5P8HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 350
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8hA01
3BGCA 3OQAA 5P4QA 5HU0A 3QRSA 2I0DA 1ER8E 5P7EA 5P2MA 1ZPAA 5OZMA 3K5FA 4QJAA 3CMSA 4J0ZA 5DGUA 3U6AA 5P56A 3VV8A 4D8CA 4OD9B 5P5IA 4B00A 5OZ4A 4RGHA 2AOEA 5P8GA 1EC1A 3DCKA 5P8NA 5OZIA 5P0HA 2B7ZA 2JJJA 1EC3A 4KUPA 4Y5AA 4B0QA 5DQCA 1FFIC 4M8YA 3DK1A 3OU3A 4FRIA 4Y53A 3SA7A 4QJ8A 5P6PA 1W5XA 4I0HA 2CEMA 2ZJJA 5P8BA 4J1IA 2P3BB 4CPRA 3SAAA 3HVGA 5AHCA 3OAGB 2AVSA 4N00A 4L1AB 5P6RA 3BXRA 5KQXA 5P6ZA 4Y3WA 3ZKSA 3WB5A 3NSHA 1RQ9A 1SIPA 3EL4A 2XFJA 3GGAA 3S43B 1EPQE 3L5BA 4Y43A 4R95A 1T7JA 5P5ZA 4Y4BA 5P84A 1W5YA 5DR4A 3O9AA 5P8PA 3T3CA 5P28A 4FRSA 5P3KA 5P6IA 5P1FA 2IKUA 4WTUA 4HEGA 1IZHA 1AAQA 1T7IA 5P4PA 5P6SA 4DQFA 1APVE 5P06A 1FQ6A 5HCOA 2FXEA 1SDTA 5OZ5A 5P50A 5P8EA 4EXGA 1BDRA 2AOHA 4Y37A 4FS4A 2NTRA 4Y3EA 2BPZA 4I1CA 4ZSMA 2UY0A 5P4LA 3UDMA 3ZOVA 1ODYA 1PPLE 3KF0A 2XFIA 4GIDA 4GJ6A 3TOHA 3NDXA 5P65A 5P6DA 4X7IA 3DM6A 3DOXA 1HIHA 3EL0A 3KT5A 4Y5MA 1NPWA 2WJOA 5P03A 3CKRA 5P48A 4Y4DA 5P6JA 3OXXA 4GJAA 5P4JA 5P08A 2Z4OA 4OBZB 5P8QA 1XS7D 4GJDA 5P7XA 1D4SA 5EZZA 4Z50A 1KZKA 5P37A 2AODA 3FIVA 1EBKC 5F01A 1HTEA 3VG1A 5P5XA 5P1HA 4TRYA 4RRNA 4JP9A 5P0KA 2OF0A 3OQ7A 3CYWA 3H0BA 2VJ9A 4EXHA 4ER4E 3T11A 3O9LB 3L5FA 5P52A 5P6GA 3PWRA 1A9MA 2ZJKA 2BJUA 5P7LA 1BXQA 3UCBA 3KFNA 1NSOA 5OZOA 4YBFA 4J5JA 4RLDA 5P32A 1IBQA 1C6ZA 1DP5A 1XL5A 4TRWA 2UXZA 3BXSA 5P6KA 1D4IA 5P59A 3KFSA 3L5CA 4R8YA 4Y51A 1PSNA 3ECGA 2J9KA 4RYGA 4YCTA 5P2CA 5TOLA 2J9JA 3NYGA 1HPOA 1FMBA 5HE7A 1ODXA 4FLGA 4NPUA 5SY3A 3R0YA 2SAMA 3QVCA 4R92A 1WBKA 2FS4A 3BUFA 1EPME 2XYEA 2ZJIA 5P5WA 4B72A 4Y3RA 3MSLA 5OZXA 2PMAA 1U8GA 3BC4A 5SZ9A 3GGXA 1ZTZA 2AVQA 4QJ7A 5P4HA 4F75A 3OTYA 3R4BA 4DQBA 5P4NA 5OZWA 1APUE 5DR7A 3EL9A 1HVCA 4AA8A 3S7LA 2AOGA 1B6PA 3BVAA 2CENA 4FGXA 5P5RA 3ER5E 1A8GA 1KJHA 5E5JA 4RRSA 5P2ZA 2WEDA 5KQFA 2WF0A 5P7KA 5P35A 3PM4A 