5TOLA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 complexed with n-(3-((4as,7as)-2-amino-4,4a,5,6-tetrahydro-7ah-furo[2,3-d][1,3]thiazin-7a-yl)-4-fluorophenyl)-5-bromo-2-pyridinecarboxamide
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQATTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of furo[2,3-d][1,3]thiazinamines as beta amyloid cleaving enzyme-1 (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5tolA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5tolA02
1SMRA 3K5FA 5P2JA 1FQ6A 4F73A 5TOLA 2QU2A 3OGPA 5P2NA 3D1XA 5P2DA 2QI1A 3UTLA 4Y4AA 5P7HA 5P7XA 4DVFA 5P5UA 5P66A 1HVIA 5P3IA 3S85A 4PHVA 5P56A 4R95A 4TVGA 3WB4A 3IA9A 4Z50A 1VIJA 2O4NA 1EPNE 4I8ZA 2SAMA 5P7VA 3L5BA 4R5NA 2WF0A 3O9HA 1BWAA 1MRXA 5P1WA 5P3KA 4YD6A 5DR7A 2ASIA 5P09A 1ODYA 4GJCA 4XX3A 5P43A 3SO9A 4DJUA 3UQRA 3N3IA 5P8LA 3RTMA 4J1FA 3EL1A 2R38A 2Z4OA 1CMSA 3S2OA 3R0YA 3HLOA 5P6UA 1HXWA 4ZPEA 3TL9A 2RKGA 5P2YA 1TSUA 5KQZA 5P82A 4YD4A 3QIHA 5P79A 2Q5KA 3SACA 1HVJA 5JG1A 2B42A 1HTRB 5P5JA 1T3RA 2RKFA 2FXEA 2HM1A 1Z1RA 4JPCA 1W51A 5I3VA 1SIPA 3EKTA 1HPOA 3HD8A 3O9LA 4OBGA 5P6GA 3OUAA 3PLLA 1DAZC 1HOSA 5P8NA 2I4WA 5P1MA 5P5DA 4I0HA 1AM5A 2QZLA 4Y45A 5P5HA 5P4AA 3VSXA 2QI5A 3VF7A 1OEXA 1LF4A 5IVRA 5OZNA 5P76A 1A8KA 1D4IA 5P7SA 4I1CA 5P46A 2PH6A 4U7VA 1PFZA 3O9IA 4Y5BA 3VLAA 1FLHA 4Y3ZA 2G20A 3GGUA 2FNSA 5P1VA 3OQKA 3RU1A 2AZ9A 4EXGA 2WHHA 4A6CA 1BDQA 3NU3A 4K4PA 4Y3QA 3MSJA 3R2FA 5P0JA 4EXHA 3FNUA 4DQFA 2R3TA 3LPKA 2F3FA 1LF3A 2IDWA 2XFJA 4QJ6A 2V0ZC 2O4KA 5P1KA 4F74A 4DV9A 7UPJA 1HVCA 3PMYA 4Y4EA 3QAAA 5P16A 4KB9A 5P6ZA 1E5OE 3G6ZA 4YCKA 5OZJA 3OUDA 3SA5A 2B7ZA 3NXNA 2QU3A 1TCXA 3S8IA 4NPUA 2VJ9A 4CPWA 3UDNA 5C9DA 3URIA 2ER7E 3OU4B 5P7AA 4RCFA 3SFCA 2QNQA 4J0TA 2MIPA 3ZKGA 3PSGA 4L1AB 5OZWA 3VCMA 1MT8A 