3VV7A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-6-((1s,2r)-2-(3'-methoxybiphenyl-3-yl)cyclopropyl)-3-methylpyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
389
structure length
361
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 91
structure length 361
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv7A02
1ENTE 3NDXA 1K2CA 2VNNA 4EXHA 3I25A 3I7EA 3VYDA 5P5UA 5P1KA 5EZXA 2ZHUA 4J55A 5P2CA 5P3TA 3NWQA 1BXQA 4UPJA 5SZ9A 3D20A 1GVWA 2WF2A 5P0VA 5P4JA 2JJIA 1HVCA 3OADA 5P80A 2HM1A 1EC2A 5P1JA 4FLGA 5P3WA 2I4DA 1B5FB 1META 4LXAA 1IZIA 3VLAA 4YCKA 3PMUA 1HSIA 5P2BA 3PBZA 5P40A 2UXZA 4FE6A 4IVTA 5OZGA 4Z22A 3OTYA 2G94A 3DV1A 4J1FA 1IVQA 5P0OA 3ECGA 1WKRA 3OQFA 4RCEA 5OYXA 4Y5BA 5OYSA 1EPOE 4ZEAA 5P88A 6UPJA 4OBJA 1PSAA 3ZOVA 5P5JA 4CPTA 5P75A 3OXXA 2G1YA 2Z4OA 5OZBA 2ER0E 5P7IA 3UTLA 4Y5LA 3AIDA 4TVHA 2ZYEA 5P1OA 4DI2A 5P7TA 2VA7A 1Z8CA 5P06A 2R5QA 5P6UA 4Y4AA 5P1BA 5P4PA 4Z50A 4H3FA 4Y4TA 5DR8A 5IE1A 3VF7A 2J9KA 1AJXA 3NU3A 3KN0A 2HC0A 2ASIA 2PH8A 2UY0A 4PZWA 2OAHA 2BPYA 1PPKE 3OWNA 2QMDA 3K1WA 2AZ9A 2O4KA 1EPQE 4OBDA 5OZKA 5KOSA 4J17A 3LIXA 5P8UA 1B6PA 5P5OA 3NU9A 4EJKA 3KFPA 1QBTA 4Y47A 2BPWA 3GI6A 2QNNA 5P56A 5P2VA 3DCRA 1FIVA 2PK5A 5HCTA 2WHHA 1RNEA 3VUCA 4BELA 5AH8A 4DQEA 1UH8A 4PPHA 2Q64A 1YM2A 1ZSFA 3OU4A 5P0AA 3SA8A 1APWE 5P7QA 3Q6YA 1VIKA 4KB9A 1C6YA 2APRA 1YTIA 2QD6A 1QS8A 5P83A 5OYUA 3WZ7A 3DCKA 2Q3KA 3QAAA 4J1IA 2ZHRA 3OK9A 3OGPA 5P4KA 4ER2E 5P3OA 1IVPA 2BJUA 2B7ZA 2I0AA 3LPIA 5P5DA 3RTNA 1HVLA 3K5GA 5P18A 3SKGA 3MXEA 2OHQA 4FRKA 2H6SA 1FFFC 1AZ5A 2JE4A 5P3FA 3OUAA 5IS4A 5HVPA 3R1GB 1LYBB 2AOFA 5P6YA 3SA6A 4Y56A 5OZYA 4Y3PA 5C9FA 2VA5A 2NNPA 3UQXA 1BBSA 5OZ7A 1MSNA 2AVMA 1WBMA 3MWSA 1UH7A 5P4AA 1ZBGA 5P4MA 1CZIE 4EP3A 2IL2A 3OHHA 5JG1A 1EAGA 2VJ6A 3VV8A 1HIHA 4EJ8A 5AH7A 3OXCA 5P5ZA 2RMPA 4F75A 4I0EA 5P8OA 1T7KA 3SACA 2FLEA 2IGXA 4HEGA 3FNUA 2OF0A 1D4HA 3UDKA 1SBGA 2HB4A 5P8AA 5P1QA 5P6AA 4J1KA 5P07A 5P12A 3UDQA 5OYQA 2NPHA 3OAGB 