6FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIVPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6fivA00
3QVIA 2I1AA 5P2TA 1TW7A 1KZKA 5P6QA 1IZIA 1GVWA 4ER1E 4YE3A 1ER8E 5P5CA 1B6MA 5P88A 2WF1A 2AVOA 5P4IA 3INDA 3B80A 1BV9A 3PWMA 4OC6A 4Y41A 5P2VA 5AHAA 5P64A 5P6KA 3GGAA 1ZAPA 1ZSRA 4DJWA 2ER0E 4GJ8A 3NU9A 1ZPKA 3CKRA 4FE6A 3FNSA 5P8AA 4CPQA 5P3ZA 5P5RA 1C6XA 2QI4A 1WKRA 2WECA 5P8PA 4ZPGA 1GVTA 5P7PA 2VKMA 5P17A 2WEAA 3NU5A 3I6OA 5P5YA 5P68A 5P1QA 5P6JA 5P7VA 3QVCA 3HAUA 2P4JA 5OZ6A 1HPXA 5P4YA 5P3IA 3BGCA 4Y3XA 2ZHUA 3L59A 2WF2A 1HHPA 4NPTA 4Y3WA 3BUFA 5P6SA 5P8UA 1EC3A 2G20A 4FL8A 2P8HA 5P16A 3D1ZA 2ER6E 4PPHA 4Y5CA 5BWYA 5P7AA 1OEWA 5DR1A 4LXMA 3EKYA 4J0ZA 2MIPA 3UDHA 3KMYA 3K1WA 5P0GA 1W6HA 1MSNA 4Y9WA 2A4FA 2VA5A 3RTMA 4D83A 4I0ZA 5OZGA 4A6CA 1D4IA 4EHCA 1D4SA 2JJJA 5P62A 3ZL7A 1FQ5A 3RSXA 3ZKIA 1VIJA 2VIEA 2WF4A 3S53A 4E43A 3FSMA 5P8RA 5P4SA 3BVAA 5P1AA 2FMBA 4RRSA 2QI6A 2QD8A 3SFCA 4Y3EA 1QS8A 1U8GA 3D3TA 4J0VA 3TOGA 2FIVA 1LYAB 5P4CA 3O9IA 4EJKA 5P37A 2RSPA 4K9HA 4AA9A 2Q54A 3NDUA 3ZPTA 5IS4A 5ISKA 4B00A 2RENA 4QJ9A 5P2WA 4LAPA 5P42A 3O9LA 5P6EA 3MSLA 1W51A 5P2KA 5P71A 3T6IA 1GVVA 3UF3A 5P84A 5P0MA 1KJFA 5OZ8A 3CKTA 1FQ8A 7HVPA 4WY1A 5AHCA 2PK6A 4YBIA 5OZ7A 4CPSA 1CMSA 3PWRA 4QJ7A 1GVXA 5DGWA 3PHVA 3TTPA 3OAGA 4FAFA 5OZAA 3OOTA 5P8LA 3O9FA 2QHYA 5P1WA 2OHNA 3K4VC 2WHHA 5HE7A 4Z2ZA 1N49A 5KAOA 3NSHA 4M8YA 5P4XA 2FXEA 5P5JA 5P8OA 4I0IA 2IS0A 3PBDA 3UFNA 1NPWA 2B7ZA 4NJSA 5P5NA 2RKGA 3BVBA 4L7GA 5P4GA 3QPJA 1MIQA 3UTLA 5P6MA 5P63A 4BFDA 5P2GA 4UPJA 2ZDZA 3VUCA 6FIVA 5JFPA 2P3DA 5P4LA 4BELA 5I3YA 5OYWA 5DR3A 4JOOA 5IVSA 1AZ5A 3NUOA 2BBBA 5P74A 5P6GA 4XKXA 5P7MA 5P5VA 2G26A 4GMIA 3ZLQA 3ER3E 5P69A 3TPRA 2ZYEA 3UQWA 1KJGA 3NXEA 4Z22A 1ODXA 1D4KA 1W5XA 2OHUA 3VV8A 2OF0A 4ZSQA 2CEMA 4OBZA 5P85A 5OZBA 1W5YA 1BIMA 4ZSMA 5P3UA 1FIVA 2VA6A 1A9MA 3SKFA 3UDNA 1PPLE 5P6VA 1GNOA 5TOLA 2QP8A 1T7IA 1SGUA 3VLBA 4Z4XA 