5P8JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 352
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8jA01
3ZKMA 3S43A 3OADB 5OZNA 5P8TA 1QBUA 3QRSA 5P2OA 4Z50A 2PMAA 2ZJLA 3IXKA 3IXOA 5OYWA 1HEFE 3N3IA 5P7UA 2OHTA 1PROA 4D89A 5P5MA 2FDDA 4Y5BA 3DJKA 2AOJA 1TQFA 4FRIA 5IE1A 3HBOA 1HVSA 5SXNA 4J54A 4DJXA 5P4LA 3OTSA 4Z2ZA 3EXOA 4DI2A 2ER6E 3SLZA 5JFPA 2XYEA 2IKOA 3GI5A 3K4VC 1HSIA 3RSVA 2AODA 5P1XA 5KQZA 5HVPA 5P3LA 3SA4A 2G1OA 1EPME 3PSYA 2FMBA 1LYAB 5OZEA 5HU1A 3SACA 3EL0A 1BXOA 3UFLA 5P4EA 5P7VA 5CLMA 2FGUA 5P70A 3QBHA 1EPNE 5P8DA 5P5HA 1LS5A 4I11A 5P0AA 3TOFA 5T4SA 1C6YA 4EJDA 1XDHA 1B5FA 5P37A 1YTJA 5P52A 1C6ZA 1IZDA 2HB3A 5DR0A 3H5BA 1SMEA 4COEA 2XFKA 3ZKIA 2QI0A 5P16A 2Z4OA 4LL3A 5P09A 5P1KA 3QRMA 4FL8A 3AIDA 5OYQA 3H0BA 3APRE 2O4SA 1BVEA 5P8QA 4Y3XA 4I0FA 3T7PA 5P1RA 5P1DA 2ANLA 2QZKA 5P5EA 3BUHA 4Z4XA 5P81A 4DV9A 3SA5A 4Y4BA 3EKWA 4YBFA 4NKKA 4RGHA 4FRKA 3ZPSA 2QI1A 5OZ7A 3UQPA 4YA8A 2APRA 4FRJA 3PBDA 3HDKA 5OZKA 5P2ZA 1HTEA 1ZPAA 5P3SA 4CPRA 5P78A 5P0RA 5P3OA 5APRE 3K5GA 5P8NA 1APTE 5P2GA 4EJKA 3NR6A 3OAGA 2ZJKA 5P7LA 4R92A 3L38A 4EQJA 3KMXA 2H6SA 5P8JA 4Y3ZA 1MERA 1YTIA 3PCWA 5DR1A 3M9FA 4HDPA 5P1BA 3UDKA 1MTBA 3TOHA 3JVYA 5P63A 3EC0A 5P2CA 5P5JA 4KB9A 2I0AA 3S7LA 3UTLA 5P6MA 3OU1A 3URJA 1FEJC 5P2IA 5BWYA 4CPTA 5OZJA 3S45A 4GJ5A 3Q3TA 2I0DA 3LPJA 1MT8A 4NJTA 1FMBA 3DCRA 1PSAA 3EKQA 3TKGA 4MC1A 5P4YA 5P2KA 1FF0C 3IXJA 2RENA 3MWSA 5P6OA 5HDXA 5HDZA 4OD9B 6APRE 3G6ZA 4HA5A 5C9DA 1K1TA 2BPYA 4H1EA 4CPQA 4Y58A 5P8KA 5AH6A 2ZHSA 2V10C 1GVWA 2WEDA 4B72A 1HIIA 3KDDA 5OZFA 3L5BA 5C9BA 4LHHA 5P5LA 3INFA 1PSOE 2QI4A 1HEGE 4JOOA 5P1ZA 1MSMA 5P8IA 4TRWA 5P7IA 4FCOA 5DQCA 5OZDA 5P59A 2HIZA 4OBHA 2BPZA 5P0UA 5P7CA 5F01A 5P26A 4Y5LA 5OZQA 3U6AA 4H3FA 5ISJA 1NPVA 2R43A 1IZIA 1C6XA 5P6IA 4Y53A 3WZ7A 4Y9WA 5P6CA 2HM1A 3SQFA 3EL4A 5AH8A 2HB4A 5I3WA 3INHA 5P5RA 5P8EA 2V13A 5P6PA 4K9HA 4EXHA 2A1EA 4Y5CA 3INDA 2PYNA 4ZPFA 4L7GA 