5SY2A

Structure-based design of a new series of n-piperidin-3-ylpyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
339
structure length
335
Chain Sequence
TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of a new series of N-(piperidin-3-yl)pyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Renin
total genus 86
structure length 335
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2016-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sy2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sy2A01
3ST5A 2WEBA 3UDPA 3UPJA 5P8FA 5P82A 5P3QA 2QU2A 1TCWA 7UPJA 2ER6E 4YA8A 2ZHRA 1FFFC 3U6AA 3PM4A 2FMBA 3O9LB 5P2ZA 3VUCA 2O4PA 3K5DA 2UY0A 3U7SA 3UDHA 3VV6A 1D4IA 5P2IA 5P3IA 1T7KA 4YE3A 5P89A 2NPHA 5P77A 3NUJA 4J54A 4YD4A 5P46A 3F9QA 1HPXA 3HW1A 1AJVA 4LL3A 4Y35A 5P2LA 2BKSA 4OBFA 2WF2A 1Z8CA 4EPJA 3KF0A 5P6XA 5P3AA 4QLHA 3CKPA 2VJ7A 2BPVA 1HVSA 5P6OA 2HB2A 3GGXA 2R3WA 1FB7A 1KJ4A 2QI7A 1MSMA 5P07A 2I0AA 2QNPA 5P1CA 1HIHA 4GJ8A 5P5EA 1EC2A 4R5NA 3TPPA 3L58A 2HIZA 5P40A 3NWXA 4Y3MA 5P5XA 1LYBB 5DQCA 3BHEA 5I3WA 2NTRA 3LIQA 5KOQA 4FIVA 5P1VA 2AVOA 2JJIA 4Y3HA 5P2OA 3PVKA 4I0IA 3FNSA 4Y54A 5I3YA 4Q5MA 3OHFA 4M8XA 3Q6YA 2AOGA 4K8SA 4ZPGA 3G70A 5P1DA 5P67A 2PSGA 5P8DA 2AIDA 3OU3A 5DPZA 4BFDA 5P5SA 1A8GA 5P6VA 1U8GA 5P3NA 3INFA 3L38A 1RNEA 6UPJA 4EJKA 5P58A 3MWSA 5HVPA 4AMTA 5OZDA 1E80E 6FIVA 1GNNA 3VSXA 5P51A 3HD8A 5P63A 5P8VA 4LHHA 3PMYA 5P14A 5P8NA 2OHUA 1UH7A 3QIHA 3VF5A 5P6FA 3EL5A 1LYWA 2BPXA 3OADA 3TOFA 1HTGA 2AOHA 2WKZA 5P1QA 3ZL7A 5PEPA 1W6IA 5P4XA 1IZEA 4HE9A 2NNKA 2I4DA 1FG8C 5P4GA 3RSVA 1EBZA 2P3BB 4Q1NA 3GW5A 5ER2E 2F8GA 5P12A 1SDTA 4Y4UA 1UH8A 2VJ9A 4WY1A 1HPSA 2QMGA 2AOFA 4CPUA 2QZWA 4EYRA 1BDLA 1HWRA 5OZVA 1BDQA 3CKRA 1BXQA 5P0HA 1WBMA 4I1CA 3EC0A 5P8BA 3TL9A 5P7XA 5P8GA 3NU3A 5OZ1A 3MSLA 2AQUA 1A30A 1W5WA 1C70A 4Y47A 1B6MA 3KT5A 4PYVA 2VNMA 5P3UA 2P3DA 4J0VA 1SGUA 2CENA 3ZKSA 5P1RA 5P50A 4RCFA 4B1EA 4FLGA 4Y5MA 2G1SA 2WF4A 4GJBA 3K4VC 2QMPA 5P4UA 4DJXA 5P5MA 1HHPA 2G21A 3BVBA 