5P14A 4NPTA 5P2QA 4LC7A 1HPVA 1ZAPA 1IIQA 2AOIA 3OU3A 3JW2A 5AHCA 2FNTA 3SKFA 2HPFA 4Y4DA 2ZE1A 5OYWA 3RU1A 3TTPA 5P5XA 4EHCA 3F9QA 2BBBA 1LYAB 2FDDA 5P77A 3VFBA 4Y4EA 1HVHA 1RL8A 4DJXA 4Y3TA 5P6RA 5OZIA 5P8PA 1T7JA 2FGUA 2OHUA 1BWAA 2NNKA 3KT2A 3S43A 3GGAA 3OGQA 3QI1A 3PCWA 4QJ7A 4EPJA 2I0DA 4AUCA 5JFPA 4Y5MA 3LZSA 3PSYA 1YTJA 5CLMA 1TSUA 3WZ8A 3VYFA 2QU2A 3HD8A 3Q4BA 2NXLA 4CPRA 3D1YA 4YD7A 4CPWA 1APUE 5P4RA 3EBZA 3PWWA 3TPPA 1N49A 2QI4A 1FQ8A 5KOQA 4BFBA 5P7ZA 4HA5A 3URLA 4Y3FA 3FKTA 4Y4JA 1EC0A 5P74A 2BQVA 3MSJA 1B5FA 3APPA 5P2JA 5P2ZA 2QMPA 4YBIA 4RCDA 4B1DA 4Y3EA 5P67A 1MRXA 4ER1E 4Y3HA 5P4GA 1SDTA 4AA9A 3MXDA 3LITA 3UQUA 5P3XA 5P6BA 1AJVA 4XKXA 5P8NA 3T6IA 1EEDP 5P0QA 3BUFA 3NR6A 2QI0A 5P1FA 5P47A 1D4IA 2Q55A 5P6NA 5DGUA 3UHLA 1HOSA 3EM6A 3VSXA 3BHEA 1TZSA 5P4LA 2I4UA 2V0ZC 4YOBA 2FDPA 1TCWA 4CPXA 2OHTA 2QZLA 3IA9A 3UDNA 5P59A 3BGCA 3R2FA 3URIA 5P5RA 1HIIA 5P2YA 2V12C 2AOGA 1W50A 5P36A 1W6HA 2IRZA 3NLSA 1C6ZA 1FQ4A 1ODYA 5P7AA 3IN4A 3TH9A 2G24A 2RKGA 1G35A 4HVPA 5P6PA 4CKUA 3SA7A 1KJHA 4OBHA 3OHFA 2I4VA 2P8HA 2PYMA 3KFSA 3EL9A 1FLHA 3MSLA 4ACUA 5OZ1A 3L5FA 2A1EA 2AOHA 4DJQA 1BVEA 5P0EA 1KJFA 1MTRA 1QBUA 1A8GA 1PROA 2AVSA 1IZDA 2NTRA 2P3CA 5AH6A 5P6JA 4FGXA 5I3WA 5P8IA 4JPCA 4DVFA 4RYGA 5P2EA 4EQJA 3KDBA 4Y50A 2ZDZA 3O9HA 3JVWA 1BDQA 3DJKA 1YTHA 3OU4B 2ZJLA 5P5WA 1A30A 5P05A 3VLBA 4QJ2A 5P7VA 3WB5A 3D1ZA 1ZTZA 4LXKA 1GNNA 4DQGA 2VJ9A 4I8ZA 1HVRA 4Y41A 5BWYA 4ACXA 5P0XA 4MC1A 1YM4A 2WEBA 2O40A 2WECA 1QBSA 5P2NA 3L5BA 4I0JA 2XFKA 2F81A 5P3MA 4Y3SA 1GKTA 3IN3A 1RV7A 4DPFA 5OZDA 2G26A 5P7WA 2VIEA 4DJPA 3FNSA 3O9AA 2QMGA 3LZUA 5P5BA 5P4EA 4Y3DA 5P02A 1LYBA 2AOCA 1UPJA 5P2GA 5P10A 5OZOA 3EM4A 4QJ8A 3B7VA 2PK6A 3KA2A 2P3BA 5P7DA 1IDAA 3S7MA 2V11C 3OQDA 5P51A 4COEA 4Y4BA 5OYYA 5IVTA 2PH6A 3QVCA 2PYNA 5I3YA 5SY3A 3HBOA 1D4LA 5OZRA 2ZJIA 3LNKA 3FV3A 5P3EA 1FG8C 4Y54A 5P6QA 2QNPA 1Q9PA 5P89A 1KJ4A 5OZEA 3OAGA 4Y45A 2OHRA 1EPME 1ZPAA 2PQZA 2AOJA 2G1SA 1XN2A 3PMYA 2F3EA 