3FNSA

Crystal structure of histo-aspartic protease (hap) from plasmodium falciparum
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
EFDNVELKDLANVLSFGEAKLGDNGQKFNFLFHTASSNVWVPSIKCTSESCESKNHYDSSKSKTYEKDDTPVKLTSKAGTISGIFSKDLVTIGKLSVPYKFIEMTEIVGFEPFYSESDVDGVFGLGWKDLSIGSIDPYIVELKTQNKIEQAVYSIYLPPENKNKGYLTIGGIEERFFDGPLNYEKLNHDLMWQVDLDVHFGNVSSKKANVILDSATSVITVPTEFFNQFVESASVFKVPFLSLYVTTCGNTKLPTLEYRSPNKVYTLEPKQYLEPLENIFSALCMLNIVPIDLEKNTFVLGDPFMRKYFTVYDYDNHTVGFALAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the histo-aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HAP protein
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum 3d7
total genus 81
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-12-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fnsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fnsA01
3OY4A 4Y4EA 2QZLA 3TH9A 3APRE 1MUIA 2ZHUA 5P72A 4B00A 3RTNA 2QAKA 1MESA 1GNOA 3GGUA 2WF0A 5P1BA 4OD9B 5P2IA 4Y5MA 2QU3A 5OZ9A 3ZKMA 1K6CA 3ER3E 5KR2A 4CMSA 2P3DA 5P6VA 5OZPA 5P5UA 5DQ2A 1MT8A 5J25A 4Y4AA 5P8SA 3FIVA 3JVYA 2AVQA 4ZSMA 3SLZA 3I2LA 4N00A 5P6NA 4YCTA 4GYEA 5KQZA 2AODA 2Q11A 3DJKA 3MWSA 1LYWA 1PPKE 2AVVA 3OXCA 2VNMA 4IVSA 2O4LA 3FNTA 1BAIA 1YTIA 4I10A 1FFIC 5OYWA 1ZSFA 3S43B 1HPSA 3MXEA 4H3JA 4WTUA 2O4NA 1DP5A 1GNNA 1K2CA 4J0TA 4KE0A 5P66A 2R43A 3UDYA 1DMPA 3BUHA 5P5HA 4DQHA 5DQ5A 3ST5A 4QJ7A 3HW1A 5P2YA 5ENKA 3T6IA 2OHKA 2V10C 1LYBB 1ME6A 5P4UA 5P27A 3U7SA 2BJUA 2PMAA 1FB7A 2AIDA 2QNQA 2NXLA 4EPJA 5P2EA 4Z50A 5P6YA 1FMXA 1YTJA 2BKSA 2V00A 4Y3SA 3O9HA 5P2TA 5P0UA 3QBHA 4DQCA 1T3RA 2F3FA 4Y54A 5P2BA 3QROA 4FM7A 1NPVA 5P5WA 1EPRE 2FIVA 2QI4A 3L5EA 5P6ZA 3KDDA 1MIQA 2QZXA 3OTYA 3GGAA 2ER9E 2Q15A 5P55A 5P8LA 5P7MA 5P4OA 5P67A 2RKGA 2VA5A 1MERA 1SMEA 1IZEA 5OZIA 5P0HA 1UH7A 3NDTA 2G20A 2J9KA 4BFBA 6APRE 3KT5A 5KR8A 5P76A 5DQ4A 5P2FA 