8HVPA

Structure at 2.5-angstroms resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene*-based inhibitor
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure at 2.5-A resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene-based inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 12
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 8hvpA00
2NMYA 1XS7D 2FGUA 4Y3DA 5BRYA 4J1IA 5EZZA 5DQ1A 5P2KA 1E81E 2QZKA 2IKOA 2RMPA 3BGCA 1D4SA 2ANLA 1ODXA 3OQDA 1LYBA 4GZFA 3OQ7A 3K5CA 5P4VA 5P20A 3FKTA 5OYWA 2O4SA 5P47A 3NYGA 2RKFA 2WF3A 3T7PA 3PJ6A 5P1CA 4B1EA 5P2VA 1EC0A 2AQUA 2P3CA 3OTSA 4R8YA 2G69A 2PH8A 5P6XA 5P0TA 3EXOA 5P3ZA 4DJUA 4EP3A 1FB7A 1N49A 3Q4BA 5P0DA 1BDLA 3VF5A 3O9FA 4HDBA 3UQUA 4Y9WA 3UDHA 4DJWA 2QI6A 3RU1A 1F34A 3DCRA 5P26A 4CPQA 3SACA 3L3AA 5P1RA 5P3UA 5P6JA 5HCOA 4D8CA 1EPPE 2WEAA 3PWRA 4GJ5A 1SDTA 2IRZA 5P3QA 3H5BA 4FL8A 4R95A 5P2OA 3KDBA 3LPJA 5I3VA 4YD6A 4HE9A 5OZ8A 5JODA 3A2OA 5P23A 2QMFA 5OZFA 1XL5A 5P7RA 3SM2A 1HPVA 4BFDA 4J0ZA 1RQ9A 3AUPA 4DJOA 4YOBA 4YD4A 4CPTA 4DQFA 5P7NA 4ZPFA 4Y5CA 1DW6C 1TCXA 4GJ7A 5P78A 5P7TA 4IVSA 5OZUA 4RYGA 4GJBA 5COKA 1QDMA 1K6VA 3EKVA 5OZYA 1ZSFA 1A94A 2CEMA 4Y39A 1PROA 3S54A 2P3BB 1W6IA 4JECA 4CPUA 2WHHA 5P8QA 5IVRA 4YD5A 1C6ZA 2B8VA 2BPVA 2FGVA 4UPJA 1BAIA 1D4LA 1W50A 1MTRA 2QU3A 4RVXA 2VA6A 1G0VA 5P7JA 2FDPA 5P68A 4FRIA 1IDBA 3CICA 3OQKA 3IA9A 4J0TA 1HVCA 1YM2A 1JLDA 4X2LA 5P36A 3IN3A 5P6HA 5P6YA 1HSGA 5P2FA 5OZ7A 1HPXA 3DUYA 2QZXA 4J1FA 5P3SA 2AZ8A 3BVBA 4Y5KA 2OHUA 4Y5AA 2QI4A 5OZBA 5P6ZA 3GI5A 3UDRA 3SA7A 5OZ2A 4LL3A 1GNOA 3ZKXA 2IS0A 3LIYA 4Z4XA 1QBSA 2F80A 3WSJA 5OZ4A 1ZBGA 5P1PA 5P3JA 2P3DA 5HU1A 3OTYA 5P70A 3QIHA 2VA7A 3TOHA 2PSVA 1W5YA 5HDUA 3G72A 4U7VA 1FFFC 5OZPA 3UQRA 5P89A 3TKGA 3S85A 3UDKA 