8HVPA

Structure at 2.5-angstroms resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene*-based inhibitor
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure at 2.5-A resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene-based inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 12
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 8hvpA00
2VJ6A 1F34A 3S43A 5P0WA 1Z1HA 3PBZA 3N4LA 4FSLA 5DR7A 2OF0A 1YX9A 1IZHA 2PYNA 4RCDA 4K9HA 3VFAA 5P08A 4I0FA 1HSHA 2HS1A 1APWE 5P0UA 2CEJA 3WSJA 1AXAA 3IN4A 2NXLA 4Y35A 3PVKA 3EM4A 1ZAPA 4I11A 3K1WA 5P4AA 1HHPA 5P4LA 4D85A 1HTEA 2ZDZA 5SXNA 4TVGA 4DQBA 3EL5A 3CIDA 5P8DA 4A4QA 5P0TA 4FM8A 4Z22A 3LHGA 3NR6A 2Q15A 3I6OA 4FCOA 3T7PA 5P01A 1RQ9A 1C6ZA 2QMDA 3SA6A 1ME6A 1RV7A 4Y36A 4YBIA 4I0IA 5P1KA 2A4FA 4Y3EA 5P2NA 3PJ6A 1DW6C 1E80E 5P5HA 4APRE 4LXKA 2F3KA 5OZ2A 4B70A 3GI0A 4Y4EA 2PK5A 1A8GA 4TRYA 2IQGA 5P49A 2BJUA 4GJ6A 3U6AA 2XYFA 5P2JA 1YM2A 5P5SA 4L1AA 1E81E 2RKFA 4FRKA 4ZIPA 5P89A 3UTLA 1HXWA 5P81A 3O9FA 2ER0E 1K6VA 3BVAA 5P29A 5P5BA 4QLHA 4Y37A 1MIQA 3TPLA 2VA5A 2VNNA 5T4SA 4Y4BA 5DGWA 5P79A 5OZFA 1EPRE 1TZSA 5P0IA 3SA9A 3VCMA 5OZNA 2XFKA 1LYWB 2G26A 3EKXA 5P8VA 3TOHA 1C70A 2ZE1A 1LF3A 3S54A 5OYYA 2XFJA 3UHLA 1EC2A 3ZPSA 3H0BA 4DQFA 2VNMA 1AM5A 5P11A 5P0CA 4HE9A 1GVUA 2AVSA 1EPNE 3GGAA 4B00A 4L7JA 5P4RA 1MPPA 5I3WA 4HDPA 3QROA 1SP5A 5P12A 5P7JA 1HIHA 5P6TA 3IVIA 4PZWA 2QNNA 4B1CA 3M9FA 2QMPA 3R1GB 4YCYA 2P3AA 5P1LA 3URIA 2ZJLA 3KDBA 1B5FB 1BDQA 4Y3SA 4DQGA 4U7QA 1T3RA 1GNNA 4F74A 5P53A 3TOFA 4XX3A 2B8LA 5P80A 1JLDA 3KFSA 3F9QA 5P0SA 3VF7A 3VLBA 4GMIA 3BUGA 2ZHUA 5P6UA 2FIVA 2HB4A 1XN2A 3PWWA 4YE3A 5EZXA 2QZKA 3IGBA 3INEA 5KQYA 3VV6A 4XXSA 3ZKXA 5HTZA 4I0DA 4J0YA 5P1PA 1NH0A 5I3XA 5P32A 4HVPA 5P4DA 3ECGA 2VIEA 