6UPJA

Hiv-2 protease/u99294 complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of medium-sized cycloalkyl rings to enhance secondary binding: discovery of a new class of human immunodeficiency virus (HIV) protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6upjA00
1HIIA 4RYGA 2O4NA 5P5GA 2CEMA 5P8AA 1T7IA 2OHKA 2I0AA 4TVGA 3UCBA 3ZLQA 5P1DA 3TLHA 5OZ5A 3H5BA 3TOFA 1W50A 3H0BA 4TVHA 5P8JA 2FGUA 3GGAA 5P4AA 3UDJA 1K2BA 1MT7A 1D4HA 5P3NA 3VEUA 1IZEA 4YCTA 5P08A 3LZUA 5P34A 3UF3A 1B5FB 1LYAA 3K5FA 4DJVA 3EL0A 5P6EA 1EPNE 1SDTA 5P8HA 4Z22A 1UH7A 4K4QA 5P3LA 1BVEA 4RVXA 4B1CA 1TCXA 4K8SA 4DFGA 4DQHA 5P7BA 4QJ6A 3EL1A 3OQKA 1T7KA 1N49A 1HPOA 3B7VA 4PPHA 1J71A 3PMYA 4I1CA 4I0ZA 4MC9A 3D1YA 3PWRA 4YD6A 5P80A 1DMPA 3SLZA 4Y50A 3PRSA 4DVFA 3UDYA 5P0KA 3O9GA 5HCOA 5OZWA 1MUIA 2G21A 2OAHA 5P2LA 5P2ZA 5P3MA 1QDMA 3OK9A 3HAWA 5P8FA 3S7MA 2RSPA 1JLDA 1IVQA 3L3AA 6FIVA 5P4LA 4GJCA 4Y5LA 4LC7A 3SAAA 3GW5A 4I8ZA 1FQ5A 2I4XA 2BKSA 1EC3A 1UH9A 4Y3MA 1ZBGA 1G6LA 4JOOA 3OXWA 5B18A 3KT2A 3PI0A 4R91A 5OZBA 3OUAA 4K4RA 5P4BA 5P4WA 5HD0A 3DK1A 3KN0A 5P5IA 5UPJA 1NPVA 1TSQA 3SA4A 5P3GA 4L7GA 5P7VA 2P8HA 5P5XA 3T7XA 5P2QA 3DV1A 1HVKA 1A8KA 4H3IA 5P32A 4FRSA 1LS5A 1PPME 5OZHA 4AUCA 4CPTA 1EC0A 5P7IA 5P46A 3OAGA 3FV3A 4L1AA 5P5ZA 4DJYA 3LPIA 5P7NA 5P2XA 4QGIA 5OZQA 4Y4ZA 3BVAA 5P6QA 4Z50A 5I3XA 3URIA 5OZIA 1XL2A 4FS4A 2ER9E 5P67A 1LF3A 3O9EA 4GJ9A 3UFLA 4OBJA 5P6AA 4PYVA 5P5NA 5OYRA 4COEA 3OU1A 4NKKA 1SDUA 3FNTA 1MESA 2WF2A 3MWSA 1WBKA 5ER1E 5P55A 3OQFA 4Y4EA 2F3FA 2NTRA 5HDXA 2QK5A 5P2CA 3O9HA 4I11A 2HPEA 1HTGA 5P87A 5F01A 5P2EA 4RRNA 1EBWA 2AZ9A 3R2FA 2G1SA 4GMIA 1MSMA 2IEOA 4HEGA 2NXMA 2IGYA 3RU1A 5EZZA 2FDPA 2V12C 3NDXA 1HVIA 3EMYA 4YHQA 3AUPA 4XX3A 1AJXA 5AH9A 4OD9B 3TPPA 1HRNA 1LF2A 2G69A 4LAPA 1VIJA 1LF4A 1YTGA 3QAAA 8HVPA 2QHYA 