The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIVPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Feline immunodeficiency virus
|
| molecule keywords |
RETROPEPSIN
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| total genus |
29
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 1998-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00077 | RVP | Retroviral aspartyl protease |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cathepsin D, subunit A; domain 1 | Acid Proteases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5P0L A; 1PPL E; 5P3F A; 2VIY A; 5HCO A; 5P63 A; 2ER0 E; 3SLZ A; 1SMR A; 5P1N A; 3O9G A; 1AVF A; 3EKT A; 4OBZ A; 5DQ1 A; 1SME A; 5OZP A; 3UF3 A; 4RGH A; 5P7Z A; 5P4X A; 3UTL A; 5DQ5 A; 5P06 A; 3EL0 A; 4HEG A; 5P4P A; 3K5C A; 4GB2 A; 4CPS A; 4ZSM A; 3BGB A; 3HBO A; 5C9F A; 4Y3F A; 4Y5M A; 1MT8 A; 3PLD A; 1BIL A; 5P2C A; 2QD7 A; 2FDD A; 2H6T A; 3PI0 A; 1LS5 A; 1IDB A; 4GJ8 A; 1W51 A; 5P81 A; 5DPZ A; 1RPI A; 4CMS A; 7UPJ A; 3R1G B; 3EL9 A; 3H5B A; 5P1A A; 3EM3 A; 5OYV A; 1HIV A; 3QRO A; 1MVP A; 4I0G A; 3TOF A; 3DJK A; 4J1C A; 2HC0 A; 1XS7 D; 4J5J A; 2QHZ A; 5P4F A; 1APV E; 1GVU A; 5P36 A; 5P2Q A; 3S2O A; 5P86 A; 4JPE A; 1BBS A; 2BBB A; 5P1G A; 5KQX A; 3PSY A; 4GZF A; 1TCX A; 4Y5G A; 4DQH A; 5P8R A; 3TPP A; 1K6C A; 1VIJ A; 4Q1Y A; 4KE0 A; 2P3B A; 4JOO A; 4HE9 A; 4R5N A; 4EQ0 A; 1CPI A; 5OZ7 A; 7HVP A; 1IZH A; 5P6J A; 1EPQ E; 3L59 A; 5OYU A; 5P14 A; 5IVQ A; 4LP9 A; 1HEF E; 5P25 A; 3OQA A; 4FSL A; 4Y5B A; 5P4W A; 5P6Q A; 3BXR A; 5P6F A; 5BWY A; 3OUB A; 1FQ8 A; 4Y3W A; 5P7P A; 4YD3 A; 1IZE A; 4YCK A; 1YTJ A; 5P0M A; 5P0V A; 2ZHR A; 3S7M A; 3CKP A; 1BV9 A; 3SM2 A; 1C6Z A; 1LYA B; 2P4J A; 3ZKN A; 4IVT A; 5HDZ A; 4Y39 A; 5P4E A; 3KT2 A; 3B80 A; 5SXN A; 5P74 A; 1W6H A; 3LIZ A; 5ER2 E; 3ZPT A; 4DI2 A; 1MET A; 2VJ6 A; 1PRO A; 1HPO A; 6UPJ A; 3RSV A; 3RU1 A; 3U6A A; 3O9H A; 3SA9 A; 4QJA A; 5P38 A; 4DUS A; 4MC1 A; 3L5C A; 