5P8CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 345
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8cA01
3S85A 1PPKE 5P1HA 1RNEA 3S43B 3UDQA 2ZJIA 3WZ7A 1QS8A 4AZYA 1WBKA 5AGZA 4Y3SA 5P7TA 3OQAA 5P78A 1HVHA 5P8QA 5P46A 1FQ8A 3A2OA 2F80A 5SXNA 4I0JA 5P3IA 4D88A 5P5SA 1AVFA 2AQUA 5P2WA 1W5XA 2I4VA 3EMYA 5P6ZA 3PMUA 1HEGE 3R2FA 5E5KA 5P1JA 1AJXA 3UDRA 3OADA 1FLHA 4HDPA 3DJKA 5P8PA 2FXDA 5P6AA 4Y3PA 2ER6E 5P33A 5P7HA 5P6CA 5P3EA 2B60A 5OZFA 1YTJA 4XKXA 4DJVA 4YA8A 3TH9A 4Y4EA 2BKTA 3Q6YA 1HIHA 5OZMA 4AUCA 3ER3E 1FFFC 4APEA 4Y4TA 4RYGA 5OZOA 3BRAA 3R0YA 3INEA 3TOHA 4FM6A 4J1FA 5DR0A 5P6IA 5KR8A 1FQ6A 2V16C 3PLDA 3EM4A 2RKGA 4RRSA 2R9BA 2JE4A 5OYTA 5P5LA 2VA7A 1FMBA 1D4KA 4BFDA 3GGVA 2UXZA 2VIEA 5HDVA 2QHCA 2RKFA 5DR4A 2FNSA 5P5WA 3IN4A 5P65A 2Q5KA 1IVQA 2OHPA 5OYYA 5B18A 2Q64A 3QRSA 3IGBA 5P0MA 5P64A 2H6TA 3EL9A 5P2ZA 2Q15A 1YM2A 3U71A 1IVPA 2Q63A 1BIMA 2IEOA 2VIZA 2ZHUA 4XX3A 2ZHSA 4B1DA 5P1SA 5P8GA 5P74A 1HTEA 4GJCA 1MSNA 4EPJA 2HB4A 5P7PA 2HB2A 4YCKA 3UHLA 5P5KA 4YD6A 4ZLSA 3PCWA 5P5AA 5P2FA 2QU3A 1MUIA 1KJ7A 2AOIA 2AIDA 5OYZA 4EXHA 1RL8A 4Y39A 3KMYA 4CPRA 2IL2A 2BPVA 3UFLA 4BELA 2WEZA 1EAGA 2I4WA 4OD9A 2QCIA 1ZBGA 4I11A 4FL8A 3VG1A 5P2EA 1SBGA 5P3KA 4X2LA 1FGCC 2ER7E 2NNPA 3VYDA 3NU9A 4LP9A 3TLHA 5COKA 4Y4WA 1ZAPA 5P1KA 2F3KA 5IE1A 1BBSA 1BDRA 5KR0A 1QBTA 4M8YA 5P6KA 3RU1A 1PFZA 1ZSRA 4KUPA 1BVGA 4GJAA 5P3SA 4QJ7A 3F9QA 3DV1A 5P5ZA 3PMYA 1DP5A 1HSIA 3EKPA 5P0NA 1F34A 3ZKGA 3KFNA 5P6VA 3TPPA 5P5BA 3UDPA 1ENTE 4K4RA 3BXRA 1D4IA 4I10A 4OC6B 4HE9A 3VSXA 3UQXA 5P2NA 3L58A 3INFA 4FRJA 2O4PA 3NXNA 2I4XA 5P0XA 5OZ4A 4NPTA 4B05A 1XS7D 4YD5A 1A30A 5P6EA 4HZTA 2WKZA 5P8IA 1GNNA 3I6OA 3H0BA 5P7OA 1E81E 4Y3DA 3PBDA 3T7QA 3EM6A 3OGPA 2ZHVA 4Y4GA 3O9IA 3G6ZA 5FIVA 5P7CA 5P4KA 5P22A 2VJ9A 3NU4A 2UY0A 4Y4DA 3BHEA 5P4TA 2G1OA 3OQ7A 4B1EA 4DJQA 1W5WA 1JLDA 5P5IA 5P28A 3LZSA 1EBZA 4CPTA 4EJLA 1FQ7A 1LYAB 3RTNA 4TVGA 3EL1A 5P1VA 6FIVA 