2QU2A 5IE1A 7HVPA 5OYWA 2ZGAA 3IVIA 1BV9A 4EXHA 3PWWA 5P22A 1HEFE 1VIKA 5P89A 3UQRA 5P5MA 5E5KA 1T6GA 1GVVA 2UY0A 1EEDP 5P3SA 3SKFA 4YBFA 5OZ0A 3MXDA 5DR1A 1LEEA 1QBUA 1W6HA 3WZ6A 3PI5A 1K6PA 5P47A 2Z4OA 1META 1F7AA 3MSJA 3TTPA 3PCWA 5DR3A 4HDPA 1HHPA 2QHZA 2NNPA 4Y3NA 2HAHA 5OZ7A 5P16A 3EKPA 5P2AA 4Y3AA 3LIQA 3BUHA 5P7SA 5P0VA 1BDQA 5P71A 1D4LA 5I70A 5JODA 3UDKA 3PHVA 2Q63A 5P76A 1EC2A 1HBVA 1PROA 3HDKA 4CPWA 1FEJC 4Y3FA 5P73A 1IDAA 3LIXA 5P0QA 1FMBA 1LYWA 5P59A 4Y3TA 1FKNA 2RKGA 3CKTA 2IKUA 2ZJJA 3NUOA 5P58A 5P0YA 5P49A 4ER4E 5P4IA 5OZ4A 1GNOA 3BC4A 3F9QA 2ZDZA 1K1UA 2AVOA 4DJPA 2HM1A 2NR6A 1BDRA 1C6ZA 1LYBA 2V00A 3INFA 3GI6A 5P0IA 4H3FA 1MPPA 3WSJA 2AOHA 3D1ZA 5P4SA 2EWYA 3L5EA 4Y35A 5P1RA 3QRVA 3QIHA 3FSMA 2WEBA 2AVQA 4I0HA 4PHVA 5P0JA 4HLAA 4Y4UA 4YD7A 4PZXA 3ZL7A 1M0BA 5OYSA 4ER2E 5P57A 4QJAA 2F3EA 4ZSRA 2OHUA 3BHEA 5P2OA 4Y3DA 5P1PA 2WECA 2BBBA 1BWBA 5P7DA 4Y3GA 5P0GA 4Y5AA 3D3TA 5HDVA 5P2MA 1ME6A 4JECA 5P4KA 4DJUA 3EM3A 3D20A 4Y3LA 2WKZA 5OZGA 3LNKA 1GVWA 4RRSA 3N3IA 4Y5NA 5P6MA 2R8NA 2V13A 2FDDA 2WF0A 4Y4WA 5P28A 5OYYA 2AVVA 4CKUA 1ENTE 3CYWA 1EPQE 5OZNA 1YT9A 4HZTA 2JJIA 3SA3A 5P2HA 1RNEA 5P43A 4BEKA 3OU4A 5P64A 4MC6A 2ER6E 3RSXA 5PEPA 4FGXA 4LXKA 4J0YA 2OHMA 4A6CA 5HVPA 5P3FA 1SGZA 4DQFA 1MIQA 4J1IA 5P3PA 3S85A 5KQYA 2IGXA 3Q6YA 3KYRA 2XYEA 4Y37A 1HTEA 4L7HA 5P2JA 3ZKIA 2I4WA 4IVSA 3EKQA 1HVCA 2J9JB 4I8WA 1HVRA 4CMSA 1QBTA 5P0OA 2QP8A 4F73A 3CIDA 2AOJA 1IZHA 4WY1A 1QBRA 3HVPA 4NJUA 4J17A 3HBOA 3KFPA 2MIPA 5P7FA 3S45A 3UFNA 1TZSA 1Z8CA 3FNUA 1W6IA 3UDQA 3OUBA 3EM6A 2O4SA 2IQGA 4FIVA 3QP0A 4XKXA 5P0TA 3T7QA 5P23A 1EPPE 3OY4A 1ODXA 4R92A 2FMBA 4A4QA 5P6CA 1C70A 2I4VA 5P7OA 4QJ7A 3TOGA 3DUYA 4B70A 5OZPA 5IVRA 4Y44A 5P0HA 5BRYA 2ASIA 3TPLA 5HE4A 5P0DA 5ENMA 5P3WA 1HSGA 2Q54A 2QNQA 3UDPA 4J54A 4RCEA 4Q1WA 4DQBA 