6FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIVPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6fivA00
3O9FA 5APRE 1K2BA 3FNSA 3CIDA 4EJKA 4EXGA 3EL1A 2ZGAA 1T6GA 1MT8A 1KJ7A 3NSHA 5COPA 5P4VA 3OUDA 1XE5A 3VF3A 4B05A 5P5MA 5P6ZA 2ZJNA 1W5YA 3PEPA 5P71A 3KF0A 3MXDA 5FIVA 4QJ7A 4TRWA 1DAZC 3O9DA 4I1CA 2FGVA 1AAQA 3WZ6A 2ER0E 1B6MA 2ZYEA 4J0YA 4TVGA 5AGZA 3ZKXA 3ZKIA 4NJUA 1IZHA 4Y3EA 3LIXA 2G1OA 1LF4A 5P5XA 3QRMA 4F76A 1N49A 4FRKA 5HE5A 4MC6A 1SDVA 3CIBA 5DQ4A 5P2QA 1RV7A 3WB4A 4Y4JA 1MPPA 2G1YA 5KQZA 1BDRA 1ME6A 3UDRA 3LNKA 3EL4A 3OXCA 4PEPA 1BV7A 3ZMGA 1EC3A 2XYEA 1MT9A 4Y5MA 1D4KA 5P3BA 3QAAA 4OD9B 4DJRA 2ZJHA 5IE1A 5P6GA 5P3ZA 4Y3HA 5P4PA 2PWRA 4X7IA 3OU3A 5HDVA 1ZJ7A 4GJ9A 4QJ2A 5HU1A 3UPJA 4Y45A 5P0KA 1PPLE 4Y35A 4YD3A 3UDHA 5P0OA 5OZJA 3VLBA 3SM1A 3F9QA 3QP0A 1GVWA 5T4SA 1QBSA 3O9HA 2VNNA 2ER7E 5P2KA 4COEA 2G22A 1XL5A 4ZSMA 5P40A 3KMYA 3U6AA 2G69A 3EL0A 5P2ZA 4LC7A 5P4CA 4I8WA 5OYZA 1RL8A 1BIMA 5OZRA 3INDA 4DFGA 3SA6A 4AA9A 6UPJA 5JODA 8HVPA 3DM6A 5P8GA 2ZDZA 1QRPE 5P2CA 1NPAA 4EQJA 5P5PA 3QS1A 5OZEA 5OZ3A 4Y4AA 4RCDA 2I4WA 4Y54A 2BQVA 2Q5KA 5P26A 4Q5MA 1ZBGA 3R1GB 5P1BA 2QI5A 4DUSA 4ZLSA 5AH6A 2FDEA 1E80E 5I3VA 5DR4A 2BPWA 3DCKA 3OADB 1FQXA 2OHLA 1B11A 5P4TA 3OUBA 4CPUA 1W50A 3IGBA 4YD4A 3Q70A 1IDBA 4FSEA 2J9JB 4RLDA 5P2IA 5I3XA 1Z1HA 2AOEA 2VJ6A 5P17A 3DUYA 5P8TA 4A4QA 2AZBA 2VA6A 9HVPA 4PYVA 5P6VA 1D4YA 4ZPFA 5P2RA 5P5OA 5P66A 3LZUA 4Q1WA 5IVSA 5P11A 3NUJA 4IVSA 1BVGA 3UQRA 2FGUA 4B1EA 1OEWA 3NDWA 4AZYA 5OZ6A 5P5FA 3VFAA 1LEEA 1AIDA 3QVIA 4NPUA 4YD7A 5P1YA 2BKSA 1ZSFA 4RCEA 3LIYA 3L58A 2WF2A 1SGZA 3OHHA 3K4VC 5P15A 3HAUA 2BPVA 3HVGA 4ACUA 2PK5A 3O9GA 2IL2A 3UQWA 1B6PA 4H3FA 4Y51A 1DW6C 2VS2A 3NWQA 