3VV7A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-6-((1s,2r)-2-(3'-methoxybiphenyl-3-yl)cyclopropyl)-3-methylpyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
389
structure length
361
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 361
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv7A02
3QS1A 1YG9A 5TOLA 5P25A 5SXNA 3IN4A 5FIVA 3QROA 5P0PA 5P74A 5SY3A 1SGUA 2AVQA 3L38A 5P4QA 3UDYA 4CPRA 4MC6A 2XFJA 5P1JA 1QBRA 4GZFA 1E82E 2QP8A 5P6KA 3SA4A 3HD8A 5P2VA 2OHUA 5P2TA 3UDRA 4XX3A 5P7RA 4CMSA 1XN2A 3OU1B 4H3GA 5J25A 5P3SA 1OHRA 3OAGA 3UDMA 4GJ8A 5P37A 3D1ZA 1YTGA 1IZIA 5CONA 3GI4A 3DM6A 5P2YA 1OD1A 5P3KA 5P69A 4ZSPA 5P4OA 3LIXA 3TOGA 5P5DA 3BRAA 3DK1A 1LYBB 5P6WA 4Q1NA 3IA9A 4TRWA 3S7LA 4J0VA 3PLDA 1BBSA 3VV8A 3ZKNA 3L5DA 4Y36A 3N3IA 3VLAA 5P2CA 5P4IA 1C6ZA 5P8BA 4Y5CA 2FDDA 2OHPA 1C6YA 5COKA 3S85A 3URIA 5P0YA 1MIQA 5P89A 2Q15A 4Y3XA 4X7IA 1AJVA 1SDUA 3G6ZA 3R2FA 4EP2A 3O9FA 5P6UA 4BELA 4FIVA 1HVCA 2F3KA 2PSVA 2P3BA 3FNSA 3PLLA 2IGXA 3FSMA 1LYAA 5P39A 4GJBA 1META 3LZYA 3PI0A 3UDKA 1AVFA 5P85A 5P2KA 5P3IA 2EWYA 3VYEA 3I6OA 5P6AA 3EM4A 4ZPEA 5P0CA 3OUBA 5OZVA 2F3EA 5DR0A 3EKWA 2AVMA 5P33A 5P4HA 3EKQA 5P6CA 1MRWA 1RV7A 3GI0A 5APRE 4JPCA 4OC6B 3CKTA 2O4LA 4TRZA 5DQ2A 2V13A 2QZWA 4D88A 2QMDA 1LV1A 5P3GA 4FCOA 5P1XA 1G35A 3G72A 5P2UA 3EM6A 4XX4A 5P1DA 4GJDA 3OHHA 5P66A 5P0NA 1ODXA 1ODWA 1XE5A 3UQRA 4KE0A 2I4DA 5P88A 5JFPA 2FNSA 3TL9A 3O9LB 2NMYA 3KT5A 3PCZA 4DQFA 5KQYA 5P1KA 4Y3YA 2V0ZC 5P76A 2WF4A 1LS5A 4JECA 5P0KA 4Y4GA 2P8HA 5OZ7A 3ZKGA 1G0VA 5P4VA 1EC0A 5AH9A 4FM7A 5KQZA 5P6TA 4EWOA 4HDFA 4RVJA 4Y57A 5DR7A 3T7XA 3TH9A 4J0PA 4XXSA 2G22A 3CYWA 3OU4A 5P6MA 3QBFA 4FS4A 5P0IA 4LHHA 4B00A 1MT9A 5C9BA 1ME6A 1U8GA 3H0BA 5OZMA 3OHFA 3KMXA 5DR4A 1DPJA 