4K8SA

Hydroxyethylamine-based inhibitors of bace1: p1-p3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
371
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydroxyethylamine-based inhibitors of BACE1: P1-P3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 371
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k8sA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k8sA02
1IZHA 4Y4DA 3B80A 1YTJA 4NJSA 2NTRA 3KDBA 2XYFA 2QI7A 2QD7A 5P70A 1HTGA 1W50A 2B8LA 4Y9WA 3TPPA 2Q5KA 5OZQA 1APVE 3LIXA 1IBQA 3APRE 3OU4A 2OAHA 4L6BA 2G27A 5P0SA 3GGVA 3OGPA 4XXSA 2NXLA 2A4FA 3K1WA 3FX5A 1D4JA 2H6TA 2QZXA 2JYSA 4ZSRA 1PROA 5OZOA 3TPLA 3VCMA 3UDRA 5OZ1A 5HCOA 2G26A 4PEPA 5AH9A 5OZ0A 3EKWA 1ZP8A 2ZGAA 1XDHA 3BGCA 5P5NA 1E81E 1K6VA 5P42A 3IXKA 1TSQA 2WEZA 4FL8A 3VSXA 2P4JA 4FIVA 4YE3A 5P7QA 3FNUA 3S8IA 4M8YA 5OYWA 5P41A 4RVXA 1LYWB 2QHYA 4CPXA 4FAEA 1SGZA 4EJ8A 3TOFA 4GJAA 4Y4BA 1FEJC 3OWNA 5P6MA 1ZSFA 3GI6A 1K6CA 1AJVA 4IVTA 4Y3YA 3UDPA 2RMPA 4EXHA 4Y51A 4I0HA 3MWSA 3I25A 5P5LA 5P0MA 4FGXA 1MSMA 5P2XA 3O9LB 3WB5A 5P03A 4GJCA 5AGZA 5P3SA 2P3DA 4Y4JA 4KE0A 1FB7A 5P3CA 3IXJA 3SM1A 1HVSA 3PSUA 1RQ9A 2OHTA 1AIDA 5E5KA 3OGQA 3O9HA 4Y4AA 4OBDA 5DGUA 3SAAA 3KN0A 4Y5PA 4NJVA 2VJ9A 5OZ6A 1LYWA 5P3YA 5P1XA 5P7SA 2JJJA 5P25A 4Y5LA 5OZ2A 1BIMA 5P6FA 3DM6A 5UPJA 3S45A 4B1DA 4ER1E 5HTZA 3QBFA 4YHQA 3S56A 1K2BA 2IENA 5P3OA 4EHCA 1HEGE 4Y3TA 3CKPA 4Y3HA 5P1DA 3S43B 3OQKA 1XL2A 4GYEA 5P1RA 1HVJA 1LF2A 5P2EA 3D1XA 5P7HA 1C6XA 1SIPA 2JJIA 3SA9A 3O9LA 1Q9PA 5P3LA 2AVMA 5P5CA 2VNNA 5P7UA 5P4UA 5P2QA 1YTIA 5OZYA 5OYSA 3GW5A 1ZPKA 4PPHA 4Y53A 3I7EA 2QHZA 4Y35A 5OZXA 4NJTA 5P80A 3BVAA 2OHMA 5P5FA 3RTHA 5I3YA 4Y43A 4A6CA 5SY3A 2AQUA 5P3BA 2AZBA 4OBHA 4Y3NA 4Y38A 3UDYA 4Y5MA 4OD9A 3FIVA 3K4VC 3LZVA 4CPUA 