4YOBA 5P6HA 2JXRA 2FGVA 5P8SA 3EM4A 5P0LA 3LPKA 5P54A 2OHNA 2QNNA 4J1CA 5SY3A 5P7MA 2PSGA 3DCRA 5P3JA 2I1AA 3I25A 3O9FA 5P60A 2RMPA 5P2UA 4Y5EA 3DJKA 5P1KA 1BV7A 5P1CA 4D85A 4I0DA 1FLHA 2QD6A 5P8RA 1MSNA 5P8NA 5P1SA 2JE4A 5AH8A 4RYCA 2ER7E 4DPFA 5P3OA 5P1EA 5P4EA 5KOSA 3KDBA 1HIHA 1AZ5A 3OXVA 2I0DA 3L59A 2VNMA 3PLDA 3ECGA 5P52A 2G1RA 5P7GA 4Y48A 3PBZA 5P6FA 5P8PA 2ZHVA 5P4RA 2XFKA 1DIFA 4I0JA 1ODYA 4EQJA 3HW1A 3U7SA 5P6XA 3T7PA 3SPKA 3R1GB 5P7XA 1D4IA 5AH7A 1B6PA 5P2GA 3B80A 3INDA 5P07A 4E43A 3OTYA 1YM2A 5P11A 4N00A 5P6KA 5P02A 5P4GA 5P1HA 2R3TA 5P3UA 5TOLA 1GVUA 5P40A 1NPWA 2QD8A 2QNPA 5P68A 5P0XA 5P4TA 2BPZA 3BGBA 4Y3RA 3SA8A 1YM4A 5OZXA 4J0VA 5OYXA 1MTBA 1TCWA 2H6TA 4EHCA 4F74A 5P5OA 1CMSA 5I3YA 2A1EA 2Q55A 3BXRA 2A4FA 3EKTA 5P6NA 5P63A 5P5UA 1XN3A 5P7LA 5P3AA 5P1LA 3VF5A 4TRYA 3UDNA 5P2BA 2QMPA 5P2DA 1SDVA 4GJ5A 2ZE1A 5COKA 3TNEA 1W5WA 3KM4A 3IXJA 5P5TA 4Y53A 5P6OA 2QI6A 4Y3XA 4DJRA 1YTHA 4PZWA 3T6IA 4XX4A 1FQ7A 3ZKSA 1K1TA 7UPJA 4CP7A 4CPXA 4YD4A 2VIZA 3OTSA 3ZOVA 5P6ZA 4Y38A 3K1WA 1KJHA 2QAKA 3BRAA 4FCOA 3LZYA 2CENA 2Q3KA 4Y9WA 4Y3ZA 4NJVA 2PWCA 4DJWA 5P2IA 5P7EA 5P6GA 2OF0A 2XFJA 3GI0A 1SIVA 1ZP8A 2Q15A 3TPJA 1FQ4A 1TSUA 5P0ZA 3LIYA 2NXDA 2QZKA 5P3VA 9HVPA 4FSEA 4LHHA 4Y4JA 4DJOA 4GJBA 3PBDA 5P4QA 4DQGA 1AXAA 2WF1A 5DQ1A 5P3KA 3D1XA 3PSYA 1RPIA 4H1EA 4OC6A 5P2TA 5DQCA 1ZSRA 5P5FA 4YBIA 1BVGA 5P5HA 5DGUA 2OHRA 4B72A 5IVSA 1IIQA 2ZJKA 2O4PA 6UPJA 1HSHA 5BS4A 4OBDA 5IVQA 1ZPKA 4K9HA 3G70A 4FL8A 5P06A 5P3TA 3OUDA 5AH6A 3O9DA 5OZ3A 1HPSA 2NPHA 1K6CA 2VJ6A 2ER0E 2VA5A 2PWRA 3AIDA 4NJSA 1FGCC 2ZJHA 3KA2A 3QN8A 4BELA 2P3CA 2JYSA 1HSIA 5P7HA 1HIVA 3FIVA 4AZYA 2V0ZC 4CPUA 5I3VA 5P81A 5P3CA 1IZDA 5OZUA 5P8TA 1ZPAA 5P25A 2AZ8A 4D89A 4RVIA 3KF0A 5P69A 2QI3A 1EPME 3LZSA 4FM7A 3ZPTA 5P0NA 5P1FA 5P2FA 3S8IA 4I0EA 3O9IA 3NDTA 