6UPJA

Hiv-2 protease/u99294 complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of medium-sized cycloalkyl rings to enhance secondary binding: discovery of a new class of human immunodeficiency virus (HIV) protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6upjA00
5IVTA 4DPIA 1T3RA 2PH6A 1EBWA 4YCKA 5P2TA 4GMIA 3D1YA 5I3XA 1AJVA 2G1NA 5P7SA 4HVPA 3PLLA 4Y5GA 4GB2A 5P7JA 5P89A 1FG6C 5SZ9A 2ZGAA 7HVPA 4Y44A 5P6SA 4RCFA 2B8VA 3VFAA 2OF0A 4GZFA 1K6PA 1YM4A 5P70A 1LF4A 4OBZB 3K4VC 4QJAA 4NJVA 5P6MA 3N3IA 4DQGA 5HCTA 2QHCA 3CKPA 5P7YA 3RTNA 4I0JA 3FNTA 5P3CA 1XL2A 3NDTA 4YCTA 5OZ8A 2F81A 5DGUA 3ZOVA 2F80A 4K4PA 3SACA 5C9DA 3FIVA 3PEPA 4Y3EA 2I4DA 4H3GA 1AZ5A 1ER8E 5HD0A 4HDPA 4ER1E 4OD9B 5P3ZA 1RNEA 3I25A 1C6YA 1AM5A 3CKTA 5P75A 3VF3A 3JVWA 1N49A 5P2SA 3URLA 5AHAA 5P3YA 3R0WA 1FMXA 4CP7A 2G1SA 4K4RA 5OZAA 4ACXA 3BXRA 1EBZA 4FIVA 4L1AB 5DR1A 3RTMA 5P45A 3QI1A 5P42A 1FQ7A 4Y36A 4OBZA 3OADB 2H6TA 5P0EA 2FMBA 4NJSA 1UPJA 3FV3A 5OZIA 4FCOA 3EKYA 2ZJNA 4Y50A 3ST5A 4Y3DA 1HVJA 5I3WA 2ASIA 3FSMA 3GGVA 1UH9A 5P5PA 5P4SA 4Y3NA 3Q5HA 2Q64A 3INFA 3BGBA 5OYTA 5P31A 5P4ZA 4Z2ZA 3DV1A 3IA9A 3JW2A 3DK1A 4OD9A 5P4QA 4FSEA 4Y45A 5P58A 4HA5A 4FM6A 1BV9A 5P0GA 4YE3A 3RSXA 1T7IA 3VLAA 4PHVA 1FQ6A 2V12C 3D20A 3UQRA 3T11A 1B6PA 5P6HA 3LITA 1YM2A 2PYMA 4L1AA 5OYWA 1YTHA 3QVCA 4I0HA 3MXEA 4Y3LA 4RLDA 5P8NA 4YD7A 5P04A 3HVPA 3OADA 5P3XA 1BWBA 2G94A 1EC2A 5P61A 3PGIA 5P4XA 4FSLA 3OY4A 2A4FA 3SM1A 1HOSA 4L6BA 3OUDB 5P73A 5KAOA 4Y4ZA 2PWRA 4Y3TA 1HVLA 3INDA 5JODA 3KMXA 3VFBA 1QS8A 2AZ9A 3CICA 5BRYA 5P0VA 4J1FA 5P24A 3K1WA 2A1EA 4GJ5A 3T7QA 3KFRA 5JG1A 5KOSA 4B70A 4LP9A 5P39A 2J9KA 4DUSA 3D3TA 3KDBA 4RROA 3SAAA 5P06A 3LIVA 2P4JA 3R0YA 5P5VA 5P8UA 1D4SA 4RVXA 4I0FA 2PC0A 5OZTA 