1HVIA 4ZIPA 5P1OA 1MTBA 3WB4A 2ZHTA 2ZJMA 3OXWA 5ENMA 4EWOA 1LF4A 2NMYA 2P3AA 1VIJA 3UQWA 3UDQA 4AZYA 3PWMA 3NWQA 4GJ9A 5P8OA 4U7QA 5P1XA 4WY1A 4JPEA 3IGBA 3D1XA 3ZKMA 5P69A 4DQGA 1XE6A 3Q6YA 5P4IA 3UDNA 5P4TA 5HDUA 3WZ6A 5OZSA 4YDGA 4H3JA 3Q5HA 1D4YA 1NPVA 5DQ5A 4YD7A 5OYVA 1GVXA 2QMFA 4Y3SA 1MTRA 5B18A 5AGZA 5FIVA 4I0EA 5OZ1A 5P7YA 1HSGA 1W6IA 2UPJA 1RNEA 1PPME 4DQCA 1FQXA 3CIBA 4KB9A 4Y3DA 5P5LA 5P1QA 3LPIA 5P1EA 1J71A 5P3AA 4FRKA 2QP8A 3L38A 1B6JA 4Y3HA 3LIXA 4M8XA 2F80A 4Y5PA 2O4KA 5P7CA 3O99A 9HVPA 3VEUA 4IVSA 4APRE 1HHPA 3GGVA 4J1HA 4OC6B 5P2RA 2JE4A 1A30A 3VUCA 5P4AA 3K5GA 5P0DA 1TCWA 5KQYA 3PHVA 3HBOA 3VF3A 3O9EA 3DJKA 5P5BA 4AUCA 2VA5A 3N4LA 4CPXA 1HXWA 2AVMA 3PMUA 4HDBA 2BPWA 4Q5MA 1HIIA 1HSHA 1ZPKA 3HW1A 3KFRA 3EKQA 1BV9A 3D20A 4NKKA 1B6MA 1G0VA 1FMXA 3HVPA 2V11C 5ISJA 3NUJA 2ZHVA 1IVQA 5P86A 3OUBA 4L7JA 5P8CA 2I4UA 5P18A 3UF3A 5HTZA 5F00A 5C9BA 3A2OA 3QN8A 5HDXA 5P83A 5P4FA 2OHNA 2F3FA 4YDFA 5P14A 5P85A 1MT8A 3OU1B 4Y39A 3OADA 2AIDA 5I3YA 4BFDA 2PC0A 1IZDA 5DGWA 1ZSRA 1KJFA 2PQZA 5P0IA 3I2LA 2V13A 5OYYA 3T7PA 2P83A 3OHFA 4NJVA 4Y5KA 5P6OA 3UFLA 5P82A 4YD3A 5P4MA 4GZFA 2ER7E 3OK9A 2HAHA 3VFBA 2I0AA 5P5AA 3UHLA 2QNPA 5P17A 5P8SA 3WZ8A 5P3WA 5P2QA 4RZ1A 5P1AA 5P2BA 4AA9A 3PLDA 2HPFA 5P2JA 5P39A 3WSJA 5AHBA 2HS2A 4DJRA 5I3WA 5P4WA 3S7MA 5AHAA 1IZIA 4DJXA 1UH9A 3TH9A 3RTMA 3NU6A 1E82E 2BPVA 5P13A 3L5EA 2Q5KA 3MSJA 2I1AA 1AIDA 2PSUA 1HVKA 1LYBA 5P1TA 5CONA 2IGYA 6FIVA 4I8ZA 1SIVA 5P29A 1MT7A 2PH6A 4R91A 4Y4JA 5AH8A 1EC2A 3ER3E 2ZGAA 2R5QA 2NPHA 5OZVA 4I11A 2O4SA 2PSVA 2OHMA 3ZPUA 1HVJA 3SA4A 4Y3GA 1SDVA 1TZSA 2QNNA 4J1EA 3UPJA 1HTFA 4YBIA 2VIZA 4B1EA 5P1SA 3EKWA 5P8LA 4GMIA 4PZXA 1HPSA 5JODA 3FSMA 3DV5A 3S56A 5P2WA 3MXEA 3KT2A 4Y41A 1RL8A 4GYEA 4FAEA 4LXAA 2WKZA 5P4GA 3PMYA 4A6BA 2RKGA 5P1RA 4CPWA 2G94A 2QHCA 4A4QA 1ZLFA 1SGUA 4AMTA 3KYRA 1Q9PA 5DR8A 1LYWB 5P0PA 5P5FA 1IDBA 3OTSA 5ENKA 2WEBA 5P7DA 2Q64A 3SABA 2AVVA 