5P8KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 353
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8kA01
1IIQA 2RENA 5E5JA 5P3TA 1CPIA 3RTMA 4HDPA 3PLDA 9HVPA 2ZGAA 4U7QA 3EL5A 4MC2A 5P59A 5P3BA 5P00A 3FNSA 5J25A 4B1DA 2Z4OA 2UPJA 2BJUA 1EAGA 1AZ5A 2V10C 5P8TA 4ACXA 4Y57A 3OUAA 2AOCA 4Y3FA 3L3AA 5P8AA 5P6QA 2QCIA 3FV3A 5P5GA 5P3GA 1SH9A 4Y6MA 4QJ9A 5DGWA 3OAGB 4Y43A 2FGUA 2HB2A 3ZKSA 4J0ZA 4EHCA 5KOSA 4DJOA 3N4LA 2G1RA 5P6BA 3UDPA 5P5FA 4PZWA 1A8KA 2IENA 4ACUA 1ZPKA 3KT2A 2AVVA 4TRZA 2WEAA 5P2MA 3DV5A 5P1TA 4E43A 4DQGA 1W5VA 4FAFA 4EJDA 5DR7A 1EPNE 1GKTA 1APWE 1BDLA 4QLHA 4Y35A 5KR2A 4ER1E 3NLSA 3VYDA 2VIZA 3I7EA 1FIVA 4OC6B 1NPVA 2R3TA 3LPJA 2JJIA 1HSIA 2ZDZA 5P4BA 1SMEA 4XKXA 3NU9A 3HVGA 5IS4A 5P57A 1IZIA 4OBHA 2O4KA 4Y5LA 5SY3A 1HEGE 5SZ9A 5F00A 3CICA 5HVPA 1CMSA 5P8SA 3LIYA 5P7UA 4TRYA 5DPZA 2IL2A 3DOXA 3VV7A 1HVJA 4RRNA 1A30A 3LPIA 5OZ3A 3WZ6A 5JODA 2XYFA 2RMPA 4Y9WA 3LHGA 4Z50A 3GGXA 4MC6A 4DI2A 1KJHA 1MT7A 3DM6A 5P31A 1K6CA 2AOJA 1G2KA 1ODXA 3VF3A 5P1WA 3KM4A 3BRAA 3KFRA 2R38A 1BVEA 3UDNA 4HLAA 2FMBA 5P0FA 5P7IA 5IE1A 2XFKA 5P11A 5P5CA 2ZHSA 5P5OA 2ER9E 4I0EA 5P6WA 3OXXA 5IVTA 3QPJA 4LBTA 5P8PA 3KF0A 3ZKXA 3SA8A 5COPA 3GI6A 4FIVA 5JG1A 3OU3A 2NXDA 5AH9A 4S1GA 1HRNA 5P44A 2I4XA 5P1XA 2XYEA 4Y39A 3D1XA 5P2RA 4YDGA 1M4HA 3D91A 5P2LA 5P1IA 3ER3E 4OD9A 5P0VA 4CPUA 2F8GA 3NWXA 5P8BA 4M8XA 3KMXA 3FX5A 4ZEAA 2Q54A 3GW5A 6UPJA 5OZIA 5P86A 2VJ9A 5P4ZA 4AZYA 3EKTA 2I4WA 2AOIA 3NUJA 5HU0A 5HD0A 5OZNA 4GJ5A 5P35A 1LV1A 3G6ZA 5P06A 1TW7A 2QI1A 2VJ6A 1MTBA 1BV9A 5P0ZA 4I12A 5P2TA 1DW6C 3H0BA 4J5JA 1HHPA 5OZPA 1QS8A 3UQRA 1DPJA 4Y53A 5P5LA 4CMSA 4Y4XA 1BXQA 3IN3A 1EPME 4HA5A 2I0AA 3KT5A 3OWNA 5P1ZA 4RCFA 2OF0A 4Y3GA 