1AIDA 2F8GA 5APRE 1LF4A 5OZKA 5P4DA 1U8GA 8HVPA 5OZHA 1B6KA 1AZ5A 2I0AA 3GI5A 3PHVA 1M43A 2VIJA 1HPVA 5P4VA 4Z4XA 3EKVA 5P4PA 4ZIPA 2V10C 4YDFA 1Z8CA 5HDZA 1EBWA 5OYRA 5P7MA 4L1AA 1OEXA 1LV1A 3QN8A 5P57A 3FNTA 3BXSA 2NMZA 4RLDA 3APRE 5P6HA 3SFCA 5P5HA 5P81A 3CIBA 1B6MA 4Y57A 4Y4AA 3O9LA 2VS2A 3CIDA 2QD8A 5P62A 3IXJA 5P0LA 4J1EA 2BPZA 2B7FA 1QDMA 3RVIA 3LIYA 2JYSA 1META 4ER4E 2BB9A 3PVKA 3KT2A 4D83A 1ZJ7A 5DGWA 5P1ZA 5P2VA 1K6CA 1KJHA 3KYRA 3O9CA 1ME6A 5P6UA 3PSGA 1B6PA 3ZPUA 3ZKMA 1HPSA 4L7HA 2CEMA 4Q1NA 4J1CA 1KJGA 1K6PA 4Y36A 4LXMA 5P8MA 4EWOA 5P0ZA 5P1YA 5P88A 3SABA 2V12C 5P8OA 2ZE1A 1VIJA 3EKQA 3NWQA 1LF3A 5P0DA 3AUPA 3WZ6A 4WY1A 3R4BA 5P3HA 1K2BA 5P7UA 5P0TA 2IS0A 5SY3A 3UDNA 1W6HA 4Y58A 5P3WA 3I2LA 3T7XA 3VV6A 1SMEA 2P3BB 4Y3AA 2VNNA 4PYVA 5P2TA 4R5NA 2R3TA 3R0WA 1E5OE 1M4HA 4R93A 3QS1A 1CMSA 5P61A 1HVLA 5P66A 5P82A 2O4NA 2XYFA 2BPWA 2OHTA 4D85A 4I8ZA 5P23A 3TNEA 5P34A 5P6RA 4MC2A 1A8GA 3VF3A 3U7SA 4D8CA 2J9JB 3VEUA 5P45A 4DQCA 1K6VA 3FV3A 2G26A 4CKUA 2HPFA 1MEUA 2WF2A 2QHYA 1MT9A 4N00A 4FRKA 2B7ZA 2WEDA 4DJWA 1LZQA 5P50A 5ISKA 2RSPA 2JXRA 4TRWA 4E43A 1LYBB 5OZWA 3PWMA 5P0YA 3CICA 2VJ7A 2MIPA 4JPCA 5P4EA 3SQFA 2I4UA 4GZFA 5P6MA 4B78A 4Y3GA 3ZLQA 1HTGA 1XL5A 3T11A 5IVSA 4CPQA 3UQUA 4Y5PA 4J0VA 4FS4A 3LIZA 1WKRA 3KFPA 5P4RA 1EPRE 5BS4A 3O9HA 2WF3A 4DV9A 5IS4A 5P5GA 1LEEA 1HSHA 4DQEA 4ZE6A 5P4UA 5OZCA 2PH6A 4ZPFA 3EL4A 3NWXA 1EC2A 3QROA 2NMYA 3MXDA 4Y4BA 3SA8A 5P18A 2PC0A 3SA7A 3L5BA 2HM1A 3MSJA 3HVGA 3FSMA 5HCTA 2PSUA 5P6OA 3KFSA 3TTPA 4Y37A 1HIVA 4PZXA 3OOTA 4FLGA 3BGCA 1XL2A 2BQVA 3OXCA 3M9FA 3MWSA 3NDXA 5P01A 5OZXA 5P5XA 3S45A 1BV9A 1IZDA 5P5JA 4M8XA 3IXOA 3ZPTA 1B5FA 1ODXA 1SMRA 4BEKA 3KDDA 5P6SA 3LZYA 5OZ9A 1TSQA 3MSKA 4GMIA 3LZVA 1HXBA 2R43A 4H3GA 5P86A 2BJUA 3D91A 1FB7A 4GJDA 4Z2ZA 3FIVA 1D4YA 3QPJA 5P3AA 2AZCA 5P1UA 4A4QA 5P2LA 5P7DA 2ZYEA 2ZJMA 2XFKA 1WBMA 3SLZA 5P2AA 5HE7A 3T7PA 2IQGA 1E82E 2QI4A 3ZKSA 4Y3TA 4L7JA 4ZPEA 