1M0BA 3RU1A 5P7PA 3EKVA 2A1EA 3LZSA 4EP3A 4Y35A 3NU4A 1QBUA 4Y3ZA 3INEA 1T7KA 5KOQA 1EEDP 4J55A 5P5PA 3S53A 3PBDA 1MPPA 3D1ZA 4Y5GA 5HE4A 4HE9A 2RMPA 5OZ7A 2P8HA 3INDA 3VSWA 2PYMA 1KJGA 1MT9A 4DFGA 4Q1NA 5P2FA 4LXKA 2QZKA 4H1EA 3CKPA 1EBYA 2FNSA 2G24A 4LC7A 4ZPFA 2QNQA 1BWBA 2IDWA 3APRE 4LL3A 2O4LA 3I6OA 1B5FB 1PPKE 3BHEA 3PB5A 3FNUA 4ZSQA 4K4RA 1K2BA 3MXDA 5P0EA 4YD5A 5OZYA 5P81A 3T7QA 3K1WA 5P7AA 5KQZA 2ER9E 5DR3A 5P4XA 3T7XA 4RROA 5P63A 3OGQA 3G70A 3SO9A 3D91A 5P6UA 3TPRA 2IENA 4Y4GA 2QAKA 1K6CA 1BXOA 2NNPA 3GI0A 3FKTA 2OAHA 5P2HA 4Q1XA 4D89A 5P5EA 1HTGA 1QBSA 1EPPE 2IQGA 1G35A 4HLAA 5P71A 1FG8C 3LIVA 3KDBA 4Z2ZA 1TCXA 4FL8A 4CPTA 2AOJA 4LBTA 5UPJA 5P2DA 1YG9A 2G69A 5P3XA 1LS5A 2QU2A 3FV3A 2Q11A 3SACA 4Y5LA 3PRSA 6UPJA 4Y47A 5OZDA 1GNNA 3OU4A 3QI1A 4LP9A 5P4DA 1QBRA 4DJWA 5P0FA 3O9DA 3B80A 3O9BA 4WY6A 1LYAB 3KM4A 2FXDA 3EM4A 2HB3A 5P57A 4PEPA 1LF3A 4QGIA 4EQ0A 4LAPA 2ANLA 2PWCA 2WF4A 3K5CA 5P44A 5P4KA 5P34A 5C9FA 3WZ7A 5P09A 1MUIA 5P68A 4Y3PA 4EQJA 4Y4XA 3PCWA 5P3HA 5P38A 1GVUA 2VA6A 2NR6A 4GB2A 5P0WA 2VNNA 4RVJA 4OD9A 3VYEA 2AQUA 5P30A 8HVPA 3I25A 5P88A 1DAZC 5I3VA 4I0ZA 4Y4WA 2IGXA 3R1GB 5ISKA 4EPJA 1DPJA 4NPTA 5P89A 4D88A 5P3VA 1T6GA 4DI2A 1BVGA 1FIVA 3PCZA 1BIMA 5P54A 1C70A 3NWXA 3ZKXA 2G1YA 2WHHA 2OHTA 3FNSA 5P15A 5P24A 1NH0A 2NNKA 2R5PA 3OAGA 3QBHA 4L1AA 4Y5NA 2Q55A 1DMPA 4CPQA 3URLA 2QD7A 3S43A 5P0CA 2FDDA 4F76A 5OYZA 5P7ZA 3UDPA 5P2AA 5CLMA 5P1PA 4L7HA 1D4JA 2Q3KA 5P51A 1OHRA 4MC6A 1D4LA 5P3MA 3NDTA 1YT9A 3HAWA 1EPLE 5P5MA 5P1YA 3CKTA 2QI5A 5P3ZA 3GI4A 5P6FA 2QHZA 2NXLA 4DJUA 3PGIA 4ZSRA 2IL2A 1SMEA 3BVBA 2I4XA 2PK5A 2G20A 4I0GA 5P20A 3IXJA 5HDZA 5P4EA 1ZJ7A 5AH6A 1OEWA 3LZYA 1UH7A 5P47A 3PSYA 5DQ1A 5P6AA 2AZCA 3SQFA 2OHQA 2B7FA 4I0FA 4YCYA 4J1FA 5OZUA 5P6CA 2AVOA 3VV7A 5DR1A 3VV6A 1YTJA 2NXDA 3OUCA 1ME6A 1EBZA 2BPXA 3UDHA 1FGCC 4FAFA 4FM7A 5P04A 5P1ZA 2Q63A 3EL5A 5P8RA 4ZLSA 2NMZA 3QPJA 2BBBA 5P7FA 4OBZA 2VS2A 