9HVPA

Design, activity and 2.8 angstroms crystal structure of a c2 symmetric inhibitor complexed to hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, activity, and 2.8 A crystal structure of a C2 symmetric inhibitor complexed to HIV-1 protease.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 9hvpA00
1T6GA 3HVPA 5P6EA 4GB2A 3SA4A 3U7SA 2QMFA 4GJ7A 5P1IA 2H6SA 1HVCA 1TZSA 4Y3SA 3VV8A 3KN0A 3TL9A 5E5JA 1PSNA 5P4WA 1ODWA 5P7RA 3R2FA 5P6YA 5P4PA 3TPJA 1MUIA 2V11C 3QAAA 1C6XA 1AM5A 1DP5A 1XN3A 1ZLFA 4COEA 4EJ8A 4Y5EA 5DR1A 5P6SA 3T7QA 2O4SA 4CPWA 5P84A 2SAMA 1DIFA 2R38A 4Y3YA 1RPIA 4DJXA 4ZPGA 5P70A 1SIPA 5OZ2A 3O9GA 2BPVA 3EM3A 1K6PA 1HRNA 1F34A 3LZVA 5P3PA 3K4VC 5C9BA 5P1PA 5OZBA 4LAPA 5P6DA 4Y3LA 2ZJLA 2RKFA 3L3AA 1EPPE 1LF2A 4YD5A 1FMUA 3UQWA 1TSUA 1G6LA 5P7JA 3R0WA 4OBZA 1HBVA 1IZDA 5P6TA 5AGZA 4RROA 3SABA 1LYAB 2O4NA 4ACXA 4YBFA 5P30A 4CPTA 4RVXA 5P54A 4B0QA 1BV9A 5P7GA 3VFBA 1MIQA 3TNEA 5P42A 3T7XA 1BXQA 5P38A 3SM2A 3UDMA 5P0PA 3HW1A 5OZYA 3CKTA 4DJYA 2QI1A 3EBZA 5OZKA 5DR4A 5IVQA 4D8CA 4Y4AA 3PMUA 3PCWA 4DQCA 2Q11A 5P41A 5AH9A 1Z8CA 5P2BA 5HE7A 3BXSA 5P44A 5B18A 4YCYA 3PBZA 3MWSA 3EC0A 3O9HA 3NU5A 5P6NA 1PROA 1CZIE 3U71A 1YTIA 5T4SA 3LIQA 5COKA 1HVSA 5P3XA 3LPIA 3OOTA 3DK1A 5P7AA 2BPWA 3L59A 4DQFA 5OZXA 1FQXA 5P37A 5IS4A 3VUCA 3PM4A 4OD9A 5P2UA 3QP0A 5ISJA 2WF2A 4RCEA 3RTMA 5HCOA 5P10A 5AHCA 1K6CA 1EPNE 4RVIA 3SKGA 1BAIA 4RZ1A 1IIQA 4GJDA 5COPA 5P6LA 5P7WA 4HE9A 1BDLA 4E43A 4EJLA 5HDXA 3NSHA 3OQKA 4Z22A 2G26A 1C70A 5P05A 2PH6A 2OHRA 5P7CA 3PEPA 5P0AA 5IVSA 3JVYA 5P52A 1FG8C 3MSKA 2AVQA 1MERA 2FDPA 5P7KA 5DR0A 5P78A 4IVSA 2PSVA 5P27A 2CEMA 3T3CA 2HPEA 5P0WA 5P3EA 1SGZA 3L5DA 3IXJA 3OXCA 5P3OA 1DPJA 3SA5A 3B7VA 3UDPA 1TW7A 5J25A 5P2SA 2IL2A 3NWQA 4BFDA 4Y41A 4YOAA 3JVWA 3UFNA 1FKNA 4Q5MA 2NNPA 3PVKA 1UH8A 5AH8A 1T7IA 5DR3A 5P34A 5P1LA 4LHHA 5HDZA 4A4QA 5P71A 3CIBA 5P0MA 4YHQA 5P4OA 2AOEA 3UDJA 3WB4A 3OADA 4Y43A 3KFRA 1XN2A 4RGHA 3VCMA 5SXNA 5P2DA 3LIZA 