2FGVA 3IVIA 5APRE 5KAOA 4DI2A 3LHGA 5P5OA 1HPXA 3EMYA 1SGUA 1FQ8A 3IXOA 4LXKA 4Y3AA 2WF1A 4QJ6A 5P5YA 1A8KA 5P0WA 4DVFA 1SH9A 5P1QA 1KJFA 4GZFA 1DAZC 4QJ9A 5P2NA 4U8WA 5P5WA 5P8LA 5P5SA 1IZEA 2NXDA 5P3AA 1NPAA 4Y4ZA 5P75A 4ZIPA 3BUGA 4J17A 2HS1A 5P18A 4KE1A 4Y3EA 5P71A 5P5EA 3CIDA 1T6EX 2OHLA 3MSJA 5P8FA 5KR8A 5OZBA 2QCIA 3SA7A 3KA2A 3VYEA 4Y3QA 2IQGA 1BVEA 4Y4GA 3TPRA 2HS2A 1HSGA 6FIVA 1HSIA 2Z4OA 1A8GA 3PMYA 1IDAA 1T7JA 3CMSA 7HVPA 4FCOA 5P6DA 1TZSA 2PK5A 4OBKA 5P1OA 3MSKA 1D4IA 3VFAA 2BPVA 5OYYA 3TPJA 1EEDP 5P1NA 1UPJA 2G21A 2NMYA 4EJKA 5P1LA 3G70A 4B00A 1IVPA 3SKGA 4EJDA 5P1UA 5P5VA 3BUFA 5P4CA 1HPOA 3UQPA 5P4BA 5P86A 5HDVA 1LF3A 4H3FA 4X7IA 4EXGA 3VV8A 5P3HA 6APRE 3HVGA 1WKRA 2PK6A 2QI6A 1SP5A 1C6ZA 1W6HA 5DR3A 5HE4A 5P4LA 1FQ4A 5P32A 4B1CA 3UQUA 5OZEA 5P7GA 1OEWA 3EXOA 4ACUA 2ZJHA 2P3BB 1B11A 4L7HA 3SFCA 3HW1A 3ER5E 5P12A 1HVKA 4J1FA 2P8HA 1K6PA 5P4DA 1ENTE 5P09A 5P81A 3OOZA 3OHHA 4Y39A 5C9DA 5P67A 5HDZA 3S2OA 5PEPA 3ZOVA 4CMSA 3QP0A 5P4YA 3LZUA 5P3PA 4B78A 3TH9A 5P4TA 3FKTA 4COEA 5P8IA 1XE5A 5KR2A 1LYAB 5P2ZA 3ZPTA 4PZWA 2R38A 1DPJA 3EL4A 5P0PA 5OZ7A 2QI5A 5P27A 2AOGA 1N49A 1TW7A 3PRSA 5P59A 4WY6A 4Y3LA 4LAPA 2VJ6A 2G1OA 4APEA 5IVQA 1DW6C 2AZ8A 5SXNA 3GI4A 1HPVA 3VLBA 4YBIA 5P7PA 4FM7A 2IS0A 4R92A 4DJWA 4YOAA 3WZ7A 2PH8A 3PWMA 4RVIA 4R93A 4K8SA 1LV1A 4J1IA 4Y5BA 4HA5A 5P74A 5IE1A 1QBTA 1AM5A 5P5UA 3VSWA 5P8TA 5P2VA 5P6OA 2FNTA 2I4UA 4Y57A 2ZJMA 1W5YA 1B6MA 3ZKQA 5P0QA 5P7EA 4EQJA 5KQZA 3BXSA 3OHFA 5P3UA 1SDTA 4Y4TA 5P08A 1LYAA 3T7XA 4XX4A 2NMZA 1NSOA 5P82A 3NXNA 4MC9A 2O4SA 5P54A 4CPTA 5P8MA 3TL9A 4XKXA 1ZSRA 4Y41A 5HD0A 5P5AA 3ZKXA 1FF0C 4D88A 2ANLA 1ZTZA 4FRSA 5P6JA 2ZJKA 3BXRA 3EKPA 3L59A 3EL1A 4Y4UA 1EPME 1QRPE 5P7FA 3PBZA 3KM4A 4AUCA 2NXMA 2HPFA 4AZYA 1ODWA 4RYCA 