3UDJA 1JLDA 5P5YA 4DVFA 1K6VA 4FIVA 2VIYA 3LITA 4PHVA 4YE3A 4ZPGA 3TPPA 5P6XA 3UQXA 4Y56A 4YD6A 2FGVA 2I4WA 3VYDA 3SKGA 1YM2A 4YCKA 1FMUA 2FMBA 4XKXA 1Z8CA 1K1TA 4MC1A 2G1RA 3QIHA 2R8NA 5P8MA 1MIQA 3O9LA 3U71A 4ZE6A 5OYRA 1B11A 2Q54A 4XX4A 4DJOA 3NDWA 3O9CA 3LIQA 5OZLA 4H3IA 3K5DA 1FQ8A 3D3TA 1APWE 3PSUA 3JVWA 5P3LA 4B77A 4Y4EA 1FF0C 5P8JA 1BVEA 5IVTA 5IE1A 7UPJA 3ZKGA 4EJKA 5P0YA 4HDPA 4K9HA 5P6MA 1G6LA 4RCEA 3QVIA 5COOA 3IVHA 1LF2A 1DW6C 4Y4ZA 4EJDA 1ZSFA 5IS4A 5P53A 4YD4A 5P46A 5P8FA 4L6BA 4HZTA 2ASIA 5P0LA 1HOSA 4RCFA 1BAIA 4J0TA 1LV1A 2G26A 3EKPA 4YOBA 4Y45A 3PEPA 4F74A 4Y3XA 4Y3MA 1DIFA 2ZJHA 1WBMA 5P73A 3I8WA 3EBZA 5P7VA 4ER1E 2HIZA 1MVPA 3IXKA 3S2OA 4Q1YA 5P2EA 2OHUA 5P3EA 4ZSPA 2AOCA 2ZHSA 5P76A 2R3TA 4DV9A 1FG6C 1XL2A 5P4BA 3OUAA 1HVRA 5P1LA 3DV1A 1KJ7A 4HDFA 2BKSA 3ZPTA 5OYTA 3F9QA 5P07A 2ZJNA 5P6LA 5P0TA 3ZKIA 2HM1A 4B05A 4Y3TA 4GJ5A 5HCTA 5OZFA 1UH8A 3JVYA 5OZNA 5P42A 4H3GA 4QJ6A 4OBFA 1HEFE 5P3TA 1K1UA 3G6ZA 3LNKA 4GJCA 4ER2E 5P4RA 5SY2A 4Z22A 3IVIA 5P6EA 5P1KA 5P0MA 2H6TA 1EC0A 1XDHA 5P0QA 4CPSA 5P11A 1FFFC 1SGZA 1PROA 5PEPA 1E5OE 5P4ZA 1C6YA 5P5SA 3RVIA 3PVKA 3LPJA 3ZKQA 5P5KA 1W5WA 5P2SA 3HZCA 5P7NA 4K4QA 3VFAA 4Y38A 4OBGA 2R43A 4ZEAA 3QRVA 2O4NA 3OUDB 3OQKA 3UTLA 2QI0A 1SBGA 2PWRA 3KA2A 2QI3A 1TQFA 4ACUA 5P5QA 4Y54A 5P0AA 1QDMA 3GI5A 4FE6A 4B78A 2AZ8A 2O4PA 5KOSA 4JPCA 5P45A 1W5VA 1Z1RA 3LPKA 5P6NA 3MSKA 4OC6A 4S1GA 5DQ2A 2G1OA 2WF3A 3IN4A 3L59A 2NXMA 5OYXA 5P66A 2QD6A 3O9HA 2I4VA 3DCRA 4NJSA 3TKWA 1MERA 4EYRA 4Y5BA 4DJVA 3N3IA 1K6PA 4OBJA 3APPA 5P3RA 1EPOE 3NUOA 4ACXA 3L3AA 5P12A 1ZP8A 5P8UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BGC A;  3OQA A;  5P4Q A;  5HU0 A;  3QRS A;  2I0D A;  1ER8 E;  5P7E A;  5P2M A;  1ZPA A;  5OZM A;  3K5F A;  4QJA A;  3CMS A;  4J0Z A;  5DGU A;  3U6A A;  5P56 A;  3VV8 A;  4D8C A;  4OD9 B;  5P5I A;  4B00 A;  5OZ4 A;  4RGH A;  2AOE A;  5P8G A;  1EC1 A;  3DCK A;  5P8N