5P8FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 348
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8fA01
4ZEAA 3M9FA 4XX3A 3T3CA 1G2KA 2JXRA 5I3VA 3OOTA 1K6CA 1FQ5A 4R8YA 3ZPUA 2O4SA 2NXDA 3R0YA 1FKNA 5P13A 1EBZA 5P2EA 3Q5HA 1FFIC 4I0HA 1HVSA 3L5FA 4PHVA 5OZVA 4DPFA 3HVGA 4RVIA 5DQ5A 3NWXA 5P0DA 5P1SA 2PSUA 5P5TA 4NJUA 2AVMA 4Z2ZA 5AGZA 1APVE 3T7QA 5P47A 1PSOE 4B1CA 4TVHA 5P3BA 4FM8A 3PSUA 1YX9A 2Q55A 5P0HA 1W6HA 3SQFA 3TPPA 3VUCA 1AIDA 1IDAA 5I70A 1UH9A 5P1NA 4EP2A 5P27A 5P6FA 2VA6A 3PWWA 3PB5A 4ER1E 2NMZA 3VG1A 5ENKA 2FGUA 3CIBA 1KZKA 1MESA 1K2CA 5HU0A 4ZIPA 4Y6MA 1HTGA 6FIVA 5P87A 5P23A 3KDCA 1FMXA 4RCFA 4DFGA 3U71A 5OZ0A 5P80A 5OYWA 5P1QA 5HU1A 4Y41A 4Y3EA 2ZJIA 2I4DA 5P5PA 2QI6A 4Q1XA 4J5JA 5P8DA 2UY0A 3O9GA 1HRNA 4DQFA 3NDWA 1NH0A 4I12A 3A2OA 5P0LA 2NNPA 3SM2A 2AQUA 1UPJA 3GGVA 7UPJA 2QMFA 4PZWA 3NYGA 2Q5KA 4OBGA 5P3ZA 3FNSA 4GYEA 3KYRA 3INHA 1LF2A 3G6ZA 1LYWB 2IL2A 2NPHA 1T3RA 5P8EA 1TQFA 1MUIA 1OEXA 5P6NA 3NSHA 3TKWA 2F3EA 4YBIA 1HPXA 1QBRA 5P05A 3EC0A 3KM4A 4Y5LA 1DIFA 4I0IA 4Y3HA 3SA3A 1VIJA 3UPJA 4NJVA 5P7ZA 2R8NA 3SM1A 3I6OA 4GIDA 1MERA 3G70A 3N3IA 4OC6A 3SAAA 5P63A 2BKTA 3OQDA 4OC6B 5J25A 5P29A 4YOAA 1EPOE 1MPPA 7HVPA 2QNPA 4QGIA 4D88A 5P5JA 5P1CA 1EC0A 1T6EX 3EKWA 1WKRA 4Y43A 3ZLQA 4Q5MA 5HDVA 3ZOVA 1GVVA 5P53A 3QRMA 4YD4A 4FRIA 4Y4BA 3AUPA 5P5EA 3IXOA 3NU6A 3UDJA 3PLDA 2PMAA 4ZE6A 1UH7A 4Y4AA 3MSJA 3KDDA 5OZ6A 5P7IA 2QAKA 5KR2A 4ER2E 2HPEA 4LXMA 2HB2A 1AJVA 3BHEA 5P2KA 5P60A 3INEA 4Y5CA 5P45A 1C70A 3PI0A 6APRE 5P6RA 5P3DA 5P1IA 4YBFA 1BV7A 5OZ8A 5DR1A 4FL8A 4Y39A 3S2OA 2FDDA 2ER9E 3I25A 4Y3WA 2QCIA 1IBQA 2PYNA 2G1NA 5P4EA 1K6VA 3OTSA 2QU3A 4YCTA 5P3VA 5AH8A 4WY1A 2Q63A 1HIHA 4YD3A 5P8UA 4GJDA 5OYYA 3PCZA 4Y3QA 5P8BA 3INFA 5ER1E 3S45A 3HZCA 3S43A 3BXRA 4K9HA 5P1AA 2G1RA 3S43B 3LITA 3SA5A 1YTGA 1NPVA 3EM3A 5HDXA 1HIVA 5P1MA 3O9IA 4DJYA 4FAFA 1MT8A 2PWCA 3K5FA 2ZDZA 3NU5A 5P6DA 5I3WA 5OYUA 