4I1CA

Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolins as novel bace-1 inhibitors
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
399
structure length
378
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolines as novel BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 378
sequence length 399
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i1cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i1cA02
5P58A 5P4SA 1E81E 5AHAA 5HVPA 1RQ9A 2VIYA 4QJ9A 2FGVA 2ZYEA 5P3HA 4K4QA 5P1FA 3OU1B 5P03A 3NDTA 4MC9A 2HAHA 1K2BA 5DGUA 5HU1A 1EPNE 3PM4A 5P6QA 1FLHA 3KDCA 3NU6A 5P5DA 5C9DA 1DP5A 3TPPA 3O9LB 5P25A 4R8YA 3GI5A 1RV7A 1META 3FIVA 3L38A 1IVQA 2VKMA 5P8MA 3UTLA 4R5NA 5P3SA 1C6YA 2UY0A 5P8VA 1LYWB 1FMBA 2QZXA 4J17A 4HZTA 4Y35A 5P7LA 3BUGA 5P1KA 4D8CA 3K5DA 4PYVA 5P0KA 5P42A 4J0TA 5P0RA 3O9GA 4RLDA 3OU4B 3SABA 1YTHA 4YBIA 4DQBA 5P0SA 5P1YA 5P1VA 1EPPE 2XYEA 1PFZA 2IRZA 4PZXA 4I0ZA 4Y4EA 4RRNA 2P4JA 3OXCA 2OHUA 2IGXA 4AMTA 1AVFA 5P1RA 1AAQA 1UH8A 1ZBGA 5COKA 2B8VA 3NWQA 1CMSA 3SA3A 3ZKSA 1E80E 3UDRA 4XKXA 3AUPA 3PRSA 4F73A 1MVPA 2CEJA 2VA5A 4Y3QA 3RVIA 2G21A 2ZJLA 5P24A 1ME6A 4R93A 2F3FA 2J9JB 3A2OA 3BXRA 5P4FA 4FRIA 5P7TA 2I4UA 5P05A 2V12C 1FQXA 5P20A 2ZDZA 5DR0A 5P35A 2FDEA 2R38A 5P11A 5P49A 5P7JA 4TVGA 4YBFA 2ZHUA 3OUDB 5P8DA 5P7MA 5OZ8A 5P38A 4NJVA 3FNTA 3DV1A 2B42A 4I0GA 3L5EA 2PC0A 2R9BA 3OADA 3ZKQA 3GI0A 2AOJA 3EL9A 3PB5A 3U7SA 4JECA 5JODA 2G1SA 2PH8A 2ER7E 4Y5AA 4FRSA 2G24A 4Y38A 3KFPA 1EBYA 5P59A 3OQ7A 4OC6A 5P33A 3TOFA 3JVWA 2VA6A 4I0IA 5P3LA 1AXAA 1HSIA 5P0VA 4J1CA 4YCTA 3TPLA 1YG9A 4Y4BA 5P8BA 1BIMA 3URIA 3QROA 3R0WA 5P0DA 2ZJKA 2AOIA 4FSEA 5HDUA 1W5YA 3D1XA 4Y4JA 2I4DA 5P0YA 4KE1A 5P3EA 5P5EA 5AH9A 3LIQA 1ODWA 1DMPA 4I0JA 2V13A 2QNNA 2Q64A 1XE6A 1U8GA 