5SXNA

Structure-based design of a new series of n-piperidin-3-ylpyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
339
structure length
336
Chain Sequence
TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSNSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of a new series of N-(piperidin-3-yl)pyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Renin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 336
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2016-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sxnA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sxnA01
5P5JA 3FX5A 1FQXA 2WF1A 4DV9A 4H1EA 4Y3YA 4JPEA 1AJXA 2JE4A 3TKGA 3EL9A 3KDDA 3HDKA 1YTJA 4BFDA 3LPIA 5P70A 1HVHA 1OD1A 3OUAA 5P82A 2OHRA 5P3EA 5P3FA 5P7CA 1RL8A 4I10A 3NU6A 5DGWA 3OAGB 2ZE1A 1FEJC 1OEXA 4AMTA 2I4XA 3QIHA 4FL8A 5P13A 1FFIC 1LYBB 2OHUA 3MSLA 5OZKA 1K1UA 2R3WA 3T7QA 8HVPA 5P3HA 1HTFA 2QNNA 4LBTA 5P4YA 4CPWA 1EAGA 5P5RA 3G70A 4CKUA 5F01A 5JFPA 1DPJA 3BGBA 1EPQE 2BQVA 5P3RA 5P2NA 2WJOA 4QJ7A 5OYUA 5P3VA 2G94A 2G21A 4DH6A 3Q5HA 1LYWB 5P0HA 5KR1A 5P12A 5P3YA 3KA2A 5P6SA 2VNNA 5P23A 3O9GA 5KQZA 5P8QA 5P5PA 5P6OA 5P7GA 1K2CA 3OOTA 5P2VA 4Y4TA 4APEA 3HAUA 4IVSA 2RENA 3G72A 5P7UA 3OTSA 3OUCA 4PYVA 4Y5NA 4OC6B 4RGHA 2HS1A 1HTGA 3L5CA 5P67A 3DCKA 1MSMA 5DR0A 3OOZA 2VS2A 3ZKGA 3ZOVA 5P19A 3WZ8A 3D20A 1MT7A 5OZZA 2APRA 4QGIA 1W5WA 2P8HA 2R3TA 2BPXA 5P7JA 5SY3A 4YBFA 3OUBA 4B70A 2UY0A 4DQFA 4YD5A 5ER2E 1XL5A 6FIVA 2R43A 3KN0A 3O9HA 5EZZA 3EMYA 2FDEA 2VIJA 1PPME 4U7QA 5I3WA 3QRSA 4DQEA 4Y3ZA 5P8IA 5OZXA 4FRJA 5P8OA 5P6VA 3FNUA 5P8KA 5HVPA 1FG8C 3EKYA 5P5VA 3EL5A 2NR6A 4YCKA 2Q64A 3OGPA 1W6HA 4U8WA 4J1HA 5P5TA 3DM6A 4Y50A 5DPZA 5P3IA 1RNEA 4F74A 2F3KA 2FNTA 4Y5KA 4R91A 1RV7A 2B7FA 3LIVA 4J1CA 2QI0A 1AAQA 1B5FA 1IVQA 3ZPTA 5P4TA 