2IKU | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	GNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2112426008566057__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2112426008566057__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2IKU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2112426008566057__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2112426008566057","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2IKU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2112426008566057__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd320d6da8b0c05fe45f27/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd320d6da8b0c05fe45f27/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd320d6da8b0c05fe45f27/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd320d6da8b0c05fe45f27/pdb.gz): 543 ms

reading 337 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

337 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:336});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Binding thermodynamics of substituted diaminopyrimidine renin inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Renin
total genus	85
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date	2006-10-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2ikuA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2ikuA01

3VEUA 3UDJA 2PMAA 2CEJA 2QD7A 5P8CA 3BUGA 1HOSA 2BPXA 4L7GA 1ZJ7A 5P7PA 5HVPA 2VIEA 4YD6A 3S8IA 1LS5A 3DV1A 5P0UA 1PSOE 4NJUA 1K6CA 5AHCA 2AOGA 5P15A 3BHEA 4Y53A 3KDDA 4ZPGA 2Q15A 4DQGA 2RKFA 3OWNA 1D4HA 4N00A 2ZDZA 4ZPEA 5P1RA 5P5YA 3SABA 4DJOA 5P0IA 4TRWA 5P32A 2QZKA 4QJ6A 3OGQA 4I0FA 5P13A 2BKSA 3UDRA 3EKXA 2HM1A 5I3VA 1NH0A 1KZKA 2HIZA 3GI4A 2ER7E 3SKGA 4JPEA 1UPJA 3RSXA 1W5XA 2Q3KA 3OUCA 3D20A 1LZQA 2P3BA 5P1NA 1DW6C 1HEFE 4K9HA 5P8LA 3IXOA 5P3HA 2BBBA 1LYWA 3BXRA 1FEJC 5OZYA 5P7UA 1MSMA 3NYGA 3NR6A 1JLDA 3S45A 4DPFA 5P61A 1FFFC 2OHUA 2VA7A 5OZ7A 5OZKA 5P3NA 5P8UA 3CIDA 5JFPA 1LF2A 2BPYA 5P17A 3EM6A 3L58A 2HPFA 3B80A 4HDFA 5P4KA 1NPAA 1EBKC 3OXXA 1FG8C 5P2MA 1ODYA 5OZXA 2AIDA 3QRMA 5KOSA 3UFNA 1CZIE 4Y44A 1D4YA 4Y3LA 5P8DA 3TKWA 5P3AA 3NU3A 3QAAA 1EC0A 4Y3HA 1YM4A 5P5SA 2Q11A 