5P8TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 362
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8tA01
4Q1YA 4B77A 1MRWA 3HAUA 4QJAA 2QMFA 4QLHA 5DGUA 3K5CA 3LINA 3B7VA 4IVSA 2BPYA 3OU4A 4GJ7A 1K2BA 3BUHA 2Z4OA 1SGUA 3UHLA 3PJ6A 5OZMA 4R8YA 3IXKA 3GGUA 4AUCA 4OBKA 1AVFA 5P58A 2PMAA 5P87A 4Y3XA 4PZWA 2I4XA 5SY2A 2BKTA 5I3VA 4J5JA 3O9BA 5P65A 4RRNA 5P6PA 4F73A 5P41A 4NJUA 2FGVA 5P5BA 3S85A 5P23A 4OD9B 3D20A 1TSUA 4LXKA 3OQFA 2R43A 3AUPA 5F00A 5P70A 3UDMA 3WZ7A 2FMBA 1EC1A 5P3HA 3R0YA 2JE4A 5KOSA 4R95A 2I4WA 2XYEA 5UPJA 5P7AA 2G21A 5P0CA 2RMPA 5OZJA 5P61A 5P5WA 5P01A 3VLBA 3OAGA 1MEUA 2FIVA 5HDVA 1A94A 4Y5NA 3DV5A 5HE4A 5BS4A 5DR0A 3D91A 3Q4BA 3LZYA 4DJRA 4R5NA 5OZEA 5HTZA 5OZ4A 2Q3KA 5DPZA 1UH9A 5OZ9A 3L38A 4K4RA 1WBKA 2ZJKA 4K8SA 5P53A 3I25A 3EKQA 5P5YA 1FG6C 3OU3A 1APUE 4DQFA 2BPZA 1F7AA 1HIVA 3L5BA 3UQRA 1B11A 3NUOA 5AH9A 4NPTA 3S43A 2PYNA 4L7HA 2J9JA 2PK5A 5OZIA 5APRE 2FDDA 1AZ5A 3NWXA 5ENMA 5P74A 1SH9A 2Q55A 3PB5A 5P3GA 5P6QA 1PSOE 3OQ7A 2WHHA 4F75A 5I70A 4RZ1A 3O9LB 4RVIA 2NNPA 5P8VA 2QI7A 3TOGA 3KMXA 2OHSA 5P13A 4EHCA 2PC0A 3SA4A 3G6ZA 3ZKSA 5IE1A 3VYEA 5P2GA 1EPRE 3BUGA 5P7XA 3ZKXA 1APTE 1Z1HA 4EWOA 3C9XA 3Q3TA 5P03A 3IN3A 4FIVA 5P2TA 2QHYA 5P5XA 5OZSA 4Y35A 1ER8E 1E82E 3RSVA 1BIMA 2IEOA 3OQDA 3BVBA 3K5DA 1W5VA 1F34A 5P8IA 4YHQA 2VIEA 5P0SA 1Z8CA 5P6XA 3UCBA 3DV1A 3OUCA 4EYRA 2QZWA 1LF4A 4Z2ZA 4Y48A 5HVPA 5AH8A 3TNEA 3CKPA 3L5EA 1PPME 5AH6A 5DQ4A 3LPIA 5P3PA 4OC6B 4Y58A 2HPEA 1Z1RA 5SZ9A 2NXMA 3NLSA 2Q54A 2WJOA 1GKTA 5HU1A 5P1PA 5OZCA 5P1FA 2HB2A 4I0EA 4COEA 5DR7A 5IVTA 3EKVA 3OK9A 3PWWA 3H0BA 4WTUA 5P7LA 1FQXA 5P60A 1PPKE 2XFJA 4PYVA 4JP9A 4FS4A 1B5FA 1TW7A 3LIYA 5P3SA 1PPLE 4DQCA 1SMRA 4R91A 4Y5BA 