2OHPA 5OYRA 2OHKA 2ZJHA 1IZIA 3OUCA 5P0MA 4BFBA 3LIYA 4WTUA 2ER9E 2HB3A 1ENTE 2WF0A 5P5IA 3OU3A 5P7VA 1DMPA 2PC0A 3LPIA 5P8FA 5P4HA 4Y5EA 1K6CA 5P57A 2OHNA 2Q3KA 1ODXA 1XL2A 5AHCA 5J25A 3IAWA 3FIVA 3NDTA 1QS8A 4I0HA 4OD9B 5COKA 1BDLA 5PEPA 5P30A 2RMPA 5OZXA 2ZHVA 2PSUA 3WZ6A 3R4BA 1IVPA 4IVTA 4KE0A 5OZEA 5P00A 3PI5A 3OADA 5P6JA 2QI1A 4YD4A 1WBMA 1EPQE 4KB9A 4YD5A 5P84A 1K6TA 3EMYA 4DJUA 2NMYA 3RTHA 5P15A 4FGXA 2IS0A 4J0VA 3T11A 5E5JA 5P1WA 5KOQA 1HRNA 4LAPA 5P27A 5FIVA 4YD6A 1DIFA 3LINA 4Y5PA 4Y58A 3BC4A 3GGVA 1GVWA 5P36A 5P3DA 3FV3A 1FMXA 4NJVA 2JYSA 2IL2A 5COOA 4APEA 2Z54A 3H5BA 5COPA 4U8WA 9HVPA 4M8YA 5P82A 3GGUA 3OHHA 5OZ5A 5P6DA 3KDCA 1SGUA 4Y3TA 5KOSA 4M8XA 3L38A 1A94A 2SAMA 2WF3A 3GW5A 3OUAA 4H3FA 4L6BA 3EL1A 5P0ZA 3OK9A 6UPJA 2V10C 2HB2A 4Y3GA 5OYSA 4RCFA 3KM4A 4Y4XA 3VF5A 7HVPA 4HDFA 3VLAA 4OBGA 3SQFA 1T6EX 2WEDA 4KE1A 5P0EA 5P7WA 2VJ9A 3APPA 3LPKA 5P10A 5P5WA 1HPSA 4Z50A 3OGQA 3I25A 4DQEA 4HLAA 2NTRA 1AJXA 2VA6A 3MWSA 1BAIA 3O9DA 3KN0A 4DUSA 1C6XA 2EWYA 5P7AA 4J0TA 2RKGA 3LIVA 2FXDA 5P4SA 1OD1A 4MC6A 3UQPA 5P6HA 4B1EA 5IS4A 5P3GA 5SZ9A 1BVEA 1ZSRA 3LZVA 1FQ7A 1PSOE 2PWCA 5P7ZA 3O9CA 3T7XA 4OBKA 5P6QA 1G35A 4YOBA 5P3FA 5P70A 4Z4XA 3KMYA 5OZCA 5P5KA 4ZSQA 5AHAA 4AUCA 3OQKA 2NNPA 2I4DA 3LZSA 5P0GA 3S45A 4Y3MA 3EBZA 4Y5NA 1IBQA 2FGVA 5OZ7A 5E5KA 5P2YA 4X2LA 3UDQA 5I3VA 3NYGA 3ZKQA 2ZHRA 4PPHA 4I0GA 3K5FA 2FDDA 4J5JA 1MSMA 3NLSA 3Q70A 5P6BA 3PSGA 5I3YA 4DJXA 3B7VA 2AOJA 2WF4A 4EYRA 1GKTA 5P1XA 3BXSA 4MC9A 4YCTA 1B6KA 5P1YA 2V16C 1IZDA 1B11A 3EL4A 1HIIA 2G1NA 3PB5A 1CMSA 4I8ZA 3OOTA 3K5GA 5P6PA 3PLLA 3UDRA 1LEEA 3MSJA 4DJQA 5P7RA 3APRE 3ZKSA 4DQCA 3DUYA 3GGXA 5KR2A 5P23A 2WF2A 5JG1A 5P6EA 1BWBA 5P3TA 2PQZA 4Y41A 3KYRA 4J1KA 5DQ2A 2QP8A 3LIXA 5OZGA 5HE5A 5SY2A 4EPJA 5P4QA 