1DW6C 5OZCA 5OZ3A 5P1ZA 1KZKA 1LF2A 4K4RA 1A8GA 5KOQA 4NKKA 4I8WA 4X2LA 1XDHA 2BKTA 5P66A 3VG1A 2WL0A 2A1EA 4Q1NA 4L7JA 3SA6A 4RVIA 3HLOA 2R3TA 2V10C 4B78A 5OZHA 5P79A 2OF0A 1FB7A 3OUCA 4Y3XA 3ZKMA 3GI6A 4YD3A 1XL5A 4EQJA 2BPYA 3NU9A 4B70A 5OYQA 3VSWA 4EP3A 5P3ZA 2G22A 5P15A 4YD7A 2ANLA 1HIIA 5P52A 3PVKA 1HRNA 4K9HA 2AVSA 2PH6A 1BDLA 1UH7A 2BPZA 4RZ1A 2AZCA 2ZJHA 4Y3RA 7HVPA 3EKXA 1FQ8A 4RCDA 1SGZA 2QNQA 5P27A 5P36A 3R0YA 4TRZA 2G94A 3QN8A 1HOSA 5SY2A 5P1IA 2QZKA 1GVTA 1FQ7A 1T7KA 2B7FA 5P0MA 5P5AA 5P13A 3DM6A 5OZAA 1B6LA 3D1ZA 3INHA 5P34A 5P01A 3NUJA 4FM8A 1EC1A 2J9KA 4LC7A 4CKUA 3IA9A 3KYRA 5PEPA 1D4IA 4ZPEA 4ER2E 1E5OE 2IEOA 2FNTA 5P74A 2A4FA 3G70A 2QMPA 3GGXA 4J1FA 1QBSA 5P5IA 3GW5A 4HDPA 1FFIC 4Y5MA 2HS2A 5P18A 2B60A 2WKZA 3LZVA 1G0VA 3I2LA 2QI7A 5HE7A 5P06A 4HDFA 5P6TA 5IVQA 5E5JA 1K6TA 4DQFA 3PSYA 1B5FA 3ZPUA 4ZE6A 5B18A 3S85A 2UPJA 1HPVA 2NXMA 3B7VA 4LP9A 4YE3A 4JPEA 5P4YA 4R95A 1EPLE 2PYNA 5IVTA 5I3WA 3EXOA 3ECGA 2HS1A 3EKVA 1FEJC 3LZUA 4MC1A 1K2CA 1YX9A 4Y48A 1FMXA 5BRYA 5P45A 3Q4BA 2WF0A 3DUYA 4GJAA 4Y3GA 4IVSA 1BWAA 5P77A 3D3TA 2QCIA 2OHNA 4Y3WA 4Y4ZA 5P5NA 1WKRA 1FQ6A 2G26A 4Y58A 1MRXA 4DQCA 1EC2A 3TPJA 2Q3KA 2P83A 1GNMA 4LXMA 2B8LA 4B1EA 5P61A 3INFA 2G69A 4EJKA 3MSJA 2AIDA 3WB4A 5P0TA 4APEA 8HVPA 1HTGA 3LPIA 5P4RA 5P2XA 4EYRA 4D85A 5E5KA 4CPSA 4L7HA 4S1GA 4Y3FA 3PHVA 1JLDA 5P8CA 1APTE 5P2GA 2QMDA 1FF0C 1K6PA 2VS2A 5P8RA 3N3IA 5P4BA 2QNPA 5P3WA 5P5BA 1XN2A 1BVEA 1SIVA 1TSQA 4Y47A 3DJKA 4YCKA 5HU0A 3ER5E 1AJXA 5P37A 5P5JA 3OADB 5OZMA 1ZSFA 5OZ7A 5P8OA 5P0WA 2QD6A 4PPHA 1TW7A 3S54A 5KR1A 3L5BA 4APRE 1LF4A 2VJ6A 2NPHA 5P46A 3LNKA 4YA8A 5P5LA 3PWRA 4OC6B 3IXKA 5OZNA 5P1NA 3HAUA 3O9HA 2VIEA 4COEA 3CMSA 4AZYA 3CICA 5P2VA 5OZBA 4Y3EA 5P29A 3L58A 3NDXA 3NDWA 2FIVA 4J55A 3SFCA 4FRKA 