1K6T A; 5P0H A; 5P2I A; 5P31 A; 4DQE A; 1TZS A; 3OOZ A; 5P8N A; 2I4V A; 3AUP A; 4Z50 A; 1APU E; 5P5P A; 2H6S A; 1FFF C; 1TSQ A; 3PJ6 A; 2PWR A; 2I4W A; 5P1O A; 3PSU A; 1HRN A; 5P2J A; 5P8P A; 5P7B A; 4FRS A; 4EQJ A; 4QJ2 A; 4R92 A; 5DR8 A; 3EC0 A; 1SDU A; 2QU2 A; 3QIH A; 4HLA A; 5P58 A; 4PPH A; 3SPK A; 5IVT A; 2QI4 A; 5P3R A; 3EL1 A; 5C9B A; 5P1Z A; 4J0T A; 2B7F A; 2QHC A; 3EXO A; 4Y45 A; 5P7R A; 3CIB A; 5AH9 A; 2VS2 A; 1GVX A; 3OQK A; 4Q1X A; 2QMD A; 4OBH A; 1QBT A; 4PHV A; 5P10 A; 4RCD A; 1PSO E; 2OHN A; 4L7G A; 1FMX A; 3WZ6 A; 2QI3 A; 5DR1 A; 5ISJ A; 5P6X A; 3FKT A; 5P5D A; 3Q4B A; 5P6H A; 3RTM A; 1HVS A; 1SGZ A; 1EC2 A; 3TTP A; 1MUI A; 1IVQ A; 2AOF A; 1DW6 C; 4YA8 A; 5HU1 A; 2B8V A; 3BVB A; 5P17 A; 2XFK A; 3QS1 A; 4ER2 E; 2AZC A; 2NNK A; 2PMA A; 2WF1 A; 4ZPF A; 3KFP A; 5P87 A; 4PYV A; 5OZA A; 3UCB A; 1YTG A; 2V0Z C; 2G1Y A; 2Q15 A; 3WZ7 A; 3UPJ A; 1PSA A; 2IEO A; 4WTU A; 3DV1 A; 5P69 A; 2HPF A; 1LYB A; 4OC6 B; 3SQF A; 3TLH A; 1FKN A; 1MRW A; 3I25 A; 1EBK C; 4FRK A; 3VLB A; 3UDM A; 4E43 A; 3TOH A; 5OZ0 A; 1HVJ A; 3OUA A; 3KDC A; 5P3V A; 4J54 A; 4UPJ A; 2Q64 A; 4QJ7 A; 5P16 A; 1CZI E; 4ZSR A; 1NSO A; 1IIQ A; 2ER7 E; 5P5L A; 4Y4G A; 5OZU A; 4EXG A; 3LIY A; 3O9I A; 2AZ8 A; 2HS1 A; 5P3E A; 4B1D A; 2AOG A; 4YD7 A; 5P08 A; 4Y5N A; 2FNT A; 4I10 A; 5DR4 A; 2JE4 A; 4NJU A; 3M9F A; 4WY1 A; 1SGU A; 5P24 A; 5P4T A; 5HDU A; 4NJV A; 5P3B A; 5P1R A; 3QRV A; 3VFB A; 5ER1 E; 3VV7 A; 4B1E A; 3PBZ A; 3G72 A; 2ZGA A; 5P7Q A; 1C6X A; 5P1V A; 5AHA A; 2BKS A; 5IVS A; 1D4K A; 4YOA A; 5OZN A; 3LHG A; 5P07 A; 3GGV A; 3SA7 A; 5P1E A; 4OBK A; 4GJ6 A; 3WB5 A; 4N00 A; 4LBT A; 1B11 A; 2ZJN A; 5JFU A; 2QCI A; 5KAO A; 2NMY A; 5P3X A; 3UDR A; 1CMS A; 1BXQ A; 2UY0 A; 3K1W A; 1XN2 A; 5P5V A; 1C6Y A; 4J17 A; 3JVY A; 4D85 A; 2HM1 A; 5P4Z A; 3PCZ A; 1WBM A; 3IVH A; 5P7V A; 5P3M A; 4OD9 A; 4OBJ A; 4Y44 A; 2WEB A; 1G0V A; 5P46 A; 5P68 A; 2B7Z A; 1XDH A; 4GJD A; 3PMY A; 2PH6 A; 3KM4 A; 5P8C A; 