2I4QA 4OBZA 4EJLA 4J1CA 3EL0A 4WTUA 5P58A 7HVPA 1YTIA 5HDUA 5P2CA 1ODWA 4I0ZA 4HEGA 1GNMA 3UPJA 1BDRA 5P3CA 2JXRA 4NJVA 4ER2E 1FB7A 4Y3XA 3LZUA 5P7FA 1AJVA 2G69A 4ZLSA 3K5GA 5P0WA 5OZ9A 5P6KA 2OHTA 5P0HA 5DR0A 1IVPA 3I8WA 1TSQA 4J0PA 1BILA 5ER2E 3VF5A 1EPPE 4Y3SA 2PQZA 4GZFA 1TCWA 1LYWB 2OHQA 2XFJA 4OBZB 5P6IA 5P46A 5P6UA 2HB3A 3U6AA 4Y5KA 4J0YA 3O9GA 3R4BA 4J54A 4RZ1A 1FG8C 2NNPA 5P33A 5APRE 5OZWA 5P5AA 1OEWA 3GI4A 3O99A 2WF4A 5P38A 3PHVA 4FE6A 4DJUA 5P10A 2AOEA 1GNOA 1HPOA 3Q6YA 5P2UA 3NR6A 5OYUA 3TPPA 2QU3A 1K1UA 3PRSA 3NDWA 1MSMA 2IQGA 3SA6A 2AOHA 4Y3AA 1ME6A 1B5FB 5P1DA 3S43A 2ZHVA 4JP9A 1PPME 3OOTA 3QI1A 3OQ7A 5OZ0A 4QJ2A 2J9JB 4F74A 5DR4A 3PWRA 5P56A 3BVBA 5P6DA 5P1RA 5P65A 4GJAA 5TOLA 3OQKA 5P6HA 2QU2A 1KJ7A 1GVUA 2PH8A 3JW2A 3PSUA 4J55A 5P37A 3PI5A 4DPIA 3UQPA 5OYQA 2A4FA 1MEUA 1FG6C 4YBIA 5P2NA 3NSHA 3UDYA 2NNKA 3CKTA 4DQFA 2O4NA 5P4XA 5P0GA 2P3BB 4OBFA 2VA6A 1FFIC 5OYZA 3DCKA 3T3CA 3TPRA 2G24A 2IRZA 3OXVA 4KE1A 3MSLA 5P6VA 5P6CA 5P7VA 4CPXA 1YTJA 3Q5HA 2PMAA 3INDA 3N3IA 3G72A 5P2HA 4K4QA 4RCDA 4GJ7A 4Y5PA 2FDPA 1LF2A 5OYXA 5JFPA 1D4IA 3SABA 3D1ZA 3VFAA 5AGZA 2I4VA 5P5PA 5P1SA 2WEDA 3LNKA 2PH6A 3BHEA 5F01A 5I3VA 5OZ2A 5P4AA 1M43A 4R95A 3EL1A 5OZJA 5P1PA 2QD8A 1MRXA 1FGCC 1BAIA 1W5WA 5P03A 3OUDB 2P8HA 4U7VA 5P23A 2FNSA 4Q1WA 1W5YA 2ZHTA 4Z22A 2IGYA 1SDTA 4ZPFA 2PWCA 3OXWA 1W6HA 2P3DA 2AOFA 4PYVA 3UDRA 4XX4A 2G1SA 5P89A 5P47A 5P05A 2Q63A 2QD7A 3OUCA 1C6ZA 3AUPA 2ER7E 4FRSA 1BWAA 1IDAA 1IZDA 5P8GA 5P22A 4FRIA 2QMFA 5P7EA 1KZKA 5P50A 2WEBA 3OOZA 3APRE 2AZBA 2FGVA 4FSEA 3SA5A 1B6PA 4OBDA 1ZSFA 5P0NA 5P6TA 4GJCA 3PEPA 3VF7A 3L5BA 1W5XA 5P2KA 4F76A 4L7JA 4I0IA 5P7TA 4DQHA 1ZTZA 4GJ8A 5CLMA 1UH9A 2ZE1A 5DQ1A 2R43A 4Z4XA 