3NXNA 5P46A 2NR6A 1IVQA 4FCOA 1XS7D 4Y57A 2WJOA 3EL9A 4Y4DA 2R9BA 1M0BA 1WKRA 3TLHA 4HVPA 1HPOA 3VF5A 2AOHA 5P70A 2B8LA 4XKXA 5EZXA 3A2OA 3S7MA 3L3AA 5P7XA 5P8KA 3OU4A 5P19A 5P5DA 4WY6A 5P7NA 4HZTA 3OUCA 2WF3A 3BXSA 5P43A 1YTIA 5I3WA 5OZ9A 4Y3WA 1JLDA 5OZ4A 2I4VA 3BGBA 3G6ZA 2RKGA 1FKNA 5P5UA 3OUDB 4Y56A 5P14A 4WTUA 2IQGA 5P29A 4Y3AA 4Z2ZA 3KN0A 5HVPA 5BWYA 5P1WA 3PLDA 3TKWA 4PZWA 4RVXA 2QI3A 5P0AA 4Y4XA 4YBIA 1XN3A 4LXKA 4Y5PA 4D88A 4GMIA 5P1XA 2AVVA 1SIPA 2R3WA 3SO9A 5P1OA 5P7LA 3NDUA 2HS2A 1MSNA 5OZMA 1XE6A 2AODA 4ZPGA 3OXVA 5P79A 5P4NA 5P8RA 4OBKA 1FFFC 3CYXA 4B77A 3UQPA 5P4LA 3PB5A 1ZAPA 5P6HA 6APRE 3EM4A 4J0TA 5P32A 2R5PA 2AOCA 1IZDA 3GI4A 4R93A 5P4RA 4LAPA 4F74A 2O40A 4DV9A 5P3QA 3B7VA 5P0QA 3TPPA 4DQBA 4RYCA 3D3TA 2R3TA 3MSLA 1PFZA 3PWWA 4EJLA 1DPJA 2VA7A 5P63A 3D20A 4Y41A 5P3WA 2P3CA 3UQUA 5P2HA 2V13A 4EYRA 3MSKA 4FE6A 4JOOA 5P5TA 2IDWA 7UPJA 5P2SA 3LITA 3PM4A 3CMSA 5DR7A 3T6IA 4FIVA 4Y3TA 5P5NA 1C6YA 1MRWA 3QBFA 3VYEA 3AIDA 1HEFE 1FMUA 1SMRA 4Q1NA 2P83A 5P6MA 3S56A 5B18A 3EBZA 4X2LA 4GYEA 1W6IA 3FKTA 3ZKMA 4Z22A 5P62A 2ZJJA 3ZPTA 2BKTA 1GVVA 4Y48A 4J1HA 4LL3A 1ODWA 3EMYA 3I7EA 3FX5A 5SZ9A 4CPSA 3PSGA 3S53A 3APPA 1C6XA 2BBBA 5P5IA 3VEUA 5PEPA 5P45A 4YCTA 5P3RA 3WSJA 4Y50A 1Z1RA 5P1JA 2AVQA 2QNNA 2QCIA 5OZGA 4Y38A 4H3JA 5P3XA 5P74A 5JFPA 4ER1E 3PJ6A 4QJAA 4DI2A 4J54A 4Y3YA 2V10C 5P7UA 2BPZA 5OZ7A 3AUPA 1PPKE 1E5OE 2QI1A 5P4MA 1FQ4A 5P34A 3SFCA 1IDAA 1MVPA 5OZHA 4R95A 5P6DA 3TL9A 5J25A 3CKTA 2QI7A 4QGIA 5P6LA 4XX4A 1HXWA 3RSVA 5P6SA 5P0LA 5DR0A 1LYWA 3TOFA 4L1AA 5P4FA 3INEA 5AH7A 3NU6A 1KJFA 5P1MA 5KR1A 1YM2A 3CKPA 2B7FA 4I0HA 4APEA 3UDNA 2QNPA 5P0UA 4I12A 3WZ7A 5P4KA 2G1SA 4HLAA 5HDUA 5P6JA 2B42A 4RCFA 4Y5KA 4ZSPA 