4Y3DA 2B42A 2V11C 4YCKA 3FKTA 4QLHA 4WY6A 5P0SA 4FM6A 5P09A 2VIEA 2OHMA 2BPYA 2BBBA 5P75A 5OZCA 4LXAA 5P7EA 3UQWA 4Y4UA 5P0OA 3SA7A 3TKWA 3S56A 5HU1A 2JXRA 2R38A 4FLGA 5P57A 1PSOE 5P51A 5P72A 3KM4A 4L1AA 1MT7A 4DJWA 4RGHA 3EKYA 5P7AA 1FMUA 1BWBA 4Y44A 5P1BA 3IVIA 4YCYA 2QMFA 3PWMA 3BXSA 4RLDA 3OADB 7UPJA 2RKFA 1T6GA 5P3YA 4U7QA 2B7FA 4EJLA 5P7VA 4QJ7A 4JP9A 5P30A 1B6JA 3QI1A 2I4WA 3OK9A 1TQFA 3OY4A 5P3EA 5P14A 5P1ZA 3PBDA 1EEDP 3D1XA 4Z50A 3IXJA 2VJ7A 5OZNA 5P3VA 1HRNA 2NTRA 4M8XA 2BKSA 2BJUA 4ZIPA 4Y9WA 1YTJA 3EL0A 2ZE1A 1FGCC 5P04A 1HPSA 4DQCA 1PPKE 3OUDA 5COPA 4Z22A 3Q70A 4DVFA 3OQ7A 5P8CA 3VV6A 1GNMA 5P3ZA 1YTIA 4ZPFA 4I12A 5P5MA 3WB4A 4Y3ZA 5HCOA 5P60A 5IVTA 4Q1YA 1EC3A 2WJOA 5KR0A 3URJA 3R0YA 4Y5MA 1RNEA 1A8KA 2FGUA 3L59A 4YD6A 4YD3A 4PEPA 1K6CA 5P7BA 1BAIA 2ZJLA 5P02A 4J1EA 3NDXA 2IENA 4GJ6A 3RTHA 4Y3EA 4NJVA 2RSPA 5P8VA 5OZOA 1EAGA 4Y3RA 2HC0A 2V16C 5P6XA 2VIJA 1Z8CA 2QI0A 5P1CA 1BILA 5KR1A 5P54A 4EJ8A 3BUGA 5KQFA 4APEA 2OF0A 2ER9E 5P5AA 1B6KA 5P5WA 4Y6MA 1N49A 3I2LA 4Y3QA 3D91A 4CPXA 3UFNA 5P1UA 4QJAA 5BS4A 5P48A 5P11A 3PWRA 1HVHA 5P46A 1HVIA 5P12A 5ENMA 5HDZA 4FM8A 5EZZA 5OZ6A 2AOGA 5P2MA 3PMUA 5P8TA 3ZKQA 2NNKA 4FAFA 3NU6A 4R93A 4HEGA 5P7ZA 2QHZA 2QI1A 2ER7E 5P78A 5OZWA 5P7HA 5P4BA 2OAHA 3GGUA 4R8YA 2AODA 2O4SA 2ZJKA 4Y47A 4BFDA 4DQHA 3LPKA 5P0VA 2ZJMA 1SDVA 2G27A 4DPIA 2JE4A 2ZJNA 1D4LA 2AVOA 5P2LA 4Y5KA 1EBZA 1QBTA 5HE4A 3MXDA 4Y53A 5JG1A 5P4JA 1LYAB 3SM2A 1J71A 1IVPA 1UH9A 5P8GA 2Q54A 3UPJA 4Q5MA 1QBUA 5ISJA 4OBFA 5P5HA 4J5JA 4JPEA 2HPEA 1E5OE 5P80A 3ZKXA 2ZHSA 4J0YA 5P1HA 5P5RA 5P8HA 5P53A 1GVTA 5P7QA 5P0BA 3KN0A 3HAWA 5HCTA 3OTYA 3L5EA 4DQEA 5P13A 4E43A 3GGVA 1VIKA 3C9XA 3CYXA 4EYRA 4Y4WA 4NKKA 3ZKMA 2ASIA 1HVKA 5OZUA 3TNEA 2QNNA 3DV5A 5P79A 3NU4A 