1HPOA 4FM8A 4GJDA 3Q3TA 5P16A 4FRSA 4H3GA 5OZWA 3EXOA 1SMRA 5P0GA 1FMBA 2B7FA 3PRSA 4NJUA 5DR3A 4CPUA 3VV6A 5P4FA 4X2LA 2CENA 5I3XA 1LYAA 1GNOA 5P4CA 5HE5A 1MRWA 3UCBA 5HDZA 4J0ZA 4A6BA 3S43B 1AM5A 4Q1NA 5P23A 3SO9A 2AZCA 2WF3A 1A9MA 5P0HA 5OZFA 1NSOA 1YX9A 5DR4A 1T7IA 5KR2A 1CMSA 4DQFA 3I6OA 5F01A 4FM7A 4D85A 5P3YA 5P29A 1UH9A 2J9JA 5DGWA 1MTBA 1TQFA 3HDKA 5P7CA 4J0PA 3BXRA 1BIMA 2F3FA 5P52A 2FXEA 4B77A 1VIJA 3DOXA 1AVFA 1DW6C 2QZWA 1HBVA 5P7MA 1IZEA 2O4PA 5ISKA 4ZPEA 4QJ6A 3GI4A 4FSLA 5P5EA 4FAEA 5P1RA 3L5DA 2ZGAA 5DR7A 5OYZA 3S54A 2O4LA 2IDWA 4DJUA 5P1MA 2ZHTA 3H0BA 5SY2A 3D91A 3NXEA 5KAOA 5P0BA 3QVIA 3LIYA 5P4WA 3IXOA 3LINA 2G1OA 4QJ9A 3PJ6A 5P28A 5P54A 3RTHA 5KR0A 5P2RA 2WKZA 1QRPE 2IGYA 1DPJA 3TLHA 4B78A 3S8IA 5P8LA 5C9DA 4Z4XA 3NU4A 1HTGA 3HLOA 4N00A 4YD6A 4GJ8A 5P2DA 3B80A 3OUBA 3QN8A 2R3WA 1HVKA 4FCOA 2QZKA 4K4RA 4Y3XA 4HDBA 4Y39A 4D83A 2PSUA 2F8GA 5P6KA 2I4XA 4HZTA 2F3KA 5P86A 4CPQA 2NMYA 2R3TA 1YT9A 5P71A 5P3IA 1MT8A 4Y5KA 1LZQA 1E82E 4OBZB 1TCXA 3FNTA 5P8KA 3PWMA 5P1DA 3S45A 5BS4A 1E81E 4J0VA 3T7PA 2P83A 5P33A 2F80A 3OQ7A 4HDFA 3IXJA 2RSPA 4JPEA 1LF4A 2VNMA 4NJVA 3HZCA 3UDPA 1YTGA 5E5KA 4GJCA 2B8LA 3S7LA 1B6JA 5P0LA 1XL5A 4Y6MA 3RTMA 1OHRA 4DPIA 1FQ7A 1E5OE 5IVQA 2BPXA 3L3AA 5P45A 2G69A 1KJ7A 5DPZA 5BRYA 5ISJA 1MSMA 4RLDA 1T3RA 3ZKQA 5TOLA 4LBTA 4NJSA 2IKUA 4I0ZA 3SM2A 2ER7E 5P66A 2HB2A 5P1TA 2FGVA 4YE3A 2QI3A 3VCMA 4BEKA 2WF4A 3EMYA 2QP8A 3FIVA 3PBDA 2AVOA 5DQ5A 1SH9A 2PWRA 4GJAA 5OZHA 2Q11A 5P01A 2ZHSA 3SM1A 3UDMA 4YOAA 5OZQA 5DQCA 3GGXA 2P3BB 3EL4A 1MEUA 3HW1A 1W5WA 4FM6A 3VF5A 3ZKIA 4RGHA 3OU1B 2OHKA 5P2SA 3G6ZA 4J54A 4OD9A 3U6AA 5P0MA 1TW7A 3Q5HA 1D4SA 3PSGA 5P69A 5P6VA 3INEA 3TKGA 5P0DA 1GNMA 1HTRB 3L38A 2QI6A 3LHGA 4E43A 1ER8E 4I0IA 1FQ5A 1Z1RA 2CEJA 2FS4A 1HSHA 2A4FA 3ZL7A 5OZMA 3G70A 4QJAA 3G72A 3O9IA 5P7SA 1FKNA 1T6GA 4RVXA 3SPKA 2O4NA 3NWXA 1SDUA 2AZ8A 2IEOA 1NPVA 4B00A 3R0WA 4GJ9A 5KR1A 3S53A 1E80E 1HTFA 4EXGA 4XXSA 3NDUA 5OYTA 3HVGA 