6UPJA

Hiv-2 protease/u99294 complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of medium-sized cycloalkyl rings to enhance secondary binding: discovery of a new class of human immunodeficiency virus (HIV) protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6upjA00
4OD9A 3H0BA 4NKKA 5DQ5A 2AVQA 5P0SA 3L5DA 2RENA 1PSOE 5I3YA 5P01A 5P8HA 5OZHA 3KM4A 3MSKA 3K5DA 2HB3A 4L1AB 5OZGA 4TRWA 4AZYA 2FGUA 4YDFA 5P0TA 5P3IA 5P6MA 2V10C 1ZSRA 5F00A 2QZXA 3HBOA 4GJ8A 3VUCA 3FNSA 1D4IA 5P0FA 3OAGB 5TOLA 1MT7A 2UXZA 3LIYA 4Y3YA 2Q55A 4Y4UA 4IVTA 2J9JA 5P1WA 1LF3A 5P6EA 4ER2E 1LEEA 3Q3TA 2ZJLA 4R95A 2O4SA 5HE4A 2F3KA 1HSGA 4OBZA 1MRWA 1MSNA 4I0GA 1SH9A 2QI1A 5BWYA 4I0HA 3ZPSA 5P3LA 5P53A 5P5FA 7HVPA 4FRIA 4HLAA 4RLDA 3ZKQA 5P6QA 3S53A 4FIVA 5P33A 5DGUA 5UPJA 4J0PA 2WECA 2VJ7A 3OUCA 5P4KA 4R5NA 2BBBA 5P5HA 3PEPA 5KR1A 5P1YA 3GGVA 3PLLA 5COPA 4H3FA 5P58A 3K4VA 1WKRA 1RV7A 5P6ZA 5FIVA 3K1WA 5P3DA 5P7CA 4Y3MA 1E81E 4J1IA 4J1CA 1LF4A 5P50A 1C6YA 1UH9A 1XE5A 4DPIA 4Y3JA 5P2RA 3CICA 2AIDA 4J17A 2QU3A 3CIBA 5P6DA 3RSVA 3NU4A 3R4BA 4ZEAA 1K6CA 2WEZA 1IDAA 3KFNA 3HD8A 3KDBA 5P5RA 1IBQA 2VJ6A 4GMIA 2MIPA 2VA6A 5HDXA 5OZ5A 4RVIA 2APRA 3ER5E 1AAQA 3UF3A 4Y47A 3OHFA 5P6YA 3UDRA 3KMXA 5OYXA 2O4PA 5HDVA 3TPRA 2ER0E 5P5KA 5HDUA 1B6PA 5P5AA 1DIFA 1FQ4A 1ZJ7A 5JODA 5P2HA 4H3GA 1PSAA 2I4XA 3HAUA 2V00A 3CKTA 2F3FA 3OUDA 4RGHA 1BWBA 4RCDA 1OEWA 3GW5A 3GGXA 2G27A 3KDCA 2BKTA 2QD7A 4RROA 5P32A 2ZHRA 5P8JA 3EC0A 1JLDA 4CPWA 1YM2A 5P8OA 4Y45A 4I8WA 5P31A 3CKPA 5P44A 5P5EA 1VIKA 4X7IA 3LZYA 4KE0A 5P2LA 3OU4B 3ZKMA 3PM4A 4ACXA 2QD8A 5P51A 2PQZA 2WF4A 3NDUA 3ZKXA 1RL8A 2PC0A 3QVCA 1XL2A 3NXNA 1AVFA 3URJA 2R5PA 3IVHA 5OZ6A 3TPJA 2G1YA 2HB2A 5P2SA 5P66A 3OOTA 3SFCA 5P47A 2VJ9A 5P2CA 2FMBA 