2WEZ A; 4Y3G A; 2O4S A; 5E5K A; 3IND A; 1OEW A; 5P18 A; 3HW1 A; 5OZ8 A; 1FEJ C; 4YBI A; 2VA6 A; 3OUD A; 4LAP A; 3HVG A; 2QP8 A; 5I3V A; 4DQB A; 4HDF A; 2QD6 A; 3SFC A; 2FXE A; 3QAA A; 5P52 A; 5P3D A; 4ZLS A; 2P83 A; 5P42 A; 3HVP A; 4DQG A; 1PPM E; 5OZF A; 4KE1 A; 5P4Q A; 3VEU A; 4F74 A; 1WKR A; 3APR E; 3IVI A; 5P51 A; 4Y5K A; 1SDT A; 3OY4 A; 4Y5P A; 2APR A; 5P0I A; 5I3W A; 4J1I A; 4Y4U A; 3O9L A; 3ZOV A; 2P3B B; 3EKQ A; 3O99 A; 5P5T A; 2XYF A; 5DQ4 A; 3UQR A; 5P2E A; 1PFZ A; 5P44 A; 1YX9 A; 1T6G A; 5ISK A; 1MEU A; 5OZT A; 3QVI A; 2V13 A; 1UH9 A; 1ZSR A; 5P2W A; 3SO9 A; 1U8G A; 3ER3 E; 3KN0 A; 5P2T A; 5P8B A; 1YM4 A; 2G27 A; 5P8A A; 1LV1 A; 2HPE A; 5OZH A; 1FQX A; 2O40 A; 5P2Y A; 2OHQ A; 2WED A; 4Y51 A; 3IXO A; 2I4Q A; 5P2B A; 2WL0 A; 3UDN A; 3GI0 A; 1HBV A; 5AH8 A; 2P3A A; 3KF0 A; 1BVG A; 1EC0 A; 1IZD A; 1HIH A; 4AMT A; 5P11 A; 1T7I A; 3R0Y A; 5P73 A; 5P8E A; 2O4K A; 2WKZ A; 5P4D A; 5P3Z A; 3B7V A; 3SKG A; 1HXW A; 3SA5 A; 4BFB A; 1UPJ A; 4FM6 A; 2OAH A; 3DV5 A; 5IS4 A; 1EC3 A; 4DJR A; 4F76 A; 3MXE A; 2BPZ A; 3GGX A; 5P4H A; 3C9X A; 2Q55 A; 4NJS A; 3HLO A; 2G21 A; 2ZJL A; 2XFJ A; 5P20 A; 5OYR A; 5P1Q A; 1RV7 A; 2QZX A; 5P3N A; 2V11 C; 1K2B A; 2PQZ A; 5P8V A; 4FAF A; 2IQG A; 2RKG A; 3O9F A; 3H0B A; 5OZD A; 1ER8 E; 5JG1 A; 4QLH A; 5P45 A; 5OYS A; 5P47 A; 3BVA A; 1K1U A; 1HEG E; 4TVH A; 4GJA A; 4Y37 A; 3NU6 A; 4RZ1 A; 2FNS A; 5OZX A; 1HTR B; 5HU0 A; 4DVF A; 4CPU A; 1BVE A; 4RCF A; 5AGZ A; 3VG1 A; 5P0N A; 3SA4 A; 2B60 A; 3OXV A; 3OAD A; 3KMX A; 5P0P A; 5OZQ A; 3SA3 A; 4Y53 A; 4Y4E A; 3EL4 A; 2OHK A; 3GI5 A; 2AOI A; 5P62 A; 5P5I A; 2FLE A; 1G6L A; 5OZI A; 1KJ4 A; 4K8S A; 2G22 A; 1AXA A; 5P5B A; 4HA5 A; 1ME6 A; 5I3Y A; 3MSJ A; 3R2F A; 1HSI A; 3QRM A; 5KQF A; 4FCO A; 5P5Z A; 1ODW A; 3O9C A; 5OZR A; 4KUP A; 5P1F A; 5HTZ A; 1OEX A; 5P7G A; 3APP A; 3VFA A; 5OZO A; 5P84 A; 4XKX A; 5P4R A; 4DV9 A; 2QI7 A; 5P8D A; 5SZ9 A; 5P5E A; 1BDQ A; 5P43 A; 4J0Y A; 5P8U A; 5P7L A; 3EMY