4RRSA 5KAOA 2P3BA 4R93A 4EJDA 2OHUA 3NU3A 2PQZA 2VNMA 3I8WA 3UQXA 2VA6A 3D1YA 3EKWA 1FG8C 2AOIA 3CMSA 2ZJHA 5P6RA 5P6KA 4K4QA 1XE5A 3S7LA 3LZVA 3D1ZA 3JVYA 4Y3RA 2XFKA 5P4QA 4Y4ZA 5P4WA 5P47A 2G1RA 1G35A 5P2QA 3DUYA 2NMYA 5P6JA 5P80A 2BBBA 3TPLA 2CENA 4J0ZA 5P27A 5SY3A 3DCRA 5P78A 3SKFA 3LZSA 5P6DA 5P64A 2NR6A 3WZ8A 4J1EA 3KDCA 1HPOA 4JPEA 1SP5A 4EP3A 4CKUA 4B1DA 5COPA 5OYSA 3OHHA 3TPJA 1DIFA 1SGZA 1WBMA 5P30A 3SM1A 1FQ6A 1HVJA 5P69A 2ASIA 4H3JA 4CPRA 5P2EA 2ANLA 3UFLA 4GJ8A 3INDA 2P3CA 4I0IA 2MIPA 5P6TA 4OBGA 3KT5A 4Y4DA 4Y3GA 3ER5E 5OZVA 1E81E 5P1KA 4FE6A 1T7IA 2R8NA 5P2DA 4RROA 1FQ7A 4AZYA 3MSKA 5B18A 4J0VA 4OD9A 3WZ6A 4Y3SA 5P2MA 4YDFA 2R3TA 2A1EA 5P67A 2AOCA 5P0PA 3BXSA 1HTRB 2NMZA 5DR1A 1IDBA 2PYMA 1BDLA 2IKOA 3NWQA 4LXAA 1IZIA 3QAAA 3SA8A 3BRAA 4YD3A 1MSMA 2WF3A 1XN2A 5P7VA 3TKGA 3ZKQA 4Y4AA 1XS7D 5P0NA 5P42A 4H3IA 4DJVA 5P5VA 3PLDA 1HVRA 4I0FA 5P0KA 5P8LA 3UDHA 2QMPA 2G26A 5CONA 4Y4EA 5P1SA 2G27A 5P5DA 1IZDA 1K6PA 1N49A 4FAEA 2R38A 5P4SA 5P5GA 3SABA 1NSOA 1IDAA 4RLDA 2OHNA 5P6OA 3EL1A 2RKGA 5P18A 5P3CA 4FL8A 4CPWA 4DQHA 1GVXA 1QRPE 3OY4A 5OZTA 3LIZA 4FCOA 5KOQA 1LYBA 1YT9A 4GB2A 4I0JA 4U7VA 5P7TA 3T7QA 1KJGA 1T6GA 2H6SA 4ZLSA 5I3YA 1EC3A 2G1YA 5P2AA 5P3RA 2HM1A 3R0WA 4J1FA 1K1UA 5P7KA 3VFAA 5P8BA 2WL0A 4ZSRA 4Y3EA 2QCIA 5OZHA 4GZFA 2ZE1A 5P66A 5P7FA 2QMDA 5DGWA 4ZIPA 2Q15A 3OXCA 3SA9A 5P3OA 4Y6MA 5P3JA 7UPJA 3SAAA 5P8FA 2I4DA 2ZJJA 3GGXA 2QNQA 1EPME 5DQ2A 3IA9A 5P20A 4Y5AA 5OZYA 4ZPGA 4FGXA 4Y3FA 3VF7A 3KFRA 4YCKA 2BJUA 4ACXA 1KZKA 5P38A 3URIA 1DPJA 2IL2A 1HVLA 2UXZA 5P2LA 1ZAPA 5P8OA 1GNMA 5P5JA 2AIDA 2EWYA 3ZPTA 1ZPAA 4OBFA 5P7GA 3PVKA 4UPJA 3O99A 1YM4A 5DQ1A 1SBGA 5OZKA 1MRXA 5P6HA 1HSGA 4TRZA 4XKXA 4OC6A 3T6IA 