4YD3A

Endothiapepsin in complex with fragment 224
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd3A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd3A01
2QCIA 2QNNA 1WKRA 4Y54A 1YM4A 3RSVA 4UPJA 1APVE 2AZCA 4Y4JA 5P7TA 2XFKA 2WF0A 2OHNA 5P14A 3QAAA 5P2IA 5DR4A 1XL5A 1W6IA 2G1NA 2QMDA 1W5WA 4PYVA 4Y3XA 4Y3QA 2Q15A 1HSIA 3UQRA 2ZJKA 5OZ1A 5P2SA 5OZLA 3VCMA 3CKPA 5BS4A 2WF3A 3QVIA 3L38A 2APRA 3L5EA 4LP9A 5P3LA 1W5XA 1N49A 1Z1RA 1HPVA 2PK6A 3NUJA 5JFUA 4Q1XA 1QBSA 3KDCA 2AOEA 1HVKA 4J17A 2QZXA 1ZSFA 5P87A 5P6FA 3IXJA 3O9GA 3VV8A 3EL4A 4MC1A 4I1CA 4YOAA 4B0QA 5OZMA 4I0EA 5P33A 4Z22A 5P7QA 3NSHA 3EL1A 5B18A 1LF3A 5P0AA 2G21A 1EEDP 2G20A 3KN0A 1HVSA 5P0EA 3DV1A 3TPJA 1JLDA 4F76A 4Y3NA 4ACXA 5P6KA 5JODA 3QI1A 5HE7A 3D1YA 4B70A 4Y57A 4I11A 3NDWA 3IXOA 1B5FA 3O9LB 5P3KA 1LYWA 4EJLA 4OBJA 4HDBA 2QI5A 5P73A 4MC2A 5P5HA 2QI3A 1MT9A 5P0QA 3INEA 1FB7A 3ZKIA 3QS1A 4I0IA 2V10C 2BPWA 3DCKA 5P0MA 3TLHA 5ENMA 2F81A 5P2AA 4RYGA 2NXDA 3UPJA 1IDBA 4EXGA 4GB2A 1ZAPA 4Y4XA 4M8YA 4ZSRA 2ER6E 3K1WA 5DR1A 1TQFA 3LPIA 4ZPEA 1B6PA 3OQ7A 3R1GB 5P6PA 2G69A 5SY2A 4FSEA 3ZPUA 1HSGA 3K4VA 5OZXA 3LZVA 2ZHUA 3GGUA 2P4JA 2O4PA 5P4XA 5P3TA 4RZ1A 5P7BA 3EM3A 3U7SA 4EQ0A 4Q5MA 5P6ZA 5P7FA 4FCOA 5P2QA 1EPNE 3NDXA 5C9FA 5P3RA 4K9HA 1EC1A 5OYQA 3OU4B 1BVEA 3T11A 3ZKNA 2P3BB 5E5JA 4LXMA 5P47A 2WF2A 2VA7A 3N3IA 5P6MA 2ER9E 1EC3A 4YE3A 5P77A 1AIDA 5P0HA 3VFBA 4TRWA 1FMUA 2EWYA 5P7UA 4DVFA 5P7VA 2HB3A 5P8AA 4GJCA 5P0YA 3NU4A 5P36A 5P37A 4B1CA 4IVTA 5P4JA 5P0RA 4FAFA 2NXMA 3EKVA 4GJ5A 1AM5A 5P4QA 4Y38A 4U7VA 3UDHA 1GNNA 1XDHA 4KE1A 2WF1A 5P0DA 5P1EA 3ZKXA 3IVIA 1ZBGA 5IE1A 4DJPA 2AZ9A 5P63A 1K6PA 4Y5MA 2AOGA 5P38A 1HVCA 2HS1A 1BILA 3CKRA 5P5DA 1C6XA 4Y9WA 5HDXA 3HVGA 5P70A 1APUE 2B7FA 4AA8A 3URJA 5HTZA 1HTFA 3OXVA 5KQFA 4KUPA 3KFNA 5JG1A 5KR1A 4EQJA 3ER3E 2RMPA 2I4UA 3GW5A 5IVTA 4Y3YA 4LXAA 1GVUA 2IDWA 1FF0C 5P24A 1PPLE 2AOCA 5P02A 3WZ8A 5T4SA 2FGUA 5KOSA 5P7RA 