3TPJA 4QJ7A 3PMUA 5P8SA 3UFNA 4LHHA 4FRIA 1ODXA 1YTJA 3FNSA 1WKRA 2P8HA 5OZQA 1MUIA 3VCMA 3CMSA 1D4IA 4RCDA 4Y3XA 1XE5A 4FS4A 4GJBA 5P01A 2QU3A 5P6KA 5OZ4A 2G21A 3ZL7A 3OUDA 2QHZA 5P0RA 2F3FA 5P4IA 5P4TA 4CMSA 5P2UA 4Y35A 5P19A 3QRVA 1EC3A 5P5LA 4HEGA 2NXMA 4N00A 4RCEA 1HRNA 1IBQA 5P4LA 4Y6MA 1LYAB 3K4VA 1GVVA 5P3UA 1FF0C 3VUCA 4GIDA 4WY6A 3WZ8A 2QI0A 4Q1YA 4Y4UA 5P18A 5P4EA 2G22A 5P1XA 5P84A 3DJKA 2V13A 5P1DA 5P8OA 3EL0A 4RVJA 3URIA 4Y5BA 5P1GA 1ENTE 5P6IA 4R91A 3U71A 5P2DA 5P2WA 5P51A 4DJOA 4Y4AA 4J1EA 1Q9PA 3L38A 3GI6A 4RYGA 1EAGA 2AIDA 5P2BA 5P6AA 2ZHUA 3PCWA 3JVYA 1SGZA 3AUPA 1Z1HA 1ZPAA 1T6GA 2VS2A 1KJGA 1FFIC 4I0IA 2FGVA 1EC0A 5OZRA 3VV8A 5ENMA 5HCOA 3TNEA 1MESA 1LYAA 1D4JA 5P13A 4K4QA 5P74A 4FM7A 1HSGA 5P16A 2VNNA 4DQBA 5I70A 3QBHA 5UPJA 1SMRA 3SO9A 2O4PA 5P7BA 2G1YA 1NPVA 5P02A 5P20A 5P2FA 1A94A 1QBTA 1T6EX 5OZYA 1E5OE 4J1CA 5P8TA 5P6FA 5P1TA 1MSNA 2XYFA 5P83A 2IDWA 2BPZA 5P2EA 3WZ6A 1APVE 5COOA 3MSLA 2PSVA 5P55A 5P5UA 5P40A 5P3SA 4DFGA 3PB5A 2XFIA 4EPJA 5P8KA 3QVIA 4FAEA 4FL8A 1E81E 3NU4A 5P66A 5P49A 4D88A 3OQ7A 1HVSA 3S8IA 5HTZA 5OZKA 3L5DA 2VIJA 2AZCA 2B8LA 5DR7A 2AOGA 2QNNA 3AIDA 5P8PA 2QAKA 3VV7A 3OUCA 5P1PA 5P4AA 5P5CA 2QU2A 4Y3FA 3RTHA 5P8MA 3OOTA 2AZ8A 3ZKIA 1ZAPA 5SY2A 5P6ZA 3LPIA 1EPPE 3OXCA 5P4BA 1HVRA 3URJA 1B6KA 1BXQA 4GYEA 5P09A 2B7FA 4MC2A 1KJ4A 5P0SA 4QGIA 3DUYA 4GJ6A 5BS4A 4DQCA 3EL5A 5P76A 1VIKA 3CYXA 1TSQA 3OQFA 2IENA 4LXAA 2V11C 2BPYA 2JJJA 5P4HA 1T7JA 5OZNA 5P27A 4FRSA 5P0TA 5P23A 2B42A 3TPRA 2QHYA 4YBIA 5KQXA 5OZZA 1XN2A 5P80A 5P7NA 1K2CA 4Y4EA 3OHHA 2AVMA 3QRMA 1TCXA 1SMEA 1LF3A 5P5DA 3GI4A 4BEKA 2ZDZA 4RYCA 2VJ7A 2G69A 4YOAA 4EP2A 3SA7A 2ZHRA 3UQXA 2FNSA 4D89A 2PSGA 2EWYA 3EL9A 1OD1A 5P8EA 4B72A 4TRZA 4YD4A 5P3NA 5P2IA 