3K4VA 1FFFC 9HVPA 2ER7E 1YM2A 5P4BA 5P55A 3UTLA 4GYEA 3FV3A 5P2BA 4FM8A 5P4EA 1VIJA 1KJHA 3TPRA 3KDBA 5P8SA 2AZ9A 5P6ZA 3B80A 5IVQA 4A6CA 1IBQA 5HCOA 5P29A 4YCYA 5P2YA 4PZXA 3T11A 4H3FA 2VA5A 3QRVA 3SACA 5KQFA 1FMBA 1HVKA 2PWRA 3NU5A 3DM6A 1FEJC 1FQ4A 5P8HA 2ZDZA 5P8KA 1B6JA 4Y3TA 4GJ5A 4B1EA 2NPHA 5P3NA 5P8GA 1BBSA 1HOSA 4IVTA 3UPJA 5P3MA 1YG9A 5P4PA 1APVE 3EKYA 5IS4A 3NU4A 3URLA 4XX3A 4YA8A 3EM6A 1DMPA 3NXEA 4Y44A 5P22A 2VNNA 3KT2A 3SO9A 4RYCA 3SKGA 1HVSA 1W51A 5P7ZA 1AM5A 4KE1A 3RTMA 2I4UA 4DUSA 3MSJA 2QI0A 5P3BA 5P0AA 5P16A 4Y5KA 4Y5MA 3INHA 5OZAA 2P8HA 4I0ZA 4EJLA 5P7UA 5P8DA 3KMYA 4QJ8A 4I0DA 3ZMGA 4LHHA 5P7BA 2F3KA 1HIIA 2PSGA 3NDXA 4YD4A 5JFUA 1K2CA 2Q11A 3NU9A 2VA7A 3EKPA 2IGXA 4CMSA 2JXRA 4Y3HA 3SA6A 1EEDP 4YDGA 1ZSRA 4Q1XA 4I12A 5BRYA 4HDFA 3S45A 1MT8A 2WEAA 2OHRA 4FAFA 5OYTA 1ODWA 2AODA 3RTHA 5P1AA 1MTRA 3FIVA 1LF2A 5P8MA 3INEA 1GNNA 1LS5A 1HTFA 5P4TA 3PEPA 3QRSA 1EAGA 2OHKA 3LIQA 5JG1A 3VUCA 2B7FA 2F80A 5P4AA 4OBJA 5P8TA 4BEKA 2PH6A 3FNTA 3EL4A 4QGIA 5P88A 2AVSA 3UF3A 5P6WA 4U7QA 1META 3KA2A 2IKUA 5E5KA 3HD8A 4J1IA 4Y43A 3GI6A 1JLDA 3L58A 3INFA 3ZKMA 5P8AA 3CYWA 2FDEA 5P7WA 1W6IA 4Z4XA 3IN4A 2QI3A 4ZPFA 4Y3MA 1FKNA 4DQBA 5OZUA 3UDRA 4EJKA 2JJIA 2V0ZC 3SM2A 2QHCA 1W5WA 3APPA 3EXOA 5P1UA 2ZGAA 5P8EA 5C9DA 4QJ2A 2ZHRA 5J25A 5P1DA 2QU2A 1KJ4A 3NDWA 3VSWA 3SA3A 5AHCA 1HVHA 1LYBB 4X7IA 4Y4BA 5P1BA 5P1OA 2PSUA 4GJAA 5P39A 1EPNE 5OZGA 5P00A 2UY0A 5P1VA 3S7MA 2HPFA 4B05A 4HVPA 2IRZA 3S54A 4Y9WA 3PM4A 5P5CA 1M0BA 2AVOA 1FMUA 3O9EA 1ZP8A 5P3WA 5P5RA 5P49A 2VKMA 3BUFA 3OOZA 3QVIA 1XN3A 3KFSA 1HTGA 1T7KA 2VJ6A 1J71A 3IXJA 4QJ9A 5P4JA 1TQFA 5KR1A 5P0OA 3F9QA 5P7EA 2B42A 4Y3NA 5P1ZA 5P81A 3QRMA 5OZ6A 4DPIA 2VIJA 3FNUA 3HDKA 