1EPPE 1TSUA 4QJAA 2QHCA 4YOAA 2AZCA 2QMDA 2H6TA 3T11A 1XE6A 2FNTA 5KR0A 3UDJA 5EZZA 2OHRA 3WZ6A 5P8AA 1K2BA 4Y3ZA 4Y5AA 3OUCA 1Z1HA 1Z8CA 4Y5BA 5DR4A 1K1TA 2G94A 5P1RA 5P7QA 5HVPA 3UQPA 4K4RA 3ECGA 3VSWA 2G26A 3INFA 5P75A 3CYWA 3ZLQA 5HE4A 1HHPA 3BUGA 5P0BA 2G1SA 4R5NA 2P83A 5OZ3A 4I8WA 1G0VA 4GJ8A 4R91A 5P45A 5P0IA 3F9QA 2P3CA 3VFBA 5P30A 1E82E 2FXEA 4A6BA 2R38A 2ZHRA 1RV7A 3KFNA 1QBUA 1MRWA 5P47A 2NR6A 3TOFA 3EC0A 1D4YA 4Q1XA 2QNPA 5P6AA 5P58A 1SP5A 1QDMA 5OZBA 5P5QA 5IE1A 1E5OE 5SY2A 4EWOA 1B6MA 2QZWA 3R4BA 4Z4XA 1YM2A 5P20A 2ZGAA 1YTHA 5OZQA 3T7XA 3QN8A 1NPWA 4I0JA 3T7QA 3VV8A 1D4KA 1IVQA 1KJ7A 3LPJA 3T7PA 3SA7A 3FNSA 5P2NA 1D4HA 2OF0A 5P2ZA 5P3EA 5P7OA 5P6WA 5P39A 2ZHVA 3PSUA 5P6RA 3NU6A 3UDNA 5P4SA 4B05A 5OZEA 3BHEA 4Y56A 5P1AA 3EKVA 5P54A 2IQGA 1CZIE 2P3BA 2P4JA 5P5BA 3Q3TA 3HVPA 2NNKA 5OYVA 5P4ZA 3DV5A 5P5NA 2ER0E 2NNPA 3OXXA 2ZDZA 3GI4A 1B6KA 5OZCA 1EAGA 4DPFA 1NPAA 2P3AA 5OZUA 1EBYA 5AH9A 4J17A 3UDHA 5P79A 1M0BA 3LITA 4BEKA 5P3VA 5P2AA 3VLAA 4H3GA 5P3WA 4Y37A 3VUCA 2V13A 4GJDA 5P0WA 3KFSA 4YDFA 2V12C 2ZHTA 5P4HA 5EZXA 1BIMA 4Q1WA 5P41A 5P06A 2A1EA 5P5ZA 2IENA 4Y3NA 4CPQA 5P7DA 4JOOA 3NLSA 3Q5HA 1GVVA 2OAHA 4RCFA 5P3LA 5P6EA 2IEOA 5P63A 5P68A 5P1KA 3ZMGA 3BRAA 1FGCC 3EMYA 4JPEA 2R3TA 1PPLE 5P0JA 3GI5A 5P4BA 3O9FA 5P2DA 1K6VA 3R0WA 4GJ9A 1UH9A 1E80E 4Y3XA 3IN4A 3G70A 4Y3FA 4HE9A 5OZ0A 5P2VA 5F00A 1KZKA 4GJ5A 5P8CA 3HAWA 5P1UA 5P42A 3PBZA 1KJFA 3SFCA 5P70A 3ZPTA 1IIQA 3BXSA 3RSXA 3B80A 3BVAA 1HIVA 5P69A 2I4VA 2ZJNA 1SDTA 3D20A 5P3AA 1N49A 2BPYA 4X2LA 1LYAB 2VIYA 2AOJA 5P36A 4CPTA 5HDVA 5P7GA 1OHRA 1HIIA 4FSEA 3LZYA 1T6GA 5P4CA 1G35A 5P74A 3VV6A 2OHPA 3S53A 2J9JA 3NWXA 5P1EA 1YX9A 2QI3A 4R95A 1YG9A 4DJXA 3URIA 5AH6A 1SBGA 2FDEA 3PMUA 1AJVA 5P3SA 4J55A 2AOHA 4Y9WA 5P3PA 4J0PA 5P59A 2PSVA 4RGHA 1XL2A 4HVPA 4FM8A 1HBVA 2ZJKA 5OZYA 4I0GA 3SO9A 1LF4A 4CPSA 4Y5KA 