4QLHA 2Q64A 3OTSA 3Q6YA 3PJ6A 2PMAA 5P7LA 3ZOVA 3EKWA 5ENMA 4Y4JA 2Q11A 4NJUA 6UPJA 1RNEA 5P1SA 4YA8A 5P8OA 1MUIA 4DJQA 4R93A 3EL9A 5DPZA 5P4DA 3NU9A 5P04A 5P3JA 1GVVA 4WY1A 2NR6A 3BXRA 4Y3YA 5P6PA 4I0GA 1ZSFA 2ER0E 3ZPUA 1IIQA 3VG1A 4LC7A 1M0BA 5P7PA 3WSJA 4Z2ZA 3R4BA 2QD8A 3O9AA 5P4PA 2P8HA 3L58A 1BAIA 1QBTA 3BUHA 1BVEA 4MC9A 2AOEA 4J0ZA 4F75A 1XN2A 2EWYA 2V13A 5P2VA 5P0LA 2A1EA 5P3UA 5P4CA 4Y56A 5SY3A 3S54A 5HU0A 4RRNA 3TOFA 1ZBGA 2QK5A 4A6BA 1EEDP 1HWRA 4Y3DA 2QI6A 4DQCA 2I4DA 5P4SA 4Y3RA 4QJ7A 3KMXA 3BUGA 3I2LA 4NJSA 4LXMA 1A8GA 5J25A 1LS5A 5P7IA 4AMTA 2WF4A 3JVWA 4ZE6A 2R3WA 4DJOA 5P08A 3UQPA 3PWMA 1W5YA 1FKNA 1TZSA 3L5EA 4AZYA 4AA9A 5IS4A 2IQGA 5P1JA 3GGVA 5P62A 4A4QA 5JFUA 3VYFA 5P67A 3Q5HA 4FRIA 5P36A 1GNMA 5P80A 4ZSQA 4Y3JA 4Z22A 1HEGE 3M9FA 2HC0A 5P05A 5P1RA 1XDHA 3ZKQA 1T6EX 5OZCA 4FSLA 2VJ7A 3LZUA 4GJ5A 1YM2A 1K6PA 1KJ7A 5OZ1A 5OZMA 3NU4A 4BFDA 5P7MA 5E5JA 5P2MA 1Z1HA 5P5CA 2ZHTA 3O9LB 3PSYA 5HDXA 2V00A 2ZHVA 4DPFA 2BB9A 3OQAA 1YT9A 5P3BA 5HE7A 4DUSA 4J5JA 7HVPA 4RVJA 2I4QA 2VA7A 3FV3A 3U6AA 4Y5PA 5P48A 2PYNA 3HAUA 2QHCA 5SZ9A 2G94A 1KZKA 2OHRA 2I0AA 4LXKA 5P0AA 2AOCA 4HZTA 5P01A 1G2KA 1APUE 4CPSA 3PM4A 4Y43A 3KFSA 5I70A 5P89A 1HSGA 4LHHA 5P5IA 2P3CA 9HVPA 2I4UA 4HDFA 3GGAA 4EP2A 5P58A 1FEJC 3BUFA 2HS1A 5KR1A 1IDBA 5OYQA 5KR8A 1ZP8A 5OZAA 5E5KA 1U8GA 5OZ2A 5P3HA 4QJAA 2FLEA 5OZHA 2Q55A 3BXSA 3FSMA 4EPJA 3RSXA 3OXWA 3BC4A 2RMPA 3S56A 3RSVA 1KJ4A 1IVPA 4BFBA 2G1RA 5P71A 3OUDB 2G21A 1T7IA 5P1ZA 5P61A 2AIDA 1A9MA 1MSMA 4UPJA 1T7KA 5P4JA 3F9QA 3DM6A 5P34A 5OZOA 3DCRA 4JP9A 3O9EA 3T7QA 5P6RA 4Y50A 3NDUA 1HHPA 1G35A 4Q1YA 5P4XA 3ZMGA 5P0QA 5P75A 3EXOA 5DQ1A 1META 5P8GA 4Y54A 1BILA 3TH9A 3LIVA 2JJJA 1W50A 1ODWA 2ZJIA 5ENKA 5OYRA 4Q1WA 3R0WA 3UPJA 5KQFA 3DJKA 2BKSA 3INEA 4J1CA 2OHSA 4GJBA 