5P8NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 356
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8nA01
5COPA 2BPWA 1HWRA 5JG1A 3M9FA 3FNUA 2AVMA 4RRNA 4Z22A 4Y58A 1E81E 4Y53A 3GGAA 1XL2A 1FMBA 5KOQA 5P4PA 4L1AB 4AA9A 5C9DA 5TOLA 3KDCA 5P1KA 2G1NA 3OU4A 5P7HA 1EC0A 3LPKA 3LPIA 2ZHTA 1A8KA 3PGIA 2ZGAA 3L59A 5P7NA 2ZHVA 3T7XA 4FSLA 3NDWA 5OZNA 1SGUA 5P81A 5P8EA 4GMIA 3PLDA 5P1CA 1TSUA 3ST5A 2QZKA 3PBDA 2G21A 2UPJA 1KJFA 3PJ6A 2AZ8A 4J1HA 1E5OE 5COOA 5OZ6A 2ZHRA 3OXCA 5P6GA 4Y5LA 4I0DA 1YT9A 2FDPA 1EBZA 5OZVA 3PRSA 3SLZA 2FNSA 3OQ7A 4HLAA 5P5PA 2P3CA 2VJ6A 4F73A 4FM6A 5P2MA 2VS2A 5J25A 3RVIA 5P53A 4QJ8A 1MTRA 5OYYA 5P7MA 1NPWA 3VG1A 3FX5A 5HE5A 3UQUA 1SMRA 1YTIA 1W5WA 1MT8A 3BUFA 4RYCA 5P4CA 4Y3TA 4DQFA 1EPRE 4Q1XA 3DV1A 5OZLA 3CICA 5HU0A 3L38A 3B7VA 1ZLFA 5P8UA 1TQFA 1TZSA 4ER1E 4EPJA 5P6MA 1GVTA 1D4SA 5P12A 4GIDA 3INEA 3UQRA 2Z54A 1EEDP 1RV7A 3CYWA 5P2QA 1BVGA 5P87A 1OD1A 3HBOA 4Y5AA 4Y4WA 3OXWA 3NWXA 1LYAA 3F9QA 5P23A 3BGCA 3NXEA 5OZAA 2R38A 1BBSA 3L5BA 1DAZC 3BXSA 3I25A 1HVCA 4Y4JA 4Y4EA 3S85A 1EPNE 2BBBA 3O9FA 3UDYA 4APEA 4ACXA 4DPFA 4OBJA 2Q3KA 4A6CA 4E43A 1FQ5A 1MVPA 5P1YA 3OGPA 4L7GA 3ZKQA 3IAWA 2H6SA 4Y4ZA 1IDBA 3CYXA 5P4NA 5P3GA 4OBFA 2VNMA 4TRZA 4Q5MA 3KMYA 5P2SA 3H0BA 5P8PA 4Y44A 1K1TA 1BAIA 2PWCA 1B5FB 4GJDA 3G70A 5P2DA 4Y39A 4HDFA 4ZIPA 5P2UA 3KFPA 5P3SA 5P14A 1MSMA 5OZ3A 3IVHA 4EWOA 1BV9A 5P0OA 5BWYA 5P03A 1IZIA 1QBRA 5COKA 5P4MA 2JE4A 3I6OA 1B6JA 3PCWA 4YCYA 2QU2A 1EAGA 2ZJKA 4FM8A 4DQGA 5P6XA 3RSVA 1EBWA 5P36A 5IVRA 5P5JA 3RTHA 1PPME 5P0LA 2AOGA 2CEJA 4HDBA 3UDKA 1QDMA 4I0JA 3EBZA 3I8WA 1CPIA 1ODXA 1K6PA 2Q54A 3LIZA 2HS1A 3JVYA 3G6ZA 2P3AA 5P7CA 5HDZA 1BWAA 3UDQA 4YD3A 2JXRA 4OBGA 5P33A 5P06A 