5UPJA

Hiv-2 protease/u99283 complex
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of medium-sized cycloalkyl rings to enhance secondary binding: discovery of a new class of human immunodeficiency virus (HIV) protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5upjA00
3UDRA 5HCOA 3NDXA 1QS8A 2ER6E 5OZSA 5COKA 5OZZA 1FKNA 2F3KA 2HB2A 4Y4GA 4GJCA 3PCWA 3GGUA 4FAFA 5P8NA 5HE7A 5P4CA 1FMXA 3NUJA 3VG1A 5OYTA 5P55A 3OHFA 5P0TA 2WEAA 3R1GB 3KN0A 3EM6A 4YE3A 2A1EA 1EC1A 5P2AA 5P7NA 1TQFA 4F76A 1AZ5A 5P8VA 2AVVA 5P3ZA 1T6GA 1D4LA 4ACXA 3U71A 3QP0A 5DGUA 3OADA 5P4YA 5P5GA 5P1PA 5P06A 3T3CA 5IE1A 5P7DA 3ECGA 5P18A 1K2CA 1ZP8A 2FDPA 2UY0A 4L7GA 5P5DA 2JE4A 1HPVA 3UDPA 3OADB 5P5ZA 2VS2A 1FLHA 5DPZA 2I4WA 3UFNA 5P1EA 4TVHA 5P5FA 1SGUA 4LXKA 3VLBA 1PROA 3L58A 5P4MA 4HA5A 5P1WA 3UQUA 4PPHA 3EKPA 3VV8A 5P0CA 5P7BA 3OGQA 2G94A 5JG1A 1UH9A 3ZOVA 2WHHA 1ODXA 3LZUA 4K4PA 2AZ9A 2AZBA 3HVPA 2I4UA 5P4LA 5P0YA 4DQGA 3FX5A 3PBDA 3CIBA 4J0VA 1IZDA 2HAHA 4DJOA 5P1LA 5P6CA 3TKWA 5P4TA 3L5BA 4H3IA 5P6JA 5P0FA 4FL8A 3UDHA 4AMTA 3OY4A 2ZJMA 5ISJA 1HRNA 2ZHSA 5P7VA 4ZLSA 4CPXA 1OEXA 2ZJNA 4J0PA 5P6ZA 5P30A 5P72A 1KJHA 3O9CA 5P0XA 4Y3JA 4Y48A 2O4PA 2I0AA 3NWQA 5P2TA 3MWSA 3I6OA 4B1EA 3O9GA 1PPKE 4ZSQA 2ZHVA 4RZ1A 5P37A 4WTUA 5P20A 1ODWA 3LNKA 2PYNA 5COOA 1SDTA 1PSAA 2WF3A 1MESA 5OYWA 5P78A 5P2EA 3L3AA 4Y3SA 1A30A 5P28A 1MT7A 1D4HA 2VJ6A 4Y3LA 4FRIA 3KF0A 5OZRA 2Z54A 3SA9A 1WBKA 2Q5KA 4Y5EA 5P6DA 5P8HA 4MC9A 1FG8C 2IGYA 3NU4A 4Y50A 5SY2A 4Y5NA 1SMEA 2PH6A 3KFNA 3L5EA 1FF0C 3AIDA 5P4QA 1C6ZA 5OYYA 2AOHA 3EM3A 3VF5A 3VFAA 5P79A 5P3QA 1EBWA 4QJAA 2OHQA 2PSUA 3U7SA 3URLA 5P2FA 3UPJA 3LPIA 5P54A 1FQ5A 1B5FB 3GGXA 3QIHA 4GJAA 4ZPEA 5P4XA 3HD8A 4Z50A 5P6LA 4OBJA 1XN3A 1LEEA 1BDRA 3NYGA 5P2BA 2O40A 3LZYA 5P0IA 2CEJA 2PK6A 4Y3ZA 5P5LA 4EXHA 3OQAA 4I0DA 1SDUA 2IL2A 4ZSMA 4Y3WA 2J9JA 2ZJLA 2WJOA 3Q5HA 1LF3A 4PZXA 2NMZA 1ER8E 2Q15A 4RLDA 5P3FA 5P01A 4U7QA 1SIVA 4FE6A 2J9JB 5P0KA 1E81E 