5P0DA 5P4YA 3OAGA 5P25A 1XE6A 4Y3GA 2RKGA 5SY3A 4LXKA 5F00A 5P85A 3S54A 4Y3QA 5P46A 2IEOA 2Q11A 3KMYA 5P35A 2HB3A 2QZLA 5P47A 4XXSA 3NUJA 2APRA 3SPKA 2ZJLA 4B1CA 1OEXA 2UPJA 2XFJA 5P4OA 3QRSA 3IGBA 3I2LA 5DQCA 3VYFA 1WBKA 2IQGA 2P83A 3PM4A 5ISKA 2WL0A 4EYRA 2SAMA 2G1RA 3OHFA 5DR8A 3PWMA 5KQYA 3RU1A 3HZCA 2I0AA 3QROA 3HLOA 1HVKA 2PMAA 5P6WA 3UDHA 2MIPA 1APUE 3VYEA 4QJ2A 5OYUA 1PFZA 4Y56A 4COEA 1KJFA 1GVTA 3KN0A 4DJRA 4U7VA 1W6HA 4OC6B 3ER3E 5P6XA 3NDWA 4HE9A 1W6IA 5P8RA 3BVAA 5JFPA 5P50A 5OYSA 1C70A 6APRE 1LYWB 1M4HA 5P2VA 2VA7A 2QI6A 4CPUA 1HVCA 3UDYA 2O40A 5P2GA 2G20A 3KA2A 3MSKA 5P0QA 5P67A 3ECGA 1YTGA 5P54A 3EKTA 5AHBA 2R3WA 3HVGA 5P6RA 5P5RA 2RKFA 1BIMA 3OXVA 1TZSA 5P15A 5P1LA 4FM8A 5P5OA 3TOHA 5P1YA 2G1OA 1BVEA 1YTIA 4EXGA 3LHGA 2VJ6A 3LZUA 3VG1A 4BFDA 3O9GA 4OC6A 5P32A 5KOQA 2J9JB 3KYRA 5P1MA 5P6QA 1EPLE 3OQKA 4APRE 4YHQA 1Z8CA 3CKRA 4Y4WA 2HPEA 2AVOA 5P00A 5P6OA 4GJ8A 5OZDA 5ER2E 1KJHA 4AMTA 3QBFA 5P8CA 2NXDA 1LYWA 5P41A 3ER5E 2P3DA 5P0CA 2R5PA 5P3VA 2BKTA 3PBDA 3ZPTA 5HDZA 4Y3YA 4R93A 1HPVA 2PH8A 1BV7A 2QMFA 2AOCA 1PPLE 5AH6A 2FDEA 5HVPA 2OHQA 3MXDA 5P2NA 1BDQA 3Q4BA 5P5AA 5P8VA 5P6EA 3SLZA 4GJ9A 5OZ1A 1LYBB 4Y41A 5P4WA 1LV1A 3LIYA 4EHCA 5ER1E 3S56A 5OZSA 1MVPA 3TH9A 1AAQA 5P7PA 3OU4B 1MRXA 1NSOA 3B7VA 3HAWA 3PI0A 1LF2A 4PEPA 5OZ5A 3OQAA 3NSHA 4NPTA 4LC7A 4PPHA 2J9JA 2QI7A 1B6LA 5DPZA 4DI2A 5P43A 5P1NA 3O9LB 3HW1A 5OYXA 2BBBA 3HBOA 4GJAA 2ZJMA 5CONA 5I3YA 3LZVA 5OZ6A 3KDCA 4I8ZA 5KQZA 4NJTA 1GVWA 5P7FA 4B0QA 1AJXA 5P86A 2QI4A 5P05A 2ZJHA 3TOFA 1DW6C 5P8BA 1K6TA 3LPKA 1W5YA 2WF1A 1EBKC 2JXRA 2VA6A 1LYBA 4R8YA 3NU6A 2I4WA 1G2KA 1M0BA 3EM6A 3BVBA 4Y5PA 2JJIA 4Y3ZA 3EXOA 3S7LA 1HXBA 3OU4A 1B6MA 5IVQA 1BVGA 4YA8A 5P4KA 5P81A 1HWRA 5P7KA 5P3DA 1MT8A 