5DGWA 5DQ5A 4Y37A 1SIVA 5P5IA 2NXMA 4RRNA 1B5FA 1BXQA 2QI5A 4DJRA 3WZ8A 3INEA 2I0AA 4FSLA 3INHA 4NJUA 3BVAA 5P15A 1HTRB 5P01A 4CPWA 3K1WA 1HSIA 5P5GA 3NU5A 3UF3A 5P26A 5P7MA 2Q5KA 3IXOA 4I0DA 1PFZA 2OHLA 1YM2A 2PWCA 3SFCA 4LC7A 3NXEA 2O4KA 5P6FA 5P0AA 1AXAA 1MVPA 5P5SA 4QJ8A 3OU4B 1K1UA 1T6EX 4N00A 5OYSA 2G21A 3AIDA 5P4MA 2QI3A 1EPME 4I0EA 5P2QA 4B0QA 5P6DA 2ZHTA 2PWRA 4UPJA 4DJXA 1M43A 4IVSA 5OZQA 3VF7A 1FB7A 2FDPA 3Q4BA 4F73A 5P6HA 5I3XA 4J1IA 4I10A 1D4HA 2FXDA 1M4HA 5I3WA 3B80A 3BUHA 1BDRA 1W5VA 4DUSA 5P43A 5P50A 2APRA 2VA5A 2G1RA 3UDPA 1UH7A 1FMBA 5DQ1A 3PHVA 3KMYA 2G94A 2I4UA 3HLOA 3WZ6A 4L1AB 5P36A 5P8MA 5P24A 2Q55A 5P28A 2WEDA 4D83A 2AOHA 4FRIA 5P18A 1LYWA 4F76A 1KZKA 1HEFE 1PPME 5P4LA 3LIZA 2BPZA 5KOQA 1PPLE 3UCBA 3PI5A 5P07A 5P2OA 3VFAA 2P4JA 1XE6A 3KFRA 3U6AA 1XL5A 1W6HA 3LZVA 4D89A 3EM3A 1RL8A 2G1NA 4RVIA 4DPFA 1HIIA 4NJSA 2RKGA 5P1SA 4Y5NA 3CIBA 3EL9A 5P3XA 1IZEA 2WEBA 3ZKIA 5KQXA 3MXEA 5P3FA 3SA6A 4GJAA 2V12C 5AH6A 3TPRA 4Q1XA 5P2NA 5EZXA 3OUDB 5HDXA 1JLDA 3IN3A 4RCFA 4I0ZA 5P6VA 1LEEA 3S43A 1YX9A 1ZSFA 2I0DA 3S2OA 3HDKA 5P7GA 2RMPA 5P3NA 2ZJHA 1AM5A 4I0IA 5P05A 1D4KA 3PWWA 5P4CA 5P5NA 1HXBA 3U71A 4APRE 3QBHA 3S53A 3NU9A 3NR6A 3EL1A 5I3VA 3R0WA 1K6PA 5P5ZA 1ZPKA 3S54A 1NH0A 3GW5A 3BHEA 2B60A 3T3CA 5P5VA 3CMSA 4B1DA 3LPJA 1ZJ7A 2JJIA 1MTRA 3OUAA 5OZIA 5P0RA 1QRPE 1RPIA 1A30A 5P3AA 3IGBA 2QU3A 4DJOA 1HHPA 2QCIA 5P7XA 1SMEA 5P52A 3VUCA 1G6LA 3VSWA 3PSGA 5P3UA 3B7VA 5P3QA 4DJUA 1IVQA 4GMIA 1IZDA 5P19A 4EP3A 5P5FA 4L7HA 5OYZA 3TKGA 1NPAA 2I4VA 1CPIA 3IXKA 2A4FA 2AOIA 3ER5E 5P34A 4YDGA 2R5PA 3JW2A 4PZWA 4D8CA 4YBIA 5P59A 1DAZC 4I0JA 3O9HA 1AIDA 2BB9A 2BQVA 4Y3GA 1W5YA 4OBZA 5P10A 4L7JA 4J55A 4RVXA 5P40A 2IKOA 2I4QA 4COEA 2PH6A 1T7IA 5P7SA 2VIYA 2QHYA 