3TL9A 3OTSA 2CEJA 2PYMA 4Y3GA 5P4FA 2JE4A 4DJUA 5P5EA 3EL0A 5P3QA 2WEBA 1TQFA 4APRE 5P6DA 1LF2A 1VIKA 5P0NA 5P0PA 3VFAA 1D4IA 5P3CA 3GW5A 5P5DA 1HVHA 4Y3TA 3S7MA 3HLOA 4RCEA 3OADA 3VF5A 1EBKC 5P5PA 1ZTZA 4OBGA 1MT7A 3EBZA 3MXDA 3I8WA 4OBJA 5P28A 1C6ZA 5OZSA 3O99A 5P1OA 3QRVA 4EP3A 2PK5A 3KDBA 3RU1A 4Y6MA 5P23A 5P53A 4BFDA 2WKZA 2IGYA 5HU1A 4GJAA 3L5CA 4Q5MA 1W5YA 3C9XA 4DFGA 4YBIA 5AHAA 5P4MA 2QI6A 7UPJA 4EXGA 5AHBA 3GGVA 5P81A 1HVCA 3KA2A 1FQ7A 4ZPGA 1G2KA 5P7FA 4DJQA 5P1LA 4ZSQA 3SACA 3VYEA 4J1KA 4Y4XA 2G1YA 3IVIA 2RSPA 5P1QA 5P15A 4YDGA 4YD3A 1C70A 3RVIA 2PH6A 4MC2A 2IRZA 1XE5A 4D88A 5JFPA 1MSMA 4CPRA 3O9GA 4NJUA 3KFPA 3CKTA 3NU3A 3D1XA 4J54A 1HSHA 2B7FA 3DCKA 5P3YA 5COPA 4LL3A 5E5JA 4JECA 3LZSA 2QMGA 4B72A 2BPXA 5P0EA 5OYTA 3SA9A 4Y45A 5P4NA 5KQFA 5P8KA 5OZ4A 5P4JA 4RVXA 3INDA 3OOZA 3PWWA 1T7IA 1U8GA 5KQYA 2SAMA 2OHMA 4GIDA 3KFRA 3K5CA 3KMXA 4ZIPA 1OEWA 3RTMA 5P4QA 2A4FA 2WJOA 2XYFA 1EPOE 4ZSRA 2I1AA 1NH0A 5E5KA 4DJYA 1IZDA 5SZ9A 3PRSA 2FNSA 3K5GA 3EL5A 2WHHA 4J1CA 5P7NA 3ZOVA 2HPEA 3EXOA 3IGBA 2P3BB 2R5PA 5P78A 3HVGA 2PH8A 2I0DA 5P89A 3EKQA 3PLLA 4ZE6A 5P16A 4IVTA 5P0VA 3TKGA 5P7IA 3FKTA 4B70A 3KM4A 5P18A 5OYQA 4ER1E 4GJ7A 4Y44A 2VIEA 1QRPE 1W5VA 1D4JA 3D1YA 4GMIA 4YHQA 3NDXA 3MSKA 3VEUA 5P6CA 2AVMA 5DPZA 5P07A 5TOLA 4HDPA 4TRYA 4S1GA 1PROA 2VNNA 1HVLA 5P1SA 4CPWA 3DOXA 3L58A 1FEJC 1HIHA 5OZVA 5P6BA 4ZEAA 4OBKA 4TRWA 5P6SA 5OZ5A 1FKNA 4GB2A 5P6HA 1IZIA 4Y4TA 4OBDA 3GI0A 5KR1A 2AZBA 5P3OA 9HVPA 1LZQA 3AIDA 5P87A 1XDHA 5APRE 3EM6A 5P2JA 2HPFA 2EWYA 5P2RA 5P65A 4UPJA 1PSAA 3PCWA 1BILA 2VJ7A 2HS1A 2PSUA 2R9BA 1JLDA 5P3DA 5P7ZA 4Y3QA 4I0FA 3OUAA 3D1ZA 3O9BA 3UQXA 4RCDA 3TKWA 4LXKA 3NR6A 2BPWA 5P12A 1TCWA 4Y47A 4EYRA 3LZUA 4YCYA 4EJKA 2VIJA 3OU4B 3CMSA 5HCOA 5P5MA 4DJOA 1XN2A 1EPQE 3R0YA 2VA6A 1M43A 3QBFA 4LAPA 4PEPA 3VG1A 5P8IA 3QRSA 5P71A 4YD4A 3TOHA 4EP2A 4ER4E 