5IS4A 2ANLA 5AHCA 3K5CA 5E5KA 4EP3A 1MTBA 5IE1A 3ZMGA 4Y39A 5P1QA 1FLHA 5P5YA 2AOEA 4Y4JA 4Y5CA 5P4UA 4WTUA 5OYRA 3OXWA 5OZPA 4EXHA 5KR1A 3S53A 1EEDP 3T6IA 2WF0A 3VSXA 4I12A 4Z50A 2I4UA 4Y5NA 2ER9E 1YT9A 1ZJ7A 2Q63A 3O9BA 1FQXA 1HIVA 3TKWA 5P3GA 4I11A 4H3FA 4ZSQA 2ZJJA 3LINA 3O9IA 2B60A 4J54A 3OTYA 3ZKNA 5P8HA 1MPPA 3IXKA 3DM6A 3UQWA 2ZYEA 5P6YA 4HDFA 3OWNA 5P87A 2BKSA 3UDNA 5P72A 2QMPA 2WEBA 2HS1A 3NDXA 3ZLQA 1FMUA 1FEJC 2V16C 5KR2A 5HDUA 2WECA 2G27A 3EMYA 4RGHA 1FFFC 1UH8A 1RL8A 2NNKA 3IVIA 1FB7A 2AQUA 3OOZA 4OBDA 6UPJA 1YX9A 1RPIA 5P63A 2OHTA 3SKGA 4EQJA 4ZSMA 4ZPEA 2OHLA 4EJKA 4ZIPA 2P3AA 2VJ9A 1MIQA 1ZP8A 4EWOA 2F3EA 5P0XA 1IDBA 2OHMA 1MT9A 4Y4TA 2UY0A 3BXSA 4I10A 5OZXA 4J5JA 2QD8A 4JECA 4Y58A 5P3OA 4J0TA 5COPA 1IVQA 5P60A 5P59A 4DQFA 4FRJA 3PWRA 2PK6A 5OZUA 4CPTA 3R1GB 1T7KA 1HVHA 5P4MA 1QBSA 3L5EA 3UCBA 6FIVA 4J55A 4L7GA 3EKVA 2XFKA 3K5FA 2Q15A 2G26A 4L7HA 1MEUA 3LNKA 4Y5LA 4Y4DA 3PWWA 1F7AA 1CMSA 4DQEA 1BAIA 3NXNA 5P0JA 5OZ7A 5P8JA 5HDVA 1HTEA 1XS7D 5EZXA 1W50A 2NMZA 2FS4A 3FX5A 1G0VA 4RZ1A 2AVQA 2R43A 2QMDA 5P65A 4ZLSA 3L58A 2HC0A 4MC9A 5P48A 3PSYA 4Y3PA 5P12A 5P1UA 5OZFA 5P6JA 5P0LA 3S85A 4JPEA 5P0YA 1PSAA 2PQZA 3TPLA 4Y37A 3EKPA 3DOXA 3PCZA 1K6VA 3SQFA 4Y5MA 5OZLA 4R95A 1OHRA 2CENA 5P7EA 3TLHA 3INEA 5T4SA 5OZJA 5EZZA 5P5ZA 3VF5A 4I0EA 4GJDA 5P7ZA 3KM4A 4LXMA 1YG9A 5IVRA 2AOIA 1G6LA 3PRSA 1HPXA 2NMYA 2CEJA 7UPJA 4I0ZA 2IGYA 5E5JA 5P3WA 5COKA 3UFLA 3ZKQA 1LEEA 3ZPSA 5P53A 1K6CA 5P52A 5OZHA 4IVTA 1LZQA 2JYSA 1WBMA 3EL1A 5OYVA 4HLAA 5FIVA 4CPXA 1AIDA 4Y51A 1F34A 3OXXA 1SDTA 2AVSA 5P7VA 3NDUA 4DJYA 2IKOA 4CKUA 1FIVA 3DCRA 2P3CA 2ZHTA 5P2YA 4QJ9A 4ZSPA 3S43B 5HDXA 4OBGA 4CPQA 3LZYA 1GNOA 2QK5A 3SABA 3PSUA 4AUCA 2R9BA 5P4NA 2QD6A 5P2QA 1APWE 4H3JA 5P0BA 