9HVPA 2ZJMA 3LZSA 2ZDZA 4D85A 3IVIA 4RGHA 3NU5A 2V12C 1AZ5A 1KZKA 4Y5LA 4QJ2A 3QRMA 4Y4EA 1APUE 5P5BA 4Y3LA 4Y4UA 5P38A 3T6IA 5IVQA 3K1WA 3I8WA 2PC0A 4Q1XA 5I3WA 3LZUA 5KR1A 5PEPA 4FRSA 4Y58A 4J1KA 3DCKA 2ZHVA 3OU3A 1TW7A 5P8OA 2ER0E 5P3DA 4Y54A 5P64A 5P49A 4B78A 1IZEA 4JOOA 4WTUA 4H3FA 3KFRA 5P7MA 2QU2A 5P2EA 5P4HA 2I4XA 2R8NA 2PWRA 4R93A 5P88A 5P1HA 5AHAA 4EJLA 5P6KA 1B6LA 3PMYA 2AZ9A 1IVQA 2IEOA 4RRSA 5P6PA 5KQXA 2G1OA 2AVMA 4Q1YA 4PZWA 3LZYA 2AVSA 3IN4A 5P80A 4Y35A 3OWNA 5P8VA 5P48A 5P6IA 5P72A 1HPOA 4APEA 5CONA 5P3VA 2Q54A 4B1DA 1MT7A 3U6AA 4ACUA 5P0QA 5P1UA 1B5FB 1IZDA 4LBTA 3CKRA 3RSXA 1B6KA 4GJ8A 5P4FA 2HC0A 1QBUA 3UDQA 2VNMA 5KQFA 1EPRE 4WY1A 5P4DA 1RV7A 3QAAA 4Y6MA 1ZTZA 2ZJJA 2AZCA 5P07A 5P25A 2H6SA 4DJRA 2ASIA 4YOAA 5P7WA 1FIVA 2QHZA 5P5TA 2BKSA 2NTRA 5P0FA 3Q6YA 4H3IA 4Y3HA 5P7GA 4OBJA 3ZPUA 4JP9A 4Y45A 2V10C 4Y3TA 3SKGA 5P3BA 3VV7A 5AHCA 3OK9A 1EBKC 5DQ5A 4QJ7A 2RENA 3OY4A 4D89A 1FGCC 2AOFA 3S7LA 2QHYA 5DR4A 5P4KA 4DJQA 3QROA 7UPJA 3NWQA 5AH6A 1T6EX 3EKWA 1EBYA 3KDCA 4CPWA 5P1YA 3MSJA 4YA8A 5P8KA 2HS2A 5P5RA 3O9LA 4OBDA 5P4PA 4NJTA 4OBZB 2B7ZA 5P0UA 2OHTA 4J17A 2FIVA 1MT8A 4HA5A 3OU1B 1HXBA 3DV1A 4Y3AA 4K4RA 4Y5BA 4DQHA 5IS4A 5SY2A 5P8EA 4RLDA 5P5LA 5OYUA 5P4LA 3N4LA 4M8XA 3H0BA 1AJVA 3OXXA 5OZ3A 1EBZA 5P5YA 1DPJA 3FNSA 4APRE 1GNNA 1GVTA 4RROA 1EEDP 4B77A 4EPJA 4J54A 4YCTA 2G21A 2ZHSA 3O9HA 4DQGA 3S56A 4EJ8A 3VF3A 5OZQA 1T7KA 4B00A 1GVVA 5P53A 3EL9A 5AH8A 5P0KA 3OGQA 4I8WA 2JXRA 7HVPA 4OBZA 5P4JA 5P2XA 4ZSPA 3KT2A 1APVE 2ZJNA 1W5WA 3HDKA 2JJJA 4EQJA 4J1CA 5P0ZA 5P87A 3EC0A 1YTGA 4B70A 3SA5A 4I0FA 3LITA 1A9MA 5ENKA 3L5EA 1HTRB 2QP8A 3TOGA 5DR7A 4DFGA 5P2YA 3PWWA 2FXEA 4EJDA 2IDWA 4J1EA 3URLA 3EMYA 1M4HA 5P6VA 5ISJA 3CIBA 5OZVA 1VIKA 4OC6A 2VIZA 4RRNA 5P7FA 2A4FA 