8HVPA

Structure at 2.5-angstroms resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene*-based inhibitor
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure at 2.5-A resolution of chemically synthesized human immunodeficiency virus type 1 protease complexed with a hydroxyethylene-based inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 12
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 8hvpA00
5OZ9A 1BIMA 3SA8A 4J0TA 3O9CA 5P0UA 4RGHA 3URIA 3H5BA 4EP2A 3KDDA 4Y50A 5P4YA 2OHNA 2QHYA 9HVPA 5P3WA 5P5SA 3DM6A 3GI5A 3NLSA 4LC7A 2Q15A 2ZJKA 3S54A 3N3IA 5IE1A 1MT7A 4D88A 1A94A 3EL4A 2G22A 5OZRA 3FSMA 1LYWB 3IA9A 1TQFA 1HSGA 4EQ0A 3HLOA 5I3VA 3UQRA 1E82E 1T7IA 3BGBA 3G6ZA 4Y4TA 4YDFA 3ER3E 5P3RA 2RKFA 2OHLA 3UDQA 1W5VA 5HU1A 4I0JA 5P1EA 4ZPGA 5HDZA 5P8TA 5P6SA 5P0BA 4J0YA 5P3LA 1HRNA 5OZDA 4GJ5A 4U7QA 3RTHA 1HIIA 5DR4A 2Z4OA 5P2RA 5P84A 1LYWA 4NPUA 4D89A 5P0MA 2BB9A 3RVIA 3SACA 4GJAA 1YT9A 2OHTA 4Y3YA 4YCTA 5OZUA 5C9DA 5P7BA 1K1UA 1K1TA 1RL8A 3NU9A 5KQFA 1MRWA 4S1GA 5P6CA 5P0SA 2B60A 2QI5A 5P5PA 4I0FA 5P61A 5OYSA 5P1OA 5OZOA 2F81A 1EPME 1EBWA 2G24A 3CYXA 3GGXA 4Y4UA 3TPJA 4D83A 4TVGA 5IVQA 1D4JA 2AVSA 5COOA 3S7LA 2A4FA 5P8NA 1IVQA 4QJ9A 4J1CA 5P54A 4I0EA 1ZBGA 2FGUA 3G70A 5P81A 2ZJHA 4H3JA 2RKGA 5P0VA 1MVPA 5P1UA 5HVPA 1ME6A 5P7XA 5P1BA 1SGZA 4LAPA 2NNPA 5DR0A 5P5HA 4J0VA 5AHBA 1PSOE 1QDMA 1SIPA 3UDNA 2V13A 1EAGA 4DQFA 4RYCA 1MUIA 4Y4WA 3OTYA 5APRE 4B0QA 5AHCA 5P6GA 3KT5A 5SZ9A 1XE5A 5AHAA 1BILA 5P6RA 3UQUA 4EYRA 3ZPSA 1BDRA 5P6YA 2HB2A 4GJ6A 3INFA 5P2YA 4AUCA 5ENKA 2ZHTA 5P4KA 5P7JA 4GJDA 2NR6A 4YD5A 3L58A 2FMBA 3INEA 3OUDB 4Y43A 5JG1A 5P2ZA 3SM1A 3KDBA 3OADB 1TSQA 4AZYA 1A9MA 3L5EA 5AGZA 5P25A 5P6VA 1Z1RA 2Q54A 3EM4A 3KF0A 5P2SA 1RPIA 1T6EX 5FIVA 5P3TA 1HVHA 5P4HA 