2A4FA 3FIVA 7HVPA 2JE4A 3L59A 4GIDA 1FQ6A 5P4EA 4J1KA 2WJOA 1AJVA 4Z2ZA 3PHVA 5P7DA 2QD8A 3EL5A 2QHYA 3GGVA 1A8KA 5AH9A 4RVIA 4BELA 2J9JB 1T3RA 2PYNA 4QJ2A 5P1IA 5P26A 2OF0A 4Y3LA 2WEAA 4COEA 4X2LA 4ZE6A 3URIA 1NSOA 1YTGA 4JOOA 3UDNA 4Y43A 5P58A 5OZUA 4N00A 1QBRA 2R3TA 2V0ZC 1DIFA 5P0LA 1WBMA 3VV6A 1DW6C 4YD7A 5P28A 2G26A 1TZSA 1CZIE 1MEUA 3H5BA 5P8PA 1RPIA 5P4NA 5P2FA 4Y3HA 5P84A 4YOBA 4Y53A 2QD6A 3K5FA 1HVRA 1BDRA 3HD8A 4B1DA 5P6IA 1PFZA 3PMUA 2CEMA 3LITA 2AOFA 2CEJA 4B05A 2VA6A 5P5WA 1SIVA 3PLLA 3UF3A 2I4VA 5P08A 1T7JA 1IVQA 4ACUA 3PBDA 1UH9A 2JXRA 5P3YA 3ZMGA 5P4PA 3LZYA 2O4SA 2PSUA 3I6OA 3PI5A 2UXZA 1SP5A 4ZSQA 3OHHA 4Y5NA 4Y4UA 5P1LA 2AQUA 3R0WA 5P4WA 5P0CA 5HCOA 5JFPA 3UDKA 4J0ZA 2NR6A 2F80A 4I0DA 5I3WA 5KQYA 5OZKA 3KMXA 4OBZA 4GZFA 3TOFA 5P8NA 4YD4A 4NPUA 5KQZA 5P57A 5I3YA 1PPKE 5P43A 2QI0A 3JVWA 1TSUA 4I0JA 5P3WA 4APRE 5P6VA 5P06A 5COKA 3UHLA 4L1AA 3PCWA 1GNOA 3OOTA 5P1PA 5ISKA 3OQDA 1B11A 5P6XA 4DI2A 1D4IA 5P3VA 3PVKA 4Y3EA 4I8ZA 2XFIA 2AZBA 2H6TA 5OZRA 4Z50A 1NH0A 1BBSA 9HVPA 3OGQA 1W6HA 2WEZA 1A30A 2A1EA 2IS0A 3PWMA 2I1AA 3K5DA 4Y3FA 5HDVA 1BIMA 2HC0A 2ZJNA 4DH6A 5P4LA 3KT2A 1DPJA 5P5IA 3OQFA 5P2OA 2BKTA 3K5GA 5P1SA 3D1ZA 1XN3A 4QLHA 2BPZA 5P2XA 5P0UA 1EC0A 5P4KA 1B5FB 4Q1NA 2ZJLA 3NXEA 4ER2E 5OYSA 3NLSA 5P7EA 1YTIA 3N4LA 3NXNA 2QZWA 5P56A 1BXOA 2Q5KA 1IVPA 2IENA 5P71A 4DJRA 3SA9A 5SZ9A 3UQXA 1MRWA 4GJ8A 5P2RA 1M43A 1DMPA 2B60A 4DJYA 1IBQA 3TL9A 5P64A 1EPME 2QZKA 5P82A 4RLDA 3PEPA 5P4YA 1WBKA 5P3CA 4I0GA 3GI4A 1RNEA 4D88A 5P8RA 5P23A 3NU9A 3S2OA 4DJVA 1BV7A 3IXKA 5P7YA 1T6GA 3DCRA 3OXXA 5DQ5A 5P49A 4RGHA 1IDAA 3OUBA 1LF4A 2FXDA 3OUAA 4J54A 3G70A 3UDQA 2QU3A 3NU5A 5P39A 4DJQA 2G1RA 5P8SA 3EM4A 5P7MA 1EBWA 3UFNA 1GVWA 1HXWA 5HDUA 3ZL7A 3DM6A 1MUIA 3EKQA 4EP3A 3OU3A 2R3WA 3EM6A 2IRZA 1E81E 2R5PA 5BWYA 3QBFA 5ISJA 1B6LA 2O4KA 3PMYA 1FQ4A 2G1SA 4MC6A 1APTE 3L3AA 2ZYEA 1BWBA 4BEKA 2G22A 1D4YA 5BRYA 1MSMA 3T7QA 1KJFA 5CLMA 4Y3DA 