5P6WA 4I0GA 1PSOE 3EKPA 4GZFA 5P72A 3LZYA 3UFNA 4J1HA 1PPME 4Y4ZA 5P7PA 1GVVA 5P15A 1K2BA 6APRE 2VIYA 3TPLA 3IGBA 4JP9A 5P6EA 5P7KA 1HXWA 4CPSA 3EKWA 3QRVA 4R93A 4OBKA 4Y5PA 5P0YA 2QAKA 1OD1A 1M4HA 5P39A 4Y5EA 5P2WA 2J9JB 1OEXA 3HAUA 3NU5A 2R8NA 4L1AA 5KQZA 3KYRA 1SMEA 5P1UA 1MIQA 5P4HA 2BKTA 2QHZA 3PEPA 4R91A 1BDLA 1HVSA 3BC4A 3CYXA 1LV1A 4YD3A 5P55A 5P2AA 5DR0A 4WY6A 1K6CA 2P4JA 5OZ3A 2VJ7A 2WEDA 1K6PA 5OZJA 3INDA 5P7FA 4NPUA 3MSKA 4Y3YA 3UF3A 4FRIA 1EPPE 1XE5A 5B18A 5P30A 2QK5A 3DV5A 4J0YA 2WEZA 1FQ6A 1LYWA 4ZSMA 5OZLA 1DIFA 4BFDA 5DQ1A 4F73A 5P1VA 5P8EA 5P5HA 5HU0A 4KE0A 5P4QA 3S85A 2Z54A 1GVUA 3N3IA 1MUIA 4GJ5A 4GYEA 3OTSA 3C9XA 5DQ4A 4J0TA 2QI5A 5P3SA 5P6MA 2QD8A 2OHMA 4ZSQA 4EWOA 2ZJMA 4Y4WA 4YBFA 4WTUA 4LAPA 5PEPA 3ZLQA 1XL2A 4B70A 3IAWA 2B8VA 1LF3A 3O9FA 5P57A 5P82A 1A8KA 1HTEA 1C70A 5P53A 4ZIPA 4R92A 1B11A 2QD7A 1HHPA 1IDBA 4FL8A 2QHCA 4J5JA 3WB4A 1ME6A 5P0FA 4TVGA 3EKTA 1YG9A 5P4BA 2NXMA 5P09A 5P5LA 5T4SA 1JLDA 1LF2A 4R8YA 3KFRA 1ZPKA 5SXNA 4OBZA 4X7IA 5P3AA 5P35A 3K5DA 3UDYA 5AHAA 3KDCA 1HRNA 4L7GA 2Q63A 2QI7A 3EM3A 5P8HA 4A4QA 5HE4A 1KZKA 3CICA 4Y48A 5OZSA 1QBRA 5P1PA 2WF1A 1EBYA 4K4PA 5P3RA 3VSWA 2AOEA 4I0HA 5P4NA 4Y35A 4PZXA 2AIDA 4DJVA 1U8GA 4ZSRA 3D3TA 5OZ2A 5P04A 3EKXA 4DJOA 5KR8A 4LP9A 2B60A 5P41A 5P7YA 2XFIA 3ZKXA 5P0IA 2PC0A 3NSHA 1PSNA 2ZJNA 5P25A 5P0UA 1W5VA 2WEAA 4H3IA 3K5FA 3ZKSA 5P65A 1BV7A 1FGCC 5OZUA 3U7SA 5P4UA 5P1WA 3PI5A 1RPIA 2SAMA 1ZLFA 4I12A 3Q70A 2WF0A 2QCIA 3BVBA 5P2HA 2H6TA 4YCYA 2B42A 4GJ7A 5P61A 5P49A 3S2OA 3CMSA 4Q1WA 4Y4GA 4DUSA 1OEWA 5OZ9A 4OD9B 5P1AA 5P0JA 1HPSA 2R9BA 2WL0A 4XX3A 2EWYA 1MESA 3VG1A 3OU1A 5P4IA 4ZPGA 3ZPUA 1K1TA 5P13A 4Y3MA 3QIHA 4Y43A 3ZKMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ENT E;  3NDX A;  1K2C A;  2VNN A;  4EXH A;  3I25 A;  3I7E A;  3VYD A;  5P5U A;  5P1K A;  5EZX A;  2ZHU A;  4J55 A;  5P2C A;  5P3T A;  3NWQ A;  1BXQ A;  4UPJ A;  5SZ9 A;  3D20 A;  1GVW A;  2WF2 A;  5P0V A;  5P4J A;  2JJI