3TOGA 1K6VA 3VEUA 2QAKA 3SA9A 2VA7A 5P88A 1A8GA 1AJXA 1DIFA 4BELA 5P3KA 4FLGA 4PZXA 5P8MA 3EKQA 3NWQA 3FIVA 1HBVA 5P2IA 1YX9A 5P0JA 4LXMA 1YTGA 1QDMA 3NDTA 5OYSA 3T7QA 2WKZA 3O9FA 5P0AA 5OZQA 5P54A 5P4RA 1EBZA 4Y4DA 5P6RA 5P45A 3WZ7A 5P02A 5PEPA 4J1IA 3T7PA 3NU4A 5P2SA 1HVRA 4JECA 5P0DA 1LYAA 5P8DA 2BPVA 5DGUA 5P81A 3SQFA 3L5CA 4YDFA 5P5XA 5P1UA 3OTYA 5P7PA 3SAAA 1BWBA 2WF3A 5OZ8A 1HXWA 5P4EA 1UH7A 4IVTA 5P8LA 1GVXA 4FGXA 3DCRA 5P5QA 3C9XA 3URIA 3LINA 5P5IA 1APVE 3BXSA 3VYFA 4RGHA 3SA7A 3S56A 4D8CA 3OU1B 3UDJA 4Y3ZA 3QROA 4Y4BA 5P0QA 1D4YA 5P0IA 1EBKC 5DR8A 4J0VA 5P82A 5P3PA 2OHUA 4DJQA 3D1YA 3OQAA 5P8NA 1B6MA 3NU6A 1LYAB 1BIMA 5P8EA 2H6TA 1TSUA 4MC9A 4EYRA 4BEKA 5P09A 2QHZA 4K4PA 5P5HA 5JFUA 1TCXA 2V12C 1QBRA 4YD5A 5P7BA 2PSGA 4JPEA 4R93A 2PC0A 5P72A 3O9IA 5P15A 4K9HA 1MPPA 2VKMA 1PSOE 2AQUA 5P1NA 5KQXA 2IGXA 5OZLA 2OHPA 4L1AA 5AH8A 5P55A 5P26A 1FQ5A 4LP9A 4EXGA 2WECA 1FF0C 3LIXA 4CPSA 2B8LA 3UDQA 3PWMA 1FQ6A 5P69A 1E82E 2HIZA 5P5DA 3EKXA 4RVIA 5OZHA 3PM4A 5P79A 1GVTA 2FDEA 2R9BA 1QBTA 3FNUA 1EBWA 2QMGA 4Y58A 1BVGA 3SKGA 3KYRA 3BGCA 4RROA 2WHHA 2RKFA 1G6LA 4ZSMA 4Y37A 4BFDA 1HPXA 3MXEA 4GB2A 2WL0A 5KQYA 2IS0A 2QI5A 3VSWA 1MSNA 3B7VA 4CKUA 1HTEA 2CEJA 5P1EA 4GJ6A 2NTRA 4QJAA 3UHLA 2VNNA 4K8SA 2AVMA 1MTRA 1T7JA 1AAQA 1Z8CA 1HVIA 4GMIA 3TOFA 5P29A 4Y3DA 3OQFA 3OADA 4Y3JA 6FIVA 4NPTA 5P75A 1HOSA 4ZSRA 3O9CA 3QP0A 5P3SA 5ENKA 2R5QA 4YCKA 1HPSA 5P67A 4Y3HA 5ISJA 5P48A 2ER0E 2AZCA 3PMYA 4EP2A 3VG1A 2ZJKA 1BV7A 1UPJA 1YM2A 3SPKA 1NPWA 5P4MA 4YCYA 3OY4A 5P2DA 1UH8A 2BPXA 1FEJC 1ZP8A 2ZJNA 5EZZA 1T6EX 3HDKA 4H3IA 1Q9PA 4B70A 5E5KA 4Y4TA 4ER4E 1W51A 4FRJA 2UXZA 5P32A 5P61A 4Q1YA 3OXCA 2P83A 2AVSA 5P7KA 4APEA 1SDUA 2MIPA 2IEOA 3KFSA 