3PRSA 3O9FA 5P45A 1FFIC 3FNTA 1LYBA 3LPJA 5CONA 2VA5A 1LS5A 3L5FA 2OHUA 4XX4A 3PSUA 2G24A 2QNPA 1ZLFA 2ZHSA 3CICA 5OZWA 5P2WA 4HVPA 3R0YA 4Y44A 1GVXA 3OU1A 1SMRA 3OUDA 3QN8A 4GMIA 4D85A 3CMSA 1K1TA 3F9QA 1RV7A 4LL3A 6UPJA 1YT9A 3BXSA 3JW2A 5DR0A 3GGXA 1K2BA 4FAEA 5P2VA 5P1MA 5P1RA 1M4HA 1G0VA 2J9KA 3TPPA 3I25A 5P6DA 3NU6A 3IN4A 5P4ZA 3ST5A 5P27A 4FIVA 5P3AA 1K6TA 3ZPSA 4EP2A 5P8CA 5P2HA 3VEUA 3TKWA 1MIQA 3C9XA 4Y4DA 2QMPA 3SA4A 5SY3A 2O4NA 5OZ7A 2I4QA 4DQHA 3L5CA 4B77A 2IGYA 4Q1WA 4LBTA 1ZTZA 5DQ2A 5P0GA 4PPHA 4HEGA 3S7MA 3IN3A 1HPOA 4F73A 1EPOE 1D4SA 2QNQA 2VNMA 4TVGA 5P5AA 4ZSPA 2PQZA 1BV9A 3ZLQA 1ZPKA 3UFLA 1MT7A 4FL8A 4Y4WA 1FQ5A 1XN2A 5P3EA 2WL0A 5P3IA 3ER5E 2G27A 3Q6YA 1B6MA 5HVPA 2B8VA 5OZOA 1D4KA 1HSHA 5P1BA 3SQFA 1EC2A 4Y4GA 5P79A 3B7VA 4FRSA 1HTGA 1HTRB 5P8EA 3KFRA 4GYEA 5OZQA 4MC9A 1EPRE 1B6JA 5DGWA 1APWE 2WKZA 5P0FA 2XFJA 2UY0A 4I0ZA 5P62A 2QD7A 5KR8A 2P8HA 5OZ5A 1BAIA 2QI6A 3S43A 5P6AA 3TPRA 1FG6C 5P2ZA 5P3NA 3NWXA 5P1FA 4ZIPA 1T6EX 4E43A 2BBBA 2VJ7A 4H3FA 4Y3GA 5P3MA 5AH6A 5P5LA 3G6ZA 1K6CA 5P1CA 3VYEA 3SM2A 2R5QA 2PWCA 4Y5EA 2FGVA 4HA5A 1PROA 3NDUA 3PJ6A 5P4IA 4RCFA 1U8GA 2Q55A 1LF2A 4ZPFA 4OBZB 2Q63A 1SIPA 3LZUA 4HDPA 4DPIA 3O99A 1Z8CA 5AGZA 5P10A 1KJ7A 5P3OA 5P0WA 5OZ6A 3DJKA 1HHPA 3O9DA 5P40A 5P1HA 4L1AB 5COPA 2QMFA 5P1DA 1FMBA 3K5CA 2IQGA 4OBGA 5P6NA 3PWWA 2R38A 4Y4ZA 5P3SA 5P66A 5P4HA 4F75A 5OZPA 4DPFA 5P5PA 5P8GA 3LIYA 5KR2A 3L58A 5P4OA 3U71A 1W5VA 5P7AA 5OZBA 3KDBA 4FM7A 1FQXA 4IVSA 5P04A 1XE5A 1IZIA 5P1VA 2ZJJA 4CPSA 2FIVA 3PWRA 4Y3SA 1FQ7A 1FLHA 5P0PA 1ZP8A 3GI0A 5P12A 3S53A 3BUHA 4Y37A 3LPKA 5P46A 1LYAA 5P2MA 5P34A 1MRXA 3VYDA 3OXWA 4HZTA 5OZ8A 1W5YA 2QI4A 2ZJIA 3O9IA 5P3ZA 5SXNA 4X7IA 2WHHA 5PEPA 3SA3A 2ASIA 4J55A 3ZKSA 3OQAA 4I0HA 4DFGA 2AVSA 3KYRA 5DQ1A 3I2LA 5P5NA 1KJGA 5P4RA 5P11A 3LIZA 3EKYA 5P54A 5P5YA 5P1WA 3TNEA 2VJ6A 5P4FA 1FMXA 5P4GA 4DQGA 2QP8A 5HU1A 2BB9A 5OYXA 5P83A 4Y3WA 2QI1A 5P2NA 3HVPA 