5SZ9A

Structure-based design of a new series of n-piperidin-3-ylpyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
337
structure length
334
Chain Sequence
GNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of a new series of N-(piperidin-3-yl)pyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Renin
total genus 87
structure length 334
sequence length 337
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2016-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sz9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sz9A01
1TSQA 5COPA 1QRPE 3UQWA 1PPME 3O9AA 3VYFA 3IXKA 3OUCA 5F01A 5C9DA 1ODXA 3OADB 4I11A 1ER8E 1CMSA 2ZJNA 3L58A 1IVQA 3VSXA 1A9MA 5P6HA 4GJ6A 3INHA 3VV7A 5AH9A 3EL4A 3NU3A 3RTNA 4GJBA 4A4QA 4U7VA 1FLHA 1D4JA 1SGUA 5P8HA 5DR1A 1W5VA 5P59A 5OZRA 3TKWA 1WKRA 2V13A 3OXCA 4DJUA 5P30A 1B6KA 3OHHA 5P5MA 3TPPA 2ZE1A 5P15A 3EC0A 1LYBB 2VNNA 3HAUA 2G1OA 1HVJA 5P6PA 3CIDA 5P1RA 4YD7A 3UDNA 1ZJ7A 4CP7A 4Y3HA 5OZUA 3EKTA 4JP9A 5JODA 4OBGA 2ANLA 3ZLQA 3IGBA 1EBWA 1SBGA 1XE5A 3OAGB 1ZAPA 2JJIA 4ZE6A 2FDDA 3CIBA 4UPJA 4EP3A 1FMBA 2O4KA 2I4VA 2JE4A 3SA9A 4CPRA 4M8YA 2I0DA 5HDUA 5DQCA 4HDFA 2QI0A 3R0YA 1J71A 5P4MA 1OEXA 5P54A 3T7QA 5P40A 2PMAA 2PYNA 5P0SA 5P1HA 5P4RA 5P0RA 3OU1B 5P53A 4U8WA 2FDPA 3AIDA 2VIZA 2NR6A 1EPME 1F34A 1Q9PA 4ZPFA 4Q1NA 4YOAA 4HE9A 5OYYA 5P7LA 1W5WA 5T4SA 4GJ7A 2G20A 3L5DA 4F73A 2NPHA 5P2QA 3S7MA 5P04A 2QMGA 1HVRA 2QZWA 3OQFA 4DQCA 5P8PA 3PRSA 3S43B 5KR1A 4D85A 3GI5A 3TOHA 3DV5A 1KJFA 2P8HA 3BXSA 2QI4A 3OXVA 5P05A 3LZSA 4Y37A 4OC6A 5P4PA 5P6NA 1TCXA 2ZJKA 3PMYA 5OZ7A 5P0IA 4Y51A 5P7BA 1HWRA 4CPTA 4EJ8A 1GVVA 3VV8A 2HS2A 5P6MA 3TL9A 4OBHA 2HB3A 2R43A 4DVFA 1BVGA 4DV9A 3H5BA 4I8ZA 5P73A 1U8GA 4Y3SA 3EKQA 1EBKC 2VA5A 4YD3A 3R1GB 5OZEA 3DCRA 5P7UA 4LL3A 3RVIA 1XN3A 1HXBA 3ZKMA 