3S7MA 1HVRA 2FS4A 1K6PA 3Q3TA 3KF0A 1GVXA 4Y3NA 1LF3A 1D4JA 3VV8A 1FG6C 1RL8A 3BUGA 1SDUA 1FQ7A 4H3JA 5P8AA 3TTPA 4JPCA 5P7NA 4Y3SA 3DV5A 3JVWA 5P77A 4LXKA 3IXKA 4LXAA 5P7VA 5P89A 5P6YA 3EKPA 2V16C 2F81A 1W5YA 5P28A 2IENA 1PSAA 3S85A 1BXOA 5P3JA 5P7FA 3QRVA 5P1XA 2RENA 1IVPA 5P7JA 3RU1A 5P8JA 2ZJJA 3EL9A 4CPUA 6UPJA 1UH8A 2R5PA 4QJ9A 3T7PA 3CKRA 5P43A 2PC0A 3SKFA 5P7OA 4XXSA 1D4LA 4Y47A 1EPNE 2VS2A 5P2YA 5P7TA 3O9LB 1MIQA 2VIYA 4B1EA 1XN3A 1BXQA 3DV1A 2BJUA 3R2FA 3ZKMA 3B80A 4FRJA 5HE4A 5P0YA 3UDNA 5P1VA 3OQ7A 1B6PA 3NDUA 5P02A 5IS4A 5P2RA 5ISKA 1HVHA 3QPJA 2QK5A 5DPZA 4NKKA 4OD9A 4GJ6A 5P8VA 5P64A 1ZSRA 4K8SA 4OD9B 3S53A 3FV3A 1BWBA 5P5WA 2P83A 3PBZA 5P1RA 2BPVA 4Y57A 4GJCA 3H0BA 4Q1WA 4K4RA 3VLAA 3QVIA 2HAHA 2Q54A 2HPFA 2WF2A 1HTRB 4KE0A 3CKTA 3VV7A 4BFDA 5P1HA 4OBFA 5P57A 5P5QA 1HSIA 5P42A 5P6OA 4DJQA 3K1WA 2BPXA 5HE5A 1IDBA 2G20A 1JLDA 3OXWA 3HBOA 3PLLA 5P79A 3VV6A 5P55A 5OZHA 4H1EA 1D4SA 4L7GA 3JW2A 3EKTA 5DR7A 3EKVA 1K1TA 2P3DA 4CPSA 5P1ZA 4CPRA 3MXDA 1DP5A 5JODA 3OAGA 5P4BA 2QMGA 5P2TA 1NSOA 4RGHA 3H5BA 3C9XA 5P5AA 4Z22A 3QBFA 5P36A 3PI5A 5P3TA 1FIVA 5P0EA 1ODXA 3NR6A 5OZSA 5P0WA 4FRSA 5P5VA 3OOZA 5SY3A 3PMUA 1EBKC 1HPVA 4AUCA 2AIDA 2AVSA 2PK6A 3NUOA 5OZBA 4EJDA 5P71A 1AM5A 5P0RA 5HDUA 3KT5A 1BDLA 3OUDB 1YM4A 2MIPA 4LAPA 3U7SA 5OYSA 2B8LA 4R95A 1META 1APUE 5P2QA 5P20A 1NPAA 5P4WA 3VSWA 1SGUA 3ZKSA 2OHQA 3PWRA 3HVPA 2IKUA 3D1XA 5OZYA 5P65A 4FCOA 3URJA 1HVJA 5P8HA 2I0DA 2IGYA 1LYBA 3IA9A 5P3IA 4DVFA 5P0OA 5P5OA 4FIVA 4I0ZA 5P6EA 1LYBB 4J0TA 4H3FA 3BXSA 3L5CA 1SH9A 5P8FA 3WB4A 5P7MA 5P50A 5P6VA 1BBSA 3UDRA 3OHFA 4MC9A 5P3XA 5P32A 1GNOA 5P5NA 5P2SA 4J0ZA 3ZKNA 1SDTA 5P3NA 4Z50A 3B7VA 3VLBA 1HOSA 3BUFA 3WSJA 5P8PA 2R3WA 5P1EA 4RLDA 2P4JA 1C6ZA 2FDEA 4J17A 1ENTE 5P3PA 3RSVA 4Y3DA 5P6MA 3UDPA 2IQGA 5P85A 2OHMA 3GW5A 3L38A 5P4UA 5P4DA 5P46A 2NNKA 1D4YA 2FNSA 4N00A 4YD5A 1E5OE 1FQ8A 3JVYA 1FB7A 2V00A 1SIPA 3G72A 4LHHA 3QI1A 