3OQAA 3OGPA 2PK6A 4F75A 3L5BA 5HDUA 5P30A 3R0WA 5P4UA 5P7YA 5P4FA 5P31A 3KT5A 5P1GA 4OBKA 5P8OA 3WZ8A 2ZJNA 4RLDA 4Q1XA 1OEXA 3GGVA 1E80E 3VUCA 2VIJA 4QJ8A 2WEZA 2ZHUA 4APRE 5P48A 1DAZC 3OWNA 4FM8A 3SA9A 5P1TA 3ZPUA 4ER1E 3VF3A 3O9LB 5P5WA 3PB5A 1C6XA 3OUCA 5P2RA 2PK5A 5P36A 5P6YA 4NJTA 1KJ4A 5P17A 1Z1RA 5P4JA 3UDMA 2WF4A 5P4YA 4DI2A 3DM6A 4J55A 4RROA 1ZAPA 3O9BA 5P4ZA 3WB5A 2AOFA 3I8WA 2G1OA 5OZTA 4I10A 4Y5MA 5P6SA 2QCIA 4B1DA 3D91A 4Y5KA 1NSOA 3CKRA 3K4VC 5OZJA 3RVIA 2WF3A 5P0PA 1U8GA 5HE7A 5P44A 1EPLE 2ZJLA 3L5CA 3INHA 1ZJ7A 2AVSA 1MEUA 3VV8A 1HVHA 5KOQA 3SA5A 4I0GA 3ZKGA 2BPYA 3S56A 5HU0A 5OZZA 1MTRA 3JVWA 3EL9A 5P15A 3EKWA 5OZOA 5P24A 5KAOA 4NPTA 3ZKQA 4BFDA 2NMYA 2ANLA 4H3JA 3L5FA 4HVPA 1TW7A 1RV7A 3I2LA 2AOCA 4FSLA 2IS0A 4QLHA 4XXSA 2ZHSA 4FLGA 1A8GA 4Y3PA 3NU4A 5C9BA 3CKPA 4GJAA 5P7TA 1SGUA 2Q11A 5DQ5A 3VV7A 3O9AA 3OHHA 5CONA 3OXCA 3MXEA 4DQCA 4FRJA 2O4KA 1PSOE 2IRZA 2IDWA 1OHRA 1QRPE 2BJUA 3LITA 5P04A 1EBZA 3TL9A 5P3ZA 4J0TA 4EJDA 5P1UA 1HPVA 4L6BA 3JVYA 4Z2ZA 5P1XA 1QS8A 1K6VA 3DV5A 3MSKA 3OAGB 5AHCA 3A2OA 4LL3A 1MT9A 4Y4DA 4EJKA 1IDBA 1APVE 3UPJA 2RENA 5P03A 3TH9A 1EBKC 5P14A 5P1NA 1B5FA 4ZSQA 3S43B 1BDLA 4CPSA 5OYTA 2P3AA 3OOTA 5P3IA 2NNKA 3ZKMA 4LXMA 1HTFA 3OU1B 4ZPEA 3HD8A 4Y3SA 4ZPFA 4ACXA 3BXSA 3CICA 3URLA 5P75A 5KQXA 3I7EA 5P18A 3NR6A 3PVKA 5P8UA 5OZ2A 5KR0A 1DW6C 2XYFA 2VA6A 1A9MA 3PWMA 2I4QA 3IN3A 4Q5MA 2J9KA 3LPJA 2AOGA 5P29A 3KMXA 4Q1YA 1FMXA 4YCKA 2ZJIA 1DPJA 5P8MA 2VJ9A 5OZKA 1FG6C 5C9DA 1SP5A 3Q70A 4FE6A 5P61A 5P6DA 1UH8A 5P0EA 5P8EA 2V11C 5P8BA 3SQFA 5JFUA 2HS1A 3EKXA 5KR1A 4OBZB 4OBGA 1B6KA 2Z54A 4Y3HA 5HU1A 4CPRA 2F80A 5HCTA 3ER5E 5P6TA 5P12A 5F00A 3K4VA 5KR2A 2Q5KA 4I12A 3UDRA 1KJGA 4FAEA 3SABA 2BB9A 3LINA 5P0MA 5P05A 3GGUA 4Z4XA 3QI1A 2CEJA 1CZIE 4YOAA 4ZEAA 4B78A 1HVSA 5P7CA 1FFFC 5P42A 