1HTRB 1FKNA 1XL5A 2O40A 5P8LA 3RVIA 1FG6C 5P5NA 3OHHA 1W5YA 5P7FA 5P8TA 1HIVA 3NDWA 4L7GA 3LZUA 3GI5A 2I4UA 4CKUA 1DPJA 4HEGA 5P7RA 2V12C 5AH6A 5P0CA 2ZDZA 4BEKA 1MIQA 5P7OA 2BQVA 1OEXA 5P7AA 1B6LA 2QHCA 4Y4ZA 4NJTA 1YTJA 3NWXA 4TRZA 3SKGA 4LHHA 4B1DA 2ASIA 4J0TA 4B77A 5P15A 3RU1A 4DQBA 1ODWA 4Y3PA 5KQZA 3VYEA 5P6FA 1LS5A 4DI2A 5APRE 4AMTA 5P48A 2AOGA 1A94A 2AZCA 4Y53A 2FXEA 4I8ZA 5P8CA 1TCXA 1FB7A 5P1QA 4APEA 4OBGA 3LZVA 4RZ1A 5P0LA 5P3WA 5P4MA 4Y5CA 1PFZA 2FDDA 4Y51A 4TRYA 4YBFA 2BB9A 2AOIA 3URLA 3LINA 2HM1A 4Y35A 5P1GA 1W51A 1PPME 1GVWA 1EBZA 3KF0A 3WB5A 5ENMA 5P7MA 3OGPA 1FIVA 5P00A 1XN2A 3U6AA 2R9BA 1E5OE 1K2CA 1NSOA 5P16A 1LYAA 5P5UA 3ZPUA 4FCOA 1K6TA 3L3AA 3DK1A 3GGUA 3I7EA 4GB2A 3SA5A 3Q70A 5P6BA 5P5IA 5P37A 1YX9A 3NUJA 5P5WA 1GNNA 3T6IA 3SO9A 4D8CA 4RCFA 4Y5EA 4UPJA 5OZCA 2FGVA 3D1XA 4U7QA 2F80A 1PSNA 3PWMA 1ODXA 1UPJA 1SDTA 1F34A 3EM3A 3NU3A 1MPPA 1EC1A 3D20A 2NTRA 4Y3LA 5ISKA 4ZSPA 4QGIA 2B60A 5P4VA 1FLHA 1A9MA 5P0OA 3LNKA 4YHQA 1B6JA 1ME6A 4COEA 5P61A 1G6LA 5P4NA 2QMDA 3UDPA 5P6IA 4DJWA 1PPLE 5HCOA 5OZQA 2QNNA 5P3QA 4DJPA 1RNEA 3KDDA 5P8KA 2HB4A 5P0YA 1HSIA 3K5FA 5DQCA 5CLMA 5P4HA 3LITA 3SAAA 4YOAA 5EZXA 5P65A 2QZLA 5P5QA 3CYXA 5P7PA 3LZSA 2QHYA 6APRE 3GI6A 1HPSA 4Y4AA 2O4NA 3U7SA 5P7EA 5P63A 5P0BA 4EHCA 5P1AA 4YA8A 3I8WA 2R3TA 2CEJA 5AHCA 1HPXA 4OBJA 4HZTA 5P2MA 4FSEA 3OUBA 5E5JA 1SMRA 5P6KA 3KT5A 1B5FA 2IGYA 5P1KA 1FQ5A 1LYWB 3PHVA 5P8MA 1IZDA 4F75A 3QROA 1W5XA 5P0RA 1HVJA 2QMFA 2P3BB 3OXWA 1OD1A 1D4YA 1HTGA 4DQGA 3KA2A 5P3OA 1HVCA 2FIVA 3EL5A 5OZUA 1BV9A 1HVSA 5DR4A 3EKWA 4B70A 1TCWA 3Q5HA 3INHA 1T7JA 1CZIE 1TZSA 3IXKA 1FQ8A 7UPJA 4CP7A 4ZSRA 1MT8A 5P2IA 4DUSA 5C9DA 3UDKA 2AOCA 3SA4A 3LPIA 2QI7A 3EL4A 3F9QA 5T4SA 3O9LB 4I1CA 4JECA 3BXRA 