1HIVA 3OOTA 5P1SA 5P5RA 3PMUA 1BIMA 1C70A 5P2KA 5P2XA 5P5IA 5P1DA 3L5DA 2VA6A 1MRXA 5P05A 3T7QA 1Q9PA 3A2OA 4I11A 2HB4A 2V16C 4OBZA 3BC4A 2FXDA 1BBSA 2XYFA 7UPJA 5P7ZA 3S54A 3DCKA 4H3FA 3TPJA 3SA6A 3HAUA 3DJKA 5P7HA 4DFGA 5P25A 3BHEA 3H5BA 3N4LA 2Q54A 5P14A 4I0IA 1D4JA 1E82E 5AHAA 5P1AA 5P70A 3RVIA 5PEPA 2BKSA 5P5MA 1META 1DPJA 1HIHA 4HDFA 3ZKXA 3ZKGA 2G20A 5P1QA 1LYBB 3NU6A 3INFA 3QRVA 5AHCA 4Y3AA 4DPFA 2NPHA 4L6BA 2QI7A 3GGAA 5P8KA 3PJ6A 4DJPA 3S85A 4YD4A 4J0ZA 5P0AA 4UPJA 3ZKIA 2ZJHA 2G21A 3ZMGA 3S56A 4LL3A 2O4NA 1AAQA 3IXJA 3TTPA 1GNMA 2O4KA 3O9IA 2V10C 1BILA 3PGIA 3EM4A 2BPZA 5P5BA 2QU2A 5P0MA 1B6KA 1HWRA 5P5TA 3O9LA 3S45A 5P6WA 5P7TA 3OUAA 2HM1A 4QGIA 1YM2A 3VF3A 2I1AA 2QNPA 1HEFE 3KFPA 5P24A 2VNMA 4RYGA 4YDFA 3PI0A 1TSUA 3O9LB 3ST5A 4FCOA 5P8CA 2R9BA 3MSLA 3UF3A 3EKTA 5P4UA 3KA2A 1BV7A 2JJIA 4FAEA 4GJ7A 1FMBA 5P6BA 2Q3KA 4Y3TA 3QVCA 4F73A 3G72A 5DR4A 5P2CA 3HW1A 2QMGA 2PMAA 4Y3NA 2J9KA 2QU3A 4YD5A 1LYWB 3CYXA 3CMSA 3AUPA 2PC0A 1K6VA 3GI0A 5P85A 1M0BA 4YHQA 2APRA 3VEUA 5P64A 3OOZA 5P56A 5P84A 3OUDB 4Y4UA 3EL5A 4OBHA 2ZHUA 2P4JA 4H3JA 3WB5A 4D83A 3FNUA 5P34A 1ZSFA 3PVKA 4YBFA 2ZDZA 2I4VA 1DW6C 1OEWA 5P8EA 5P6UA 1ZSRA 4E43A 3NDWA 2IENA 1FMUA 5B18A 5OZKA 3EL4A 5P53A 3EL9A 6APRE 3CYWA 4PZWA 3EXOA 1ZBGA 3QVIA 2BPWA 3BXRA 4DUSA 2ZE1A 2ZJJA 4I12A 2QMFA 5P7FA 5P0BA 5F01A 4DJXA 2CENA 1HSHA 5OYVA 1GVVA 5OZ1A 4Y41A 3Q3TA 4I0GA 1ZPKA 3D1XA 4Y53A 3RTHA 1QBRA 5P66A 4LHHA 4BELA 4TVGA 5IVRA 3FKTA 3L59A 5DR0A 2VIJA 5P1VA 3HBOA 4HDBA 5OZYA 4DJRA 5P8LA 2OHNA 1NPWA 3KYRA 3LITA 3B7VA 1HVIA 1AJVA 1AVFA 4ZPGA 2AOJA 3H0BA 3LZVA 2OHSA 3OU1A 4RROA 1YTGA 4Y3YA 5P2MA 4JECA 5P7AA 3DUYA 5P31A 4Y44A 5P10A 5P3GA 3O99A 3VSXA 4FSEA 4JP9A 2NXLA 2VA5A 2IGXA 3UDYA 3DV1A 1EBKC 4Y3XA 5P8OA 4D85A 2WF0A 5P5QA 4K8SA 3RSXA 3TPPA 5P23A 2RENA 1K1TA 1EC0A 2IKUA 2ZHTA 1HVJA 2Q55A 4AA9A 5P6AA 3IVIA 2V00A 3LIQA 5P7CA 4NJTA 5EZXA 5HCTA 2QMPA 1LS5A 4B0QA 5OZWA 2HPFA 5P6VA 3NXEA 3T7PA 4J1FA 5P8DA 