3BRAA 3LIZA 1T6GA 4ACUA 3S45A 4Z2ZA 3RSXA 4Y47A 5P0KA 5P4UA 3LZYA 4X7IA 5P5OA 1XDHA 3UHLA 2HPFA 4XX3A 5P5XA 4Y3FA 5P8RA 4L1AA 4Y41A 3TOHA 3JW2A 5E5JA 3PBZA 5P1JA 2NTRA 5P2HA 2BKTA 4GJ6A 1QBUA 4Y4UA 4I0IA 3A2OA 3VCMA 4DJYA 3URLA 1QBTA 4Y5EA 5P10A 3DV1A 3TH9A 5ER1E 2RKGA 5P87A 3SA4A 3VYDA 3PI5A 1E81E 5P47A 1HPSA 2PWRA 4HLAA 1W5XA 5OYZA 5P3ZA 5P60A 3L59A 4H3GA 4J55A 3CKPA 5P8NA 3S2OA 2BPYA 1DIFA 1APWE 7UPJA 2QHCA 2VIZA 1HVJA 4PPHA 3BXRA 2HC0A 3KDBA 3L5FA 4Y39A 3EL1A 5P7OA 3OAGA 3EXOA 3WZ7A 2HIZA 5P7QA 4DPIA 5APRE 2R8NA 1QBSA 3NYGA 3LNKA 1SP5A 4PZXA 1LYBA 1D4KA 3M9FA 2AVVA 1F7AA 2RKFA 5P33A 1T7KA 4YCTA 5P8JA 3K4VA 1QS8A 5P8DA 5P1RA 5P8HA 5OZUA 1ZJ7A 4H3IA 1FB7A 3HZCA 4HVPA 5P1HA 4Y5GA 2BPZA 3OADA 1IZDA 2ZGAA 4Y3MA 5OYSA 3URJA 5ISKA 4ZPFA 5P0RA 5P4RA 4CPTA 4DI2A 1LYWA 1AVFA 4Q1XA 2ZJJA 4Y3JA 3OU1B 1NPAA 1PSNA 3CYWA 3EC0A 5P0FA 3TPLA 5P6TA 2F8GA 1K1TA 3QPJA 5OZTA 5P7ZA 2ZJHA 5E5KA 3UQUA 1SDTA 3Q4BA 4I11A 1BVGA 1FF0C 5OZ2A 4OC6A 4Y5CA 5P4OA 3EL0A 3FNTA 3OWNA 4Y3LA 3MXEA 1ODWA 2VJ7A 4R95A 2AOEA 4J54A 2V10C 4ZSRA 3QRVA 4RRNA 1EPME 2B7ZA 4CMSA 1ZSFA 5P75A 1SGUA 3OK9A 1APUE 3O9AA 3KMXA 1BDQA 1GVUA 3DJKA 5OYXA 4RCEA 4ZIPA 5HCTA 5P59A 3PRSA 2H6SA 2I0DA 2ZJNA 5OZPA 2G27A 3CKTA 5P6JA 2B8VA 5OZBA 1ER8E 3PLLA 4NJTA 2ZJMA 5P0XA 3SACA 3BHEA 1KZKA 1MTRA 2HB3A 1Z8CA 1YG9A 4ER4E 1IBQA 1KJFA 2IQGA 5P1LA 3TOGA 3ZKQA 5P6DA 5IVTA 3G6ZA 3GI5A 3O9DA 5P2AA 3HLOA 4MC9A 5P07A 3NU5A 5P46A 5P64A 1WKRA 2FMBA 1FMBA 2VKMA 3VV7A 4A6CA 1HIHA 4K4QA 1FGCC 3S8IA 2MIPA 2QI7A 5SZ9A 1OHRA 3IAWA 2QNPA 4ZEAA 2B8LA 4HE9A 5P7WA 5P83A 5P2ZA 4DJPA 4F73A 1ODYA 3QVIA 5P24A 1CPIA 1HRNA 5P6IA 3ZLQA 4YD3A 4FRKA 5P7XA 5DR4A 5P7MA 1MPPA 1RQ9A 2JXRA 5P1QA 3PHVA 5P0NA 2ZDZA 5P0LA 1HOSA 2SAMA 1K6VA 2BB9A 3NU3A 3SA5A 5P1OA 3ZPUA 2QZKA 3APRE 5P8UA 4AUCA 1Q9PA 4PEPA 4KE1A 4JP9A 