8HVPA

Structure at 2.5-angstroms resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene*-based inhibitor
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure at 2.5-A resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene-based inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 12
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 8hvpA00
3PBZA 5DQ2A 3QPJA 1N49A 4FCOA 2AOCA 5P07A 1MT9A 3S7MA 5P4PA 4Y3GA 5F00A 1B6PA 4I12A 3I7EA 4FGXA 4GZFA 4Y4AA 3OXXA 2F8GA 3QVCA 4UPJA 4Y3XA 5P6TA 4EQ0A 5P78A 4A4QA 5OYYA 4Z22A 4FM8A 2B8LA 3PM4A 5OZBA 5OZZA 1M4HA 4ACUA 4ER4E 3L5BA 2FLEA 2ZHUA 5P2TA 1FQXA 1HSGA 5P5VA 3HVGA 4L7GA 5OZCA 5P18A 2IS0A 1GVUA 4OBDA 2VS2A 3LZSA 4B1CA 4B1EA 3GW5A 4HDBA 3VF5A 4FL8A 4CPXA 2R38A 2NTRA 4L1AB 3UFLA 2Q11A 3K4VA 1MUIA 5P8VA 5P8OA 3OHFA 1G0VA 2R8NA 5HCTA 3O9FA 4OBKA 2OHSA 5P0NA 3OQKA 1ODYA 2IDWA 1MVPA 3AUPA 5P0ZA 3Q4BA 2V00A 2UPJA 2PSUA 2B8VA 4NJSA 4Y4XA 2ASIA 4ER1E 4Y5EA 1G6LA 5P1PA 5P4UA 5P16A 5P4KA 5P7RA 4J1EA 5P6HA 3VFAA 1ME6A 4OBGA 3SLZA 5P68A 2HB4A 3SA4A 2HIZA 3DCKA 4HDPA 1FG8C 2OHKA 5P8MA 5P2RA 5P80A 2G1NA 3FV3A 3KN0A 4GJ8A 3OTSA 2I4XA 1YTGA 5P7LA 2B7FA 3C9XA 2R3WA 3PI0A 2AIDA 1CPIA 4H3FA 4J17A 3PSYA 2I4WA 5P8KA 1QDMA 5P8AA 1WBMA 2ZJLA 1HPXA 4H1EA 5OYUA 1IBQA 2J9KA 4CPUA 1FIVA 4Y50A 2G27A 2QI7A 2NNKA 1AVFA 1W51A 5P3KA 2FMBA 2ZJJA 2OHRA 2AOEA 5IS4A 2RENA 3FKTA 4B1DA 2H6SA 3LNKA 5P6QA 2F81A 2VJ7A 5P1UA 2QU2A 3EM6A 5OZKA 1NPAA 3L58A 1NSOA 5JG1A 3S2OA 3SA8A 4Y4BA 1KJ4A 2WECA 5OZWA 5P08A 5P3MA 5OZGA 2ANLA 5P1GA 5P20A 5OZ5A 3IVIA 3CIBA 1KJFA 2O40A 2WF4A 3OQ7A 1QBRA 3DCRA 4RGHA 4IVSA 2R5PA 3KDDA 5J25A 3KDCA 5TOLA 4OBZA 5OYWA 5P7IA 3TKWA 2G1RA 5P7EA 1PFZA 4Y4WA 5P89A 4D88A 3IAWA 3U7SA 3CKTA 5P5KA 1TCWA 5P32A 3LHGA 5OZLA 2FXEA 4YD7A 3LPJA 3O99A 5KR8A 4Y5PA 1GVTA 3EKPA 4Y41A 1EPOE 1VIKA 5P1AA 5P15A 5P04A 