A;  1HVC A;  3OAD A;  5P80 A;  2HM1 A;  1EC2 A;  5P1J A;  4FLG A;  5P3W A;  2I4D A;  1B5F B;  1MET A;  4LXA A;  1IZI A;  3VLA A;  4YCK A;  3PMU A;  1HSI A;  5P2B A;  3PBZ A;  5P40 A;  2UXZ A;  4FE6 A;  4IVT A;  5OZG A;  4Z22 A;  3OTY A;  2G94 A;  3DV1 A;  4J1F A;  1IVQ A;  5P0O A;  3ECG A;  1WKR A;  3OQF A;  4RCE A;  5OYX A;  4Y5B A;  5OYS A;  1EPO E;  4ZEA A;  5P88 A;  6UPJ A;  4OBJ A;  1PSA A;  3ZOV A;  5P5J A;  4CPT A;  5P75 A;  3OXX A;  2G1Y A;  2Z4O A;  5OZB A;  2ER0 E;  5P7I A;  3UTL A;  4Y5L A;  3AID A;  4TVH A;  2ZYE A;  5P1O A;  4DI2 A;  5P7T A;  2VA7 A;  1Z8C A;  5P06 A;  2R5Q A;  5P6U A;  4Y4A A;  5P1B A;  5P4P A;  4Z50 A;  4H3F A;  4Y4T A;  5DR8 A;  5IE1 A;  3VF7 A;  2J9K A;  1AJX A;  3NU3 A;  3KN0 A;  2HC0 A;  2ASI A;  2PH8 A;  2UY0 A;  4PZW A;  2OAH A;  2BPY A;  1PPK E;  3OWN A;  2QMD A;  3K1W A;  2AZ9 A;  2O4K A;  1EPQ E;  4OBD A;  5OZK A;  5KOS A;  4J17 A;  3LIX A;  5P8U A;  1B6P A;  5P5O A;  3NU9 A;  4EJK A;  3KFP A;  1QBT A;  4Y47 A;  2BPW A;  3GI6 A;  2QNN A;  5P56 A;  5P2V A;  3DCR A;  1FIV A;  2PK5 A;  5HCT A;  2WHH A;  1RNE A;  3VUC A;  4BEL A;  5AH8 A;  4DQE A;  1UH8 A;  4PPH A;  2Q64 A;  1YM2 A;  1ZSF A;  3OU4 A;  5P0A A;  3SA8 A;  1APW E;  5P7Q A;  3Q6Y A;  1VIK A;  4KB9 A;  1C6Y A;  2APR A;  1YTI A;  2QD6 A;  1QS8 A;  5P83 A;  5OYU A;  3WZ7 A;  3DCK A;  2Q3K A;  3QAA A;  4J1I A;  2ZHR A;  3OK9 A;  3OGP A;  5P4K A;  4ER2 E;  5P3O A;  1IVP A;  2BJU A;  2B7Z A;  2I0A A;  3LPI A;  5P5D A;  3RTN A;  1HVL A;  3K5G A;  5P18 A;  3SKG A;  3MXE A;  2OHQ A;  4FRK A;  2H6S A;  1FFF C;  1AZ5 A;  2JE4 A;  5P3F A;  3OUA A;  5IS4 A;  5HVP A;  3R1G B;  1LYB B;  2AOF A;  5P6Y A;  3SA6 A;  4Y56 A;  5OZY A;  4Y3P A;  5C9F A;  2VA5 A;  2NNP A;  3UQX A;  1BBS A;  5OZ7 A;  1MSN A;  2AVM A;  1WBM A;  3MWS A;  1UH7 A;  5P4A A;  1ZBG A;  5P4M A;  1CZI E;  4EP3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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