5OZLA 3FV3A 2Q11A 3UDKA 1D4HA 6UPJA 3DV1A 5P65A 1YM4A 1ZP8A 3PJ6A 4GIDA 5P3SA 5P7EA 3VYEA 6FIVA 3OUDA 5P5CA 5P63A 5P0GA 1HTRB 1GNOA 5OYRA 1K6CA 2UY0A 3OADA 5COPA 3R0WA 1Z1HA 4FRSA 5OZ1A 3O9EA 2FNTA 2OF0A 3CKRA 3OXWA 5P8KA 3PHVA 4F74A 1GKTA 4PZXA 4HVPA 3VF7A 5P6DA 4YD3A 1APTE 4IVSA 1LV1A 2HM1A 2JJIA 3O9LB 3HVPA 5KOSA 5P05A 3OUBA 1FIVA 4M8YA 5P75A 5P74A 5P80A 4Q1XA 4RVXA 3URJA 3CKPA 4BELA 1TSUA 5P57A 3QVIA 5P4EA 1C6XA 1M43A 3T7QA 3NU3A 5OYZA 1OEWA 3WB4A 5P70A 3TOGA 4Y36A 1FB7A 2V12C 4DQGA 2RSPA 4L7GA 5P01A 4FS4A 4Y5MA 5P7MA 2QHZA 2ZDZA 4B78A 3EM3A 4Y3TA 5P79A 5P2VA 5EZXA 5P0DA 4Y3NA 4Y35A 3TPLA 4Y54A 3NYGA 3L5BA 4WY6A 5P1MA 3O9LA 5TOLA 4ZPFA 3TL9A 1MPPA 4F75A 1CPIA 2A1EA 2QZXA 1MIQA 4ER2E 5ISJA 5IVSA 4JOOA 2R43A 1FGCC 5P8AA 3SA7A 3OQAA 5P4UA 4R92A 3QS1A 3QP0A 5DPZA 5P0CA 2APRA 1TZSA 3QN8A 4YOAA 4RCEA 1XN3A 5P59A 2QMFA 5P7RA 4DI2A 3IN3A 3ZPTA 3QIHA 3OQFA 4FM7A 1DW6C 5P2UA 2QZKA 3HAUA 4BEKA 2IDWA 3OXVA 5P18A 1OEXA 4XX4A 4DQHA 4CMSA 4J17A 3KDCA 1U8GA 3PVKA 3ZLQA 2PYNA 3LPJA 4PPHA 3URLA 3IAWA 4J1IA 3IVIA 2JJJA 1PSAA 2G20A 4Y47A 3OHHA 4OC6B 4ACUA 4JPEA 4PYVA 5OZVA 3WSJA 3ZKSA 5P20A 3TOFA 4GZFA 5P56A 5P5KA 1XL5A 5P17A 2PQZA 5P7ZA 5P5JA 7HVPA 2XYEA 3LIXA 3AUPA 4NKKA 1AZ5A 3K5DA 5P06A 1B6PA 3EKPA 3PLLA 5P2FA 2XFJA 3EKTA 3UDRA 1W5YA 2B8VA 3DOXA 1IZDA 1BV9A 3INHA 4OC6A 3TH9A 4PHVA 5P8UA 1EC1A 2R8NA 2OHUA 3PWWA 1HOSA 4Y5BA 1W6HA 2I1AA 2O4SA 5EZZA 3VEUA 3OOTA 3UDPA 5P7CA 5DR1A 1T6GA 2CENA 5P5RA 3VUCA 4APRE 2Q3KA 1UPJA 5P71A 2VJ9A 4Y3LA 3VV7A 2ASIA 3UQPA 1HTGA 1LZQA 3NXNA 2AIDA 1TW7A 1HBVA 2PSGA 5OZWA 5OZZA 5P76A 1D4IA 2F3FA 4HDPA 1OD1A 3O9BA 4Y3MA 3EL5A 1PPME 2Q55A 2SAMA 3MWSA 2BJUA 4XKXA 5OZJA 5OYUA 1BXOA 1ER8E 4Y44A 5P72A 3RU1A 3N4LA 2OHRA 3WB5A 4ZSMA 5OZYA 4X7IA 2OHKA 5P0YA 5P0RA 5JODA 5OYVA 