3Q4BA 1GKTA 1HTFA 1FQ7A 5P2QA 5P88A 3PWRA 2PYMA 2WF1A 5P0HA 5P3DA 5P4RA 4GZFA 2I4VA 3ZKXA 4PEPA 4J0VA 4L7GA 1RL8A 4Y5LA 2AOGA 2FXDA 5P2ZA 3OU1A 1FB7A 5OZ9A 3CIBA 5P5VA 5P0MA 1KJFA 2RENA 2QMPA 4ER2E 3IXOA 2VIYA 3NSHA 2ZHSA 5IVSA 1K6VA 4Y4GA 4Y3HA 3KDBA 4YE3A 5P6BA 1TSQA 5I3YA 5P8KA 4OBKA 5OZVA 3K4VC 3VF5A 5P0WA 2F80A 3ZKSA 5P8TA 5HVPA 4HDPA 5P53A 5P5MA 2PWCA 5P5SA 2WF2A 5P47A 5OZDA 2QMGA 3EKYA 2NTRA 4Y3XA 1FIVA 5COPA 4R8YA 2R43A 5P4WA 3KFPA 3PHVA 5P5XA 1Z8CA 5P1PA 2WECA 4RZ1A 5P85A 3OTYA 5OZSA 4B1CA 3RTNA 2QHZA 4MC6A 2BQVA 3BVAA 2O4SA 5P3PA 5P5WA 5HDZA 1HPSA 5P6JA 2BKTA 5P8QA 1F34A 2V16C 3VYEA 4FL8A 3IVHA 5P5NA 5KQXA 5P15A 3SQFA 2VIEA 4YDGA 5P7CA 5P3TA 3UDRA 3Q3TA 1OHRA 3L5CA 6APRE 5P1UA 1LYAA 1EPME 4LAPA 5P4KA 4FSEA 1IZEA 4EJDA 3NUOA 2B8LA 5SY2A 3N4LA 2VA5A 2F81A 3AUPA 5OZQA 1FQ5A 1OD1A 4KE0A 1LYWA 2OHPA 3O9BA 3PGIA 4J1EA 1C6ZA 3HBOA 2UY0A 3NUJA 5P45A 4OBZA 1SDTA 3CYXA 1HVKA 4GIDA 4EQ0A 2ZJHA 3SKGA 3EM3A 1MTRA 2JXRA 3EL5A 5P2EA 1UH8A 5P3NA 5P3EA 4I0IA 5P7BA 4Y47A 4FAFA 1HIVA 5P4QA 4I0FA 3ST5A 2PSGA 3IXKA 2Z54A 1ENTE 5P2OA 5IE1A 5P72A 1TW7A 5P3MA 3OHFA 1D4SA 5P60A 3VLBA 2QNPA 4KE1A 3BGCA 5OYYA 3CICA 5P6LA 3EL4A 4OD9A 2FDPA 3NDXA 3Q70A 5P06A 5P84A 5P8HA 2IL2A 4XKXA 3SA8A 4NJVA 2HS2A 4Y3MA 4RLDA 1D4JA 5ER1E 5IVQA 3NWQA 2OAHA 2IS0A 1XN3A 5P2IA 4EQJA 4L6BA 4DJRA 4YD3A 3QBHA 4H1EA 1PSAA 5P39A 1EPPE 1W6HA 5P1CA 3IAWA 2OHTA 5P52A 3QVCA 2G27A 4Q1XA 2PK5A 3QVIA 5P8EA 1NSOA 2QNNA 3D20A 5P37A 5P6AA 1B6PA 1EBWA 4I11A 4XXSA 4GJ8A 1PPLE 4JPEA 4YOAA 1ZPKA 5P5ZA 4JOOA 1MEUA 2AODA 3D1YA 4HVPA 5P4UA 3QROA 5PEPA 3INDA 5P0XA 2QI7A 1YTGA 3H5BA 3PBZA 4HA5A 3EM6A 3IN4A 1E82E 5P1BA 5P3ZA 3APPA 3DK1A 4Y9WA 4OBHA 3ZKIA 4Y5AA 4Q1NA 1APTE 5P0IA 5T4SA 1HIIA 5P38A 3VV6A 3K5GA 4DPIA 4YBIA 4I8WA 4RCDA 5P0BA 3LPIA 1D4KA 5P7ZA 3K5CA 