5P29A 2FGVA 5P7EA 4EJ8A 5IVSA 4D88A 4MC2A 3RTHA 2XFJA 1HSIA 3EKVA 3KFRA 4J17A 5IE1A 1SMRA 2RMPA 5P16A 4I0DA 1GVWA 3O9BA 2Q3KA 3LIYA 3NUJA 5P8CA 1ZBGA 3T3CA 2OF0A 5P7HA 5OZ7A 1SBGA 1DMPA 3SM1A 1PFZA 3VYEA 5P0DA 4EYRA 2V11C 2VNMA 4Y56A 5FIVA 4KE0A 2R5PA 3RTMA 3NU9A 4GJDA 3QVCA 7HVPA 1UPJA 4Y5PA 1W5YA 5P7TA 4Y4AA 5P8TA 2HAHA 3KFSA 4TRZA 5IVQA 3TPJA 4B78A 1IZHA 4ZSPA 2G1YA 4APRE 1EC2A 1XS7D 4CPQA 4J1EA 1QBRA 1G0VA 3SA8A 5P1EA 1E80E 1DW6C 1A9MA 1GVVA 5P3PA 2AOCA 3UDMA 1XN2A 1A8KA 1D4IA 2G1NA 2Q15A 2XYFA 4R8YA 1FQ4A 5P3XA 2IKOA 2P3BB 4FAFA 4LXMA 4B1DA 3LIXA 4Y4BA 3K5DA 1EPPE 5HE4A 5IVRA 5OZRA 3H5BA 5P4KA 5P0QA 3PMUA 4Y3DA 3PB5A 3RSVA 2P3AA 4DQHA 3ER5E 3I6OA 2G69A 3PCZA 1FIVA 1PPKE 2I0AA 4COEA 4RZ1A 3QRMA 5BRYA 3KT2A 5KAOA 3QP0A 2F81A 5P6LA 1A30A 1B11A 5P0UA 1GNMA 2VA6A 3R2FA 4LL3A 5P54A 4WTUA 5P61A 5OZ5A 1C6XA 4OBDA 3OU4B 4GJBA 4YDGA 3PWWA 4Y5AA 2JYSA 3K4VC 5P7DA 5P3NA 1BAIA 3URIA 5OZVA 4X2LA 1EPLE 1WBKA 5P8SA 3MXDA 4Y9WA 1W50A 2ER6E 2PK6A 4OBZA 1Z1HA 4Y58A 3PWRA 5P4HA 1ODXA 2CENA 5P51A 3S53A 5P6GA 1FKNA 5OZJA 3CMSA 3TTPA 4DJWA 4FGXA 1K6PA 1FG6C 1W5VA 2PSUA 1PPLE 4J0ZA 5P5GA 4ACXA 3UDRA 5P89A 2P3CA 3S54A 3VUCA 2ZHVA 2UXZA 4B72A 3S56A 4DJRA 2PK5A 1LF4A 3PSUA 5HTZA 3QN8A 4EJKA 2FLEA 5P2OA 5P66A 3L5DA 3GGVA 4Y4GA 4OBKA 5AH9A 4EP2A 3AIDA 4YOAA 5OZCA 4K8SA 1LF3A 3EM6A 3UQRA 1PSOE 1B6JA 3ER3E 3TNEA 4H3JA 5P4DA 3SA6A 5P3QA 5P84A 3ZKIA 2G20A 2AZ8A 3OXCA 4Y36A 3WZ6A 1EEDP 5HU0A 4YD7A 1GNOA 5P02A 3EBZA 3CYXA 1EBZA 4XXSA 2ASIA 5P73A 3ZKNA 3R0YA 5P5ZA 2QMDA 5ISJA 1G2KA 5P7VA 2A1EA 4B1EA 1HTEA 5P1VA 5P38A 3NDXA 4ER2E 2HS2A 5KQFA 5P4IA 5P7FA 3RVIA 2IKUA 3UQWA 4RRSA 3SFCA 5P69A 3VFAA 5P4WA 3FV3A 4Y3XA 1HHPA 3DK1A 2G22A 2WEAA 3N3IA 5P5FA 5P68A 1VIKA 2OHTA 3EM4A 5P6BA 1SGZA 3VF7A 4K9HA 4Y54A 5P1MA 5T4SA 3OXVA 4QJ9A 4LP9A 3OQDA 5J25A 2JJIA 