5P5VA 4KB9A 4YOBA 2G1OA 2QD7A 5P3QA 5P1AA 5PEPA 1TCXA 4R91A 4Y3DA 5P5XA 5P62A 1HXWA 5SXNA 3MXDA 4FRKA 1E80E 5P60A 4LXKA 2AOFA 4U7VA 4CPWA 3OQDA 2AQUA 5DR3A 4Y3QA 5JFPA 1IIQA 3GW5A 5P1ZA 2BBBA 1APVE 4HDBA 4RYGA 5P7OA 3O9AA 1AXAA 4ZPEA 1K6PA 5P2IA 5P4JA 2QMPA 4R93A 2VA6A 1NSOA 1FQ7A 3L38A 3GI6A 3LIZA 5P1LA 3H0BA 2VS2A 5IVTA 3EC0A 1W6IA 1AVFA 1YX9A 1VIJA 2JE4A 1MTRA 2NXDA 2ZJJA 4D85A 1YM2A 1LEEA 4B77A 3D1XA 2QHCA 4AMTA 2WEDA 4HEGA 2OHSA 5P09A 5B18A 2UPJA 1G35A 1C6YA 2QMGA 1LYAB 5P3EA 5OZIA 3S43B 5OZKA 1BDQA 2QU2A 1FF0C 2R9BA 3KM4A 2I4QA 2PH6A 5P4PA 2VA7A 5P33A 2R5QA 1FG8C 4DJRA 5P44A 3OTSA 4QJ2A 4FLGA 4IVTA 2O4KA 1QRPE 1WKRA 3S2OA 3EKXA 1HVSA 2ZGAA 4FM8A 2PMAA 5HE4A 2JYSA 3L3AA 4FE6A 5P47A 1EC3A 1C6ZA 1FFFC 6APRE 3JVWA 2HB4A 4Y4AA 2FIVA 2O40A 3DK1A 4I8WA 4JECA 3F9QA 1HPVA 5P08A 5P1TA 1LYAA 5P7NA 3S43A 1FFIC 2ER0E 5HCTA 3Q4BA 5P1FA 2OAHA 5P3DA 5P4AA 4I0IA 1BVEA 5P3GA 1D4KA 4Y5CA 5OZSA 5SY3A 1E81E 5ISKA 1HVIA 4YBFA 2Q64A 1IVPA 3T11A 4AA9A 3SLZA 5P12A 3S85A 3QRMA 1SH9A 5P55A 3CMSA 3PCWA 5I3YA 2UXZA 4DJUA 3VV8A 2G1NA 5OZGA 4DJYA 3ZL7A 5P1CA 5P83A 4B1CA 1IBQA 5HU0A 4Y3HA 4ZIPA 4K9HA 5P0TA 4MC6A 4NJTA 4EQJA 4Q1NA 3RSVA 2QI3A 1NPVA 4DH6A 1SDVA 4OBGA 3T7PA 4A6CA 4I0GA 2FDPA 5F01A 2FGVA 1A8KA 5P07A 4L7HA 4LHHA 5P42A 5OZ7A 4Y4EA 1EC0A 2FXEA 1K2BA 3NUJA 3FNSA 5P7AA 4Y3RA 5P8HA 5P7TA 2H6TA 1UH8A 4K4PA 2AVOA 5ER1E 4GJ7A 3OQKA 5P7DA 5P66A 5P23A 4K4RA 1G6LA 1SBGA 5P8MA 3PI0A 5OZ4A 1HXBA 3LPKA 3SKFA 1D4SA 4L1AB 5P43A 4ER4E 4WY1A 1EPLE 3ZKIA 4EPJA 3PI5A 4H1EA 4Y57A 5P6XA 5OZ3A 4DJQA 5OZ2A 4OBDA 3PM4A 3OGQA 1T7KA 5DQ4A 4GJBA 1FMXA 1LF4A 3PBZA 3R1GB 3UQWA 1YG9A 3MSJA 2VIZA 3L5CA 3K4VA 5P49A 3WZ8A 2V16C 1B6KA 4RZ1A 2AZ8A 1PPLE 1XDHA 8HVPA 3ZMGA 4Z50A 5P27A 4Y3PA 2QI6A 4EHCA 1FG6C 4Y4XA 4DPFA 4I0DA 3I25A 