2AZ8A 3UDYA 4Z22A 2BKSA 4U7QA 3UDHA 5P00A 1IZIA 2QAKA 1SDUA 5P8BA 1BDLA 2O4LA 5P69A 5KQXA 3L3AA 5P5UA 4Y48A 3VF7A 4TVHA 2CENA 4EP3A 5P48A 4R8YA 4Y3MA 1K2CA 4Y5GA 1YG9A 1D4SA 2PSVA 4Y5LA 3O9AA 5OYUA 3OOZA 4FAEA 5HCOA 1RPIA 3RTMA 3DV5A 4R91A 5P35A 4Y44A 4LXKA 2WF0A 5P1FA 5P4FA 1MPPA 1HVJA 2ZGAA 4NKKA 5DQ1A 5P8VA 3D3TA 5DQ4A 3QRMA 4LAPA 2ER0E 4Y3HA 5I70A 5OZEA 3TOFA 1TW7A 3NYGA 3EC0A 3UDMA 4NJTA 2WJOA 2EWYA 5HU0A 5HE5A 5P3UA 1VIKA 4J55A 5P6FA 5DQ5A 3KN0A 1PSNA 3O9GA 1Z1RA 5P4GA 4DI2A 1PPME 5HTZA 3O9DA 2B42A 4Y43A 5P0CA 5OZTA 5P8CA 5P3FA 5OZNA 2B8VA 2ZHTA 3NLSA 3HZCA 3ZKIA 1C6ZA 3B7VA 1FIVA 2AOJA 5P2JA 4Y3RA 1BILA 4OBZA 5ENMA 4I0FA 5P42A 4UPJA 3TPRA 2ASIA 4K9HA 3UQWA 4FSEA 4U7VA 5OZAA 1HRNA 3KM4A 3SO9A 3NSHA 4YCYA 5ISJA 5P3MA 4PPHA 2R3WA 3NUJA 5ENKA 5C9FA 5PEPA 3T3CA 5OYXA 4J0ZA 5P0RA 5P8RA 3BVAA 4Y3YA 4JPEA 5P5NA 1EC1A 1IZHA 3EKXA 5P7XA 2NXMA 5P1BA 3I25A 4L6BA 5P6WA 3QP0A 5P1GA 3Q5HA 5P19A 3U6AA 1YTGA 4APRE 3UPJA 5HU1A 4Y5NA 5P53A 3GI6A 5P1XA 1HTFA 3SAAA 4WTUA 4Y3WA 5P8UA 3JVWA 3FNSA 3OWNA 3K1WA 5OZ0A 3HVPA 3OU1A 1IBQA 2QZXA 3EL0A 3OK9A 5OZRA 3IN3A 3OADB 5P5VA 5P3ZA 2QU2A 1W51A 4Y3QA 1ODYA 1QBRA 1DPJA 2PWRA 1MTBA 2AOFA 3VYEA 2NPHA 1APWE 3NDTA 1BV7A 2IGYA 4JECA 4Y54A 1T7KA 5P4AA 2ZJJA 4GB2A 5P0OA 4S1GA 3N4LA 1G0VA 1HVKA 3PWWA 2QD6A 4I0IA 5OZJA 4J1HA 1HVSA 5OZVA 4CPWA 1W50A 1A8KA 1XE5A 2FDEA 5P7GA 4B1CA 3OXXA 4CPUA 1G2KA 2PQZA 5JFPA 4U8WA 9HVPA 5P1QA 3T6IA 4Y5CA 3OU3A 2AOEA 7UPJA 5P2QA 2Z4OA 2IKOA 4RVJA 3DM6A 5P6NA 3UTLA 3ZMGA 3QVCA 2BBBA 5EZXA 4ZPGA 4BFBA 5P75A 5P0GA 2FLEA 2O4KA 2HPEA 5F00A 4Y3LA 4YDGA 1K1TA 2QI7A 5P77A 4DQFA 4B77A 4DH6A 5HVPA 4RGHA 2QMGA 4ACUA 4RYCA 4LL3A 2ZJKA 2AODA 3FNUA 5P8TA 1B6JA 1K6TA 1W5VA 1MIQA 4AMTA 3URIA 2WEAA 5P7BA 2VA6A 5P4JA 1BVEA 3QRVA 2WECA 3Q4BA 5P5RA 2IENA 5P39A 1NPVA 3EM3A 1SDTA 1EPOE 3APPA 4EHCA 5P4CA 3WZ8A 4OD9B 5P32A 2F3EA 2I1AA 4B70A 1YM4A 1GVXA 3GI0A 2VJ6A 4HA5A 1MESA 4Y3FA 5OZSA 3IVHA 4Y53A 