4CPQA 1T6GA 2HAHA 5P68A 5P7OA 3ZKGA 3ZPUA 3UTLA 3KMYA 5HE4A 4B00A 1LYBA 3LZSA 3SM1A 1XN2A 5P8CA 5P4NA 3SACA 5P7QA 5AH6A 1EC1A 3URJA 4B0QA 3CIDA 1PFZA 4OD9B 5P1GA 1APUE 3CKPA 3L5EA 4EXHA 2F3KA 3TH9A 4Y5BA 4DJPA 4RVXA 4R91A 3SM2A 3LZYA 4EP3A 3R0WA 1BDQA 1BBSA 3KDBA 4I0DA 3F9QA 5P6XA 1K6TA 3ZKNA 4YA8A 2V11C 3OHHA 5AHCA 1HSHA 1LEEA 5P28A 1MVPA 1FQXA 5FIVA 1VIJA 1HEFE 1HVLA 1XS7D 3VUCA 3SLZA 4CPRA 2BBBA 2BPWA 5OZGA 5P4OA 4F73A 4XXSA 3OU4A 1PPKE 5P7RA 2VIJA 3EKPA 3EL9A 3WB4A 5OZCA 2WEZA 3OK9A 3CIBA 5P41A 3PBDA 1T3RA 2ER6E 2VIEA 4Y38A 1MIQA 3IA9A 5P6EA 1SP5A 2QNPA 5P1QA 4LL3A 5KQFA 2QI6A 2AIDA 3PMUA 4Y5NA 4Y36A 5P6OA 2RSPA 1FKNA 1NPAA 5P1JA 1OD1A 2QMPA 5DQ2A 3S7MA 3VLAA 3NU3A 5P5JA 2FXEA 1AIDA 4FAEA 4Y3QA 2APRA 3PSGA 5SXNA 2HM1A 2PYNA 2BPYA 5P5VA 3H5BA 5P71A 5P2AA 3DK1A 4YD4A 1F7AA 2OHKA 5HU1A 1FFFC 3NDXA 4Y45A 4FL8A 3RSVA 1W6IA 3O9AA 1ODYA 5P14A 3S45A 5P0PA 2VNMA 4Y4WA 3PLLA 4Y41A 5P5BA 5P5SA 2V16C 3HLOA 4Z2ZA 2FIVA 5P0LA 1D4JA 1B6LA 2NMYA 5OZVA 5P3UA 3K5FA 5P6FA 1FMXA 5P0TA 5P12A 5P8IA 3BC4A 3S54A 4LAPA 2IKUA 1HPVA 4JOOA 5OZ6A 1ZSRA 3S7LA 5P8VA 3TOHA 1PSAA 2CEMA 2QK5A 1K2CA 5P7JA 3S43B 5P3RA 4LXAA 5P07A 4FSLA 4QJ8A 5P1LA 2FXDA 2BPZA 5KR8A 1EPOE 3IVIA 2ASIA 4RRSA 5P42A 1OEXA 2P4JA 2G94A 3LZVA 4A6CA 3KFPA 4DH6A 3K4VC 5OZ4A 1EPRE 4EWOA 1HVHA 3ZKIA 2JJJA 1NH0A 3LITA 3QN8A 1IBQA 5P2BA 3PWWA 3T7XA 5P6JA 5P2WA 1Z1HA 2QZKA 2I0DA 5P3EA 3OUBA 1SGZA 1T7IA 1ER8E 4YOBA 4I0HA 4ZIPA 5P0RA 3SKFA 4NJUA 4Y3RA 3SA3A 2AOGA 5P5EA 3NUOA 2BKTA 4QGIA 3RTHA 5BRYA 2QI0A 5P13A 1D4LA 4ZPGA 3CYXA 5P4SA 1FQ7A 3I6OA 4J1KA 3GGAA 3JVYA 5P3IA 3VCMA 4D88A 5P1CA 4B1EA 3KN0A 4HE9A 1JLDA 1ZPAA 2G20A 4HVPA 5EZXA 1DAZC 4AA9A 1RNEA 5P3QA 3B80A 1XL5A 3UCBA 2QI7A 1MT8A 