4OC6B 2AOGA 4B77A 5P3BA 5ER2E 4K4QA 4QJ9A 1AZ5A 3PHVA 2HB4A 5SY3A 3SABA 2Z4OA 5P83A 4MC6A 3L5DA 5P49A 3IXOA 5P3MA 2ZJHA 2ZJLA 4XXSA 2XFJA 5P4XA 1C6YA 2ZE1A 2CEMA 3LIZA 6UPJA 3NXEA 4GJ6A 1MRXA 4Y4GA 5P7AA 5OZWA 4APEA 3OQ7A 5P8VA 3ZKGA 1BVEA 3OHHA 1Q9PA 5P00A 3LPIA 1FG8C 1SMRA 3UDRA 5P2KA 3QVIA 5P3KA 4L1AA 5P29A 1QS8A 1A94A 4FRJA 2ASIA 5P4LA 2JYSA 3O9AA 4J1IA 5P1ZA 4CKUA 2I0AA 4Y4WA 1HTGA 2O40A 6FIVA 5P7UA 3BXRA 3KF0A 2MIPA 2NXMA 1EC1A 3OU1A 1BXOA 4HDFA 1B5FA 5P1DA 4Y5NA 5P0DA 4DVFA 4RYCA 3TTPA 3DM6A 3OADB 5UPJA 3L5FA 5P64A 3SAAA 1SIPA 5P17A 3O9LA 5P0GA 3UDMA 1ZPAA 2APRA 4Y4BA 4Y3HA 3WZ8A 1HRNA 2I4QA 2QU2A 5P4KA 4Y3DA 5P2MA 1ZBGA 2QZKA 3D3TA 1XN3A 2AOEA 2AOCA 5ISKA 5DR3A 1B6PA 2VIZA 5P46A 3OHFA 3PVKA 5P0TA 5P34A 5P05A 4DUSA 5P6FA 5COOA 2UPJA 3EKTA 5P8PA 4NJSA 1B6LA 3QVCA 1FMBA 4Y4JA 2UXZA 4FGXA 4RRSA 1WBKA 4Y5GA 2IKOA 2AVSA 5OZZA 1PPME 5P51A 5P22A 1W51A 1HTEA 4JP9A 4B1EA 1ZLFA 5COKA 2V11C 5P26A 2IDWA 2VS2A 5P1WA 5AGZA 5IVTA 4Y3LA 4Y4ZA 2NMYA 3O9IA 4Y3RA 3H0BA 5P8OA 4FL8A 3NDUA 3I25A 4RYGA 2QD7A 3SM2A 2PC0A 2QHYA 3VLBA 3UCBA 5P84A 5P7HA 1HPXA 4EJLA 4OD9A 4Y4DA 3DV1A 3NUJA 3TPRA 3O9EA 5ENMA 5P62A 3T3CA 4B1DA 5P44A 5OZJA 5P24A 3CIBA 1OEXA 1IVPA 1UPJA 4I0DA 3NSHA 2XFKA 2F81A 2ZJJA 2IKUA 5F01A 5P1NA 5OZMA 3UQUA 1T7KA 1HVSA 2F80A 3OUBA 5P3NA 3UFLA 5P1YA 3NDWA 2O4KA 4EHCA 1FFFC 5P6QA 3OXVA 4QGIA 5HDZA 3S8IA 1GVWA 1BDLA 5P0QA 3PM4A 1QBRA 3ZKNA 5P5KA 2VKMA 5P2SA 4XX3A 2Q3KA 4PHVA 1MT9A 4BELA 1ZP8A 3CKRA 5AHCA 3OQAA 5P8RA 2VJ9A 3OQKA 3OQFA 1K6TA 1HTFA 1GVTA 5P5OA 3TLHA 3TPPA 2WEAA 5P7JA 1SGZA 5P3GA 3CIDA 1HPVA 5P7TA 3Q4BA 1LYWB 1HXWA 5P0OA 3EM3A 3LPKA 5BRYA 1AVFA 5OYYA 3HBOA 3PI0A 5P0YA 4KUPA 4F73A 3EL4A 2HB3A 2WF1A 2BQVA 4RLDA 5P32A 5P0AA 3L38A 4J1FA 1SDUA 3K1WA 5P3XA 3ZKIA 3SA4A 4PZXA 3INEA 3OAGA 1EPME 3URJA 1XL5A 1PSOE 3SA3A 5P13A 5P2LA 4DV9A 3UTLA 4COEA 3I6OA 4H3FA 1D4LA 