5P6PA 3NU9A 3D1XA 4NJUA 4DQHA 4I8WA 3B80A 1NH0A 4Y53A 1IIQA 3UDQA 3Q6YA 1AVFA 4YOBA 3PBZA 4EJDA 4Y5AA 3GGUA 3NYGA 1W51A 2OHPA 4B1EA 2VA5A 3M9FA 4TVHA 5P7CA 5P78A 4Y5EA 3OUAA 1ZLFA 4K8SA 4ACUA 1B6JA 1EPQE 1E80E 3DCKA 1D4YA 3ZKMA 2BPWA 3R2FA 2Q5KA 3BUHA 4JP9A 4Z4XA 1SBGA 5P22A 5OYQA 1FQ5A 5P5GA 4IVSA 2AVVA 2QNPA 2HB4A 3D1ZA 3OK9A 5AH8A 5P1WA 3UF3A 5P7AA 3KFPA 3L3AA 3S7MA 3INHA 3VV6A 3F9QA 1IZIA 1ODWA 2WHHA 4Y48A 2O4LA 4FLGA 4B1DA 1HEGE 4Y54A 1FMBA 5P33A 1HTFA 5HE7A 5P0OA 5P6TA 5P7WA 3VF7A 1HEFE 2WEDA 5P64A 3TPPA 3PVKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVT A;  4DPI A;  1T3R A;  2PH6 A;  1EBW A;  4YCK A;  5P2T A;  4GMI A;  3D1Y A;  5I3X A;  1AJV A;  2G1N A;  5P7S A;  4HVP A;  3PLL A;  4Y5G A;  4GB2 A;  5P7J A;  5P89 A;  1FG6 C;  5SZ9 A;  2ZGA A;  7HVP A;  4Y44 A;  5P6S A;  4RCF A;  2B8V A;  3VFA A;  2OF0 A;  4GZF A;  1K6P A;  1YM4 A;  5P70 A;  1LF4 A;  4OBZ B;  3K4V C;  4QJA A;  4NJV A;  5P6M A;  3N3I A;  4DQG A;  5HCT A;  2QHC A;  3CKP A;  5P7Y A;  3RTN A;  4I0J A;  3FNT A;  5P3C A;  1XL2 A;  3NDT A;  4YCT A;  5OZ8 A;  2F81 A;  5DGU A;  3ZOV A;  2F80 A;  4K4P A;  3SAC A;  5C9D A;  3FIV A;  3PEP A;  4Y3E A;  2I4D A;  4H3G A;  1AZ5 A;  1ER8 E;  5HD0 A;  4HDP A;  4ER1 E;  4OD9 B;  5P3Z A;  1RNE A;  3I25 A;  1C6Y A;  1AM5 A;  3CKT A;  5P75 A;  3VF3 A;  3JVW A;  1N49 A;  5P2S A;  3URL A;  5AHA A;  5P3Y A;  3R0W A;  1FMX A;  4CP7 A;  2G1S A;  4K4R A;  5OZA A;  4ACX A;  3BXR A;  1EBZ A;  4FIV A;  4L1A B;  5DR1 A;  3RTM A;  5P45 A;  3QI1 A;  5P42 A;  1FQ7 A;  4Y36 A;  4OBZ A;  3OAD B;  2H6T A;  5P0E A;  2FMB A;  4NJS A;  1UPJ A;  3FV3 A;  5OZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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