5P0PA 5P2CA 2B42A 3PSYA 4ZPGA 1FLHA 1CPIA 3D1YA 5P72A 5COPA 3TKGA 4I8WA 2AOCA 4I0GA 5P0QA 5BS4A 3I8WA 5P7QA 1ZP8A 5OZXA 1TSQA 4EXHA 4DQCA 1SMEA 4GJAA 5P03A 5P5LA 4R91A 5P0SA 1FF0C 2VJ9A 4I8ZA 5OZIA 4K4QA 3WB5A 4L6BA 3EM6A 5P19A 1YT9A 3BVAA 3PM4A 4J55A 3DCRA 5P3MA 3EBZA 2F3FA 2QHZA 4Y5MA 5OZJA 5EZXA 5P6IA 1HWRA 5OZ3A 4Y3PA 1TZSA 4Y3FA 4FM6A 3K5DA 3OGQA 4Y4XA 5DR8A 2OF0A 4EHCA 5DR4A 2BQVA 3OXCA 4Q1YA 4DI2A 4ZPEA 2PH6A 3IN3A 5P00A 2R9BA 5P5IA 5P0NA 3PBDA 1EC1A 4B72A 4XX4A 5P5BA 4BELA 5CLMA 5P39A 4LC7A 5P4QA 3SFCA 1VIKA 3WZ8A 4APRE 4CPWA 5P6BA 4TRYA 4Y3YA 1DW6C 5HCOA 4AA8A 4RRSA 4FAEA 4KB9A 1ODWA 2WKZA 1XE6A 5P1BA 5P31A 4WTUA 1GNNA 4DJXA 1IZEA 3AIDA 1YTIA 1CMSA 5P3UA 5P3EA 2VIZA 2NMYA 4J1IA 1RPIA 4NJSA 5OZ2A 5KR0A 4J0YA 2FDPA 5P5FA 1BWAA 2WHHA 4OBZA 2G94A 4QJ2A 4EYRA 5P2HA 4OBZB 2VIEA 5HD0A 3QN8A 4EQ0A 5P7WA 3LIZA 3OUAA 5P7KA 4DPIA 4Y3AA 3LIVA 2O4PA 3BRAA 4GJ7A 4B05A 5DQ4A 5P2XA 1MT9A 2Z54A 4J1FA 2AVVA 3NU4A 4B78A 3TL9A 2XYEA 3SABA 3L58A 2F8GA 2QZLA 3EL1A 1QBTA 4WY6A 1C6XA 5P8KA 5DGUA 1W5VA 1XS7D 1ME6A 4DH6A 3CMSA 1EPPE 2OHSA 4HDBA 2OHKA 1U8GA 4Y3MA 4AMTA 3ER5E 4DQGA 1T6GA 5C9DA 3VCMA 3FKTA 2PK5A 2JYSA 5P6JA 2QD7A 1BVEA 3PRSA 1WBKA 5P6XA 5P70A 4ZLSA 2QHCA 5P33A 4HDPA 3IVIA 4F74A 2QI3A 2QD6A 5P3SA 2FXDA 3FIVA 3HAWA 4RVJA 2WEDA 5OYZA 4Y4DA 4EWOA 3VYDA 1KJHA 5OYQA 3HLOA 1QRPE 2O40A 5P2WA 3UDHA 1W6IA 4Y4GA 2A1EA 2ER6E 5P7HA 5P7SA 1LS5A 4F75A 2ZJHA 1J71A 2UXZA 2QNNA 5P06A 1HSHA 2R43A 1W5WA 2PWRA 3NWQA 4R92A 1IVQA 5P7XA 1PPKE 5P54A 5PEPA 5P6WA 2IKOA 3ZKXA 5P7LA 2ASIA 5P78A 8HVPA 3N4LA 5P6GA 1EAGA 1BAIA 4FGXA 2AOFA 1RQ9A 4Y53A 3OY4A 5P6TA 1Z8CA 4JECA 4I10A 4Y3RA 5AHBA 5HVPA 4CMSA 5P0XA 5P2MA 5P16A 2CEJA 1FQXA 5HCTA 1IZDA 5P2AA 1TSUA 4GJ8A 2EWYA 4Y45A 4B1DA 5P5HA 3HD8A 5P8TA 1W51A 5KQFA 5P1PA 5OZGA 4RYGA 5P6AA 3SLZA 1PSNA 5P0JA 2VNMA 4IVTA 4LBTA 2AOJA 2ZJMA 4GJ5A 1XL2A 3UQPA 3KFNA 3APPA 5P2ZA 5P5GA 1D4HA 5P4SA 2QZKA 1BIMA 4DJWA 5KR1A 