5P8RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 360
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8rA01
3RVIA 3I2LA 5P0VA 1BXOA 3O9AA 2AIDA 3QBFA 4I8ZA 4Y3MA 4MC1A 5P8VA 1OEWA 2XFKA 1K6CA 5P72A 4B0QA 4B1EA 2IEOA 5P1IA 5P59A 3EKTA 4Y5KA 1U8GA 4GZFA 5P4EA 3LPIA 5HU1A 3FIVA 1MUIA 3FNUA 5DGUA 4Y37A 3PVKA 3QIHA 4OBHA 1TW7A 2H6SA 4HDBA 2HS1A 1DIFA 4GJ9A 4I8WA 4L7JA 2O4LA 4QJ2A 1EBKC 5P7WA 1HTGA 5P7BA 5EZXA 5COKA 1Z1HA 5DQ1A 4Y45A 3Q4BA 2UY0A 5OYRA 4U7QA 1TSQA 4Y5CA 4D89A 2ER6E 4J1EA 1APWE 3K5CA 4YOAA 4DJWA 4DH6A 2VJ7A 4NJSA 4RZ1A 3GI6A 3KMXA 4YA8A 3ER3E 5P8RA 3S2OA 5P1JA 4RLDA 4KB9A 4Y6MA 3LZVA 1KJGA 3LHGA 4I0ZA 1E5OE 4KE0A 1KJ7A 3NU9A 3PLDA 3UCBA 5P1NA 4DJPA 2RKFA 4Y36A 4LXAA 4HVPA 4J0TA 3IXJA 3SA7A 4HLAA 4Y56A 4Y57A 3K5DA 2WEBA 2QU3A 3HD8A 2P3AA 4Y3HA 5P63A 5P3XA 1AZ5A 4Y54A 3G72A 4RCEA 5P2QA 1MSNA 2G26A 5OZ8A 1MT7A 2G69A 5AH6A 1LYBB 5APRE 1HEFE 5P47A 1LS5A 5OZPA 5ISJA 5P5RA 2SAMA 3VF5A 4H1EA 1D4LA 1BBSA 3NU6A 1T3RA 5P0FA 5P3AA 5P8GA 5OZBA 5ISKA 3OTYA 2AOJA 5IVQA 3KA2A 2G1RA 5ENMA 2OHTA 3BUGA 2VIYA 1SGUA 3EM3A 3PSGA 4YOBA 2WF1A 1VIKA 3QRVA 1HVJA 2VIJA 3URLA 3URJA 1HTEA 4RVIA 5P7QA 2VIZA 5SZ9A 5P2MA 5P0YA 3DV1A 2VNNA 3SA6A 3SM1A 5P2JA 5OYYA 2HB3A 3EKXA 1MTRA 4Y48A 2AOEA 3APPA 2BPWA 4Y3JA 2Q11A 3OU3A 1Z1RA 3RSVA 1K6VA 1WBMA 3INHA 3UFLA 5KQFA 3ZKXA 1CPIA 4HZTA 4XKXA 3OXWA 2R43A 4EJLA 2IGYA 5P5PA 3GGAA 2G1SA 4QJ6A 5OZ0A 3NR6A 3VFBA 5DR7A 2AOGA 4DV9A 4Y3WA 1XL2A 3I25A 2AOFA 5KOQA 3VFAA 5P31A 3MXEA 5OZCA 1D4KA 1QDMA 4GJ5A 4Y4DA 4EJ8A 5ER1E 1J71A 2IDWA 3RTNA 7UPJA 3LZUA 2WF4A 5TOLA 2QMPA 5P1PA 4J0VA 3JVWA 5DR8A 4WY6A 5AHAA 1FMUA 3KT2A 3F9QA 5OZAA 3CIBA 3PCZA 5P0GA 3LIXA 5P4YA 4FAFA 5P6SA 3OHFA 3DK1A 3APRE 5C9DA 5DQ4A 4I12A 3KDCA 5P8AA 6APRE 3O9FA 5P0EA 4J55A 5P0LA 2PMAA 2QI3A 1HRNA 3CIDA 4I1CA 5P17A 1LV1A 3BGBA 1BVEA 5P6OA 1HHPA 1ZPAA 4Y3AA 5KQZA 3SKFA 5P22A 4FSEA 1SIPA 2BBBA 2HIZA 3BVBA 3M9FA 3NWXA 4K9HA 1NH0A 