4Y5EA

Endothiapepsin in complex with fragment 268
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5eA01
5P5XA 2AOIA 1BDLA 2PSUA 4FRJA 5P17A 4H3JA 5SY3A 3HLOA 3NU9A 2WF1A 4RRNA 5P2EA 5C9BA 5P3GA 5P3KA 4MC6A 1FMBA 1W5VA 2OHPA 5OZIA 1EPNE 2IDWA 5HU1A 1D4IA 1WKRA 5P3ZA 4Q5MA 5KQYA 5DR0A 5OZQA 1AVFA 1FF0C 4GIDA 5P87A 1ZSFA 3I7EA 2I4QA 4RROA 3CYWA 4NJUA 4ZPGA 1ENTE 2PYMA 3UDNA 2NXMA 4FL8A 5P6FA 2VIYA 2B42A 1IVQA 2SAMA 3TNEA 5P1AA 3GGVA 5P53A 2IKOA 1G35A 1HTGA 1YM2A 2QZLA 4B0QA 5P1VA 1E80E 3SM1A 3TKGA 2QD7A 1MPPA 3HD8A 5P1QA 1TCWA 1FKNA 5P0DA 3ZKXA 3O9AA 5AHAA 1FQXA 5P3SA 2F3KA 3G70A 2AZBA 1AAQA 5P8RA 4DPFA 3GI5A 5KR1A 3LZSA 3VYDA 1SMEA 2FLEA 1IZIA 3L59A 5P8SA 1HSIA 5P4ZA 5P74A 4EXGA 5P6GA 5P24A 4F75A 4Y5PA 3TKWA 2PH8A 3CICA 1HOSA 1AJXA 5P70A 1EBKC 1HTEA 1ZJ7A 1DW6C 5P2LA 3QBHA 5P4CA 1FG6C 4Y5AA 3RSVA 1HSGA 1W51A 2R3WA 4NJSA 1HVJA 5JFPA 2XFKA 5B18A 5DR3A 5IVQA 3EKTA 4K4QA 3NDWA 5P6EA 2F3EA 4OBJA 4GJ6A 1HEFE 4HLAA 5P4AA 2QMGA 4Y47A 3D1ZA 1AXAA 2V10C 5KQXA 2WKZA 1XE5A 1SGUA 2QNPA 3ER5E 3LPJA 3BVAA 3LIXA 5P89A 4QLHA 3R0WA 5P6OA 5P05A 2QI3A 2P83A 2MIPA 5P8LA 4EJLA 4DJVA 5P79A 3T3CA 4Y6MA 1LF3A 5OZLA 4EJDA 1EPQE 5P2UA 3TOGA 5E5JA 4Y4BA 3INHA 5P52A 3U6AA 5P6JA 1QRPE 5P8OA 3KYRA 5COOA 5P0PA 3JVWA 5ER1E 5P64A 5P7KA 3VUCA 1QBSA 4J55A 2QU2A 5P6NA 1KJGA 4HE9A 5P1SA 5P1WA 4DJPA 1ZBGA 4J1FA 3WZ8A 4GB2A 2VJ6A 3OUCA 5P3LA 4B1EA 4DJUA 1NPVA 5P2DA 3ZPUA 2QU3A 5P6VA 2I4XA 1IIQA 5P5BA 4B00A 2WF4A 5P41A 2PK6A 3UDHA 1DIFA 1YTIA 5P2TA 1LF2A 3H5BA 4YCTA 5P14A 4I0GA 4JPCA 3OUAA 3PWRA 3HW1A 2APRA 1UH7A 3TPPA 1IDAA 3EKVA 4WTUA 3TPLA 1EPRE 1EPPE 2V12C 2G24A 1T6GA 4JPEA 3QRSA 1PFZA 5IVRA 3TOHA 4HVPA 1EBWA 2ZJMA 2OAHA 1TCXA 1HPXA 3MSJA 4FS4A 4I0JA 3PRSA 3OQ7A 3KFSA 4B72A 4RRSA 2AZ8A 4DI2A 4OBKA 5P82A 4FRIA 5DR8A 1K6CA 4JECA 2VNMA 4I0EA 5P65A 5P5YA 4DJWA 4Y51A 4Z4XA 3URLA 5P2OA 3EM4A 4K4PA 2JXRA 5P43A 2RENA 4ZPFA 1KJHA 5P0IA 4LP9A 2WHHA 4YDGA 4CPXA 4J54A 