4J54A 5BWYA 1LEEA 4FRJA 5P41A 5P4IA 4LAPA 5P08A 2Q63A 3KFNA 5P8TA 4Z50A 5KOSA 5P3XA 4CP7A 3NU5A 5P5GA 5OZEA 1EPRE 5P6CA 1RPIA 4FLGA 4Y37A 3TPRA 1TCWA 5DQ2A 4M8XA 3OQKA 1W5XA 2FNSA 5AH7A 1E82E 4FGXA 5P2QA 4ER4E 3I7EA 5P2FA 3R4BA 1EEDP 1SDVA 4Y3NA 4DJUA 3OXWA 3Q70A 3O9CA 3UQRA 1FG8C 1EC3A 4U7QA 6UPJA 3Q6YA 1F7AA 3OY4A 5P2UA 2AVOA 3FNSA 1HVHA 2QAKA 4TVHA 2IDWA 4Y51A 5DPZA 3D20A 4HA5A 1MT7A 5P3UA 1HTRB 3S45A 4FIVA 2G20A 5IE1A 3U71A 3SM1A 5P7CA 1Z1RA 3L5CA 2MIPA 4Y3MA 2Z4OA 3SAAA 4Y3AA 4RGHA 4EHCA 3APPA 4BFBA 1KJGA 4ZPGA 5TOLA 4WY1A 5ISKA 5P6JA 2RKFA 4DPFA 2FDDA 5P7NA 3LIYA 4DFGA 5P7QA 3RU1A 3FKTA 3SQFA 2HB2A 5C9FA 5KAOA 5P1AA 1VIJA 3GGUA 5P7AA 5P4VA 3F9QA 4Y3HA 2NXLA 1OHRA 5P62A 3UPJA 3DOXA 2EWYA 4QLHA 5OZXA 1HVJA 2IKOA 5P8SA 3UDKA 5I3XA 1NSOA 2VA7A 3OUAA 4J1EA 4GZFA 3BGCA 5P6AA 4NPTA 2ER9E 4EQ0A 4CPQA 1MPPA 1MEUA 3EM3A 2Q11A 1BDRA 3WSJA 2QMFA 5P4WA 2AOGA 4FSLA 2JYSA 5P43A 5JFUA 4OBZA 2VIZA 5OYYA 4WY6A 4NJTA 4YD4A 4Y54A 4PHVA 5HTZA 3RSXA 1B5FB 3WZ7A 4YDGA 1APUE 3QIHA 3SA8A 4DJPA 2AOHA 1HVIA 3BXSA 5P84A 5P67A 2O4KA 2QMGA 2R3WA 1IZDA 1W6IA 4YD6A 1XS7D 4DPIA 1ER8E 2ZJJA 1HVSA 4X7IA 1MERA 5P7ZA 3VSXA 2HM1A 5I3VA 2H6TA 2BQVA 3KFSA 1BV7A 4Y50A 5HDVA 5P3QA 5P69A 3UHLA 2Q54A 3MXDA 5P2RA 2QI1A 5P60A 5OZTA 3UQWA 4M8YA 2ZHTA 1ENTE 3SA4A 1B6JA 4H1EA 2OHSA 3K1WA 3MSLA 3IXJA 4R91A 5P0IA 3PLLA 3NDUA 5P89A 3UDJA 3VUCA 3SA5A 5P2SA 3OQAA 5P4XA 3KN0A 5HE4A 4A6BA 3T6IA 4BFDA 2QD7A 5P4OA 5P5RA 1PPME 1QS8A 1W51A 3TTPA 3AIDA 5P0AA 1EAGA 5OZJA 3VV6A 2OAHA 1ZLFA 2AVQA 4Y53A 5P07A 2WF3A 4RROA 4GJ8A 5P65A 2HPFA 2WEAA 4GIDA 4Y6MA 3TKGA 1HEGE 3O9FA 5P5OA 1OEWA 5P6NA 4DUSA 4D88A 5P4TA 4EP2A 5P5WA 4CMSA 3SPKA 4K4PA 1HVKA 1FG6C 5P39A 4LXAA 5P81A 2ZHSA 5P1OA 4Q1YA 1BXQA 5P3DA 5P5MA 3QAAA 5KQYA 1T3RA 3SM2A 5P83A 3RTNA 