4EJDA 5P8PA 1HOSA 3UF3A 4R91A 3DUYA 1W5VA 2B42A 3LIZA 1K2BA 3QIHA 1PPLE 5P4MA 1EPQE 3UPJA 1FQ5A 4JOOA 3FNTA 5P1HA 1AZ5A 1MT8A 3K5DA 1LEEA 3D1ZA 4CPSA 1UH9A 5P6IA 2RKFA 1QBSA 3O9BA 2QI3A 3EC0A 5AH9A 4DJYA 3H0BA 3PRSA 3EL0A 4J5JA 1PPME 4LXKA 2FGVA 5P6MA 3VUCA 5P6LA 1BV9A 1SMEA 3SA3A 1NPVA 4JECA 4J0ZA 2WF1A 3PHVA 5P3TA 4J1FA 4S1GA 4Z50A 4FRKA 3S8IA 2OHLA 5I3YA 5P11A 1XDHA 5P1RA 1E5OE 5P2JA 1TCXA 3VLBA 2G69A 5P28A 5P8CA 5I3XA 1HTFA 2QD8A 4NPUA 4JP9A 4J0YA 5P2LA 3PVKA 5P5CA 1MEUA 1A30A 5P0PA 3LIQA 4Y9WA 3URLA 3OUDA 1XS7D 3OK9A 3DV1A 5EZZA 5P4HA 3SA9A 5P24A 1IVQA 3QI1A 2ZHTA 5P4DA 5P7XA 1MRXA 4K9HA 2WEZA 4LL3A 1SIPA 2BPYA 2Q64A 3EXOA 5OYZA 3JVYA 4U8WA 5P8BA 3APPA 1ZSRA 5P40A 1LYBB 3K5CA 4Y3YA 4Y5GA 1PSNA 3I25A 1MTRA 3OAGB 2AOHA 5OZ6A 3BGCA 1C6YA 4Z2ZA 3D1XA 4QJAA 5P3IA 4F75A 2BB9A 3NUOA 4B0QA 4Y51A 2ER0E 4BELA 5P0HA 5P0BA 1EC0A 4Y6MA 5P7JA 3OUBA 4Y3SA 2ZJNA 3KA2A 4U7QA 4OBHA 4GJ9A 1DAZC 3SACA 5P8NA 2G20A 5P6FA 3OADB 3VF3A 5P30A 1MESA 5P7SA 1EPRE 5P6ZA 3PMUA 2P83A 1BDLA 2O4SA 1XE5A 4Y36A 1ZPKA 1K1UA 3NDXA 1FMXA 5P06A 4MC2A 3MXDA 3LIXA 1IIQA 5P1OA 1XL2A 2CEMA 3IGBA 4E43A 1MIQA 1SIVA 2ZGAA 3FNSA 4DJQA 5DR7A 2PYNA 5P66A 1RPIA 2Q63A 1AM5A 3EL5A 3OOTA 4D83A 2WF3A 5P3XA 5P09A 1B6LA 3NU9A 3PMYA 1ZBGA 4X2LA 1EC3A 3HBOA 3TOGA 5P36A 2P3AA 4AMTA 4XX4A 3Q5HA 2IKOA 3PB5A 1DMPA 4HDFA 5COKA 5P43A 4RVXA 4YD6A 2XFJA 1JLDA 3VG1A 2PK5A 4OD9A 1LS5A 1A94A 2WKZA 4FAFA 4FRJA 3IVHA 4Q5MA 5P4OA 4TVHA 4R93A 4TRZA 3B7VA 3ZPSA 1W50A 3LZVA 2WEDA 4R5NA 3VSWA 3R0YA 4NJUA 2BKSA 3WSJA 3GI5A 3MWSA 5OZPA 5P73A 3G70A 3VF7A 1FFIC 4Y5NA 3HVPA 2Q55A 3HW1A 3QS1A 3UDJA 5HU1A 1RQ9A 4EP3A 3INEA 5P77A 2IRZA 4KB9A 1LZQA 4RLDA 3AIDA 4APEA 4PPHA 5P3FA 3LINA 5P3LA 4HLAA 5P5FA 5P75A 4FM6A 1MSMA 4DJXA 1K6CA 2WJOA 5P0IA 5P6SA 5OZMA 5JODA 2IGXA 1IZIA 3OQFA 3VSXA 3OHHA 3T7QA 4RVJA 2JJJA 3KT2A 5P6RA 