4CKUA 3OU4B 5P4QA 2JJJA 3IA9A 4QLHA 5P8PA 1MSMA 5P3MA 5P7EA 3UDJA 5P2MA 3PGIA 5I3YA 4YBFA 3LPKA 2WECA 5P3OA 5P2GA 1K1TA 5P8IA 3NU4A 3NXEA 5P4WA 3HVPA 3QRVA 5P6AA 1BDLA 3FIVA 1B6JA 5P3VA 4CPTA 4DJQA 3TOHA 5DQCA 1QDMA 5P1CA 1OEXA 4ACXA 4NKKA 4B0QA 5OZNA 5OZPA 4DJOA 3INHA 3JVYA 5P7WA 4GJ6A 3PWMA 1BXOA 1EBKC 2OHQA 4GB2A 1HIIA 4UPJA 1IZEA 5P16A 5P0SA 3WB5A 3L5CA 1A9MA 1IVPA 2FDPA 5AH8A 5P3TA 1LYBA 4Y9WA 4YOAA 3CKRA 5IVQA 3CICA 1AM5A 3VV7A 3OU1A 1GNOA 2FXEA 4EJ8A 5P2JA 5P89A 4Y5EA 5P7DA 5P83A 3VCMA 1FEJC 2UXZA 3D1XA 2OHUA 2ZHTA 3OOTA 4DJUA 3LZSA 5P8FA 4CPXA 1HVLA 3SLZA 3KFNA 5DR8A 5P0PA 3MWSA 4NJTA 5P52A 1B6LA 3PBDA 1SMEA 5P81A 1HTRB 1UPJA 5P5QA 4OBDA 3GI6A 5P64A 3T7QA 1UH8A 3UF3A 5P02A 1T7IA 4J0ZA 1D4LA 1T3RA 1U8GA 2NPHA 5P6WA 3OGPA 5P7KA 1G35A 5P1HA 1W51A 1BDQA 5P31A 5P5VA 1Z8CA 1GVTA 2QZKA 1G2KA 3T11A 1K6TA 2PSUA 4Y3RA 2WHHA 3JW2A 2F3KA 2RENA 1APUE 5OZTA 2QHYA 5P8NA 4J55A 5P2YA 5P0CA 5ENMA 3ZKGA 3T7PA 2O4LA 2G26A 3EXOA 1APWE 2VNMA 3LINA 1SGUA 4FM8A 5HE4A 3Q6YA 5P0YA 3IN3A 5P84A 4CPWA 4Y47A 2F3EA 4DVFA 4Y4BA 3S2OA 5P20A 5P4OA 3U71A 2AIDA 4GIDA 5P5BA 3L5EA 4I0FA 2QD7A 4QJ6A 3FSMA 5F01A 1HHPA 3EKQA 5KR2A 1EC0A 4B70A 1HVRA 1SIVA 5P2XA 1HTFA 4MC2A 4I11A 1EBYA 5ER1E 5P2LA 5SY2A 5P69A 4TVHA 3PVKA 3QRSA 2V00A 3MXEA 3GW5A 1A8GA 2H6SA 3I8WA 2WF0A 3BUHA 5DR3A 4KUPA 1ZP8A 5OZIA 5OZWA 4R5NA 1MIQA 5C9BA 3IVIA 1EPOE 1LYWB 4I0IA 1YTGA 4L1AB 5P37A 2Q63A 3GGUA 1FQ8A 2Q15A 4HA5A 3EM6A 4GJAA 2HPFA 5OZ2A 5P8MA 5HD0A 5P09A 4YA8A 5P5KA 5P0TA 5P5RA 1EBWA 5OZKA 1XL2A 2P3AA 5OYTA 4PZXA 1VIJA 5P3SA 2IKOA 5P4HA 4GJ5A 4Q1XA 5P04A 1MT7A 1D4IA 4I0JA 2ASIA 5P8EA 5P73A 5P13A 5KOSA 2F81A 4Y3DA 3K5DA 2QI4A 3LPIA 3R0WA 1APVE 4I0ZA 4BEKA 4IVTA 4J1FA 3SACA 5P8JA 