4DJUA 3QN8A 5P03A 1T7KA 4TRYA 4H3IA 1MVPA 3NR6A 4H1EA 1KJ7A 4Y3JA 1AJXA 1HIHA 5P3TA 2JYSA 4GIDA 2R3TA 2WEBA 5P4SA 2RSPA 4GJ5A 4LC7A 5P4MA 5KR0A 5P63A 5P2XA 3K1WA 2G20A 1K2BA 5P0FA 3T11A 1G35A 1M4HA 3LZYA 1LF4A 4NJTA 6UPJA 1LYWB 1HPSA 4QLHA 3KYRA 3SACA 5P0KA 3O9FA 4RYCA 4PEPA 5P8CA 2NNKA 5P0RA 4HVPA 1G2KA 4EJKA 2XFJA 4Z2ZA 4MC2A 1BIMA 3O9DA 3LITA 1MPPA 2WF1A 3G70A 5P3VA 3O9IA 5AH7A 3LZUA 3K5DA 1HEGE 5P4JA 2QZLA 4NPTA 1ZP8A 1KZKA 5SZ9A 2HM1A 5P1CA 2ZDZA 4F75A 2HPFA 3TPRA 5P89A 2QI0A 1EC0A 3EL4A 4HDFA 1E5OE 3PSYA 5OZEA 2ZJJA 2P3BB 2PC0A 4DJRA 2BPZA 5P1ZA 2QI6A 5DR8A 2P3DA 1AAQA 5OZ0A 1G0VA 3FV3A 2G1YA 3O9CA 4RRNA 1Z1RA 5P3MA 5P2ZA 1GNMA 4Y3NA 5P4FA 3QI1A 1HIIA 4AZYA 1SMRA 1FQ7A 3IXKA 3BUHA 3OK9A 5KQXA 3SKFA 5OZHA 5DQ1A 1FF0C 1W6HA 3ZOVA 1EBYA 1SBGA 2FGUA 4R5NA 4BELA 5P7FA 1NPAA 5OZ6A 3S2OA 2I4DA 3EKYA 1BWBA 3KM4A 4I10A 3IVIA 5P0DA 5P5PA 2HB3A 3IXOA 2Q15A 1NPVA 2HS2A 4HDBA 5P3SA 3KF0A 3OY4A 2VIZA 3I6OA 1QBTA 3MXEA 1AVFA 3EKXA 5P76A 4QJAA 4FIVA 2HB2A 1HVRA 4MC9A 5P79A 4JPCA 1UPJA 4CPQA 3PWWA 4RCDA 4MC6A 4D85A 2F3FA 2WKZA 4OBDA 4J0ZA 4K4RA 1D4LA 1MT9A 4Y3WA 5P7LA 2EWYA 5P16A 4S1GA 5P1JA 3HZCA 4J54A 5P55A 1IDAA 4LXAA 2VIYA 5P6HA 1B6LA 3OUDA 3MSLA 4XX4A 5AH6A 4ZLSA 4WY1A 5P23A 3TOHA 2B8VA 4Y4GA 2QD6A 4Y36A 4ZIPA 1EBKC 1F7AA 5P6WA 5P3DA 5ER1E 2FXDA 1PPLE 2ZHSA 5OZOA 1FB7A 2UPJA 3B80A 1GVXA 1UH7A 1ZBGA 5P06A 5IVRA 5DGUA 3DOXA 3EL1A 3PCZA 5P7UA 5P6QA 4U7VA 3UQPA 3D3TA 2BPXA 2VJ9A 1AZ5A 3L38A 4FCOA 2QNNA 2AVVA 3NUOA 1BV7A 3DM6A 5P4DA 4BFBA 2G1RA 5HU0A 3EKVA 5P8DA 5HTZA 1IBQA 4QJ9A 3TKGA 4N00A 1MRWA 5AHAA 3T6IA 1DAZC 3VSWA 4U7QA 2A1EA 4L1AA 5P4HA 5P29A 1IVPA 5P01A 5P2CA 3AUPA 1HTRB 5P5UA 4H3GA 1OEWA 3Q4BA 4M8XA 2RMPA 3DV5A 4DV9A 5OZMA 4J1CA 2ZGAA 3UTLA 1B6MA 1ZJ7A 4Y3DA 3T7PA 5P22A 1ZTZA 3NWXA 5P8QA 3SPKA 1XL5A 3O9LA 3UQXA 1SIVA 3VYFA 2AOCA 5P1YA 4KB9A 3KFSA 3I8WA 3ZLQA 2ZHUA 3TOGA 3UQUA 3S7MA 1FG6C 5P8RA 3PHVA 2QAKA 4R95A 1IVQA 2R5PA 5COOA 4OC6B 4DJQA 2QD8A 4J1EA 3GI5A 2QNQA 1HHPA 