3ZOVA 2G1SA 5P0FA 4J1FA 4B77A 3KN0A 5P0XA 1YM2A 3UPJA 4FAFA 5P1AA 5P2RA 4ZE6A 2V11C 3L59A 5OZ3A 1FQXA 3OU4B 2OHSA 2WF3A 4YOAA 4GJDA 4DJUA 4ZSPA 2ZJMA 5P05A 4Y51A 1AM5A 1TCWA 3G70A 2VIJA 3RTHA 5P32A 5P77A 3FV3A 5P6ZA 3VV7A 3UDNA 2AQUA 4ZSMA 1HPXA 2RKGA 2QU3A 2HPEA 2ZHRA 4HEGA 1B6PA 1GNMA 3SKGA 3OTYA 5P58A 3PHVA 5IS4A 3T6IA 1KJFA 5P5ZA 3OQDA 4DJWA 5P2WA 1K1UA 5COKA 4DJQA 4DFGA 3ZKXA 2WL0A 5P18A 4YD7A 3WB4A 2WHHA 1GVVA 5P6FA 1XE5A 5P0LA 4X2LA 3RSXA 5DQ2A 2PWRA 5P4KA 5P41A 1G35A 3OXXA 4I8WA 5EZZA 3NDXA 2IRZA 1HVLA 5OYUA 1GVXA 3D1ZA 5OZUA 5P45A 5P07A 1FKNA 1MRXA 1W6IA 3NDUA 4R93A 3GGXA 3DV1A 3QN8A 3S7MA 1IVPA 1W5YA 2R9BA 1N49A 4XKXA 5P11A 2B60A 4Y39A 5P3ZA 3VV8A 3U7SA 3NLSA 4KE0A 5ENKA 4NJUA 4TVGA 2QNPA 3OXCA 2ZJJA 1W50A 2I4UA 2G21A 3VYDA 5P5TA 5AHAA 1WKRA 4Y3DA 3EL5A 4YDGA 1SP5A 2VA5A 4PZWA 2FNTA 2PH8A 3NU6A 4YCKA 1B6KA 2F3KA 3QI1A 2QMPA 1W5WA 1BVGA 5P1VA 1A30A 2AOHA 1LYBA 2O4KA 2J9JB 5P4OA 2IEOA 5HCTA 4Y4AA 6UPJA 4J0PA 3VF5A 2OF0A 1FQ4A 5P1EA 5JG1A 4YD3A 3OQ7A 5P0CA 3G72A 3A2OA 5P1UA 3ER3E 4Y54A 3BC4A 4Y36A 1Z1RA 4Y5EA 5P6NA 5P1LA 5P57A 2VKMA 3DOXA 5DQ1A 5P87A 1YX9A 2Q55A 2R8NA 3EKVA 2FGVA 1K2BA 1META 3TNEA 5ER1E 3EM6A 2P3BA 5P4GA 4FM7A 5KR0A 1ENTE 4J1EA 4B1CA 1G2KA 3LZYA 5DPZA 3S85A 4I12A 3CMSA 5COPA 2WKZA 1HBVA 3ECGA 4FE6A 5P85A 4GJ9A 8HVPA 3IVHA 3GI4A 3RTNA 4A6CA 1GNNA 5DQ4A 2B7ZA 5P75A 4K4QA 4U8WA 3GGAA 5P4BA 5HU0A 5P4PA 1RV7A 3EM3A 4PZXA 2QAKA 3D20A 1BILA 1FMUA 2PK5A 3SO9A 2WEBA 2NR6A 2BJUA 3HAWA 4ZIPA 2OHPA 5E5JA 1LF3A 5OZHA 1ZBGA 3QS1A 4OBGA 4Y5KA 5DR3A 1LEEA 2FS4A 3LZVA 4QJAA 1ZSRA 5P0KA 3LHGA 5OZMA 5KOSA 4CPWA 5P7QA 3WB5A 3PI5A 3C9XA 5P6RA 2AVSA 4PPHA 3TPJA 5DR7A 5P8SA 4YDFA 5SY2A 5P4AA 4FSEA 4R5NA 4HZTA 3L5DA 1HWRA 5SY3A 5P6TA 5B18A 1BV7A 3QIHA 5AHCA 4GMIA 5P0TA 3R2FA 3IA9A 2OHQA 5P0YA 4HE9A 3MSLA 1SMRA 4Y3QA 4NPTA 2ZJIA 4DUSA 3PGIA 5P7MA 3R1GB 4QJ9A 1ZTZA 5PEPA 2AZ9A 2QZXA 1FG6C 3S43B 4Q1NA 1DMPA 5P7YA 2F80A 2IGXA 3I6OA 