9HVPA

Design, activity and 2.8 angstroms crystal structure of a c2 symmetric inhibitor complexed to hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, activity, and 2.8 A crystal structure of a C2 symmetric inhibitor complexed to HIV-1 protease.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 9hvpA00
5P01A 4I0GA 1YTJA 3SKGA 1CPIA 3PCZA 4PZWA 5P19A 4JP9A 2ZYEA 5P2XA 5HDVA 3OXXA 1FEJC 4Q1NA 5P5IA 2F3KA 1ZAPA 1ZSRA 4I12A 2QD7A 3CIBA 2OHPA 2O40A 2OHNA 4ACUA 1W5WA 1FG8C 1FG6C 5P3LA 3K5DA 5DR4A 5OZNA 1MERA 3O9GA 5P1GA 3S43A 3QN8A 2APRA 4KE0A 4ER1E 5P3BA 1LF4A 2IEOA 5P5OA 1LS5A 1ZPAA 4Y5BA 3NU5A 5P3KA 4DV9A 1T7KA 4FIVA 3GW5A 3VLBA 2NMYA 4EPJA 2O4SA 1HVLA 5HDUA 1ZPKA 5P1IA 4Y4TA 1HHPA 1BDLA 1IZHA 5P81A 2AVVA 5P6TA 4LL3A 5JFUA 5P02A 2FLEA 3O9AA 2UXZA 4H3GA 3OK9A 4I0FA 4AA8A 6APRE 1LYBA 2PMAA 4HVPA 4D88A 5P6YA 5P0YA 5BRYA 3TPPA 3UDNA 2OHMA 3LIVA 3G70A 4HDPA 5BWYA 3RVIA 4EQ0A 4Y9WA 5P25A 5P5BA 5JODA 3TOGA 1META 5COOA 3APRE 3EKYA 5P8LA 4CPXA 1XE5A 3VEUA 1TCWA 4J1EA 3I8WA 5P1JA 3ZKGA 5AHCA 5P8FA 1PSNA 5P4WA 1W6IA 3IA9A 2WEZA 2OHTA 4YE3A 1MPPA 2BKSA 3EM3A 4DH6A 2A4FA 2VA6A 3VLAA 5P3UA 4EJKA 5APRE 1QBTA 2PK5A 4I0ZA 1NPWA 5P74A 5P2KA 1M4HA 1Z1RA 5P3TA 4QJ8A 3PEPA 5P8UA 4Z2ZA 2AIDA 3U71A 5DPZA 4Y35A 2WL0A 5P77A 3O9BA 3IAWA 4J0ZA 5KAOA 2Z4OA 3UF3A 4RYGA 4J0TA 5P6GA 1EAGA 3OUDB 1GVWA 5P6JA 1BBSA 5P8MA 3ER5E 3DJKA 5P44A 5P8PA 1IIQA 1Z8CA 3L5FA 4DJQA 5OZFA 3ZKNA 3BXSA 3BUHA 3NU4A 1D4IA 5P16A 5P2VA 1W51A 5OZPA 3VF5A 5I3VA 3QROA 3PMYA 3TH9A 3JW2A 4DQEA 2AOHA 2QMGA 2B42A 1EPRE 3PBZA 3PHVA 5OYYA 5SY3A 3R2FA 1EPPE 2HB2A 3LPIA 5P31A 1EC3A 3EKQA 5C9FA 1SMRA 1APWE 5P15A 2OHUA 3U7SA 5EZXA 1C6YA 5P1VA 1AZ5A 1F34A 4FL8A 5KQZA 1BXQA 1FLHA 3S54A 4F73A 2NNPA 3SPKA 5P5ZA 1A8GA 1A9MA 