4Y58A 5P39A 4D89A 2VIEA 3BUFA 1UH9A 5P19A 1KJ4A 1BDRA 4GMIA 9HVPA 3OTSA 1MRXA 1OEXA 3BC4A 1BVEA 3S43A 5P51A 5P4YA 5P5RA 3NYGA 3CKRA 2F8GA 3HD8A 4Y5LA 5C9FA 5P3LA 4A6BA 5P14A 5P4GA 3G6ZA 1Q9PA 4AA8A 5P1MA 4B05A 1E80E 3EKWA 1D4HA 4PPHA 1KJHA 5P45A 2BQVA 3DV1A 3OU4B 2QI5A 5P8VA 4ZPFA 1GNOA 3LHGA 3PI0A 3S56A 5P11A 2HS1A 5P57A 1GVTA 3OQFA 2AZ9A 2VA6A 2NMZA 2AOFA 1SDTA 2APRA 5P0BA 2O4LA 4I0EA 4J0VA 3EM6A 1NH0A 1RQ9A 3O9EA 2IQGA 4QJ6A 4Y4DA 4LXMA 5OYRA 1RL8A 4JPEA 4K4PA 3OUAA 4HDPA 4J17A 2QU2A 5OZ5A 3ZKMA 1WBMA 1LYBA 4TVGA 5P4XA 4FRSA 3VF7A 5C9DA 1WKRA 2IRZA 3DUYA 1D4IA 3LIYA 4AA9A 5OYYA 3IN4A 3N3IA 3PLDA 5P5KA 1GVVA 2QMPA 5F01A 2JJJA 2QMGA 3Q5HA 3WZ8A 1T7JA 2NXDA 3SA3A 1YG9A 4ZSRA 2WF4A 1FFIC 2AOGA 4DPIA 2B7ZA 4CPSA 2B60A 2ASIA 5OZRA 5P2WA 2WEAA 5P72A 2G22A 5I70A 1HPVA 1MSMA 1KJFA 5P6CA 3D1YA 5P1GA 3ZMGA 1FQ8A 4NJSA 4EQ0A 2ZJHA 5P5JA 5P7MA 4Y5CA 3FNSA 3APPA 4H3JA 5P4ZA 2QZWA 2P3BA 3SAAA 1W5VA 5P8PA 4ER1E 2VNNA 4Y3AA 3VYEA 2V16C 2G69A 3F9QA 3GGXA 1EBZA 3ZKGA 4Y3XA 5DR7A 4J0YA 2J9JB 2AVOA 4FRKA 5P5SA 2I4QA 1A94A 1J71A 4Y4BA 4MC1A 2A4FA 2UXZA 4Y39A 2FDEA 4Q1NA 1ZSRA 5P12A 1BXOA 1EEDP 2I0AA 5P0VA 4JP9A 5P7TA 3URJA 4Y4TA 5P7ZA 1EPOE 1IDBA 2MIPA 4XX3A 3FNUA 5OZGA 5P7NA 1FMBA 1YT9A 5P2HA 3NU6A 1EC1A 3HAUA 3KMYA 5UPJA 4ACUA 4LXKA 3HVGA 5P7IA 5KR1A 4DVFA 4Y48A 1JLDA 1SMEA 5P20A 2OHUA 3GGUA 4B77A 5P5BA 5PEPA 3D1ZA 4YE3A 4Y56A 1LEEA 4ZSQA 5OYQA 4Y57A 2Q64A 5P8EA 1XL2A 4GJAA 5P5NA 3BGBA 4Y37A 3KFPA 4F76A 5P1FA 4B72A 1ZSFA 5P0OA 4GJ9A 1YTJA 3EL0A 5P6GA 1D4KA 4LP9A 5P4QA 5P2OA 1FQ4A 4OBGA 4FL8A 4Q1YA 3HAWA 1ER8E 5P8AA 5OYVA 3HLOA 3FNTA 1LZQA 1M43A 2VKMA 1MEUA 3QPJA 4GJ6A 4Y35A 4EXGA 3EM4A 5APRE 5OZQA 4DQBA 5SY2A 2ER9E 5P67A 2WF3A 3SQFA 3DCKA 3L5BA 4Y4XA 5JODA 5OZ8A 4GZFA 5P62A 1W5XA 2P8HA 5P88A 1HTGA 2HC0A 3IGBA 5P2IA 3BVBA 3Q6YA 1FLHA 4QGIA 5E5KA 2WHHA 1HVHA 5P5XA 3NDXA 1OHRA 5P1OA 1AXAA 3ZKQA 5P4NA 1HTEA 1BDQA 5P4CA 1TCWA 5P0QA 2G94A 1FGCC 5P6ZA 3QVIA 1DMPA 1ZPAA 5OZJA 1IZHA 5P4BA 3L5CA 