2PWRA 5OYQA 5P39A 3U71A 4EJKA 3OUDA 5P4GA 4A6BA 5P11A 1G0VA 5DR8A 3HD8A 5P51A 2I0AA 5P81A 2PSGA 5P0YA 3IXKA 5COKA 3OQFA 2JJIA 3AUPA 5HE5A 1GVTA 1Z1RA 5P3QA 4ZPGA 5P2KA 3TNEA 3CIBA 5KQZA 1CPIA 1OHRA 4H3IA 3R2FA 5P5IA 5P79A 3OK9A 5E5KA 5P17A 1C6XA 4J0VA 3MXDA 2XYEA 5P68A 5P6SA 3I25A 4CPQA 3LITA 3PMUA 1FMBA 4KUPA 2I1AA 4FM6A 1K6PA 3NU5A 5DGWA 3SPKA 4Y3LA 1AIDA 4I0EA 4DQGA 1BVEA 3PCZA 5OYRA 3UDYA 1D4HA 5P7CA 5CLMA 1KJGA 4K4QA 1BXQA 3RSVA 3BVAA 5P47A 1GVUA 1WKRA 4ZLSA 4FLGA 3OTYA 4AA9A 3NUJA 1PROA 2HC0A 5P5LA 2PC0A 4GJ5A 1W5XA 4Y4UA 4EQJA 4N00A 3KFPA 7HVPA 2Q5KA 5P28A 3DCRA 2VA7A 1K6CA 2VIZA 1RL8A 3OXWA 3KA2A 4FS4A 4Y3GA 5OZWA 4Y3ZA 1HOSA 4Y35A 1W5YA 2FLEA 3T11A 5HVPA 3S85A 3KFRA 2B7ZA 3VV8A 4Y3EA 2QI1A 4XX4A 5P6YA 4DPFA 4DJXA 5P4MA 4MC1A 4B72A 1MEUA 4ZSPA 3OQ7A 4Y5NA 5P0OA 1IVPA 4LP9A 4RCFA 1DAZC 2AOIA 5P70A 4YBIA 4Y3RA 3OXVA 5DQCA 2H6TA 3KDCA 1OD1A 5P38A 1EC0A 2FIVA 4GJ7A 2CEJA 3FKTA 3SA4A 4Y57A 3NR6A 3NXNA 5P3TA 5P7KA 3FNTA 2QMGA 1AJXA 5P0AA 2Q54A 3EKWA 5IE1A 1K1TA 2Z4OA 5P1IA 2NMZA 1NPVA 2SAMA 4CPTA 3UQXA 5P0QA 3HBOA 2WJOA 4J1EA 4YD3A 4J0YA 4OD9B 1GNOA 3KT5A 5P7YA 3UDMA 3TKGA 2BBBA 2AVVA 3PBZA 3TPJA 4LAPA 4YCTA 1UH9A 1W5VA 2QMPA 3OU3A 1IZIA 5P6XA 5P1QA 4FAEA 4DUSA 1BV9A 2OHMA 2WEZA 4GJBA 4MC2A 4WTUA 5P4EA 3KDDA 2IDWA 4Y53A 4EJ8A 1BV7A 3EL9A 1WBMA 3PSUA 3L5EA 3L58A 1K2BA 5P5CA 4D8CA 4I0HA 5P7SA 1SGZA 4JPEA 3EKXA 2NXDA 4R92A 5P6BA 4XX3A 1SBGA 1TQFA 2RKFA 2QK5A 3UHLA 4HA5A 1SMEA 5P2DA 1EPLE 3FSMA 1KJ7A 2AOCA 3INFA 3EKVA 1FEJC 5P8LA 5P66A 3EM3A 5OYSA 2QI5A 2O4LA 4Y56A 2NXMA 4HDFA 3BC4A 1B6JA 3EL0A 4Z4XA 1B5FB 3OQDA 2APRA 1PPME 1FIVA 3U7SA 2QZWA 2FDDA 4H3FA 1HIVA 3O9AA 2UPJA 2AOFA 1BBSA 5P7RA 3LIYA 2IQGA 4MC9A 5P7JA 2QHZA 2PWCA 4DJQA 1HVJA 3O9FA 5P2IA 1QBSA 3ZKGA 3OGPA 5OZAA 5P7UA 5P8HA 4J1IA 1ODYA 4LL3A 4M8YA 1W50A 4Q1WA 5P5HA 3SAAA 2WEDA 5P5WA 2HPFA 3B80A 3S43A 2FMBA 1XDHA 1BWBA 9HVPA 5P4XA 3LHGA 4Y5PA 5P0XA 5P1RA 5P25A 5P78A 4M8XA 1HPOA 5P3ZA 2BPXA 5P0VA 5P6UA 5P13A 1HTRB 4PZXA 1HVRA 3Q3TA 8HVPA 1TSQA 5P1MA 1Q9PA 4YD5A 1F7AA 3OOTA 1KJ4A 3IGBA 2ER7E 1NPAA 5ER2E 3RU1A 5OZLA 