3PMYA 3TPLA 4COEA 3T7XA 3HDKA 5P37A 3EL4A 3O9DA 5P4OA 1MSMA 3O9BA 5P3AA 5KQXA 5P88A 3KA2A 1M4HA 3O9HA 3NLSA 2P3AA 5HDZA 5P5UA 4DQHA 3RTHA 5IVTA 5P2IA 2FXEA 5P7UA 4A6BA 1HBVA 3L5EA 1EBYA 5P38A 2G21A 4RZ1A 2FNTA 2HIZA 5OZOA 4J54A 5OZDA 4D89A 3NXNA 2NXLA 3SA4A 3FX5A 5C9FA 5P3LA 1KJFA 5P0TA 5OZRA 3I2LA 1QBUA 3PGIA 1SDVA 5ENMA 2QI5A 5OZLA 2PSVA 5KQZA 1MTBA 5P04A 3EKXA 2P3BA 2Q15A 2P3BB 4Y4UA 2QU2A 2ZYEA 5P4MA 3BC4A 5P6KA 3LZVA 5P84A 3INDA 3PWMA 2WL0A 2WF1A 5P07A 2I4WA 3PEPA 2RSPA 5P18A 5P8CA 1SIVA 1FG8C 3OUBA 1EPRE 2P8HA 2V11C 1BV9A 2BKSA 5P8SA 4HZTA 2HS2A 2G1OA 3S7LA 3ER3E 4X7IA 5P6PA 3RTMA 5OZMA 2XFKA 2BPYA 2VA7A 1EEDP 3UTLA 5P5RA 2QZXA 2R3TA 4QJ6A 1TCXA 5OYVA 1MRWA 1MRXA 1HVLA 5P5DA 5UPJA 3VYEA 3BGBA 5P4LA 2OHRA 4FM7A 2G1SA 2Q11A 5DR3A 5P22A 2VJ6A 3OAGB 5P44A 5SXNA 1LV1A 3APRE 3T6IA 1ODYA 2P3CA 1YTJA 3LZUA 5OYXA 1G0VA 5P0ZA 5P67A 4Y37A 5P5XA 5P49A 3VFBA 3ECGA 3OWNA 4J1HA 2QMDA 1SBGA 1HPOA 2VA5A 4I11A 3TOFA 2V10C 3DUYA 5APRE 5P11A 2V13A 5P40A 5P7EA 2FMBA 1B6KA 1A8KA 5P4TA 3KFSA 5P6LA 4EPJA 5OZUA 2Z4OA 5P4RA 1LF4A 2ZGAA 4YOBA 5P8LA 4Y50A 5OZNA 5DQ1A 5IVQA 2G1YA 2AVOA 5P26A 2VIJA 5P4VA 5P7YA 3RSXA 5P1UA 4HE9A 1FMBA 5P5KA 2G22A 4Y4ZA 2I4VA 4KUPA 2I0AA 4BFBA 5P4FA 4FSLA 4L7HA 4CPXA 4D83A 3QP0A 3IVHA 1SMRA 5P5SA 4CPTA 2PH8A 5P25A 3EKYA 3KT2A 2VNNA 3L5DA 3D1ZA 1ZAPA 1HXWA 2HC0A 5P6HA 2I4UA 4RRNA 5P2LA 1NPWA 3O9CA 4EP3A 4Y3XA 1HTEA 5P7DA 4Y4EA 2BPWA 4NJTA 3TOGA 3SKGA 3EMYA 3LINA 2O4LA 2QNQA 4DQEA 4IVSA 1FQ6A 3QS1A 2ZHVA 3GGUA 4JOOA 1FFFC 4TVGA 5P7BA 5P2JA 5P0AA 1CZIE 2IGXA 5SY2A 2ZE1A 4J0VA 4DUSA 5C9BA 3DM6A 1KJ7A 2HB3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZEA A;  3M9F A;  4XX3 A;  3T3C A;  1G2K A;  2JXR A;  5I3V A;  3OOT A;  1K6C A;  1FQ5 A;  4R8Y A;  3ZPU A;  2O4S A;  2NXD A;  3R0Y A;  1FKN A;  5P13 A;  1EBZ A;  5P2E A;  3Q5H A;  1FFI C;  4I0H A;  1HVS A;  3L5F A;  4PHV A;  5OZV A;  4DPF A;  3HVG A;  4RVI A;  5DQ5 