1HVKA 1T6GA 3MSLA 1EPNE 4FLGA 3PJ6A 4Y9WA 5OYXA 3L5BA 1ODXA 4YD6A 2MIPA 2AOIA 5P81A 3UPJA 5P08A 4U7VA 5P3ZA 5P78A 1LYAB 4D85A 5P10A 2EWYA 3PM4A 4OC6A 5KR1A 5P1ZA 1B6PA 3EKYA 4Y3QA 2ZJNA 3INFA 3QN8A 2IENA 2R8NA 4N00A 4ZIPA 4DFGA 3SLZA 3FKTA 4OD9B 5P26A 4EXHA 4GJCA 1DAZC 5C9FA 5HTZA 3EMYA 3O9CA 5P67A 4HDPA 3GGXA 3MWSA 1F7AA 5P0OA 2PSGA 1HOSA 4DJOA 4ER2E 2AZ9A 3SPKA 5P7EA 5P88A 4FS4A 3BRAA 1FB7A 4XXSA 1ZPKA 3B80A 3KFRA 3OOZA 4NJVA 3NLSA 3OUBA 3S7LA 5P4CA 5P6XA 3IXKA 3L58A 2NTRA 2AVQA 2AOHA 4Z22A 5P8IA 4LP9A 5P18A 5P8OA 1HIVA 3OQAA 3INEA 5HDZA 4B00A 4B70A 1ME6A 5OZFA 2G27A 3CKRA 5P16A 3NYGA 4OBZB 4OBDA 5P6BA 1G0VA 4KUPA 3VV8A 4Y3RA 1BDQA 4I11A 5P30A 3NU4A 2QP8A 1ER8E 3O9GA 3EKVA 3NUJA 1LF4A 3LIZA 5P8PA 4HDFA 5OZQA 5P40A 2NMYA 4Y43A 5P5XA 5P4ZA 5P3VA 2VJ6A 3QVIA 3D3TA 3TLHA 4XX3A 5P1LA 5P4JA 3QI1A 3L5EA 3QBHA 3SM2A 5OYWA 1AM5A 5HU0A 5P20A 1XS7D 4AZYA 1MRWA 3SKGA 5AH8A 3WZ6A 5P1CA 3EM6A 5P3QA 4CPXA 1IZDA 1RV7A 3G6ZA 3NUOA 3VUCA 2Q54A 3O9EA 5P65A 3PHVA 1GVTA 1K6PA 3QS1A 5OZ9A 5P5ZA 1EPOE 1MVPA 1NPVA 2WHHA 4Y47A 3DV5A 1APTE 3O9LA 5P28A 4JP9A 4CPTA 3PEPA 5P5JA 2R3WA 5E5JA 5P0SA 3NSHA 2A1EA 3OU4A 4L1AB 5P0WA 5P2GA 5P6JA 4AUCA 4D83A 2Q3KA 3LNKA 3OU1A 3OADA 5P8HA 1GNNA 4IVSA 4Y58A 4A6CA 5P5KA 1YTGA 4DQEA 3EL0A 4APEA 1BVGA 5P6VA 4PZWA 1HVLA 5P05A 5P6ZA 5AHCA 5OYZA 3UDMA 2FXEA 5C9BA 5OZYA 5P56A 5P4VA 4NPUA 4BFDA 2AVOA 1CMSA 5P4TA 4BFBA 5P46A 1K2BA 5JG1A 3FV3A 2A4FA 5P73A 3OUDA 5P4XA 4U8WA 2FNTA 5KR0A 2QU2A 4Y5NA 2Z4OA 3PWMA 4MC9A 3VF3A 4A4QA 3DCKA 4Y50A 3EL5A 2QNNA 1M0BA 4JECA 4Y5BA 1EBZA 2PSVA 4K4RA 1D4IA 4RRSA 4YD7A 3TOGA 1HVCA 5HD0A 1IDBA 3T7XA 1GVUA 4FL8A 5P1WA 4ZSRA 5P2EA 4CP7A 4A6BA 5P1QA 1HTFA 2JJIA 5P43A 4EQJA 4TRWA 3PSUA 3BGCA 1PSAA 2BPZA 3KFNA 1EPPE 2ZJMA 4E43A 1T6EX 5P61A 1K2CA 1PFZA 4CPRA 1BWBA 4Z4XA 3L38A 5P1UA 4Y4EA 5P6RA 2O4PA 2O4KA 4Y44A 5P37A 5P3BA 5IVSA 5P0XA 5P2ZA 2O4SA 5P1BA 4F73A 5P4FA 3NWQA 2V12C 2P3BA 1A30A 3Q70A 