3TOFA 5P5NA 3PSUA 2AOJA 5P01A 4COEA 2AODA 5P24A 3D3TA 3PWMA 1M0BA 5P1OA 2Q3KA 1HVHA 2MIPA 2NR6A 2UXZA 4GB2A 1EBWA 1BBSA 1FQXA 6FIVA 2WECA 5P6MA 2V0ZC 4KB9A 3FNUA 5I70A 5DR3A 3LINA 4LC7A 2O4PA 4GMIA 4MC6A 2NNPA 4IVTA 2FDEA 4L1AA 3NUJA 2I4DA 5JFPA 2PH6A 1FQ5A 2QI0A 3O9AA 5P2RA 4FSEA 4ZPGA 5P8TA 5P5AA 1MRWA 2ZJLA 3O9EA 5OZGA 1LYBB 2V11C 1A8GA 2IL2A 3OXCA 2FXDA 1CMSA 1SBGA 3HVPA 4EYRA 2F3EA 5OZSA 4Y48A 2I4UA 2IENA 5I3YA 2IKUA 5P43A 4PHVA 4KUPA 2A1EA 2QZWA 3KN0A 4Q5MA 5P59A 3RTHA 1MSMA 3OADA 2G26A 3L5DA 2B60A 1W51A 4K4QA 2XFIA 3KT5A 3K5DA 5P66A 3AIDA 4Y3PA 5P5QA 2EWYA 3PGIA 5P4XA 5P4IA 5OZDA 1ZPAA 3VFAA 5P10A 5P1WA 3VF7A 1SMEA 4EQ0A 1ODWA 5KOQA 1HIIA 2PK5A 5P5DA 5P4TA 4TVHA 3MSLA 1FQ6A 1B6PA 1HWRA 5P3EA 4FAEA 5P02A 1EPNE 1K6CA 4FLGA 3OUAA 1HSIA 4U7QA 5OZ9A 3EKPA 5P6DA 4RCDA 1KJHA 2VJ7A 5P4OA 4BFBA 4R92A 2P4JA 2V13A 3PSGA 5P1SA 2QD6A 1D4YA 3PVKA 2ZYEA 5P1EA 2G1SA 3KFPA 5P39A 2O4LA 3SQFA 4R91A 1HEFE 5P45A 2G1RA 5P7YA 3T7QA 4K8SA 4PYVA 5P5UA 5P0XA 1XDHA 4GJDA 2WL0A 5P0HA 5P0NA 1SIVA 3GI0A 2I4WA 3TH9A 1MVPA 5DPZA 5P1NA 3O9GA 3ZLQA 5P6FA 2G24A 4Y5GA 5P3LA 2Q11A 1EC1A 5P6GA 2OHLA 5P8JA 3HAUA 1ZLFA 3PLLA 1DAZC 4Y41A 1HTGA 3TTPA 2QI7A 4Y5EA 1GVXA 3L5FA 1BV7A 2HIZA 3OUBA 1E82E 4XX4A 5IVTA 3QI1A 2APRA 4KE1A 4FM8A 3INHA 4Y43A 4QLHA 1Q9PA 4FAFA 5P32A 3NDXA 3NU6A 1PSNA 2B7FA 4LXMA 5P8IA 2OF0A 2ZJKA 2AVVA 3OXVA 2HB4A 1D4KA 4ER2E 3EM6A 5P1IA 3CMSA 3QVCA 1AVFA 1K1UA 5P44A 1FEJC 3ER5E 2OHNA 4K4PA 1MERA 1FG6C 5P2AA 1AAQA 1TSUA 1D4IA 5APRE 2JE4A 2Q55A 1NH0A 4Q1WA 2QNNA 5P3KA 3B7VA 5P5PA 3URJA 3INDA 3TLHA 4Y3EA 4YBFA 1SGZA 3SM1A 3ZKNA 1QS8A 4TRYA 1LYWA 3HBOA 5OYXA 5P8PA 2Q63A 5P18A 5P77A 5P8SA 1TSQA 3UCBA 2I1AA 2P8HA 4L7JA 5OYVA 4Y3GA 5P3RA 5P42A 3EKTA 3B80A 3SA3A 1CPIA 5OZLA 1T7IA 2AOCA 3LPKA 