4RVXA 1A30A 4Z22A 5P7UA 1FQ7A 5OYVA 4F74A 3PCWA 5P7IA 5P2JA 4Y3YA 1SGUA 5P3RA 1LYWA 2FIVA 4I8WA 2VIJA 4Y45A 5B18A 1T6GA 3SM2A 4I0HA 5OZMA 5P26A 3ST5A 2XYFA 2ZJLA 5P2WA 3NU9A 2G21A 4Y48A 5P3FA 1ODXA 3HD8A 5P8SA 1LF2A 1MSNA 2I0AA 1FF0C 3KT5A 4ZSMA 2XFKA 3GGXA 2ZHSA 1EPME 4Y5MA 5P4YA 2F80A 5COKA 5P6MA 2IKUA 5P7RA 1TSQA 2QNQA 3TOHA 3WZ7A 1F7AA 4Y6MA 3EKTA 5P8IA 3CKPA 5P0UA 5P4MA 4AMTA 5OZHA 5P2QA 1AM5A 2IRZA 5P6LA 5KOQA 5P2CA 2WF0A 4XX4A 5P4ZA 4AZYA 4X2LA 1BVEA 2FDDA 3PGIA 1SGZA 5HCOA 3Q5HA 2FS4A 3DM6A 3O9LA 1BV9A 5P8HA 1QS8A 1FIVA 5P1DA 4J55A 3I25A 4DPFA 3OUCA 4DJUA 5HD0A 5ER1E 1YG9A 4FM6A 2R3TA 3O9LB 1HVRA 2R9BA 5KR1A 4PPHA 4JPCA 5P6ZA 1IVQA 1NPAA 2F8GA 4ZPFA 3AIDA 4ZPGA 4XX3A 1FB7A 2ER6E 5OZ9A 2B8LA 1FGCC 3A2OA 3EKPA 1G2KA 5P2HA 4HDBA 4QJ6A 4RVJA 4I11A 4M8YA 5P5UA 3URLA 4U7QA 2WKZA 5J25A 1SH9A 1FKNA 1T7JA 5P6BA 5IVQA 3PWRA 1NSOA 5KQFA 4YD7A 4CPUA 4L6BA 4Q1WA 4Y44A 1MUIA 4TRYA 4FRSA 5P4GA 2RENA 4DPIA 4H3IA 4D83A 5OZBA 3MSJA 4I0IA 5P4PA 6UPJA 1K2CA 3QBFA 5P55A 5OZGA 5P3PA 5P7XA 1VIJA 5DR1A 5JG1A 5P0JA 3NUOA 3TPLA 5P36A 5P6XA 3FSMA 3NLSA 4GJAA 1XL5A 5P87A 4ZSRA 2G69A 3L5DA 1AJXA 5OZ5A 4GJDA 1HRNA 5P5FA 2XFJA 3SABA 5P5GA 5P3XA 5P4AA 2NXDA 2AZCA 5DGWA 4GJBA 5P8KA 2VJ7A 1G0VA 4RCDA 1BAIA 5P4IA 3EKWA 5P0MA 1HVHA 5I3XA 5P06A 1BWAA 2HM1A 4Y3AA 5OZKA 2QK5A 4FE6A 3UDMA 2AOFA 5P43A 2R43A 2G26A 1AAQA 4Y38A 5FIVA 1AVFA 5P41A 2RSPA 5P2GA 3OU4A 1ZLFA 5P1HA 4QLHA 2Z54A 3K4VC 5P4SA 1C6ZA 1RL8A 4RRNA 4S1GA 3DCRA 5OZEA 4FAFA 1MT9A 5HDXA 4ER4E 1OEWA 3OU4B 1QBUA 2PQZA 2ZDZA 5P2TA 1UPJA 2PWRA 3KMYA 4B1CA 1BXOA 3VV8A 4OC6B 4DJWA 1VIKA 3D1XA 4RCEA 4YA8A 2PWCA 5P46A 2SAMA 4GJ5A 1BDRA 5P7GA 1M43A 2PSGA 3IVHA 5ISKA 3PI0A 3D1ZA 5P4UA 1W6HA 1EC2A 2HB3A 4Y4JA 3K1WA 3BUFA 1EPLE 5SZ9A 4B1DA 4NJSA 