4Y3YA 5P7DA 3EKWA 1ZP8A 5P8IA 2WEDA 2I1AA 3O9AA 5P6OA 3QBFA 4I11A 4H3IA 3KMXA 5P85A 3ZKXA 2QZWA 5P1MA 5P7XA 5HDXA 3O9BA 4OBKA 5BS4A 2IGYA 5P2TA 1BBSA 2PSGA 5F00A 2OHQA 2QI4A 3PWWA 3UDPA 5P2LA 5P3NA 5P64A 2O4LA 2BBBA 5P6HA 2VJ7A 3CKTA 1DIFA 1IZHA 5KQZA 3UQXA 3S7MA 1T6GA 5COOA 5P3BA 3JVYA 4Y3JA 5HE5A 3ZKGA 2V00A 4Y5GA 3HBOA 1A8KA 1D4SA 5P0XA 3NUOA 3SACA 4ACXA 4DJRA 4J0ZA 3S53A 1XN3A 1SP5A 3KM4A 4L6BA 1ZPAA 3SO9A 5P63A 3UDNA 1NPWA 4ZPFA 1YTIA 2G1NA 2NR6A 1B6PA 4B77A 1Z1HA 4FM7A 1C70A 3RTMA 1MTRA 2WJOA 4Y57A 1A94A 3OOZA 3KDDA 5P4HA 5P5TA 2XFJA 1IDBA 2G27A 3PCZA 4Y4TA 4OBFA 3SKGA 4NPUA 1EBZA 2RKGA 1CPIA 5OZRA 5OZWA 5P53A 5JG1A 1RNEA 1TQFA 3MSKA 3TKWA 2WF4A 5P02A 4OD9A 3VLAA 4YHQA 4R92A 5P0FA 2OHTA 7UPJA 2AZBA 5P22A 2WECA 3QRSA 3VYFA 4FAEA 1HSHA 2I4XA 5P0OA 5P14A 3TLHA 5OZLA 3OGPA 1W5VA 5T4SA 1PSOE 5OZ4A 5P54A 4AA9A 4RCFA 3EMYA 4DJWA 5P3TA 4I0EA 4D89A 4GJDA 2HC0A 4OBZB 5P4CA 1FQ4A 1MTBA 3O99A 5P88A 1A30A 3UF3A 1CZIE 3H0BA 5P4UA 3MWSA 1M0BA 2ZE1A 1FMUA 1D4LA 2PWCA 2ZHVA 5P7IA 5OZYA 5P6EA 9HVPA 5P5QA 1QDMA 3VFAA 2VIJA 2JE4A 1UH9A 5P5SA 1EPQE 1D4JA 5P8HA 3IN4A 3O9DA 1YTJA 4GYEA 2P3AA 5P6LA 2F80A 5P8UA 2RENA 4Y3TA 3BUHA 1HTFA 5OYUA 4EJLA 2JJIA 3CIDA 4Y4WA 5KQFA 2QK5A 5P4LA 3OTSA 5P80A 1B6KA 5P2OA 2ZJMA 1SBGA 5P2JA 5SZ9A 3ZPTA 2AZ9A 5P3CA 4EPJA 5DR8A 1LV1A 5UPJA 1W6HA 4GJBA 5P6IA 5P1CA 5P3FA 1HEFE 5DQ1A 4HDBA 5P4AA 1VIKA 5P0HA 5P7PA 2QU2A 4HVPA 4DH6A 3BC4A 3BHEA 3PSUA 3ST5A 4IVTA 5OYRA 5P19A 2G1OA 5P26A 5DQCA 4GJ5A 4EJDA 2I4VA 1SIPA 5P3YA 1HPSA 4J1IA 4B72A 3I25A 1YM4A 3K5CA 4FL8A 5AH8A 3TOHA 4EXGA 4ZSMA 4OBGA 1AIDA 2BPXA 3ZMGA 2F3KA 3PJ6A 2IS0A 1D4HA 1HBVA 5P4MA 3CKPA 2VNNA 3UDQA 5P4JA 2Q15A 3HZCA 4CPRA 5P6UA 4QJAA 5KR0A 5P17A 1Q9PA 1SMEA 2PSUA 5P04A 3IVIA 3VF5A 4B1DA 3EKPA 5P86A 5P5KA 5P8NA 1G6LA 