5P69A 4QLHA 4ER4E 4QJ7A 3BHEA 1HVIA 3EKTA 2F8GA 3O9CA 2R9BA 1FMUA 4JP9A 4JPEA 4YA8A 3O9FA 4I0IA 5P0UA 2V12C 3DUYA 5P5BA 3NDTA 1HHPA 5P37A 1A9MA 5P83A 4OC6B 2PSVA 1ME6A 2PH6A 2QI0A 5P1GA 3PM4A 3HAWA 1T7KA 3ZPSA 3PWRA 3ZLQA 4Y3DA 4DQEA 4EP3A 3OOTA 2NNPA 4ZPEA 2G24A 5P8GA 4QJ8A 1LS5A 4CP7A 5OZKA 3INFA 4BFDA 1MSNA 3FNSA 4APRE 4ZEAA 3SA3A 2HAHA 1A30A 5P1WA 5P2KA 1HTRB 5OZPA 5P33A 3CKRA 4DFGA 1LYBB 4Y3WA 5P1SA 3SQFA 3KFSA 2FNSA 3UCBA 1EPNE 1W5VA 3NYGA 5P45A 2F81A 5P6RA 3TNEA 3G6ZA 5I3VA 5OZFA 5P0VA 5P6CA 2WECA 5P4HA 1FQ6A 2R43A 5P00A 3EM3A 1B6PA 3UFNA 5P4MA 2FLEA 5JODA 2PWCA 5OYRA 3SA4A 2P83A 5P58A 3PBDA 4DQFA 5P0EA 4Y5CA 4H3JA 2P3CA 4IVSA 3SA5A 3LIYA 5P4QA 2QMGA 5P1YA 1KJ4A 3PGIA 4AMTA 3DCRA 2AOEA 1OEXA 2I4DA 4GJ9A 2NNKA 5P2JA 2XFJA 4JOOA 4AA8A 5P5RA 5KR1A 1LYBA 4S1GA 3PCZA 5P76A 5P20A 1DMPA 4YD4A 5ISJA 3H5BA 1CZIE 3TKWA 3PI0A 4I0GA 5P26A 4F74A 3BUHA 5P6WA 2UPJA 5P3VA 4RRSA 5P5TA 5JG1A 3OU1B 5P6AA 4WTUA 1EC3A 2BBBA 4DQGA 3GGAA 5DGWA 5P88A 1FLHA 4N00A 3L58A 5OZ3A 1BWAA 5P4NA 5OYVA 3K4VA 2AIDA 2HIZA 2PYNA 1E80E 5P7VA 5SZ9A 5P5KA 1F34A 4Y4XA 5EZXA 4RZ1A 1FG6C 5P4ZA 1KJHA 2IKUA 5P02A 1B6KA 1YM4A 1SMRA 3EM4A 4JECA 2ZHTA 3SA8A 3O9EA 2CENA 1ZAPA 3PSGA 5P7XA 4RROA 5P6PA 2VA6A 4YOBA 5OZDA 5P2HA 5OZWA 3NU3A 2QZWA 4FRJA 5P6BA 4YD7A 3NU9A 1VIJA 3T6IA 5P2AA 5P3FA 5P8QA 4Z50A 3URJA 5P8VA 5HU1A 3R1GB 5P56A 2ER9E 5P65A 3RTMA 3DV1A 3LITA 4HLAA 3BGBA 5P23A 1EAGA 5P84A 4Z2ZA 3OU1A 2BQVA 3CIBA 5P7AA 5ER2E 2G1RA 4R8YA 3HDKA 5OZVA 5OZUA 1MT8A 3EBZA 2WL0A 3N3IA 3AIDA 5P4WA 1MESA 2ASIA 1G2KA 5P5DA 1APTE 5IS4A 3LNKA 1SBGA 3D3TA 5P8CA 5P0DA 1BV9A 4GMIA 3S85A 2WF3A 4LP9A 5DR1A 4FRKA 1ODYA 5P8EA 5P29A 4PYVA 2VIEA 3LZSA 4D8CA 1K1UA 4FSEA 5P0AA 5P4FA 3PSYA 1OHRA 5HU0A 3OXCA 1HVCA 2QU2A 5P3TA 4B0QA 2VJ7A 2ZDZA 