3QN8A 4FCOA 1ER8E 3GI5A 5P2FA 5P6BA 4Y4AA 1FG8C 1WBMA 5P13A 5I3XA 2P3BB 1M43A 4K8SA 3K4VA 4Y56A 4LXAA 2UXZA 2I4QA 5OYRA 4YD6A 5P6NA 1KJHA 1APTE 3LIVA 3NU9A 4YD4A 3SA3A 2AVQA 3O9AA 3R1GB 3Q70A 5HDVA 1K2BA 3ZKGA 1PPKE 5P8SA 4M8YA 5P4KA 3O9DA 4UPJA 2NNPA 1HIHA 3LZYA 5P8KA 5P8VA 4NKKA 1HTFA 3PWWA 1LYBB 1XN3A 5P5VA 3KN0A 2OHLA 4CPRA 3HD8A 1FQ8A 3WZ8A 5P86A 1XL5A 3T6IA 5CONA 1AZ5A 3S7LA 4FRSA 3D91A 1D4HA 5P3XA 4J54A 1FQXA 5P04A 2I0AA 1TCWA 3LNKA 5P6CA 4QGIA 2A1EA 5P1PA 5P1ZA 5P0XA 2G1SA 1XS7D 3Q6YA 5C9BA 2CENA 5JFPA 2O4KA 3HLOA 5PEPA 3UHLA 5P0SA 3OXVA 1HVIA 2QI7A 3QRMA 3VYDA 5OZRA 5P0WA 4B00A 5P0RA 4I0IA 2NXLA 5OZYA 3DM6A 5P5AA 2Q5KA 3UDPA 1GVXA 1AIDA 4RCFA 5HCTA 5P7PA 5P3VA 1BDQA 1W5YA 5P30A 1SBGA 4RROA 3Q5HA 4KUPA 4ZPEA 4ZE6A 3ER5E 5C9FA 1FB7A 3TTPA 4N00A 1XDHA 3GI6A 5P2RA 5P8NA 1FQ7A 4D89A 2V10C 4JECA 4HZTA 3R2FA 3G72A 5P0DA 3NU6A 4RVIA 5P3PA 2V12C 4JPCA 5OZ2A 3K1WA 4QJAA 5P7EA 4YD7A 2VJ7A 4OBZB 3PMYA 4Y3YA 5P4AA 2JYSA 4Z2ZA 5P7VA 3S2OA 4U7VA 4Y5KA 5P5CA 3SFCA 4Q1WA 1HRNA 3KM4A 4YE3A 1HEFE 4JPEA 5P3CA 5OZ4A 1HXWA 5P45A 4HE9A 3T11A 5P7YA 5P01A 4M8XA 1YTJA 3PCZA 4FM7A 3EKYA 1E80E 4BFBA 1WBKA 5KR2A 5P58A 4U8WA 5P6LA 5HCOA 5ER2E 2QI5A 4DH6A 4CPQA 4FIVA 4Y4DA 4MC1A 1ZJ7A 4BEKA 5P7DA 5P80A 5APRE 4RCEA 5P2ZA 3SKGA 4B05A 5P3DA 5P5EA 5P4SA 3QVIA 5P5KA 3PSUA 5P5MA 5P6FA 3EKXA 2QP8A 5BRYA 5AH6A 4OBHA 4H1EA 5OZPA 1YG9A 3BXRA 5P5XA 1HOSA 4XX4A 4I0FA 5DR7A 2AZBA 3O9BA 5P67A 1IZDA 1B6LA 1LV1A 4AMTA 3SO9A 5P3JA 4Y45A 5P25A 4Y3MA 5P83A 1LS5A 2PYMA 2PSVA 3NU5A 1EBKC 1RQ9A 3EL4A 3NDXA 4DVFA 3IXJA 3WSJA 2OHPA 3PB5A 1ZTZA 5P22A 5P4XA 3K5GA 5P6RA 3EL5A 4FRKA 2PK5A 2Z4OA 5DQ2A 3QS1A 4BFDA 4FAFA 3O9IA 2QMGA 3KF0A 5I3YA 1GVWA 4L7JA 3UFLA 1SDUA 3OHFA 