5P2SA 3PWRA 1FQXA 3B80A 4F76A 5P3QA 5P0VA 3OQFA 3PRSA 1TZSA 3SKFA 3BGBA 5P40A 3RSXA 3HAUA 2OHMA 5P2GA 3CKRA 3O9FA 3L5FA 3TPLA 1LS5A 1GVTA 2P3AA 3UDJA 2SAMA 2WL0A 1FQ5A 4YD3A 2I0DA 4KE1A 1A94A 2HS1A 5OZZA 2V0ZC 5ER1E 3Q3TA 5P03A 5P0QA 4Y4ZA 5P4NA 4OBFA 4X7IA 3S53A 3S7LA 4F73A 5C9DA 3UCBA 5P3OA 1ZSFA 3EKTA 2OHRA 1YT9A 1PSOE 3OU4A 3SA9A 1HPOA 4HDBA 4CPSA 3TPJA 1MRWA 1SP5A 4FM7A 3PSYA 4TRZA 2HC0A 5CONA 1T3RA 3PSUA 4Y6MA 5P5PA 3UFNA 5OYSA 5P7KA 5P1LA 5P1TA 5P60A 4RCEA 1BDQA 4DJPA 5P4IA 4EP2A 2RENA 3NDUA 4FCOA 1FMUA 5IVQA 2WEBA 3DUYA 5OZ2A 5P1MA 3WB4A 4DJXA 1HEFE 5KQZA 4Y3JA 4RCFA 3FKTA 3OUBA 5P17A 5OZIA 3JVYA 1BAIA 4GYEA 3LIQA 3PEPA 2QMFA 1ER8E 2NXLA 5P1CA 2XFIA 5E5JA 5P2MA 3NR6A 1AM5A 1M0BA 2F81A 5P7JA 5P2DA 3CYXA 5P44A 3GW5A 2G22A 5P06A 5P4YA 3PLLA 3K5FA 2FMBA 2NTRA 4Y3ZA 5P71A 3HW1A 2RMPA 1SIVA 3INDA 5P41A 2FNTA 4Y47A 3NDWA 4L7GA 1QRPE 4L1AB 5P0PA 2G94A 2NXDA 3NU5A 3O9EA 2QI0A 4GIDA 2OHKA 3JW2A 4K4QA 2JJJA 3BUHA 1BXQA 2OAHA 3C9XA 3O9LB 5SY2A 4NJSA 5P08A 5JFUA 5DR8A 4I0HA 4J0TA 3OGQA 5T4SA 5P14A 1OHRA 2QD7A 1FFIC 4PEPA 2AVOA 4ER2E 3I7EA 4DJYA 3OAGA 1GNOA 3QBHA 5P2XA 4OBHA 1AXAA 4Y38A 5P24A 5OZPA 5BWYA 5P5QA 1FF0C 1ODWA 2HAHA 3GGAA 2Q54A 5P67A 5P8FA 5P5CA 1A9MA 2QZWA 5P7EA 1FG8C 3D1XA 1G6LA 5C9BA 2HB3A 5P0WA 2PK6A 3KDBA 5OZ8A 4JOOA 4EJ8A 2VKMA 1SIPA 4NJVA 4RROA 2PMAA 4A6BA 5P8SA 1N49A 1ZTZA 3K5CA 5P3CA 2FXEA 3SA6A 1MT8A 3K4VC 5DQCA 2QNQA 4Y4XA 3H5BA 1D4HA 1IDBA 3PCZA 3TL9A 1AJVA 5P56A 2PSGA 5P4WA 4J17A 4A6CA 5P3YA 1LF2A 3URJA 5DGUA 1GVUA 2A4FA 5P54A 2QMPA 4Y4UA 4OBDA 3I8WA 4AA8A 1YTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S85 A;  1PPK E;  5P1H A;  1RNE A;  3S43 B;  3UDQ A;  2ZJI A;  3WZ7 A;  1QS8 A;  4AZY A;  1WBK A;  5AGZ A;  4Y3S A;  5P7T A;  3OQA A;  5P78 A;  1HVH A;  5P8Q A;  5P46 A;  1FQ8 A;  3A2O A;  2F80 A;  5SXN A;  4I0J A;  5P3I A;  4D88 A;  5P5S A;  1AVF A;  2AQU A;  5P2W A;  1W5X A;  2I4V A;  3EMY A;  5P6Z A;  