1ZLFA 4QJ9A 4Y47A 5P01A 4OBFA 4TRWA 3OOZA 1MVPA 1BILA 4D88A 3MSLA 3S2OA 2I4UA 5P38A 2PYMA 2I4DA 3T11A 3L5DA 2WHHA 4B00A 4EP2A 1NH0A 2BQVA 4GB2A 3U71A 2PH6A 1HVJA 4DJQA 5DPZA 1A94A 4J1EA 5P7RA 1W5XA 1CPIA 1M4HA 5P7UA 3OADB 1E81E 1YG9A 3UQUA 2B7ZA 3FNSA 5P0CA 1LYWB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HII A;  4RYG A;  2O4N A;  5P5G A;  2CEM A;  5P8A A;  1T7I A;  2OHK A;  2I0A A;  4TVG A;  3UCB A;  3ZLQ A;  5P1D A;  3TLH A;  5OZ5 A;  3H5B A;  3TOF A;  1W50 A;  3H0B A;  4TVH A;  5P8J A;  2FGU A;  3GGA A;  5P4A A;  3UDJ A;  1K2B A;  1MT7 A;  1D4H A;  5P3N A;  3VEU A;  1IZE A;  4YCT A;  5P08 A;  3LZU A;  5P34 A;  3UF3 A;  1B5F B;  1LYA A;  3K5F A;  4DJV A;  3EL0 A;  5P6E A;  1EPN E;  1SDT A;  5P8H A;  4Z22 A;  1UH7 A;  4K4Q A;  5P3L A;  1BVE A;  4RVX A;  4B1C A;  1TCX A;  4K8S A;  4DFG A;  4DQH A;  5P7B A;  4QJ6 A;  3EL1 A;  3OQK A;  1T7K A;  1N49 A;  1HPO A;  3B7V A;  4PPH A;  1J71 A;  3PMY A;  4I1C A;  4I0Z A;  4MC9 A;  3D1Y A;  3PWR A;  4YD6 A;  5P80 A;  1DMP A;  3SLZ A;  4Y50 A;  3PRS A;  4DVF A;  3UDY A;  5P0K A;  3O9G A;  5HCO A;  5OZW A;  1MUI A;  2G21 A;  2OAH A;  5P2L A;  5P2Z A;  5P3M A;  1QDM A;  3OK9 A;  3HAW A;  5P8F A;  3S7M A;  2RSP A;  1JLD A;  1IVQ A;  3L3A A;  6FIV A;  5P4L A;  4GJC A;  4Y5L A;  4LC7 A;  3SAA A;  3GW5 A;  4I8Z A;  1FQ5 A;  2I4X A;  2BKS A;  1EC3 A;  1UH9 A;  4Y3M A;  1ZBG A;  1G6L A;  4JOO A;  3OXW A;  5B18 A;  3KT2 A;  3PI0 A;  4R91 A;  5OZB A;  3OUA A;  4K4R A;  5P4B A;  5P4W A;  5HD0 A;  3DK1 A;  3KN0 A;  5P5I A;  5UPJ A;  1NPV A;  1TSQ A;  3SA4 A;  5P3G A;  4L7G A;  5P7V A;  2P8H A;  5P5X A;  3T7X A;  5P2Q A;  3DV1 A;  1HVK A;  1A8K A;  4H3I A;  5P32 A;  4FRS A;  1LS5 A;  1PPM E;  5OZH A;  4AUC A;  4CPT A;  1EC0 A;  5P7I A;  5P46 A;  3OAG A;  3FV3 A;  4L1A A;  5P5Z A;  