2V00A 3KFSA 4TVHA 5P26A 5P3LA 3N3IA 2IQGA 2O4PA 5P2SA 5P3YA 1EBKC 3Q6YA 1WBKA 1ODYA 4I0DA 3Q70A 2O4NA 4NPUA 5DQCA 3R4BA 5P3PA 2ZHVA 5P06A 4Y5EA 4L7HA 3AUPA 4I0EA 5OZXA 2NXMA 4Y3NA 5SY3A 2O40A 5P25A 5P28A 5P45A 2Q5KA 2PMAA 3LZYA 3URLA 5HDXA 1CPIA 2OHKA 1EPQE 4K8SA 5OZ9A 3F9QA 4J0YA 5DQ5A 4Q1YA 2IKUA 3NLSA 5AH8A 5P70A 3EM4A 5HDVA 5P72A 5OZ1A 4GB2A 2VNNA 4OBDA 3UDYA 4L1AA 1LF3A 2ANLA 5P5IA 4OC6B 1Z1RA 4QJ8A 4B1EA 5P13A 4Y3JA 2QU2A 1RQ9A 2R3WA 5P4WA 3APRE 3CMSA 5P20A 3OTYA 1EPPE 1HVKA 3HBOA 2OHQA 5P0SA 2R9BA 2O4LA 2HM1A 4YBFA 5P3DA 3OU1A 1HIHA 4YD6A 3ZKNA 1LF4A 5P02A 3D1XA 3SO9A 2AOFA 3LIZA 4B05A 5P8QA 5SXNA 1W5WA 5P4ZA 3LPJA 3VLAA 5P2ZA 4J5JA 5IE1A 4Y5KA 2WKZA 4FGXA 2AVQA 3I25A 2AIDA 3CYXA 2FLEA 1XS7D 5P5WA 4J1EA 3UFLA 4Y3MA 3O9HA 3HD8A 4HE9A 5KQYA 4PHVA 5P1TA 2BPVA 4LXAA 2F3EA 3CKPA 5OZNA 4RCFA 6UPJA 5P8GA 3NU6A 5OZJA 5P4TA 3PMYA 3GI0A 1HSGA 4Y5AA 3HVPA 2H6SA 5P6HA 1HWRA 5P4HA 3KF0A 1FB7A 4X7IA 2IENA 2HB4A 2V12C 3U71A 3RTHA 5E5KA 4FM8A 5P3OA 5P5KA 5P0TA 5P0ZA 3IN3A 1F34A 4R5NA 1D4YA 1DW6C 1RNEA 2F80A 2QMPA 5P30A 3SKGA 5P6OA 3NXNA 1LZQA 1XDHA 4R93A 1Z1HA 4Y4BA 4XXSA 4GJBA 2HB3A 2G27A 5P7XA 2QI0A 3O9LB 5OZZA 1BXQA 2WEZA 3OQDA 5P56A 5P2YA 2B42A 2RMPA 3GGUA 5P77A 4GJDA 4FM7A 4HDFA 4LL3A 2AOGA 3PCZA 5P3GA 3OTSA 3QI1A 5OYSA 1FQ6A 4CPTA 4EP2A 1OHRA 5SZ9A 2BB9A 5CONA 3PB5A 3T7PA 4D8CA 1Z8CA 5P23A 3APPA 1LV1A 3OAGB 4LHHA 4RVXA 1XE6A 2O4KA 1QBRA 4HEGA 1HBVA 3EKPA 5P6RA 3ZKGA 5P4PA 4Y50A 1HVJA 2OAHA 5ER2E 4CKUA 3KFRA 5OZOA 4GJ7A 5P5TA 5DR7A 2Q64A 2F81A 1FMBA 4Y43A 4H3JA 4Y4XA 1META 3VCMA 3R0YA 8HVPA 4CP7A 4DFGA 5P79A 3L5EA 1BILA 1XL2A 1PROA 1IZHA 3RSVA 4Y39A 1OD1A 2WJOA 5P6BA 1HPSA 1LYWA 4Y4UA 3UPJA 4PZXA 2H6TA 4FCOA 4KE1A 5P0IA 2Z4OA 3LZSA 5P76A 1EPME 2PWCA 1MSMA 1B6PA 3L58A 4ER2E 2HPEA 2UXZA 4CPXA 1YM4A 2B7FA 1AJVA 1W5VA 2IL2A 4H3FA 5FIVA 4D85A 4H1EA 4Y3AA 5P1EA 2G21A 4GZFA 5P1VA 4AA8A 3OUBA 5OZLA 3DM6A 3WZ6A 2RKFA 4ZLSA 1T3RA 