4Y6MA 5P5QA 3LPKA 5P5HA 2QMPA 1KJGA 3L58A 5P7SA 3QROA 3TLHA 3OQAA 2VA7A 3GI6A 3L38A 4YDFA 3T7XA 2OHLA 5P37A 1HSHA 2V0ZC 5P0TA 5P49A 5KQXA 4YOBA 5P3JA 1KJ4A 2FDPA 4JOOA 3IA9A 4RVXA 5P3KA 2QMGA 1SMEA 2OAHA 5P81A 2P3BA 4D89A 2ER9E 4E43A 5P0IA 3DOXA 5P2IA 5P5CA 5P6NA 1K6CA 4D83A 2WEZA 5P8MA 2AOIA 3INDA 5P17A 4RYCA 3R4BA 1HVRA 4J5JA 1T7IA 2R5QA 5P6UA 2AODA 2PSGA 5OZNA 2I4WA 4PZWA 5P6PA 1GNNA 5P5AA 1QRPE 5P3SA 4L6BA 5OZYA 5P1IA 3GGXA 2Q11A 4FAEA 5OZAA 2PMAA 4BEKA 3OU4A 4NKKA 5P65A 3B7VA 3U7SA 2QP8A 5P1UA 3CIBA 3GGAA 4Y3PA 4Y37A 1E82E 4EWOA 5ENMA 5DQ4A 4Z22A 4Y3WA 3INHA 5P3DA 1IVPA 4OBGA 1K6TA 1N49A 5P48A 4JECA 4OBHA 5P86A 2QMFA 3LZVA 1T7JA 2Z54A 4Z4XA 5P0CA 3SKGA 2F3EA 2PQZA 4RLDA 5OYYA 3GW5A 3PMYA 4I8WA 4A4QA 2V12C 5P2TA 3O9LB 4ZPEA 4LXKA 1BBSA 4FE6A 1AXAA 5P7KA 4HZTA 4FM7A 3UCBA 1LS5A 2QU2A 4LHHA 1AZ5A 2WEBA 1FMUA 3BVAA 1DP5A 2ER0E 2B60A 5P2CA 2P4JA 3BXSA 3VLBA 3Q70A 5P4CA 3PSGA 4B05A 4I0EA 5P58A 1ZAPA 5DQ5A 3OHHA 4DJUA 4Y43A 2ZJKA 2R9BA 1EC1A 3UDPA 4ZSMA 2ZHTA 5SXNA 4Q1NA 4FLGA 1OEWA 4J0TA 1FQ5A 5KR0A 5P2EA 1NPWA 4YCYA 1MEUA 5P1WA 5P34A 2AVQA 5IS4A 3SAAA 3UQPA 2O4SA 2QNQA 1B6PA 3LITA 2IS0A 2PSVA 2NPHA 2WKZA 2AQUA 1BIMA 3I8WA 5P0WA 3OXXA 5P0GA 2BBBA 5P2QA 5OZ9A 1MVPA 3GI0A 2ZHUA 4EQ0A 4PHVA 3EKQA 2O4PA 4EPJA 1BDRA 2IRZA 4Y5MA 3PGIA 5P1XA 5HU1A 3LHGA 1HVCA 5P27A 1GVTA 5P6XA 4Y5LA 1FQ7A 5P1AA 5KOSA 5OZHA 4QLHA 5P0YA 3KFNA 5P8EA 5P50A 5P0ZA 5ENKA 1ZSRA 3OQKA 4R5NA 2H6TA 1RPIA 2HB2A 3UPJA 4TRYA 1ZPAA 3IXKA 5P4ZA 2G1RA 5P3TA 1HVSA 1D4SA 2IGXA 1XL2A 5P28A 1ZTZA 1XE5A 2QK5A 1MTBA 1MT8A 4GMIA 4L7JA 3BGCA 4FM8A 4Q5MA 4DUSA 5P2WA 3MSKA 5P0PA 3UDHA 5P3CA 3D91A 1CMSA 1UH8A 3GGUA 3EKPA 5P6CA 5P6RA 1ME6A 4FRIA 5P1ZA 5JG1A 3OY4A 4BFBA 2ZJLA 4JPCA 3LZSA 3T11A 4L7GA 5P5NA 5P8VA 4Y4JA 3EKXA 3JVWA 5I3VA 2XFKA 1BWBA 2O40A 1LEEA 1AM5A 4Y4DA 