3UDRA 1W5VA 5P6PA 1AXAA 4Y3JA 4DQHA 5P18A 1G6LA 2WHHA 5P5AA 2EWYA 1QDMA 4Z50A 2WF2A 5P6CA 1XS7D 5P09A 3KF0A 4L7JA 3BRAA 3LNKA 3EM4A 2IS0A 3OU1A 3SA9A 1PFZA 5AH8A 1N49A 5DGUA 1Z1HA 5P3DA 5P56A 5P8TA 2QI5A 2VJ6A 5P5RA 3VV7A 4Y5GA 3VYFA 5P7NA 4YCKA 5P7EA 3L5EA 3OU1B 5OZ3A 5P00A 2PH8A 3NDXA 3FV3A 4QJ2A 5P38A 2QAKA 2QNNA 2P4JA 1HIVA 3QRSA 4BELA 2ZJNA 2FXEA 2FNSA 5P1OA 5P6EA 1EBYA 3OHHA 2AVOA 3UDKA 3S8IA 2R5QA 3O99A 3S56A 4L7HA 3EL0A 4B05A 5P3OA 2UY0A 4RVIA 5P7JA 3GGAA 5P67A 3TPRA 3SAAA 1FQ4A 5OZQA 5P5LA 4Y57A 5OZ6A 4CPWA 2AOIA 5P2NA 1DMPA 4Y3XA 4Y3LA 5P1UA 3CKTA 3PSUA 1EC1A 3SA7A 2R8NA 2CENA 3LIQA 5OZAA 4Y43A 5JFPA 5P3HA 3OADA 4PHVA 5P5KA 5P2ZA 2QI4A 3APPA 1K1UA 1K6VA 4WTUA 5P51A 2J9KA 4R93A 3PB5A 3L59A 4Y5EA 1D4SA 3ZMGA 4Q1YA 4Y3HA 1HPOA 4EP2A 1EPNE 3OADB 1SDVA 2BQVA 5AH7A 5P84A 1XN3A 3L3AA 2H6SA 1HSGA 4CPTA 5P3NA 1E5OE 5OZJA 1MSMA 4CKUA 5P85A 4DI2A 5P0XA 3ER3E 4I1CA 5P6KA 3M9FA 3QBHA 4CMSA 2AODA 3UPJA 3HLOA 4Y47A 5P5EA 5HE4A 5P4LA 4MC6A 5P0CA 2ER9E 2O4NA 5P75A 5P1MA 5OZVA 1IZIA 2XYEA 4DJXA 5P7YA 5P7ZA 2QD6A 3NWQA 2G1RA 1EBKC 3HW1A 5P29A 1APUE 5P49A 5P3VA 1PPKE 4M8XA 3LHGA 2PC0A 3UQWA 1HXWA 2NR6A 5P2UA 2BBBA 1M0BA 1XDHA 3QP0A 5T4SA 5P20A 4LXKA 1BV7A 2I4QA 3H5BA 5P8OA 2CEMA 1PSAA 3T7XA 5ER2E 1KJ7A 5P1SA 4Y3ZA 3VCMA 2ER0E 2WEDA 3L58A 3ZL7A 3OXCA 5P0NA 4L1AA 4EJ8A 3DCKA 2ZHTA 2WF1A 5I3YA 3Q4BA 4YD5A 1EC0A 5P7QA 3TKGA 2ZJJA 3BUGA 1HVIA 2OAHA 5P88A 4D8CA 4L1AB 1HBVA 4FAEA 3O9DA 4NKKA 5KR8A 5P5QA 2AOCA 3QRMA 5P79A 5OYXA 3T3CA 3EC0A 5P33A 5P6IA 1FQXA 2V00A 3DV1A 3OUDA 2R5PA 3D3TA 4ACXA 5P7DA 1YM2A 3URIA 5P4JA 4HLAA 5P0GA 5KR0A 2QI3A 5P34A 3UFNA 5P5SA 5P1WA 5P5JA 3S85A 5P05A 2UPJA 1ODWA 4CPSA 1LF3A 1LEEA 3CIDA 3PM4A 1HTEA 4Y3QA 3Q3TA 3EXOA 4OBZA 3PLDA 4I0EA 2OHRA 1MT7A 