1ZP8A 5IVQA 4Y43A 4I11A 3RSVA 2AOEA 2IQGA 4DH6A 5OZRA 3KA2A 5HDVA 5P45A 4Y5AA 1EBKC 5P00A 5P5TA 4YDFA 1SIPA 4Y4EA 5DQ4A 2WF3A 1BVGA 3PVKA 3LNKA 1OEXA 1ZBGA 1GNNA 2B7ZA 2VJ6A 2XFKA 4OD9A 5P0UA 3S7MA 1A94A 2PK6A 5P8OA 1BWAA 5KR8A 3IVHA 5P4TA 1KJHA 2AIDA 3LPIA 2WHHA 4ZSMA 2AOFA 4KB9A 4B05A 3O9BA 4Y5BA 1G2KA 5JFUA 1GVXA 3WSJA 4Y48A 3CIDA 4Y3FA 2ZHVA 2QZXA 3EKPA 3ZPSA 3MSJA 2PQZA 3OOZA 4Y3SA 1ZTZA 4Y4AA 1HXWA 4FE6A 4I8WA 5P32A 3NYGA 3VFBA 2OHQA 5P70A 4Z2ZA 5P2WA 3OTSA 5P2BA 3PMYA 5P03A 1EPQE 5CLMA 3GI5A 4Y4BA 5P82A 4Y56A 1DMPA 1B5FB 3EBZA 1PSAA 2R8NA 5P4DA 5ISKA 3VEUA 2WEAA 3TTPA 3VG1A 1BVEA 2QMPA 2PSGA 5BRYA 1ZPAA 2G1YA 5OYVA 5ENKA 5P1YA 3PM4A 5SZ9A 4BFBA 4YOBA 5P8UA 2G26A 5P42A 1ER8E 5P7TA 3FIVA 4BEKA 3TOHA 1HTGA 5P67A 3PJ6A 5P1EA 3ZKSA 5OZPA 3CICA 1GKTA 1AAQA 4K8SA 4HDPA 4RZ1A 1NSOA 1HSHA 3D3TA 1D4SA 3OWNA 3PCWA 5P7LA 4EPJA 2AOJA 5P6QA 4EJDA 4FAEA 1ODYA 5C9DA 4F74A 5P1WA 1DW6C 5P8NA 1GNOA 4Y4DA 5P8JA 5P4ZA 1SDTA 1DIFA 2MIPA 3OU1A 5E5KA 1FLHA 1EC1A 1MTBA 3H5BA 4QJ9A 1MSMA 1D4IA 5P8SA 1EBYA 5OZ0A 3LZSA 2NNPA 2NR6A 1KJ7A 2QI7A 5P0XA 5P6YA 2AVSA 2CEMA 4WY1A 3SABA 2O4NA 3NLSA 5IVRA 5P2SA 5P5OA 4ACUA 3QP0A 4Y3MA 2ER0E 3SO9A 1T3RA 2Q11A 2ZGAA 1YTHA 3K4VC 1F34A 4AUCA 2PH8A 5OZKA 3QAAA 4HE9A 1FEJC 5HE5A 3URLA 2HPFA 4PZXA 4J1HA 2OHRA 5AHCA 5OZ2A 3PSYA 3CKPA 1C70A 5P83A 2R9BA 3L3AA 3OAGB 4FRKA 5P17A 3ST5A 1YM4A 1MSNA 5P0DA 5OZ4A 4K9HA 4ZSQA 5P3RA 3ZOVA 5BWYA 6UPJA 5AH7A 5P56A 5P1AA 5P6BA 5P2EA 1LF4A 3L5CA 5P63A 4ZEAA 5P0LA 3HBOA 2NPHA 3BUFA 3U7SA 5P0HA 1HPVA 2WF0A 4FRJA 4CPUA 1B11A 5P4FA 3SM1A 3MSKA 4DJPA 3O9DA 2ZHUA 5P5LA 2XFIA 3QRMA 1FG6C 5P3WA 3OGPA 5DR3A 5I70A 2R43A 5P06A 1SBGA 3JVWA 3T6IA 3VF5A 3UDQA 3LIVA 1PSNA 1D4JA 4OC6A 2P3BB 4B1CA 3VV7A 3BC4A 2AZBA 5P2GA 5P4RA 1HWRA 