1ZAPA 1BV9A 3O9LB 4PHVA 2J9JB 1ZPAA 4QJ2A 5P4MA 2F3EA 1XL5A 1RV7A 2O4NA 1K2CA 4Y3PA 1Q9PA 5OZFA 5P3LA 2ZJLA 3IXKA 3O9DA 5P3EA 5P1ZA 3D1ZA 3PSGA 1FMXA 5P8BA 4DJXA 2FXEA 2I0AA 1VIKA 3APPA 3O9FA 4HLAA 4K4QA 5P8GA 1APWE 5PEPA 5P7HA 3VSWA 4YBFA 9HVPA 4Y54A 5P5IA 2JYSA 3K1WA 2QHYA 3CIBA 3EM3A 1U8GA 1EC1A 4CPTA 4FRSA 1DIFA 4J1KA 4L7JA 2P8HA 5P20A 2VA6A 2HPEA 4H3JA 1EC2A 5P2EA 3ZPUA 5DQ2A 3ER5E 5F01A 5AH8A 3LHGA 2QZLA 3T7PA 1BV7A 4GJ6A 1PSAA 3VG1A 4R95A 4BFBA 5P88A 2FDPA 4B00A 5P6AA 1EPPE 5P4DA 3Q5HA 3EKTA 4Y48A 3EC0A 4NKKA 1J71A 4OBGA 5P76A 5P1BA 1EPNE 3DJKA 3SACA 4LAPA 5OZNA 4Y37A 4LL3A 1DP5A 2VNMA 3I8WA 5P80A 3T11A 1LV1A 2FIVA 2RKGA 5KR0A 3ZL7A 5OYQA 2PC0A 2QMGA 4YD5A 5OZIA 5P05A 3LNKA 5P2VA 5P0NA 3SQFA 3CMSA 4QJ7A 5P78A 1ENTE 2G69A 4YD7A 5P5BA 3KFNA 5P63A 3IVHA 3VUCA 1EPME 5FIVA 5P53A 1SBGA 4LC7A 1QRPE 2IQGA 3K5CA 1DMPA 4K8SA 3S7MA 1BDLA 4YD3A 4WY1A 1B6MA 5P0RA 3OUAA 5P06A 4KUPA 3LZVA 3NSHA 5P64A 4DJQA 2QU2A 2WEAA 1KJFA 3EMYA 4Y3EA 5P77A 2ZJHA 4IVSA 4H3IA 4EJDA 2AVSA 1MIQA 4BEKA 2BJUA 1HPSA 4Y3XA 1Z1HA 4RVJA 5OZVA 4A4QA 5P1MA 4ZPFA 3HAWA 1K1UA 2ZJNA 3PMUA 4Y5KA 2RSPA 2BPZA 3VYEA 3SO9A 3BGBA 2NNKA 2XFIA 1TZSA 2Z54A 3UDMA 1W5WA 5I3YA 4D83A 4Y36A 4BFDA 3OY4A 4KE1A 3TPJA 3LPKA 5HDXA 3RU1A 3OOZA 5P46A 5P7LA 2OHTA 4NPUA 3KT5A 5ER1E 5P3DA 3OK9A 5OZ8A 2B8LA 5P3MA 4Q5MA 5P16A 1HTGA 4TRZA 1C6XA 3DK1A 5P5OA 1C6ZA 5P7GA 2NXLA 3MSLA 5P0GA 2O4LA 5P3JA 5P59A 4FAFA 3EBZA 1KJ4A 3BXSA 5OYRA 3U71A 2FNSA 5P5JA 4DQHA 1HPOA 4A6CA 1K1TA 5E5JA 4YCYA 3PWRA 5P82A 1E82E 1NSOA 1AJXA 1SIVA 4R5NA 4NJTA 3QRVA 4J0YA 1MT8A 2NMZA 4OC6A 3DCRA 4A6BA 3TKGA 4ZIPA 1DPJA 3OHHA 5P6OA 1FF0C 2VS2A 4PEPA 5P6PA 2OF0A 3KFPA 5P6VA 4EQ0A 2OHPA 2VJ6A 1ZSRA 3LIQA 3TNEA 3ZKGA 3D91A 5P19A 5P4SA 5P03A 5AH6A 3ZLQA 2NXDA 3KFSA 5P68A 1PPKE 3NDTA 3QBFA 2QAKA 3LINA 3UQXA 4FL8A 2QD8A 2Z4OA 5KAOA 4RRSA 1SMEA 3TOHA 5OZZA 4Y3AA 5OYYA 5P7DA 1WKRA 4CPRA 3NUOA 5P4YA 4DPIA 4D88A 1BVEA 3U7SA 2WL0A 3DCKA 5P7SA 3FSMA 3UPJA 3PB5A 3KF0A 5P47A 5C9BA 4EYRA 5KQZA 1SDTA 1EPRE 2G1NA 1LF4A 2NR6A 1ODWA 4R91A 5P42A 3M9FA 5P81A 2IDWA 4FRKA 4Y5CA 5P52A 5P5LA 4J1IA 3TH9A 1YTIA 4KB9A 4I0ZA 1YTGA 1D4JA 3HAUA 5OZAA 5P2NA 5OZ0A 3VLAA 3L59A 2ZHSA 5J25A 1AAQA 1KJGA 5P6SA 5P1QA 4AA8A 5P5EA 4B77A 