5P0CA 5P5JA 5P5VA 4DQEA 5P5TA 4CPWA 5P49A 5P87A 3DK1A 3FV3A 3BUGA 1SIVA 2IRZA 1EAGA 5P63A 1HTGA 3SM2A 5P2MA 4Y4DA 4Y54A 4NJVA 1IDAA 1TCWA 3OGQA 4EXGA 1LYAB 2R3WA 1MT7A 4Y58A 5P0DA 4RZ1A 4Y3HA 4KB9A 5P1EA 4Y4JA 5HDZA 2WEAA 5P37A 4OBFA 5OZ2A 3AIDA 2PH6A 5P4YA 1ER8E 1TZSA 3GI5A 5HE7A 5P1JA 2RENA 4F73A 4OBDA 5P0PA 2G94A 4GYEA 4DJWA 1FGCC 5HDVA 1SIPA 5P7MA 4ZSMA 4FRIA 1PFZA 3GI6A 4JPCA 1HEGE 4Y3PA 1FB7A 3WSJA 2ZHTA 5P23A 3LIZA 2ZYEA 5P3NA 3ZKMA 2HIZA 2Q64A 1GVWA 2AIDA 5P8VA 1ME6A 1QDMA 3L38A 1AZ5A 1EPOE 5P3MA 1B11A 4B1CA 3NYGA 5OZJA 4ER4E 4Y4WA 2ZDZA 2UY0A 1K1UA 4RYCA 5DQ4A 1ZSRA 1MESA 3HVGA 4WY6A 3WZ6A 4ZPFA 2CEMA 5P6WA 4U7VA 3VYEA 3K5CA 2I4UA 4GJ6A 5P1VA 2VIYA 2G1RA 4DJRA 5OZ1A 1OEXA 3UDQA 3CIDA 5P83A 5KR1A 4KE1A 6FIVA 3LIQA 5P4OA 1FQ6A 5HDXA 2IGYA 5P60A 5P4TA 3NWXA 5P7TA 4QJ6A 4OBZA 5P7PA 1APTE 2O4SA 1CZIE 3R0YA 3VCMA 3LNKA 1K6VA 3KFNA 1M4HA 5P7NA 5P30A 4D83A 4GIDA 3SA5A 2J9KA 2P3CA 5OYWA 5P6DA 3QI1A 1BILA 4I8ZA 4R93A 2AOJA 4DH6A 5P0SA 1UH8A 3OAGB 5P4QA 4Y36A 5OZSA 2Q11A 5P58A 5P7VA 3GGUA 2QI3A 4RVJA 1C70A 1QS8A 5P3DA 5P2SA 4FSEA 3BGBA 3NDXA 2AVOA 3OTSA 4Y3AA 5P8GA 1SDVA 2ER6E 5P0BA 3KYRA 5SXNA 3RVIA 5P0ZA 1YM2A 5I70A 5P20A 1BDLA 4EHCA 3K4VC 1FG6C 1YTJA 2IS0A 3O9LB 5P14A 3HDKA 4J1HA 2IKUA 5P09A 3RTHA 2QCIA 2P8HA 1YTIA 4GMIA 1B6PA 5OYZA 3PWRA 4DJOA 3MWSA 3OQAA 5OZKA 1YG9A 3BUFA 4HE9A 1HXWA 4DQCA 2VIEA 3NUOA 3QVIA 1D4IA 2VNMA 3PCWA 1PPKE 3MSLA 1VIKA 2BJUA 3IXJA 1HSGA 5I3YA 4L1AB 1CMSA 5P5DA 5P2RA 1HIIA 2VKMA 3I7EA 4EQ0A 4OBJA 5P06A 3S7MA 3HAUA 4FRJA 2HB4A 4Y3JA 2B8VA 2AOGA 2BPYA 4OBKA 1FKNA 5C9DA 5P5UA 3PI0A 2NTRA 4Y5AA 5P57A 5P1XA 3APRE 4DQBA 2OHKA 4DPIA 2I4WA 5P3AA 5P1OA 5EZZA 2ANLA 3PM4A 3TLHA 4E43A 5P8AA 4RVIA 1HVIA 5P52A 3IN4A 3S54A 5TOLA 3PRSA 4B1DA 1DW6C 5P1YA 4QJ9A 5P89A 5I3VA 3TOGA 4LXKA 4YDGA 5P2OA 4EWOA 2ZHSA 1NH0A 4XXSA 4X7IA 1DMPA 1A8KA 5P8PA 4GJCA 5P5RA 4J1KA 5P0UA 1APUE 4J1CA 5ISKA 2I4VA 3OADB 5P56A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W6H A;  3HAW A;  3UPJ A;  4L1A A;  2VS2 A;  1MRX A;  2BKT A;  7UPJ A;  4DJV A;  4Q5M A;  2WF3 A;  5P55 A;  3IVI