2FXEA 2PH6A 5OYZA 1EC2A 3LPJA 5P11A 5P5RA 2FDDA 4I0EA 5OYXA 5AH8A 4Y38A 1KJGA 4B1CA 4CPSA 1IVPA 5P76A 3BUGA 2WECA 3LZVA 4Y37A 4K4QA 3VV6A 1AVFA 2P83A 5HU1A 1DIFA 4Y51A 5P4UA 4JOOA 1BDRA 2ER9E 3HZCA 4DV9A 4OC6A 1FFIC 2XFKA 2VIZA 4IVTA 2WHHA 3KT2A 2IENA 5P1UA 5P28A 1BXOA 5P61A 3ZKMA 3PLLA 5P0FA 5P1FA 3L5DA 3O9EA 2QNQA 5P5LA 2QZWA 4NJUA 1C6XA 5P4WA 4CPTA 2P4JA 2I4DA 4DJPA 2VIJA 5P4JA 4J0PA 2F3KA 5P7XA 2QK5A 3OHHA 1KZKA 2NXDA 4EJ8A 2QD6A 5P7OA 1B6MA 5P1GA 2AODA 3NU3A 2PMAA 5P2XA 3SA9A 1FG6C 3INFA 5P1SA 5P62A 2ANLA 3OU4B 5P82A 4ZPGA 3QIHA 3MSKA 4Y35A 3ZKSA 1LYWB 3OOZA 2VNNA 5P8OA 3EM4A 5P3FA 5P4EA 4B1DA 4NPTA 5P5UA 4CPWA 6APRE 4DJRA 5P68A 3PWMA 4I0HA 2ZJIA 4J5JA 5OZ1A 2QI1A 4QLHA 5P4VA 2CEMA 4B70A 3SQFA 4RVJA 3OQAA 4Y3DA 2B60A 1AM5A 5KR8A 1XE6A 3GGUA 3TNEA 5P19A 4CPXA 3LINA 4EQJA 1EPQE 3QPJA 5P6KA 4DQEA 1DMPA 3SM2A 5P1RA 5P0EA 4ZLSA 3EKTA 4Y4XA 1MT9A 2PSUA 2G27A 6UPJA 3KYRA 3OGQA 4HA5A 4L1AA 4ZSRA 4GYEA 1AJXA 4Y5MA 3DJKA 5P3TA 5P2OA 4RVXA 3VYFA 5P8QA 4R93A 2G1YA 1D4JA 5DR4A 1EBYA 4DJYA 5P0ZA 3CKTA 3NU4A 5AHAA 2NPHA 4PZXA 5P18A 3TOFA 4Y3JA 1APVE 4B77A 3U6AA 2QD7A 5I3WA 2Q55A 1QBSA 3TLHA 3D1YA 4PZWA 4ZPFA 5DR0A 4Q1YA 5HVPA 4YBFA 5P40A 5P7ZA 5P4YA 1A30A 3LITA 5P3UA 5OZOA 1VIKA 4Y4GA 2H6TA 1SDTA 5OYSA 2AOHA 4DPIA 1LYAB 3DCKA 5T4SA 2I0DA 5P6QA 5P5SA 3T7PA 3D3TA 2AQUA 5P5DA 2HPFA 1FIVA 3H5BA 4EJLA 5ENKA 5P32A 2PK6A 5P6IA 3IGBA 4DJXA 1A8GA 1ZSFA 1PROA 2ZJMA 2FNTA 3BC4A 4GJCA 1BV7A 1FEJC 3MXEA 5IVTA 1MUIA 3A2OA 4OD9B 5P3WA 1MTBA 3OUAA 5P15A 1IZEA 5P2CA 6FIVA 1HSGA 1M0BA 3PEPA 2ZJHA 2HS2A 3VYEA 1A94A 1B6PA 3KFSA 4Y6MA 4I1CA 3LIQA 4J0YA 3HW1A 3T3CA 2PH8A 1HPVA 2QHYA 1HXBA 5OZMA 4B72A 4EHCA 3EKPA 3FSMA 2UY0A 1YM4A 5P3IA 5P3OA 3SACA 5HTZA 