3UCBA 5OZ2A 5P18A 2QZLA 5P3QA 5P89A 1PSNA 4OBJA 2V13A 4FS4A 5P7TA 3PVKA 1T6GA 3SAAA 1XN2A 4J1KA 5P34A 4GJ6A 3OK9A 5J25A 5I70A 4OD9A 4DQFA 3NWQA 5P4KA 3O9BA 3QAAA 5P6UA 5P8VA 5P6FA 3S54A 3NYGA 5P7YA 3S7MA 3SA3A 3NUJA 2WEDA 5OZFA 2FDPA 2QNNA 2QI3A 4YOBA 5P1XA 1ENTE 5P14A 3EL9A 5P75A 1B6LA 3PLDA 5P35A 1FQXA 3QP0A 4Y5NA 3FNTA 4DQHA 4Y5LA 2F3KA 1FQ4A 2PSGA 4F75A 1HXBA 3PI5A 5P08A 2AZ9A 4L1AB 5P5BA 4Y5PA 2QHCA 5UPJA 1BVEA 1TCXA 1YX9A 1EC1A 5OZ0A 3I2LA 5P1CA 3QIHA 4KB9A 4HZTA 2NMYA 5P05A 3L5FA 1UH7A 4FRSA 3SA9A 4BFBA 5KQFA 5C9BA 4HA5A 2ZE1A 5HU1A 3SACA 5P2XA 4DUSA 3GGXA 3UDRA 4Y4WA 2G94A 4Y5GA 5P5OA 2I4QA 3D1YA 3OU1B 2G24A 5OZSA 2PC0A 3NDTA 1MTBA 4ZEAA 5P82A 1DIFA 5P0QA 4RLDA 5P6TA 4EXHA 3O9CA 4AZYA 3S2OA 3OXCA 1ZJ7A 4X2LA 5P3KA 3BRAA 3EKWA 2IRZA 4LC7A 4RCEA 5C9DA 3MSKA 1YTIA 5P0AA 1QDMA 5DQ2A 5OZQA 1SBGA 2J9KA 3BHEA 1AXAA 5P1FA 5P2IA 2B60A 3QBHA 2AOHA 5P4AA 5AHBA 2JXRA 5P7OA 4YCYA 5P4BA 1MTRA 5P0KA 1ZTZA 4GYEA 4S1GA 5B18A 2V16C 5P7RA 3CIBA 5P5XA 1TQFA 2AZBA 4J1HA 4M8XA 1HRNA 4Q1WA 2I0AA 3TKGA 4KE0A 1IBQA 2AOJA 1W6IA 4YCKA 3URJA 3DCKA 5P27A 1AJXA 1FF0C 5P54A 4Y3LA 1IIQA 3T7QA 4Y48A 3LIQA 3KYRA 2HS1A 1ZSFA 4IVSA 2ZJJA 3G6ZA 3IXJA 3TKWA 5JFUA 3KA2A 4Y47A 1AAQA 2AZCA 5P2JA 5P8IA 2WL0A 4DVFA 4Y3YA 5P0YA 5OZPA 3LZVA 1XE5A 3KM4A 4QLHA 4HDPA 4AUCA 4Q1XA 2G22A 5P3EA 2ZJLA 3CIDA 1D4LA 4Y4JA 3UHLA 2ZHSA 5P1KA 3SA5A 2NNPA 3MXEA 3PLLA 4Y3DA 1EPOE 5OZ3A 3WZ7A 4ACUA 2VNMA 3K5CA 4GJAA 5P04A 5P1YA 3K5FA 5OZVA 3S85A 1B6JA 3EKTA 3KT5A 1MRXA 3LZUA 2Q11A 2I4XA 3ECGA 5P2UA 2QHZA 3UQRA 5DPZA 4DH6A 2HB2A 3OGQA 1KJ4A 1SIPA 5P8CA 2IDWA 5P2BA 4OBFA 5P1OA 1LF2A 5P8SA 5P0RA 3R2FA 5BS4A 5AH7A 1RL8A 1F7AA 4R92A 4Y3FA 5P48A 3I7EA 3LIYA 5APRE 3SM1A 3EMYA 1HSIA 5OYVA 1BWBA 1LYWB 5HE5A 2I4UA 5P83A 1APWE 4EYRA 1MERA 3M9FA 5P6CA 5P7BA 4FIVA 3URIA 3R1GB 4APEA 5HD0A 3IVHA 5P03A 5P65A 3ST5A 4GJ5A 2NR6A 1HIIA 5P43A 1GNMA 2R38A 5OZIA 3K5GA 1MT9A 5OZKA 3EC0A 3SPKA 5P57A 