3TTPA 2OHQA 1LZQA 3ZKIA 4QJAA 3UFNA 1AIDA 1KZKA 5P13A 1W5YA 1WKRA 1UPJA 2B8VA 3U7SA 1GVVA 2R9BA 3EKQA 2FMBA 1FEJC 1HVRA 1K1TA 5OYSA 3UDPA 2WF2A 1SH9A 5P0PA 3ZPUA 4Y4XA 4EJDA 5P19A 5P2LA 1B11A 2OHLA 5P27A 5P1TA 5P2OA 2XYFA 3L5CA 5P7VA 4FRSA 3JW2A 3K5GA 5OZ6A 5PEPA 1ZP8A 2R5PA 5P54A 4YD3A 5P44A 5HDXA 2WJOA 3LZYA 4R93A 5JFUA 4GJAA 5HDVA 5P6IA 5P25A 2BPYA 5P5LA 2G21A 4QGIA 1PSOE 5AHBA 5OYVA 4EPJA 3NXNA 4NJUA 5P1OA 3IXOA 1TCWA 1WBKA 1EPLE 2QI4A 1GNOA 4L6BA 2J9JB 3K4VA 5P6FA 3BVAA 5OZWA 5P38A 2B60A 3D1ZA 3LINA 4GJBA 2PC0A 5F00A 5BS4A 2ANLA 5E5KA 1GNMA 4Y41A 1MT9A 1RPIA 4J17A 4CKUA 5IE1A 2ZYEA 2G1YA 4Y5MA 4EXGA 2FIVA 1EPRE 3IAWA 3A2OA 5P3GA 1MERA 1PPLE 5OYUA 2XYEA 5P42A 1FQ6A 3Q3TA 5OZJA 5P7IA 3TKGA 2ZHTA 4FM6A 3R0WA 5P7JA 1HSGA 2RKGA 5P62A 5P2RA 2WF0A 2I0DA 5P2SA 2OHNA 4Y4TA 4J1IA 5P3DA 3NDWA 3S7MA 5I70A 3VLBA 2ZJLA 2IKOA 3PCWA 1LYBA 4XX4A 5P3JA 5P53A 4FE6A 5P84A 1C70A 3H0BA 3K5FA 3SA8A 5P5GA 4Y3PA 2QCIA 3UDJA 3L59A 5OZOA 2HB4A 2OHSA 5KR8A 3T11A 5P7FA 5OZ2A 2AVVA 1EEDP 3QPJA 1GVWA 4Y3GA 4LAPA 5P0NA 3R1GB 2QAKA 5P8CA 3BHEA 5OZKA 4EP2A 3O9DA 5OYTA 5P1XA 3TPRA 5P1KA 3IGBA 3QRMA 2F3FA 3PB5A 1EBWA 2ZJKA 1HEGE 3GI5A 5P35A 1AJXA 5P52A 4R92A 5KAOA 4FM8A 4YDGA 5OZ5A 5P4QA 2F3EA 5P3WA 4HE9A 1XN3A 5BWYA 1FQXA 4L7HA 4ZPEA 3TOFA 1IZEA 2OHKA 4Y3LA 1GKTA 4CPQA 1EPQE 2WF3A 5I3YA 5OZ7A 5P3FA 4RVXA 2OAHA 5P6LA 4QLHA 2PYMA 3HAWA 3LPKA 4I0IA 4FRIA 4CPUA 5P7NA 2QHCA 3PI5A 2QD8A 4WTUA 2F8GA 5OZ4A 3IA9A 4ZLSA 4YBIA 5P00A 1FFIC 1FQ7A 2AZBA 3LIVA 3WB4A 2AVMA 5OZZA 1KJFA 1B5FB 4DQFA 4TRYA 2CENA 3R0YA 4FRJA 5P6YA 5P15A 5DPZA 3OWNA 5P5IA 5OZ3A 1XN2A 5P3CA 1HPSA 5JODA 3VG1A 4OBKA 5P1YA 3I8WA 3OAGB 3EC0A 5P4GA 3UDQA 4DPIA 4R95A 3BXSA 4Y35A 5J25A 5P0CA 2VJ9A 1ZLFA 5I3XA 5P3HA 3VCMA 2BJUA 5P60A 1DP5A 2IL2A 1XE6A 2ER0E 5DR4A 4D88A 3OTSA 3PBDA 5HVPA 1MT8A 5OZVA 1EC0A 5P8DA 3TPJA 5P0UA 3VV6A 5P3OA 3TKWA 3BC4A 3MSJA 4Y4GA 5P1RA 5P7OA 4PEPA 5P32A 5P7ZA 4PPHA 2APRA 