2FNSA 3OU3A 1HEFE 1M0BA 2FGUA 2R43A 3O9CA 3QBFA 5KR1A 3KFNA 4Y57A 3CIDA 3ST5A 5P7TA 4RCEA 4YA8A 1APTE 5P7QA 4WY6A 4J54A 1TZSA 2VIEA 2BQVA 3O9LB 1D4JA 4Y3QA 2QNQA 5I3VA 5P6GA 2G1YA 3OQDA 2IQGA 3CKPA 3WZ6A 5P0CA 3NUJA 5P6UA 3OTYA 1HVCA 3S56A 4F73A 5P70A 3OU1A 3SA6A 3CICA 1IDAA 3DOXA 3NR6A 1B5FA 4R95A 1FQ7A 2OHPA 4TRWA 3Q70A 1BBSA 1LYAA 2QMFA 2NNPA 2BJUA 2Z4OA 4DPFA 4Y3WA 5F01A 5P5DA 1SH9A 1F34A 2VIJA 4L1AA 5DPZA 1FGCC 2O4LA 3S43B 4FIVA 1FB7A 5JFPA 4I8WA 4X7IA 5P8HA 3OU4A 4I10A 5P29A 5P12A 3SFCA 1FFFC 2NMYA 3BRAA 5P5TA 5I3WA 4GYEA 5KOSA 1LF4A 4Y3HA 4I0EA 5P3PA 3L5CA 5ISKA 4Y58A 4N00A 4Y39A 2AOJA 4FLGA 5OZFA 4RROA 3N4LA 4Y3MA 5P5UA 1GNMA 4GJ5A 5DGUA 4COEA 4ACXA 4DQHA 1E82E 5P1KA 5P4TA 1W5XA 1APUE 5P0YA 4LHHA 4ER2E 4GJAA 2HS2A 4DVFA 2QNPA 3IXKA 5P0WA 4OBFA 4L7JA 5P5SA 3RTNA 2JYSA 1AJXA 5OZQA 4OC6A 5P2EA 5P2XA 4Y3DA 3R1GB 3K5FA 3BVBA 3UFNA 1SDVA 4EQJA 5P6DA 4LXMA 1EAGA 3UQWA 3WB4A 5P4IA 5P76A 2QI0A 2Q15A 1ZAPA 3BUFA 2HB2A 3BXSA 7HVPA 4MC6A 4J1HA 2VJ6A 3RTMA 2P3BB 5P2HA 4ZSPA 2FDDA 5OZYA 5P4YA 5P55A 5P4WA 5OYVA 5P25A 5P4GA 5P1TA 2XYFA 3KFSA 4K8SA 4Q1YA 5P64A 4Y54A 1MTBA 5P2AA 4JPEA 2IEOA 5P7FA 1B6JA 5P2NA 2HS1A 2AVMA 5P59A 2B7ZA 5P5AA 4L7HA 4QJ6A 1BWAA 3DJKA 5P79A 5IVRA 1HPSA 3OGQA 4XKXA 5P5ZA 2HAHA 4K4QA 3NU6A 3NU3A 2I4UA 3EKYA 2R3TA 3HAUA 5P34A 4NJTA 3G72A 2IGYA 4Y5AA 5OZ7A 2OHMA 5OZOA 3K4VC 2AOFA 1HRNA 2AVVA 2HPEA 2ZHRA 4Y5CA 5P1DA 4DQEA 3D91A 5P5QA 3ZKXA 3S53A 2ZJIA 5P0TA 5P7ZA 3VEUA 3PWWA 5P4BA 4B00A 1XN3A 2P3DA 5P72A 3KMYA 2QI1A 4EPJA 4DFGA 5P81A 2ER6E 5P37A 2Q3KA 5P5RA 2F80A 3GI4A 1W6IA 1PROA 3D3TA 1LF3A 4GJ7A 2FIVA 5P5OA 1QBUA 2AZ8A 3QRVA 3VYFA 3NU4A 2ZJHA 5P49A 5AHCA 1PSOE 4OBJA 5P2DA 4RRSA 4EWOA 1HBVA 3IXOA 3UTLA 2G22A 2XFKA 3I2LA 1ENTE 2ZHSA 1BWBA 1HVIA 2V10C 3GGAA 3TLHA 5OZ3A 3MSLA 4M8YA 2BKTA 5P03A 2QZXA 4YCKA 3JVWA 5P17A 5P57A 