4J5JA 4QJ6A 4Y3QA 5P3UA 2UPJA 3NUJA 5P02A 3NYGA 4APRE 5CLMA 5P62A 5TOLA 1LS5A 5P51A 5P4OA 4FAFA 5OZJA 4H3IA 1BWBA 3GGAA 4ER4E 2XFJA 3WB4A 3IXKA 1BAIA 3PVKA 3KFRA 5KQZA 2ER0E 3APPA 3OU1A 4Y39A 5P4FA 5OZ7A 5I3WA 1NSOA 2HB4A 4FGXA 4EHCA 5P6AA 5HCOA 2HM1A 5DQCA 5P8PA 5P2KA 5P48A 3FIVA 5P1KA 1AM5A 3LZUA 3OUDA 3S45A 4NKKA 3OXXA 5AHCA 4GMIA 3OTYA 1EC3A 4I0IA 2ER9E 3O99A 1DAZC 4I0FA 1BDRA 4LL3A 2IGXA 3TH9A 4EPJA 5AH8A 1G6LA 3OK9A 3B80A 3NR6A 5F00A 5P3VA 4A6CA 5P46A 3DV5A 5P7MA 2WF0A 5P5QA 2ZDZA 3KA2A 1MSMA 5P0BA 4RVJA 2NXLA 5P1ZA 4LXMA 4F76A 4Y3HA 5P5UA 4B70A 5IVSA 3IXOA 2WECA 1Z1RA 2J9JB 5P3IA 3N4LA 1MRWA 7HVPA 4DJXA 3SKFA 5P44A 4AMTA 5P0JA 1YTHA 2Q15A 2FXEA 3OU3A 5OYSA 2HS1A 5OZXA 1XL2A 3ZOVA 4Y4ZA 5P0FA 5P8HA 4D88A 3L3AA 5OYZA 5KOSA 1MTRA 3L5FA 3LZVA 3PMYA 5P1PA 2Q63A 2PYNA 2IENA 3SQFA 3QVCA 3QIHA 2AOEA 2G21A 3DUYA 5P2VA 1AJVA 2WEZA 5P3PA 2QK5A 5P0WA 4BFDA 3FSMA 5P35A 3PCWA 5P5GA 4YCYA 3N3IA 3MXEA 5P2WA 4Q1WA 1RL8A 2AOFA 3MXDA 2HIZA 3HZCA 2HPEA 5AH7A 3SPKA 2R5PA 4GJDA 2PH6A 1AIDA 3T7PA 3OU4A 5P07A 5OZEA 2P3AA 3OQAA 4ACXA 3MWSA 5P4YA 2QMFA 4ZSMA 3SA5A 1PSOE 5E5KA 1DPJA 4GJ7A 1EAGA 4XKXA 4D85A 3O9LB 3M9FA 1GVWA 4EYRA 3K4VC 5P1MA 5P7DA 5P2IA 1ZP8A 4Y4XA 1ODXA 3R0YA 1LF4A 5P0CA 2ER7E 1MSNA 5P8BA 3OUBA 5P7GA 5HE5A 2PC0A 5P6QA 3K5FA 1BBSA 3NU3A 1HRNA 5P56A 1APTE 3PLLA 4CMSA 3PJ6A 4ZLSA 1GVUA 2V16C 4FCOA 5P8FA 1FG8C 3IVHA 4YE3A 1MT9A 4COEA 1D4YA 2ZJJA 3CIBA 5DPZA 3KM4A 4RYCA 2O4SA 1W6HA 5KQFA 4ZE6A 3DCKA 1WBMA 5P3NA 3OHFA 1QDMA 2AOHA 3NLSA 3Q5HA 5P37A 4Y35A 3PWWA 4BFBA 3LIZA 1HIIA 1XE6A 3OGQA 2NPHA 1FB7A 1BV9A 3KFPA 3D1XA 5P57A 1OEXA 4Y37A 5OZHA 1YTGA 4R8YA 5P2SA 1IZHA 5OZ2A 5P6ZA 3S43B 1DMPA 4Y54A 4FSEA 2BBBA 2NTRA 5P7CA 2P3BA 1T7KA 2BPZA 1C6XA 2O4NA 5CONA 5P5HA 5P4WA 4Y3ZA 3EMYA 5P3EA 5P7FA 4J0YA 1B6MA 4DJRA 4DH6A 5OYWA 3LNKA 1RV7A 4Y53A 5P7SA 1U8GA 1EPLE 5P6SA 5P8VA 5P8IA 1MT8A 3OQDA 3PGIA 3BVBA 1EPOE 5P4HA 5P3TA 2BKSA 1F34A 5P61A 3MSKA 