2VIEA 3WZ7A 4H3IA 3S54A 2AODA 3QP0A 5P33A 2WL0A 5P7CA 3AIDA 5DQ2A 2ZJJA 4F74A 3HVGA 2I4WA 4HEGA 2QI1A 2FS4A 4I0GA 3VYEA 2IRZA 5CLMA 4F76A 5P41A 4FAEA 2FLEA 1FIVA 5P3EA 5P8EA 2FNSA 5COPA 4I0EA 4OC6B 2UXZA 3OXCA 1LYAA 5P5NA 5AGZA 1K6TA 2NNPA 2ZJHA 1HPOA 2AOCA 3EM4A 1YM4A 5P0JA 5P2UA 2G22A 4DJUA 1E82E 4K4PA 1EPME 2ER9E 1HVHA 5P51A 1W5VA 4TVHA 5P2KA 4CMSA 3FNSA 4OD9A 5P0MA 4CPSA 3HLOA 1D4HA 3BUHA 2FGVA 2RENA 3DJKA 3PMUA 5P2DA 1EAGA 1E80E 2FGUA 5DQ5A 4LBTA 5P50A 4Y4BA 5P48A 1YTJA 5OZEA 5P2BA 1BIMA 3ZPTA 2QD6A 4DVFA 2FDDA 5P07A 3EBZA 1BAIA 2IQGA 4ER1E 3ZPSA 1SDTA 3SA5A 5OZNA 3ZOVA 2G24A 2P3CA 4OBJA 4Y5GA 5P7DA 5P83A 2O40A 2PYNA 4GB2A 4Y3YA 5P8LA 3PLLA 1NPWA 4OBZA 5OZSA 4JPCA 3UQUA 1RL8A 2V16C 3EKPA 3GI0A 2ZJIA 1HWRA 2OHPA 5P7XA 5P2WA 5OZLA 4Q1XA 2NR6A 2PWRA 4ZEAA 3S56A 5P4AA 3GW5A 3ZKMA 3D91A 1ODYA 3MSKA 2V13A 5P49A 1NPAA 2ZHSA 5P8JA 5P2IA 2BKSA 3SO9A 1W5WA 3UDHA 3OGPA 3QVCA 5P4PA 5P06A 4NJTA 5P5VA 5P5YA 3EL1A 2QMFA 1M4HA 5KOSA 1YM2A 1B6KA 1ENTE 2J9KA 4Y39A 3AUPA 4I10A 3WB5A 3L5FA 5P5DA 5P0QA 1GVXA 2B8LA 5P75A 1SMEA 3ZKNA 3RTHA 3PGIA 2R3TA 3S43B 5P1GA 1YTIA 5P64A 5P76A 2I4QA 4J54A 2H6TA 2I4VA 5OZRA 3OU4B 1TQFA 5P7SA 5P6MA 5P0TA 4DPFA 5OZMA 3LIYA 5DR1A 9HVPA 4L1AA 3OU1B 3OADB 1W5XA 4IVTA 2WEZA 5P5SA 1LEEA 4AMTA 2P83A 4PHVA 1ODWA 2WECA 3TH9A 5P7UA 3PMYA 4I0JA 2UPJA 2HM1A 3FSMA 3OXVA 5P4SA 4R8YA 4H3GA 5AH9A 1HIIA 1MIQA 2ZHVA 4GIDA 5OZUA 2P4JA 3SACA 5P04A 5P3YA 3NU5A 1BWAA 2NPHA 5I3VA 4DUSA 1MTBA 5P2YA 4FCOA 3VV7A 2PQZA 2Q15A 2QZKA 4Y3TA 4YD5A 3KMYA 3UQXA 5P74A 1LF3A 5P7AA 1HPVA 5P1EA 3VLAA 3UHLA 1C6ZA 5P5AA 1B6LA 3SFCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RVI A;  3I2L A;  5P0V A;  1BXO A;  3O9A A;  2AID A;  3QBF A;  4I8Z A;  4Y3M A;  4MC1 A;  5P8V A;  1OEW A;  2XFK A;  1K6C A;  5P72 A;  4B0Q A;  4B1E A;  2IEO A;  5P1I A;  5P59 A;  3EKT A;  4Y5K A;  1U8G A;  4GZF A;  5P4E A;  3LPI A;  5HU1 A;  3FIV A;  1MUI A;  3FNU