2AOCA 3ZPTA 5EZZA 3LNKA 5OZQA 1IDAA 4QJ9A 5P5XA 5ISJA 4DH6A 1D4HA 5P83A 4YDGA 5P39A 4EXGA 2QD6A 5OZ6A 5P2HA 3KF0A 3KFPA 3BHEA 5P6AA 2QI5A 1D4JA 1U8GA 5OZDA 3SA8A 3PWMA 1D4YA 1HXBA 5KQXA 1QDMA 3GI4A 5OZ9A 5P71A 2G22A 5HE4A 4ZLSA 3O9BA 4D89A 3NDUA 3TPRA 3TL9A 1RL8A 5P1HA 1CZIE 5P2KA 4FLGA 2V0ZC 3LIQA 1LS5A 1K1UA 5P1BA 5OZRA 1YT9A 1YTJA 5JFUA 1ZPAA 2B7FA 5P5TA 3PEPA 2G69A 4HA5A 4OC6A 3QIHA 1M43A 3PBDA 4QJ6A 5P1ZA 3PCZA 2R3WA 3NU5A 5OZ0A 4DJYA 5AH8A 5OZVA 3ZKNA 5P4ZA 2HS2A 3MSKA 4OBHA 5P8HA 3TKWA 5P8JA 2WEZA 3BGCA 4ACUA 1SMRA 4GJ9A 4OBZB 5P04A 5P0KA 2HM1A 5P1RA 1EPPE 5P3ZA 3I7EA 2AVQA 2F3FA 5P5CA 4F76A 4Y4AA 2ER6E 1AAQA 5P72A 5P76A 5P16A 4RROA 5P1NA 3OWNA 1APUE 2IKUA 3AIDA 1N49A 5P8OA 3FKTA 1HEFE 4B0QA 3PMUA 5F00A 5P4YA 4Y5LA 2PH6A 2NR6A 5P3HA 1YTHA 5P1TA 1HVCA 1ODWA 3PCWA 2O4PA 4CMSA 2BBBA 1SMEA 2QD8A 5P7HA 4COEA 4IVSA 4JOOA 1HVLA 1RPIA 5P33A 4Y5KA 2QHYA 3FNUA 1HEGE 5P7UA 3L59A 3OXVA 5P6RA 5P4UA 2OHLA 3K5CA 4BFDA 4H3IA 1BVGA 3NUJA 5P2AA 2Q63A 1XDHA 3BUHA 3OHFA 3T3CA 3NXNA 5P7KA 2CENA 5P3PA 2UXZA 4K8SA 3IXJA 5P2VA 4OBZA 3BUFA 1HTRB 5P0VA 2Q55A 5P5OA 5AH6A 1MERA 5P87A 1AJVA 4RRNA 4GJBA 5P34A 1ODYA 3NU6A 5P7IA 5P6WA 4Y5MA 1ZBGA 5P8GA 5IE1A 1AIDA 3CKPA 4XX4A 5P14A 3UDNA 5P0BA 5P2LA 5BWYA 1HVSA 5P8EA 2F81A 3QPJA 3OQDA 2Q5KA 4R8YA 4CPQA 1HVKA 3LITA 3G70A 3JVWA 5P5JA 5OZPA 1ZTZA 3VEUA 5P22A 4ZE6A 3HD8A 5P4CA 1NPAA 5P1EA 5P8NA 2I4VA 2MIPA 2R9BA 1UPJA 1G6LA 1ZLFA 2G1YA 2QHCA 3QS1A 2APRA 4YA8A 4Y3DA 5ENMA 5P4XA 5P4WA 1APVE 3OTSA 2ASIA 4TRZA 4PZXA 5P8UA 4ZSPA 2AOHA 5P60A 7UPJA 2G24A 3PHVA 5HDZA 5P7CA 3O9AA 4ER4E 2PMAA 3OQ7A 4AA9A 5P38A 1AZ5A 4Y3QA 5P7NA 3KFNA 4Y4JA 4DJVA 3INFA 4I0JA 4OBDA 3SPKA 3EKVA 5DQ5A 2J9JB 4D83A 4Y54A 3UQWA 3TKGA 2ZHTA 1Q9PA 1KJGA 3VYEA 2AODA 1LYWA 5P37A 4CPXA 