3Q70A 3VFAA 1PFZA 4Q1XA 5HDVA 5P6DA 4U7QA 3JW2A 5P0DA 5P33A 5P80A 1NH0A 3O9CA 3GGVA 4WTUA 5OZ8A 1IZEA 5P5CA 2UY0A 1UH8A 4DJOA 4K4PA 5IVQA 4DJRA 4GJAA 5P3HA 3HD8A 3CYXA 5KR1A 2Q11A 4DQEA 5P1JA 5P3QA 1E81E 3NDWA 5P7TA 2QHYA 1BBSA 4GYEA 1G0VA 3VV6A 1B6MA 2G20A 2ASIA 2VNMA 3R0WA 1RQ9A 1ODYA 1FG8C 1F7AA 4HDBA 5P2XA 5P06A 5OZXA 5P14A 1D4SA 1JLDA 5P0OA 5P54A 4BEKA 1D4YA 1E80E 3OUBA 2VA6A 3F9QA 1FQ6A 1FFFC 3ZKNA 2PSVA 3UDYA 3HZCA 5P2NA 5P8UA 5P68A 4DJYA 2I4QA 5P0EA 1FFIC 4YD4A 1D4IA 1HIVA 3URIA 1W5VA 1TW7A 2QU2A 3BRAA 3TOGA 5P8MA 5P00A 5P1CA 2NMZA 5HE7A 4OBFA 4Y5PA 5OZ6A 1B5FB 5P8BA 5P1GA 5P88A 4Y4WA 5P8RA 3GW5A 4HDFA 3AUPA 5OZ0A 4EP3A 2AVQA 2BB9A 3KYRA 3OHFA 5HTZA 5P8FA 3QRVA 1GVUA 2AZ8A 2VJ7A 4CP7A 1HPSA 3B7VA 3UDMA 2HPFA 2CENA 5P10A 1Z8CA 4A4QA 3D1YA 1VIJA 3BVAA 2ZJHA 3Q4BA 4DJPA 2QD8A 4BFBA 1RNEA 1LYWA 4RCEA 1KJ7A 2OAHA 2JYSA 1CPIA 4H3IA 5P5SA 1APVE 4XX4A 2IS0A 3SA8A 2RKFA 3LIXA 2QMFA 1EC1A 2B8VA 4FSLA 2WECA 4D83A 5P4TA 5P43A 3ER5E 5P4JA 5P48A 3O9LA 4B05A 4FGXA 1BV9A 2JJIA 5KQFA 5P7XA 4Y4ZA 1APUE 2BPWA 3OAGB 5P8PA 5P44A 1T7JA 2BQVA 2G24A 2BPXA 3S8IA 3ZMGA 4Y3PA 3O9EA 1K6CA 4J0YA 3FSMA 1OEXA 5ISKA 1RL8A 3NWQA 5P2AA 2Q15A 4MC6A 5I70A 1HXBA 4H3JA 3NUJA 3VG1A 3PSGA 3PCZA 3OU1B 4OC6A 5P65A 3R0YA 2V00A 4S1GA 5P7WA 2FLEA 3O9FA 5OZRA 5P0ZA 4Y5GA 5P47A 3MSKA 4D8CA 4GJ6A 1SH9A 3T3CA 5IVSA 3LZSA 1LF4A 2PH6A 3CYWA 1LF2A 1EPOE 1LV1A 5P1YA 3CICA 2G26A 3N4LA 2AZCA 1AIDA 3OWNA 3HVGA 3UDQA 4XX3A 2AOFA 1HIHA 4Y3AA 4PEPA 2NNKA 3GI6A 2CEMA 5P55A 3TLHA 4RVXA 4J1IA 1UH9A 5OYSA 2OHRA 3LIQA 4BFDA 3L5CA 1BIMA 5ER2E 5P6BA 3SABA 1OHRA 1LZQA 1HVKA 2F3EA 2QMDA 3L58A 3NSHA 4K8SA 2OHKA 3LIVA 4I0GA 3VLAA 5P7HA 1BDRA 1F34A 1GNOA 3DV5A 3OK9A 5P3DA 4DQBA 5P5XA 3UDHA 1BDQA 3UQXA 2FXEA 1NSOA 2Q63A 4OBJA 4EYRA 4LXKA 5P7RA 3KF0A 3S53A 1T6EX 1UPJA 4FM8A 5P6KA 4F74A 3NU3A 1EC3A 4JPCA 3SFCA 4OBZA 3VFBA 4FRSA 5P38A 4Y3GA 3VSXA 4J1KA 1A9MA 4J0TA 4DQHA 5KQXA 5P30A 5P7ZA 1T6GA 