5OYYA 1APVE 1DP5A 3CKRA 4I0IA 4CPUA 2JE4A 1AM5A 5OZ8A 3T11A 2NPHA 1EBYA 3KFRA 2VIEA 4Y50A 5P2JA 5KR8A 5E5KA 1EC2A 5P0UA 3WB4A 2FDPA 3KN0A 5P0XA 5P1OA 5OZPA 3EL0A 5P4JA 5P3JA 5P4GA 1HIIA 4EQJA 5P1TA 5P8EA 5P5TA 5P3XA 3O9DA 5BS4A 1W6IA 5P35A 5P5GA 4ER1E 3KFPA 4XXSA 5P3CA 4K8SA 1Q9PA 5P4TA 3S85A 3S43B 3JVWA 5P59A 4K4QA 5P24A 2IEOA 4Y56A 5P2VA 1YTIA 4D83A 4Y37A 5P2QA 4GJ9A 1A30A 4Y43A 1LZQA 3QAAA 6FIVA 5P4RA 5P34A 2AZ8A 4RVJA 5P3EA 3OQ7A 4PZXA 3VV6A 2VS2A 5P26A 4HDBA 4PEPA 3PCZA 3PMYA 5P7LA 4Y5MA 4EYRA 5JG1A 2G1NA 4J55A 3SM1A 5OYVA 1KJ4A 4OBZB 2J9KA 4RVXA 1META 1GNMA 3T7XA 2I0AA 5P1CA 5P4BA 4YOBA 1HWRA 5P0ZA 3NWQA 5P11A 3EKYA 5P3TA 2QAKA 2OHTA 4YD3A 4JPCA 4FGXA 5P3BA 3SPKA 1FGCC 5OZ0A 5P1NA 5P6GA 2NMYA 4I0EA 5P69A 5P5OA 3UQXA 3ZMGA 1XDHA 5P0KA 5P5VA 5P3PA 4EJKA 3NYGA 3VYFA 5OZMA 2BPWA 3OQFA 2PSUA 2QHZA 2JYSA 1EBWA 2B42A 2AOFA 2WEBA 5P1MA 4CPTA 2AVOA 2FDEA 3OY4A 3DM6A 5OZ7A 2HAHA 5OYSA 2QZKA 5P42A 3CYWA 1K6VA 1MTBA 5P06A 3DV5A 4Q1XA 4D85A 2B8LA 1BIMA 1HTFA 1IZIA 2NR6A 4J1EA 3QVIA 3UDJA 4U8WA 2WKZA 3ZKIA 1G35A 4Y3NA 5P1DA 4D88A 5OZDA 1BXQA 3OWNA 5P1BA 5P2DA 5P8BA 4OC6A 2QZWA 4WY1A 3ZPTA 2G69A 4PZWA 1BDRA 4R92A 4Y38A 3OUDB 3SLZA 1IDBA 3G72A 2QK5A 3OAGA 4EJ8A 4NPUA 5P1FA 1C6ZA 4YCKA 4M8YA 5P1SA 3VFAA 2IKOA 4DPFA 2P83A 3PSUA 4XX4A 3PB5A 2VA5A 4Y3QA 4N00A 3MSLA 2AVMA 3PBZA 5P5ZA 3WSJA 3BRAA 4EPJA 3S7MA 1AXAA 5KQFA 2IS0A 4LXMA 5C9BA 5HDZA 2JJJA 3O9GA 5P28A 1RPIA 1E82E 3EM6A 4EP2A 3PLDA 5P79A 5OZYA 2P8HA 5P78A 3SA3A 2FXDA 5P7KA 1MTRA 2F81A 3PJ6A 5P5PA 4Y3FA 1EPOE 3APRE 2B7ZA 4JP9A 4OBDA 3QPJA 1HOSA 3EKPA 5EZZA 3OK9A 2PYMA 3CMSA 2R3WA 4ZPEA 3BUGA 4AUCA 2OHLA 2IQGA 3D1ZA 5P8DA 1EPRE 4Y4BA 3IGBA 4FE6A 4FM8A 3IXJA 3S8IA 5P46A 3WZ7A 5P4EA 4DJUA 3HW1A 1HSHA 4X2LA 2VIJA 