1YG9A 1WBKA 1YT9A 5P76A 5P40A 5P4TA 1A8GA 1FQ6A 5P7VA 3T7XA 1HVKA 3RU1A 1SDTA 3UDRA 4OBHA 2P4JA 5P6CA 2Q64A 4Y5CA 1CPIA 4DQFA 3QAAA 1IDBA 1EC0A 5P3FA 3KDCA 3QP0A 1HEGE 4GJCA 1GVXA 3SLZA 4MC9A 2I4WA 4R92A 3RTMA 3EBZA 2B7ZA 2G1YA 2WF2A 5P36A 3ZPTA 2BQVA 5P1DA 5P4UA 3CKPA 5DQ2A 1FIVA 3NDTA 1N49A 3U71A 5P6PA 4ZPEA 2OHKA 4YOBA 3SA8A 3PLDA 5OZOA 2HB2A 4Q1YA 4A6BA 5P0EA 3DM6A 4Y5NA 2Q11A 5FIVA 1APUE 4ZIPA 5P2ZA 3UCBA 5P15A 3FNUA 5P6KA 2QZWA 5P1BA 3PI0A 5P1IA 3RTHA 4NPUA 3WZ6A 2F81A 2P3DA 4PZXA 5P5OA 2QCIA 1SMRA 5OZGA 2VIEA 4ZEAA 3VLAA 5DGUA 3TOFA 3K1WA 4AA9A 2RKFA 3CIDA 4HDPA 1K1TA 2UY0A 4RCFA 4YD5A 2WEAA 5P0YA 1LV1A 3PWMA 2ZHSA 3EL5A 2IS0A 5HD0A 5OZAA 5I3YA 5P6LA 1HVLA 5P10A 4B05A 1BWAA 3IAWA 5HDUA 5P29A 2QNQA 4X7IA 3G72A 4CPUA 3PMUA 2G94A 2NMZA 3I2LA 4D8CA 5OZMA 2V11C 5P3OA 3I6OA 5P1FA 4RGHA 5P3JA 4DV9A 3ST5A 5BWYA 4Y9WA 2VA5A 4R5NA 2R43A 5AHBA 2QI0A 3HDKA 4QJAA 2QI6A 4FE6A 4GJAA 3BUGA 3VV6A 1UH8A 5P3QA 2ZJIA 1FQ5A 5JODA 4I12A 1A94A 2BJUA 5P0NA 2ZGAA 4FM8A 5P84A 1IZDA 5P4BA 4HEGA 1HVIA 4L6BA 5P1XA 3TTPA 1J71A 5P1TA 1OHRA 2BPVA 4KUPA 5OZPA 1ZPKA 3TPJA 1KJ4A 4H3GA 4KE0A 3R2FA 5P2BA 5P1UA 3ER3E 2IQGA 5P8KA 2G69A 3K5GA 1EEDP 3O9EA 2CEMA 1W5YA 2O40A 3IVIA 3KDDA 2AVMA 4RZ1A 5HE7A 3C9XA 3OOTA 5P5LA 2A1EA 1A30A 1D4SA 3QPJA 3K5CA 5IVTA 5HE4A 2I1AA 1HIHA 5P86A 2OF0A 2RSPA 1NPWA 1W5WA 3UQUA 1GNOA 3SAAA 3PCZA 5P5MA 3DK1A 3IN3A 5OZYA 5P8JA 3RSXA 5OYYA 5OYXA 4QJ7A 5P1LA 3FNTA 3OHHA 4Y4AA 2FGUA 1MERA 3OQFA 2ZJKA 3EM3A 5P27A 5P0VA 4WY6A 2A4FA 3DCRA 4QJ9A 5P2MA 4OBZB 3SKGA 5P5DA 5P7UA 1G2KA 5P72A 5AH6A 1BV7A 1PPKE 1ODWA 1A8KA 6UPJA 2HB3A 1HXWA 4M8YA 3UTLA 3O9BA 5OZWA 1T7IA 4DJOA 2XYEA 4Y5GA 3URIA 5P5FA 3NUOA 1ZAPA 2CEJA 1B5FA 5P2NA 5P0XA 4TVGA 2PSGA 4Y4DA 1CZIE 2QZKA 1K2CA 3Q70A 5P81A 3O9CA 1XN2A 4RCEA 3FNSA 5C9DA 4EJ8A 3OTSA 3PSYA 3VLBA 3I25A 4D89A 3R1GB 4R95A 5P19A 3NXEA 3UDQA 4OBGA 1PROA 1YM4A 4GJ5A 2AVQA 5OZ0A 1EBZA 1Z8CA 4DUSA 1HVHA 5HDZA 