3A2OA 1GNMA 4ZSRA 5P0FA 2F80A 4Y43A 3OU4B 4UPJA 3ER3E 1W5XA 2G1SA 1EPME 3NU3A 3PLDA 3IXOA 5DQ4A 4EP2A 4FS4A 1FB7A 3NSHA 5P4EA 4J17A 2AOIA 5P74A 4Y3RA 5P2CA 2QU2A 1K2CA 3ZL7A 4L7GA 4J1HA 4RYCA 4S1GA 3INHA 3TTPA 5P67A 4Y5GA 3QN8A 4Y3ZA 5P0LA 5OZJA 5P8RA 5HU1A 3C9XA 5P3RA 1F7AA 2O4NA 1HPOA 2O4SA 1B5FA 4Y56A 5P6KA 3DCRA 4J1EA 1VIKA 4QGIA 4B1DA 3RTNA 1UH9A 5P73A 4NPTA 3S7MA 3NU9A 5ENKA 3S2OA 3CYWA 5P69A 2G27A 4Y3YA 2BPXA 4CPTA 5P48A 1SDTA 4Y3XA 5P7FA 5SY3A 4R95A 1EPLE 2B8VA 4B78A 3Q3TA 1KJ7A 1OEWA 2PH8A 4RRSA 3EKTA 2OHUA 4ZPEA 5P2XA 5P1OA 5P7MA 2I0AA 2Q11A 2FNTA 1MT9A 4QJ7A 5TOLA 2NNKA 3OU4A 3KT2A 4Y38A 1XN3A 5P8LA 5P6OA 5P8CA 2O40A 3UDJA 5OYUA 4Y50A 5KR1A 4R92A 5P6MA 3SACA 5OZAA 1HVRA 1TSQA 4FE6A 2WJOA 5P8AA 3TH9A 5P4TA 4I8WA 1SGZA 2WL0A 3ER5E 4Q1NA 1FG6C 1IDBA 5P4MA 3ZKGA 3OXCA 5P3NA 3UDMA 2FMBA 5OZ8A 5P4NA 3UFNA 5OZWA 4GJ7A 4Y5CA 3PSUA 3SM1A 2AZBA 3HZCA 5P25A 4J1IA 4OD9A 4FM7A 5OZHA 3QP0A 4I0EA 2FLEA 5P86A 5P3VA 4DPFA 2AOFA 3RSVA 1FMUA 5OZBA 1DPJA 4WY1A 5P68A 5P3SA 1T7JA 5P66A 3L5BA 4D88A 1B6JA 1MT7A 5OZYA 3URJA 3SO9A 4EJKA 4GJDA 3ZOVA 1HPXA 2HAHA 5P2IA 3KT5A 5P0HA 3TPPA 2OHRA 2VIYA 3EC0A 3HVPA 5P51A 3URLA 1XL5A 2RENA 5P4OA 1XE5A 1OEXA 1DAZC 2Q54A 3VYFA 4FRJA 1SDUA 2AOEA 5OZ3A 4H3JA 5P7BA 5P2QA 2AVOA 5P8SA 2HPFA 4F75A 1G0VA 4DJOA 2R3TA 4Y3NA 3PRSA 3PGIA 4Y4GA 1QBSA 4H1EA 3DM6A 1FIVA 1YTGA 4CPUA 3BGBA 4JPCA 2VA7A 4YD3A 2ANLA 4BEKA 1FEJC 2P4JA 1LV1A 4NJUA 4Y4WA 4H3GA 3INDA 1LYBB 5OYTA 1ZP8A 1T7IA 5P5DA 1HWRA 1XE6A 3L5FA 1EPOE 5P6CA 1TSUA 3TOGA 5P0OA 1W5YA 3PMYA 3CYXA 5P8MA 3SA5A 1D4IA 4N00A 5P0XA 4J55A 3SKFA 1EBZA 1WKRA 1FQ4A 2A1EA 5P7SA 5P75A 5HDVA 4EQJA 1TW7A 5P3AA 4OBFA 1LYAB 5CONA 4CPSA 3S56A 3ZPUA 4Y5BA 5ER2E 2HPEA 5P3IA 3D20A 2G94A 1PPLE 5BS4A 4DPIA 2P8HA 5P17A 3FNSA 