5P6UA 3IXKA 3SA6A 1HSIA 3MXEA 4J0VA 5P1AA 1PPLE 5HTZA 4OBZB 4DFGA 3BHEA 3SACA 5P10A 1ZTZA 3EMYA 5P4CA 2ZJKA 2P3AA 5P2OA 4YCTA 3K5FA 5CLMA 2Q11A 5C9BA 1Q9PA 4Y5PA 3FX5A 3JVWA 3NXNA 4Y36A 1ZBGA 3OQAA 3WB4A 5P28A 2QHCA 4TVGA 1XE6A 3RSXA 4Y3EA 2G24A 2WJOA 4XXSA 5OZSA 1ODYA 3PI5A 3HAUA 4B70A 1MTRA 3PSYA 4FM8A 2G94A 5P5PA 3PWMA 4B00A 1HWRA 5P42A 2FDPA 3ECGA 3FNSA 5P66A 4YOAA 3PJ6A 3PSGA 4GB2A 3IGBA 5P17A 2QHYA 4Y4AA 3KM4A 4YD6A 5P3IA 1D4YA 1PPME 5AGZA 2WF4A 3INDA 5P2MA 1GNMA 1KZKA 1HPSA 1LV1A 2H6TA 3BC4A 4K4QA 1U8GA 2NMZA 2AZBA 4ZPEA 2G27A 3EBZA 5HE5A 5OYQA 5P35A 5P4RA 1MVPA 2JJJA 2Q54A 1HTRB 3ZPUA 3PVKA 5P7KA 5P07A 5P7TA 4QJAA 1HIIA 2FDEA 5P6HA 1TQFA 3SLZA 5P0FA 5OZXA 5P0KA 5P1TA 4BFDA 5P8AA 2Q15A 5DR7A 2J9JA 5P24A 1K2BA 1MRXA 5DR8A 4NJUA 1OD1A 5IS4A 3EKXA 3VSXA 3HAWA 3VF3A 4RCFA 3ZLQA 4F75A 2I4XA 2J9JB 4LXMA 1AJVA 3IN3A 2P83A 4J1KA 3LIYA 4R92A 1E80E 5P3CA 2OHSA 4B72A 1HOSA 5P4EA 3OGPA 2QI1A 4Y4DA 5P0VA 2QMPA 5OZWA 4GZFA 5OYUA 3TPJA 4EJDA 1GVXA 4EWOA 3G72A 3OQKA 3OXWA 5P4VA 5SY2A 3INEA 5KR2A 2BPWA 9HVPA 1YM4A 4J17A 5P7PA 2P8HA 2WEAA 1T7IA 4FM7A 5P6NA 1XN2A 2VIZA 4LC7A 4J0PA 5P70A 4YCYA 1D4LA 5P8VA 2BJUA 3BXRA 1E82E 4Y58A 4UPJA 1K6TA 5IVSA 4FGXA 3DV5A 2QNPA 2FNTA 5P1YA 2QI6A 5OZ8A 3VG1A 1HTGA 4PYVA 2O4PA 5P72A 4DVFA 3RU1A 3UDJA 5P1KA 3RSVA 2QU2A 2IENA 5P2RA 5P40A 5P8QA 3R4BA 4HE9A 1AIDA 4F76A 1GVVA 5P0TA 4HDFA 2AOJA 4OBJA 3S7MA 5P6AA 2JYSA 1TCXA 2BPVA 4YBIA 3QS1A 4FSEA 3IXOA 5UPJA 3CICA 4Z4XA 3HZCA 1DIFA 3LZUA 4B1EA 3KFPA 5P6QA 5P3GA 3VV6A 2NXLA 4BEKA 3OTYA 4D85A 4IVSA 5P4OA 3UDQA 5P53A 1IDBA 3AUPA 5E5JA 3T11A 4RROA 5P64A 1HVCA 5P8BA 3O9EA 5P71A 2AVMA 5P1NA 2OHQA 2G22A 5P12A 1FQ6A 5P3MA 3EL4A 5P2BA 1QRPE 3SO9A 4Q5MA 2CEJA 1NPVA 1HSHA 5P6SA 3LPKA 3VUCA 4CPRA 7HVPA 