5APRE 2BKSA 3LIVA 1HSGA 3KFRA 3QRMA 1ZJ7A 2CEMA 2NMYA 3BGBA 5P2HA 3ZKNA 4I8ZA 3HD8A 4EWOA 3EC0A 3EM6A 5P6PA 3UDHA 3BVBA 2BPVA 3HDKA 2P8HA 3EL1A 2OHRA 4H3JA 5P7GA 3G72A 2H6SA 3Q3TA 4Y39A 5P2ZA 5P5ZA 2ZGAA 3SA9A 5P5CA 3I8WA 5KQXA 5P40A 3UFLA 5P31A 5DR1A 5P2CA 5DGWA 5P3PA 4BEKA 1TSUA 1PSAA 2RMPA 2ER0E 5P76A 3S7LA 3M9FA 2F3EA 5P3VA 4ER1E 1T6EX 5P1UA 5P1PA 3HVGA 5P7WA 5JFPA 4TRYA 5DR7A 4DJVA 3IGBA 5P6FA 5P1BA 5P3AA 2I0AA 4JOOA 1BV9A 3WZ8A 5P56A 1SGUA 3UQUA 4I12A 4YOBA 5HD0A 3HW1A 4B00A 1ZAPA 4FE6A 5P4NA 3VF7A 1HWRA 2PK6A 4Y44A 3PEPA 3PI5A 1QBUA 4B1CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P58 A;  5P4S A;  1E81 E;  5AHA A;  5HVP A;  1RQ9 A;  2VIY A;  4QJ9 A;  2FGV A;  2ZYE A;  5P3H A;  4K4Q A;  5P1F A;  3OU1 B;  5P03 A;  3NDT A;  4MC9 A;  2HAH A;  1K2B A;  5DGU A;  5HU1 A;  1EPN E;  3PM4 A;  5P6Q A;  1FLH A;  3KDC A;  3NU6 A;  5P5D A;  5C9D A;  1DP5 A;  3TPP A;  3O9L B;  5P25 A;  4R8Y A;  3GI5 A;  1RV7 A;  1MET A;  3FIV A;  3L38 A;  1IVQ A;  2VKM A;  5P8M A;  3UTL A;  4R5N A;  5P3S A;  1C6Y A;  2UY0 A;  5P8V A;  1LYW B;  1FMB A;  2QZX A;  4J17 A;  4HZT A;  4Y35 A;  5P7L A;  3BUG A;  5P1K A;  4D8C A;  3K5D A;  4PYV A;  5P0K A;  5P42 A;  4J0T A;  5P0R A;  3O9G A;  4RLD A;  3OU4 B;  3SAB A;  1YTH A;  4YBI A;  4DQB A;  5P0S A;  5P1Y A;  5P1V A;  1EPP E;  2XYE A;  1PFZ A;  2IRZ A;  4PZX A;  4I0Z A;  4Y4E A;  4RRN A;  2P4J A;  3OXC A;  2OHU A;  2IGX A;  4AMT A;  1AVF A;  5P1R A;  1AAQ A;  1UH8 A;  1ZBG A;  5COK A;  2B8V A;  3NWQ A;  1CMS A;  3SA3 A;  3ZKS A;  1E80 E;  3UDR A;  4XKX A;  3AUP A;  3PRS A;  4F73 A;  1MVP A;  2CEJ A;  2VA5 A;  4Y3Q A;  3RVI A;  2G21 A;  2ZJL A;  5P24 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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