A;  5DGU A;  4Y37 A;  3PVK A;  3QIH A;  4OBH A;  1TW7 A;  2H6S A;  4HDB A;  2HS1 A;  1DIF A;  4GJ9 A;  4I8W A;  4L7J A;  2O4L A;  4QJ2 A;  1EBK C;  5P7W A;  1HTG A;  5P7B A;  5EZX A;  5COK A;  1Z1H A;  5DQ1 A;  4Y45 A;  3Q4B A;  2UY0 A;  5OYR A;  4U7Q A;  1TSQ A;  4Y5C A;  4D89 A;  2ER6 E;  4J1E A;  1APW E;  3K5C A;  4YOA A;  4DJW A;  4DH6 A;  2VJ7 A;  4NJS A;  4RZ1 A;  3GI6 A;  3KMX A;  4YA8 A;  3ER3 E;  5P8R A;  3S2O A;  5P1J A;  4RLD A;  4KB9 A;  4Y6M A;  3LZV A;  1KJG A;  3LHG A;  4I0Z A;  1E5O E;  4KE0 A;  1KJ7 A;  3NU9 A;  3PLD A;  3UCB A;  5P1N A;  4DJP A;  2RKF A;  4Y36 A;  4LXA A;  4HVP A;  4J0T A;  3IXJ A;  3SA7 A;  4HLA A;  4Y56 A;  4Y57 A;  3K5D A;  2WEB A;  2QU3 A;  3HD8 A;  2P3A A;  4Y3H A;  5P63 A;  5P3X A;  1AZ5 A;  4Y54 A;  3G72 A;  4RCE A;  5P2Q A;  1MSN A;  2G26 A;  5OZ8 A;  1MT7 A;  2G69 A;  5AH6 A;  1LYB B;  5APR E;  1HEF E;  5P47 A;  1LS5 A;  5OZP A;  5ISJ A;  5P5R A;  2SAM A;  3VF5 A;  4H1E A;  1D4L A;  1BBS A;  3NU6 A;  1T3R A;  5P0F A;  5P3A A;  5P8G A;  5OZB A;  5ISK A;  3OTY A;  2AOJ A;  5IVQ A;  3KA2 A;  2G1R A;  5ENM A;  2OHT A;  3BUG A;  2VIY A;  1SGU A;  3EM3 A;  3PSG A;  4YOB A;  2WF1 A;  1VIK A;  3QRV A;  1HVJ A;  2VIJ A;  3URL A;  3URJ A;  1HTE A;  4RVI A;  5P7Q A;  2VIZ A;  5SZ9 A;  5P2M A;  5P0Y A;  3DV1 A;  2VNN A;  3SA6 A;  3SM1 A;  5P2J A;  5OYY A;  2HB3 A;  3EKX A;  1MTR A;  4Y48 A;  2AOE A;  3APP A;  2BPW A;  4Y3J A;  2Q11 A;  3OU3 A;  1Z1R A;  3RSV A;  1K6V A;  1WBM A;  3INH A;  3UFL A;  5KQF A;  3ZKX A;  1CPI A;  4HZT A;  4XKX A;  3OXW A;  2R43 A;  4EJL A;  2IGY A;  5P5P A;  3GGA A;  2G1S A;  4QJ6 A;  5OZ0 A;  3NR6 A;  3VFB A;  5DR7 A;  2AOG A;  4DV9 A;  4Y3W A;  1XL2 A;  3I25 A;  2AOF A;  5KOQ A;  3VFA A;  5P31 A;  3MXE A;  5OZC A;  1D4K A;  1QDM A;  4GJ5 A;  4Y4D A;  4EJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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