5DPZA 3QP0A 5COKA 3B80A 2B8VA 4HDBA 3QVIA 4RRNA 3G72A 1Z1RA 4NPTA 1AZ5A 2ZJIA 4GJDA 1HPOA 2PSVA 1FGCC 5AH6A 3NR6A 3O9GA 5KQZA 5P5QA 1KJ4A 5P02A 3DV1A 5P7PA 1QBUA 5OZPA 4ER2E 2QHZA 1B6LA 1BDRA 3UDQA 1WBMA 4Y4UA 2BKSA 4EXHA 2PSUA 1XE6A 4J0YA 5P4QA 5DQ1A 4FAEA 5P5HA 5KQYA 4B70A 4JOOA 5P6ZA 1KJGA 2R3WA 3HDKA 4J0VA 2QD6A 3VG1A 3O9FA 2RMPA 2UXZA 4QLHA 3PCWA 5P49A 4Y5PA 1ME6A 1BIMA 4D8CA 3PSUA 2ZHTA 5P5DA 2QNPA 1IBQA 4Y48A 5SXNA 5P1MA 5I3XA 1MSNA 5OZJA 3FSMA 5P8CA 4I1CA 3DCKA 5P8FA 4Y43A 1FEJC 4DFGA 3UF3A 3NDXA 4Y53A 5P8LA 3APRE 3LZUA 4RVIA 5P7EA 3D1YA 4DQEA 5I3WA 5P1IA 3QPJA 3O9DA 3SM1A 1MUIA 5OZMA 5IVTA 1XS7D 3CKRA 4J55A 5P2FA 3ZKXA 2R3TA 5P3IA 5DGUA 4DUSA 4NJUA 1IZHA 4RROA 5P7QA 5P3AA 4Y3RA 3SPKA 5OZZA 1GVXA 5P6TA 3QAAA 1W51A 5P2NA 4I0JA 1TCWA 2AZCA 5P89A 4Y56A 2XYEA 2P4JA 4ZEAA 4KUPA 2PK6A 1EPQE 2I0AA 5HCTA 4DJPA 5C9FA 5OYZA 4I0EA 2UY0A 4NJTA 5P1DA 3PB5A 5P63A 2OHMA 1B5FB 5P8OA 2I4DA 4R5NA 2P3CA 1ZPAA 5P7TA 2I4XA 2XFKA 4Y3GA 3N4LA 1HTEA 5P64A 3GW5A 3LHGA 2I4WA 5P79A 1K2BA 5P18A 2G26A 4Y5MA 2ZJJA 3UQXA 1MRWA 5P1ZA 2QK5A 4J1CA 5P39A 4GZFA 1TSUA 2ZJMA 2HS1A 2HB4A 2WHHA 4B72A 2WF4A 3K1WA 5P0XA 2PC0A 5P0BA 1HVIA 3SFCA 4FRKA 4Y5LA 1LZQA 3O9CA 5P3TA 5BRYA 1C6ZA 4ZPGA 1MESA 5P5PA 3T7XA 2VNMA 3HLOA 4Y47A 3KF0A 2WF2A 3ZKIA 5P1UA 3NDUA 3PJ6A 3RTMA 2XFJA 5P7WA 3PLLA 5P44A 3IVHA 2QI3A 3PWWA 5P6FA 1IVPA 4FL8A 2OF0A 3TOFA 4QJ2A 5APRE 4GJ8A 2AZ8A 2BPYA 2G1SA 5P4SA 5P0QA 5P1WA 4L7GA 4DI2A 5E5KA 3QRSA 4QJ7A 1D4HA 1FQXA 5P6QA 1UH7A 4Y3WA 5DQ5A 3ZMGA 3WB5A 2UPJA 4X2LA 3SQFA 3CYXA 4Y5AA 3TLHA 2WJOA 3QIHA 4HEGA 4Y3DA 3BVAA 3EBZA 3MWSA 5P5XA 1M0BA 5P0HA 3PBZA 3R4BA 5P08A 1LV1A 5P0OA 3ZPUA 3OU4B 5P0FA 3OXWA 4A6BA 5OYTA 4Y3TA 5P74A 5P1YA 2F81A 4XKXA 3IVIA 3VYEA 3PI5A 3QBHA 5P0CA 3I2LA 5P42A 4Y3YA 3Q3TA 5I3VA 4YD4A 2VJ7A 5P3YA 1TW7A 