3VYFA 1D4KA 1IZEA 5P6HA 6FIVA 3SACA 5P3HA 4Y43A 4HZTA 4R93A 1FQ8A 4HVPA 3TKGA 3L38A 2B8LA 4Q1NA 5P69A 2IS0A 5P6EA 5HVPA 1CMSA 4ER4E 2Q63A 3BXSA 4FLGA 4R95A 3SM1A 5P7PA 5P1TA 5HU1A 3SABA 3OXXA 5P4NA 1XN2A 2B60A 1SP5A 3PI5A 1E5OE 4ER1E 3SA8A 5OZDA 5OZQA 2R3WA 2FXEA 5P6NA 2BPYA 1WKRA 3ZL7A 1QBTA 3K4VA 4NJVA 3IXKA 5P6IA 4RVIA 3MXDA 4LC7A 3PLLA 3QRMA 3LIZA 2QP8A 1T7IA 1G35A 1W5WA 5OZOA 2QMDA 2AOFA 3RTMA 3URJA 4Y4ZA 5OYXA 4APRE 3QPJA 1KZKA 3EMYA 4QJ2A 2P3BA 2V12C 1Z1HA 2JJJA 3NDTA 4Y5KA 2PWCA 2RKGA 4Y37A 5P39A 5P2JA 5P5SA 1YTIA 5P6TA 5HDVA 4LAPA 2P3BB 2OHTA 1IZIA 4YCTA 5P74A 4GMIA 2PWRA 1IDBA 5DQ1A 5P0ZA 3KDCA 2WKZA 5P26A 2JYSA 4LP9A 5P0EA 5P0WA 5P1GA 3D1YA 4I0EA 3NDUA 3OXWA 4L7JA 5HU0A 1GKTA 2ER7E 1HTGA 3QROA 5AH8A 5P1MA 5P03A 3SA3A 5P42A 2AOIA 5KQZA 1DMPA 2FGUA 4ZPFA 2QNQA 5P3MA 4GYEA 5ENMA 3NU3A 5AH9A 5P6PA 4QJ9A 2WF4A 2AOEA 1EPNE 1F7AA 2FS4A 7HVPA 2BPVA 5ISKA 4XX3A 4B1DA 5OYRA 5I3YA 1TCWA 1UPJA 1T6EX 1RV7A 3GI5A 3S43B 5KAOA 2H6TA 1BXQA 4DVFA 5P4VA 5P4AA 3WSJA 4DQEA 3CKTA 3GW5A 3TL9A 2AQUA 1LF4A 2AOCA 5JODA 3TOFA 3I8WA 5P6SA 4OBDA 3PSUA 5P8IA 3VSWA 3SKGA 5P29A 5P57A 3ER5E 4CP7A 3MSJA 1LF2A 4OBGA 3KMYA 1D4SA 1KJ7A 5P51A 1HXWA 5P7IA 2VA7A 3PMYA 3NUOA 5OYZA 5P1CA 5HE4A 1EC2A 2QNNA 5P8QA 2B7FA 5P2DA 3TPRA 3K5GA 2FDDA 5ER2E 4Y3MA 2OHRA 2F3FA 3C9XA 5P52A 2VIEA 5P3KA 5P1IA 4NPUA 1HVSA 4Y3EA 5P2WA 2FNSA 2QK5A 2AVQA 5P3BA 3S2OA 1KJ4A 4B78A 4M8XA 1BWAA 1CZIE 4AUCA 3VV6A 4YDGA 2Q11A 5HDUA 3IA9A 4AA8A 5OZ0A 1BVGA 5OZUA 3N3IA 1B5FA 3MSKA 5P5HA 4J0YA 3IXOA 4RCFA 4RGHA 2SAMA 2BPXA 3HZCA 2WEZA 4FRJA 3PM4A 1BDQA 4Y54A 1ZJ7A 5OZGA 2QD7A 4RRNA 4YA8A 1C6XA 3CIDA 4DQFA 1G2KA 2QCIA 3DM6A 3ZPUA 3R0WA 1N49A 2H6SA 3OGPA 3T6IA 4Q5MA 1LV1A 5P6KA 5P43A 2VIZA 3ZPSA 4DJVA 3URIA 5P4ZA 2ZGAA 4GJBA 5P67A 5E5JA 5P73A 3HLOA 2QI6A 5F00A 5UPJA 1HTEA 4Y4WA 4DPIA 1FIVA 5P5EA 3F9QA 4X7IA 1GVTA 5P2UA 1JLDA 3OQKA 3LIXA 3OQFA 5P76A 5P17A 1B6MA 3R2FA 5P2QA 1BXOA 3OU4B 4DV9A 5P22A 3K5DA 1C6YA 2I4XA 