1BILA 3TH9A 5P60A 3KA2A 1TQFA 5P6UA 5P6TA 3K5CA 2IRZA 4NJSA 2AQUA 1YTHA 5P7QA 5KAOA 4LHHA 2R38A 2PH6A 4U7QA 5COKA 5DQ2A 3KM4A 1OHRA 3NUOA 3LZVA 2QZWA 2XFKA 5P22A 3RTNA 1E81E 1W6HA 5P1TA 1FQ6A 1C70A 1FLHA 3URIA 5IVRA 1BWBA 1YTJA 5P58A 4Y3FA 1FQ5A 1GNMA 2PMAA 4MC9A 4K8SA 5P7IA 1PSNA 3OU1B 5E5KA 5P2AA 4M8XA 1SBGA 2HM1A 2OHMA 5P4AA 1W5WA 3VSXA 1EPNE 2VIEA 1AZ5A 1AXAA 1IIQA 1W5XA 3U7SA 4YCYA 1A8KA 2QZLA 5P6EA 5P7ZA 2OF0A 3ZLQA 5P08A 2Q64A 5C9DA 5P4SA 4OBHA 5P8SA 2NMYA 2QI6A 3SKGA 1EPPE 3UDQA 3UHLA 4KE1A 5P05A 2P8HA 3OQAA 3VV6A 5P2DA 5P7YA 2AVMA 3NDTA 5P4GA 5P6NA 1K6PA 4I0EA 5DGWA 1ZTZA 5P3LA 4J5JA 1ZLFA 5COOA 4Y5BA 1KZKA 5P2VA 3OAGA 5P8CA 3BUGA 1FMBA 5OZ8A 3NYGA 5P5YA 3KFRA 4YD6A 4RYGA 4K4RA 5HTZA 4Y6MA 3R2FA 5KQYA 2JE4A 2ER9E 1SDTA 3HW1A 2HS1A 5P77A 2QMPA 5P1ZA 3MSJA 3JVWA 3RVIA 4I0DA 5P57A 5P2FA 4K4PA 5P50A 3RU1A 2OHKA 4XXSA 5P6QA 3FV3A 2R43A 3ST5A 1K6VA 2NMZA 2QMDA 4D8CA 3NR6A 5P8OA 2R5QA 4H1EA 5ER2E 1QS8A 2G94A 4NJVA 4B00A 5P75A 1BV9A 3RTMA 5P47A 2FNSA 4KB9A 5P3HA 5P3DA 5P54A 3QPJA 5P4ZA 3RTHA 3VYDA 3URLA 1IBQA 4FAEA 5BRYA 4CPRA 2A1EA 5OZUA 3O9CA 3O9AA 5P3EA 5P6KA 4B72A 5P44A 5TOLA 1RQ9A 4BFBA 2ZHRA 1T7JA 2V11C 1HBVA 2I0DA 5P4EA 5P7JA 2Q55A 2JYSA 1CMSA 5P1NA 1EBZA 2VIYA 5P0HA 3UFLA 3UDKA 3TKGA 3QIHA 4GJCA 4Y39A 5P7HA 4OBJA 3O9LA 1HIVA 5P7VA 3UDYA 4B1CA 4PHVA 3SAAA 3N4LA 1WBKA 2EWYA 5P56A 2OHSA 1B5FA 2G20A 4Z4XA 2G1RA 2ZJKA 3G70A 2O4NA 3K1WA 2ZHSA 5IS4A 2QU2A 5P00A 3HD8A 5P2UA 1M4HA 3L5FA 5P35A 3VF7A 3D1ZA 5P1AA 5P4BA 5P5SA 5P2EA 2AVSA 4RROA 3KT2A 5P1LA 3R0YA 5P12A 3OHFA 4ZPEA 4D83A 2IGXA 4GJBA 4CPQA 4I10A 4YHQA 5P42A 3BHEA 1ZPKA 1HVSA 2VA5A 5P65A 3ZL7A 2IS0A 1FB7A 3OK9A 4YDFA 5P8DA 3L59A 3PLLA 4Q1YA 4Y3ZA 3SM2A 3ZPSA 3DV5A 