5P8AA 5P83A 4DJPA 2ZGAA 5ENKA 1MTRA 1ER8E 1NH0A 5P60A 2WF1A 5P7TA 3EKPA 5P6WA 5P24A 1LV1A 4Z2ZA 3SO9A 1ODXA 3S2OA 2B8LA 4OBKA 1LEEA 4U7VA 5P7PA 1BWAA 4I0EA 2IQGA 4EP2A 3EL1A 3UDRA 5P5CA 1ZLFA 2O40A 5KR1A 5KQZA 5P3YA 5P5DA 3VYFA 4Y3PA 2OAHA 4Y3GA 3OU4A 4PZXA 4Y44A 5P6PA 4K4RA 1D4SA 5P2HA 3S7MA 5P1KA 4B77A 5P3JA 2AOCA 2OHPA 3AIDA 3LHGA 5JG1A 4FM6A 5KQXA 1QBUA 4ACUA 5P3MA 4R93A 5OZLA 2R3TA 5P61A 2B60A 3OADB 4H3IA 3TNEA 5P5AA 1XS7D 4Y4BA 1SMRA 2ZJKA 4I8WA 1W51A 5P5HA 5ISKA 1D4LA 2BQVA 1MERA 2V11C 3KM4A 4YDFA 4CPQA 1WBKA 3MSJA 1NPAA 4J0ZA 1BV7A 4Y5GA 5HU1A 2WF0A 5P0MA 5OZXA 1JLDA 5P29A 5P6DA 4Y3XA 5DQ2A 3NYGA 3PCZA 5P2TA 4B70A 2IRZA 2RMPA 3S43B 1A9MA 2QP8A 5APRE 1HRNA 4EWOA 3N3IA 1K2CA 1DMPA 5P68A 5P55A 4Q1YA 4Y3DA 4Y48A 3ZKGA 2QK5A 4LXMA 2NNPA 4Y3WA 4CPRA 1T3RA 2PC0A 3ZOVA 1PSNA 1PPLE 4MC1A 3BXSA 4Y51A 3ECGA 5P4HA 2QI3A 5C9FA 2WEAA 4QJAA 3S53A 4HDPA 1YG9A 4J5JA 3JVWA 5P66A 3UQPA 5P7KA 5P0BA 3ZPSA 1AXAA 3SKFA 4Y57A 5P42A 2PK5A 5DR3A 3QPJA 5OYQA 5P4DA 3BUFA 1FQ8A 1QBTA 4QJ9A 2PH8A 4K4PA 1B5FB 2P3AA 5P52A 4JPCA 3SLZA 3LIVA 1SP5A 4FM8A 1HSHA 4A4QA 3PSGA 3KDDA 1G6LA 5P05A 1AIDA 3DUYA 1KJFA 3EL4A 1C6ZA 1ZTZA 1BWBA 1T6EX 1PSOE 3DJKA 1PROA 4FE6A 3D1ZA 5CLMA 4K4QA 4OBZB 4RCEA 3OU4B 1NPWA 3OUDB 3LZVA 5P6SA 5P7AA 5JFUA 5P3VA 1YTGA 2QZKA 4I0JA 5P6KA 4K9HA 3SM2A 5P7YA 2AVQA 5P5QA 2FS4A 3OOZA 5C9BA 2HC0A 3SA7A 5KR8A 3K1WA 4J0PA 3PWMA 4DQEA 4NJUA 4L6BA 1AAQA 5P0CA 3LITA 1IZIA 3O9LA 1C6YA 3SA6A 4L7JA 1IBQA 2ZHTA 3ZMGA 4J1EA 5P4RA 3SA8A 5OYTA 5AH6A 3UDQA 2O4KA 2R43A 3APPA 4EXGA 4FGXA 4YCYA 4RZ1A 4DV9A 2VJ6A 3UFLA 1E5OE 1MESA 1LZQA 5OYYA 3CIDA 2UXZA 2HPFA 3IVHA 3ZLQA 5P2UA 4BFBA 4L7HA 3WB4A 3BGCA 3KDCA 2QHCA 5P22A 1RQ9A 3LZYA 3I25A 3TOGA 2JYSA 1HVCA 3FNTA 5P4WA 4H3JA 3IXKA 2H6TA 3U71A 3HDKA 3PSYA 4Y3RA 1APUE 1LS5A 1AZ5A 5P4CA 5P25A 2Q3KA 3D1YA 3G72A 1AVFA 1LYBA 3QROA 4XX4A 1EAGA 4XKXA 4X2LA 2VKMA 5DGUA 5ENMA 2AZBA 1HEFE 5HE5A 2OHTA 3VV8A 3LPKA 3UCBA 3O99A 1FMUA 7HVPA 5P6UA 3LPIA 4YDGA 5AH7A 5P7NA 2QHYA 4APRE 3VLBA 5P6LA 