1AM5A 5CONA 5P6KA 4L1AA 5KQXA 3OXCA 5P1QA 2IQGA 2NNKA 5P7GA 2BQVA 1G2KA 2BPWA 1IZHA 1JLDA 5KAOA 4Y5KA 5P3FA 5P5MA 5P28A 5P5OA 3WZ6A 4J0ZA 1BBSA 5P8PA 5P1GA 3GGAA 3DCKA 5P1RA 1LF2A 3D3TA 3UDYA 5P0WA 3PWMA 4CPQA 5P6UA 4Y9WA 4Y3JA 4DFGA 2OHQA 5OZMA 5P8IA 3VV6A 1SDTA 3APPA 4CP7A 4U8WA 5KQYA 2IKUA 5P0KA 4RRSA 4RVJA 3UFNA 5P5IA 5P6QA 4BFDA 3D1ZA 4YD7A 5P89A 3K5GA 4NPTA 5OZAA 5P3HA 5DR7A 3HD8A 5OZPA 2PWRA 3INDA 4BFBA 1LF3A 1M0BA 2BPXA 4I11A 5P73A 4I0HA 5P53A 1BVGA 1EBZA 2FDDA 2I0DA 2H6SA 3M9FA 5HE5A 5P1PA 1IDAA 3NDXA 3DV5A 3QRSA 3MXEA 1META 4Y5EA 2XFIA 5KR2A 4GMIA 4Y56A 4I10A 5P87A 4YCKA 3UDHA 2ER6E 2NPHA 3D1YA 4CPRA 1QBUA 5P5NA 2F3KA 1YTIA 5P2OA 2G1SA 5DR8A 4OBHA 3LINA 4J1HA 1HVRA 2QZWA 1FQ6A 3KFNA 5JFUA 1HIHA 3NU4A 1EPPE 3DJKA 3VFAA 3PGIA 4X2LA 5KR0A 2G94A 5P22A 3ZKXA 5P8JA 5OZQA 5P3VA 3QPJA 3CYWA 2I4UA 2WF0A 3GGVA 4CPSA 1KJ4A 1QBTA 3T6IA 1ODXA 4UPJA 4Y4ZA 5P8SA 5P2MA 5I3XA 2G26A 5P2DA 4Q1WA 2Q5KA 5P4QA 3S7MA 1EC2A 2PC0A 4KE0A 5HTZA 3O9FA 2WEBA 5P6HA 5P16A 1AJXA 5P8RA 4TRYA 3Q6YA 2I4WA 3EKVA 5P6PA 2NMYA 2V11C 4R5NA 1FQ5A 5KOQA 3IVHA 3I7EA 2XFKA 3HW1A 3Q3TA 3U71A 3EKYA 3SA3A 5P8FA 5P2CA 5DGWA 5P6JA 1HSIA 5P3BA 5COKA 4RRNA 3PMYA 3HVGA 5AH8A 3T7XA 5ENMA 4KE1A 4TRWA 1AIDA 1T3RA 3QAAA 4J1KA 3R2FA 2HS1A 1LYBB 4MC1A 2HS2A 2ER9E 3S45A 5KQZA 5P34A 1Q9PA 4A6BA 2ZYEA 4TVHA 5OZEA 2V10C 4Y5NA 2AZBA 2P4JA 5OZHA 2NTRA 3JW2A 5C9BA 3L5FA 5P8EA 3VG1A 4FIVA 5P4DA 5P04A 5DGUA 4YBIA 2VA5A 5P6LA 5P39A 1ODYA 2CEJA 2B7FA 2AOGA 4ZSPA 3SA6A 2WF1A 1BAIA 1MSMA 3KFPA 3SM2A 4YDGA 1QS8A 3KMYA 3O9HA 1LYBA 5P8GA 2G1YA 4DV9A 5C9FA 4Y48A 2B8LA 5E5JA 4FRIA 5P4FA 5P8DA 4EJKA 3U6AA 1CMSA 5P1IA 4FSEA 3PRSA 3PCZA 5P5WA 3UTLA 3AIDA 3SPKA 5P3IA 3TKWA 2O4PA 1RQ9A 4RCFA 4QJ7A 2IGXA 3PWRA 5P4XA 3UF3A 2ZHRA 5P2JA 3TTPA 4B05A 4ZLSA 