1UH7A 5P7WA 1FQ8A 3NSHA 4KE1A 3OTSA 4K4RA 1HPXA 4APRE 3LITA 4Y4UA 4A4QA 3S7LA 3QI1A 3OUBA 2WEBA 4U8WA 5P5CA 1YTGA 4GYEA 4OC6A 4Y3GA 5OZ2A 1GNNA 3H0BA 4IVTA 1APTE 3OY4A 3UHLA 4HEGA 2ZHRA 1FMUA 3DUYA 5P7FA 3K5CA 3TLHA 1J71A 1GVTA 1K1TA 4Y5CA 1YX9A 5P6RA 1MIQA 1MTBA 3KA2A 1SIVA 2HPEA 1HVJA 2XFIA 5P63A 1KJHA 2OHKA 4N00A 4Y39A 3UDYA 3CYXA 4KUPA 5P0BA 5P54A 5P4NA 4Y3RA 3O9FA 3VSWA 2BKTA 3I7EA 5P8RA 3QVCA 5P8DA 1HEGE 4MC9A 4RYCA 4Y5NA 3TOFA 5P6DA 1A8KA 3D91A 5P5YA 4Y5AA 5P14A 3F9QA 3VF7A 1A94A 1RNEA 2BPZA 5P73A 2IQGA 2WECA 5F00A 4GJ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P01 A;  4I0G A;  1YTJ A;  3SKG A;  1CPI A;  3PCZ A;  4PZW A;  5P19 A;  4JP9 A;  2ZYE A;  5P2X A;  5HDV A;  3OXX A;  1FEJ C;  4Q1N A;  5P5I A;  2F3K A;  1ZAP A;  1ZSR A;  4I12 A;  2QD7 A;  3CIB A;  2OHP A;  2O40 A;  2OHN A;  4ACU A;  1W5W A;  1FG8 C;  1FG6 C;  5P3L A;  3K5D A;  5DR4 A;  5OZN A;  1MER A;  3O9G A;  5P1G A;  3S43 A;  3QN8 A;  2APR A;  4KE0 A;  4ER1 E;  5P3B A;  1LF4 A;  2IEO A;  5P5O A;  1LS5 A;  1ZPA A;  4Y5B A;  3NU5 A;  5P3K A;  4DV9 A;  1T7K A;  4FIV A;  3GW5 A;  3VLB A;  2NMY A;  4EPJ A;  2O4S A;  1HVL A;  5HDU A;  1ZPK A;  5P1I A;  4Y4T A;  1HHP A;  1BDL A;  1IZH A;  5P81 A;  2AVV A;  5P6T A;  4LL3 A;  5JFU A;  5P02 A;  2FLE A;  3O9A A;  2UXZ A;  4H3G A;  3OK9 A;  4I0F A;  4AA8 A;  6APR E;  1LYB A;  2PMA A;  4HVP A;  4D88 A;  5P6Y A;  5P0Y A;  5BRY A;  3TPP A;  3UDN A;  2OHM A;  3LIV A;  3G70 A;  4HDP A;  5BWY A;  3RVI A;  4EQ0 A;  4Y9W A;  5P25 A;  5P5B A;  5JOD A;  3TOG A;  1MET A;  5COO A;  3APR E;  3EKY A;  5P8L A;  4CPX A;  1XE5 A;  3VEU A;  1TCW A;  4J1E A;  3I8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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