3PMU A;  1HEG E;  3R2F A;  5E5K A;  5P1J A;  1AJX A;  3UDR A;  3OAD A;  1FLH A;  4HDP A;  3DJK A;  5P8P A;  2FXD A;  5P6A A;  4Y3P A;  2ER6 E;  5P33 A;  5P7H A;  5P6C A;  5P3E A;  2B60 A;  5OZF A;  1YTJ A;  4XKX A;  4DJV A;  4YA8 A;  3TH9 A;  4Y4E A;  2BKT A;  3Q6Y A;  1HIH A;  5OZM A;  4AUC A;  3ER3 E;  1FFF C;  4APE A;  4Y4T A;  4RYG A;  5OZO A;  3BRA A;  3R0Y A;  3INE A;  3TOH A;  4FM6 A;  4J1F A;  5DR0 A;  5P6I A;  5KR8 A;  1FQ6 A;  2V16 C;  3PLD A;  3EM4 A;  2RKG A;  4RRS A;  2R9B A;  2JE4 A;  5OYT A;  5P5L A;  2VA7 A;  1FMB A;  1D4K A;  4BFD A;  3GGV A;  2UXZ A;  2VIE A;  5HDV A;  2QHC A;  2RKF A;  5DR4 A;  2FNS A;  5P5W A;  3IN4 A;  5P65 A;  2Q5K A;  1IVQ A;  2OHP A;  5OYY A;  5B18 A; 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 1VIK A;  4J55 A;  5P6F A;  5DQ5 A;  3KN0 A;  1PSN A;  3O9G A;  1Z1R A;  5P4G A;  4DI2 A;  1PPM E;  5HTZ A;  3O9D A;  2B42 A;  4Y43 A;  5P0C A;  5OZT A;  5P8C A;  5P3F A;  5OZN A;  2B8V A;  2ZHT A;  3NLS A;  3HZC A;  3ZKI A;  1C6Z A;  3B7V A;  1FIV A;  2AOJ A;  5P2J A;  4Y3R A;  1BIL A;  4OBZ A;  5ENM A;  4I0F A;  5P42 A;  4UPJ A;  3TPR A;  2ASI A;  4K9H A;  3UQW A;  4FSE A;  4U7V A;  5OZA A;  1HRN A;  3KM4 A;  3SO9 A;  3NSH A;  4YCY A;  5ISJ A;  5P3M A;  4PPH A;  2R3W A;  3NUJ A;  5ENK A;  5C9F A;  5PEP A;  3T3C A;  5OYX A;  4J0Z A;  5P0R A;  5P8R A;  3BVA A;  4Y3Y A;  4JPE A;  5P5N A;  1EC1 A;  1IZH A;  3EKX A;  5P7X A;  2NXM A;  5P1B A;  3I25 A;  4L6B A;  5P6W A;  3QP0 A;  5P1G A;  3Q5H A;  5P19 A;  3U6A A;  1YTG A;  4APR E;  3UPJ A;  5HU1 A;  4Y5N A;  5P53 A;  3GI6 A;  5P1X A;  1HTF A;  3SAA A;  4WTU A;  4Y3W A;  5P8U A;  3JVW A;  3FNS A;  3OWN A;  3K1W A;  5OZ0 A;  3HVP A;  3OU1 A;  1IBQ A;  2QZX A;  3EL0 A;  3OK9 A;  5OZR A;  3IN3 A;  3OAD B;  5P5V A;  5P3Z A;  2QU2 A;  1W51 A;  4Y3Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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