2R8NA 5P5TA 5P4TA 4I0FA 5P6MA 5P0EA 3BUFA 2B7FA 4B78A 2Z54A 5P7WA 3S2OA 2ZJHA 4MC1A 4Y44A 3UFNA 1META 3L58A 3KDCA 5P4QA 5P7LA 5P1FA 3ZLQA 3IXOA 5KAOA 5P04A 3DV1A 4WY1A 3K4VA 5P7SA 5P1KA 5P8UA 3MWSA 5P5MA 1SDVA 1E81E 3Q3TA 4DV9A 2G1YA 1FMUA 5OZOA 5P76A 5P19A 3DUYA 5BS4A 1IVQA 4TRWA 4DJYA 5P5UA 3BUHA 4AA8A 4KE0A 5P5WA 3PB5A 5OZMA 1HTRB 4OBKA 3UQWA 1U8GA 3BVAA 1VIKA 5P60A 5P3JA 4TVGA 1TZSA 4J1FA 5P2ZA 8HVPA 1G0VA 2O4PA 2ZJJA 1AVFA 4ZPEA 6APRE 3EM6A 3URLA 2QHYA 2V0ZC 5HDZA 5P8FA 1MRWA 4YE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IIQ A;  2REN A;  5E5J A;  5P3T A;  1CPI A;  3RTM A;  4HDP A;  3PLD A;  9HVP A;  2ZGA A;  4U7Q A;  3EL5 A;  4MC2 A;  5P59 A;  5P3B A;  5P00 A;  3FNS A;  5J25 A;  4B1D A;  2Z4O A;  2UPJ A;  2BJU A;  1EAG A;  1AZ5 A;  2V10 C;  5P8T A;  4ACX A;  4Y57 A;  3OUA A;  2AOC A;  4Y3F A;  3L3A A;  5P8A A;  5P6Q A;  2QCI A;  3FV3 A;  5P5G A;  5P3G A;  1SH9 A;  4Y6M A;  4QJ9 A;  5DGW A;  3OAG B;  4Y43 A;  2FGU A;  2HB2 A;  3ZKS A;  4J0Z A;  4EHC A;  5KOS A;  4DJO A;  3N4L A;  2G1R A;  5P6B A;  3UDP A;  5P5F A;  4PZW A;  1A8K A;  2IEN A;  4ACU A;  1ZPK A;  3KT2 A;  2AVV A;  4TRZ A;  2WEA A;  5P2M A;  3DV5 A;  5P1T A;  4E43 A;  4DQG A;  1W5V A;  4FAF A;  4EJD A;  5DR7 A;  1EPN E;  1GKT A;  1APW E;  1BDL A;  4QLH A;  4Y35 A;  5KR2 A;  4ER1 E;  3NLS A;  3VYD A;  2VIZ A;  3I7E A;  1FIV A;  4OC6 B;  1NPV A;  2R3T A;  3LPJ A;  2JJI A;  1HSI A;  2ZDZ A;  5P4B A;  1SME A;  4XKX A;  3NU9 A;  3HVG A;  5IS4 A;  5P57 A;  1IZI A;  4OBH A;  2O4K A;  4Y5L A;  5SY3 A;  1HEG E;  5SZ9 A;  5F00 A;  3CIC A;  5HVP A;  1CMS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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