3M9FA 2PWCA 3UDPA 3NDTA 5DR3A 5JFPA 3MWSA 1T7JA 3OU1A 5P12A 4AA9A 5P5UA 2F3EA 1B6KA 4ZSQA 2J9KA 2F81A 4CPQA 3ZKGA 5P7SA 4Y4UA 5HE5A 4YD5A 5AH7A 3PMUA 4DJPA 1HXBA 1HBVA 5IVSA 5P6NA 1PROA 1UH7A 5P5QA 5P0RA 2O4LA 4FRKA 1GVVA 1GVUA 4MC9A 4Y4TA 2O40A 3TTPA 4HDPA 4PPHA 2QI4A 2Q64A 5OZLA 1FIVA 5P05A 4ER4E 5OZFA 1SIVA 3PHVA 3QBFA 5P6BA 5P4MA 3OADA 1SDVA 1GVTA 5P0BA 5PEPA 3PBDA 1SDUA 2ZYEA 4I0GA 1LYAB 4H3GA 4XXSA 2I0AA 5COKA 4PEPA 2QD8A 3R4BA 1BVEA 5I3WA 5P3ZA 1EBYA 1HPSA 5P0WA 2BQVA 4J55A 1BWAA 5OYWA 4K9HA 3TPPA 2HAHA 3S53A 4DH6A 1D4YA 1D4LA 3LIXA 3L3AA 2BPVA 2OHMA 2O4SA 5ER1E 5HDXA 3KDDA 1FGCC 1BILA 2AZBA 1U8GA 5P6IA 2SAMA 1K6TA 1OD1A 4ER2E 4L6BA 5C9BA 1GNOA 1A9MA 5P2VA 5P11A 3U7SA 1W50A 3SA7A 1A30A 4BFBA 1KJ7A 4B1CA 3GGVA 5P3IA 4FM7A 5P1NA 5P7QA 5P4DA 2WF1A 3AIDA 5P6VA 1HHPA 4Z22A 3EL5A 4Q1WA 5T4SA 3QVCA 3HVPA 5DQCA 5OZ2A 5P5HA 4MC2A 1LF3A 3PSYA 8HVPA 5P4IA 2V12C 1EPOE 5P51A 5P0YA 2A4FA 2QAKA 5OYZA 1RQ9A 4FLGA 5P8UA 2QD6A 2NNKA 5KR2A 1T6EX 4I8ZA 1ZSFA 5P40A 5P4VA 1FFIC 3EKTA 1ZBGA 1GVWA 1YTJA 3OTSA 5P0MA 2QNNA 5P1JA 5P6EA 4YCTA 3UQPA 1NPAA 5P8JA 5OZ3A 4GJBA 4Y4WA 4HZTA 5P1TA 3FNSA 3ZLQA 2Z54A 4GJ6A 5KQZA 2WF2A 5OZBA 4EXGA 1OEXA 4MC1A 5P4KA 2G1SA 5HE7A 5P7HA 2V00A 2BB9A 2HIZA 3LITA 1T3RA 2VIZA 4QJ6A 4I10A 5HDUA 3L5FA 2PK6A 4LBTA 2I1AA 4YBIA 5DQ5A 4XX4A 3QS1A 5P4OA 5SXNA 2AOGA 4F76A 5P6FA 1K6VA 3EM4A 1RL8A 2WEBA 5P2KA 3K5FA 4Y3JA 5P76A 4MC6A 4ZE6A 5P5ZA 4APRE 4Y4GA 4J0PA 2ZHTA 5P7DA 1AXAA 3MSLA 3OQKA 5P4CA 2WKZA 2R9BA 3EMYA 4Y3AA 2AZ8A 5HU0A 3WB5A 3BXRA 2P3DA 5P77A 1MT7A 1XDHA 4D8CA 1ZJ7A 5P1HA 5OYXA 5OZ5A 5P1IA 1TCXA 1EBWA 1IVPA 1MT9A 3IGBA 4ZSMA 4M8YA 2ER6E 3QBHA 3UFNA 4B78A 4Y3YA 2BPXA 5P8QA 2RSPA 2AZCA 3CKRA 1PSNA 4EXHA 5P09A 