5OZ7A 2ZJKA 3TTPA 4YD6A 5P1QA 5HVPA 1SGUA 5TOLA 3VV7A 4CPXA 2RENA 5P5WA 2ZHVA 1XE6A 3MXDA 5P61A 5HU1A 3TPPA 5P2TA 2B7FA 5DQ4A 2OHMA 5P18A 5P07A 1LV1A 3APRE 2BB9A 2AVSA 5P2VA 5P47A 2Z54A 3OXVA 4J55A 3N4LA 3OAGB 2O40A 4OBZB 4DJWA 3C9XA 3SA9A 2PQZA 3QRVA 4DPFA 3EL9A 2V13A 1FEJC 2QHCA 4H3FA 5P0TA 3LIXA 2P83A 2V00A 3GGAA 4Y5KA 4EPJA 4Y44A 2XYEA 5P3GA 3KA2A 5P4KA 2AZ8A 3ZKXA 2IEOA 3OU1B 5P74A 4R92A 5P3KA 7HVPA 5EZXA 5I3YA 1GNNA 1NSOA 5P2GA 5P82A 5P0HA 1W6IA 4TRZA 2R3WA 4CP7A 5CONA 4Y4ZA 5P2NA 5P8NA 5DQ5A 5P68A 5P8BA 3URLA 5OZTA 1ZAPA 5P0IA 5P33A 3UDYA 4Y4UA 4FM6A 4NJUA 1META 5P66A 4I11A 3ECGA 3OXXA 5P0NA 3VF5A 5HDVA 2F3KA 4J1HA 8HVPA 3OXWA 5P7OA 3OU4A 3CIDA 2ZHRA 4B1CA 2QCIA 2UY0A 4TRWA 4OD9B 3ZKIA 5P1VA 3LPJA 3PJ6A 5SY3A 5P24A 3RSXA 4I0JA 1XDHA 5BRYA 5P1NA 4FRJA 2PK5A 4Y6MA 1GVUA 2BJUA 4PHVA 3M9FA 1E82E 2PYNA 4U8WA 1NPWA 2IENA 5P2YA 3NDWA 3BHEA 3DCRA 4FAEA 3QBFA 4YCTA 1BVGA 1K6VA 4WTUA 2ZHTA 4FLGA 3S85A 2BBBA 5P2FA 2QHYA 4D88A 3GI4A 4FAFA 4APRE 2QI4A 5HE4A 5OZ1A 1LYAA 5P81A 5P6JA 3PMYA 4DQEA 4R91A 1HSGA 1EAGA 3R4BA 5OYSA 5BWYA 4KUPA 4R8YA 3LZSA 2PYMA 4L7JA 2HAHA 1HSHA 5P8IA 1D4YA 2VJ7A 4J1IA 4DH6A 1GVWA 1Z1HA 2ZE1A 2CENA 3Q3TA 4Y4EA 3SA6A 2FNTA 3OHFA 4Y9WA 2ANLA 1A30A 2OHNA 4XKXA 4EJDA 1MT7A 1HWRA 5OZDA 1A8KA 5P7BA 1QBSA 4FSEA 3PBDA 5OZIA 5P58A 1HVKA 3EKTA 1W50A 4FE6A 3NXNA 1VIJA 2ER0E 4RCFA 5DQCA 4I0FA 4EWOA 3OGQA 3K5GA 1LF3A 2VA7A 1T6EX 3EXOA 3OADB 4Y3FA 2PSUA 2BKSA 2QI3A 4ZEAA 1ZPKA 2P3AA 5P6OA 4DJVA 5P28A 4YCKA 3VSXA 3L5FA 3TKWA 4EP2A 2R43A 1HVJA 1VIKA 5P1WA 1YTGA 1WBKA 2P4JA 5P5CA 4Y3EA 5P87A 3JW2A 2QP8A 1HOSA 5ENKA 2NTRA 3IAWA 2ZJIA 3RSVA 4Y3TA 2IKOA 2VJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6G A;  3HVP A;  5P6E A;  4GB2 A;  3SA4 A;  3U7S A;  2QMF A;  4GJ7 A;  5P1I A;  2H6S A;  1HVC A;  1TZS A;  4Y3S A;  3VV8 A;  3KN0 A;  3TL9 A;  5E5J A;  1PSN A;  5P4W A;  1ODW A;  5P7R A;  3R2F A;  5P6Y A;  5P4P A;  3TPJ A;  1MUI A;  2V11 C;  3QAA A;  1C6X A;  1AM5 