2RSPA 5P2OA 2HPFA 5P4LA 5P6YA 3B80A 1K2CA 3VYEA 5KR2A 2G26A 4Y3ZA 2CEJA 2VKMA 4HVPA 1IDBA 2G24A 4DUSA 1META 1HIHA 5P19A 3EL9A 9HVPA 4J0TA 1PSAA 3QRSA 3NXNA 3SKGA 2OHQA 4NKKA 3WZ7A 1G35A 3SABA 3D20A 4Y3LA 1MRWA 4Y4DA 1SMRA 2AVSA 5P4SA 2Q5KA 3NWQA 4CP7A 5P63A 3UDKA 5DR3A 2A4FA 3EMYA 1Q9PA 2NMZA 5P7HA 5P7WA 4Y5MA 5P60A 5E5KA 5SXNA 1ODXA 4RRNA 4CPWA 3OXCA 3ECGA 1D4LA 3UDMA 3EKVA 5P7BA 1W5YA 5OYTA 5DQ4A 1YM2A 5P3NA 4PEPA 1DW6C 1T7IA 5P2MA 2R5QA 5DR1A 3RSXA 3HZCA 5P0QA 1YTJA 5P87A 3INHA 5P6JA 4ZPFA 3O9EA 4YCTA 5P7AA 2NXDA 3BVAA 3NLSA 5HDXA 1FQ8A 2PC0A 5P82A 5B18A 1IZEA 3L3AA 5ER2E 4CMSA 5P8IA 3RSVA 3UDPA 5ENKA 2OHUA 5P31A 5P6PA 4RYGA 4XX3A 5P47A 2NPHA 4GJCA 2ZYEA 1KJ7A 2APRA 4Y45A 3UHLA 5P4CA 2H6TA 3TOHA 5AH8A 5P14A 1BDRA 1EPPE 2QD7A 4TVGA 1ODWA 3TNEA 3CYXA 3PWRA 3DK1A 5P7PA 3PLLA 5P5PA 5P46A 4RVIA 3BXRA 1T7KA 2FDEA 1FG6C 2QD6A 4DQGA 1QS8A 2WEAA 3QROA 1D4YA 2QI4A 1BXOA 5P8FA 4FRIA 3TPLA 3KT5A 5P4JA 5P44A 6UPJA 2I4QA 5P1MA 5P48A 4FS4A 5P22A 4Y4ZA 4QJ2A 1C6ZA 3VCMA 2EWYA 2ER7E 4OBZB 4B72A 4BEKA 3O9GA 1A8KA 1VIJA 5P2IA 3OWNA 5P4XA 5P00A 5P1VA 4DI2A 4EXHA 1WBKA 5ENMA 1BVEA 5P5HA 3TKGA 3NDUA 1IZHA 3M9FA 4FSEA 2VA7A 5P6AA 3UDHA 4RCDA 4MC1A 5P3UA 5P2GA 5P2YA 4GJ6A 1T7JA 5P0UA 5P7NA 4I0ZA 4CPRA 3IA9A 3N3IA 1HVHA 2QMDA 5P8LA 3T6IA 3TPPA 1OEXA 5P7GA 2AZ9A 4I0DA 3IN3A 3RVIA 2WL0A 1B6KA 1E80E 1HSHA 3UDYA 5T4SA 3EBZA 2QZKA 5P42A 1A9MA 1HPVA 1EBYA 2IKUA 3Q6YA 6FIVA 2CENA 4H3IA 4Q1NA 3PSGA 2AZCA 3EKTA 1MPPA 3SM2A 2R9BA 5P5MA 1FLHA 3GGUA 3EKXA 5P84A 3ER3E 3PJ6A 2QMGA 2AODA 2OHNA 5DQ1A 3IN4A 5ER1E 5OZAA 5P54A 1HTRB 3O9LA 5IE1A 3LZYA 1HEGE 4RZ1A 3MXEA 3OY4A 5APRE 5OZIA 3OUDB 5DR4A 3SO9A 2B60A 5P2FA 2ZHVA 2NXLA 4NPTA 2UXZA 3OXVA 1RL8A 3I6OA 3PSUA 4LBTA 2J9JB 3TTPA 3U71A 1GVXA 1FQ4A 1IVPA 4YBIA 5P5JA 2G1OA 5P7KA 3H5BA 5P0JA 1MSNA 5HU0A 2OAHA 5OYQA 5P1IA 2WF2A 5P5XA 