1UH8A 4Y4GA 4Y41A 5I3VA 3OOZA 1EPPE 3BGCA 2XFJA 1YM4A 5P2ZA 5OYWA 2ZJIA 1KJGA 1APTE 1MESA 2CENA 2V16C 4Z50A 4Z4XA 3RTHA 2AQUA 5P20A 2HC0A 1SDVA 2WL0A 5P88A 5P89A 3TKWA 5P14A 5P18A 1SIPA 2NXLA 2OHQA 4KUPA 3M9FA 1LYBA 4B72A 4E43A 1J71A 2QNQA 3K5GA 3MSJA 3OTSA 5I70A 1EPNE 1SP5A 1HEGE 3HVPA 4DJRA 5P0MA 3NXEA 5AH9A 4OBKA 1LYAB 4QLHA 3UQWA 5P3FA 2WJOA 3NU5A 4AA9A 4K9HA 2PK6A 3QS1A 5P8SA 3LIXA 5JFUA 2AOEA 5P6RA 5P0DA 5SXNA 3OU4A 1EC3A 3DOXA 1HVRA 5P7YA 5P7VA 4EQ0A 2Q3KA 3RSXA 2QMPA 5P6AA 1BVEA 2QI6A 5F01A 4A6CA 3EKTA 1AJXA 4L7HA 5P4IA 4J54A 4ACUA 5DR0A 2AOJA 5OZRA 2PH6A 3FIVA 3SA6A 2PWCA 4Y4DA 3AIDA 5P85A 4R8YA 3KMYA 3WZ6A 1BDQA 4CMSA 5P43A 2G1RA 1DW6C 1TSQA 3OADB 2NNKA 1MT9A 3O9EA 2NNPA 1B6KA 4J1KA 3OU3A 1ODYA 5HD0A 1A8KA 3D3TA 3UFNA 5P2GA 5IVRA 2AZ9A 3O9FA 5DGWA 4OBFA 4Y4XA 2HS1A 2EWYA 3SA8A 3B7VA 5AGZA 5HE5A 5KAOA 3PVKA 2OAHA 3BUHA 2QCIA 2Q11A 3OU1A 1PPKE 5OZLA 4Y5GA 2IKUA 5P0GA 3HLOA 1EAGA 2RSPA 1GVXA 1M43A 3NDXA 2ZYEA 1W5WA 2HPEA 5P87A 5P77A 5HCTA 1MERA 1D4JA 2JJIA 1QBRA 4ZPFA 3SA9A 4FAEA 1SGUA 3DCKA 5P4WA 4GJDA 3WZ8A 2ER6E 1AZ5A 5P7ZA 1BXOA 5P3KA 1B5FB 1ZPKA 2OHPA 5KQYA 4I12A 3VSXA 1IVQA 3LHGA 4FL8A 4FSLA 5KR0A 2Q63A 3TH9A 5P7TA 4Y9WA 5OZIA 1HPOA 5DQ4A 2SAMA 4FLGA 2FNSA 2JXRA 2BJUA 4Y39A 2ZHSA 5P0QA 4HE9A 4J1FA 2OHNA 5P6VA 4L7JA 1QBUA 3OTYA 1E80E 5P7HA 3OQAA 1KJHA 4Y3SA 1VIJA 4J0VA 5P2YA 1ZAPA 2I4QA 2A1EA 4R91A 5C9FA 5P8IA 4PYVA 3EBZA 1C6XA 1ZLFA 2V13A 4ZPGA 5P1HA 2FLEA 5CONA 3L59A 1A8GA 5P76A 1KJFA 2VIZA 5PEPA 4GZFA 4CPRA 3SQFA 5P41A 1W5VA 1CPIA 2O4LA 1FFIC 3KFSA 2G20A 2I4DA 2QMGA 2P4JA 4TVHA 1CMSA 3BHEA 2RKGA 4FM6A 3EL1A 1NPVA 3OGQA 3EMYA 5AH8A 2R5QA 5ISJA 1NH0A 5P4FA 5P1JA 5P40A 3UDHA 3UFLA 4MC1A 5OYRA 3NDTA 4FRJA 4MC6A 2RKFA 1HTEA 4Y36A 4PHVA 4Y4EA 1ZBGA 