A;  1DP5 A;  1XN3 A;  1ZLF A;  4COE A;  4EJ8 A;  4Y5E A;  5DR1 A;  5P6S A;  3T7Q A;  2O4S A;  4CPW A;  5P84 A;  2SAM A;  1DIF A;  2R38 A;  4Y3Y A;  1RPI A;  4DJX A;  4ZPG A;  5P70 A;  1SIP A;  5OZ2 A;  3O9G A;  2BPV A;  3EM3 A;  1K6P A;  1HRN A;  1F34 A;  3LZV A;  5P3P A;  3K4V C;  5C9B A;  5P1P A;  5OZB A;  4LAP A;  5P6D A;  4Y3L A;  2ZJL A;  2RKF A;  3L3A A;  1EPP E;  1LF2 A;  4YD5 A;  1FMU A;  3UQW A;  1TSU A;  1G6L A;  5P7J A;  3R0W A;  4OBZ A;  1HBV A;  1IZD A;  5P6T A;  5AGZ A;  4RRO A;  3SAB A;  1LYA B;  2O4N A;  4ACX A;  4YBF A;  5P30 A;  4CPT A;  4RVX A;  5P54 A;  4B0Q A;  1BV9 A;  5P7G A;  3VFB A;  1MIQ A;  3TNE A;  5P42 A;  3T7X A;  1BXQ A;  5P38 A;  3SM2 A;  3UDM A;  5P0P A;  3HW1 A;  5OZY A;  3CKT A;  4DJY A;  2QI1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3L58 A;  2OHT A;  2FGV A;  4K9H A;  4WY6 A;  2PMA A;  1B6K A;  4DI2 A;  5HE5 A;  3O9A A;  5P3Y A;  3VLB A;  3ZKS A;  1EPR E;  3OGP A;  3TPL A;  3UHL A;  5P4R A;  5JFP A;  3SLZ A;  5P4A A;  5P7D A;  3EKP A;  5P7X A;  5P1U A;  1YTH A;  2IGY A;  4Y5A A;  5P2E A;  4LBT A;  3O9B A;  1YM4 A;  4D83 A;  2AOI A;  4B00 A;  3QS1 A;  2I4X A;  2QZK A;  2WJO A;  5I3V A;  1B6J A;  3UDR A;  2VIJ A;  5OZZ A;  4YOB A;  5P5E A;  3URI A;  2P3C A;  3IN3 A;  3ZPU A;  4Y5M A;  3R0Y A;  5P04 A;  5P2A A;  1B5F A;  5P31 A;  3A2O A;  1W5W A;  2G1S A;  5P8M A;  1D4S A;  1HPX A;  3CMS A;  4J0P A;  4RYG A;  4JOO A;  5DPZ A;  1XS7 D;  3OWN A;  4QJ2 A;  5CLM A;  2FNS A;  1MSN A;  3GI0 A;  2J9J A;  4Y3Z A;  2XFK A;  4Y53 A;  4K4Q A;  1HXB A;  3PRS A;  4ER4 E;  4EHC A;  4RLD A;  1RV7 A;  5P35 A;  3LNK A;  5P0L A;  5P3U A;  5KR8 A;  3OQD A;  3FKT A;  3QRS A;  5P5F A;  3MSJ A;  2AOJ A;  3D91 A;  2B8L A;  3R1G B;  5P6M A;  3AID A;  1QS8 A;  3CYW A;  5P8K A;  4DJP A;  2V0Z C;  4NJV A;  3NU3 A;  5P56 A;  5IVT A;  5P36 A;  1HVL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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