1SGUA 4Y41A 3EM6A 5P29A 4WTUA 5P7FA 4PZWA 4Y45A 2VIJA 5P7HA 2HC0A 2ZJIA 5P6BA 5P0HA 1SMRA 2R5PA 2G27A 5P6WA 3ZKNA 1MSNA 4Y53A 5OYXA 5P1WA 4FAFA 5P8LA 4YCYA 2Z54A 5P1NA 1YTHA 3LZYA 4APEA 3TPPA 1PPKE 4EXHA 1AJVA 3HAWA 3OU4B 3TLHA 3VSWA 5P88A 1APWE 5P8BA 4LXMA 4RCDA 2ZHUA 2QI0A 3DUYA 1NPWA 4Y5AA 4I12A 3GGUA 4NJUA 1GVWA 1ZSFA 5P1YA 3LIVA 2WEAA 5P5LA 1MTBA 3OUCA 1PFZA 5P8CA 3SQFA 1HVKA 1YTJA 4A4QA 3BUGA 1B11A 4COEA 5P52A 1FLHA 2FLEA 5DQ5A 4FRJA 5HDUA 4Y4BA 4QJ6A 3VSXA 1GVXA 3EMYA 4Y37A 2I4DA 3OU4A 1FMBA 3FNUA 2F8GA 1XS7D 1ZPAA 5P0FA 4XXSA 2FNSA 2ER7E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ9 A;  1BIM A;  3SA8 A;  4J0T A;  3O9C A;  5P0U A;  4RGH A;  3URI A;  3H5B A;  4EP2 A;  3KDD A;  4Y50 A;  5P4Y A;  2OHN A;  2QHY A;  9HVP A;  5P3W A;  5P5S A;  3DM6 A;  3GI5 A;  3NLS A;  4LC7 A;  2Q15 A;  2ZJK A;  3S54 A;  3N3I A;  5IE1 A;  1MT7 A;  4D88 A;  1A94 A;  3EL4 A;  2G22 A;  5OZR A;  3FSM A;  1LYW B;  3IA9 A;  1TQF A;  1HSG A;  4EQ0 A;  3HLO A;  5I3V A;  3UQR A;  1E82 E;  1T7I A;  3BGB A;  3G6Z A;  4Y4T A;  4YDF A;  3ER3 E;  5P3R A;  2RKF A;  2OHL A;  3UDQ A;  1W5V A;  5HU1 A;  4I0J A;  5P1E A;  4ZPG A;  5HDZ A;  5P8T A;  5P6S A;  5P0B A;  4J0Y A;  5P3L A;  1HRN A;  5OZD A;  4GJ5 A;  4U7Q A;  3RTH A;  1HII A;  5DR4 A;  2Z4O A;  5P2R A;  5P84 A;  1LYW A;  4NPU A;  4D89 A;  5P0M A;  2BB9 A;  3RVI A;  3SAC A;  4GJA A;  1YT9 A;  2OHT A;  4Y3Y A;  4YCT A;  5OZU A;  5C9D A;  5P7B A;  1K1U A;  1K1T A;  1RL8 A;  3NU9 A;  5KQF A;  1MRW A;  4S1G A;  5P6C A;  5P0S A;  2B60 A;  2QI5 A;  5P5P A;  4I0F A;  5P61 A;  5OYS A;  5P1O A;  5OZO A;  2F81 A;  1EPM E;  1EBW A;  2G24 A;  3CYX A;  3GGX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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