5T4SA 5P0GA 1GVWA 4TRZA 4I0HA 4Y5LA 4U8WA 1LYBA 1EPME 1W50A 3LZSA 4FRSA 1WBMA 2QD8A 5P81A 1ODYA 5KOQA 3IN4A 1HSGA 1HIIA 5P77A 4Z2ZA 5P2ZA 4FM7A 5P3PA 6UPJA 1KJGA 2VKMA 4GJDA 5P2VA 5HDXA 5P4PA 5OZ9A 5P4KA 4J1CA 2G1NA 5P3DA 5P58A 4Y3DA 4Y47A 5DR8A 3PEPA 3APRE 3PWMA 4D88A 2EWYA 5P5OA 2G69A 1QBSA 3SLZA 5OZMA 2QI3A 4DQCA 1K6TA 4Q1WA 5KOSA 5TOLA 4RYCA 4FRKA 4L7HA 2QHZA 3TNEA 4I0FA 3HAWA 4H3GA 1K2BA 4Y4XA 4OBFA 3QN8A 3OUCA 5P3RA 4HEGA 2ASIA 3L5CA 4FSLA 4EHCA 5P4GA 3ZKNA 5P11A 4Y6MA 3ZKSA 4I0ZA 3G70A 1SMRA 1ZTZA 3PLDA 3BGCA 2WEDA 3K5FA 1J71A 3KFSA 1GNOA 2FGVA 2FIVA 2MIPA 4OD9B 2OHLA 1APWE 3HDKA 1M4HA 3KDDA 1LYWA 4CPUA 4K9HA 5P0SA 3PSYA 5P0JA 5P6RA 5P71A 1ZLFA 1MUIA 4U7VA 5P00A 3SA5A 4HE9A 5P3AA 3EKXA 1SIPA 4XKXA 1EBYA 5P8RA 2AVSA 1EPOE 3OUDA 5C9BA 3OWNA 5P8JA 4J1IA 4Y3QA 1HSIA 2NTRA 5OYSA 4Y3PA 2PK5A 5HTZA 2A4FA 4JPCA 2AZ8A 2QI4A 5P32A 3UDKA 4EP3A 3D91A 1MTBA 5P4JA 5P45A 2ER0E 3G6ZA 3GI6A 4DQBA 4FIVA 4EJLA 3NWXA 4CMSA 4LBTA 5P19A 4CPQA 3EKQA 2ZJIA 2PH8A 4BFBA 5KQXA 5DR3A 1VIKA 3SA4A 3INEA 4I0JA 4EJ8A 4B77A 1OD1A 5DQ2A 5P62A 1BAIA 5P5KA 1IDAA 4AZYA 1W6HA 4K4RA 1E80E 5HD0A 5AH7A 1VIJA 5P80A 4B72A 1FGCC 4EJDA 3VYDA 3KMXA 3BVAA 4QLHA 1YTHA 1SBGA 5DQ5A 2XFIA 5P4WA 3S53A 1APUE 3DK1A 5P36A 4Q1XA 1ME6A 4PEPA 5OYQA 3SM2A 2R8NA 3APPA 4GJ6A 5P8FA 2XFJA 1D4IA 3PSGA 5P2SA 3EL0A 3PBZA 4R91A 1FEJC 5AH6A 3UQPA 3EKYA 4Y5PA 4TRYA 3FIVA 5E5KA 4I8ZA 1HTFA 1AM5A 5OZPA 2PSGA 3NXNA 2BKTA 5P0RA 1IBQA 1IZHA 3U6AA 4MC2A 5P2GA 4Y3HA 3NLSA 1HTRB 1MEUA 2VJ7A 2AZCA 1FFIC 1BDLA 5P1NA 4J5JA 1MT8A 3K1WA 3ER3E 5ENKA 2IQGA 4HLAA 5P44A 4Y3RA 2V11C 4WY6A 3ZKQA 4Y4BA 3SAAA 5P0PA 2BJUA 3OAGB 3INHA 4EQ0A 1CPIA 3LPKA 4GB2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDR A;  5HCO A;  3NDX A;  1QS8 A;  2ER6 E;  5OZS A;  5COK A;  5OZZ A;  1FKN A;  2F3K A;  2HB2 A;  4Y4G A;  4GJC A;  3PCW A;  3GGU A;  4FAF A;  5P8N A;  5HE7 A;  5P4C A;  1FMX A;  3NUJ A;  3VG1 A;  5OYT A;  5P55 A;  3OHF A;  5P0T A;  