1HXBA 1MPPA 2RENA 3T3CA 3BC4A 5J25A 4RRSA 5I70A 5P8KA 5OYWA 5P8TA 5AH7A 1TW7A 2PC0A 1HVHA 4DQFA 1FFFC 5P6EA 4ER4E 3CKTA 2WF4A 5P8HA 3RTNA 5P4SA 1ODYA 1EAGA 5P29A 3O9LA 3GI6A 3OAGA 3SO9A 2V12C 1K2CA 5ER1E 2F8GA 5P1GA 5COOA 2FXEA 3KDDA 4A6BA 2PSGA 4EYRA 5E5KA 1RL8A 5P7KA 4OBFA 5P8DA 4OBHA 1W51A 5P7WA 2SAMA 3WB4A 5ENKA 2V16C 4YD5A 4Y48A 3D91A 4DQEA 5OZDA 1MESA 3OY4A 3SLZA 3URLA 3LNKA 3SA6A 2FNTA 3ECGA 4Y39A 5P4BA 1ENTE 1UH8A 2V13A 3AUPA 3ZKGA 7UPJA 4RCEA 3O9HA 3LZSA 4J1FA 1HTEA 3TKGA 5I3VA 1LZQA 3VF5A 8HVPA 1DP5A 1BWAA 1MT8A 4Y4TA 3TOGA 4AZYA 2OHQA 3OU1B 5P6SA 4CMSA 5P6OA 2NNPA 3OUDB 2VIYA 2NMYA 5DGUA 1EPPE 4YD3A 2HIZA 3INHA 4M8XA 2V00A 1PSNA 3FNUA 3T6IA 1D4JA 3ZKQA 4K4QA 2HAHA 1XS7D 4DJWA 4FM6A 2PH6A 4DJOA 3T7PA 1W50A 3OU4A 3QRMA 3QPJA 4I12A 3RTHA 5P3QA 2VJ9A 4L6BA 2BKSA 2FDEA 3I7EA 3VF3A 3PSYA 3OADA 3ZPTA 4L7HA 5P60A 5TOLA 1AXAA 4Y51A 4XX3A 2PYMA 1DAZC 2VIEA 1M0BA 4J1CA 4LXKA 5OZ2A 2RKFA 5P8VA 3HW1A 3VSWA 5P7PA 3L5DA 3NWQA 1D4HA 4EJDA 4Y3JA 5P5SA 5P22A 4GJ7A 4AA9A 2PWRA 2BPXA 4DQCA 4NJTA 3UDRA 3U6AA 3UQUA 4Y3MA 4YHQA 4Y56A 3VG1A 5AHCA 5P0IA 5OZGA 2V11C 1VIJA 2R9BA 3RTMA 2AVMA 4R8YA 4B72A 1KZKA 1HBVA 1J71A 1HWRA 1ZSRA 3BVAA 1SDUA 1LYWB 5P4DA 4AMTA 5HU0A 2ZHTA 3FSMA 5P5KA 4QJ8A 4Y3AA 3HAUA 3EXOA 5P7IA 4JPEA 1SDVA 2Z54A 3QRSA 3KF0A 3EL0A 5OZEA 2Z4OA 1EBZA 5P5XA 2I4DA 3VLBA 3UQWA 1OEWA 4FSLA 3JVYA 1C6ZA 4K4RA 5P0NA 1TCWA 1QRPE 2ZHVA 1VIKA 3SPKA 4Y3ZA 2AOJA 4NJUA 5P1ZA 5P3DA 2QU2A 4QJ6A 4Y4BA 3PGIA 2P3AA 5APRE 3R4BA 5OZ3A 4GJ6A 4OC6A 3TTPA 4JP9A 3VSXA 3SA8A 3LIVA 1FGCC 2ANLA 3UDJA 5AHBA 5P4MA 2PSVA 1CMSA 5P7NA 3BRAA 5KAOA 4YD6A 1OEXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QCI A;  2QNN A;  1WKR A;  4Y54 A;  1YM4 A;  3RSV A;  4UPJ A;  1APV E;  2AZC A;  4Y4J A;  5P7T A;  2XFK A;  2WF0 A;  2OHN A;  5P14 A;  3QAA A;  5P2I A;  5DR4 A;  1XL5 A;  1W6I A;  2G1N A;  2QMD A;  1W5W A;  4PYV A;  4Y3X A;  4Y3Q A;  2Q15 A;  1HSI A;  3UQR