4YD6A 3D91A 4ACXA 5P0KA 6APRE 4Y9WA 5P6ZA 4Y56A 3APRE 5P20A 1E82E 5DQ5A 1FEJC 3ER3E 4Y3JA 5P09A 5P8UA 3IXOA 5AGZA 3FX5A 1EEDP 3NDXA 4BEKA 3KFSA 4YHQA 5P45A 4H3FA 3D3TA 3KMXA 5BS4A 4I0ZA 4EQJA 5P8EA 3UDMA 2ZJLA 4E43A 1GNMA 2PH6A 5P2FA 3DV5A 4GJ6A 5P4KA 5SY2A 3SABA 3SAAA 4DQBA 4J17A 4Y53A 2G24A 3BUGA 3QI1A 5P0VA 2VNNA 2VIJA 3SA4A 2WECA 5P28A 1ODWA 3CMSA 4HVPA 5P6CA 2ZE1A 2P3BA 5P5PA 4J55A 3BXRA 5P7DA 3RTNA 4I10A 3OXVA 1FGCC 4QJ6A 4WY6A 4OBJA 4ZLSA 2V16C 4Y4EA 5DR1A 1TZSA 5P5BA 5P6AA 3FNUA 5P34A 3URJA 2F3FA 4B78A 3UDJA 5P2DA 2FDEA 5P8TA 5P8LA 2VIYA 3IN3A 3PWWA 4R92A 5C9DA 5P64A 5HE7A 5P7GA 2G20A 4B72A 4MC6A 3S54A 5P1SA 4BELA 4FL8A 2BPZA 3LZUA 2P8HA 2PQZA 2A4FA 4Y36A 3PHVA 5P88A 5IVTA 5OZIA 1IZDA 5P4BA 3PLLA 5P79A 5P7QA 5KQYA 2B8VA 3QRVA 5P8MA 4XXSA 4ZSRA 4EJLA 5JFPA 2FLEA 3OU1B 2ZDZA 5P5KA 5P3FA 4JP9A 3VCMA 4F76A 5P3PA 5OZ2A 5UPJA 2G1RA 3VYDA 4GMIA 5P4VA 3D1XA 5P4AA 3OQAA 3DM6A 4ZSMA 5P5JA 5P27A 2ER9E 3DOXA 2JE4A 1GNOA 5OZ0A 3VYEA 3KDBA 5OZEA 4I0GA 4J0YA 3T7PA 2FXDA 3K5GA 4Y4WA 1BV9A 4R8YA 5P59A 5JODA 5P32A 5KAOA 4MC2A 1APVE 3L5DA 1A8KA 3NU4A 4YCKA 4ZSQA 4DJOA 2UPJA 1BILA 5P6BA 1CMSA 1M43A 3G6ZA 2I4QA 4DQGA 1FF0C 5P7MA 1BIMA 2G27A 3WZ8A 3OUBA 5P84A 3RTMA 1F34A 4FSEA 3EKYA 4Y5LA 5TOLA 2H6SA 4FRJA 3O9FA 3NR6A 3TTPA 3SM1A 5P4PA 5P0SA 5P4NA 3NUOA 2Q15A 1HSGA 2QD8A 2FIVA 3I6OA 3C9XA 4H1EA 5P0AA 4DPFA 3BGBA 5P2QA 5E5KA 4HDFA 5P65A 3SFCA 1TQFA 4PPHA 1ME6A 5P1BA 4DJVA 1FFIC 3OK9A 3S43A 3KA2A 4LXKA 2OF0A 4GB2A 5OZ6A 5P1NA 4DPIA 2PYMA 3NXNA 5P74A 2O4NA 4RYGA 1D4HA 3A2OA 5P87A 5P6IA 2OHMA 5HU0A 4TRZA 4RGHA 5P38A 3JW2A 3EKWA 3HAUA 3R2FA 4Y4DA 4NPUA 3NDUA 4Y3FA 2Q55A 5P2AA 2R8NA 4QJ2A 5P73A 2IDWA 5P3RA 4JOOA 5P0IA 3OQDA 3PCWA 4D85A 3EKQA 3VF7A 5P10A 4OC6B 3CICA 2HPEA 2R5QA 4GJ5A 3Q70A 4ZPFA 4EHCA 2RKFA 2I4VA 2CEMA 1OD1A 4GJ7A 1B5FA 4COEA 1A94A 4APEA 5P0QA 1HXBA 5P5FA 3OWNA 4Y43A 4J1IA 3MXDA 3L5FA 3LNKA 1D4KA 2ZHVA 1HEGE 2V0ZC 2WF3A 3S56A 5OZ4A 3HAWA 3KMYA 1HPOA 3WB5A 1FMBA 5P1ZA 4FAEA 3TPRA 3QN8A 2G94A 1T6GA 5P71A 