3SA7A 5OZQA 1HPVA 5P8IA 4N00A 4J5JA 3QBFA 4Y6MA 4BFBA 2V16C 5P7SA 4RCDA 1HTRB 1OEWA 2PWCA 4IVSA 5AH8A 2VJ6A 1F7AA 1K6VA 2QCIA 4MC1A 5P4CA 4I12A 3DM6A 2HPEA 4MC6A 3ECGA 1KJ7A 4FRSA 5P6VA 2WKZA 3HAWA 5OYSA 5P81A 2JXRA 1HVLA 1UH8A 5OZ0A 2QHYA 5ENKA 3OWNA 1HPSA 5OYVA 4AMTA 2APRA 5P5RA 5AGZA 1EPRE 4L1AA 3SA5A 2QZLA 3UHLA 1FMUA 3IXOA 1EPNE 4Y3XA 1DW6C 1QDMA 1D4KA 5OYWA 5P4IA 5P11A 3OADA 5P87A 4Y3ZA 5DR0A 1SP5A 1W6HA 4B05A 3IA9A 2XFIA 4X7IA 4M8XA 3DOXA 5FIVA 1BWBA 2FIVA 4Y4ZA 1GNMA 2VKMA 3VUCA 5P2OA 4CPUA 5HU0A 3PSGA 2VS2A 3O9EA 5P3VA 4CPSA 2HAHA 5P2ZA 4LC7A 2AVQA 5DQ4A 1BWAA 4Y57A 4OBDA 1RPIA 4Q1YA 2AOHA 4ZSRA 3NU5A 4Y3QA 5P46A 5OZFA 1IDAA 2WF0A 1LYBA 5P2MA 2PSGA 3A2OA 2WL0A 4RRSA 1B6MA 5IS4A 2O40A 5P6UA 2B8LA 3VYDA 4ACUA 4CPQA 4L6BA 2BKTA 1XL2A 5KOSA 3KFNA 3INEA 5P7DA 1KJHA 3LZVA 2V11C 2R38A 3HVGA 2HB2A 5P3GA 2FNTA 2ZHSA 3TNEA 4WY6A 5P06A 4EWOA 3T3CA 1CPIA 2FDEA 5P4DA 5P7AA 4XX3A 5P0WA 2G21A 3KFSA 2IENA 8HVPA 3TH9A 2FGUA 1LF4A 1LYWB 5P7HA 1A30A 4J1EA 5IVSA 2BPWA 2Q64A 2R8NA 3EM3A 4FAFA 2AOIA 3UDHA 4DQBA 4ZLSA 1CZIE 4BELA 1DMPA 1MTRA 2AODA 3EKYA 2IQGA 5P2TA 3PI0A 5P8JA 5P8DA 5P07A 1AIDA 4CMSA 1HSGA 5OZXA 3KDDA 3EKPA 3ZKGA 5P7NA 5P2BA 5P1NA 5P24A 2FMBA 4KE1A 3RU1A 1D4YA 1YG9A 5AHBA 5P14A 5P8TA 2IRZA 5P28A 5BS4A 4FGXA 3GI0A 2J9KA 4NKKA 4AA8A 3GGAA 4K4RA 4Y4WA 4Y4GA 2WEDA 5P2IA 2I1AA 3KMYA 3O9LB 5P41A 1N49A 3D3TA 3KFPA 4EP2A 5P1BA 2A1EA 5P3NA 5P0JA 5DR7A 1FQ6A 4L7JA 5P7GA 4RYCA 5P12A 2O4NA 3BUHA 4Y4XA 5P6CA 5P2YA 3PGIA 3WZ7A 4J0ZA 5P2GA 3OOTA 3S56A 3KN0A 5SZ9A 3D1ZA 2OHLA 1MTBA 3DUYA 4Y44A 3D1XA 4IVTA 4J17A 3VF3A 3VLBA 2HC0A 3Q4BA 5P68A 4GJAA 5P2WA 3G70A 5P4LA 4AUCA 4FSEA 5P01A 2AVOA 2NNKA 1ZP8A 5P8KA 1BXQA 5CLMA 4RGHA 1HXWA 4AZYA 2Z54A 6APRE 3QS1A 5P2RA 1LF3A 3CKTA 2ER7E 5P1KA 5OZ1A 5P5SA 5P22A 2G27A 1FF0C 3I6OA 