1EBKC 5OZ1A 2AIDA 4HVPA 4Y45A 5P4DA 5P2FA 5P2TA 5FIVA 1QBSA 4L7HA 5P7PA 3VYFA 4JECA 4Y48A 4F75A 2B42A 5P6AA 4LBTA 5P3EA 5P7EA 1B11A 3EL9A 4U7VA 4BELA 2I1AA 1QRPE 2XFIA 3FIVA 3FX5A 4ZSRA 1TSUA 3FNSA 5P8VA 2ER9E 4EJLA 3QAAA 4Y5NA 1TZSA 4Y4JA 2ER0E 3EKXA 4Y35A 3LIZA 4CPSA 1AJVA 5OYTA 5P0QA 1MIQA 3SPKA 5P35A 3PMUA 4YHQA 2QHCA 2B8LA 1A8KA 3OGPA 5P46A 4X7IA 1EBYA 5HE4A 5OZAA 1XL5A 2BBBA 1DW6C 5HD0A 5KQYA 3T11A 5P3MA 1HVCA 1GKTA 5C9FA 1W5XA 3D91A 3OU3A 3D1XA 3PLLA 3HAUA 5P89A 3RU1A 2WJOA 2H6TA 1EPLE 3OUDA 3PVKA 5P3VA 5UPJA 3SAAA 5P1TA 5P1IA 2UXZA 4GB2A 4Y50A 3OY4A 4B00A 4TRYA 2ZHTA 5KAOA 5P56A 2V16C 1UH7A 1K6PA 3IN3A 4D85A 3DK1A 5P61A 5P2LA 5P5DA 5P74A 1DPJA 2OHLA 1QBRA 5P24A 1VIKA 2G27A 2EWYA 1APWE 1MPPA 4L1AA 2AVMA 1LYBB 5P0VA 1MESA 5I3YA 2AVVA 3Q6YA 1BXQA 5OZOA 4APEA 2IL2A 4YOBA 1WBMA 2OHNA 5P3RA 1EAGA 3UHLA 1W51A 3LINA 1HVIA 1K6VA 3OQKA 5P5UA 4CPXA 5OYRA 1ODXA 4OBKA 7HVPA 1KJGA 2WF1A 5OZZA 5P2HA 1XN2A 1AVFA 2P3BB 5KR2A 1MSNA 5BRYA 3OXWA 5P84A 3PJ6A 3BHEA 5P5BA 3UDJA 5P5PA 2WF4A 4WY1A 1TSQA 3ZPUA 3S56A 5OZWA 4AA8A 5P2SA 2PWCA 2WEZA 4RRNA 4D88A 3BXRA 4B1EA 3EBZA 4YCTA 1ZP8A 3HLOA 3DCKA 4CPUA 2ZE1A 2HB2A 4YCYA 5P4NA 3VYEA 4ZEAA 2NPHA 4LAPA 5P2UA 4ER2E 2P3AA 3O9BA 5OZIA 5P08A 5P2JA 2AVOA 3HW1A 5P6XA 5P03A 2CEJA 3SA7A 4YBIA 3KA2A 4GJ7A 1CMSA 4ZPGA 5P6EA 1XS7D 3KFRA 3KFNA 2RMPA 1YM4A 4Y3YA 2QI3A 5P25A 1W6HA 5P4HA 2OHMA 3EKTA 4PYVA 5OZVA 5P0PA 5P1SA 3R4BA 1ZLFA 2R5PA 3L5FA 3QROA 3QBFA 4I0ZA 2I4DA 2ZHVA 1XE6A 5P8AA 1QBTA 3TPPA 3PI0A 3ZKGA 3LITA 3LNKA 4AZYA 1ZJ7A 1TCXA 4KE1A 2NXDA 1MRWA 4GZFA 5KR8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKM A;  3S43 A;  3OAD B;  5OZN A;  5P8T A;  1QBU A;  3QRS A;  5P2O A;  4Z50 A;  2PMA A;  2ZJL A;  3IXK A;  3IXO A;  5OYW A;  1HEF E;  3N3I A;  5P7U A;  2OHT A;  1PRO A;  4D89 A;  5P5M A;  2FDD A;  4Y5B A;  3DJK A;  2AOJ A;  1TQF A;  4FRI A;  5IE1 A;  3HBO A;  1HVS A;  5SXN A;  4J54 A;  4DJX A;  5P4L