A;  5PEP A;  2AQU A;  2RKG A;  5P4P A;  3LPI A;  5P1U A;  4Y4X A;  4GZF A;  2ZJL A;  4GB2 A;  4F74 A;  1FFF C;  5P4V A;  5P50 A;  4ZSR A;  5P62 A;  3PWW A;  3OUC A;  5KQY A;  2XFK A;  3URL A;  4DFG A;  1APW E;  3NLS A;  3LZS A;  4EP2 A;  4BEK A;  5HDU A;  5P15 A;  4Y9W A;  3TL9 A;  5P7L A;  5P3F A;  1SP5 A;  4JP9 A;  1K6T A;  3UQP A;  4Y41 A;  1IZH A;  1E82 E;  3PMY A;  4TVG A;  5P3R A;  3NDW A;  1BXO A;  4RCD A;  1HVK A;  5P2Q A;  1LS5 A;  4FL8 A;  3S43 B;  5P3H A;  5P76 A;  5P0G A;  5OZU A;  5P72 A;  1LYB B;  1MSM A;  5P4I A;  3LZV A;  4FRS A;  1SDU A;  5P3O A;  5DQ2 A;  1YTH A;  5P2N A;  5P6T A;  2Q55 A;  5P2C A;  5P3B A;  2I4X A;  3OAD A;  5P5E A;  3S45 A;  5IVT A;  1UH7 A;  4DJY A;  3PB5 A;  3O9G A;  5P3S A;  5DR3 A;  5P26 A;  2AZC A;  5P3U A;  4Y5B A;  3H0B A;  3MSJ A;  5OZX A;  5P6R A;  2P3B B;  4ZE6 A;  1A9M A;  3UTL A;  5P43 A;  5P7I A;  2ZHR A;  4QJ8 A;  4APE A;  5P0W A;  3INH A;  5P80 A;  4DJU A;  4I10 A;  4K4R A;  4TVH A;  5P3J A;  5P4U A;  5P3W A;  3BXS A;  1W6I A;  5AH6 A;  3QS1 A;  5P40 A;  3LIV A;  3PVK A;  2R43 A;  3CYW A;  4I0F A;  1AXA A;  4OBG A;  5ENK A;  4GJD A;  4Y4E A;  3D91 A;  5KQX A;  4Y4B A;  3HVP A;  5P04 A;  3VF5 A;  3BHE A;  3T3C A;  5OZ5 A;  5P1S A;  2VJ6 A;  3UQW A;  5P85 A;  5OZQ A;  5OZP A;  3QRS A;  5P35 A;  4F76 A;  1KJH A;  5P6Q A;  4Y5K A;  3VYF A;  4Y3Y A;  2QHY A;  2G69 A;  4AA8 A;  1B6M A;  2A1E A;  3F9Q A;  5IS4 A;  4B1E A;  4R5N A;  3ZOV A;  3ZKI A;  2QNN A;  2BKS A;  4QGI A;  2O4P A;  4NJS A;  4ER1 E;  5P6P A;  1TW7 A;  3VV7 A;  2QZK A;  1XN2 A;  2HS1 A;  5F00 A;  3N3I A;  5P6Z A;  2ER9 E;  5P3L A;  1IZE A;  5P36 A;  3O9I A;  4XKX A;  2ZHV A;  3OHF A;  2AVS A;  5P8Q A;  1JLD A;  4TRY A;  4FM7 A;  3O9D A;  1YM4 A;  5P64 A;  4R91 A;  3KN0 A;  5P2H A;  2OHS A;  2V0Z C;  3DV5 A;  6UPJ A;  1BWA A;  1U8G A;  4Y43 A;  2J9J A;  4OBZ B;  4Q1N A;  4RGH A;  4CPS A;  5P0H A;  3EL4 A;  3T7X A;  1LYB A;  3Q70 A;  5P2A A;  1BDQ A;  5P74 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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