4PPHA 1HPXA 3EKWA 3L5BA 3PMUA 5P03A 1YM4A 2NNKA 5P85A 4HEGA 3RSXA 1HPVA 5P8AA 4MC1A 4Y4ZA 2FLEA 5IVTA 4HDBA 1HSHA 1YT9A 2XFIA 4A6CA 3SA5A 3HLOA 1YX9A 1DP5A 2AZ9A 3NU5A 1D4HA 3INFA 4Y3SA 3KFSA 1META 5UPJA 2V16C 3DJKA 5P0NA 1QBRA 5P7BA 5P6OA 3ZKNA 1LYAA 3KDBA 2VKMA 3EKVA 2Q3KA 4J1CA 5P0ZA 1QBTA 3NU9A 2BPXA 4YD5A 1FMXA 2HIZA 4Y3MA 4DJPA 3OXXA 4LXMA 2UY0A 4EQ0A 1PPME 5P18A 4YOBA 1SDUA 3PRSA 2AOIA 3SA8A 2PSVA 2ANLA 2PWCA 2PSGA 3OY4A 4RZ1A 5AH9A 4TRZA 2CEMA 3PSYA 2IEOA 2RMPA 4YDGA 1K2CA 2G27A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9F A;  5APR E;  1K2B A;  3FNS A;  3CID A;  4EJK A;  4EXG A;  3EL1 A;  2ZGA A;  1T6G A;  1MT8 A;  1KJ7 A;  3NSH A;  5COP A;  5P4V A;  3OUD A;  1XE5 A;  3VF3 A;  4B05 A;  5P5M A;  5P6Z A;  2ZJN A;  1W5Y A;  3PEP A;  5P71 A;  3KF0 A;  3MXD A;  5FIV A;  4QJ7 A;  4TRW A;  1DAZ C;  3O9D A;  4I1C A;  2FGV A;  1AAQ A;  3WZ6 A;  2ER0 E;  1B6M A;  2ZYE A;  4J0Y A;  4TVG A;  5AGZ A;  3ZKX A;  3ZKI A;  4NJU A;  1IZH A;  4Y3E A;  3LIX A;  2G1O A;  1LF4 A;  5P5X A;  3QRM A;  4F76 A;  1N49 A;  4FRK A;  5HE5 A;  4MC6 A;  1SDV A;  3CIB A;  5DQ4 A;  5P2Q A;  1RV7 A;  3WB4 A;  4Y4J A;  1MPP A;  2G1Y A;  5KQZ A;  1BDR A;  1ME6 A;  3UDR A;  3LNK A;  3EL4 A;  3OXC A;  4PEP A;  1BV7 A;  3ZMG A;  1EC3 A;  2XYE A;  1MT9 A;  4Y5M A;  1D4K A;  5P3B A;  3QAA A;  4OD9 B;  4DJR A;  2ZJH A;  5IE1 A;  5P6G A;  5P3Z A;  4Y3H A;  5P4P A;  2PWR A;  4X7I A;  3OU3 A;  5HDV A;  1ZJ7 A;  4GJ9 A;  4QJ2 A;  5HU1 A;  3UPJ A;  4Y45 A;  5P0K A;  1PPL E;  4Y35 A;  4YD3 A;  3UDH A;  5P0O A;  5OZJ A;  3VLB A;  3SM1 A;  3F9Q A;  3QP0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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