5IE1A 5P23A 3EM3A 4OBZA 5AH8A 5P33A 1KZKA 3PMUA 3R0YA 3OUDA 5OZOA 5P5UA 4DQCA 1E81E 5OZ9A 5P0XA 5P4LA 4J1CA 4B1DA 5P0LA 4Q1WA 4ZSPA 1IIQA 4QJ8A 5P1UA 3Q3TA 5P16A 3PBZA 1DAZC 4FRKA 3INHA 4Y3QA 4YD3A 5P6QA 3QVCA 1B11A 3EMYA 1YT9A 1EC1A 3O9DA 4Y37A 4NKKA 4R91A 5P7LA 3IAWA 4Y3NA 5P0TA 3L5CA 1ZAPA 5P86A 4NPTA 4Y6MA 1SIVA 1VIJA 2I4WA 5P0RA 2BPYA 2XFJA 5OZUA 5P5VA 1VIKA 5P2JA 1GVUA 1MT7A 4Z4XA 5OZWA 5OZCA 2Z54A 3NU9A 1G0VA 3INDA 2ASIA 5P00A 2HAHA 4EP3A 1DW6C 5P06A 2IS0A 5P2NA 5P8CA 4YD5A 3GI6A 3T6IA 4XX3A 5P4IA 1HVRA 1OEXA 3QVIA 5P3SA 2QAKA 3KFNA 2QI0A 2QI4A 5P6MA 1GKTA 1YTHA 5OZMA 4EJ8A 1RL8A 4FSLA 2BPWA 5P3BA 2OHSA 1QS8A 5P8QA 1PPKE 5OYVA 3PJ6A 1F7AA 1EBKC 3ZPUA 4L7GA 1HVJA 3EBZA 2ZJMA 5P3CA 2VS2A 4Y4AA 5P7OA 1EPLE 3NDTA 5P5YA 5AHBA 5P4JA 5OZNA 5P1MA 3H5BA 4Y5BA 1K6PA 3T7XA 4CMSA 4UPJA 5P6HA 1PPME 3NXEA 4Y50A 1FQ7A 1K6TA 3KN0A 5P8IA 4RVJA 5OZBA 1B6JA 1ODYA 5OZZA 2ER7E 2G69A 5OZKA 1MRWA 1SH9A 5P80A 5ISJA 5P2RA 1HTEA 3Q4BA 2I1AA 3DK1A 5P4SA 1YX9A 4Y5NA 4YOAA 2ZJIA 5DR4A 4YBIA 3EM4A 4GJAA 1META 3RVIA 2V12C 1HPVA 2NMZA 1EBYA 2APRA 5P6JA 4D88A 3BRAA 4Y5AA 3L3AA 3UF3A 5OYRA 3RTHA 1EPPE 1AJXA 2EWYA 3LIXA 1KJGA 4DJYA 5P4QA 1HIVA 2NXLA 1Q9PA 1HVLA 2HB4A 3AUPA 3OQ7A 2CEJA 1KJ7A 5P1FA 5P41A 2Q11A 1IVPA 2AZ8A 5P48A 5P0WA 5IVQA 3OGQA 5P1JA 4GJ9A 5HE4A 5OZGA 4AZYA 1RV7A 2Q5KA 5P6RA 4D8CA 5P2CA 1YM4A 5P1IA 1MT9A 2IGYA 4Y3ZA 2NXMA 4Y5CA 1ZP8A 1SDUA 3IVIA 3UDKA 2AODA 3UTLA 3PI0A 5P17A 2G1YA 3IGBA 5P0DA 4I8ZA 4KE0A 3UQUA 3PSUA 4PEPA 5OZ3A 3FSMA 2G26A 3VFBA 4X7IA 2V13A 4Y3TA 5P7HA 1ENTE 5P3XA 1G2KA 4H3GA 3OU1A 1EPME 5P81A 4OBDA 4D83A 5OZ8A 3O9BA 4YD7A 4QJ7A 3KFPA 3N4LA 2ER0E 5OYXA 2QD6A 2AOJA 5I3XA 1HOSA 3R0WA 4FRIA 5P36A 2B42A 3PEPA 3CIBA 1HVKA 2XYEA 4LXAA 5P0EA 5P08A 3NLSA 5OZHA 3OXXA 4Y41A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ST5 A;  2WEB A;  3UDP A;  3UPJ A;  5P8F A;  5P82 A;  5P3Q A;  2QU2 A;  1TCW A;  7UPJ A;  2ER6 E;  4YA8 A;  2ZHR A;  1FFF C;  3U6A A;  3PM4 A;  2FMB A;  3O9L B;  5P2Z A;  3VUC A;  2O4P