4WY6A 4B05A 1Z8CA 3QI1A 4AZYA 1BV7A 2QZLA 1EEDP 3DCKA 1EBWA 1VIJA 2ZJKA 5OZUA 3DK1A 4TVHA 3OUDB 4LC7A 3TNEA 3DJKA 1MEUA 2QZXA 5P2SA 2VS2A 3G72A 5P6LA 3GI6A 2VKMA 4RVJA 4EJLA 3HAWA 1BBSA 1LYBA 1TCWA 5P5ZA 4RYGA 3U71A 3OXXA 5P52A 1FQ6A 2FDEA 5P44A 3NUOA 5IVSA 5P6IA 3EKYA 3L5CA 5P56A 3OU1B 3UDYA 5P5VA 5P6SA 2QNPA 5P0JA 3EXOA 2QHZA 1PSNA 1LYAA 5P5GA 5P59A 3RVIA 3WZ7A 2PK6A 5P5NA 3EL0A 3HVGA 1NPVA 3IA9A 5P2FA 1EC1A 5P1DA 3SLZA 5P8KA 2QCIA 5P2ZA 5P8IA 3K4VA 5OZ1A 4CKUA 5P07A 4D8CA 5P50A 2QK5A 2AZCA 5P3XA 1SH9A 4LL3A 3OUDA 5P3MA 2R5QA 2QU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VJ6 A;  1F34 A;  3S43 A;  5P0W A;  1Z1H A;  3PBZ A;  3N4L A;  4FSL A;  5DR7 A;  2OF0 A;  1YX9 A;  1IZH A;  2PYN A;  4RCD A;  4K9H A;  3VFA A;  5P08 A;  4I0F A;  1HSH A;  2HS1 A;  1APW E;  5P0U A;  2CEJ A;  3WSJ A;  1AXA A;  3IN4 A;  2NXL A;  4Y35 A;  3PVK A;  3EM4 A;  1ZAP A;  4I11 A;  3K1W A;  5P4A A;  1HHP A;  5P4L A;  4D85 A;  1HTE A;  2ZDZ A;  5SXN A;  4TVG A;  4DQB A;  3EL5 A;  3CID A;  5P8D A;  4A4Q A;  5P0T A;  4FM8 A;  4Z22 A;  3LHG A;  3NR6 A;  2Q15 A;  3I6O A;  4FCO A;  3T7P A;  5P01 A;  1RQ9 A;  1C6Z A;  2QMD A;  3SA6 A;  1ME6 A;  1RV7 A;  4Y36 A;  4YBI A;  4I0I A;  5P1K A;  2A4F A;  4Y3E A;  5P2N A;  3PJ6 A;  1DW6 C;  1E80 E;  5P5H A;  4APR E;  4LXK A;  2F3K A;  5OZ2 A;  4B70 A;  3GI0 A;  4Y4E A;  2PK5 A;  1A8G A;  4TRY A;  2IQG A;  5P49 A;  2BJU A;  4GJ6 A;  3U6A A;  2XYF A;  5P2J A;  1YM2 A;  5P5S A;  4L1A A;  1E81 E;  2RKF A;  4FRK A;  4ZIP A;  5P89 A;  3UTL A;  1HXW A;  5P81 A;  3O9F A;  2ER0 E;  1K6V A;  3BVA A;  5P29 A;  5P5B A;  4QLH A;  4Y37 A;  1MIQ A;  3TPL A;  2VA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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