A;  5OZI A;  5P0H A;  2B7Z A;  2JJJ A;  1EC3 A;  4KUP A;  4Y5A A;  4B0Q A;  5DQC A;  1FFI C;  4M8Y A;  3DK1 A;  3OU3 A;  4FRI A;  4Y53 A;  3SA7 A;  4QJ8 A;  5P6P A;  1W5X A;  4I0H A;  2CEM A;  2ZJJ A;  5P8B A;  4J1I A;  2P3B B;  4CPR A;  3SAA A;  3HVG A;  5AHC A;  3OAG B;  2AVS A;  4N00 A;  4L1A B;  5P6R A;  3BXR A;  5KQX A;  5P6Z A;  4Y3W A;  3ZKS A;  3WB5 A;  3NSH A;  1RQ9 A;  1SIP A;  3EL4 A;  2XFJ A;  3GGA A;  3S43 B;  1EPQ E;  3L5B A;  4Y43 A;  4R95 A;  1T7J A;  5P5Z A;  4Y4B A;  5P84 A;  1W5Y A;  5DR4 A;  3O9A A;  5P8P A;  3T3C A;  5P28 A;  4FRS A;  5P3K A;  5P6I A;  5P1F A;  2IKU A;  4WTU A;  4HEG A;  1IZH A;  1AAQ A;  1T7I A;  5P4P A;  5P6S A;  4DQF A;  1APV E;  5P06 A;  1FQ6 A;  5HCO A;  2FXE A;  1SDT A;  5OZ5 A;  5P50 A;  5P8E A;  4EXG A;  1BDR A;  2AOH A;  4Y37 A;  4FS4 A;  2NTR A;  4Y3E A;  2BPZ A;  4I1C A;  4ZSM A;  2UY0 A;  5P4L A;  3UDM A;  3ZOV A;  1ODY A;  1PPL E;  3KF0 A;  2XFI A;  4GID A;  4GJ6 A;  3TOH A;  3NDX A;  5P65 A;  5P6D A;  4X7I A;  3DM6 A;  3DOX A;  1HIH A;  3EL0 A;  3KT5 A;  4Y5M A;  1NPW A;  2WJO A;  5P03 A;  3CKR A;  5P48 A;  4Y4D A;  5P6J A;  3OXX A;  4GJA A;  5P4J A;  5P08 A;  2Z4O A;  4OBZ B;  5P8Q A;  1XS7 D;  4GJD A;  5P7X A;  1D4S A;  5EZZ A;  4Z50 A;  1KZK A;  5P37 A;  2AOD A;  3FIV A;  1EBK C;  5F01 A;  1HTE A;  3VG1 A;  5P5X A;  5P1H A;  4TRY A;  4RRN A;  4JP9 A;  5P0K A;  2OF0 A;  3OQ7 A;  3CYW A;  3H0B A;  2VJ9 A;  4EXH A;  4ER4 E;  3T11 A;  3O9L B;  3L5F A;  5P52 A;  5P6G A;  3PWR A;  1A9M A;  2ZJK A;  2BJU A;  5P7L A;  1BXQ A;  3UCB A;  3KFN A;  1NSO A;  5OZO A;  4YBF A;  4J5J A;  4RLD A;  5P32 A;  1IBQ A;  1C6Z A;  1DP5 A;  1XL5 A;  4TRW A;  2UXZ A;  3BXS A;  5P6K A;  1D4I A;  5P59 A;  3KFS A;  3L5C A;  4R8Y A;  4Y51 A;  1PSN A;  3ECG A;  2J9K A;  4RYG A;  4YCT A;  5P2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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