3HDKA 3EXOA 4Q5MA 4Y3AA 5OZWA 5P3YA 3ST5A 1T6GA 4FRSA 5ENKA 4Q1YA 3DJKA 3I6OA 2I4WA 5P5JA 4JPEA 2BPZA 3EKXA 3PWWA 4NJVA 3INEA 3IVIA 4MC2A 4GJ5A 4KB9A 3FSMA 3GGAA 5P6XA 2HPFA 1T3RA 1BV7A 5P6OA 4Y6MA 5IVSA 5P3RA 4Y3DA 4ZLSA 3G6ZA 5IVQA 3TNEA 1QBTA 5P0VA 5P4ZA 5DR3A 3SKFA 3INFA 3R0YA 5P8VA 3QRMA 3IA9A 5P0IA 2G1SA 1MSMA 1MUIA 1SGZA 2IDWA 3EKVA 3OXCA 4M8XA 4OD9B 3N4LA 3U71A 5P71A 5P6PA 4RYGA 3I25A 4YBIA 5P0WA 4TVGA 5P6UA 5OZTA 5P17A 5P04A 4ZIPA 5P23A 4U7VA 3UDNA 1F7AA 5ER2E 4LBTA 1PROA 5P4UA 4Z22A 5P38A 2I4VA 4APRE 3OQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OD9 A;  3H0B A;  4NKK A;  5DQ5 A;  2AVQ A;  5P0S A;  3L5D A;  2REN A;  1PSO E;  5I3Y A;  5P01 A;  5P8H A;  5OZH A;  3KM4 A;  3MSK A;  3K5D A;  2HB3 A;  4L1A B;  5OZG A;  4TRW A;  4AZY A;  2FGU A;  4YDF A;  5P0T A;  5P3I A;  5P6M A;  2V10 C;  1ZSR A;  5F00 A;  2QZX A;  3HBO A;  4GJ8 A;  3VUC A;  3FNS A;  1D4I A;  5P0F A;  3OAG B;  5TOL A;  1MT7 A;  2UXZ A;  3LIY A;  4Y3Y A;  2Q55 A;  4Y4U A;  4IVT A;  2J9J A;  5P1W A;  1LF3 A;  5P6E A;  4ER2 E;  1LEE A;  3Q3T A;  2ZJL A;  4R95 A;  2O4S A;  5HE4 A;  2F3K A;  1HSG A;  4OBZ A;  1MRW A;  1MSN A;  4I0G A;  1SH9 A;  2QI1 A;  5BWY A;  4I0H A;  3ZPS A;  5P3L A;  5P53 A;  5P5F A;  7HVP A;  4FRI A;  4HLA A;  4RLD A;  3ZKQ A;  5P6Q A;  3S53 A;  4FIV A;  5P33 A;  5DGU A;  5UPJ A;  4J0P A;  2WEC A;  2VJ7 A;  3OUC A;  5P4K A;  4R5N A;  2BBB A;  5P5H A;  3PEP A;  5KR1 A;  5P1Y A;  3GGV A;  3PLL A;  5COP A;  4H3F A;  5P58 A;  3K4V A;  1WKR A;  1RV7 A;  5P6Z A;  5FIV A;  3K1W A;  5P3D A;  5P7C A;  4Y3M A;  1E81 E;  4J1I A;  4J1C A;  1LF4 A;  5P50 A;  1C6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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