A;  3NWX A;  5P0D A;  5P1S A;  2PSU A;  5P5T A;  4NJU A;  2AVM A;  4Z2Z A;  5AGZ A;  1APV E;  3T7Q A;  5P47 A;  1PSO E;  4B1C A;  4TVH A;  5P3B A;  4FM8 A;  3PSU A;  1YX9 A;  2Q55 A;  5P0H A;  1W6H A;  3SQF A;  3TPP A;  3VUC A;  1AID A;  1IDA A;  5I70 A;  1UH9 A;  5P1N A;  4EP2 A;  5P27 A;  5P6F A;  2VA6 A;  3PWW A;  3PB5 A;  4ER1 E;  2NMZ A;  3VG1 A;  5ENK A;  2FGU A;  3CIB A;  1KZK A;  1MES A;  1K2C A;  5HU0 A;  4ZIP A;  4Y6M A;  1HTG A;  6FIV A;  5P87 A;  5P23 A;  3KDC A;  1FMX A;  4RCF A;  4DFG A;  3U71 A;  5OZ0 A;  5P80 A;  5OYW A;  5P1Q A;  5HU1 A;  4Y41 A;  4Y3E A;  2ZJI A;  2I4D A;  5P5P A;  2QI6 A;  4Q1X A;  4J5J A;  5P8D A;  2UY0 A;  3O9G A;  1HRN A;  4DQF A;  3NDW A;  1NH0 A;  4I12 A;  3A2O A;  5P0L A;  2NNP A;  3SM2 A;  2AQU A;  1UPJ A;  3GGV A;  7UPJ A;  2QMF A;  4PZW A;  3NYG A;  2Q5K A;  4OBG A;  5P3Z A;  3FNS A;  4GYE A;  3KYR A;  3INH A;  1LF2 A;  3G6Z A;  1LYW B;  2IL2 A;  2NPH A;  1T3R A;  5P8E A;  1TQF A;  1MUI A;  1OEX A;  5P6N A;  3NSH A;  3TKW A;  2F3E A;  4YBI A;  1HPX A;  1QBR A;  5P05 A;  3EC0 A;  3KM4 A;  4Y5L A;  1DIF A;  4I0I A;  4Y3H A;  3SA3 A;  1VIJ A;  3UPJ A;  4NJV A;  5P7Z A;  2R8N A;  3SM1 A;  3I6O A;  4GID A;  1MER A;  3G70 A;  3N3I A;  4OC6 A;  3SAA A;  5P63 A;  2BKT A;  3OQD A;  4OC6 B;  5J25 A;  5P29 A;  4YOA A;  1EPO E;  1MPP A;  7HVP A;  2QNP A;  4QGI A;  4D88 A;  5P5J A;  5P1C A;  1EC0 A;  1T6E X;  3EKW A;  1WKR A;  4Y43 A;  3ZLQ A;  4Q5M A;  5HDV A;  3ZOV A;  1GVV A;  5P53 A;  3QRM A;  4YD4 A;  4FRI A;  4Y4B A;  3AUP A;  5P5E A;  3IXO A;  3NU6 A;  3UDJ A;  3PLD A;  2PMA A;  4ZE6 A;  1UH7 A;  4Y4A A;  3MSJ A;  3KDD A;  5OZ6 A;  5P7I A;  2QAK A;  5KR2 A;  4ER2 E;  2HPE A;  4LXM A;  2HB2 A;  1AJV A;  3BHE A;  5P2K A;  5P60 A;  3INE A;  4Y5C A;  5P45 A;  1C70 A;  3PI0 A;  6APR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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