3TH9A 2AVOA 1WKRA 3O9LB 3VV8A 2AOFA 3HDKA 4AA8A 2FXDA 4R91A 5I70A 2AZCA 4FLGA 3OAGB 3EXOA 1EC1A 2QI3A 3SAAA 4APRE 5P8IA 3URJA 4J1IA 3QROA 5P2WA 3OQDA 1RPIA 3KFRA 5P51A 2RSPA 5P1EA 2HM1A 5P0KA 2WF1A 5P3MA 3VF5A 3VF3A 5P0TA 1K6TA 2AOCA 3OUDA 4I0ZA 5P4GA 1QRPE 5P2HA 2PWRA 5P7SA 4CPUA 4KE1A 5P8DA 1B5FA 2JJIA 4AZYA 2PQZA 4RLDA 5P7LA 1YX9A 3S53A 1FFFC 5P7TA 4YHQA 1HSIA 5OZSA 5P49A 1TW7A 5P7BA 2NTRA 1SIPA 3EKQA 4Y5NA 5P10A 4X7IA 5SXNA 3TPJA 4F76A 3LIYA 2OHTA 3QRSA 1Q9PA 5P6OA 1XE5A 1EPPE 2VA7A 4LHHA 1ENTE 3RTNA 3ER3E 5OZBA 1A9MA 3UDHA 1ODYA 2WEZA 2ASIA 5P44A 4A6BA 3TKWA 4FS4A 5KAOA 4Y4UA 3GW5A 5P50A 2OHSA 4FE6A 1RL8A 2J9JB 3SM1A 3FNTA 2APRA 2V0ZC 5P20A 2QMFA 5P6SA 2F3EA 5SY3A 1XN2A 2V16C 4F75A 4DJWA 4XX3A 2ZHSA 2HB4A 3QBHA 5HD0A 5P1JA 1FGCC 4GJ6A 1T6EX 4EYRA 5P2AA 4ZSMA 4DJOA 1SIVA 2O40A 3D1ZA 5P73A 4Y5EA 5P89A 1FMXA 3ZMGA 2R3WA 4ZSQA 2VJ9A 5DQCA 4I0GA 5P7JA 1HVLA 3KT5A 4DJVA 2OHQA 3BGBA 1BVEA 4Y57A 1C6YA 2P3BA 5DQ1A 3GGXA 4EXHA 2QAKA 1E82E 2BPXA 3OQKA 2BKSA 3L5EA 3UTLA 3R0WA 2G22A 5P1OA 4I8WA 5IVQA 2Q64A 1HBVA 5P63A 5SZ9A 4ACUA 4RCDA 4R5NA 5P1HA 2HC0A 2ER7E 4QJ2A 5OZGA 4DJQA 1T7KA 1Z1HA 2NXMA 1HEGE 3NSHA 4I12A 5OZ9A 5FIVA 5P6AA 1RNEA 5P2NA 2PSGA 3DV5A 5ENMA 5P35A 1T7JA 1CMSA 3O99A 4FRIA 5P24A 2V11C 1HPXA 5P5IA 2ZJLA 5P2GA 1LYBA 4RZ1A 1EPME 9HVPA 3PI0A 3UDNA 5DQ5A 1PSNA 2AOEA 3ZLQA 5P0AA 4AUCA 3TOGA 1YTHA 2Q11A 5P08A 5P8FA 1EC3A 2OHMA 3ZPSA 4Y3GA 2HB3A 1YTGA 4DQCA 1U8GA 5P4IA 5HE7A 1APWE 3N3IA 2AVSA 3PWRA 5P6ZA 2WKZA 5P0CA 5HE4A 5I3VA 5P1WA 5P84A 4CKUA 4Y5CA 3NXNA 5P1AA 3WB5A 3FNSA 4TRWA 5ISKA 3TOHA 1HPSA 5P3YA 5P4HA 1SP5A 4J1EA 3WZ6A 4A4QA 5P79A 3UFNA 5DPZA 4L7HA 3TKGA 4COEA 5P7WA 2BKTA 4MC9A 2WEAA 1FLHA 1GVVA 1QBUA 5P1IA 5P88A 