3KFNA 4Y36A 3WZ8A 5P41A 5JFPA 5OZXA 5P8IA 3TNEA 5P1TA 1HVRA 3SA9A 1DIFA 2HB4A 2G1YA 4J1HA 5P0NA 1AJXA 5P4ZA 3S7MA 5P74A 2FDDA 2P3BA 3OU1B 3CYWA 3KT5A 4Y4TA 5P6EA 1B6JA 4H3JA 3R1GB 3EBZA 3EKXA 5OYXA 5OZEA 5P5OA 3ER3E 5P7KA 3UDPA 5P6YA 1AIDA 1K6TA 3UQWA 1QBSA 1MRWA 5P2BA 3ZLQA 3WB5A 4M8YA 4Y3TA 5P5EA 5P0CA 3EKPA 4JECA 2IGYA 3K5DA 3NXEA 2QAKA 5P17A 5P4TA 1FMXA 5P3CA 1XL5A 5P1QA 4FRSA 5HDVA 1PSNA 2NXLA 3SA3A 4QJ9A 4FS4A 1M43A 5P0GA 3OU3A 3I7EA 3IXJA 1T6GA 2AOFA 2IGXA 2H6TA 4GYEA 3AIDA 1IDAA 5OZ6A 3PCWA 3PBDA 3L59A 1J71A 5OZ4A 1SP5A 1EBZA 3PB5A 1EPQE 2PSUA 1ZPAA 5P1IA 3FNSA 1MSNA 5P54A 4AUCA 5P5AA 3RVIA 3VEUA 3PWWA 1EC3A 5P6XA 2XFKA 1YX9A 1C6YA 1LYBA 3OUCA 4H3GA 5AHCA 1LYAB 4BELA 5P1YA 5OYVA 5P23A 3HZCA 4IVTA 4L7HA 4YDFA 5AH7A 5P6FA 2AVSA 2OHKA 1SGUA 3PEPA 3TPLA 2IEOA 2Q3KA 5P2AA 3BRAA 3LIZA 3TPRA 1LYWB 3IGBA 1SIVA 4B78A 4EJLA 3RTHA 4OBZB 5COKA 5P26A 5KOQA 4B00A 3TPJA 3PSUA 2ZJLA 5P0RA 5P0VA 5P8MA 3MWSA 5P02A 3OHHA 2FNTA 3UFLA 3UDMA 4AA8A 3EMYA 1B11A 2R5PA 3NYGA 5OZ0A 3LIYA 3KYRA 1SGZA 4GJDA 3UFNA 5DQ4A 4EJKA 5OZRA 5P81A 3EKVA 5P49A 5P1EA 1FMUA 3O9DA 1Q9PA 3GW5A 4YCTA 5P3OA 1HEFE 1BWBA 2VIZA 5P83A 3KN0A 3WZ7A 2G24A 3G70A 4OBDA 1MPPA 2O4LA 3KM4A 4FIVA 3ZL7A 4OD9B 4EWOA 3CMSA 5KR0A 3NLSA 1K1TA 5P13A 5DGWA 4Y5NA 5P3FA 1B6MA 3SA4A 1MIQA 2P3DA 5AH6A 2HPFA 3LIQA 1SDVA 3WZ6A 3O9CA 1RQ9A 4OC6A 3TKGA 3UDJA 4Y37A 1D4HA 1AVFA 5CLMA 2V11C 5HDUA 3BHEA 1KJGA 3JW2A 5DQCA 5P7EA 3GI4A 2G1OA 2HB2A 1B6LA 3TPPA 3LITA 1HTGA 3T6IA 1GNNA 4D85A 2PH8A 5BWYA 5P8FA 2Q15A 5OZ5A 3VV7A 1SBGA 1VIKA 4CPQA 1MESA 5P63A 4ZSPA 5P6KA 2FDEA 3LNKA 1K2BA 4TRYA 4RCEA 4K4RA 2ER6E 3FIVA 2V12C 5P35A 5P0TA 1IZHA 2IENA 3TTPA 5P8DA 3LZVA 5P7WA 5P4LA 2VS2A 4Y3EA 4Y3NA 5F01A 5P30A 3KF0A 3UF3A 1EC2A 5P14A 4L7JA 5P69A 5P4FA 5P4VA 2AVVA 1AAQA 3UDKA 4Y39A 