4F73A 5P85A 2R3TA 1BXQA 1T6GA 2PYNA 1Z1RA 4Y51A 5P5KA 5P29A 5P2NA 5P5EA 5COPA 5P8BA 4A6BA 4S1GA 5P00A 2SAMA 5P1QA 3UHLA 3S53A 4Z2ZA 1SDVA 4HVPA 5P4CA 3Q5HA 3VCMA 5P1VA 3O9BA 3ZKGA 3BXRA 4PZXA 5OYQA 2WF0A 4GJCA 5P0CA 1MSNA 5AGZA 3KA2A 2O4NA 5OZZA 2WJOA 4DQBA 3R0WA 5P13A 3OOTA 1E80E 5P79A 3I6OA 5P86A 3DV5A 2QMGA 5P50A 1TQFA 3VV8A 1IZIA 1IBQA 4Y4TA 1BILA 4LXKA 3SKFA 2WF2A 5P7IA 2FNTA 5P82A 5C9DA 4ZSMA 4FRKA 4RYCA 3IXKA 5P3YA 4M8YA 1PFZA 5P5ZA 2QNQA 2WEBA 5P09A 1Z1HA 2OHQA 2ZJIA 5C9FA 5P2CA 1ZSRA 3SA4A 1MESA 5P0WA 5P7XA 5P52A 1LEEA 4CKUA 1G35A 5OZOA 1APTE 1IDAA 2ER7E 3PI0A 5P2BA 3OGPA 5ENMA 5DQ4A 1LZQA 2NNKA 4DV9A 5P2GA 3CIDA 4YHQA 2O40A 4I0DA 3FNTA 4GIDA 3KFSA 2AOHA 5P81A 1B11A 3BVAA 3PMUA 4TRZA 5P3PA 1K6PA 4AMTA 3QS1A 5OZRA 5DR8A 5P6RA 4Y4GA 3QBHA 3M9FA 4OBHA 5P67A 1ODYA 5P7QA 5OYYA 3NDUA 1WBKA 3BGBA 1PSOE 3S43A 2R9BA 5J25A 1NPVA 3Q3TA 5P7BA 3D1XA 2HM1A 4CP7A 2NXMA 1IIQA 5I3XA 1YT9A 2VA5A 3SA8A 1MUIA 2JJIA 1VIJA 2F8GA 5P8HA 1SDUA 3O9LB 5P57A 2UY0A 2Z54A 3INFA 5P7PA 5OZXA 5HE5A 3EL5A 5P84A 4HDFA 3ECGA 3LZVA 5P2UA 5E5KA 3L5CA 4F74A 1GVWA 3OUDA 4Y4DA 1KJ4A 1Z8CA 3LNKA 5DGUA 5P5JA 3DJKA 3KMYA 4R5NA 1SMRA 1XN2A 4YCYA 4GJAA 3HVGA 4J0PA 5OZAA 2ZGAA 5P7UA 1ZP8A 4A6CA 1RL8A 2ER9E 5P74A 4ACXA 1TZSA 5P2MA 1BDQA 1BWBA 4Y5PA 4DJXA 1DP5A 3VLAA 2R38A 5P3TA 5P3HA 4GYEA 1FQ4A 5P37A 4EXHA 5KQZA 3APPA 5P06A 4B72A 3APRE 5P1AA 3UDJA 5HD0A 4MC9A 1KJGA 2HB3A 2VJ9A 2F81A 3BUGA 5KAOA 3PB5A 4NJUA 5JG1A 3SO9A 4RCEA 1CZIE 5P5CA 4EWOA 4FGXA 1J71A 1AXAA 3PCWA 5P8NA 2O4KA 4FCOA 2AOGA 2FNSA 1YTIA 4DI2A 4B05A 3G6ZA 1BV9A 2WEZA 5P0GA 2XFJA 1IZHA 1OEWA 5P2DA 3HW1A 4NPUA 4OC6B 5P3MA 4ER4E 5P1DA 3LIZA 3FIVA 5COOA 1FLHA 4ZEAA 1KJ7A 4AA9A 3EL0A 5P0PA 4ZSQA 2OHMA 5P19A 1FMXA 1HVLA 3PCZA 2OHPA 4Y4AA 3OQFA 4Y3ZA 