2QAKA 2FNTA 2G1SA 4FAEA 2ZJNA 3FKTA 4MC6A 5P67A 5P15A 5P46A 4B0QA 5P40A 1SP5A 1EBYA 4APRE 4R91A 5P7EA 1K2BA 1FFIC 1E82E 3UQUA 2JE4A 4HVPA 2PSUA 3L5BA 1HTGA 4HLAA 4Y3GA 5P5PA 4ZSPA 4QJ2A 3GW5A 4I0GA 1IVQA 1LYBA 3S43A 5P1DA 4OD9B 4DQBA 2UPJA 2R5QA 4Y3PA 4RVIA 2I4WA 4JPEA 3S56A 5ENKA 5OYQA 3H5BA 5OYUA 5OYXA 2BKSA 1NPVA 3ZMGA 2SAMA 5P8JA 1FLHA 4K4PA 4A4QA 5P7FA 5C9FA 1NPAA 3UDJA 5KR1A 1LEEA 5P2FA 3HLOA 4D88A 5P6PA 4DQEA 2BPYA 5OZ4A 5OYZA 4QJAA 3QRMA 5P3HA 5IVRA 4CMSA 3O9EA 3DV5A 5P44A 2NTRA 1IZEA 3T3CA 5P5DA 1BWAA 3INFA 1W50A 1LS5A 3D20A 1SDUA 1DAZC 3PMUA 5P81A 2APRA 3ER5E 4ZSRA 4LP9A 1EAGA 3IAWA 1T6EX 2QD6A 3DJKA 1DPJA 3MSJA 3EL5A 2BQVA 5OZUA 3HZCA 4DJVA 3TPJA 1HEFE 5P4QA 4ER4E 2Q15A 5P41A 5P1BA 2QMDA 1E5OE 1B11A 4Y37A 1NSOA 4I8WA 2CEJA 2R43A 4Y5MA 2I4DA 5HTZA 4Y36A 4J0TA 1BV7A 4Y3TA 3WB5A 3PRSA 4BEKA 4Y4GA 5F00A 2XFIA 5P50A 4J1FA 3OQKA 3QN8A 4DJUA 1MVPA 4XX4A 5P6WA 3NU3A 4LXKA 1YT9A 1T7KA 4RVJA 3OHFA 5P6LA 3O99A 2FDDA 2OHRA 1M4HA 1MT7A 2Q63A 5DQ4A 4I12A 4OBHA 1HIVA 4DJPA 2WF0A 4EXGA 3WB4A 2B8LA 5P0PA 1A94A 5P4JA 2V10C 2P3BA 3K5DA 2JJIA 4Y4ZA 3VYFA 3SA8A 4DPIA 1T7JA 4B70A 4ACXA 2ZGAA 1EC2A 1M0BA 4RZ1A 5HDZA 4DJXA 4DJOA 3TL9A 5P31A 4DQGA 5P8HA 4I11A 3NU4A 5P0DA 3G70A 2VIZA 3BGBA 4N00A 5IVQA 4Q1NA 2PYNA 4QGIA 5OZRA 5P0XA 2G1RA 5P0NA 1RPIA 5P3NA 1EEDP 2BPXA 4JECA 5P8NA 5F01A 5P1HA 2FGVA 5P6IA 2QI5A 5P2QA 1NH0A 3BUHA 5P22A 2PQZA 3RTNA 1YTHA 3KDCA 3OHHA 1TSQA 3UQXA 2NPHA 5P2NA 2AODA 2AVSA 2VJ6A 1FMUA 2HC0A 2ZJKA 3INHA 5P33A 1B5FA 3DK1A 3KFNA 5DR4A 2VIJA 3GI4A 2ZJMA 3EXOA 5P0VA 4B78A 4ZIPA 5OZHA 4GJ9A 3VF7A 5P49A 1ZP8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QVI A;  2I1A A;  5P2T A;  1TW7 A;  1KZK A;  5P6Q A;  1IZI A;  1GVW A;  4ER1 E;  4YE3 A;  1ER8 E;  5P5C A;  1B6M A;  5P88 A;  2WF1 A;  2AVO A;  5P4I A;  3IND A;  3B80 A;  1BV9 A;  3PWM A;  4OC6 A;  4Y41 A;  5P2V A;  5AHA A;  5P64 A;  5P6K A;  3GGA A;  1ZAP A;  1ZSR