3O9HA 4GJ9A 3UQPA 1EC1A 3SA3A 2NXDA 3EKXA 3UQRA 4LXKA 5P68A 5IE1A 2J9KA 5P11A 5P54A 3BRAA 1D4JA 5P0UA 2FGVA 5P7JA 4Z50A 2OHMA 5P80A 4ACUA 3U7SA 1FQ4A 4Y3TA 4Y56A 5I3XA 5OZUA 5P5AA 5P1NA 5P8TA 4Y4UA 5OZ6A 3VSXA 2VA7A 5KAOA 5P0AA 3LINA 2FIVA 2G27A 4Y44A 1HPOA 4AUCA 5P8NA 3B7VA 2OHLA 3INEA 5DR1A 1HSHA 1BVGA 2QHZA 4YA8A 1B6KA 4X2LA 1MEUA 1OEWA 1TQFA 2WEBA 1E81E 5UPJA 1APWE 4Y3GA 5DQ1A 5P2RA 3IA9A 2WEDA 5OZSA 3FKTA 4NPTA 1GKTA 5P8GA 2J9JA 5I70A 2AOCA 5P4MA 5P6UA 2AVOA 5P22A 4NJVA 3VF5A 5OZ1A 3UPJA 3OUDB 4Y58A 5P8UA 4Y36A 5EZXA 4Y5BA 5DR4A 1HWRA 2G1RA 3OY4A 3ZL7A 3G6ZA 5P5NA 2O4KA 2JYSA 1K6TA 1HHPA 5P18A 5P6BA 2FNTA 4Y3EA 5P6YA 5P69A 4TRYA 3OAGB 2PQZA 3MSLA 3UFLA 3SA7A 4J0PA 3L5CA 5HVPA 1FFFC 1TZSA 1KJFA 4H3FA 4Y43A 5P6XA 2RKGA 3KDBA 2IEOA 4Y38A 1NH0A 4YD4A 1MIQA 4B1DA 5P32A 5P0KA 4A4QA 5P0SA 3URJA 3SACA 4DFGA 4I8ZA 3D3TA 4LAPA 5OYRA 1SIVA 5P3MA 5P7LA 5P2GA 5P20A 4IVSA 3VF3A 5OYQA 5P7YA 3H0BA 5KR8A 5P34A 1BXOA 3O9LA 5OYVA 4L1AA 3OADB 3HBOA 4OBDA 5P5EA 2I4UA 1W50A 2V00A 3EL4A 4Y3RA 4Y3JA 4Y48A 2ZHRA 4LBTA 5P7ZA 4L7GA 5P16A 3S53A 5ISKA 2VJ9A 3VF7A 3L5DA 1HTRB 3EKWA 3PHVA 1SP5A 3APRE 5P3AA 5P73A 4J0ZA 4HA5A 4PEPA 5P5VA 3S85A 4FLGA 3ZKQA 4I0HA 3FV3A 5P31A 3OU4B 3PI5A 4I1CA 5P7NA 3VEUA 4GZFA 3WZ7A 5P08A 2CENA 2WJOA 3PSGA 5P2HA 4KE1A 1JLDA 5P0RA 2V13A 3KT5A 5P8EA 2QI4A 3BUHA 3VV8A 5P2JA 2VA6A 4TRZA 4HDBA 5P67A 1FGCC 1SIPA 4RVXA 3BGBA 5F01A 2AZCA 4RLDA 4R93A 5P3BA 4ER2E 1FLHA 5P4SA 4OC6B 5COPA 9HVPA 1IBQA 5PEPA 5KR2A 4EXHA 4FRSA 3SABA 1T3RA 4K9HA 2VKMA 3S43A 4B77A 1HTFA 4FM7A 5P8QA 3EKPA 5P5ZA 4Y5MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5X A;  2AOI A;  1BDL A;  2PSU A;  4FRJ A;  5P17 A;  4H3J A;  5SY3 A;  3HLO A;  3NU9 A;  2WF1 A;  4RRN A;  5P2E A;  5C9B A;  5P3G A;  5P3K A;  4MC6 A;  1FMB A;  1W5V A;  2OHP A;  5OZI A;  1EPN E;  2IDW A;  5HU1 A;  1D4I A;  1WKR A;  5P3Z A;  4Q5M A;  5KQY A;  5DR0 A;  5OZQ A;  1AVF A;  1FF0 C;  