3VYDA 3SA5A 3S43A 1BILA 4ZPGA 5EZXA 3SQFA 2QZLA 3ZKQA 2FNTA 1GNNA 3TH9A 3T11A 1BAIA 3GGXA 3I8WA 5P5LA 5P0AA 1D4SA 5COPA 4PZWA 5P02A 1TSQA 3U6AA 4EYRA 5KQFA 2NR6A 5P35A 3NU5A 5JFUA 4EP2A 4B77A 1XE6A 1EBKC 5P1EA 2PSVA 3QRMA 3UDQA 4TRYA 1IZDA 3HLOA 5P3DA 2VNNA 3PWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PBZ A;  5DQ2 A;  3QPJ A;  1N49 A;  4FCO A;  2AOC A;  5P07 A;  1MT9 A;  3S7M A;  5P4P A;  4Y3G A;  5F00 A;  1B6P A;  4I12 A;  3I7E A;  4FGX A;  4GZF A;  4Y4A A;  3OXX A;  2F8G A;  3QVC A;  4UPJ A;  4Y3X A;  5P6T A;  4EQ0 A;  5P78 A;  4A4Q A;  5OYY A;  4Z22 A;  4FM8 A;  2B8L A;  3PM4 A;  5OZB A;  5OZZ A;  1M4H A;  4ACU A;  4ER4 E;  3L5B A;  2FLE A;  2ZHU A;  5P2T A;  1FQX A;  1HSG A;  5P5V A;  3HVG A;  4L7G A;  5OZC A;  5P18 A;  2IS0 A;  1GVU A;  4OBD A;  2VS2 A;  3LZS A;  4B1C A;  4B1E A;  3GW5 A;  4HDB A;  3VF5 A;  4FL8 A;  4CPX A;  2R38 A;  2NTR A;  4L1A B;  3UFL A;  2Q11 A;  3K4V A;  1MUI A;  5P8V A;  5P8O A;  3OHF A;  1G0V A;  2R8N A;  5HCT A;  3O9F A;  4OBK A;  2OHS A;  5P0N A;  3OQK A;  1ODY A;  2IDW A;  1MVP A;  3AUP A;  5P0Z A;  3Q4B A;  2V00 A;  2UPJ A;  2PSU A;  2B8V A;  4NJS A;  4Y4X A;  2ASI A;  4ER1 E;  4Y5E A;  1G6L A;  5P1P A;  5P4U A;  5P16 A;  5P4K A;  5P7R A;  4J1E A;  5P6H A;  3VFA A;  1ME6 A;  4OBG A;  3SLZ A;  5P68 A;  2HB4 A;  3SA4 A;  2HIZ A;  3DCK A;  4HDP A;  1FG8 C; 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 3FX5 A;  1EC2 A;  5P3Y A;  2UY0 A;  2WEB A;  5P0L A;  1Z1H A;  4Y3N A;  4H3J A;  5AH7 A;  4J0V A;  1BDQ A;  2VA6 A;  1HSI A;  2FXD A;  3CMS A;  3CKR A;  3URJ A;  1GVW A;  1HPO A;  1EC1 A;  5P8T A;  1HTE A;  2G1S A;  5KOQ A;  2WHH A;  3GI0 A;  4YCY A;  1HVL A;  3APR E;  1EPL E;  5P0D A;  4IVT A;  2AOI A;  2VIY A;  3G6Z A;  2QHY A;  5P8J A;  3KDB A;  5P6V A;  3JW2 A;  5CLM A;  5OYX A;  5P5I A;  