5P7WA 3DOXA 5P1FA 3SM2A 3RTNA 5OZNA 4D85A 1FKNA 4KUPA 2P3AA 4BFBA 3K5CA 3IAWA 1FMXA 2IGXA 3S7MA 5P3MA 3NR6A 1ER8E 2V11C 5DPZA 3ZL7A 3LZYA 4GJ7A 5DR8A 4J0PA 2RKGA 2PMAA 4LC7A 4Y3ZA 2IRZA 1PPKE 3QI1A 5P07A 2O4KA 4J0YA 1EPOE 5I70A 3I8WA 3NDWA 3OUBA 1EC0A 2VKMA 1EPPE 3B7VA 5OYZA 3D20A 4QGIA 2O40A 5P8BA 5ER1E 3CKTA 3PCWA 4QJAA 5P5HA 2H6SA 3QRVA 4RCFA 3O99A 1JLDA 4J0ZA 5P5QA 2WKZA 3BC4A 1KJ7A 2V10C 3HAUA 3S43A 2B60A 2F3FA 3LPJA 3WZ8A 2VIYA 3HD8A 1Z1HA 3PHVA 1NPVA 2QP8A 5CLMA 4YDGA 1XN3A 2VIZA 2B8VA 5P4AA 1PPME 4L7JA 3U7SA 3PB5A 3QVIA 3QRSA 5P31A 4I1CA 5P64A 1E5OE 3PVKA 3UQWA 2QNPA 5P8AA 3EM6A 1MEUA 4Y5KA 5P6QA 5P8RA 3UPJA 3KYRA 5P6SA 5P4OA 5P28A 1MT7A 3IGBA 4Q1YA 1TCWA 5P7DA 4BELA 1IZDA 2QNNA 4Y5AA 2Z54A 4A6BA 3ZKIA 4FSLA 5OZMA 3EL5A 2J9JB 2I4XA 2OF0A 4NJUA 3WZ6A 3UHLA 4ZSMA 5P3IA 4LL3A 5P19A 2JXRA 3NSHA 5DR4A 5KQYA 5P3KA 4I0DA 5OZ9A 2ZE1A 4L1AB 5COPA 1QBSA 3TKGA 3ZKGA 3LIVA 4CPSA 4F73A 4F75A 4I0FA 5OZLA 5P7TA 3K5DA 3KF0A 4TRYA 5P5JA 3ECGA 3DJKA 1PSOE 4GJDA 3QS1A 5HDUA 2V0ZC 3OUCA 2G94A 4J0VA 5P47A 5F00A 4DPFA 5I3WA 1MUIA 5P2UA 3QAAA 4OBFA 3KT2A 5OZHA 2AOIA 5P3RA 5AHCA 5OZ4A 2BPZA 2HB4A 3PMUA 5P0XA 2BPYA 5P2OA 5P7YA 1Z8CA 1YG9A 3ZKMA 4GB2A 5P6VA 2J9JA 1GKTA 1F7AA 2BKSA 2BB9A 4Q1XA 1XS7D 1RNEA 4CPWA 3D91A 4NKKA 1BDRA 1LEEA 4Y3FA 5OZIA 1APUE 2CEJA 5OZJA 1DIFA 4ZSQA 2BJUA 2Q63A 5AHBA 1APWE 1YM2A 5OZCA 3DCKA 1W6IA 3GI5A 5P4JA 4OBZB 4LXMA 4Y58A 5P10A 5P3QA 2V00A 4MC6A 5P4IA 3R0WA 1UH9A 3Q4BA 5P4XA 2FIVA 1U8GA 5P1JA 4Y3JA 2P3BA 5P5GA 4A4QA 2I4QA 4Y50A 1W5XA 1XL5A 3UFLA 2FS4A 4YD6A 2ZJIA 5P7ZA 1TSUA 1SDVA 2IL2A 1PSAA 1YT9A 3NWXA 4ACXA 2SAMA 5P38A 5P6KA 3UDMA 5P49A 2NR6A 1BDLA 1BBSA 1PPLE 3VYDA 4WY1A 4MC1A 4FRIA 5OZTA 4Z22A 4Y3MA 5P61A 1MPPA 4YCYA 3OY4A 5AH8A 5P1PA 2AOJA 2PWRA 4YD5A 5T4SA 