5P1QA 3A2OA 4DJQA 3O9IA 3NDUA 4OBZA 4RYGA 5P72A 5P50A 1FQ5A 1AIDA 5P82A 4L1AA 5P3VA 4BFDA 1PFZA 3CIDA 3WSJA 4DJWA 3EL0A 3TH9A 5P79A 4LP9A 4A4QA 5P7JA 4YE3A 2OHTA 1ODYA 1K6CA 1RPIA 2OHLA 6UPJA 4Y54A 1EBKC 3URJA 4Y47A 2QK5A 5E5JA 4QJ7A 1TZSA 2G24A 1G2KA 4Y50A 1G0VA 2QU3A 3VV7A 4Y5EA 4CP7A 2ZJMA 5P1LA 4B0QA 2FXEA 3OU1B 3OWNA 5HCTA 5P1GA 2G22A 4AA8A 1YX9A 4RVXA 5P0GA 1OEWA 3ZL7A 1QS8A 5P5MA 5P2NA 4D83A 3VLAA 5P7PA 4APEA 5P5TA 1EC0A 3HBOA 4DQGA 3SQFA 5OYQA 1FB7A 1W5YA 4I0HA 5P2RA 5P86A 2G69A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1Y A;  4B77 A;  1MRW A;  3HAU A;  4QJA A;  2QMF A;  4QLH A;  5DGU A;  3K5C A;  3LIN A;  3B7V A;  4IVS A;  2BPY A;  3OU4 A;  4GJ7 A;  1K2B A;  3BUH A;  2Z4O A;  1SGU A;  3UHL A;  3PJ6 A;  5OZM A;  4R8Y A;  3IXK A;  3GGU A;  4AUC A;  4OBK A;  1AVF A;  5P58 A;  2PMA A;  5P87 A;  4Y3X A;  4PZW A;  2I4X A;  5SY2 A;  2BKT A;  5I3V A;  4J5J A;  3O9B A;  5P65 A;  4RRN A;  5P6P A;  4F73 A;  5P41 A;  4NJU A;  2FGV A;  5P5B A;  3S85 A;  5P23 A;  4OD9 B;  3D20 A;  1TSU A;  4LXK A;  3OQF A;  2R43 A;  3AUP A;  5F00 A;  5P70 A;  3UDM A;  3WZ7 A;  2FMB A;  1EC1 A;  5P3H A;  3R0Y A;  2JE4 A;  5KOS A;  4R95 A;  2I4W A;  2XYE A;  5UPJ A;  5P7A A;  2G21 A;  5P0C A;  2RMP A;  5OZJ A;  5P61 A;  5P5W A;  5P01 A;  3VLB A;  3OAG A;  1MEU A;  2FIV A;  5HDV A;  1A94 A;  4Y5N A;  3DV5 A;  5HE4 A;  5BS4 A;  5DR0 A;  3D91 A;  3Q4B A;  3LZY A;  4DJR A;  4R5N A;  5OZE A;  5HTZ A;  5OZ4 A;  2Q3K A;  5DPZ A;  1UH9 A;  5OZ9 A;  3L38 A;  4K4R A;  1WBK A;  2ZJK A;  4K8S A;  5P53 A;  3I25 A;  3EKQ A;  5P5Y A;  1FG6 C;  3OU3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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