2WEA A;  3R1G B;  3KN0 A;  3EM6 A;  4YE3 A;  2A1E A;  1EC1 A;  5P2A A;  5P7N A;  1TQF A;  4F76 A;  1AZ5 A;  5P8V A;  2AVV A;  5P3Z A;  1T6G A;  1D4L A;  4ACX A;  3U71 A;  3QP0 A;  5DGU A;  3OAD A;  5P4Y A;  5P5G A;  5P1P A;  5P06 A;  3T3C A;  5IE1 A;  5P7D A;  3ECG A;  5P18 A;  1K2C A;  1ZP8 A;  2FDP A;  2UY0 A;  4L7G A;  5P5D A;  2JE4 A;  1HPV A;  3UDP A;  3OAD B;  5P5Z A;  2VS2 A;  1FLH A;  5DPZ A;  2I4W A;  3UFN A;  5P1E A;  4TVH A;  5P5F A;  1SGU A;  4LXK A;  3VLB A;  1PRO A;  3L58 A;  5P4M A;  4HA5 A;  5P1W A;  3UQU A;  4PPH A;  3EKP A;  3VV8 A;  5P0C A;  5P7B A;  3OGQ A;  2G94 A;  5JG1 A;  1UH9 A;  3ZOV A;  2WHH A;  1ODX A;  3LZU A;  4K4P A;  2AZ9 A;  2AZB A;  3HVP A;  2I4U A;  5P4L A;  5P0Y A;  4DQG A;  3FX5 A;  3PBD A;  3CIB A;  4J0V A;  1IZD A;  2HAH A;  4DJO A;  5P1L A;  5P6C A;  3TKW A;  5P4T A;  3L5B A;  4H3I A;  5P6J A;  5P0F A;  4FL8 A;  3UDH A;  4AMT A;  3OY4 A;  2ZJM A;  5ISJ A;  1HRN A;  2ZHS A;  5P7V A;  4ZLS A;  4CPX A;  1OEX A;  2ZJN A;  4J0P A;  5P6Z A;  5P30 A;  5P72 A;  1KJH A;  3O9C A;  5P0X A;  4Y3J A;  4Y48 A;  2O4P A;  2I0A A;  3NWQ A;  5P2T A;  3MWS A;  3I6O A;  4B1E A;  3O9G A;  1PPK E;  4ZSQ A;  2ZHV A;  4RZ1 A;  5P37 A;  4WTU A;  5P20 A;  1ODW A;  3LNK A;  2PYN A;  5COO A;  1SDT A;  1PSA A;  2WF3 A;  1MES A;  5OYW A;  5P78 A;  5P2E A;  3L3A A;  4Y3S A;  1A30 A;  5P28 A;  1MT7 A;  1D4H A;  2VJ6 A;  4Y3L A;  4FRI A;  3KF0 A;  5OZR A;  2Z54 A;  3SA9 A;  1WBK A;  2Q5K A;  4Y5E A;  5P6D A;  5P8H A;  4MC9 A;  1FG8 C;  2IGY A;  3NU4 A;  4Y50 A;  5SY2 A;  4Y5N A;  1SME A;  2PH6 A;  3KFN A;  3L5E A;  1FF0 C;  3AID A;  5P4Q A;  1C6Z A;  5OYY A;  2AOH A;  3EM3 A;  3VF5 A;  3VFA A;  5P79 A;  5P3Q A;  1EBW A;  4QJA A;  2OHQ A;  2PSU A;  3U7S A;  3URL A;  5P2F A;  3UPJ A;  3LPI A;  5P54 A;  1FQ5 A;  1B5F B;  3GGX A;  3QIH A;  4GJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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