4DFGA 2V16C 3OUDB 4HA5A 3LIQA 3AUPA 4HDBA 5P2UA 4Y3HA 5COPA 3OHFA 4Y3QA 1QDMA 1B6LA 5OZGA 3QBHA 5P5UA 1NSOA 4RROA 4Y38A 3IN3A 4MC1A 2QAKA 1FQ6A 3OQFA 4I0FA 5P1GA 5HDXA 4BELA 5JFUA 5P8AA 3D3TA 1CZIE 3EM3A 4GJ9A 4K4PA 5CONA 4CPSA 3KDCA 1Z1RA 5P4PA 1HXBA 4Y3EA 5P62A 3BUHA 1EBKC 1MRWA 1UH9A 4GJAA 2AOGA 3LZUA 1EC3A 3L5EA 1YM4A 5HDVA 5KOQA 5P2RA 5P40A 5P26A 4H3FA 4YD6A 3SPKA 2OHKA 1NPVA 4DJXA 3UDQA 4CPXA 1HXWA 2OHNA 2P3DA 4EQJA 3EKTA 2RSPA 5P5EA 5P8FA 4YD4A 2PWCA 1B6MA 5C9BA 3ZKXA 1M4HA 3UDYA 5P30A 4GIDA 5P4NA 1BXQA 1META 3SA3A 4FIVA 1SIPA 5P32A 3I25A 5P0JA 5P6ZA 4LXAA 3O9IA 5P4MA 3DUYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5J A;  3FX5 A;  1FQX A;  2WF1 A;  4DV9 A;  4H1E A;  4Y3Y A;  4JPE A;  1AJX A;  2JE4 A;  3TKG A;  3EL9 A;  3KDD A;  3HDK A;  1YTJ A;  4BFD A;  3LPI A;  5P70 A;  1HVH A;  1OD1 A;  3OUA A;  5P82 A;  2OHR A;  5P3E A;  5P3F A;  5P7C A;  1RL8 A;  4I10 A;  3NU6 A;  5DGW A;  3OAG B;  2ZE1 A;  1FEJ C;  1OEX A;  4AMT A;  2I4X A;  3QIH A;  4FL8 A;  5P13 A;  1FFI C;  1LYB B;  2OHU A;  3MSL A;  5OZK A;  1K1U A;  2R3W A;  3T7Q A;  8HVP A;  5P3H A;  1HTF A;  2QNN A;  4LBT A;  5P4Y A;  4CPW A;  1EAG A;  5P5R A;  3G70 A;  4CKU A;  5F01 A;  5JFP A;  1DPJ A;  3BGB A;  1EPQ E;  2BQV A;  5P3R A;  5P2N A;  2WJO A;  4QJ7 A;  5OYU A;  5P3V A;  2G94 A;  2G21 A;  4DH6 A;  3Q5H A;  1LYW B;  5P0H A;  5KR1 A;  5P12 A;  5P3Y A;  3KA2 A;  5P6S A;  2VNN A;  5P23 A;  3O9G A;  5KQZ A;  5P8Q A;  5P5P A;  5P6O A;  5P7G A;  1K2C A;  3OOT A;  5P2V A;  4Y4T A;  4APE A;  3HAU A;  4IVS A;  2REN A;  3G72 A;  5P7U A;  3OTS A;  3OUC A;  4PYV A;  4Y5N A;  4OC6 B;  4RGH A;  2HS1 A;  1HTG A;  3L5C A;  5P67 A;  3DCK A;  1MSM A;  5DR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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