A; 3NDX A; 1LYW B; 5P71 A; 4OBD A; 4Y50 A; 5P37 A; 3OAG B; 1RNE A; 2ER6 E; 5KR2 A; 1SIP A; 4I0F A; 3OU4 B; 5P1U A; 1MT9 A; 3KFS A; 3NU5 A; 1BWB A; 1E82 E; 5P0A A; 5P0B A; 3BHE A; 4DH6 A; 4CP7 A; 4LL3 A; 1EAG A; 5P7M A; 5P85 A; 4RVI A; 3INF A; 5P5M A; 3FNS A; 2VJ7 A; 4FM8 A; 3NXE A; 1HTF A; 3GI4 A; 4Y3X A; 4Y41 A; 2G1N A; 2QD8 A; 2RSP A; 3INH A; 3URI A; 1EPM E; 2R3T A; 5P3A A; 5P1D A; 5P26 A; 3TOG A; 1MSN A; 2VNM A; 4Y56 A; 4Z4X A; 3TKG A; 1W5W A; 4J55 A; 4L7H A; 2O4P A; 3QPJ A; 3ECG A; 5OZK A; 4I8W A; 5OYT A; 5OYX A; 3BRA A; 1B6P A; 4I0D A; 1A30 A; 4RYG A; 3T7P A; 4ZPG A; 4RRS A; 5C9D A; 5P32 A; 5P03 A; 5P6R A; 2AVV A; 4Y3D A; 1B6J A; 5P3L A; 3KFN A; 2I0D A; 4RRN A; 3NUJ A; 4I12 A; 2G1R A; 5P7Y A; 5P6B A; 1K2C A; 3EKP A; 2PSV A; 3Q3T A; 2ZJK A; 4RVX A; 4Y3H A; 1XL5 A; 2FGV A; 5P5X A; 4J1F A; 3PBD A; 3QI1 A; 3Q70 A; 4GID A; 1IZI A; 1SP5 A; 5P1C A; 4PEP A; 3FIV A; 2QI0 A; 2QZL A; 5P4O A; 4GJ5 A; 1ZPK A; 5P7U A; 4J0P A; 5P19 A; 5I3X A; 1FMB A; 1G2K A; 3VYE A; 3U7S A; 3VF3 A; 5P12 A; 2NMZ A; 5P41 A; 2WF2 A; 3A2O A; 3QRS A; 5OYQ A; 1M0B A; 5CON A; 4I8Z A; 8HVP A; 3OUD B; 5P0S A; 1AJX A; 3Q6Y A; 3UQW A; 1MSM A; 5P7W A; 2G94 A; 4I0E A; 2AVS A; 4ZSQ A; 3JVW A; 4Y5C A; 1SBG A; 3SAB A; 3LIN A; 5P2V A; 3VCM A; 2V16 C; 3R0W A; 5P23 A; 3BGC A; 2R43 A; 5P5H A; 3RVI A; 4YD4 A; 4PZX A; 4GJB A; 4Y58 A; 4J0V A; 3O9D A; 3UDJ A; 2AID A; 1OD1 A; 5P6I A; 3UDY A; 4LC7 A; 4Y3A A; 5P1X A; 5OZC A; 5P2M A; 4HDP A; 3U71 A; 2AVM A; 2FIV A; 1FQ5 A; 3OTS A; 5P0F A; 4NPT A; 5P56 A; 3NYG A; 3LIV A; 4CPW A; 1IVP A; 4ACU A; 4J0Z A; 5OZB A; 2I1A A; 5P6V A; 3OXX A; 1EBY A; 5AHC A; 2BPY A; 4YOB A; 3CID A; 4Y48 A; 4Y54 A; 1HSH A; 1GNN A; 4F73 A; 2AOC A; 2WHH A; 4U8W A; 2QZK A; 5P40 A; 3OU1 A; 5P5W A; 4CPT A; 2R5Q A; 4FRJ A; 4OBF A; 5P50 A; 3OXC A; 2WF0 A; 1DIF A; 1TSU A; 3QBF A; 3S85 A; 1JLD A; 3O9E A; 4H3J A; 5P0Q A; 1D4J A; 2B8L A; 3LPI A; 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