A;  2ZJK A;  5OZ1 A;  5P2S A;  5OZL A;  3VCM A;  3CKP A;  5BS4 A;  2WF3 A;  3QVI A;  3L38 A;  2APR A;  3L5E A;  4LP9 A;  5P3L A;  1W5X A;  1N49 A;  1Z1R A;  1HPV A;  2PK6 A;  3NUJ A;  5JFU A;  4Q1X A;  1QBS A;  3KDC A;  2AOE A;  1HVK A;  4J17 A;  2QZX A;  1ZSF A;  5P87 A;  5P6F A;  3IXJ A;  3O9G A;  3VV8 A;  3EL4 A;  4MC1 A;  4I1C A;  4YOA A;  4B0Q A;  5OZM A;  4I0E A;  5P33 A;  4Z22 A;  5P7Q A;  3NSH A;  3EL1 A;  5B18 A;  1LF3 A;  5P0A A;  2G21 A;  1EED P;  2G20 A;  3KN0 A;  1HVS A;  5P0E A;  3DV1 A;  3TPJ A;  1JLD A;  4F76 A;  4Y3N A;  4ACX A;  5P6K A;  5JOD A;  3QI1 A;  5HE7 A;  3D1Y A;  4B70 A;  4Y57 A;  4I11 A;  3NDW A;  3IXO A;  1B5F A;  3O9L B;  5P3K A;  1LYW A;  4EJL A;  4OBJ A;  4HDB A;  2QI5 A;  5P73 A;  4MC2 A;  5P5H A;  2QI3 A;  1MT9 A;  5P0Q A;  3INE A;  1FB7 A;  3ZKI A;  3QS1 A;  4I0I A;  2V10 C;  2BPW A;  3DCK A;  5P0M A;  3TLH A;  5ENM A;  2F81 A;  5P2A A;  4RYG A;  2NXD A;  3UPJ A;  1IDB A;  4EXG A;  4GB2 A;  1ZAP A;  4Y4X A;  4M8Y A;  4ZSR A;  2ER6 E;  3K1W A;  5DR1 A;  1TQF A;  3LPI A;  4ZPE A;  1B6P A;  3OQ7 A;  3R1G B;  5P6P A;  2G69 A;  5SY2 A;  4FSE A;  3ZPU A;  1HSG A;  3K4V A;  5OZX A;  3LZV A;  2ZHU A;  3GGU A;  2P4J A;  2O4P A;  5P4X A;  5P3T A;  4RZ1 A;  5P7B A;  3EM3 A;  3U7S A;  4EQ0 A;  4Q5M A;  5P6Z A;  5P7F A;  4FCO A;  5P2Q A;  1EPN E;  3NDX A;  5C9F A;  5P3R A;  4K9H A;  1EC1 A;  5OYQ A;  3OU4 B;  1BVE A;  3T11 A;  3ZKN A;  2P3B B;  5E5J A;  4LXM A;  5P47 A;  2WF2 A;  2VA7 A;  3N3I A;  5P6M A;  2ER9 E;  1EC3 A;  4YE3 A;  5P77 A;  1AID A;  5P0H A;  3VFB A;  4TRW A;  1FMU A;  2EWY A;  5P7U A;  4DVF A;  5P7V A;  2HB3 A;  5P8A A;  4GJC A;  5P0Y A;  3NU4 A;  5P36 A;  5P37 A;  4B1C A;  4IVT A;  5P4J A;  5P0R A;  4FAF A;  2NXM A;  3EKV A;  4GJ5 A;  1AM5 A;  5P4Q A;  4Y38 A;  4U7V A;  3UDH A;  1GNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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