5P31A 3OK9A 5P7XA 4D89A 4DJPA 2VA7A 1DIFA 3HD8A 1ZJ7A 5P8NA 4ACUA 2Q54A 5P14A 4DQEA 3EL1A 3KMYA 4TVHA 5P7CA 1Z1RA 3PWMA 3K4VA 4Y58A 3SA5A 3EL9A 4Q1YA 3BC4A 4Y51A 1EBWA 3OOTA 5P33A 1FG6C 4U7QA 5P3IA 2AZ9A 2Q55A 2HB2A 4FM6A 4Y39A 1ZAPA 2P8HA 1AXAA 3RSVA 3CYXA 2ANLA 2FMBA 5P2OA 2ZYEA 3OU3A 5P1JA 5P7YA 4Y48A 2G21A 2IGXA 3NU9A 5P86A 3D91A 3K4VC 1MEUA 2QMPA 5AH8A 3SPKA 5P37A 5P61A 1XS7D 2ZJIA 4I0ZA 4E43A 2FDDA 1BV7A 3OQDA 5B18A 5I70A 4Y3MA 3WB4A 2QI7A 5HD0A 5P52A 4Y50A 2R8NA 3KT2A 1TZSA 3LIXA 3ZPSA 4DPIA 2NMZA 2BBBA 3H5BA 3S45A 4DH6A 5P5FA 5OZRA 3ZL7A 2PK6A 4D8CA 3PEPA 4RVJA 5OZFA 5P08A 1GNMA 5P2UA 3FNUA 1QBSA 1F7AA 5DR0A 4L1AB 5P6UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OY4 A;  4Y4E A;  2QZL A;  3TH9 A;  3APR E;  1MUI A;  2ZHU A;  5P72 A;  4B00 A;  3RTN A;  2QAK A;  1MES A;  1GNO A;  3GGU A;  2WF0 A;  5P1B A;  4OD9 B;  5P2I A;  4Y5M A;  2QU3 A;  5OZ9 A;  3ZKM A;  1K6C A;  3ER3 E;  5KR2 A;  4CMS A;  2P3D A;  5P6V A;  5OZP A;  5P5U A;  5DQ2 A;  1MT8 A;  5J25 A;  4Y4A A;  5P8S A;  3FIV A;  3JVY A;  2AVQ A;  4ZSM A;  3SLZ A;  3I2L A;  4N00 A;  5P6N A;  4YCT A;  4GYE A;  5KQZ A;  2AOD A;  2Q11 A;  3DJK A;  3MWS A;  1LYW A;  1PPK E;  2AVV A;  3OXC A;  2VNM A;  4IVS A;  2O4L A;  3FNT A;  1BAI A;  1YTI A;  4I10 A;  1FFI C;  5OYW A;  1ZSF A;  3S43 B;  1HPS A;  3MXE A;  4H3J A;  4WTU A;  2O4N A;  1DP5 A;  1GNN A;  1K2C A;  4J0T A;  4KE0 A;  5P66 A;  2R43 A;  3UDY A;  1DMP A;  3BUH A;  5P5H A;  4DQH A;  5DQ5 A;  3ST5 A;  4QJ7 A;  3HW1 A;  5P2Y A;  5ENK A;  3T6I A;  2OHK A;  2V10 C;  1LYB B;  1ME6 A;  5P4U A;  5P27 A;  3U7S A;  2BJU A;  2PMA A;  1FB7 A;  2AID A;  2QNQ A;  2NXL A;  4EPJ A;  5P2E A;  4Z50 A;  5P6Y A;  1FMX A;  1YTJ A;  2BKS A;  2V00 A;  4Y3S A;  3O9H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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