4DJY A;  3LPI A;  5P7N A;  5P2X A;  4QGI A;  5OZQ A;  4Y4Z A;  3BVA A;  5P6Q A;  4Z50 A;  5I3X A;  3URI A;  5OZI A;  1XL2 A;  4FS4 A;  2ER9 E;  5P67 A;  1LF3 A;  3O9E A;  4GJ9 A;  3UFL A;  4OBJ A;  5P6A A;  4PYV A;  5P5N A;  5OYR A;  4COE A;  3OU1 A;  4NKK A;  1SDU A;  3FNT A;  1MES A;  2WF2 A;  3MWS A;  1WBK A;  5ER1 E;  5P55 A;  3OQF A;  4Y4E A;  2F3F A;  2NTR A;  5HDX A;  2QK5 A;  5P2C A;  3O9H A;  4I11 A;  2HPE A;  1HTG A;  5P87 A;  5F01 A;  5P2E A;  4RRN A;  1EBW A;  2AZ9 A;  3R2F A;  2G1S A;  4GMI A;  1MSM A;  2IEO A;  4HEG A;  2NXM A;  2IGY A;  3RU1 A;  5EZZ A;  2FDP A; 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 1MIQ A;  4J1I A;  5P3P A;  3S85 A;  5KQY A;  2IGX A;  3Q6Y A;  3KYR A;  2XYE A;  4Y37 A;  1HTE A;  4L7H A;  5P2J A;  3ZKI A;  2I4W A;  4IVS A;  3EKQ A;  1HVC A;  2J9J B;  4I8W A;  1HVR A;  4CMS A;  1QBT A;  5P0O A;  2QP8 A;  4F73 A;  3CID A;  2AOJ A;  1IZH A;  4WY1 A;  1QBR A;  3HVP A;  4NJU A;  4J17 A;  3HBO A;  3KFP A;  2MIP A;  5P7F A;  3S45 A;  3UFN A;  1TZS A;  1Z8C A;  3FNU A;  1W6I A;  3UDQ A;  3OUB A;  3EM6 A;  2O4S A;  2IQG A;  4FIV A;  3QP0 A;  4XKX A;  5P0T A;  3T7Q A;  5P23 A;  1EPP E;  3OY4 A;  1ODX A;  4R92 A;  2FMB A;  4A4Q A;  5P6C A;  1C70 A;  2I4V A;  5P7O A;  4QJ7 A;  3TOG A;  3DUY A;  4B70 A;  5OZP A;  5IVR A;  4Y44 A;  5P0H A;  5BRY A;  2ASI A;  3TPL A;  5HE4 A;  5P0D A;  5ENM A;  5P3W A;  1HSG A;  2Q54 A;  2QNQ A;  3UDP A;  4J54 A;  4RCE A;  4Q1W A;  4DQB A;  4YOB A;  5P6H A;  2JXR A;  2FGV A;  5P8S A;  3EM4 A;  5P0L A;  3LPK A;  5P54 A;  2OHN A;  2QNN A;  4J1C A;  5SY3 A;  5P7M A;  2PSG A;  3DCR A;  5P3J A;  2I1A A;  3I25 A;  3O9F A;  5P60 A;  2RMP A;  5P2U A;  4Y5E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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