4GID A;  5P87 A;  1ZSF A;  3I7E A;  2I4Q A;  4RRO A;  3CYW A;  4NJU A;  4ZPG A;  1ENT E;  2PYM A;  3UDN A;  2NXM A;  4FL8 A;  5P6F A;  2VIY A;  2B42 A;  1IVQ A;  2SAM A;  3TNE A;  5P1A A;  3GGV A;  5P53 A;  2IKO A;  1G35 A;  1HTG A;  1YM2 A;  2QZL A;  4B0Q A;  5P1V A;  1E80 E;  3SM1 A;  3TKG A;  2QD7 A;  1MPP A;  3HD8 A;  5P1Q A;  1TCW A;  1FKN A;  5P0D A;  3ZKX A;  3O9A A;  5AHA A;  1FQX A;  5P3S A;  2F3K A;  3G70 A;  2AZB A;  1AAQ A;  5P8R A;  4DPF A;  3GI5 A;  5KR1 A;  3LZS A;  3VYD A;  1SME A;  2FLE A;  1IZI A;  3L59 A;  5P8S A;  1HSI A;  5P4Z A;  5P74 A;  4EXG A;  5P6G A;  5P24 A;  4F75 A;  4Y5P A;  3TKW A;  2PH8 A;  3CIC A;  1HOS A;  1AJX A;  5P70 A;  1EBK C;  1HTE A;  1ZJ7 A;  1DW6 C;  5P2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5KR0 A;  1HVS A;  1FEJ C;  5P39 A;  1HXB A;  3TLH A;  3DJK A;  3WB5 A;  3K4V A;  2F8G A;  5SXN A;  1XS7 D;  1BVE A;  2FMB A;  3KF0 A;  1SDV A;  2WF3 A;  4YDF A;  4CPR A;  1F7A A;  5P0H A;  4U7V A;  3KFN A;  2FDP A;  3LZY A;  4YD6 A;  4Y3D A;  1FMU A;  7UPJ A;  5KOQ A;  2Q5K A;  1AZ5 A;  3S2O A;  5P58 A;  4CPT A;  4LC7 A;  2BB9 A;  4EQ0 A;  5P06 A;  1HVR A;  4YBI A;  3L5B A;  1GVV A;  3LPK A;  3QRM A;  3VG1 A;  5HDV A;  5P2X A;  2QHC A;  1FMX A;  1EC2 A;  4PYV A;  3AID A;  4S1G A;  4EWO A;  1B6J A;  4B1C A;  2FNS A;  2NR6 A;  1QBT A;  2HS2 A;  3T11 A;  5P0G A;  3NDU A;  3OXC A;  4GJB A;  4Y4E A;  2QZX A;  1IVP A;  5P3R A;  1A9M A;  3IN4 A;  2AID A;  2R3T A;  4Y5L A;  6APR E;  4CP7 A;  4DQC A;  3NSH A;  4TVH A;  2JJJ A;  5P13 A;  1Z1H A;  3WSJ A;  1APV E;  5COK A;  1C6Z A;  3BUF A;  2B8V A;  1QBU A;  2Q3K A;  3I8W A;  5P00 A;  5P75 A;  2PWR A;  3VSW A;  2BPX A;  2G1O A;  2QI7 A;  3L58 A;  2AQU A;  1ME6 A;  2Z54 A;  3EC0 A;  2VNN A;  1MTB A;  2BPW A;  1RNE A;  5OYT A;  5P1J A;  4DQG A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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