A;  3K5D A;  2UY0 A;  3U7S A;  3UDH A;  3VV6 A;  1D4I A;  5P2I A;  5P3I A;  1T7K A;  4YE3 A;  5P89 A;  2NPH A;  5P77 A;  3NUJ A;  4J54 A;  4YD4 A;  5P46 A;  3F9Q A;  1HPX A;  3HW1 A;  1AJV A;  4LL3 A;  4Y35 A;  5P2L A;  2BKS A;  4OBF A;  2WF2 A;  1Z8C A;  4EPJ A;  3KF0 A;  5P6X A;  5P3A A;  4QLH A;  3CKP A;  2VJ7 A;  2BPV A;  1HVS A;  5P6O A;  2HB2 A;  3GGX A;  2R3W A;  1FB7 A;  1KJ4 A;  2QI7 A;  1MSM A;  5P07 A;  2I0A A;  2QNP A;  5P1C A;  1HIH A;  4GJ8 A;  5P5E A;  1EC2 A;  4R5N A;  3TPP A;  3L58 A;  2HIZ A;  5P40 A;  3NWX A;  4Y3M A;  5P5X A;  1LYB B;  5DQC A;  3BHE A;  5I3W A;  2NTR A;  3LIQ A;  5KOQ A;  4FIV A;  5P1V A;  2AVO A;  2JJI A;  4Y3H A;  5P2O A;  3PVK A;  4I0I A;  3FNS A;  4Y54 A;  5I3Y A;  4Q5M A;  3OHF A;  4M8X A;  3Q6Y A;  2AOG A;  4K8S A;  4ZPG A;  3G70 A;  5P1D A;  5P67 A;  2PSG A;  5P8D A;  2AID A;  3OU3 A;  5DPZ A;  4BFD A;  5P5S A;  1A8G A;  5P6V A;  1U8G A;  5P3N A;  3INF A;  3L38 A;  1RNE A;  6UPJ A;  4EJK A;  5P58 A;  3MWS A;  5HVP A;  4AMT A;  5OZD A;  1E80 E;  6FIV A;  1GNN A;  3VSX A;  5P51 A;  3HD8 A;  5P63 A;  5P8V A;  4LHH A;  3PMY A;  5P14 A;  5P8N A;  2OHU A;  1UH7 A;  3QIH A;  3VF5 A;  5P6F A;  3EL5 A;  1LYW A;  2BPX A;  3OAD A;  3TOF A;  1HTG A;  2AOH A;  2WKZ A;  5P1Q A;  3ZL7 A;  5PEP A;  1W6I A;  5P4X A;  1IZE A;  4HE9 A;  2NNK A;  2I4D A;  1FG8 C;  5P4G A;  3RSV A;  1EBZ A;  2P3B B;  4Q1N A;  3GW5 A;  5ER2 E;  2F8G A;  5P12 A;  1SDT A;  4Y4U A;  1UH8 A;  2VJ9 A;  4WY1 A;  1HPS A;  2QMG A;  2AOF A;  4CPU A;  2QZW A;  4EYR A;  1BDL A;  1HWR A;  5OZV A;  1BDQ A;  3CKR A;  1BXQ A;  5P0H A;  1WBM A;  4I1C A;  3EC0 A;  5P8B A;  3TL9 A;  5P7X A;  5P8G A;  3NU3 A;  5OZ1 A;  3MSL A;  2AQU A;  1A30 A;  1W5W A;  1C70 A;  4Y47 A;  1B6M A;  3KT5 A;  4PYV A;  2VNM A;  5P3U A;  2P3D A;  4J0V A;  1SGU A;  2CEN A;  3ZKS A;  5P1R A;  5P50 A;  4RCF A;  4B1E A;  4FLG A;  4Y5M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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