3SA9A 3OU4A 4PEPA 3UQPA 3ZKIA 4I10A 4YDGA 4CPSA 5P35A 1MTBA 1B6JA 5P3AA 4Y47A 3GGVA 5P7KA 4JPCA 3QBFA 4WY6A 1XE6A 4XX3A 2Q15A 5P8DA 2AVQA 3NWXA 2HS1A 2QAKA 1BVGA 5P4EA 5P8MA 1FQ8A 2NPHA 5P7OA 3UDNA 1HEGE 2WKZA 3BUFA 4Y50A 3O9IA 3VYFA 5ER2E 5B18A 4H3GA 4L1AB 2BKTA 3K4VA 5P0VA 5P4RA 5P4YA 3BRAA 1FG8C 4YD3A 1OD1A 5P2IA 4Z22A 5IE1A 1D4JA 5P2JA 3MWSA 5DR0A 2RSPA 2AIDA 5P83A 4NJSA 1HOSA 3F9QA 3K5GA 5P31A 4DJVA 2HAHA 1EAGA 2AOIA 3EL4A 4J55A 4J1HA 3UQXA 3D20A 5P8RA 4Y4JA 2BPXA 3UDYA 4RVJA 5P28A 5P7CA 3QN8A 3OADB 3R1GB 1MPPA 3QP0A 4Y36A 3UDMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NMY A;  1XS7 D;  2FGU A;  4Y3D A;  5BRY A;  4J1I A;  5EZZ A;  5DQ1 A;  5P2K A;  1E81 E;  2QZK A;  2IKO A;  2RMP A;  3BGC A;  1D4S A;  2ANL A;  1ODX A;  3OQD A;  1LYB A;  4GZF A;  3OQ7 A;  3K5C A;  5P4V A;  5P20 A;  3FKT A;  5OYW A;  2O4S A;  5P47 A;  3NYG A;  2RKF A;  2WF3 A;  3T7P A;  3PJ6 A;  5P1C A;  4B1E A;  5P2V A;  1EC0 A;  2AQU A;  2P3C A;  3OTS A;  4R8Y A;  2G69 A;  2PH8 A;  5P6X A;  5P0T A;  3EXO A;  5P3Z A;  4DJU A;  4EP3 A;  1FB7 A;  1N49 A;  3Q4B A;  5P0D A;  1BDL A;  3VF5 A;  3O9F A;  4HDB A;  3UQU A;  4Y9W A;  3UDH A;  4DJW A;  2QI6 A;  3RU1 A;  1F34 A;  3DCR A;  5P26 A;  4CPQ A;  3SAC A;  3L3A A;  5P1R A;  5P3U A;  5P6J A;  5HCO A;  4D8C A;  1EPP E;  2WEA A;  3PWR A;  4GJ5 A;  1SDT A;  2IRZ A;  5P3Q A;  3H5B A;  4FL8 A;  4R95 A;  5P2O A;  3KDB A;  3LPJ A;  5I3V A;  4YD6 A;  4HE9 A;  5OZ8 A;  5JOD A;  3A2O A;  5P23 A;  2QMF A;  5OZF A;  1XL5 A;  5P7R A;  3SM2 A;  1HPV A;  4BFD A;  4J0Z A;  1RQ9 A;  3AUP A;  4DJO A;  4YOB A;  4YD4 A;  4CPT A;  4DQF A;  5P7N A;  4ZPF A;  4Y5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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