3RU1A 2F81A 3OUCA 4Y3HA 5P6OA 5P61A 5P0ZA 1TCWA 3SPKA 2AZCA 2OHTA 5P1VA 4DJVA 2HB4A 4OBKA 3KT2A 1W50A 2BKTA 5P8QA 2V10C 3PEPA 3OQAA 4EXGA 3O9AA 4QJ2A 1HSGA 3AUPA 5P0FA 5OZXA 2R3WA 4ER2E 1BV7A 5DR8A 3WZ7A 4Y4ZA 2VA7A 1AZ5A 4GJ9A 3BGCA 5OYUA 3KFPA 1CZIE 5P5EA 5P5CA 3NDTA 4TRYA 1GVWA 4NPUA 4YHQA 5OZZA 2G1SA 4Y3WA 1QDMA 4M8YA 3S8IA 3OQKA 1B6PA 4R92A 2QI4A 1HVJA 3UHLA 2IKUA 5OZAA 1KJGA 1FFIC 3IAWA 3EMYA 5OZBA 1ZAPA 5P1RA 3SA8A 4ZSRA 5P6RA 1IDAA 2B8LA 4R91A 4GJCA 3K5CA 2IRZA 5OZYA 2FXEA 5P8KA 3PRSA 5P4PA 3SQFA 1B6MA 4OD9B 5P58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QS1 A;  1YG9 A;  5TOL A;  5P25 A;  5SXN A;  3IN4 A;  5FIV A;  3QRO A;  5P0P A;  5P74 A;  5SY3 A;  1SGU A;  2AVQ A;  3L38 A;  5P4Q A;  3UDY A;  4CPR A;  4MC6 A;  2XFJ A;  5P1J A;  1QBR A;  4GZF A;  1E82 E;  2QP8 A;  5P6K A;  3SA4 A;  3HD8 A;  5P2V A;  2OHU A;  5P2T A;  3UDR A;  4XX3 A;  5P7R A;  4CMS A;  1XN2 A;  3OU1 B;  4H3G A;  5J25 A;  5P3S A;  1OHR A;  3OAG A;  3UDM A;  4GJ8 A;  5P37 A;  3D1Z A;  1YTG A;  1IZI A;  5CON A;  3GI4 A;  3DM6 A;  5P2Y A;  1OD1 A;  5P3K A;  5P69 A;  4ZSP A;  5P4O A;  3LIX A;  3TOG A;  5P5D A;  3BRA A;  3DK1 A;  1LYB B;  5P6W A;  4Q1N A;  3IA9 A;  4TRW A;  3S7L A;  4J0V A;  3PLD A;  1BBS A;  3VV8 A;  3ZKN A;  3L5D A;  4Y36 A;  3N3I A;  3VLA A;  5P2C A;  5P4I A;  1C6Z A;  5P8B A;  4Y5C A;  2FDD A;  2OHP A;  1C6Y A;  5COK A;  3S85 A;  3URI A;  5P0Y A;  1MIQ A;  5P89 A;  2Q15 A;  4Y3X A;  4X7I A;  1AJV A;  1SDU A;  3G6Z A;  3R2F A;  4EP2 A;  3O9F A;  5P6U A;  4BEL A;  4FIV A;  1HVC A;  2F3K A;  2PSV A;  2P3B A;  3FNS A;  3PLL A;  2IGX A;  3FSM A;  1LYA A;  5P39 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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