A;  3OTS A;  4Z2Z A;  3EXO A;  4DI2 A;  2ER6 E;  3SLZ A;  5JFP A;  2XYE A;  2IKO A;  3GI5 A;  3K4V C;  1HSI A;  3RSV A;  2AOD A;  5P1X A;  5KQZ A;  5HVP A;  5P3L A;  3SA4 A;  2G1O A;  1EPM E;  3PSY A;  2FMB A;  1LYA B;  5OZE A;  5HU1 A;  3SAC A;  3EL0 A;  1BXO A;  3UFL A;  5P4E A;  5P7V A;  5CLM A;  2FGU A;  5P70 A;  3QBH A;  1EPN E;  5P8D A;  5P5H A;  1LS5 A;  4I11 A;  5P0A A;  3TOF A;  5T4S A;  1C6Y A;  4EJD A;  1XDH A;  1B5F A;  5P37 A;  1YTJ A;  5P52 A;  1C6Z A;  1IZD A;  2HB3 A;  5DR0 A;  3H5B A;  1SME A;  4COE A;  2XFK A;  3ZKI A;  2QI0 A;  5P16 A;  2Z4O A;  4LL3 A;  5P09 A;  5P1K A;  3QRM A;  4FL8 A;  3AID A;  5OYQ A;  3H0B A;  3APR E;  2O4S A;  1BVE A;  5P8Q A;  4Y3X A;  4I0F A;  3T7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NWX A;  1BAI A;  5P1M A;  4DPI A;  5JFU A;  3K4V A;  2B7F A;  5P4Z A;  2QP8 A;  2BKT A;  3OUD B;  2HC0 A;  2IEN A;  3VCM A;  2JXR A;  2P3D A;  2F81 A;  4QJ8 A;  5P4M A;  1SDU A;  5P67 A;  3OU4 A;  3PB5 A;  3FNU A;  2IKU A;  5P28 A;  5OZP A;  3DUY A;  2AOE A;  3KMY A;  5P4V A;  1SGZ A;  4JP9 A;  3GI0 A;  3EKY A;  1HTR B;  3OGQ A;  2NMY A;  1DIF A;  4ER4 E;  2G1N A;  3DM6 A;  5OYV A;  5P3U A;  4FAE A;  2HS2 A;  5DGU A;  4EJ8 A;  4L1A B;  3PWR A;  5I3V A;  6FIV A;  3I7E A;  1HPO A;  5P19 A;  4M8Y A;  5P4Q A;  5OZB A;  4J0Z A;  1D4L A;  5P22 A;  9HVP A;  2Q3K A;  3RVI A;  1EC2 A;  2XYF A;  1HTG A;  5P1W A;  2V0Z C;  5P6U A;  3RTM A;  5P5V A;  1DP5 A;  1FIV A;  5P7A A;  3ZPT A;  4QLH A;  2P4J A;  1YG9 A;  1FQ7 A;  1D4K A;  4RRO A;  2O4N A;  5P4U A;  4YE3 A;  5HCO A;  3CIB A;  3UDP A;  4B78 A;  3NU9 A;  4Y4T A;  3PBZ A;  4Y41 A;  2I4V A;  5AH9 A;  3KFS A;  5P0B A;  3T7Q A;  1PPL E;  1FGC C;  1AZ5 A;  2VJ9 A;  2BKS A;  5OZ2 A;  4Y3W A;  4LXA A;  1Q9P A;  3SKF A;  1SGU A;  4QJ2 A;  1IZH A;  5P04 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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