4GIDA 3KYRA 2ER0E 3L5FA 5P4YA 3CKPA 1AJXA 1ZSFA 5P5TA 4DJQA 1MPPA 3EM4A 1ZBGA 5P65A 5P6LA 5P6IA 1YTJA 5P2EA 2OHRA 2NXDA 3URLA 4DH6A 1HEGE 3UDJA 1ZLFA 4F75A 2WECA 2PQZA 1K2CA 3NU4A 2PYMA 1HIIA 1PSNA 2Q55A 4NJSA 5P0VA 5P0MA 4R8YA 3VCMA 2AOCA 2EWYA 1K6TA 5P84A 5P60A 3OGPA 3LNKA 4RLDA 5P2DA 2R5QA 1HVHA 4MC2A 5P4ZA 3T11A 5P26A 5OZAA 1APTE 5HDVA 5P7RA 1HHPA 5P0ZA 1OD1A 3PVKA 3FV3A 5P7YA 4B77A 1IIQA 3BUFA 1DP5A 1GVUA 3HBOA 3HD8A 4PZXA 4H3JA 1VIKA 5P7IA 4YBIA 5P75A 5OZ9A 5P83A 5P5OA 3LITA 2FS4A 2XYFA 3IN3A 2VIJA 3KMXA 4DPIA 4TRWA 1QBTA 3NXEA 3OY4A 5P76A 5HD0A 3L5EA 5P2HA 3PSYA 4EHCA 3EL0A 5P6BA 2QNQA 5P38A 2AOFA 2QHCA 2VA7A 3U6AA 3NUJA 5P6JA 2AVMA 1MERA 2P3AA 4H3GA 1DAZC 1HVCA 5HU1A 4S1GA 4K9HA 4R92A 1JLDA 4OD9A 5KR2A 3VFAA 5P4XA 5P3HA 5OZ5A 2OAHA 4LAPA 4Y38A 5OZ3A 5P51A 3IN4A 3KT5A 2MIPA 2G1NA 4PPHA 1HVKA 3OQ7A 5P31A 4DQFA 3S54A 1FQ7A 2ZDZA 2OHQA 1ZPKA 3MSLA 4EJKA 1EBZA 5P8MA 5P8AA 3O9IA 4YA8A 4Y5NA 1MIQA 3SO9A 1HEFE 4QJ8A 4Y58A 5OZSA 5P69A 2ZHVA 3QI1A 5P1AA 1T3RA 1BV9A 5OZIA 1HTFA 1YM2A 2B7FA 3I7EA 5P4HA 3TKGA 4FCOA 3UFLA 2QD7A 5P70A 2AOJA 3OK9A 3FNTA 4JPCA 5P3PA 3L3AA 2IEOA 3EXOA 2B60A 3ZKQA 1NPWA 5ENMA 1NPVA 3TTPA 5OYUA 4XX4A 2JYSA 4LHHA 4LXAA 4CKUA 5P3DA 5HTZA 2Q3KA 3CMSA 1IZIA 3EL5A 1HBVA 3NXNA 1EC1A 1A94A 2I4UA 5P3WA 3VSWA 4JECA 1SIPA 5P48A 1PROA 5JFUA 5P85A 5P5YA 3O9BA 5EZXA 4YHQA 2QI7A 5P4KA 2QMDA 5P27A 3K5CA 4OBFA 3G6ZA 1M4HA 5P5GA 1YX9A 5P2VA 4OBZB 5F00A 3ZKSA 4NJVA 4RCFA 1YM4A 4K4PA 2PWRA 4Z50A 3PLDA 2ZHUA 5P4WA 1AAQA 2O4SA 1Z1HA 1BV7A 5P8SA 4XXSA 1PSAA 5P47A 5OZDA 2F3KA 2ZJLA 4DQHA 5P5WA 3Q70A 5P50A 2QI6A 3T7PA 4ZSPA 3ZKNA 5P0LA 1VIJA 5P55A 3OUDB 1FKNA 1GVWA 5P1EA 1C70A 2G22A 5DQ2A 5P67A 5P1FA 2OHKA 2AQUA 5P03A 5P6XA 5P5UA 5P1SA 2RKGA 5P4AA 4Z22A 2ZJHA 3EKWA 3S7LA 1SH9A 4CPWA 1SMEA 1D4LA 5P13A 1E81E 