4GJB A;  1UPJ A;  4K4P A;  4WY1 A;  1LV1 A;  5P0G A;  3LPI A;  3OQA A;  5P01 A;  4H3G A;  5P56 A;  5P3S A;  3VV6 A;  5P67 A;  4CPQ A;  3ZKN A;  4I0H A;  3SA7 A;  2XFI A;  3ZKM A;  5HVP A;  4K4R A;  5P3R A;  4FRS A;  2ZJK A;  5HE5 A;  5KQZ A;  1FKN A;  5DGW A;  2QI6 A;  5P58 A;  3O9D A;  4Y53 A;  3R2F A;  5P7D A;  4I0I A;  5P83 A;  2I4D A;  3EM4 A;  5AGZ A;  1KJG A;  3ZKS A;  3DV5 A;  2I0D A;  2F3K A;  3L38 A;  5P8D A;  3RTH A;  1LF2 A;  5C9B A;  1ZSF A;  4BFD A;  1ZJ7 A;  2AZB A;  5P6E A;  3R0W A;  2WF0 A;  3O9H A;  2SAM A;  3OU1 B;  1B5F B;  3VV7 A;  1FF0 C;  2OF0 A;  4YDG A;  1LYA B;  5OZ8 A;  5P0X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FX5 A;  1EC2 A;  5P3Y A;  2UY0 A;  2WEB A;  5P0L A;  1Z1H A;  4Y3N A;  4H3J A;  5AH7 A;  4J0V A;  1BDQ A;  2VA6 A;  1HSI A;  2FXD A;  3CMS A;  3CKR A;  3URJ A;  1GVW A;  1HPO A;  1EC1 A;  5P8T A;  1HTE A;  2G1S A;  5KOQ A;  2WHH A;  3GI0 A;  4YCY A;  1HVL A;  3APR E;  1EPL E;  5P0D A;  4IVT A;  2AOI A;  2VIY A;  3G6Z A;  2QHY A;  5P8J A;  3KDB A;  5P6V A;  3JW2 A;  5CLM A;  5OYX A;  5P5I A;  4GJB A;  1UPJ A;  4K4P A;  4WY1 A;  1LV1 A;  5P0G A;  3LPI A;  3OQA A;  5P01 A;  4H3G A;  5P56 A;  5P3S A;  3VV6 A;  5P67 A;  4CPQ A;  3ZKN A;  4I0H A;  3SA7 A;  2XFI A;  3ZKM A;  5HVP A;  4K4R A;  5P3R A;  4FRS A;  2ZJK A;  5HE5 A;  5KQZ A;  1FKN A;  5DGW A;  2QI6 A;  5P58 A;  3O9D A;  4Y53 A;  3R2F A;  5P7D A;  4I0I A;  5P83 A;  2I4D A;  3EM4 A;  5AGZ A;  1KJG A;  3ZKS A;  3DV5 A;  2I0D A;  2F3K A;  3L38 A;  5P8D A;  3RTH A;  1LF2 A;  5C9B A;  1ZSF A;  4BFD A;  1ZJ7 A;  2AZB A;  5P6E A;  3R0W A;  2WF0 A;  3O9H A;  2SAM A;  3OU1 B;  1B5F B;  3VV7 A;  1FF0 C;  2OF0 A;  4YDG A;  1LYA B;  5OZ8 A;  5P0X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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