3BHEA 5P2YA 1C70A 3OTYA 1MIQA 4HDPA 5P6PA 5P1DA 5P2IA 3VEUA 3CIBA 5DQ4A 4J0VA 3RSXA 3ZOVA 1F7AA 4NPUA 1AAQA 5DR3A 3VLBA 1NH0A 4H3JA 4NJTA 3ZPUA 4GB2A 2ZJJA 2HPEA 5OZXA 4NJSA 3QRVA 4RGHA 5P4OA 3VF7A 4OBZA 5P5HA 5DR1A 2XYFA 4DQHA 2WEDA 1HVRA 4R95A 1MRWA 5P39A 1SH9A 3QAAA 5P60A 3O9CA 5AHBA 1YM2A 2B8VA 5OYQA 1KJ4A 3U7SA 3UCBA 5P7IA 5P2JA 2ZYEA 3ZKIA 1ZP8A 5P34A 5KR0A 3NYGA 5KR1A 5OZWA 1FQ6A 3KDDA 5P5FA 1IIQA 1OEWA 1UH9A 3PMUA 3OU3A 4Y48A 1K6VA 3S43B 3MSJA 5OZ5A 2V13A 5P43A 5P38A 3OADA 4DUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5COP A;  2BPW A;  1HWR A;  5JG1 A;  3M9F A;  3FNU A;  2AVM A;  4RRN A;  4Z22 A;  4Y58 A;  1E81 E;  4Y53 A;  3GGA A;  1XL2 A;  1FMB A;  5KOQ A;  5P4P A;  4L1A B;  4AA9 A;  5C9D A;  5TOL A;  3KDC A;  5P1K A;  2G1N A;  3OU4 A;  5P7H A;  1EC0 A;  3LPK A;  3LPI A;  2ZHT A;  1A8K A;  3PGI A;  2ZGA A;  3L59 A;  5P7N A;  2ZHV A;  3T7X A;  4FSL A;  3NDW A;  5OZN A;  1SGU A;  5P81 A;  5P8E A;  4GMI A;  3PLD A;  5P1C A;  1TSU A;  3ST5 A;  2QZK A;  3PBD A;  2G21 A;  2UPJ A;  1KJF A;  3PJ6 A;  2AZ8 A;  4J1H A;  1E5O E;  5COO A;  5OZ6 A;  2ZHR A;  3OXC A;  5P6G A;  4Y5L A;  4I0D A;  1YT9 A;  2FDP A;  1EBZ A;  5OZV A;  3PRS A;  3SLZ A;  2FNS A;  3OQ7 A;  4HLA A;  5P5P A;  2P3C A;  2VJ6 A;  4F73 A;  4FM6 A;  5P2M A;  2VS2 A;  5J25 A;  3RVI A;  5P53 A;  4QJ8 A;  1MTR A;  5OYY A;  5P7M A;  1NPW A;  3VG1 A;  3FX5 A;  5HE5 A;  3UQU A;  1SMR A;  1YTI A;  1W5W A;  1MT8 A;  3BUF A;  4RYC A;  5P4C A;  4Y3T A;  4DQF A;  1EPR E;  4Q1X A;  3DV1 A;  5OZL A;  3CIC A;  5HU0 A;  3L38 A;  3B7V A;  1ZLF A;  5P8U A;  1TQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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