2BBBA 5P6AA 4Y5KA 2AOEA 5P32A 3NYGA 3VEUA 2B7ZA 3GGUA 2ZHRA 1T7JA 5HDXA 5KOQA 4KE0A 2F3FA 3QRMA 4D89A 1LEEA 1OHRA 5P82A 3AUPA 3LPKA 5P0UA 4YDFA 1G0VA 1B11A 2AZ9A 5P45A 5P4NA 3VFBA 3EKVA 3WZ6A 5P1QA 4OBKA 5DR4A 3U7SA 5P36A 4HDPA 1QBSA 1NPAA 2IDWA 3SKGA 1HPXA 1ODYA 4K8SA 4Z4XA 3TPJA 5P09A 3WB4A 7HVPA 5P8EA 1FFFC 3TPLA 1K1UA 3LIXA 4TVHA 5P0EA 4R91A 4HVPA 5P5ZA 5P7ZA 4Y3AA 7UPJA 2QNNA 4FLGA 5P88A 4EQ0A 3EL1A 3KDBA 2SAMA 4H3FA 2J9JB 2VIYA 1BBSA 5P6DA 5P16A 4Y54A 3L5CA 1W5YA 4DQGA 1HSIA 4YD6A 4Q1XA 4Y5BA 3PWMA 5P20A 1EC0A 6UPJA 4B0QA 5OZ4A 3HVPA 5C9BA 3PEPA 5P5AA 1XN2A 3ER5E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TSQ A;  5COP A;  1QRP E;  3UQW A;  1PPM E;  3O9A A;  3VYF A;  3IXK A;  3OUC A;  5F01 A;  5C9D A;  1ODX A;  3OAD B;  4I11 A;  1ER8 E;  1CMS A;  2ZJN A;  3L58 A;  1IVQ A;  3VSX A;  1A9M A;  5P6H A;  4GJ6 A;  3INH A;  3VV7 A;  5AH9 A;  3EL4 A;  3NU3 A;  3RTN A;  4GJB A;  4A4Q A;  4U7V A;  1FLH A;  1D4J A;  1SGU A;  5P8H A;  5DR1 A;  1W5V A;  5P59 A;  5OZR A;  3TKW A;  1WKR A;  2V13 A;  3OXC A;  4DJU A;  5P30 A;  1B6K A;  3OHH A;  5P5M A;  3TPP A;  2ZE1 A;  5P15 A;  3EC0 A;  1LYB B;  2VNN A;  3HAU A;  2G1O A;  1HVJ A;  5P6P A;  3CID A;  5P1R A;  4YD7 A;  3UDN A;  1ZJ7 A;  4CP7 A;  4Y3H A;  5OZU A;  3EKT A;  4JP9 A;  5JOD A;  4OBG A;  2ANL A;  3ZLQ A;  3IGB A;  1EBW A;  1SBG A;  1XE5 A;  3OAG B;  1ZAP A;  2JJI A;  4ZE6 A;  2FDD A;  3CIB A;  4UPJ A;  4EP3 A;  1FMB A;  2O4K A;  2I4V A;  2JE4 A;  3SA9 A;  4CPR A;  4M8Y A;  2I0D A;  5HDU A;  5DQC A;  4HDF A;  2QI0 A;  3R0Y A;  1J71 A;  5P4M A;  1OEX A;  5P54 A;  3T7Q A;  5P40 A;  2PMA A;  2PYN A;  5P0S A;  5P1H A;  5P4R A;  5P0R A;  3OU1 B;  5P53 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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