5P2FA 3TTPA 5P7IA 3RSXA 5KR0A 4Y5GA 3OQFA 3IN4A 3KMYA 4GJ8A 5OZRA 5DQ5A 5P6UA 2Q54A 1D4HA 1FQ5A 2PSGA 1KJGA 3NU6A 5P6GA 1MIQA 2BPWA 3HZCA 2B7FA 1HBVA 3INDA 3QROA 1T3RA 2G69A 4I0ZA 9HVPA 5HE5A 5P8NA 2ZYEA 4YCTA 2Q15A 1BV7A 5P6EA 3EKYA 1SDUA 2R3TA 1FQXA 5P0ZA 3NDUA 5P39A 3T7PA 2QMPA 1TQFA 1MRWA 3OXXA 1MERA 3NLSA 3T11A 3QPJA 5P0NA 1GNOA 4CKUA 1J71A 2FXDA 5HDXA 4Y5NA 1IZIA 2Q11A 3VFBA 3ZKSA 4U7VA 5P2LA 5P06A 4X2LA 2I0DA 5P0OA 3URLA 4E43A 2QMDA 3DK1A 1UH7A 5OZZA 1K2CA 5DR7A 3NU5A 1WBKA 4ZE6A 2QK5A 1FQ7A 1CPIA 2IDWA 1EPLE 4J55A 3TLHA 5C9FA 3UQRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IZH A;  4Y4D A;  3B80 A;  1YTJ A;  4NJS A;  2NTR A;  3KDB A;  2XYF A;  2QI7 A;  2QD7 A;  5P70 A;  1HTG A;  1W50 A;  2B8L A;  4Y9W A;  3TPP A;  2Q5K A;  5OZQ A;  1APV E;  3LIX A;  1IBQ A;  3APR E;  3OU4 A;  2OAH A;  4L6B A;  2G27 A;  5P0S A;  3GGV A;  3OGP A;  4XXS A;  2NXL A;  2A4F A;  3K1W A;  3FX5 A;  1D4J A;  2H6T A;  2QZX A;  2JYS A;  4ZSR A;  1PRO A;  5OZO A;  3TPL A;  3VCM A;  3UDR A;  5OZ1 A;  5HCO A;  2G26 A;  4PEP A;  5AH9 A;  5OZ0 A;  3EKW A;  1ZP8 A;  2ZGA A;  1XDH A;  3BGC A;  5P5N A;  1E81 E;  1K6V A;  5P42 A;  3IXK A;  1TSQ A;  2WEZ A;  4FL8 A;  3VSX A;  2P4J A;  4FIV A;  4YE3 A;  5P7Q A;  3FNU A;  3S8I A;  4M8Y A;  5OYW A;  5P41 A;  4RVX A;  1LYW B;  2QHY A;  4CPX A;  4FAE A;  1SGZ A;  4EJ8 A;  3TOF A;  4GJA A;  4Y4B A;  1FEJ C;  3OWN A;  5P6M A;  1ZSF A;  3GI6 A;  1K6C A;  1AJV A;  4IVT A;  4Y3Y A;  3UDP A;  2RMP A;  4EXH A;  4Y51 A;  4I0H A;  3MWS A;  3I25 A;  5P5L A;  5P0M A;  4FGX A;  1MSM A;  5P2X A;  3O9L B;  3WB5 A;  5P03 A;  4GJC A;  5AGZ A;  5P3S A;  2P3D A;  4Y4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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