4CPQA 4U7VA 1GVUA 3ZKIA 2P3DA 5P8OA 4K4PA 4CPWA 2A1EA 3S7LA 1HVKA 5P2AA 1AZ5A 3QN8A 5P1AA 4I11A 3URIA 2VIYA 5P0YA 5P2CA 5P3KA 5P1KA 5P4TA 3VV6A 3VF3A 4EJLA 5P0MA 4J54A 1W6HA 2I4UA 5KQYA 5P2BA 2PYNA 3Q70A 1MT9A 2RMPA 2B42A 1EC3A 2AVVA 6APRE 5P57A 2B60A 4FRIA 4L7HA 3VV8A 1FFIC 1W6IA 5OZHA 5OZWA 1BXQA 1TSQA 3NXEA 5OZQA 1XN3A 3URLA 4ER1E 4Y5EA 3QVCA 3L5BA 1HSHA 2QI0A 2VA5A 1AIDA 3GI6A 3O9CA 2WF0A 1LYBB 1TQFA 3NU6A 6UPJA 4Y3RA 5P65A 5P69A 2G1YA 3OTYA 1PROA 3QPJA 4YHQA 2FGUA 3S54A 1W5YA 5P62A 5P56A 1BVGA 4Y57A 5P8HA 4M8YA 5P36A 5P8KA 5P0SA 1T7IA 1YT9A 5AGZA 5P48A 1VIJA 4ZSQA 3N3IA 5OYXA 2QI1A 5P5VA 3FX5A 5OZTA 4KE0A 5OZ2A 4Y3FA 1MSNA 4FLGA 2R8NA 4J1EA 5P2ZA 4L6BA 5P83A 3VSXA 1XDHA 1AJVA 3OU4A 4FS4A 4HEGA 5ENMA 2I4QA 2ANLA 5BS4A 3GGVA 2AOHA 1SP5A 4Q1XA 5ER2E 4TVGA 4DJRA 5P7WA 3SA5A 5P1GA 5P1SA 5P10A 1HHPA 5P7IA 5P85A 5P2GA 3A2OA 1ZP8A 5JG1A 1LEEA 5OYVA 3I7EA 3SA3A 2QI7A 4BELA 1EBZA 4DJWA 1SGZA 5P6FA 2PH6A 3T7QA 5P8SA 1XE5A 1PSNA 5P6XA 3EKQA 4MC9A 4GJ9A 1YTHA 5IVRA 3QRSA 5HE4A 3NDXA 1HIHA 2AVQA 1BDRA 1K6PA 2QNPA 5ISJA 4GJ5A 5P4ZA 3URJA 3OADA 2QHCA 3QVIA 5P0ZA 5P1TA 1BWAA 2PK5A 3GI0A 5OYZA 2QI4A 1T6GA 1FQXA 4UPJA 5P6HA 4DQEA 5P0AA 3Q3TA 1LYAB 5P3OA 3RTHA 5P8JA 5P7MA 4U7QA 2V00A 5P7ZA 4Y4JA 4CPSA 5P4EA 4YDFA 4M8XA 4Y4UA 4OBZB 5P18A 4JOOA 2R38A 4Y3WA 4GMIA 5P3QA 4I0EA 4FAEA 2H6TA 3KMYA 5P89A 3ZMGA 5DR1A 1GKTA 5UPJA 2WJOA 1EBWA 3DOXA 4J0PA 1AXAA 1TSUA 5P44A 1RL8A 3G6ZA 4FE6A 2FDDA 1UH8A 4GJ8A 3NU5A 2ZHRA 1M4HA 4HA5A 5KR2A 1HXBA 5P0HA 1C70A 3OXCA 5OYUA 1PFZA 4Y3QA 3VF7A 5P39A 3WZ6A 3K5GA 3HD8A 3NU4A 4RCDA 5P0XA 4CMSA 5BWYA 3D1YA 5P4BA 3LPJA 4EXHA 2WECA 3GGAA 3KN0A 4J0VA 5I70A 1OD1A 4Y38A 1BBSA 3R0WA 3O9LA 3ER3E 1QBRA 2J9JA 5HD0A 4DI2A 5P55A 1ODXA 5SY2A 4GJDA 1G2KA 1FQ5A 5OZ9A 4RYCA 5OZPA 1MUIA 5P14A 1W50A 4QJAA 2CEMA 2FDEA 1HVSA 3ZPTA 3QBHA 5P5HA 2HC0A 2P3CA 1OEXA 5P8QA 2AODA 5ENKA 4H1EA 5P38A 1B6KA 2ZJMA 1A9MA 3CYWA 3PM4A 3OQDA 4J55A 5P1IA 1FQ4A 3NU9A 4I0GA 3VLBA 2HS1A 3LITA 4Q1WA 3BC4A 2JJIA 2UY0A 3N4LA 5DR7A 4RVXA 1HWRA 3L5EA 3S56A 4Y5PA 5P00A 2AQUA 4FSEA 1HIIA 5P40A 1SGUA 4B78A 3INFA 1FIVA 4Q1YA 5F00A 5P6DA 2IGYA 4X7IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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