3OQ7A 2G1NA 3OADA 5P4BA 2QD7A 4F76A 2P3BB 4B77A 4ACXA 5P5BA 4RGHA 1HVLA 3CKPA 3QBFA 1C70A 4E43A 8HVPA 4GB2A 4YHQA 5P5TA 1PROA 2HPEA 1LEEA 1JLDA 4YD7A 5ISJA 5HE4A 2F3KA 1APWE 4J54A 2QMFA 4PPHA 2XYFA 1BV7A 3NDWA 1G0VA 2ANLA 5P87A 4DJYA 3MSKA 5P2SA 4ZLSA 3URLA 5P0EA 4I0JA 5OZ8A 5P0PA 1MERA 2VNMA 1IZIA 2QD6A 1W5WA 3T11A 5P6SA 2BPXA 5P2WA 5P1OA 3CKRA 5EZZA 5P3AA 4DJXA 2UXZA 5DR8A 5P2LA 5P7JA 4YCYA 3DOXA 3GI0A 4RYCA 1FQ8A 2BPYA 4Y4BA 4HE9A 2AQUA 4FAEA 3OQDA 1W6IA 4ZSRA 3KFRA 4FLGA 1LYBB 4S1GA 3OWNA 2WEZA 3ECGA 1BXOA 3K4VA 5OYUA 1DP5A 5P29A 5KOSA 5DR0A 5ISKA 2WKZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SMR A;  3K5F A;  5P2J A;  1FQ6 A;  4F73 A;  5TOL A;  2QU2 A;  3OGP A;  5P2N A;  3D1X A;  5P2D A;  2QI1 A;  3UTL A;  4Y4A A;  5P7H A;  5P7X A;  4DVF A;  5P5U A;  5P66 A;  1HVI A;  5P3I A;  3S85 A;  4PHV A;  5P56 A;  4R95 A;  4TVG A;  3WB4 A;  3IA9 A;  4Z50 A;  1VIJ A;  2O4N A;  1EPN E;  4I8Z A;  2SAM A;  5P7V A;  3L5B A;  4R5N A;  2WF0 A;  3O9H A;  1BWA A;  1MRX A;  5P1W A;  5P3K A;  4YD6 A;  5DR7 A;  2ASI A;  5P09 A;  1ODY A;  4GJC A;  4XX3 A;  5P43 A;  3SO9 A;  4DJU A;  3UQR A;  3N3I A;  5P8L A;  3RTM A;  4J1F A;  3EL1 A;  2R38 A;  2Z4O A;  1CMS A;  3S2O A;  3R0Y A;  3HLO A;  5P6U A;  1HXW A;  4ZPE A;  3TL9 A;  2RKG A;  5P2Y A;  1TSU A;  5KQZ A;  5P82 A;  4YD4 A;  3QIH A;  5P79 A;  2Q5K A;  3SAC A;  1HVJ A;  5JG1 A;  2B42 A;  1HTR B;  5P5J A;  1T3R A;  2RKF A;  2FXE A;  2HM1 A;  1Z1R A;  4JPC A;  1W51 A;  5I3V A;  1SIP A;  3EKT A;  1HPO A;  3HD8 A;  3O9L A;  4OBG A;  5P6G A;  3OUA A;  3PLL A;  1DAZ C;  1HOS A;  5P8N A;  2I4W A;  5P1M A;  5P5D A;  4I0H A;  1AM5 A;  2QZL A;  4Y45 A;  5P5H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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