A;  4DJW A;  2ER0 E;  4GJ8 A;  3NU9 A;  1ZPK A;  3CKR A;  4FE6 A;  3FNS A;  5P8A A;  4CPQ A;  5P3Z A;  5P5R A;  1C6X A;  2QI4 A;  1WKR A;  2WEC A;  5P8P A;  4ZPG A;  1GVT A;  5P7P A;  2VKM A;  5P17 A;  2WEA A;  3NU5 A;  3I6O A;  5P5Y A;  5P68 A;  5P1Q A;  5P6J A;  5P7V A;  3QVC A;  3HAU A;  2P4J A;  5OZ6 A;  1HPX A;  5P4Y A;  5P3I A;  3BGC A;  4Y3X A;  2ZHU A;  3L59 A;  2WF2 A;  1HHP A;  4NPT A;  4Y3W A;  3BUF A;  5P6S A;  5P8U A;  1EC3 A;  2G20 A;  4FL8 A;  2P8H A;  5P16 A;  3D1Z A;  2ER6 E;  4PPH A;  4Y5C A;  5BWY A;  5P7A A;  1OEW A;  5DR1 A;  4LXM A;  3EKY A;  4J0Z A;  2MIP A;  3UDH A;  3KMY A;  3K1W A;  5P0G A;  1W6H A;  1MSN A;  4Y9W A;  2A4F A;  2VA5 A;  3RTM A;  4D83 A;  4I0Z A;  5OZG A;  4A6C A;  1D4I A;  4EHC A;  1D4S A;  2JJJ A;  5P62 A;  3ZL7 A;  1FQ5 A;  3RSX A;  3ZKI A;  1VIJ A;  2VIE A;  2WF4 A;  3S53 A;  4E43 A;  3FSM A;  5P8R A;  5P4S A;  3BVA A;  5P1A A;  2FMB A;  4RRS A;  2QI6 A;  2QD8 A;  3SFC A;  4Y3E A;  1QS8 A;  1U8G A;  3D3T A;  4J0V A;  3TOG A;  2FIV A;  1LYA B;  5P4C A;  3O9I A;  4EJK A;  5P37 A;  2RSP A;  4K9H A;  4AA9 A;  2Q54 A;  3NDU A;  3ZPT A;  5IS4 A;  5ISK A;  4B00 A;  2REN A;  4QJ9 A;  5P2W A;  4LAP A;  5P42 A;  3O9L A;  5P6E A;  3MSL A;  1W51 A;  5P2K A;  5P71 A;  3T6I A;  1GVV A;  3UF3 A;  5P84 A;  5P0M A;  1KJF A;  5OZ8 A;  3CKT A;  1FQ8 A;  7HVP A;  4WY1 A;  5AHC A;  2PK6 A;  4YBI A;  5OZ7 A;  4CPS A;  1CMS A;  3PWR A;  4QJ7 A;  1GVX A;  5DGW A;  3PHV A;  3TTP A;  3OAG A;  4FAF A;  5OZA A;  3OOT A;  5P8L A;  3O9F A;  2QHY A;  5P1W A;  2OHN A;  3K4V C;  2WHH A;  5HE7 A;  4Z2Z A;  1N49 A;  5KAO A;  3NSH A;  4M8Y A;  5P4X A;  2FXE A;  5P5J A;  5P8O A;  4I0I A;  2IS0 A;  3PBD A;  3UFN A;  1NPW A;  2B7Z A;  4NJS A;  5P5N A;  2RKG A;  3BVB A;  4L7G A;  5P4G A;  3QPJ A;  1MIQ A;  3UTL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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